LAPORAN PRAKTIKUM

DRY LAB BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

ACARA II
ANALISIS EKSPRESI GEN : TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI
(Homo sapiens Interleukin 1 receptore type 2 / IL1R2)

Disusun Oleh:

Maria Carolina Loy Nau 168114066

Maria Precilia 168114067
Winarti Rambu Tagu Dima 168114068
Susan Ayu Lestari 168114069

Hari/Tanggal : Rabu, 07 September 2016

Dosen Jaga : Ign. Sudaryadi, M.Kes
Asisten : Felicita eka putri S.

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA
2016
 Acara II
Analisis Ekspresi Gen : Transkripsi dan Translasi (Homo sapiens
Interleukin 1 receptore type 2 / IL1R2)

Tujuan praktikum :

1. Memahami prinsip ekspresi gen yang meliputi transkripsi dan translasi

serta regulasinya.
2. Mengidentifikasi bagian gen yang berperan sebagai promoter, coding DNA
sequence (CDS), intron dan ekson, start dan stop kodon, serta regulating
element.
3. Memahami terjadinya mekanisme splicing dan modifikasi post translasi

Dasar teori :
Sel-sel penyusun tubuh organisme mempunyai susunan kromosom
yang sama akan tetapi jenis protein yang di ekspresikan sel tersebut tidak
selalu sama. Variasi jenis protein yang diekspresikan sel tersebut tidak
selalu sama. Variasi jenis protein tersebut disebabkan oleh perbedaan pola
ketersediaan protein pada masing-masing sel, atau dengan kata lain
disebabkan karena perbedaan pola ekspresi gen. Dalam sel protein tidak
selalu diekspresikan tetapi ada mekanisme pengaturan ekspresi suatu gen.
poses ekspresi gen ini ditentukan oleh sel itu sendiri jika sel tersebut
membutuhkan suatu protein maka gen tersebut akan diekspresikan.
(Setiawati,2015).
Ekspresi protein diawali dengan proses transkripsi, yaitu proses
sintesis mRNA dengan menggunakan cetakan DNA. Proses ini terjadi
dalam nucleus menggunakan enzim DNA polymerase. Pada prokariotik,
mRNA langsung ditranslasi menjadi polipeptida. Transkripsi dan translasi
berlangsung bersamaaan pada sel prokariotik sedangkan pada eukariotik
keduannya berlangsung tidak bersamaan. Dalam sel eukariotik, mRNA
setelah selesai proses transkripsi mengalami proses pematangan sebelum
ditranslasikan menjadi polipeptida di sitoplasma. (Setiawati,2015)
Proses maturasi mRNA antara meliputi proses capping, splicing, dan
tailing. Capping adalah proses penutupan ujung 5’p mRNA dengan
menggunakan molekul 7 metil guanosi oleh enzim guanilil transferase.
Tujuan capping adalah melindungi mRNA dari degradasi dari enzim
eksonuklease 5’-3’. Selanjutnnya mRNA dihilangkan intronnya dari ekson
melalui proses splicing. Intron adalah bagian nukleotida yang tidak bisa
diterjemahkan menjadi protein, sedangkan ekson sebaliknya. Proses
maturasi mRNA selanjutnya adalah talling, yaitu menutup ujung 3’OH
dengan molekul poliadenil dengan bantuan enzim poli(A) polymerase.
Tujuan talling adalah untuk melindungi mRNA dari degradasi dari enzim
eksonuklease 3’-5’. Molekul mRNA yang sudah matur siap untuk
diterjemahkan menjadi protein pada proses translasi. (Setiawati,2015)
Translasi dari proses inisiasi, yaitu berikatannya dua sub unti
ribosom dengan mRNA pada daerah spesifik, yaitu 10-30 nukleotida pada
daerah upstream dari start kodon. Sebelum proses translasi berlangsung,
terjadi proses aktivasi yaitu proses melekatnya asam amino ke tRNA
melalui penambahan gugus adenil oleh ATP dengan katalisis enzim
aminoasil tRNA sintetase. Asam amino yang teraktivasi dapat membentuk
ikatan ester antara gugus COOH dan gugus 3’OH tRNA yang menghasilkan
aminoasil tRNA. Aminoasil tRNA inilah yang melekat pada kodon mRNA
dalam proses translasi. (Setiawati,2015)
Proses inisiasi memerlukan suatu kodon spesifik yaitu AUG
(menyandi asam amino metionin). Setelah proses inisiasi selesai maka
dilanjutkan dengan terjadinya proses perpanjangan (elongasi). Pada
proses perpanjangan rantai polipeptida ini dapat dikatakan melewati siklus
yang melewati siklus yang perpanjangan rantai polipeptida ini dapat
dikatakan melewati siklus yang terdiri dari 3 tahap. Pertama molekul
aminolasil tRNA terikat pada A-site dengan berikatan dengan kodon mRNA
yang terdapat pada A-site. Kedua, gugus karboksil akhir dari rantai
polipeptida terlepas dari molekur tRNA yang ada pada P-site dan
membentuk ikatan peptide dengan aminoasil tRNA pada A-site tersebut
kemudian dipindahkan ke P-site. Selanjutnya, tRNA bebas yang semula
menduduki P-site terlepas dari ribosom dan masuk sitoplasma. Proses
elongasi tersebut terjadi berulang dan saat ribosom mengenali salah satu
dari tiga stop kodon yakni UAA, UAG, dan UGA. Rantai polipeptida yang
terbentuk lepas dari ribosom. (Setiawati,2015)
Percobaan kali ini untuk mempelajari dogma central dalam biologi
molekuler, yaitu transkripsi DNA menjadi mRNA dan translasi mRNA
mejadi protein yang dengan istilah ekspresi gen. sesudah mendapatkan
sekuen nukleotida dan protein pada Homo sapiens yang ditugaskan.
Percobaan ini akan dimulai dengan melihat gambaran genom dan sekuen
nukleotid terkait untuk memahami prinsip dari ekspresi gen. selanjutnya,
proses transkripsi dan translasi akan dilakukan tahap demi tahap dengan
menggunakan Open Reading Frame finder (ORF finder).
(Setiawati,2015)
Homo sapiens Interleukin 1 receptore type 2 (IL1R2), juga dikenal
sebagai IL1RB; CD121b; CDw121b; IL-1R-2’ IL-1RT2; IL-1RT-2.
Merupakan protein yang dikode oleh gen dengan reseptor sitokinin yang
dimiliki keluarga reseptor interleukin 1. Protein ini mengikat interleukin
alpha (IL1A), interleukin beta (IL1B), dan interleukin 1 reseptor, tipe I
(ILR1/IL1RA), dan bertindak sebagai reseptor umpan yang menghambat
aktivitas ligannya. Interleukin 4 (IL4) dilaporkan menentang aktivitas
interleukin 1 dengan menginduksi ekspresi dan pelepasan sitokinin ini. gen
ini dan tiga gen lain membentuk cluster gen reseptor sitokinin pada
kromosom 2q12. Hasil splicing alternative dalam beberapa varian
transkripsi dan isoform protein, menghasilkan kedua protein terkait
membran dan larut. Sebuah protein yang larut juga diproduksi oleh
pembelahan proteolitik. (Refseq,2012)
Gen IL1R2 adalah coding gen protein. Penyakit yang berhubungan
dengan IL1R2 termasuk endometriosis dan rheumatoid arthritis.
Penjelasan gen ini termasuk interleukin-1, tipe II, menghalangi aktivitas
reseptor. Sebuah ekspresi paralog penting dari gen IL1RAP. Gen IL1R2
sitokin adalah senyawa sinyal protein yang merupakan mediator utama
dari respon imun. Mereka mengontrol banyak fungsi sel yang berbeda
termasuk ploriferasi, diferensiasi dan kelangsungan hidup sel / apoptosis
tetapi juga terlibat dalam beberapa proses patofisiologi. (Refseq,2012)
IL1R2_HUMAN, P27930 merupakan non sinyal dari reseptor untuk
reseptor IL1A, IL1B, dan IL1RN. Mengurangi kegiatan IL1B. berfungsi
sebagai reseptor umpan oleh competitive mengikat IL1B dan mencegah
yang mengikat IL1R1. Juga memodulasi respons selular untuk asosiasi
non sinyal dengan IL1RAP setelah mengikat IL1B. IL2R1 (membrane dan
bentuk disekresikan) istimewa mengikat IL1B dan IL1A buruk dan IL1RN.
IL1R2 yang disekresikan merekrut IL1RAP disekresikan dengan afinitas
tinggi. Pembentukan kompleks ini memungkinkan mekanisme dominan
untuk netralisasi IL1B oleh/ reseptor larut disekresikan. (Refseq,2012)
Hasil praktikum dan pembahasan

Buka situs ncbi yaitu https ://www.ncbi.nlm.nih.gov. Di kotak

search, ketik kode yang ingin dicari, misalnya NM_004633.3 akan tersedia
berbagai pilihan sesuai informasi yang ingin didapatkan. Jika ingin mencari
urutan DNA dari gen pada kotak pilih link “nucleotide”.

Setelah menekan tombol search, kemudian akan muncul tampilan

seperti diatas. Web akan menampilkan informasi mengenai gen yang
sedang anda cari. Misalnya Interleukin-1 type 2 pada manusia.
Pada tampilan yang ditampilkan NCBI terlihat jelas informasi tentang gen
Interleukin 1 reseptor tipe 2. Gen tersebut memiliki ukuran 1484 pasang
basa dan berbentuk linear.Interleukin (IL), salah satu dari sekelompok
alami protein yang menjadi perantara komunikasi antara sel-sel.
Interleukin mengatur pertumbuhan sel, diferensiasi, dan kemampuan
bergerak. Mereka sangat penting dalam merangsang respon imun, seperti
peradangan.
Interleukin adalah bagian dari kelompok yang lebih besar dari molekul
pembawa pesan seluler yang disebut sitokin, yang menjadi penggerak
perilaku selular. Seperti sitokin lain, interleukin tidak disimpan dalam sel
tetapi disekresikan cepat, dan singkat, dalam menanggapi stimulus,
seperti agen infeksi. Setelah interleukin telah diproduksi, ia bergerak ke
sel target dan mengikat melalui molekul reseptor di permukaan sel.
Interaksi ini memicu munculnya sinyal dalam sel target yang pada
akhirnya mengubah perilaku sel.
https://www.britannica.com/science/interleukin
Interleukin-1 (IL-1) keluarga sitokin terdiri dari 11 protein (IL-1f1 untuk
IL-1F11) dikodekan dengan 11 gen yang berbeda pada manusia dan tikus.
http://stke.sciencemag.org/content/3/105/cm1
IL1R2 (Interleukin 1 Receptor Tipe 2) adalah Coding gen Protein
Protein yang dikode oleh gen ini adalah reseptor sitokin yang dimiliki
keluarga reseptor interleukin 1. Protein ini mengikat interleukin alpha
(IL1A), interleukin beta (IL1B), dan interleukin 1 reseptor, tipe I (IL1R1 /
IL1RA), dan bertindak sebagai reseptor umpan yang menghambat
aktivitas ligan nya. Interleukin 4 (IL4) dilaporkan menentang aktivitas
interleukin 1 dengan menginduksi ekspresi dan pelepasan sitokin ini. gen
ini dan tiga gen lain membentuk cluster gen reseptor sitokin pada
kromosom 2q12. Hasil splicing alternatif dalam beberapa varian transkrip
dan isoform protein. Splicing alternatif menghasilkan kedua protein terikat
membran dan larut. Sebuah protein yang larut juga diproduksi oleh
pembelahan proteolitik. Penyakit yang berhubungan dengan IL1R2
termasuk endometriosis dan rheumatoid arthriti
Pada bagian ini akan ditampilkan letak gen pada kromosom, klasifikasinya,
sumber dan jurnal ilmiah mengenai gen yang sedang anda cari.
 Pada link graphics. Link ini berfungsi untuk menyediakan informasi
mengenai urutan DNA dari gen. informasi disajikan dalam bentuk gambar
yang diberi warna berbeda sesuai dengan bagian-bagian kodenya.
 Tracks graphic, kemudian pilih sequence dan klik configure untuk
melihat tampilan start kodon dan stop kodon

Klik zoom pada deretan sekuen yang tersedia untuk melihat lebih
jelas informasi start kodon dan stop kodon.
 Pada six frame translation akan ditampilkan 6 cara yang mungkin
membaca urutan nukleotida. Setiap frame yang berbeda akan
menghasilkan urutan asam amino yang berbeda ketika diterjemahkan.
Misalnya pada reading frame +1 maka kode dibaca dari huruf pertama,
dari sisi 5 ke sisi 3. DNA 'dibaca' dalam arah tertentu, seperti huruf dan
kata dalam bahasa Inggris dibaca dari kiri ke kanan. Setiap akhir molekul
DNA memiliki nomor. Salah satu ujung disebut sebagai 5 '(5 prime) dan
ujung lainnya disebut sebagai 3' (3 prime). Penamaan 5 'dan 3' mengacu
pada jumlah atom karbon dalam molekul gula deoksiribosa yang obligasi
gugus fosfat.Pada bagian ini juga akan ditampilkan start kodon, dan stop
kodon. Hijau adalah start kodon dan merah adalah stop kodon. Start
kodon. Kodon start menandai lokasi di mana terjemahan ke dalam protein
urutan dimulai, dan kodon stop menandai lokasi di mana penerjemahan
berakhir.
 Setelah mengklik kembali genbank pilih Map viewer. Map viewer
merupakan bagian yang menyediakan informasi mengenai posisi gen
dalam kromosom.

Pada map viewer terdapat Ideogram diatas yang berfungsi sebagai

penyedia informasi yang berhubungan mengenai posisi gen.
 Klik sv untuk mengetahui lebih jelas posisi/letak gen tersebut
di dalam kromosom.

Klik kembali menuju gen bank kemudian pilih OMIM .OMIM memuat
informasi mengenai gen pada database OMIM. Info tersebut antara lain
tentang penyakit yang dapat menyerang gen tersebut, sejarah
penemuannya, fungsinya dan masih banyak lagi yang berhubungan
dengan gen dan protein tersebut.

Inflammatory bowel disease (IBD) merupakan penyakit peradangan

menahu pada usus yang tidak diketahui penyebabnya, kemungkinan
melibatkan reaksi system imun tubuh terhadap saluran pencernaan.
Inflammatory bowel disease terdiri atas dua jenis tipe, yaitu colitis
ulseratif dan penyakit crohn. (Keshav, 2004)
Colitis ulseratif hanya mengenai kolon sedangkan penyakit crohn
dapat mengenai semua segmen saluran pencernaan, mulai dari mulut
sampai anus. Penyakit crohn adalah penyakit peradangan menahun pada
dinding usus, penyakit ini mengenai seluruh ketebalan dinding usus.
Kebanyakan terjadi pada bagian terendah dari usus halus dan usus besar,
namun dapat terjadi pada bagian manapun dari saluran pencernaan mulai
dari mulut, anus dan bahkan kulit sekitar anus. (Keshav, 2004)
Colitis ulserativa merupakan suatu menyakit menahun dimana usus
besar mengalami peradangan dan luka yang menyebakan diare berdarah,
kram perut dan demam. Tidak seperti penyakit crohn, colitis ulserativa
tidak selalu memepengaruhi seluruh ketebalan dari usus dan tidak pernah
mengenai usus halus. Penyakit ini biasanya dimulai direktrum atau kolon
sigmoid dan akhirnya menyebar kesebagian atau seluruh usus besar.
(Keshav, 2004)
 Untuk mengetahui kemiripan gen yang kita cari dengan organisme lain
maka kita kembali lagi ke penelusuran accession number dan pada bagian
related information tools (disebelah kanan), klik homologene. Pada
tampilan homologene ini akan muncul keterangan organisme-organisme
lain yang sehomolog dengan protein hasil translasi gen query (gen yang
dicari), klik blast sehingga bisa menganalisis hasilnya untuk mengetahui
persentase kemiripannya.

Setelah blast di klik akan muncul tampilan sebagai berikut.

Pada bagian ini akan terlihat gen yang kita miliki berhomolog dengan gen
pada organisme lain.
Kembali pada penelusuran accession number, scroll ke bawah dan
disebelah kanan pada bagian related information tools klik CCDS.

Tampilan jendela CCDS akan muncul.

 CCDS bertujuan untuk menampilkan urutan sekuen nukleotida sekaligus
menunjukkan hasil translasi protein tersebut.
Pada bagian bawah terdapat beragam sekuen nukleotida CDS bersama
pasangan asam aminonya. Dengan menempatkan kursor pada pasangan
sekuen nukleotidanya atau protein sequence lalu di klik (misalnya
ATG,TTG dll) maka secara otomatis akan muncul nama asam aminonya.
Misalnya kita mengambil contoh glysine dari kodon GGG. Glysine
merupakan salah satu jenis asam amino non esensial yang berfungsi
membantu membangun jaringan otot dan mengubah glukosa menjadi
energi, juga berperan penting dalam menjaga kesehatan sistem saraf dan
pencernaan pusat, selain itu, juga dapat memberikan perlindungan melalui
antioksidan dari beberapa jenis kanker. Glysine digunakan dalam tubuh
untuk membantu membangun helaian DNA dan RNA, yaitu bagian genetik
yang diperlukan untuk menjalankan fungsi sel. Glisin merupakan asam
amino yang bersifat glukogenik, yang dapat meningkatkan glukosa dalam
tubuh untuk menghasilkan energi. Glysine juga bermanfaat dalam
mengatur kadar gula darah, sehingga bisa dikatakan bahwa jenis asam
amino ini dapat mengatasi gangguan yang disebabkan oleh rendahnya
energi dan kelelahan, seperti hipoglikemia, anemia, dan sindrom kelelahan
kronis (Chronic Fatigue).
 Pada hasil screen shoot diatas terlihat bahwa nukleotidnya berjumlah
1197 sedangkan asam amino hasil translasinya berjumlah 398. Dimana
translasi yaitu proses penerjemahan kode genetik oleh tRNA ke dalam
urutan asam amino.
Yang berwarna biru menunjukkan indikasi ekson sedangkan yang
berwarna merah diindikasikan sebagai asam amino yang dikode.
Proses terjadinya ekspresi gen dengan menggunakan Open
Reading Frame Finder (ORF finder).
 Bukalah tab baru dengan mengetik alamat web
www.ncbi.nlm.nih/gov/projects/gorf.
 Setelah tampilan jendela ORF finder terbuka masukkan data origin
ke kolom ORF finder.

Lalu klik submit. Maka tampilan ORF akan muncul dengan

menunjukkan 6 cara pembacaan CDS (six frames). Kemudian klik frame
untuk melihat urutan asam amino yang dihasilkan. Frame yang benar
diketahui dengan mencocokkan arah pembacaan dengan urutan asam
amino yang muncul pada tampilan sequence viewer.

Arah pembacaan urutan asam amino berdasarkan hasil diatas ada 2

yaitu yang bertanda positif dan negatif. Cara pembacaan yang bertanda
positif yaitu dari kanan ke kiri sedangkan yang negatif berlawanan dengan
yang positif yaitu dari kiri ke kanan.
 Daftar Pustaka

Setiawati, Agustina, 2015, Aplikasi NCBI Dalam Bioinformatika, Sanata

Dharma University Press, Yogyakarta, hal.
21,22,23,24,25,26,27,28,29.
Chem, 2015, Jurnal J.Biol,vol 290, hal 212-224.