C. Latar Belakang
Beras merupakan bahan pangan pokok bagi lebih dari 95 persen penduduk
Indonesia. Usahatani padi menyediakan lapangan pekerjaan dan sebagai sumber
pendapatan bagi sekitar 21 juta rumah tangga pertanian. Selain itu, beras juga
merupakan komoditas politik yang sangat strategis, sehingga produksi beras dalam
negeri menjadi tolak ukur ketersediaan pangan bagi Indonesia Oleh karena itu,
tidaklah mengherankan jika campur tangan pemerintah Indonesia sangat besar
dalam upaya peningkatan produksi dan stabilitas harga beras. Kecukupan pangan
(terutama beras) dengan harga yang terjangkau telah menjadi tujuan utama
kebijakan pembangunan pertanian. Kekurangan pangan bisa menyebabkan
kerawanan ekonomi, sosial, dan politik yang dapat menggoyahkan stabilitas
nasional (Suryana, 2002).
Produksi padi selama tiga tahun terakhir menunjukkan perkembangan yang
fluktuatif. Produksi padi tahun 2013 naik sebesar 0,32 persen (11.735 ton)
dibanding produksi tahun 2012 namun di tahun 2014 produksi padi turun sebesar
2,58 persen (96.210 ton) dibanding tahun 2013. Angka Ramalan I (ARAM I)
produksi padi pada tahun 2015 sebesar 3.816.655 ton GKG, naik sebesar 185.616
(5,11%) ton dibanding produksi ATAP tahun 2014. Kenaikan produksi disebabkan
kenaikan luas panen sebesar 31.545 hektar atau 4,40 persen dan hasil per hektar
naik sebesar 0,35 ku/ha atau 0,69 persen dibanding tahun 2014 namun di tahun
2015 produksi padi naik sebesar 11,40 persen (413.790 ton) dibanding tahun 2014
(BPS Provinsi Sumatera Utara, 2016).
Kebutuhan beras sebagai salah satu sumber pangan utama penduduk Indonesia
terus meningkat, karena selain penduduk terus bertambah dengan peningkatan
sekitar 2 % per tahun, juga adanya perubahan pola konsumsi penduduk dari non
beras ke beras. Terjadinya penciutan lahan sawah irigasi subur akibat konversi
lahan untuk kepentingan non pertanian, dan munculnya fenomena degradasi
kesuburan menyebabkan peningkatan produktivitas padi sawah irigasi cenderung
melandai sehingga tidak mampu mengimbangi laju peningkatan penduduk
(Andriani, 2008).
Peningkatkan produktivitas dan produksi padi harus terus dilakukan untuk
meningkatkan pendapatan dan kesejahteraan petani serta menjamin ketahanan
pangan. Penggunaan varietas unggul padi yang berpotensi hasil tinggi dan semakin
membaiknya mutu usahatani seperti pengolahan tanah, pemupukan dan cara tanam
telah berhasil meningkatkan produktivitas padi (Irawan, 2004).
D. Rumusan Masalah
1. Apa saja jenis bakteri yang diisolasi dari tumbuhan Adaleh berdasarkan analisis
sekuen gen 16S rRNA?
2. Bagaimana hubungan kekerabatan bakteri yang di isolasi dari tanaman Andaleh
dengan bakteri lain?
E. Tujuan Penelitian
1. Untuk mengetahui jenis bakteri yang diisolasi dari tunbuhan Andaleh berdasarkan
analisis sekuen gen 16S rRNA.
2. Untuk mengetahui hubungan kekerabatan bakteri yang diisolasi dari tumbuhan
andaleh dengan bakteri lain.
F. Manfaat Penelitian
1. Manfaat bagi peneliti yaitu untuk mengaplikasikan ilmu yang diperoleh selama
menempuh pendidikan di perguruan tinggi.
2. Menambah wawasan dan pengalaman khususnya di bidang bioteknologi.
3. Memberikan informasi jenis bakteri yang terdapat pada tumbuhan Andaleh.
4. Mengetahui bakteri yang mampu menghasilkan senyawa aktif yang bermanfaat
dalam dunia pengobatan.
5. Sebagai informasi dan bahan acuan awal untuk penelitian selanjutnya.
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
A. Tumbuhan Andaleh
Morus merupakan salah satu genus yang termasuk kedalam family moraceae.
Tumbuhan morus dapat ditemukan didaerah beriklim sedang dan sub-tropis dibelahan
bumi utara, serta di daerah tropis dari belahan bumi selatan, karena dapat tumbuh
diberbagai iklim, kondisi topografi dan tanah. Di Indonesia hanya terdapat dua jenis
tumbuhan morus yaitu, M. alba dan M. macroura, yang termasuk kedalam spesies
langka dan endemik untuk Indonesia. Tumbuhan ini banyak ditemukan didaerah
Sumatra Barat yang di kenal dengan nama daerah “Andaleh” (Soekamto, 2003 dan
Imran, 2010).
Morus merupakan tumbuhan yang memiliki nilai ekonomi dan obat yang
sangat penting. Beberapa jenis tanaman morus merupakan makanan yang di butuhkan
cacing sutra, dan kulit akar dari beberapa jenis tanaman morus telah lama digunakan
sebagai obat tradisional di china untuk mengobati diabetes, radang sendi, rematik,
dan jenis gangguan lain (Yang, 2014). Kajian mengenai manfaat kandungan tanaman
andaleh telah dilakukan dengan mengekstraksi dan mengidentifikasi senyawa aktif
yang terkandung di dalamnya. Penelitian mengenai andaleh menunjukkan tanaman
ini mengandung senyawa turunan stilben, yaitu lunularin, oksiresveratrol, dan
andalisin a, bersama sama dengan satu turunan 2-arilbenzofuran, morasin M, satu
turunan kumarin, umbelliferon, dan β-rerosilaldehid. Beberapa senyawa aktif tersebut
dilaporkan memiliki aktifitas antiphlogistik, antiinflamasi, dan antibakteri (Soekamto
dkk, 2003 dan Syah dkk, 2000).
B. Bakteri Endofit
Endofit merupakan mikroorganisme yang hidup dalam jaringan tanaman
diantaranya pada biji, ovula, buah, batang, akar, umbi akar dan daun tetapi tidak
menimbulkan penyakit pada tanaman tersebut (Zulkifli, 2016). Endofit umumnya
berasal dari golongan bakteri dan jamur. Dalam satu tanaman bisa saja terdapat
beberapa spesies bacteri endofit baik gram positif maupun gram negatif, sedangkan
jamur endofit biasanya memiliki inang yang spesifik meskipun ada beberapa genus
yang memiliki inang yang cukup luas seperti Phomopsis, Phoma, Colletotrichum, dan
Phullosticta (Yulianti 2012).
Endofit dapat diisolasi dari permukaan jaringan tanaman yang telah steril atau
diekstraksi dari jaringan tumbuhan bagian dalam. Bakteri endofit gram positif dan
gram negatif telah banyak diisolasi dari beberapa jaringan tumbuhan. Bakteri endofit
mesuk kedalam jaringan tumbuhan terutama melalui akar dan bagian tumbuhan lain
yang terpapar udara seperti bunga, batang, dan kotiledon. Secara khusus, bakteri
endofit masuk ke jaringan melalui akar yang berkecambah, stomata, maupun jaringan
yang rusak. Mikroba endofit didalam tanaman dapat berkelompok pada satu titik pada
tanaman atau tersebar keseluruh tanaman. Mikroba ini dapat berada didalam sel,
ruang antar sel, atau dalam system vascular (Zinneal dkk, 2002)
Pada prokariotik terdapat tiga jenis ribosomal RNA, yaitu 5S, 16S, dan 23S
rRNA. Molekul 5S rRNA memiliki urutan basa terlalu pendek, sehingga tidak cocok
digunakan untuk analisi statistika, sementara molekul 23S rRNA memiliki struktur
sekunder dan tersier yang cukup panjang, sehingga menyulitkan analisis. Oleh karena
itu, molekul 16S rRNA yang paling tepat di gunakan untuk identifikasi bakteri dan
menjadi prosedur baku untuk menentukan hubungan filogenetik dan menganalisis
suatu ekosistem (Pangastuti, 2006).
Urutan molekul 16S rRNA memiliki Panjang sekitar 1.550 bp dan terdiri dari
daerah yang memiliki urutan basa yang konservatif dan daerah dengan urutan basa
variative (Clarridge, 2004). Daerah dengan urutan basa konservatif memiliki porsi
sekuens rRNA yang sama dari organisme yang memiliki jarak kekerabatan tertentu,
sehingga berguna untuk mengkonstruksi pohon filogenetik universal. Sedangkan
daerah dengan urutan basa variative dapat digunakan untuk melacak keragaman dan
menempatkan galur galur dalam satu spesies (Stackebrandt dan Goebel, 1995)
Analisis gen 16S rRNA dapat dilakukan dengan teknik sekuensing yang
memungkinkan untuk mengidentifikasi bakteri endofit dengan cepat dan dengan
tingkat sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi. Sekuensing merupakan sutau metode
yang bertujuan untuk mengurutkan susunan basa nitrogen (A, T, G, dan C) suatu
sampel DNA. Salah satu contoh aplikasi ambisius teknologi sekuensing DNA yaitu
pengurutan genom manusia yang di kenal dengan proyek Human Genome Projekt.
Dalam ilmu pengobatan sekuensing DNA berguna untuk mengidentifikasi,
mendiagnosis, dan mengembangkan pengobatan penyakit genetik (Tasma, 2015).
Sekuensing DNA merupakan modifikasi dari amplifikasi DNA pada PCR.
Yang membedakannya adalah penggunaan dideoxyribonuklease Triphosphat
(ddNTPs) berlabel untuk elongasi DNA. Sebelum dilakukan sekuensing, produk PCR
dimurnikan untuk menghilangkan kontaminan berupa sisa pereaksi PCR maupun
primer. Hasil dari proses sekuensing berupa kromatogram dari nukleotida fragmen
DNA target. Analisis terhadap kromatogram sekuens dapat dilakukan dengan bantuan
perangkat lunak seperti Bionumerics, ChromasPro, dan BioEdit untuk menentukan
fragmen DNA yang diinginkan. Indeks kemiripan (similarity index) selanjutnya
dievaluasi dengan cara membandingkan terhadap sekuens pembanding dari data base
yang tersedia secara online seperti melalui GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) dengan
teknik BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) (Dwiyitno, 2010).
D. Analisis Filogenetik
Untuk mengkonstruksi pohon filogenetik dan melihat hubungan kekerabatan
dari bakteri dapat dilakukan dengan analisis gen 16S rRNA. Gen ini sangat lestari
dalam satu spesies dan antar spesies dalam satu genus yang sama, karenanya dapat
digunakan sebagai standar emas baru untuk spesifikasi bakteri, mempelajari filogeni
dan taksonomi suatu bakteri (Suardana, 2014).
BAB III
METODE PENELITIAN
A. Jenis Penelitian
Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif dengan mengidentifikasi
secara molekuler dan menganalisis filogenetik bakteri yang telah diisolasi dari
tumbuhan Andaleh (Morus macroura miq.).
B. Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Novenmber 2017 sampai July 2018 di
Laboratorium Penelitian dan Laboratorium Bioteknologi Jurusan Biologi FMIPA
UNP.
Alat yang digunakan: alumunium foil, wrapping, autoclaf, cawan petri, lampu
bunsen, jarum ose, kompor listrik, tabung reaksi, vortex, erlemeyer, beaker glass,
timbangan analitik, shaker incubator, water bath, tabung eppendorf, mikropipet,
sentrifuge, mesin PCR, mesin elektroforesis, dan gel doc elektroforesis (UVITEC
FIREREADER V10).
2. Bahan
D. Prosedur Penelitian
1. Persiapan Penelitian
a) Sterilisasi Alat
Daftar Pustaka
Donkor, E. S. (2014). Bioinformatics with basic local alignment search tool (BLAST)
dan fast alignment (FASTA). Journal of Bioinformatics and Sequence
Analysis, 1-6.
Sasongko, H. (2014). Uji Resistensi Bakteri Escherichia coli dari Sungai Boyong
Kabupaten Sleman terhadap Antibiotik Amoksilin, Kloramfenikol,
Sulfametoxasol, dan Streptomisin. Jurnal Bioedukatika, 25-29.
Yang, Y. Y.-X.-Y. (2014). The latest review on the polyphenols and their
bioactivities of Chinese Morus Plants. Journal of Asian Natural Products
Research, 690-702.
Zulkifli, L. D. (2016). Isolasi Bakteri Endofit Dari Sea Grass Yang Tumbuh Di
Kawasan Pantai Pulau Lombok Dan Potensinya Sebagai Sumber Antimikroba
Terhadap Bakteri Patogen. Jurnal Biologi Tropis, 80-93.