Steve Weiner Departemen

1
Biologi Struktural Institut Sains
roses Biomineralisasi dan
Weizmann 76100 Rehovot
asalah Efek Vital
Israel

Patricia M. Dove Departemen GeoSciences Virginia Tech

Blacksburg, Virginia 24061 AS

“Biomineralization menghubungkan jaringan organik lunak, yang secara komposisional mirip dengan atmosfer dan lautan, dengan
bahan keras dari Bumi yang padat. Ini memberikan kerangka dan cangkang kerang organisme selama mereka hidup, dan ketika
mereka mati ini disimpan sebagai sedimen di lingkungan dari dataran sungai ke dasar laut dalam. Produk-produk kehidupan keras
dan tahan inilah yang terutama bertanggung jawab atas catatan fosil Bumi. Konsekuensinya, biomineralisasi melibatkan ahli
biologi, ahli kimia, dan ahli geologi dalam studi interdisipliner di salah satu antarmuka antara Bumi dan kehidupan. ”
(Leadbeater and Riding 1986)

PENDAHULUAN Biomineralization mengacu pada proses dimana organisme membentuk mineral. Kontrol yang
diberikan oleh banyak organisme atas pembentukan mineral membedakan proses ini dari mineralisasi abiotik. Yang

terakhir adalah fokus utama para ilmuwan bumi selama abad terakhir, tetapi kemunculan biogeokimia dan

urgensi memahami evolusi Bumi di masa lalu dan masa depan sedang memindahkan mineralisasi biologis ke

garis depan berbagai bidang ilmu pengetahuan, termasuk ilmu bumi. Pertumbuhan biogeokimia telah
menyebabkan sejumlah bidang penelitian baru yang menarik di mana perbedaan antara disiplin ilmu biologi, kimia, dan
ilmu bumi mencair. Dari topik-topik indah yang menerima perhatian baru, studi tentang pembentukan
 biomineral mungkin yang paling menarik. Benar-benar di antarmuka bumi dan kehidupan, biomineralisasi

adalah disiplin yang pasti akan melihat kemajuan besar sebagai generasi ilmuwan baru membawa pelatihan

lintas-disiplin dan metode eksperimental dan komputasi baru untuk masalah yang paling menakutkan. Namun,

itu tidak berartibaru bidang. Buku pertama tentang biomineralisasi diterbitkan pada tahun 1924 di Jerman oleh WJ

Schmidt (Schmidt 1924), dan subjeknya terus menggugah komunitas ilmuwan yang berdedikasi selama

bertahun-tahun. Sampai awal 1980-an ladang itu dikenal sebagai "kalsifikasi," yang mencerminkan dominasi

mineral yang mengandung kalsium yang terbentuk secara biologis. Semakin banyak mineral biogenik

ditemukan yang mengandung kation lain, bidang ini dikenal sebagai “biomineralisasi.” Basis pengetahuan

yang tak ternilai telah ditetapkan dalam literatur yang ditemukan di hampir setiap nomor panggilan di perpustakaan

ilmiah. Dengan gaya yang beragam seperti biomineral itu sendiri, inisiat akan menemukan bahwa sejumlah

penulis telah secara ekstensif menilai keadaan pengetahuan dalam teks (misalnya, Lowenstam dan Weiner

1989; Simkiss dan Wilbur 1989; Mann 2001) dan ulasan khusus (misalnya, Westbroek 1983; Leadbeater and

Riding 1986; Crick 1989; Bäuerlein 2000).

1529-6466 / 03 / 0054-0001 $ 05.00

2 Weiner & Dove

Dengan ulasan RiMG ini, tujuan utama penulis adalah untuk membuat volume yang berfokus pada topik-topik

penting bagi para ilmuwan, dan khususnya ilmuwan bumi, memasuki lapangan. Dengan mengingat tujuan ini,
pendekatan kami adalah yang pertama untuk menetapkan aspek yang relevan dari biologi molekuler dan kimia

protein (misalnya, Evans 2003) dan kemudian prinsip-prinsip termodinamika yang diperlukan untuk

mineralisasi terjadi (misalnya, De Yoreo dan Vekilov 2003). Dilengkapi dengan kotak alat ini penting dan

Alam sebagai panduan kami, kami memeriksa secara rinci enamutama proses biomineralisasi. Sebisa mungkin,
kami berusaha untuk tidak menekankan hal-hal spesifik yang unik untuk beberapa organisme dan, alih-alih fokus

pada strategi mineralisasi utama. Dasar dari pendekatan ini adalah perspektif evolusioner dari bidang ini. Patut

dicatat bahwa mekanisme yang mendasari untuk mengendalikan proses biomineralisasi tampaknya digunakan

berulang kali oleh anggota banyak filum. Bagian terakhir dari volume ini meneliti pandangan tentang bagaimana
proses biomineralisasi telah digunakan oleh organisme selama sejarah Bumi dan hubungannya yang saling terkait
denganbumi lingkungan. Dengan mempertimbangkan dampak dari hubungan ini pada siklus biogeokimia

global, mempelajari hasil temporal dan geokimia dari kegiatan penyerapan mineral, dan mengajukan

pertanyaan kritis tentang topik ini, kita dapat sampai pada pemahaman yang lebih dalam tentang mineralisasi

biologis dan kehidupan di bumi. Bab ini Bab pendahuluan ini dibagi menjadi dua bagian utama: tinjauan
umumdasar strategi dan proses biomineralisasidan diskusi tentang bagaimana pemahaman lebih lanjut tentang

mekanisme biomineralisasi dapat menjelaskan bagaimana sinyal lingkungan mungkin tertanam atau tidak

dalam mineral yang diproduksi oleh organisme. Terlepas dari kenyataan bahwa ciri khas biomineralisasi adalah
kontrol yang diberikan organisme terhadap proses mineralisasi, telah dicatat oleh para ilmuwan bumi selama 50

tahun terakhir bahwa mineral yang diproduksi secara biologis sering mengandung tertanam dalammereka komposisi,
tanda tangan yang mencerminkan lingkungan eksternal di mana hewan itu hidup. Dengan demikian banyak

ahli geokimia berfokus pada penggalian sinyal untuk suhu air laut masa lalu, salinitas, produktivitas, tingkat

kejenuhan air laut, dan banyak lagi. Tugasnya tidak mudah! Dalam banyak kasus, proses kontrol sepenuhnya

menghilangkan sinyal atau menggesernya. Memilah yang disebut efek vital ini (Urey 1951) atau efek fisiologis
(Epstein et al. 1951) dari sinyal lingkungan masih merupakan masalah yang belum diselesaikan. Pada bagian kedua

bab ini, kita akan membahas beberapa prinsip mineralisasi dalam hal efek vital — subjek yang saat ini banyak

diminati komunitas ilmu bumi.

GAMBARAN UMUM BIOMINERAL Selama sekitar 3500 Myr terakhir, prokariota pertama dan
kemudian eukariota mengembangkan kemampuan untuk membentuk mineral. Pada akhir Precambrian, dan khususnya
di dasar Cambrian sekitar 540 Myr yang lalu, organisme dari banyak filum yang berbeda mengembangkan

kemampuan untuk membentuk banyak dari 64 mineral berbeda yang diketahui hingga saat ini (misalnya,

Knoll 2003). Sementara nama dan komposisi kimia yang sesuai dari mineral yang diproduksi oleh organisme

diberikan pada Tabel 1 (Weiner dan Addadi 2002), daftar ini tidak mungkin lengkap, karena mineral yang

diproduksi secara biologis baru terus ditemukan.

 Apa itu biomineral? Istilah biomineral mengacu tidak hanya pada mineral yang diproduksi oleh
organisme, tetapi juga pada kenyataan bahwa hampir semua produk mineralisasi ini adalah bahan komposit yang

terdiri dari mineral dan komponen organik. Selain itu, setelah terbentuk dalam kondisi yang terkendali, fase

biomineral sering memiliki sifat seperti bentuk, ukuran, kristalinitas, isotop, dan jejak. Komposisi

Komposisi elemensangat berbeda dengan komposisi yang terbentuk secara anorganik. Istilah

"biomineral" mencerminkan semua kompleksitas ini. Gambar 1 mengilustrasikan hal ini dengan

membandingkan bagian dari kristal kalsit tunggal yang dibentuk oleh echinoderm dengan kristal kalsit tunggal

sintetik.

Beberapa komentar tentang kelompok utama biomineral Seperti ditunjukkan oleh Tabel 1, kalsium adalah kation
pilihan bagi sebagian besar organisme. Mineralkalsium-bearing terdiri dari sekitar 50% dari biominerals dikenal

(Lowenstam dan Weiner 1989). Ini tidak mengejutkan karena kalsium memenuhi banyakmendasar fungsidalam

metabolisme seluler (Lowenstam dan Margulis 1980; Simkiss dan Wilbur 1989; Berridge et al. 1998).

Dominasi mineral yang mengandung kalsium inilah yang menyebabkan meluasnya penggunaan istilah

kalsifikasi. Namun, pembaca berhati-hatilah! Istilah ini mengacu pada pembentukan fosfat yang mengandung

kalsium, karbonat, oksalat dan jenis mineral lainnya. Tabel 1 juga menunjukkan bahwa sekitar 25% dari

biomineral adalah amorf karena mereka tidak mendifraksi sinar-X. Silika amorf umumnya dibentuk oleh organisme
dan telah diselidiki secara luas (lihat Perry 2003). Mineral amorf biogenik lain yang dipelajari dengan baik,

adalah butiran dari besi fosfat amorf yang diendapkan sebagai butiran di kulit holothurian,

MolpadiaLowenstam (dan Rossman 1975), ditunjukkan pada Gambar 2. Di antara mineral-mineral amorf ini

adalah yang memiliki komposisi kimia yang sama , tetapi berbeda berdasarkan tingkat urutan jarak pendek

(Addadi et al. 2003). Banyak dari ini telah ditemukan hanya dalam beberapa tahun terakhir; karena itu mereka
menyajikan bidang penelitian baru yang menarik. Mineral kalsium karbonat adalah mineral biogenik yang paling
berlimpah, baik dalam hal jumlah yang diproduksi dan penyebarannya yang luas di antara banyak taksa yang

berbeda (Lowenstam dan Weiner 1989). Dari delapan polimorf kalsium karbonat yang diketahui, tujuh adalah

kristal dan satu adalah amorf. Tiga dari polimorf — kalsit, aragonit, dan vaterit — adalah kalsium karbonat

murni, sedangkan dua — monohidrokalsit dan bentuk stabil dari kalsium karbonat amorf — mengandung satu
molekul air per kalsium karbonat (Addadi et al. 2003). Secara mengejutkan, bentuk sementara dari kalsium

karbonat amorf tidak mengandung air (Addadi et al. 2003). Salah satu tantangan utama dalam bidang

biomineralisasi adalah untuk memahami mekanisme yang dengannya sistem biologis menentukan polimorf

mana yang akan mengendap. Ini dikontrol secara genetik dan hampir selalu dicapai dengan kesetiaan 100%.
Fosfat terdiri sekitar 25% dari jenis mineral biogenik. Kecuali struvite dan brushite, sebagian besar mineral fosfat

diproduksi oleh mineralisasi terkontrol (lihat bagian selanjutnya). Mineral fosfat yang paling banyak

diproduksi adalah karbonat hidroksiapatit, juga disebut dahllite (Lowenstam dan Weiner 1989). Ini adalah

mineral yang terdapat pada tulang dan gigi vertebrata, serta di cangkang brakiopoda inartikulat. Perhatikan
bahwa anggota keluarga yang tidak berkarbonasi ini, hidroksiapatit, tidak diketahui terbentuk secara biologis.
Kristal apatit karbonat biogenik biasanya berbentuk pelat dan sangat kecil (tebal 2−4 nm dan beberapa puluhan

nanometer panjang dan lebar; Weiner dan Price 1986). Sangat menarik untuk dicatat bahwa hidroksiapatit

karbonat sintetik yang diendapkan dalam kondisi yang mirip dengan yang ditemukan dalam fisiologi

vertebrata juga berbentuk pelat dan kecil (Moradian-Oldak et al. 1990). Oleh karena itu bukan lingkungan

biologis di mana mereka membentuk yang memberi mereka bentuk pelat yang paling tidak biasa untuk

mineral yang mengkristal dalam sistem kristalografi heksagonal. Fakta bahwaterbentuk secara biologis kristal

yangsangat kecil umumnya menunjukkan bahwa mereka juga agak tidak stabil; karena itu mereka biasanya

lebih larut daripada hidroksiapatit (Stumm 1992). Mereka juga sangat sulit untuk dikarakterisasi secara

struktural karena permukaan / volumenya yang tinggi menyebabkan banyak atom terganggu. Dengan aplikasi

spektroskopi baru yang dirancang untuk mengatasi masalah bekerja dengan partikel kecil dan kesulitan yang

terkait dengan fase hidro (Waychunas 2001), pandangan saat ini tentang komposisi dan struktur biomineral fosfat

masih bisa mengalami revisi yang signifikan.

4 Weiner & Dove

Table 1. Nama dan komposisi kimia dari mineral yang dihasilkan oleh proses mineralisasi yang diinduksi dan dikendalikan secara
biologis

Nama Formula

Karbonat
Kalsit CaCO3 Mg-kalsit (MgxCa1 − x) CO3 Aragonit CaCO3 Vaterite CaCO3 Monohydrocalcite CaCO3· H2O Protodolomit CaMg

(CO3)2 Hydrocerussite Pb3(CO3)2(OH)2 Amorf Kalsium Karbonat (setidaknya 5 bentuk) CaCO 3· H2O atau CaCO3 Fosfat

Octacalcium phosphate Ca8H2(PO4)6 Brushite CaHPO4· 2H2O Francolite Ca10(PO4)6F2 Carbonated-hydroxylapatite (dahllite)

Ca5(PO4, CO3)3(OH) Whitlockite Ca18H2(Mg, Fe)2+2(PO4)14 Struvite Mg (NH4) (PO4) · 6H2O Vivianite Fe3+2(PO4)2· 8H20 Amorf

Kalsium Fosfat (setidaknya 6 bentuk) variabel Amorf Kalsium Pyrophosphate Ca 2P2O7· 2H2O Sulfat

Gypsum CaSO4· 2H2O barit radium yang mirip dengan4 Celestite SrSO4 jarosit KFE33(SO4)2(OH)6 Sulfida-sulfida

Pyrite FeS2 Hydrotroilite FeS ·nH2O sfalerit ZnS heksagonal ZnS Galen a PbS Greigite Fe 3S4 Mackinawite (Fe, Ni)9S8 Amorf

Pyrrhotite Fe1 − xS (x = 0−0.17) Acanthite Ag2S Arsenasi

Orpiment As2S3 Silica Terhidrasi Silika

Amorf Silika SiO2·nH2O Klorida

Atacamite Cu2Cl (OH)3 Fluorida

Fluorite CaF2 Hieratite K2SIF6 Logam

SulphurS
Ikhtisarbiomineralization Proses & Vital Efek Soal 5

Tabel 1 terus.

Nama Formula

Oksida

Magnetite Fe3O4 amorf Ilmenite Fe2TiO3 amorf Iron Oxide Fe2O3 amorf Mangan Oksida Mn3O4 Hidroksida &
Hydrous Oksida
goethite α-FeOOH lepidocrocite γ-FeOOH ferihidrit 5Fe2O3· 9H2O Todorokite (Mn+2CaMg) Mn3+4O7· H20 Birnessite Na4Mn14O27·

9H2O Kristal Organik *

Earlandite Ca3(C6H5O2)2· 4H2O Whewellite CaC2O4· H2O Weddelite CaC2O4· (2+X) H2O (X<0,5) Glushinskite MgC2O4· 4H2O

Mangan Oksalat (tanpa nama) Mn2C2O4· 2H2O Sodium urat C5H3N4NaO3 Asam Urat C5H4N4O3 Ca tartrat C4H4CaO6 Ca malat

C4H4CaO5 Parafin Hidrokarbon Guanine C5H3(NH2) N4O * oleh konvensi Lowenstam & Weiner (1989) Referensi: Lowenstam & Weiner
(1989), Simkiss & Wilbur (1989), Mann (2001), Weiner dan Addadi (2002)

Gambar 1. Perbandingan kristal kalsit tunggal: (kiri) stereom dari echinoderm dan (kanan) bentuk rhombohedral yang diproduksi secara
sintetis.
6 Weiner & Dove
Perlu dicatat bahwa setiap kelas mineral mencakup satu atau lebih fase yang mengandung air dan / atau gugus

hidroksil (Tabel 1). Bentuk terhidrasi ini terdiri sekitar 60% dari mineral biogenik. Secara khusus, semua

biomineral silika yang dilaporkan sampai saat ini terhidrasi (misalnya, Lowenstam dan Weiner 1989), dan ada

banyak bukti yang menunjukkan bahwa banyak biomineral karbonat kristal pertama-tama terbentuk sebagai

fase terhidrasi (Beniash et al. 1997, 1999; Weiss et al. 2002; Addadi et al. 2003). Kelimpahan biomineral

terhidrasi bukanlah kecelakaan. Fase terhidrasi lebih disukai daripada rekan-rekan anhidrat dengan secara signifikan

menurunkan hambatan energik untuk nukleasi dan pertumbuhan dari larutan berair (misalnya, Stumm 1992).

Organisme adalah pelanggar metabolisme; dengan demikian mereka menggunakan aturan Ostwald-Lussac

untuk keuntungan mereka dengan mendukung pengendapan fase energi terendah (Nancollas 1982). Biomineral
besi tidak mudah dievaluasi oleh kelas mineral karena mereka memiliki kejadian signifikan seperti oksida,

hidroksida, dan sulfida (Bazylinski dan Moskovitz 1997; Konhauser 1997). Beberapa mineral besi sulfat dan fosfat
juga dilaporkan (Konhauser 1998). Ketika seseorang mempertimbangkan kelimpahan zat besi di biosfer

(khususnya di bumi awal) versus kelarutan yang sangat rendah dari sebagian besar mineral yang mengandung

zat besi, orang mengharapkan keanekaragaman dan kelimpahan ini. Biomineral besi sangat penting karena

mengandung sekitar 40% dari semua mineral yang dibentuk oleh organisme (Lowenstam 1986; Bazylinski

dan Frankel 2003), dan pembentukan magnetit diyakini sebagai sistem biomineralisasi termediasi matriks yang
paling kuno. Dengan demikian, Kirschvink dan Hagadorn (2000) telah menyarankan bahwa biominerals
magnetik, dan mineral besi secara umum, dapat mengandung petunjuk untuk aspek lain dari mineralisasi

terkontrol. Tabel 1 juga mengandung sekelompok mineral "organik". Terlepas dari kontradiksi dalam hal ini, ini

adalah fase kristal yang dibentuk oleh organisme mungkin oleh strategi dasar yang sama yang digunakan

untuk pembentukan mineral "normal". Kami menduga bahwa banyak dari mineral-mineral ini yang masih harus
ditemukan, dan mengeksplorasi fungsi yang mereka lakukan akan sangat menarik. Bahkan DNA diketahui berubah

menjadi fase kristal pada bakteri yang mengalami stres (Minsky et al. 2002). Pengemasan padat kristal

memberikan perlindungan dari kerusakan selama periode dormansi ketika banyak proses metabolisme hampir

mati.
Gambar 2. Butiran dari besi fosfat amorf yang diendapkan di kulit holothurian,

Molpadia. (Mikrograf dari koleksi HA Lowenstam terlambat). Diameter granula

terbesar sekitar 200 mikron.
Tinjauan Umum Proses Biomineralisasi & Efek Vital Masalah 7

Karakter unik mineral yang dibentuk oleh sistem biologis Biominerals memenuhi kriteria untuk menjadi mineral
sejati, tetapi mereka juga dapat memilikilain karakteristikyang membedakannya dari rekan-rekan mereka yang

diproduksi secara anorganik. Sifat yang paling jelas adalah bahwa mineral biogenik memiliki morfologi

eksternal yang tidak biasa. Mungkin kerumitan dan keragaman struktur yang berasal-bio (misalnya, Gambar

3) yang pertama kali menarik orang yang cenderung secara mineral ke dalam bidang biomineralisasi. Sebagai

contoh, kristal tunggal yang indah yang mengekspresikan satu set wajah yang tidak biasa ditemukan dalam magnetit
(lihat Bazylinski dan Frankel 2003). Gambar SEM yang disajikan di seluruh volume ini menangkap imajinasi

dengan mengilustrasikan kemampuan menakjubkan dari Alam untuk menumbuhkan mineral dengan

kompleksitas yang (untuk saat ini) merupakan tugas yang mustahil untuk ditiru oleh manusia! Tersirat dalam

kompleksitas ini adalah kemampuan yang menarik dari organisme untuk memaksakan "kidal" pada morfologi

eksternal biomineral. Contoh yang baik ditemukan darimikroskopis organisme(magnetosom dan coccoliths)
hingga makroskopik (Nautilus). Pertanyaan tentang bagaimana organisme menggunakan molekul untuk

mentransfer informasi kiral ke permukaan kristal dan dengan demikian menginduksi struktur biomineral

asimetris adalah yang sedang berlangsung (misalnya, Addadi dan Weiner 2001; Orme 2001; De Yoreo dan

Vekilov 2003). Hebatnya, regulasi genetika menjalankan “program” mineralisasi terkontrol untuk membentuk

biomineral dengan morfologi yang tidak biasa menggunakan kesetiaan yang hebat berulang kali. Karakteristik
kedua dari biominerals adalah banyak yang sebenarnya merupakan komposit atau aglomerasi kristal yang dipisahkan

oleh bahan organik. Dalam banyak organisme, mereka ada sebagai benda kecil yang didistribusikan dalam

kerangka kompleks kerangka makromolekul seperti kolagen atau kitin (Addadi et al. 2003). Studi difraksi

sinar-X telah menyebabkan penerimaan bahwa biomineral kristalin biasanya adalah kristal tunggal. Tentu saja

ada contohnya, tetapi penelitian dengan resolusi yang lebih tinggi menunjukkan ini tidak selalu terjadi (Wilt
1999). Sebaliknya, beberapa biomineral "kristal tunggal" sebenarnya adalah sebuah mosaik domain yang dibatasi

oleh lapisan organik atau mereka mungkin mengandung oklusi signifikan dari bahan protein (Wilt 2002).
Namun, mereka menunjukkan banyak sifat difraksi yang sama dengan yang dimiliki kristal tunggal (Simkiss

1986). Sebagai biominerals

Gambar 3. Spikula kalsit yang dibentuk olehascidian Bathypera ovoidea.

Panjangnya sekitar 120 mikron. (Mikrograf dari koleksi HA Lowenstam terlambat).
8 Weiner & Dove

menjadi semakin dikarakterisasi, pemahaman yang lebih baik darijangka pendek dan jangka panjang strukturdan

perakitan biomineral dapat mengubah interpretasi kita tentang mekanisme mineralisasi.

KONSEP BIOMINERALISASI Agar nukleasi dan pertumbuhan terjadi, pembentukan

biomineral membutuhkan zona terlokalisasi yang mencapai dan mempertahankan kejenuhan yang cukup. Dalam

sebagian besar sistem biologi, situs pengendapan mineral diisolasi dari lingkungan denganpembatas fisik geometri.

Ukuran aktual dari situs atau volume tersebut terkadang ambigu, tetapi secara umum disepakati bahwa

wilayah ini harus membatasi difusi ke dalam / keluar dari sistem atau menggunakan jenis kompartemen.

Luasnya isolasi ini bisa bersifat pasif dan minimal seperti yang diamati ketika bakteri berkelompok
membentuk zona antar sel yang terbatas difusi. Pada ekstrem yang lain, vesikel intraseluler menciptakan

lingkungan terkotak di mana komposisi dapat diatur secara tepat. Kompartemen ini harus mampu memodifikasi

aktivitas setidaknya satu konstituen biomineral (biasanya kation) serta proton dan mungkin ion lainnya. Setiap

fluks dalam kimia ion harus memenuhi satu kendala: fluida harus mempertahankan electroneutrality. Pasokan

ion (atau penghilangan) terjadi dengan dua cara: Pemompaan aktif yang terkait dengan organel di dekat lokasi

mineralisasi atau gradien difusi pasif. Seperti yang akan diperlihatkan di seluruh volume ini, organisme

menggunakan banyak variasi susunan anatomi untuk memfasilitasi pergerakan ion. Komposisi kimiawi in vivo
cairandi dan berdekatan dengan situs-situsbiomineral formasimemiliki relevansi langsung dengan pemahaman kita

tentang proses mineralisasi dan tingkat konsekuen kontrol yang diberikan oleh organisme pada lingkungan

internal. Kemudian dalam volume ini, kita akan diingatkan bahwa komposisi cairan ini mencerminkan, hingga

derajat yang bervariasi, akar laut organisme dalam sejarah evolusi (misalnya, Knoll 2003). Namun, yang
mengejutkan, sedikit informasi yang telah dipublikasikan mengenai cairan untuk sebagian besar organisme. Tabel 2

membandingkan komposisi zat terlarut utama air laut dan air tawar rata-rata dengan komposisi khas beberapa

cairan biologis. Orang melihat bahwa konstituen utama dalam cairan ekstrapallial moluska laut mencerminkan

salinitas yang lebih tinggi dari lingkungan air asinnya. (Cairan ekstrapallial ditemukan di ruang antara epitel

sekretorik mantel dan permukaan pertumbuhanaragonit nacreous biomineral. Lihat ilustrasi dalam Zaremba et al.
1996). Sebaliknya, cairan ekstrapallial moluska air tawar memiliki konsentrasi zat terlarut jauh lebih tinggi
daripada lingkungan salinitas rendah. Perbandingan kedua organisme tersebut menunjukkan komposisi cairan

yang sangat berbeda, namun keduanya membentuk cangkang aragonitik! Tabel 2 mengingatkan kita bahwa
organisme memiliki cairan dengan kekuatan ionik yang signifikan. Ini berarti bahwa studi mineralisasi harus

membahas larutan kimia dalam hal aktivitas ion, bukan konsentrasi. Penggunaan model koefisien aktivitas secara
hati-hati diperlukan untuk memperkirakan kejenuhan lingkungan pertumbuhan. Sebagai contoh, ion kalsium

dalam plasma darah dengan kekuatan ion fisiologis 0,15 molal (lihat Tabel 2) memiliki koefisien aktivitas

sekitar 0,3, dibandingkan dengan nilai 1,0 dalam larutan encer yang tak terbatas (misalnya, Langmuir 1997).

Dalam cairan salinitas tinggi yang terkait dengan lingkungan laut, koreksi aktivitas menjadi lebih besar (dan

kadang-kadang lebih ambigu). Selain mempengaruhi jenuh, kekuatan ion memediasi muatan molekul prekursor,

sehingga mempengaruhi stabilisasi koloid dan gel amorf (misalnya, Iler 1979; Perry 2003). Investigasi proses
seluler telah menyebabkan wawasan umum mengenaikation konsentrasidalam jaringan organisme yang lebih

tinggi (da Silva dan Williams 1991). Dalam biologi, kalsium sangat dikontrol pada level di kisaran 10−8 hingga

10−6 M, karena
Tinjauan Biomineralization Processes & Vital Effect Problem 9
10 Weiner & Dove

hingga peran utamanya dalam proses pensinyalan dan metabolisme. Demikian pula, ion magnesium bebas dilaporkan

sekitar 10-3 M di seluruh kompartemen kecuali beberapa vesikel. Secara kebetulan, Simkiss (1986) mencatat

peran penting ion magnesium dalam proses mineralisasi karena perannya dalam menstabilkan karbonat dan
pembentukan kristal fosfat. Unsur-unsur lain seperti seng ditemukan pada konsentrasi serendah10−9 dalam

sitoplasma, sedangkan ion bebas memiliki konsentrasi setinggi10−3 M di beberapa vesikel. Sebaliknya, mangan
memiliki konsentrasi sekitar 10−8 M hampir di mana-mana, baik di dalam atau di luar sel, tetapi mungkin << 10−8 M

dalam sel eukariotik.

PROSES DASAR BIOMINERALISASI Proses biomineralisasi dibagi menjadi dua kelompok yang
berbeda secara mendasar berdasarkan tingkat pengendalian biologisnya. Lowenstam (1981) memperkenalkan

ini sebagai "diinduksi secara biologis" dan "dimediasi matriks organik," dengan yang terakhir

digeneralisasikan oleh Mann (1983) untuk mineralisasi "dikendalikan secara biologis". Menyadari bahwaterperinci

prosesdari biomineralisasi dalam konvensi ini sangat beragam seperti organisme itu sendiri, bagian ini

menguraikan strategi mineralisasi dasar untuk membantu pembaca menempatkan informasi yang disajikan

dalam bab-bab berikutnya ke dalam kerangka kerja mekanistik. Kami menekankan "lokasi, lokasi" untuk

menunjukkan: 1) bagaimana / di mana konstituen biomineral dapat terkonsentrasi sebagai ion atau fase padat;

2) jenis translokasi yang dapat terjadi; dan 3) tempat peristirahatan dan transformasi produk akhir. Dengan
menggunakan pendekatan ini, kita dapat lebih jauh mendefinisikan derajat variabel kontrol biologis. Ini adalah

sifat spesifik dan tingkat kontrol yang penting untuk memahami sejauh mana kontrol biologis dari komposisi

unsur biomineral. Demikian juga, mekanisme transportasi dan lingkungan hidrasi juga pasti mempengaruhi

kimia elemen minor. Ini adalah akar dari penguraian efek vital.
Mineralisasi yang diinduksi secara biologis . Curah hujan mineral sekunder yang terjadi sebagai akibat interaksi

antara aktivitas biologis dan lingkungan disebut mineralisasi "yang diinduksi secara biologis". Dalam situasi

ini, permukaan sel sering bertindak sebagai agen penyebab untuk nukleasi dan pertumbuhan mineral

selanjutnya. Sistem biologis memiliki sedikit kontrol atas jenis dan kebiasaan mineral yang disimpan,

meskipun proses metabolisme yang digunakan oleh organisme dalam lingkungan redoks khususnya memediasi
pH, pCO2 dan komposisi produk sekresi (misalnya, McConnaughey 1989a; Fortin et al. 1997 ; Tebo et al.

1997; Frankel dan Bazylinski dan Frankel 2003). Kondisi kimia ini mendukung jenis mineral tertentu secara

tidak langsung (Gambar 4). Dalam beberapa kasus, permukaan biologis penting dalam tahap induksi karena

nukleasi sering terjadi secara langsung pada dinding sel, dan biomineral yang dihasilkan dapat tetap melekat

dengan kuat. Di perairan terbuka,episeluler ini mineralisasidapat menyebabkan percepatan begitu sempurna
sehingga gravitasi mengatasi daya apung, dan mereka mengendap melalui kolom air. Catatan sedimen

membuktikan terjadinya fenomena ini secara luas (misalnya, Knoll 2003; Van Cappellen 2003). Heterogenitas
adalah ciri khas dari mineral yang diinduksi secara biologis. Frankel dan Bazylinski (2003) menunjukkan bahwa

komposisi mineral yang dihasilkan dari proses yang diinduksi sangat bervariasi seperti lingkungan tempat

mereka terbentuk. Heterogenitas ini meliputi variabel morfologi eksternal (biasanya tidak terdefinisi dengan baik),
 kadar air, jejak / komposisi elemen minor, struktur dan ukuran partikel. Karena karakteristik ini juga

melambangkan mineral yang diendapkan secara anorganik, interpretasi yang tidak ambigu dari endapan dan

catatan batuan terus membingungkan interpretasi lingkungan bumi.

Mineralisasi yang dikontrol secara biologismineralisasi

Dalam"yang dikontrol secara biologis", organisme menggunakan aktivitas seluler untuk 2, dan produk sekresi. Sel
adalah agen penyebab saja,

mengarahkan nukleasi, pertumbuhan, morfologi dan lokasi akhir dari mineral yang disimpan. Sementara tingkat kontrol

bervariasi antar spesies, hampir semua proses mineralisasi terkontrol terjadi di lingkungan yang terisolasi. Hasilnya

bisa sangat canggih, produk spesifik spesies yang memberikan organisme fungsi biologis khusus. Proses mineralisasi
yang dikontrol secara biologis dapat digambarkan sebagai terjadi ekstra, antar atau intraseluler. Perbedaan ini merujuk

pada lokasi situs mineralisasi dengan merujuk ke sel yang bertanggung jawab untuk mineralisasi. Namun, tidak

semua proses mineralisasi dapat diklasifikasikan dengan cara sederhana ini. Dalam beberapa kasus, pembentukan

mineral dimulai di dalam sel dan kemudian berlanjut di luar sel. Mengidentifikasi apa yang pada intinya, anggota

akhir setidaknya membantu kita memahami keseluruhan kompleksitas.kami Karena ituakan membahas biomineralisasi
ekstra-, antar- dan intraseluler secara terpisah.
Mineralisasi ekstraseluler yang dikendalikan secara biologis. Dalam mineralisasi ekstraseluler, sel menghasilkan matriks

makromolekul di luar sel di area yang akan menjadi situs mineralisasi. Matriks istilah mengacu pada sekelompok

makromolekul yang terdiri dari protein, polisakarida atau glikoprotein yang berkumpul untuk membentuk kerangka

tiga dimensi. Komposisi matriks unik karena banyak proteinnya mengandung proporsi asam amino asam yang tinggi
(terutama aspartat) dan gugus terfosforilasi (Veis dan Perry 1967; Weiner 1979; Weiner et al. 1983a, b; Swift dan

Wheeler 1992). Struktur dan komposisi kerangka organik ini diprogram secara genetik untuk melakukan fungsi

pengaturan dan / atau pengorganisasian penting yang akan menghasilkan pembentukan biomineral komposit.
12 Weiner & Dove

Ada dua cara yang digunakan sel untuk mentransfer konstituen ke matriks. Pada yang pertama, sel dapat secara aktif

memompa kation melalui membran dan ke daerah sekitarnya (misalnya, Simkiss 1986). Setelah keluar dari

sel, tingkat supersaturasi fluida terbentuk dan dipertahankan oleh difusi ion pada jarak yang relatif besar ke

matriks organik (Gambar 5a). Dalam pendekatan kedua, kation dapat terkonsentrasi di dalam sel menjadi

vesikel yang diisi kation, diekspor melalui membran dan kemudian dipecah oleh senyawa prekursor pada matriks
organik (Gambar 5b). Mekanisme yang terakhir digunakan untuk mineralisasi tulang rawan di lempeng

pertumbuhan epifisis (Ali 1983). Hal ini juga mungkin digunakan oleh larva landak laut untuk

memperkenalkan kalsium karbonat amorf ke dalam vesikel pembentuk spikula, di mana ia kemudian

mengkristal menjadi kalsit (Beniash et al. 1999). Pergerakan anion biasanya merupakan hasil dari difusi pasif
dalam menanggapi kebutuhan electroneutrality dan pada akhirnya didorong oleh gradien pH yang dibuat

selama transportasi kation (Simkiss 1976; McConnaughey 1989b). Dalam kedua pendekatan, sel bekerja secara aktif
untuk memasok kation ke matriks organik eksternal untuk nukleasi dan pertumbuhan "di tempat". Ini

dibedakan dari nukleasi episeluler dan pertumbuhan yang terjadi selama mineralisasi yang diinduksi secara

biologis. Hampir semua struktur yang terbentuk oleh proses ekstraseluler berkembang berdasarkanterbentuk matriks

yangdari produk sekretori jaringan epitel multiseluler. Watabe dan Kingsley (1989) mengemukakan bahwa
jaringan-jaringan ini memiliki signifikansi tambahan sebagai luas.
 Gambar 5. Ilustrasi mineralisasi ekstraseluler yang dikendalikan secara biologis
menunjukkan bahwa proses ini dibedakan oleh nukleasi di luar sel. a.) Kation dipompa
melintasi membran sel dan bergerak dengan difusi pasif melaluiekstraseluler cairanke
lokasi mineralisasi. b.) Kation dipekatkan secara intraseluler sebagai ion berair ke dalam
vesikel yang kemudian disekresikan. Rincian kompartemen di situs mineralisasi
melepaskan kation untuk pembentukan biomineral.
Gambaran Umum Proses Biomineralisasi & Efek Vital Soal 13

yang memfasilitasi pembentukan kerangka masif. Contoh-contoh organisme yang

diyakini melakukan mineralisasi terutama melalui proses-proses yang dikontrol secara
biologis ekstraseluler termasuk tes eksternal foraminifera tertentu (Towe dan Cifelli
1967; Zeebe dan Sanyal 2002; Erez 2003), cephalopod statoliths (Bettencourt dan Guerra
2000), cangkang moluska (Gregoire et al) 1955; Crenshaw 1980; Weiner dan Traub
1980, 1984; Falini dkk. 1996; Pereira-Mouries dkk. 2002; Weiss dkk. 2002; Gotliv dkk.
2003); exoskeleton bryozoans (Rucker dan Carver 1969), karang scleractinian (Constantz
1986; Constantz dan Meike 1989), tulang dan gigi (misalnya, diskusi di Lowenstam dan
Weiner 1989; Veis 2003). Untuk memahami mekanisme mineralisasi, seseorang harus
memiliki pengetahuan mengenai struktur komponen matriks organik dan seluruh
kerangka kerja. Salah satu matriks yang paling diselidiki secara menyeluruh dalam hal ini
adalah lapisan nacreous shell moluska. X-ray dan difraksi elektron mengungkapkan
bahwa komponen yang paling teratur adalah β-kitin, dan komponen yang paling
melimpah adalah sutra fibroin, tetapi menunjukkan sedikit bukti keteraturan berdasarkan
difraksi (Weiner dan Traub 1984). Juga telah ditunjukkan bahwa ada hubungan spasial
yang didefinisikan dengan baik antara kitin dari kerangka kerja dan mineral aragonit yang
terkait. Ini menyiratkan bahwa mekanisme nukleasi kemungkinan besar adalah epitaxial
(Weiner dan Traub 1984). Komponen asam memberikan aktivitas kimia dan struktur
templat yang mengarahkan proses mineralisasi yang dihasilkan. Tidak banyak yang
diketahui tentang struktur sekundernya. Protein matriks asam moluska diperkirakan
terutama mengadopsi struktur β-sheet (Worms and Weiner 1986). Informasi struktural
yang lebih baru tentang lapisan nacreous meningkatkan kemungkinan menarik bahwa
komponen serat sutra dari matriks adalah gel (Levi-Kalisman et al. 2001) (Gambar 6) dan
bahwa itu tidak membentuk lapisan di kedua sisi chitin, seperti yang dikemukakan oleh
Weiner dan Traub (1984). Beberapa protein matriks cangkang moluska telah diurutkan.
Sebagian besar telah dimurnikan dengan elektroforesis
gel dan tidak sangat asam.
Ini berbeda dengan komposisi asam amino keseluruhan dari komponen yang larut
dalam matriks. Dikotomi ini mungkin disebabkan oleh fakta bahwa hanya dengan
fiksasi protein yang masif dan cepat dalam gel setelah pemisahan dengan elektroforesis
protein protein yang sangat asam dapat divisualisasikan (Gotliv et al. 2003). Satu-
satunya protein yang sangat asam yang telah diurutkan dari cangkang moluska
memiliki struktur seperti domain yang menarik yang berulang berkali-kali (Sarashina
dan Endo 1998). Akan sangat menarik untuk menemukan fungsinya. Menentukan
fungsi protein matriks adalah hambatan nyata dalam memahami mineralisasi matriks
ekstraseluler. Beberapa tes digunakan untuk menunjukkan kemampuan protein untuk
memodulasi nukleasi mineral dan pertumbuhan dalam berbagai cara (Wheeler et al.
1981; Belcher et al. 1996). Salah satu yang direproduksi dan cukup spesifik
dikembangkan oleh Falini et al. (1996). Ini menguji nukleasi spesifik aragonit. Ini telah
digunakan untuk menunjukkan bahwa dalam matriks lapisan nacreous moluska,
beberapa protein memang mampu secara khusus nukleasi aragonit (Gotliv et al. 2003).
Menariknya, dalam pengujian in vitro ini, aragonit berinti melalui fase kalsium
karbonat amorf sementara (ACC) yang juga tidak mengandung molekul air yang terkait
erat. Telah ditunjukkan bahwa larva moluska juga memproduksi cangkangnya melalui
fase transien ACC (Weiss et al. 2002). Mineralisasi antar sel yang dikendalikan secara
biologis. Jenis mineralisasi ini tidak tersebar luas. Ini biasanya terjadi pada organisme
bersel tunggal yang ada sebagai komunitas. Sekilas, pembentukan mineral antar sel
tampaknya menjadi varian dari mineralisasi ekstraseluler. Dalam kasus ini,
bagaimanapun, epidermis dari organisme individu berfungsi sebagai cara utama
mengisolasi situs mineralisasi (Mann 2001). Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 7,
substrat epitel direproduksi mengarahkan nukleasi dan pertumbuhan fase biomineral
spesifik pada area permukaan sel yang luas. Mineralisasi antar sel dapat menjadi begitu
luas sehingga dapat mengisi ruang interselular sepenuhnya, sehingga membentuk suatu
jenis exoskeleton. Pada pandangan pertama, ini mungkin tampak seperti jenis
mineralisasi yang diinduksi secara biologis, tetapi penelitian telah menunjukkan bahwa
epidermis organisme individu mengarahkan polimorf dan bentuk biomineral yang
terbentuk. Sebuah contoh ditemukan dalam ganggang berkapur yang berinti dan
menumbuhkan kalsit dengan orientasi sumbu-c yang tegak lurus terhadap permukaan
sel (Borowitzka et al. 1974; Borowitzka 1982). Mineralisasi intraseluler yang
dikendalikan secara biologis. Mineralisasi yang terkontrol juga dapat terjadi juga di
dalam vesikel khusus atau vakuola yang mengarahkan nukleasi biomineral di dalam
sel. Ini adalah strategi yang tersebar luas. Lingkungan kristalisasi yang terkotak ini
mengatur komposisi dan morfologi biomineral yang dihasilkan. Dalam situasi ini, sel
memiliki tingkat kontrol yang tinggi terhadap konsentrasi kation dan konstituen
biomineral anion di lingkungan di mana matriks organik juga dapat aktif sebagai
template nukleasi. Membran kompartemen juga mengatur pH, pCO2 dan — setidaknya
sampai taraf tertentu — komposisi unsur kecil dan jejak. Memang, struktur mineral
yang berkembang dari proses intraseluler sering menunjukkan morfologi spesifik
spesies yang sangat rumit. Skema pada Gambar 8 menunjukkan bahwa penunjukan
"mineralisasi intraseluler"
 Figure 8. Schematics of biologically controlled intracellular mineralization shows that nucleation occurs within the cell in a specialized
vesicle. a.) Biomineral is nucleated (1) within a compartment in the intracellular environment. These growth units may be assembled
intracellularly (2) for subsequent secretion (3a) or secreted as an individual unit (3b) for subsequent organization into a higher order growth
structures as a massive or organic-mineral composite. b.) In a less frequently used type of mineralization, the biomineral unit remains

within the cell (1) as a single growth unit or is organized intracellularly (2) into a higher order structure.
16 Weiner & Dove

adalah konsep luas yang mencakup sejumlah nasib untuk endapan berbasis kompartemen awal. Gambar 8a
menggambarkan skenario umum di mana biomineral terbentuk secara intraseluler sebelum akhirnya menjadi
ekstraseluler. Struktur-struktur ini dapat meninggalkan sel sebagai unit-unit individual
atau dipasangkan sebelum ekstrusi melalui membran. Contoh yang terakhir digunakan
oleh alga Haptophyte. Organisme ini merakit segmen kristal tunggal kalsit secara
intraseluler menjadi struktur coccolith sebelum melewati selubung dewasa melalui
membran sel. Biomineral diangkut melalui membran sel dengan dua cara umum.
Pertama, vesikel atau vakuola dapat bermigrasi ke membran di mana biomineral dewasa
sebagai individu atau struktur pra-rakitan diekstrusi oleh eksositosis. Dalam proses
alternatif, membran kompartemen menyatu dengan membran plasma, dan biomineral
"prematur" terekspos melalui pelanggaran membran (Watabe dan Kingsley 1989). Nasib
spesifik spesies menunggu kristal yang dikeluarkan di lingkungan ekstraseluler (Gambar
8a). Dalam penggunaan yang relatif mudah, biomineral dapat segera digunakan tanpa
pertumbuhan atau modifikasi lebih lanjut. Sebagai contoh, struktur coccolith dewasa
yang diekstrusi oleh alga Haptophyte segera digunakan untuk menutup sel (Brownlee et
al. 1994; de Vrind-de Jong et al. 1994; de Vrind-de Jong dan de Vrind 1997; Young dan
Henriksen 2003) . Demikian pula, ganggang mineralisasi silika memiliki vesikel yang
muncul untuk membentuk silika amorf menjadi skala pra-fabrikasi sebelum rilis (Watabe
dan Kingsley 1989). Pelepasan biomineral vesikular juga dapat menandai awal dari
proses perakitan sekunder di mana biomineral berinteraksi dengan matriks organik
ekstraseluler (Gambar 8a) untuk menjadi struktur ekstraseluler yang teratur. Beberapa
bentuk foraminifera miliolid terdiri dari kumpulan kristal berorientasi. Setiap kristal
diselimuti oleh bahan organik, kemudian bundel dilewatkan melalui membran sel secara
eksositosis. Miliolid lainnya mengkristal bahan-bahan kristal dan matriks yang telah
dibentuk sebelumnya ke permukaan ekstraseluler untuk membentuk struktur dinding
yang dikemas secara longgar dalam proses "tumpukan batu bata" (misalnya, Berthold
1976; Hemleben, et al. 1986). Echinodermata mungkin merupakan pengeksploitasi yang
paling mengejutkan dari strategi intraseluler untuk membentuk produk mineralisasi besar,
beberapa di antaranya panjangnya beberapa sentimeter. Ini terbentuk di dalam vesikel
yang merupakan produk dari banyak sel yang memadukan membran mereka. Mineral
terkena lingkungan hanya jika dan ketika membran terdegradasi (Markel 1986).
Meskipun struktur khusus larva landak laut dimulai sebagai kalsium karbonat amorf,
produk akhir biasanya berupa kristal tunggal. Biominerals ini sering mengekspresikan
orientasi kristalografi yang disukai dan memiliki permukaan melengkung yang halus
(Beniash et al. 1997; Beniash 1999; Wilt 2002). Tidak semua struktur mineral asal
intraseluler menjadi ekstraseluler. Gambar 8b menunjukkan bahwa vesikel yang
mengandung biomineral dapat terbentuk secara intraseluler dan selanjutnya tinggal di
dalam sel. Meskipun proses mineralisasi ini tidak banyak digunakan oleh banyak filum,
bagi beberapa organisme, ini adalah strategi yang unik dan penting. Mungkin contoh
terbaik diperlihatkan oleh bakteri penghasil magnetosom. Struktur-struktur ini adalah
kristal magnetit atau greigite yang terikat membran, euhedral yang berkumpul melalui
medan magnetnya untuk menghasilkan "rantai" biomineral (Bazylinski 1996; Schüler dan
Frankel 1999; Bazylinski dan Frankel 2003). Mineralisasi intraseluler juga ditemukan
pada radiolaria. Organisme ini membentuk spikula silika dalam ekstensi sitoplasma
melalui banyak vesikel kecil yang mengalir ke kompartemen sitoplasma (Simpson dan
Volcani 1981; Simkiss 1986). Tumbuhan juga menggunakan proses mineralisasi
intraseluler untuk menyimpan kalsium sebagai kristal oksalat (Raven et al. 1982; Webb
1999; Skinner dan Jahren 2003). Gambar 9 mengilustrasikan contoh kristal-kristal
kalsium oksalat monohidrat (whewellite) berbentuk luar biasa yang diproduksi oleh
pabrik Psychotria.

Tinjauan Umum Proses Biomineralisasi & Masalah Efek Vital 17

Dinding, atau frustrules, diatom juga merupakan hasil dari mineralisasi intraseluler. Menggunakan kombinasi dua
proses intraseluler, diatom pertama-tama mempolimerisasi silika menjadi vesikel khusus pada matriks organik
polipeptida (Swift dan Wheeler 1991, 1992; Kroger et al. 1999, 2002). Silika kemudian dipindahkan ke permukaan
bagian dalam membran sel untuk membentuk kerangka intraseluler (Garrone et al. 1981). Kontrol matriks pada pola
frustrasi dibahas di tempat lain (Noll et al. 2002; Pohnert 2002; Sumper 2002; Vrieling et al. 2002). Untuk detail lebih
lanjut, lihat Perry (2003).
Komentar tentang proses biomineralisasi Kerangka proses yang diuraikan di atas berguna
untuk mewakili anggota akhir, tetapi kita harus menyadari bahwa ketika kita memeriksa
evolusi dan biokimia proses mineralisasi dalam volume ini, representasi sederhana ini
akan dikembangkan dalam hampir berbagai strategi yang berbeda. dengan kompleksitas
yang cukup besar. Bagian dari kompleksitas ini terletak pada bagaimana organisme
mengendalikan lingkungan lokal mereka untuk membuat kelompok mineral yang berbeda
secara morfologis dan fungsional melalui perubahan dalam kimia lokal dan berbagai
strategi pembentukan. Namun, pertanyaan tambahan untuk para ilmuwan bumi
melibatkan bagaimana proses mineralisasi biologis menentukan tanda tangan komposisi
yang terkandung dalam mineral biogenik. Dengan meningkatnya ketergantungan pada
proksi komposisi sebagai indikator kondisi lingkungan masa lalu, ini adalah masalah
yang perlu ditangani. Ini dibahas dalam beberapa detail di bawah ini.

EFEK VITAL Pelestarian mineral biogenik dalam catatan fosil menawarkan peluang luar
biasa untuk merekonstruksi lingkungan purba tempat organisme hidup, dan juga untuk
mempelajari lebih lanjut tentang evolusi metabolisme dan fisiologi mereka (diulas pada
Bab 11 dari Lowenstam dan Weiner 1989). Apa yang sebenarnya bisa dipelajari, juga
tergantung pada seberapa banyak kita memahami tentang proses biomineralisasi

Gambar 9. Kristal kalsium oksalat monohidrat (whewellite) yang diproduksi oleh

tanaman Psychotria. Skala bar 10 mikron. (Dari koleksi almarhum HA Lowenstam).

18 Weiner & Dove

terlibat dalam pembentukan kerangka dan kondisi pelestarian bahan fosil yang dianalisis.
Banyak perhatian telah diberikan kepada yang terakhir ketika datang ke fosil diekstraksi
dari strata sekarang di benua itu, tetapi mengejutkan sedikit perhatian tampaknya
dibayarkan kepada negara-negara pelestarian cangkang organisme laut di sedimen laut
dalam. Namun, kami akan fokus pada banyak pertanyaan terbuka yang menyangkut
sinyal yang tertanam dalam mineral biogenik dan khususnya pertanyaan yang terkait
dengan proses biologis yang mengesampingkan sinyal lingkungan — yang disebut
sebagai efek vital (Urey et al. 1951). Penggunaan kuantitatif pertama dari mineral
biogenik untuk mengekstraksi informasi tentang lingkungan formasi adalah demonstrasi
bahwa komposisi isotop oksigen stabil dari beberapa taksa (terutama moluska)
mencerminkan sebagian suhu air di mana moluska hidup (Urey et al. 1951). Epstein et al.
(1951) mencatat bahwa tidak semua mineral biogenik diendapkan dalam kesetimbangan
isotop dan bahwa “adanya efek fisiologis dalam kasus kelompok hewan tertentu seperti
echinodermata dan karang, dan tanaman seperti alga korallin, tampaknya memungkinkan.
.... "(hlm. 424). Apa yang disebut "efek fisiologis" ini pada waktunya kemudian disebut
oleh komunitas geokimia sebagai "efek vital." Lebih jauh lagi, karena sebagian besar ahli
geokimia menyelidiki bahan biogenik untuk merekonstruksi lingkungan paleoen dimana
hewan hidup, efek vital, seperti pos - efek diagenetik penguburan, merupakan penghalang
yang parah untuk tujuan mereka. Hingga hari ini, pendekatan yang paling umum
digunakan untuk menyelesaikan masalah adalah mengidentifikasi taksa yang dengan setia
mencatat parameter lingkungan sambil menghindari yang lain. Pendekatan empiris ini
memiliki keuntungan yang jelas bahwa sementara seseorang menggunakan organisme
yang tampaknya "dapat diandalkan" ini, tidak perlu khawatir tentang organisme lain
dengan komplikasinya yang terkait. Masalahnya adalah bahwa tanpa adanya pemahaman
mendalam tentang efek vital, hampir tidak mungkin untuk mengetahui kapan rekaman itu
benar-benar setia, terutama ketika membedakan antara efek ekuilibrium dan non-
ekuilibrium yang kecil. Masalah ini telah menjadi akut dalam dekade terakhir dengan
kesadaran bahwa iklim sedang berubah dan bahwa salah satu cara kami yang paling
menjanjikan untuk menilai signifikansi perubahan ini adalah untuk memahami detail
halus dari perubahan iklim masa lalu. Oleh karena itu, memahami efek vital sangat
penting saat ini. Pada titik ini, kami tidak memiliki jawaban, dan teliti buku ini
menggambarkan keadaan terkini dalam bidang biomineralisasi mungkin tidak akan
memberikan banyak jawaban. Ini bukan karena masalah pokoknya terlalu sulit untuk
diselesaikan, tetapi karena minat sebagian besar ilmuwan yang menyelidiki bidang
biomineralisasi ada di tempat lain. Sangat sedikit anggota komunitas geokimia yang
menjadikan ini sebagai minat utama mereka, tetapi mereka yang telah memberikan
kontribusi yang sangat signifikan (misalnya, Erez 1978; McConnaughey 1989). Namun,
upaya yang jauh lebih terpadu diperlukan.

Dua kategori dasar efek vital Efek kinetik. McCrea (1950) meneliti efek disekuilibrium
dalam sistem in vitro di mana kalsium karbonat diendapkan dalam berbagai kondisi.
Penyimpangan terbesar dari keseimbangan ditemukan ketika endapan terbentuk dengan
cepat pada suhu di bawah 15oC atau di atas 60oC. Epstein et al. (1953) mengidentifikasi
masalah potensial ini dalam kalsium karbonat biogenik ketika mereka mencatat bahwa
kalsium karbonat diendapkan oleh abalon, dalam upaya untuk mengisi lubang yang telah
dibor dalam cangkang mereka, tidak dalam kesetimbangan isotop oksigen dengan air di
mana abalon tersebut hidup (lihat juga Epstein dan Lowenstam 1954). Meskipun efeknya
kecil, itu jelas dapat diidentifikasi. Mereka mengaitkannya dengan kecepatan bahan itu
diletakkan. Sejak saat itu banyak pengamatan berbeda dari beragam organisme telah
dilaporkan di mana mineral yang diletakkan dengan cepat tampaknya keluar dari
kesetimbangan isotop (Weber dan Woodhead 1970; Land et al. 1975; Erez 1978;
McConnaughey 1989a; Ziveri et al. 2003).

Tinjauan Umum Proses Biomineralisasi & Masalah Efek Vital 19

Mekanisme yang bertanggung jawab untuk ini mungkin karena berbagai kinetika dari
tahap penyerapan, transportasi dan / atau deposisi pembentukan mineral. Jelas
masalahnya kompleks. Efek taksonomi. Urey et al. (1951) juga mengakui bahwa filum
tertentu mungkin tidak menyimpan bahan kerangka mereka dalam kesetimbangan isotop
dengan lingkungan, dan dalam beberapa tahun itu jelas menunjukkan bahwa beberapa
filum sepenuhnya mengontrol komposisi isotop mereka (Craig 1953), serta Mg dan Sr
mereka. isi kerangka (Chave 1954; Blackmon dan Todd 1959; Lowenstam 1963).
Mungkin contoh terbaik adalah Echinodermata (Weber dan Raup 1966), meskipun telah
dicatat dalam echinodermata serta taksa lainnya yang ditumpangkan pada efek vital
adalah variasi yang mencerminkan perubahan lingkungan (Weber dan Raup 1966). Pada
saat yang sama, filum lain dinyatakan sebagai penyetimbang kesetimbangan dan
karenanya berguna untuk rekonstruksi paleoenvironmental. Ini terutama moluska,
brakiopoda, dan foraminifera planktonik. Kemudian telah ditemukan dalam filum ini
juga, bahwa situasinya lebih rumit, dengan beberapa anggota filum menjadi perekam
yang setia, dan yang lainnya tidak (Duplessey et al. 1970; Carpenter dan Lohmann 1995;
Letizia et al. 1997). Dengan demikian konsep spesies baik dan buruk diperkenalkan.
Namun, penunjukan ini hanya berlaku untuk proksi yang diberikan. Banyak moluska laut
dan foraminifera planktonik menyimpan cangkang mereka dalam kesetimbangan isotop
dengan lingkungan (Epstein et al. 1953; Erez dan Luz 1983), tetapi sebagian besar tidak
memiliki kandungan Sr atau Mg yang berada dalam kesetimbangan dengan air
lingkungan tempat mereka hidup ( Elderfield et al. 1996). Karena itu mekanisme yang
terlibat jelas berbeda untuk properti shell yang berbeda, dan memperoleh pemahaman
mendalam tentang fenomena rumit ini sama sekali tidak sederhana. Bahkan pada saat ini,
pertanyaan kunci yang harus diatasi adalah mungkin bagaimana keseimbangan diperoleh,
daripada bagaimana non-keseimbangan diperoleh? Yang terakhir adalah aturan, dan yang
pertama adalah pengecualian dari aturan.

Keseimbangan dengan lingkungan — teka-teki nyata Telah banyak dicatat bahwa di

hampir semua organisme yang mengendalikan pembentukan mineral, dan moluska tidak
terkecuali, proses mineralisasi berlangsung dalam kompartemen terisolasi di dalam sel
atau di antara sel (Lowenstam dan Weiner 1989; Simkiss dan Wilbur 1989). Selain itu,
semua sel yang berbeda yang bertanggung jawab untuk mineralisasi harus mengangkut
bahan mentah ke lokasi pengendapan, yang mungkin jauh dari sumber utama ion, yaitu
lingkungan. Seringkali ion disimpan sementara di vesikel terikat-membran dan kemudian
dilarutkan kembali. Dari perspektif ini, tidak mengherankan bahwa keseimbangan
sebenarnya dapat dipertahankan antara cangkang dan lingkungan. Jika kita dapat
memahami bagaimana hal ini dicapai, kita mungkin akan lebih memahami alasan
ketidakseimbangan. Pada bagian ini, kami akan mencoba untuk menganalisis masalah ini,
lebih fokus pada pembentukan fase mineral itu sendiri daripada pada proses penyerapan,
transportasi dan penyimpanan sementara. Lihat Erez (2003) untuk perincian tentang
aspek-aspek penting ini, serta untuk diskusi tentang efek vital dalam konteks ini. Selama
dua dekade terakhir, masalahnya menjadi semakin menarik karena semakin banyak sifat
mineral biogenik yang digunakan sebagai proksi untuk berbagai aspek lingkungan
paleoen. Pada 1950-an, pekerjaan perintis dilakukan pada komposisi isotop oksigen dan
karbon stabil, dan segera setelah itu variasi unsur-unsur kecil (terutama kandungan
strontium dan magnesium) juga diukur (Chave 1954; Lowenstam 1964). Saat ini, lebih
dari 10 proksi dikenal untuk mineral biogenik yang dimaksudkan untuk memantau
berbagai parameter lingkungan selain suhu. Setiap proxy mungkin memiliki kisah efek
vitalnya sendiri. Kami akan mendekati subjek dengan membahas aspek-aspek proses
biomineralisasi sehubungan dengan kemungkinan mekanisme efek vital untuk proxy
yang berbeda.

20 Weiner & Dove

Karbonat anhidrase. Enzim ini pada dasarnya mengkatalisasi hidrasi dan dehidrasi CO2
(aq), yang tanpa adanya enzim merupakan reaksi yang agak lambat (Simkiss dan Wilbur
1989). Jika hadir di lokasi pengendapan dan bekerja secara efisien, seharusnya tidak
hanya mengatasi hidrasi lambat dari CO2 berair, tetapi juga menghilangkan fraksinasi
isotop kinetik setidaknya terkait dengan oksigen (McConnaughey 1989a). Karbonat
anhidrase didistribusikan secara luas (misalnya, ia hadir di karang; Ip et al. 1991) dan di
kelenjar yang bertanggung jawab untuk pembentukan kulit telur pada burung (Gay dan
Mueller 1973). Diketahui secara tidak langsung untuk terlibat dalam mineralisasi sebagai
penghambat enzim untuk mengurangi laju mineralisasi (Goreau 1959). Telah
diidentifikasi dalam membran vola pembentuk spikula di gorgonian, Leptogorgia
(Kingsley dan Watabe 1987). Bahkan, bentuk khusus karbonat anhidrase telah
diidentifikasi sebagai komponen matriks dalam cangkang moluska (Miyamoto et al.
1996). Bentuk ini khusus dalam arti bahwa urutan karbonat anhidrase disambungkan
menjadi protein matriks kulit. Jadi enzim ini benar-benar ada di lokasi pembentukan
mineral dalam moluska. Apakah ini rahasia pengendapan kesetimbangan isotop oksigen
dalam cangkang moluska?

Media tempat mineral terbentuk (lihat juga Erez 2003). Ada sedikit informasi tentang
kimia media dari mana mineral terbentuk di lingkungan biologis. Beberapa studi yang
melibatkan moluska menganalisis cairan antara organ yang membentuk cangkang
(mantel) dan cangkang itu sendiri dan menunjukkan bahwa ia memiliki komposisi kimia
yang dekat dengan air laut (Crenshaw 1972). Tidak jelas, bagaimanapun, apakah cairan
ekstrapallial ini benar-benar merupakan media dari mana mineral terbentuk. Ada
banyak bukti tidak langsung berdasarkan analisis unsur-unsur jejak dalam mineral
biogenik yang mengandung karbonat bahwa komposisi medium dari mana bentuk
mineral umumnya tidak mencerminkan komposisi air laut. Sebuah survei isi Mg dan Sr
dalam cangkang moluska menunjukkan bahwa anggota hampir semua 5 kelas utama
mengontrol jumlah kedua elemen yang masuk ke cangkang (misalnya, Tabel 2). Hanya
chitons yang memiliki kandungan Mg dan Sr yang sesuai dengan pengendapan
kesetimbangan dari air laut (Lowenstam 1963). Baru-baru ini, Cohen et al. (2002)
mengusulkan bahwa terumbu karang mengubah komposisi medium selama siklus diurnal.
Pada malam hari, cairan ini memiliki komposisi yang kira-kira air laut tetapi menjadi
sangat tidak seimbang pada siang hari ketika fotosintesis symbiont aktif (lihat Cohen dan
McConnaughey 2003). Selalu diasumsikan secara diam-diam bahwa deposisi mineral
harus terjadi dari larutan jenuh. Pasti jenuh, meskipun bisa dibayangkan bahwa strategi
untuk mengendalikan pengendapan mineral di lokasi yang tepat mungkin untuk
melokalisasi saturasi hanya di lokasi itu, dan mempertahankan kondisi di bawah-jenuh di
tempat lain. Namun, tidak ada bukti untuk ini. Faktanya, penelitian terbaru menunjukkan
hal yang sebaliknya; tidak ada solusi yang darinya mineral terbentuk! Sebuah studi cryo-
TEM dari spicule pembentuk larva landak laut menunjukkan bahwa membran vesikel
tempat spicule tumbuh disandingkan dengan spicule pembentuk. Dengan demikian ada
sedikit atau tidak ada ruang untuk fase cair (Beniash et al. 1999). Alternatifnya adalah
bahwa mineral kristalin terbentuk dari fase prekursor amorf sementara, dan setidaknya
pada larva echinodermata, yang terakhir nampak terbentuk dalam vesikel di dalam sel
yang berdekatan dengan lokasi pembentukan spikula (Beniash et al. 1999). Vesikula
mungkin mentransfer konten mineral mereka sebagai fase padat koloid ke situs di mana
bentuk spikula. Meskipun ini sama sekali tidak terbukti sebagai strategi umum dalam
biologi, implikasi yang mungkin muncul untuk memahami efek vital bisa menjadi yang
paling signifikan.

Fase prekursor mineral transien. Telah ditunjukkan bahwa larva moluska dan echinodermata masing-masing

membentuk cangkang aragonitik dan spikula kalsitnya, melalui fase prekursor amorf kalsium karbonat (ACC)

transien (Beniash et al. 1997; Weiss et al. 2002; Addadi et al. 2003) . Belum dibuktikan bahwa orang dewasa

juga membentuk kerangka mereka dengan cara ini. Perhatikan bahwa filum ini berada pada dua yang sangat

berbeda

Tinjauan Umum Proses Biomineralisasi & Masalah Efek Vital 21

cabang-cabang pohon filogenetik hewan, dan, karena keduanya telah memilih strategi yang sama, fenomena

ini mungkin tersebar luas. Dengan demikian, meskipun terlalu dini untuk menerapkan strategi ini sebagai

faktor penting dalam menjelaskan efek penting, ada baiknya memeriksa secara singkat. Pembentukan ACC

terjadi dari solusi yang sangat jenuh. Ini hanya dapat dicapai jika aditif hadir yang mencegah pengendapan

fase kristal. Salah satu aditif tersebut adalah Mg, dan konsentrasi yang diperlukan untuk membentuk ACC
 mirip dengan yang ditemukan di air laut (Raz et al. 2000). Juga telah ditunjukkan bahwa protein tertentu

mampu menginduksi pembentukan dan stabilisasi ACC tanpa adanya Mg, yang sebaliknya hampir secara

instan berubah menjadi kristal polimorf (Aizenberg et al. 1996). Jadi setidaknya dalam cangkang larva bivalve

dan echinoderm, Mg dan protein dapat memainkan peran penting dalam menyiapkan media awal dari mana

bentuk kristal kalsium karbonat. Faktanya dalam percobaan in vitro dengan protein yang diekstraksi dari

spikula larva landak laut menunjukkan bahwa Mg harus ada untuk protein ini untuk menginduksi

pembentukan ACC, meskipun dalam jumlah yang lebih rendah daripada yang ada di air laut (Raz et al. 2003).

Jadi dalam hal ini, efek kooperatif tampaknya ada antara protein khusus ini dan Mg. Jika memang strategi

prekursor ACC ternyata tersebar luas dalam biologi, penemuan ini akan memiliki banyak implikasi yang

mungkin untuk mekanisme efek vital. Di bawah kondisi apa keseimbangan isotop dapat dicapai selama

transformasi ACC menjadi aragonit atau kalsit, dan apa perbedaan konsentrasi katakanlah, Mg, dalam fase

prekursor versus fase matang? Menariknya, telah dicatat bahwa bentuk transien ACC tidak terhidrasi dalam

dua kasus yang telah dipelajari (Addadi et al. 2003), sebagai lawan dari bentuk stabil ACC biogenik.

Kurangnya hidrasi ini akan mengurangi kemungkinan fraksinasi isotop oksigen selama proses transformasi,

karena faktor utamanya adalah apakah semua ACC diubah menjadi bentuk kristal matang. Jika air hadir dan

harus dihilangkan selama transformasi, maka efisiensi proses dan sejauh mana air ini berada dalam

keseimbangan dengan lingkungan, menjadi penting dalam hal fraksinasi isotop oksigen. Lihat Aizenberg et al.
 (2003a) untuk pengamatan yang menarik dan diskusi tentang hal ini. McCrea (1950) memang menunjukkan

bahwa ketika kalsium karbonat terbentuk sangat cepat dari air laut pada suhu di bawah 15oC atau di atas

60oC, variasi dalam komposisi isotop oksigen dari endapan terjadi hingga 5 ppm. Dia menggambarkan

endapan ini sebagai agar-agar, yang bertentangan dengan endapan koagulasi yang terbentuk dalam kisaran

suhu itu. Akan menarik untuk mengulangi jenis percobaan ini, sambil mengkarakterisasi struktur atom

endapan terutama dalam hal urutan atom. Bisakah ACC terlibat? Adkins et al. (2003) mempelajari variasi

komposisi oksigen dan karbon isotop di karang laut dalam. Mereka mencatat bahwa nilai yang paling negatif

untuk komposisi oksigen dan karbon adalah di pusat trabekuler dan mengusulkan mekanisme yang menarik

untuk menjelaskan efek vital terkait dengan adanya gradien pH. Asumsi yang mereka nyatakan dengan jelas

adalah bahwa mekanisme mineralisasi sama untuk semua bagian trabekula. Apakah ini benar? Telah ada

banyak diskusi tentang fase mineral yang tepat di pusat-pusat ini. Sebuah studi difraksi elektron menunjukkan

bahwa kalsit hadir di pusat trabecular (Constantz dan Meike 1989). Sepengetahuan kami, pengamatan ini

belum dikonfirmasi. Terlepas dari risiko berspekulasi tentang spekulasi, akan menarik untuk

mempertimbangkan implikasi jika ACC berfungsi sebagai fase prekursor sementara dari aragonit di pusat

trabecular. Membuktikan atau membantah ini akan menjadi tantangan karena sifat sementara dari ACC.
Fase mineral biogenik. Anehnya, banyak pertanyaan terbuka masih tetap mengenai sifat rinci fase mineral

yang dibentuk oleh organisme. Kami kirimkan itu lebih baik

22 Weiner & Dove

memahami beberapa pertanyaan ini akan menjelaskan beberapa mekanisme efek vital. 1. Fase mineral itu

sendiri: Fasa mineral kristal yang diproduksi oleh organisme umumnya dikenal. Namun, jika jaringan

kerangka mengandung fase kristal dan fase amorf, yang terakhir dapat dengan mudah diabaikan, terutama jika

hanya difraksi sinar-X yang digunakan untuk mengidentifikasi fase mineral curah. Penjajaran seperti kristal

dan mineral karbonat amorf baru-baru ini dilaporkan dalam spikula sponge dan ascidian (Aizenberg et al.

2003b). Telah diketahui, misalnya, bahwa dalam variasi cangkang foraminiferal dalam kandungan Mg dapat

sangat berbeda dari satu lokasi ke lokasi lainnya (Bender et al. 1975; Duckworth 1977; Brown dan Elderfield

1996). Sifat struktural dari fase Mg kalsit tinggi mungkin sangat berbeda dari fase Mg rendah. Dapat

dibayangkan bahwa bahkan proporsi relatif dari fase yang berbeda dapat memiliki pengaruh langsung pada

efek yang berhubungan dengan suhu, seperti yang mereka lakukan untuk proporsi kalsit dan aragonit dalam

beberapa cangkang moluska (Lowenstam 1954). 2. Rasio permukaan terhadap jumlah besar kristal individu:

Permukaan kristal individu adalah lokasi utama untuk adsorpsi logam jejak. Dalam biologi, kristal sering

diselimuti lapisan organik (matriks), yang dapat atau tidak dapat mengganggu adsorpsi logam. Luas
permukaan kristal besar dalam kaitannya dengan bulk (volumenya) kecil, dan dengan demikian komplikasi

akibat adsorpsi elemen jejak pada permukaan kristal lebih kecil kemungkinannya. Ini bukan kasus untuk

kristal kecil. Contoh ekstremnya adalah tulang. Kristal tulang memiliki bentuk pelat yang sangat tipis, hanya

setebal beberapa nanometer (Weiner dan Price 1986). Jadi kristal tulang dewasa hanya setebal 15-20 lapisan

atom, dan sebagian besar atom tidak teratur hanya karena berada pada, atau dekat, ke permukaan. Karena itu,

ini adalah situs yang disukai untuk adsorpsi logam. Kristal biogenik aragonit hampir selalu jauh lebih kecil

dari kristal kalsit biogenik, dengan dimensi cross-sectional dari kristal berbentuk jarum pada kisaran mikron

(Treves et al. 2003). Satu pengecualian utama adalah aragonit dari lapisan kerang moluska yang nacreous, di

mana kristal-kristal itu jauh lebih besar. Dengan demikian pengetahuan tentang rasio permukaan terhadap

curah dari jaringan biogenik yang digunakan untuk analisis proksi dapat menjelaskan apakah adsorpsi

permukaan logam jejak atau tidak signifikan dibandingkan dengan penggabungan dalam curah. Variasi seperti

itu mungkin berbeda secara halus antara taksa. 3. Tingkat keteraturan dan gangguan kristal dalam jumlah

besar: Kristal tunggal mengandung cacat di atas dan di atas cacat yang ada pada atau dekat dengan permukaan

kristal. Untuk elemen jejak yang termasuk dalam sebagian besar kristal, penting untuk membedakan antara

yang terletak di batas butir dan / atau dislokasi dan yang menggantikan ion utama di lokasi kisi. Ini telah

diperiksa untuk Mg dalam beberapa kalsit biogenik dengan menganalisis total konten Mg dan konten Mg

berdasarkan perubahan puncak difraksi sinar-X. Yang terakhir hanya karena Mg hadir dalam posisi kisi.
Ditemukan bahwa dalam semua kasus Mg hampir seluruhnya dalam posisi kisi (Raz et al. 2000). Ini tidak

selalu menjadi masalah. Mengetahui bahwa untuk, katakanlah, kalsit foraminiferal, itu juga hanya dalam kisi,

akan memberikan jaminan yang lebih besar bahwa distribusi elemen jejak dapat ditandai oleh faktor

fraksionasi yang unik. Sebagai alternatif, distribusi relatif dari elemen jejak spesifik antara kedua situs dapat

menjelaskan variasi spesies sebagian. 4. Makromolekul tersumbat: Echinodermata, moluska, brakiopoda,

spons berkapur dan ascidia semuanya diketahui menghambat makromolekul dalam

Tinjauan Umum Proses Biomineralisasi & Masalah Efek Vital 23

kristal (Berman et al. 1993). Ini biasanya glikoprotein, dan telah ditunjukkan oleh analisis difraksi sinar-X

resolusi-tunggal yang sering ditemukan di sepanjang bidang kristal tertentu. Terlepas dari kenyataan bahwa

mereka sangat besar dibandingkan dengan tatanan atom dalam kristal, glikoprotein tidak menyebabkan

dislokasi besar. Beberapa gangguan memang terjadi, karena dapat dideteksi oleh perluasan garis lebar. Situs-

situs ini (mungkin tidak dapat dibedakan dari batas butir) dalam curah kristal juga merupakan lokasi yang

memungkinkan untuk melacak logam. Kehadiran makromolekul tersumbat dan ion mempengaruhi kelarutan

fase mineral, dan ini dapat secara langsung menanggung mekanisme pembubaran diferensial dari berbagai gen

foraminifera dan coccolithophoridae yang diamati dalam sedimen laut dalam.

Bentuk kristal. Bentuk kristal mencerminkan sifat lingkungan tempat ia tumbuh. Dalam biologi lingkungan

ini, dan karenanya bentuk kristal, umumnya sangat terkontrol dengan baik. Analisis terperinci dari bentuk

kristal dan, khusus, wajah kristal yang tepat diekspresikan dapat menjelaskan pertumbuhan. Jika wajah yang

sangat tidak stabil diekspresikan, maka beberapa proses harus bertanggung jawab atas stabilisasinya. Wajah

yang tidak biasa mungkin merupakan bidang nukleasi, seperti yang telah disarankan untuk pembentukan

beberapa jenis kristal kalsium oksalat monohidrat pada tanaman (Bouropolous et al. 2001) dan spikula spons

berkapur (Aizenberg et al. 1995). Contoh lain dari wajah tidak stabil yang diekspresikan terjadi pada

coccoliths (Young et al. 1999; Young dan Henriksen 2003). Wajah-wajah ini dapat menjelaskan kelarutan

yang berbeda dari coccolith calcite antar spesies, karena wajah yang tidak stabil lebih mudah digunakan

daripada stabil. Permukaan melengkung kalsit cukup umum, terutama di mana kristal tumbuh dalam vesikel.

Permukaan ini dapat melengkung ke tingkat atom. Bagaimana permukaan melengkung seperti itu distabilkan

tidak diketahui, juga karakteristik kelarutannya. Secara umum, penokohan detail permukaan kristal mungkin

paling membantu dalam memahami mode pembentukan dan, pada gilirannya, efek vital, serta sifat kelarutan.

Variasi onogenetik. Variasi dalam mineralisasi diketahui terjadi pada banyak genera yang berbeda, termasuk
foraminifera. Ini juga perlu dipahami untuk menentukan apakah mereka dapat berkontribusi pada kompleksitas
keseimbangan dan deposisi non-keseimbangan. Mungkin juga bahwa perubahan dalam mekanisme mineralisasi
selama pertumbuhan bukan merupakan peralihan dari satu mekanisme ke mekanisme lainnya, tetapi penambahan
mekanisme lain pada tahap remaja dan dewasa. Lowenstam dan Weiner (1989) memang meningkatkan ini untuk
karang scleractinian vis-a-vis pusat kalsifikasi trabekula.

Pematangan kristal. Setelah terbentuk, kristal dapat terus berubah dalam periode waktu yang lama, perlu
diperhatikan permukaan dengan rasio volume yang sangat tinggi. Ini adalah kasus dalam tulang, di mana proses
sintering terjadi bahkan dalam masa hidup hewan dan berlanjut setelah kematian (Legeros et al. 1987). Jadi proses
diagenetik, bahkan di laut dalam mungkin tidak hanya memerlukan pembubaran, tetapi juga sintering. Jelas jika
dalam sistem tertutup, ini hanya memiliki sedikit efek pada proxy. Akan tetapi, hal ini dapat mempersulit upaya
untuk memahami mekanisme dasar deposisi vis a vis proxy, karena mineral matang mungkin tidak dengan setia
mencerminkan fase mineral yang terbentuk pada awalnya. Perubahan kimia juga dapat terjadi selama diagenesis.
Sebagai contoh, telah diperlihatkan bahwa aragonit terbentuk di dalam karang yang lebih kecil dibandingkan
dengan karang yang ada (Spiro 1971).

Komentar penutup Mengingat kondisi pengetahuan kami saat ini, prospek untuk menemukan penjelasan yang
sederhana dan kuat untuk berbagai efek vital dalam hal mekanisme biomineralisasi mungkin tampak tidak ada
harapan pada yang terburuk, dan paling menantang di terbaik. Ini, menurut kami, kemungkinan besar tidak

24 Weiner & Dove

kasus. Lebih dari apa pun, besarnya masalah yang sebenarnya adalah karena begitu sedikit penelitian yang
dilakukan dengan tujuan ini dalam pikiran. Kami percaya begitu banyak penelitian kritis yang sedang berlangsung,
potongan-potongan teka-teki ini akan mulai jatuh ke tempatnya. Kami sependapat dengan beberapa pendapat
(Schrag dan Linsley 2002) bahwa semakin pentingnya paleoceanografi terus meningkat karena efek perubahan
global, dan bersamanya luasnya penggunaan proksi untuk merekonstruksi lingkungan paleo-samudera, kebutuhan
untuk memahami dasar mekanisme mineralisasi yang berkaitan dengan masalah ini sangat penting. Kami berharap
sebagai kompilasi kami memahami "efek penting" meningkat, istilah ini telah sering digunakan sebagai "façade
yang menggantikan ketidaktahuan kita" (Lowenstam dan Weiner 1989), akan menjadi kendaraan untuk
kepentingan terkait dengan proses biomineralisasi itu sendiri. .

ACKNOWLEDGMENTS We thank Lia Addadi for her insightful comments and discussions. SW is the incumbent

of the Dr. Walter and Dr. Trude Burchardt Professorial Chair of Structural Biology. This work was supported

in part by a US Public Service Grant (DE06954) from the NIDCR. PD acknowledges generous support of the

US Department of Energy, Division of Chemical Sciences, Geosciences and Biosciences (DE-FG02-

00ER15112) and the National Science Foundation (NSF-OCE-0083173).

REFERENCES
Addadi L, Weiner S (1992) Control and design principles in biological mineralization. Angew Chem Int Ed
31:153-169 Addadi L, Weiner S (2001) Crystals, asymmetry and life. Nature 411:753-755 Addadi L, Raz S, Weiner S (2003) Taking
advantage of disorder: amorphous calcium carbonate and its
roles in biomineralization. Adv Mat 15:959-970 Adkins JF, Boyle EA, Curry WB, Lutringer A (2003) Stable isotopes in deep-sea corals and a
new mechanism for “vital effects.” Geochim Cosmochim Acta 67:1129-1143 Aizenberg J, Grazul JL, Muller DA, Hamann DR (2003a)
Direct fabrication of large micropatterned single
 crystals. Science 299:1205-1208 Aizenberg J, Hanson J, Koetzle TF, Leiserowitz L, Weiner S, Addadi L (1995) Biologically-induced
reduction in symmetry: A study of crystal texture of calcitic sponge spicules. Chem Eur J 1(7):414-422 Aizenberg J, Lambert G, Addadi L,
Weiner S (1996) Stabilization of amorphous calcium carbonate by specialized macromolecules in biological and synthetic precipitates. Adv

Mat 8:222-226 Aizenberg J, Weiner S, Addadi L (2003b) Coexistence of amorphous and crystalline calcium carbonate in
skeletal tissues. Conn Tissue Res 44:(in press) Ali SY (1983) Calcification of cartilage. In: Cartilage, Structure, Function and Biochemistry.
Hall BK (ed)
Academic Press, New York, p 343-378 Bäuerlein E (ed) (2000) Biomineralization. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim Germany

Bazylinski DA (1996) Controlled biomineralization of magnetic minerals by magnetotactic bacteria. Chem

Geo 132:191-198 Bazylinski DA, Moskowitz BM (1997) Microbial biomineralization of magnetic iron minerals:
Microbiology, magnetism and environmental significance. Rev Mineral 35:181-223 Bazylinski DA, Frankel RB (2003) Biologically
controlled mineralization in prokaryotes. Rev Mineral Geochem 54:217-247 Belcher AM, Wu XH, Christensen RJ, Hansma PK, Stucky

GD, Morse DE (1996) Control of crystal phase

switching and orientation by soluble mollusc-shell proteins. Nature 381(6577):56-58 Bender ML, Lorens RB, Williams DF (1975) Sodium,
magnesium and strontium in the tests of planktonic
foraminifera. Micropaleont 21:448-459 Beniash E, Addadi L,Weiner S (1999) Cellular control over spicule formation in sea urchin embryos: a

structural approach. J Struct Biol 125:50-62 Beniash E, Aizenberg J, Addadi L, Weiner S (1997) Amorphous calcium carbonate transforms
into calcite
during sea-urchin larval spicule growth. Proc R Soc London B Ser 264:461-465 Berman A, Hanson J, Leiserowitz L, Koetzle TF, Weiner S,
Addadi L (1993) Biological control of crystal
texture: A widespread strategy for adapting crystal properties to function. Science 259:776-779
Overview of Biomineralization Processes & Vital Effect Problem 25

Berner EK, Berner RA (1996) Global Environment. Prentice Hall Inc, Upper Saddle River New Jersey Berridge MJ, Bootman MD, Lipp P
(1998) Calcium-A life and death signal. Nature 395:645-648 Berthold WU (1976) Biomineralisation bei milioliden Foraminiferen und die
Matrizen-Hypothese.

Naturwischenschaften 63:196 Bettencourt V, Guerra A (2000) Growth increments and biomineralization process in cephalopod statoliths. J

Exper Mar Biol Ecol 248:191-205 Blackmon PD, Todd R (1959) Mineralogy of some foraminifera as related to their classification and
ecology. J Paleont 33:1-15 Borowitzka MA, Larkum AWD, Nockolds CE (1974) A scanning electron microscope study of the
structure and organization of the calcium carbonate deposits of algae. Phycologia 13:195-203 Borowitzka MA (1982) Morphological and
cytological aspects of algal calcification. Intl Rev Cytology 74:127-160 Bouropolous N, Weiner S, Addadi L (2001) Calcium oxalate crystals
in tobacco and tomato plants:
morphology and in vitro interactions of crystal-associated macromolecules. Chem Eur J 7:1881-1888 Brown SJ, Elderfield H (1996)
Variations in Mg/Ca and Sr/Ca ratios of the planktonic foraminifera caused by postdepositional dissolution: evidence of shallow Mg-dependent
dissolution. Paleoceanography 11:543-551 Brownlee C, Nimer N, Dong LF, Merrett MJ (1994) Cellular regulation during calcification in

Emiliania huxleyi. In: The Haptophyte Algae, Vol 51. Green JC, Leadbeater BSC (eds) Clarendon Press, New York, p 133-148 Carpenter SJ,
Lohmann KC (1995) δ18O and δ13C values of modern brachiopod shells. Geochim
Cosmochim Acta 59:3749-3764 Chave KE (1954) Aspects of the biogeochemistry of magnesium I. Calcareous marine organisms. J Geol

62:266-283 Cohen A, McConnaughey T (2003) Geochemical perspectives on coral mineralization. Rev Mineral
Geochem 54:151-187 Cohen AL, Owens KE, Layne GD, Shimizu N (2002) The effect of algal symbiosis on the accuracy of
Sr/Ca paleotemperatures from coral. Science 296(5566):331-333 Constantz BR (1986) Coral skeleton construction: A physiochemically
dominated process. Palaios 1:152- 157 Constantz BR, Meike A (1989) Calcite centers of calcification in Mussa Angulosa (Scleractinia). In:
Origin, Evolution and Modern Aspects of Biomineralization in Plants and Animals. Crick RE (ed) Elsevier, Amsterdam, p 201-207 Craig H
(1953) The geochemistry of the stable carbon isotopes. Geochim Cosmochim Acta 3:53-92 Crenshaw MA (1972) The inorganic composition
of molluscan extrapallial fluid. Biol Bull 143:506-512 Crenshaw MA (1980) Mechanisms of shell formation and dissolution. In: Skeletal

Growth of Aquatic
Organisms. Rhoads DC, Lutz RA (eds) Plenum Publishing Corporation, New York, p 115-132 Crick RE (ed) (1989) Origin, Evolution, and
Modern Aspects of Biomineralization in Plants and Animals.
th
5 Intl Symposium on Biomineralization 1986. Plenum Press, New York da Silva JJRF, Williams RJP (1991) The Biological Chemistry of the
Elements. Oxford University Press, New York De Vrind-De Jong EW, Van Emburg PR, De Vrind JPM (1994) Mechanisms of

calcification: Emiliania huxleyi as a model system. In: The Haptophyte Algae. Vol 51. Green JC, Leadbeater BSC (eds) Clarendon Press, New
York, p 149-166 De Vrind-De Jong EW, De Vrind JPM (1997) Algal deposition of carbonates and silicates. Rev Mineral

35:267-307 De Yoreo, JJ, Vekilov PG (2003) Principles of crystal nucleation and growth. Rev Mineral Geochem 54:57-93 Deer WA, Howie
RA, Zussman J (1966) An Introduction to the Rock-Forming Minerals. Longman, Essex,
England Duckworth DL (1977) Magnesium concentration in the tests of the planktonic foraminifer Globoratalia
truncatulinoides. J Foraminiferal Res 7:304-312 Duplessey JC, Lalou C,Vinot AC (1970) Differential isotopic fractionation in benthic
foraminifera and paleotemperatures reassessed. Science 168:250-251 Elderfield H, Bertram CJ, Erez J (1996) A biomineralization model for
the incorporation of trace elements
into foraminiferal calcium carbonate. Earth Planet Sci Lett 142:409-423 Epstein S, Buchsbaum R, Lowenstam HA, Urey HC (1951)
Carbonate-water isotopic temperature scale.
Bull Geol Soc Am 62:417-426 Epstein S, Buchsbaum R, Lowenstam HA, Urey HC (1953) Revised carbonate-water isotopic temperature

scale. Bull Geol Soc Am 64:1315-1326

26 Weiner & Dove

Epstein S, Lowenstam HA (1954) Temperature-shell-growth relations of recent and interglacial Pleistocene

shoal-water biota from Bermuda. J Geol 61(5):424-438 Erez J (1978) Vital effect on stable-isotope composition seen in foraminifera and coral
skeletons. Nature

273:199-202 Erez J, Luz B (1983) Experimental paleotemperature equation for planktonic foraminifera. Geochim Cosmochim Acta 47:1025-

1031 Erez J (2003) The source of ions for biomineralization in foraminifera and their implications for
paleoceanographic proxies. Rev Mineral Geochem 54:115-149 Evans J (2003) Principles of molecular biology and biomacromolecular
chemistry . Rev Mineral Geochem

54:31-56 Falini G, Albeck S, Weiner S, Addadi L (1996) Control of aragonite or calcite polymorphism by mollusk shell macromolecules.

Science 271:67-69 Fortin D, Ferris FG, Beveridge TJ (1997) Surface-mediated mineral development by bacteria. Rev Mineral
35:161-180 Frankel RB, Bazylinski DA (2003) Biologically induced mineralization by bacteria. Rev Mineral Geochem
54:95-114 Garrone R, Simpson TL, Pottu-Boumendil J (1981) Ultrastructure and deposition of silica in sponges. In: Silicon and Siliceous

Structures in Biological Systems. Simpson TL, Volcani BE (eds) Springer-

Verlag, New York, p 495-525 Gay CV, Mueller WJ (1973) Cellular localization of carbonic anhydrase in avian tissues by labeled
inhibitor autoradiography. J Histochem Cytochem 21:693-702 Goreau TF (1959) The physiology of skeletal formation in corals. I. A method
for measuring the rate of formation of calcium deposition of corals under different conditions. Biol Bull 116:59-75 Gotliv BA, Addadi, L,

Weiner S (2003) Mollusk shell acidic proteins: in search of individual functions.

Chem Bio Chem 4:522-529 Grégoire C, Duchateau GH, Florkin M (1955) La trame protidique des nacres et des perles. Ann Inst
Oceanogr Monaco 31:1-36 Hemleben C, Anderson OR, Berthold W, Spindler M (1986) Calcification and chamber formation in foraminifera-

a brief overview. In: Biomineralization in Lower Plants and Animals. Leadbeater BSC,
Riding R (eds) Clarendon Press, Oxford, p 237-249 Iler RK (1979) The Chemistry of Silica. John Wiley & Sons, New York Ip YK, Lim ALL,
Lim RWL (1991) Some properties of calcium-activated adenosine triphosphatase from
the hermatypic coral Galaxea fascicularis. Mar Biol 111:191-197 Kingsley R, Watabe N (1987) Role of carbonic anhydrase in calcification in
the gorgonian Leptogorgia virgulata (Lamarck) (Coelenterata: Gorgonacea). J Exp Mar Biol Ecol 93:157-167 Kirschvink JL, Hagadorn
JW (2000) A grand unified theory of biomineralization. In: Biomineralization.
Bäuerlein E (ed) Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim, Germany, p 139-149 Knoll A (2003) Biomineralization and evolutionary history. Rev
Mineral Geochem 54:329-356 Konhauser KO (1997) Bacterial iron biomineralisation in nature. FEMS Microbiol Rev 20:315-326 Konhauser
KO (1998) Diversity of bacterial iron mineralization. Earth-Science Rev 43:91-121 Kröger N, Deutzmann R, Sumper M (1999) Polycationic

peptides from diatom biosilica that direct silica

nanosphere formation. Science 286:1129-1132 Kröger N, Lorenz S, Brunner E, Sumper M (2002) Self-assembly of highly phosphorylated
silaffins and
their function in biosilica morphogenesis. Science 298:584-586 Land LS, Lang JC, Barnes DJ (1975) Extension rate: a primary control on the
isotopic composition of the West Indian (Jamaican) scleractinian reef coral skeletons. Mar Biol 33:221-233 Langmuir D (1997) Aqueous

Environmental Geochemistry. Prentice-Hall, Inc., Upper Saddle River, NJ Leadbeater BSC, Riding R (eds) (1986) Biomineralization in
Lower Plants and Animals. The Systematics
Association Special Volume. Clarendon Press, Oxford Legeros R, Balmain N, Bonel G (1987) Age-related changes in mineral of rat and
bovine cortical bone.
Calc Tissue Intl 41:137-144 Letizia ML, Moscariello A, Hunziker J (1997) Stable isotopes in Lake Geneva carbonate sediments and

molluscs: review and new data. Eclog Geol Helv 90:199-210 Levi-Kalisman Y, Addadi L, Weiner S (2001) Structure of the nacreous
organic matrix of a bivalve
mollusk shell examined in the hydrated state using cryo-TEM. J Struct Biol 135:8-17 Levi-Kalisman Y, Raz S, Weiner S, Addadi L, Sagi I
(2002) Structural differences between biogenic amorphous calcium carbonate phases using x-ray absorption spectroscopy. Advanced
Functional Mat 12(1):43-48 Lowenstam HA (1954) Factors affecting the aragonite:calcite ratios in carbonate-secreting marine
organisms. J Geol 62:284-322
Overview of Biomineralization Processes & Vital Effect Problem 27

Lowenstam HA (1963) Biological problems relating to the composition and diagenesis of sediments. In: The Earth Sciences: Problems and
Progress in Current Research. Donnelly TW (ed) University of Chicago Press, Chicago, p 137-195 Lowenstam HA (1964) Sr/Ca ratio of
skeletal aragonites from the recent marine biota at Palau and from fossil gastropods. In: Isotopic and Cosmic Chemistry. Craig H, Miller SL,
Wasserburg GJ (eds), North Holland Publishing Co, Amsterdam, p 114-132 Lowenstam HA (1981) Minerals formed by organisms. Science
211:1126-1131 Lowenstam HA (1986) Mineralization processes in monerans and protoctists. In: Biomineralization in Lower Plants and
Animals. Vol 30. Leadbeater BSC, Riding R (eds) Oxford University Press, New York, p 1-17 Lowenstam HA, Margulis L (1980) Calcium
regulation and the appearance of calcareous skeletons in the fossil record. In: The Mechanisms of Biomineralization in Animals and Plants.

Omori M, Watabe N
(eds) Tokai University Press, Tokyo, p 289-300 Lowenstam HA, Rossman GR (1975) Amorphous, hydrous, ferric phosphatic dermal granules
in Molpadia (Holothurodidea): Physical and chemical characterization and ecologic implications of the bioinorganic fraction. Chem Geol
15:15-51. Lowenstam HA, Weiner S (1989) On Biomineralization. Oxford University Press, New York Mann S (1983) Mineralization in

biological systems. Struct Bonding 54:125-174 Mann S (2001) Biomineralization: Principles and Concepts in Bioinorganic Materials
Chemistry. Oxford
University Press, New York Markel K (1986) Ultrastructural investigation of matrix-mediated biomineralization in echinoids
(Echinodermata, Echinoidea). Zoomorphology 106:232-243 McConnaughey T (1989a) 13C and 18O isotopic disequilibrium in biological
carbonates: I. Patterns. Geochim Cosmochim Acta 53:151-162 McConnaughey T (1989b) Biomineralization mechanisms. In: Origin,
Evolution, and Modern Aspects of
Biomineralization in Plants and Animals. Crick RE (ed) Plenum, New York, p 57-73 McCrea JM (1950) On the isotopic chemistry of
carbonates and a paleotemperature scale. J Chem Phys

18:849-857 Minsky A, Shimoni E, Frenkel-Krispin D (2002) Stress, order and survival. Nature Rev Mol Cell Biology 3:50-60 Miyamoto H,
Miyashita T, Okushima M, Nakano S, Morita T, Matsushiro A (1996) A carbonic anhydrase
from the nacreous layer in oyster pearls. Proc Natl Acad Sci USA 93(18):9657-60 Moradian-Oldak J, Weiner S, Addadi L, Landis WJ, Traub
W (1990) Electron diffraction study of individual
crystals of bone, mineralized tendon and synthetic carbonate apatite. Conn Tissue Res 25:1-10 Nancollas GH (ed) (1982) Biological
Mineralization and Demineralization. Life Sciences Research Report, Springer-Verlag, New York Noll F, Sumper M, Hampp N (2002)
Nanostructure of diatom silica surfaces and of biomimetic analogues.
Nano Letters 2(2):91-95 Orme CA, Noy A, Wierzbicki A, McBride MT, Grantham M, Teng HH, Dove PM, DeYoreo JJ (2001) Formation of
chiral morphologies through selective binding of amino acids to calcite surface steps. Nature 411:775-779 Pereira-Mouriès L, Almeida MJ,

Ribeiro C, Peduzzi J, Barthélemy M, Milet C, Lopez E (2002) Soluble silk-like organic matrix in the nacreous layer of the bivalve Pinctada
maxima. European J Biochem 269:4994-5003 Perry CC (2003) Silicification: the processes by which organisms capture and mineralize silica.
Rev
Mineral Geochem 54:291-327 Pohnert G (2002) Biomineralization in diatoms mediated through peptide- and polyamine-assisted
condensation of silica. Angew Chem Intl E 41(17):3167-3169 Raven JA, Griffiths H, Glidewell SM, Preston T (1982) The mechanism of
oxalate biosynthesis in higher
plants: Investigating with the stable isotopes 180 and 13C. Proc R Soc London B, Biol Sci 216:87-101 Raz S, Hamilton P, Wilt F, Weiner S,
Addadi L (2003) Proteins from sea urchin larval spicules mediate the transient formation of amorphous calcium carbonate on the way to calcite
(to be submitted) Raz S, Weiner S, Addadi L (2000) The formation of high magnesium calcite via a transient amorphous
colloid phase. Adv Mater 12:38-42 Rucker JB, Carver RE (1969) A survey of the carbonate mineralogy of cheilostome bryozoa. J Paleont
43:791-799 Sarashina I, Endo K (1998) Primary structure of a soluble matrix protein of scallop shell: implications for calcium carbonate
biomineralization. Am Mineral 83:1510-1515 Schlüter M, Rickert D (1998) Effect of pH on the measurement of biogenic silica. Mar

Chem 63:81-92 Schmidt WJ (1924) Die Bausteine des Tierkorpers in Polarisiertem Lichte. F. Cohen Verlag, Bonn Schrag DP, Linsley BK
(2002) Corals, chemistry, and climate. Science 296:277-278
28 Weiner & Dove

Schüler D, Frankel RB (1999) Bacterial magnetosomes: Microbiology, biomineralization and

biotechnological applications. Applied Microbiol Biotech 52:464-473 Simkiss K (1976) Cellular aspects of calcification. In: The Mechanisms
of Mineralization in the Invertebrates and Plants. Vol 5. Watabe N, Wilbur KM (eds) Univ. of South Carolina Press, Columbia, SC, p 1-31

Simkiss K (1986) The processes of biomineralization in lower plants and animals-an overview. In: Biomineralization in Lower Plants and
Animals. Vol 30. Leadbeater BSC, Riding R (eds) Oxford University Press, NY, p 19-37 Simkiss K, Wilbur K (1989) Biomineralization. Cell
Biology and Mineral Deposition. Academic Press,

Inc., San Diego Skinner HCW, Jahren AH (2003) Biomineralization. Biogeochemistry: Treatise on Geochemistry. WH Schlesinger, Elsevier

Science. 8: (in press) Spiro BF (1971) Diagenesis of some scleractinian corals from the Gulf of Elat, Israel. Bull Geol Soc
Denmark 21:1-10 Stumm W (1992) Chemistry of the Solid-Water Interface. John Wiley & Sons Inc, New York Sumper M (2002) A phase
separation model for the nanopatterning of diatom biosilica. Science 295:2430- 2433 Swift DM, Wheeler AP (1991) Some structural and

functional properties of a possible organic matrix from the frustules of the freshwater diatom Cyclotella meneghiniana. In: Surface Reactive
Peptides and Polymers. Vol 444. Sikes CS, Wheeler AP (eds) American Chemical Society, Washington, DC, p 340-353 Swift DM, Wheeler
AP (1992) Evidence of an organic matrix from diatom biosilica. J Phycol 28:202-209 Tebo BM, Ghiorse WC, van Waasbergen LG, Siering PL,
Caspi R (1997). Bacterially mediated mineral formation: Insights into manganese(II) oxidation from molecular genetic and biochemical studies.

Rev Mineral 35:225-266 Towe KM, Cifelli R (1967) Wall ultrastructure in the calcareous foraminifera: Crystallographic aspects and
a model for calcification. J Paleontol 41:742-762 Treves K, Traub W, Weiner S, Addadi L (2003) Aragonite formation in the chiton
(Mollusca) girdle. Helv Chim Acta 86:1101-1112 Urey HC, Lowenstam HA, Epstein S, McKinney CR (1951) Measurement of

paleotemperatures and temperatures of the Upper Cretaceous of England, Denmark, and the southeastern United States. Bull Geol Soc Am
62:399-416 Van Cappellen P (2003) Biomineralization and global biogeochemical cycles. Rev Mineral Geochem

54:357-381 Veis A, Perry CC (1967) The phosphoprotein of the dentin matrix. Biochemistry 6:2409-2416 Veis A (2003) Mineralization in

organic matrix frameworks. Rev Mineral Geochem 54:249-289 Vrieling EG, Beelen TPM, van Santen RA, Gieskes WWC (2002)
Mesophases of (bio)polymer-silica particles inspire a model for silica biomineralization in diatoms. Angew Chem Intl Ed 41(9):1543- 1546
Wada K, Fujinuki T (1974) Biomineralization in bivalve molluscs with emphasis on the chemical composition of the extrapallial fluid. In: The
Mechanisms of Mineralization in the Invertebrates and Plants. Vol 5. Watabe N, Wilbur KM (eds) Univ of SC Press, Columbia, SC, p 175-

188 Watabe N, Kingsley RJ (1989) Extra-, inter-, and intracellular mineralization in invertebrates and algae. In: Origin, Evolution, and Modern
Aspects of Biomineralization in Plants and Animals. Crick RE (ed) Plenum, New York, p 209-223 Waychunas GA (2001) Structure,
aggregation and characterization of nanoparticles. Rev Mineral Geochem 44:105-166 Webb MA (1999) Cell-mediated crystallization of

calcium oxalate in plants. Plant Cell 11:751-761 Weber JN, Raup DM (1966) Fractionation of the stable isotopes of carbon and oxygen in
marine calcareous organisms—the Echinoidea. Bagian II. Environmental and genetic factors. Geochim Cosmochim Acta 30:705-736 Weber
JN, Woodhead PM (1970) Carbon and oxygen isotope fractionation in the skeletal carbonate of reef-building corals. Chem Geol 6:93-117

Weiner S (1979) Aspartic acid-rich proteins: major components of the soluble organic matrix of mollusk
shells. Calc Tissue Intl 29:163-167 Weiner S, Addadi L (1991) Acidic macromolecules of mineralized tissues: The controllers of crystal
formation. Trends Biol Sc 16(7) Weiner S, Addadi L (2002) At the cutting edge. Perspektif. Science 298:375-376 Weiner S, Price P (1986)
Disaggregation of bone into crystals. Calcif Tissue Intl 39:365-375 Weiner S, Talmon Y, Traub W (1983a) Electron diffraction of mollusk

shell organic matrices and their

relationship to the mineral phase. Intl J Biol Macromol 5:325-328
Overview of Biomineralization Processes & Vital Effect Problem 29

Weiner S, Traub W (1980) X-ray diffraction study of the insoluble organic matrix of mollusk shells. FEBS
Letters 111(2):311-316 Weiner S, Traub W, Lowenstam HA (1983) Organic matrix in calcified exoskeletons, D. Reidel Publishing
Co, Dordrecht, Holland Weiner S, Traub W (1984) Macromolecules in mollusk shells and their functions in biomineralization. Phil Trans R

Soc London Ser. B 304:421-438 Weiner S, Traub W, Lowenstam HA (1983b) Organic matrix in calcified exoskeletons. In: Biomineralization
and Biological Metal Accumulation. Westbroek P, de Jong EW (eds) Reidel Publishing Co, Dordrecht, Holland p 205-224 Weiner S, Wagner
HD (1998) The material bone: Structure-mechanical function relations. Annual Rev Mat Sci 28:271-298 Weiss IM, Tuross N, Addadi L,

Weiner S (2002) Mollusk larval shell formation: amorphous calcium

carbonate is a precursor for aragonite. J Exp Zool 293:478-491 Westbroek P (1983) Biological metal accumulation and biomineralization in a
geological perspective. In: Biomineralization and Biological Metal Accumulation. Westbroek P, de Jong EW (eds) D. Reidel Publishing Co,
Dordrecht, Holland, p 1-11 Wheeler AP, George JW, Evans CR (1981) Control of calcium carbonate nucleation and crytal growth by soluble

matrix of oyster shell. Science 212:1397-1398 Wilt FH (1999) Matrix and mineral in the sea urchin larval skeleton. J Struc Biol 126:216-226
Wilt FH (2002) Biomineralization of the spicules of sea urchin embryos. Zool Sci 19:253-261 Worms D, Weiner S (1986) Mollusk shell
organic matrix: Fourier transform infrared study of the acidic
macromolecules. J Exp Zool 237:11-20 Young JR, Davis SA, Brown PR, Mann S (1999) Coccolith ultrastructure and biomineralization. J
Struct Biol 126:195-215 Young JR, Henriksen K (2003) Biomineralization within vesicles: the calcite of coccoliths. Rev Mineral
Geochem 54:189-215 Zaremba CM, Belcher AM, Fritz M, Li Y, Mann S, Hansma PK, Morse DE, Speck JS, Stucky GD (1996) Critical
transitions in the biofabrication of abalone shells and flat pearls. Chem Mat 8:679-690 Zeebe RE, Sanyal A (2002) Comparison of two

potential strategies of planktonic foraminifera for house

building: Mg2+ or H+ removal? Geochim Cosmochim Acta 66(7):1159-1169 Ziveri P, Stoll H, Probert I, Klaas C, Geisen M, Ganssen G,
Young J (2003) Stable isotope “vital effects” in
coccolith calcite. Earth Planet Sci Lett 210:137-149