Fasilitas fungsional dikatakan juga suprastruktur adalah fasilitas yang berfungsi
untuk meninggikan nilai guna dari fasilitas pokok sehingga dapat menunjang aktivitas di pelabuhan. Fasilitas-Fasilitas Fungsional Ini Dikelompokkan Antara Lain: a) Penanganan Hasil Tangkapan Dan Pemasarannya, Yaitu: Tempat Pelelangan Ikan (TPI) Sesuai dengan namanya, fungsi Tempat Pelelangan Ikan adalah untuk melelang ikan, dimana terjadi pertemuan antara penjual (nelayan atau pemilik kapal) dengan pembeli (pedagang atau agen perusahaan perikanan). Fasilitas Pemeliharaan Dan Pengelolaan Hasil Tangkapan Ikan. Seperti; gedung pengolahan, tempat penjemuran ikan, dll. Pabrik Es Es dipergunakan untuk mempertahankan mutu ikan saat operasi penangkapan dan pengangkutan ke pasar atau pabrik. Bangunan pabrik es biasanya terdiri dari ruang mesin, ruang kompresor, ruang produksi, ruang penyimpanan es dan ruang operator. Gudang Es Bangunan gudang es diperlukan apabila produksi kemungkinan tidak terserap pasar secara keseluruhan, pabrik es jauh dari dermaga perbekalan (out fitting) atau kemungkinan mendatangkan es dari luar. Refrigerasi/Fasilitas Pendingin, seperti: cool room, cold storage. Cool room: adalah ruangan yang mempunyai temperatur antara 00 - 20C. (Accociation des directeurs et responsables des halles a maree de France, 2003). Ruangan ini dipakai umumnya untuk menunggu ikan dilelang setelah didaratkan, sedangkan cold storage: ruangan yang mempunyai temperatur sekitar -30, -45 sampai -600C sehingga ikan menjadi beku. Fasilitas ini berfungsi untuk tempat penyimpanan sementara produk-produk perikanan yang tidak langsung dipasarkan. Gedung-Gedung Pemasaran Tempat grosir memasarkan ikannya. Gedung ini biasanya dilengkapi dengan fasilitas-fasilitas seperti: alat sortir, timbangan, alat pencuci keranjang, pengepakan dan lain-lain. b) Fasilitas Pemeliharaan Dan Perbaikan Armada Dan Alat Penangkapan Ikan, Yaitu: Lapangan perbaikan alat penangkapan ikan; Ruang mesin; Tempat penjemuran alat penangkapan ikan; Bengkel; Slipways; Gudang jaring; Vessel lift. c) Fasilitas perbekalan: tangki dan instalasi air minum, tangki bahan bakar. d) Fasilitas komunikasi: stasiun jaringan telpon, radio SSB e) Fasilitas penunjang Fasilitas penunjang adalah fasilitas yang secara tidak langsung meningkatkan peranan pelabuhan atau para pelaku mendapatkan kenyamanan melakukan aktivitas di pelabuhan. f) Fasilitas kesejahteraan: MCK, poliklinik, mess, kantin/warung, musholla. g) Fasilitas administrasi: kantor pengelola pelabuhan, ruang operator, kantor syahbandar, kantor bea cukai.