BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

REPLIKASI DNA

Disusun Oleh:

Kelompok 5
1. Wiwik Dian Astuti (93218010)
2. Nuraini (93218007)
3. Desti Tria Putri (93218013)

Dosen Pengampu:
Dr. Sri Wardani, M.Si
Dr. Astrid Sri Wahyuni, M.Si.

PROGRAM PASCASARJANA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PALEMBANG
 KATA PENGANTAR

Alhamdulillah, puji syukur kita panjatkan kehadirat Allah SWT. Yang telah
memberikan kita beribu-ribu kenikmatan sehingga kami dapat menyelesaikan
penulisan/penyusunan makalah ini. Shalawat dan salam semoga selalu tercurahkan
kepada sang mahkota alam Nabi Muhammad SAW. Karena dengan perjuangan
beliaulah kita bisa mengetahui betapa pentingnya ilmu pengetahuan sebagai bekal kita
hidup di dunia dalam mencapai kebahagiaan dunia dan akhirat.
Kami menyadari bahwa di dalam makalah ini banyak terdapat kesalahan dan
kekurangan. Untuk itu kami sangat mengharapkan kepada para pembaca untuk
menyampaikan kritik dan saran yang sifatnya membangun demi kebaikan dan
kesempurnaan makalah selanjutnya.
Terima kasih kami ucapkan kepada dosen pengampu yang telah memberikan
kami tugas dan juga kepada semua teman-teman yang telah membantu kami sehingga
makalah ini dapat terselesaikan.

2
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Bahan genetika yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan
sebagai salah satu terapan sangat penting dalam proses pertumbuahn sel atau
perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan bahan genetika dikenal sebagai proses
replikasi. Studi awal mengenai proses perbanyakan bahan genetika dilakukan pada jasad
yang genomnya berupa molekul DNA. Meskipun demikian, perlu diingat bahwa pada
jasad tertentu, khususnya kelompok virus tertentu, genomnya berupa RNA. Genom
yang berupa molekul RNA ini juga akan direplikasi genom yang berupa molekul DNA.
Replikasi bahan genetika dapat dikatakan sebagi proses yang mengawali
pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak
proses yang salaing berkaitan satu sama lain. Sel mempunyai mekanisme replikasi
bahan genetika yang dilengkapi dengan sistem penyunting mekanisme replikasi bahan
genetika yang dilengkapi dengan system penyunting (editing) yang sangat akurat
sehingga bahan genetika yang diturunkan kepada sel anakan (progeny) mempunyai
komposisi yang sangat identik dengan komposisi bahangenetik sel induk. Replikasi
bahan genetika diikuti oleh pertumbuahan sel-sel anakan yang membawa duplikasi
bahan genetika hasil replikasi. Oleh karena itu, kesalahan dalam proses replikasi bahan
genetika dapat mengakibatkan perubahan pada sifat sifat sel anakan.
Mekanisme replikasi bahan genetika sanagt kompleks dan melibatkan banyak
protein yang masing-masing mempunyai peranan spesifik, protein-protein yang terlibat
di dalam proses replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan perubahan pada sifat-sifat
sel anakan. Protein-protein yang terlibat di dalam proses replikasi bahan genetika
dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan genetika itu sendiri oleh karena itu,
ada kaitan fungsional.
DNA sebagai materi genetik pada sebagian besar organisme harus
dapatmenjalankan tiga macam fungsi pokok yaitu DNA harus mampu menyimpan
informasi genetik dan dengan tepat dapat meneruskan informasi tersebut dari tetua
kepada keturunannya, dari generasi kegenerasi, DNA harus mengatur perkembangan

3
fenotipe organisme, dan DNA sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan
sehingga organisme yang bersangkutan akan mampu beradaptasi dengan kondisi
lingkungan yang berubah.

B. Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalah dari latar belakang tersebut adalah sebagai berikut:
1. Bagaimana mekanisme replikasi DNA?
2. Bagaimana perbedaan replikasi DNA pada prokariotik dan eukariotik?

C. Tujuan
Adapun tujuan dari rumusan masalah tersebut adalah sebagai berikut:
1. Dapat mendeskripsikan mekanisme dari replikasi DNA
2. Dapat membedakan replikasi DNA pada prokariotik dan eukariotik

4
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Pengertian Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan
replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu
pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR)
(Damayanti, 2011).
Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. Genom manusia pada satu
sel terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis
tidak boleh ada yang salah). Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel
anak supaya informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi
hanya terjadi pada fase S (pada mamalia), Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan
selesai sebelum fase M (Damayanti, 2011).
Proses replikasi pertama kali dimulai ketika enzim Helicase memutus ikatan
kimia yang paling lemah diantara dua rantai polinukleotida. Untaian DNA diputus tepat
di tengah memisahkan pasangan-pasangan basa. Rantai polinukleotida yang baru
dipisahkan menjadi rantai tunggal akan menjadi rantai dasar (template) untuk
membentuk dua untai rantai DNA baru (Damayanti, 2011).
Di dalam sel-sel nukleus, terdapat banyak nukleotida-nukleotida bebas. Basa-
basanya akan berikatan dangan basa-basa yang ada di dalam rantai dasar (template),
yang berdasarkan aturan Chargaff, akan berpasangan hanya dengan basa lain yang
merupakan pasangannya. Misalnya,katakanlah di dalam rantai dasar (template) terdapat
basa Guanine (G),maka basa Cytosinlah (C) yang terikat padanya. Proses terbentuknya
ikatan basa-basa ini dibantu oleh enzim yang disebut enzim DNA Polymerase III.
Enzim ini hanya bekerja dari ujung 5’ ke ujung 3’ dari rantai DNA. Hal ini terjadi juga

5
pada rantai dasar (template) yang lainnya. Hanya saja sedikit berbeda prosesnya dengan
rantai dasar yang pertama (Damayanti, 2011).

Karena proses replikasi oleh enzim polymerase III hanya berlangsung dari ujung
5’ ke ujung 3’, maka pada rantai dasar (template) ke dua dibutuhkan peran RNA
primase yang membuat RNA Primer sebagai jembatan awal bagi enzim polymerase III
bekerja. Selanjutnya dengan bantuan DNA polymerase I dan DNA ligase akan
diperoleh sebuah rantai DNA baru dari rantai dasar (template) ke dua (Damayanti,
2011).
Proses ini terjadi berulang ribuan kali untuk menciptakan dua molekul DNA
yang persis sama dengan molekul DNA asal. Sehingga saat mitosis terjadi, sel
saudaranya akan menerima molekul DNA yang betul-betul sama. Jika terjadi sesuatu
yang salah dalam replikasi DNA, mutasi-pun terjadi. Kesalahan mutasi akan
menyebabkan protein dalam DNA memiliki urutan asam amino yang salah, misalnya
susunan basa yang berubah atau hilangnya basa tertentu (Damayanti, 2011).
Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA yaitu enzim yang berperan
dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi, enzim yang
berperan RNA polymerase. Transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi sintesis
protein (ekspresi gen); yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA (3’-5’)
replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel; kedua untai induk
dipakai sebagai cetakan untuk di replikasi (Damayanti, 2011).
Menurut Damayanti (2011) Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah
diusulkan, yaitu konservatif, semikonservatif, dan dispersif.
1. Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan
dan akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru.
2. Pada replikasi semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih
dahulu sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-
masing untai ini tetap dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template)
bagi pembentukan untai polinukleotida baru.
3. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida mengalami
fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-fragmen polinukleotida yang

6
 terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga fragmen
lama dan baru akan dijumpai berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru.

Three Models of DNA Replication

Conservative Semiconservative Dispersive

Gambar 1. Tiga Model Replikasi DNA (Damayanti, 2011).

Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double

helix. Hasil replikasi DNA double strand. Kedua DNA parental strand bisa menjadi
template yang berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservative
process. Primer strand : Pada 3’ dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk
menempelkan, tetapi pada 5’ P tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga
tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari 3’-5’, tetapi dari 5’-3’, jadi
yang menambah selalu ujung 3’

7
 Meselson & Stahl Experiments

Gambar 2. Percobaan Meselson dan Stahl

Setelah berhasil membuat model struktur DNA, Watson dan Crick memprediksi
bahwa DNA bereplikasi dengan cara semikonservatif. Kemudian pada tahun 1958,
Matthew Meselson dan Franklin Stahl melakukan percobaan untuk menguji ketiga
alternatif hipotesis replikasi DNA tersebut dengan menggunakan DNA bakteri
Eschericia coli. Hasilnya ternyata mendukung model replikasi semikonservatif yang
telah diprediksi oleh Watson dan Crick (Komalaayu, 2015).

B. DNA polymerase
Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral, yaitu DNA polymerase. Pada
proses replikasi, DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil)
dimana gugus OH hanya ada pada ujung 3’ sedangkan ujung 5’ adalah ujung fosfat.
(ciri utama DNA polymerase). Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/
menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif). Sifat dari
DNA polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5’-3’ sehingga
pertumbuhan dari 5’-3’ karena penambahan pada ujung 3’, dimana pada ujung 3’ ada
ujung hidroksil. Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer, tidak bisa
mensintesis DNA tanpa adanya primer, primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5
basa dan dilanjutkan DNA). DNA yang dibutuhkan adalah DNA primase untuk
meletakkan RNA pada tempatnya.DNA primase untuk mensintesis RNA sebagai

8
lokomotif (4-5 basa). Bila lokomotif sudah jadi maka akan di-take over oleh DNA
polymerase, dan yang ditambahkan adalah DNA (Gaffar, 2006).

Tabel 1. Tipe-Tipe dari DNA Polymerase

Nama Fungsi
Prokariotik polymerase
DNA polymerase I Menghapus primer dan mengisi celah pada
untai yang tertinggal
DNA polymerase II Perbaikan DNA
DNA polymerase III Enzim utama sintesis DNA
Eukariotik polymerase
DNA polymerase α Polymerase pemula
Subunit Primase Sintesis RNA primer
Unit DNA polymerase Menambahkan bentangan sekitar 20 nukleotida
ke primer
DNA polymerase β Perbaikan DNA
DNA polymerase δ Enzim utama sintesis DNA

C. Mekanisme Replikasi DNA

Gambar 3. Proses Replikasi DNA

Keterangan: (1) Lagging strand; (2) Leading strand; (3) DNA polimerase; (4) Enzim
DNA ligase; (5) Primer; (6) Primase; (7) Fragmen Okazaki (8) Molekul
DNA polymerase, (9) Enzim helikase; (10) Protein pengikat untaian
tunggal; (11) Topoisomerase.

Menurut Gaffar (2006) Proses replikasi DNA secara sederhana adalah sebagai
berikut:
1. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh
enzim helikase yang ditunjukkan oleh nomor 9.

9
2. Dengan bantuan topoisomerase yang ditunjukkan oleh nomor 11, yang berfungsi
mengurangi tegangan untai DNA.
3. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal pada
nomor 10 untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.
4. Primase (nomor 6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (nomor
5).
5. Molekul DNA polimerase (nomor 3 & 8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan
bergerak sepanjang untai tersebut untuk memperpanjang primer, membentuk
untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand (nomor 2) dan lagging strand
(nomor 1). DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis
segmen-segmen polinukleotida diskontinu yang disebut fragmen Okazaki (nomor
7).
6. Enzim DNA ligase (nomor 4) kemudian menyambungkan potongan-potongan
lagging strand tersebut.

Menurut Gaffar (2006) Mekanisme replikasi DNA adalah sebagai berikut:

1. Inisiasi, DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously replicating
sequence) yang berperan sebagai asal muasal replikasi dan mereka saling
berlawanan dari asal bakterial (ORI). ARCs terdiri atas 11 pasangan landasan
rentetan tambah dua atau tiga rentetan nucleotida pendek tambahan dengan 100
hingga 200 pasangan landasan sepanjang area DNA. Grup utama dari enam protein,
secara kolektif dikenal dikenal sebagai ORC (Origin Recognition Complex),
mengikat asal muasal replikasi, menandai replikasi DNA dengan tepat pada saat
waktu yang sesuai melalui siklus sel. Pengenalan situs awal replikasi, oleh suatu
protein komponen polymerase DNA A yang dihasilkan oleh gen DNA A.
2. Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication
fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini
dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang
menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing-masing cabang tersebut menjadi “cetakan” untuk pembentukan dua untaian
DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase

10
 membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA)
yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer.
3. Pemanjangan Untaian DNA. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru
dengan menambahkan nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3′
hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain,
rantai DNA baru (DNA “anak”) disintesis dari arah 5’→3′, sedangkan DNA
polimerase bergerak pada DNA “induk” dengan arah 3’→5′. Namun demikian,
salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3’→5′, sementara
untaian lainnya berorientasi 5’→3′, dan helikase bergerak membuka untaian
rangkap DNA dengan arah 5’→3′. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada
kedua arah berlawanan tersebut.
4. Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading
strand) ialah untaian DNA disintesis dengan arah 5’→3′ secara berkesinambungan.
Pada untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung
3′-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara
berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.
5. Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada
sisi yang berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini
disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Panjang fragmen
okazaki mencapai sekitar 2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel bakterial dan
sekitar 200 panjang nukelotides dalam sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini, primase
membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan
gugus OH 3′ bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah
5’→3′. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H
dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi
celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-
fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.
DNA polymerases tidak mampu ‘mengisi’ ikatan covalent yang hilang. Celah yang
tersisa direkat oleh DNA ligase. Enzim ini mengkatalis pembentukan ikatan
phosphodiester antara 3’ – OH dari salah satu helaian dari 5’-P dari helaian yang
lain.DNA ligase diaktifkan oleh AMP (adenosine monophosphate) sebagai
‘cofactor’ (faktor pengendali). Dalam E.coli, AMP dibawa dari nucleotide NAD+.

11
 Dalam sel-sel eukaryotik, AMP ditandai dari ATP. Ligase-ligase tidak dilibatkan
dalam pemanjangan rantai; melainkan, mereka berperan pemasang enzim-enzim
untuk perekatan ‘celah’ melalui molekul DNA.
6. Modifikasi Post-Replikasi DNA, Setelah DNA direplikasikan, dua helaian
tersintesis terbaru dipasangkan ke modifikasi enzimatik. Perubahan-perubahan ini
biasanya melibatkan penambahan molekul-molekul tertentu untuk mengkhususkan
titik-titik sepanjang helix ganda. Pada cara ini, tags sel, atau label-label, DNA,
sehingga ini bisa membedakan material genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing
yang mungkin bisa masuk ke dalam sel. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin
juga mempengaruhi cara molekul diikat. DNA merupakan faktor utama modifikasi
dengan penambahan kelompok methyl ke beberapa adenine dan residu-residu
cytosine. Grup methyl ditambahkan oleh DNA methylasess setelah nucleotides telah
digabungkan dengan DNA polymerases.

Gambar 4. Ringkasan replikasi DNA

Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine dan methylasi

dari adenine membentuk 6-methyladine. Methyladine lebih umum daripada
methylcytosine dalam sel-sel bakterial, di mana dalam sel-sel eukaryotik, grup methyl

12
paling banyak ditambahkan ke cytosine. Methylase muncul hanya pada beberapa
rentetan nucleotide khusus. Dalam sel-sel eukaryotik, sebagai contoh, methylasi secara
umum muncul pada saat cytosine berdampingan ke guanine di sisi 3’-OH (5’ P-CG-
3’OH).Pola methylasi bersifat spesifik untuk spesies yang diberikan, berperan seperti
tanda tangan untuk DNA spesies tersebut. Hal ini patut diperhatikan karena grup methy
melindungi DNA melawan perlawanan enzim-enzim tertentu disebut ‘restriction
endonucleases’ Oleh karena itu DNA asing melalui sebuah sel dicerna dengan
‘restriction endonucleases’. Dalam sel tertentu, ‘restriction endonucleases’ bisa
memotong DNA di titik khusus tertentu di mana DNA methylase menambah sebuah
grup methyl.
Pola methylasi melindungi DNA dari cernaan oleh sel yang memiliki
endonucleases tapi tidak melawan pembatasan enzim-enzim yang diproduksi sel-sel
spesies yang lain. Pembatasan ini menyederhanakan pertukaran DNA antar sel dari
spesies yang diproduksi sel-sel spesies yang berbeda. Methylasi DNA pada titik-titik
tertentu mungkin akan berakhir pada konversi terdekat dari B-DNA ke bentuk-bentuk
Z-DNA. Dalam bentuk B-DNA, grup-grup hydropholic methyl dari alur utama,
menghasilkan pengaturan yang tepat. Dengan mengubahnya ke bentuk Z, grup-grup
methyl membentuk area hydropholik yang membantu menstabilkan DNA. Konversi
lokal ini (dari B-DNA ke Z-DNA) mungkin mempengaruhi fungsi beberapa gen.

D. Perbedaan Replikasi pada Prokariot dan Eukariot

Menurut Komalaayu (2015) adapun perbedaan dari replikasi sel prokariotik dan
eukariotik adalah sebagai berikut:
Sel prokariotik
1. Replikasi DNA terjadi di dalam sitoplasma
2. Memiliki satu daerah origin pada tiap molekul DNA
3. Pemutusan ikatan hidrogen antar pasangan basa dibantu oleh DNA gyrase.
4. Intermediet pada replikasi DNA menghasilkan dua struktur seperti garpu dan satu
struktur menyerupai gelembung.
5. Sintesis DNA pada untai leading dan lagging dilakukan oleh DNA polimerase III.
6. Panjang fragmen Okazaki 1000-2000 nukleotida.
7. Laju replikasi sangat cepat yakni 2000bp per sekon.

13
Sel Eukariotik
1. Replikasi DNA terjadi di dalam nukleus
2. Memiliki beberapa titik daerah origin pada tiap kromosom
3. Tidak membutuhkan DNA gyrase dalam memutus ikatan hidrogen antar pasangan
basa.
4. Intermediet pada replikasi DNA menghasilkan kelipatan struktur garpu.
5. Sintesis DNA pada untai leading dilakukan oleh DNA polimerase δ dan untai
lagging oleh DNA polimerase α.
6. Panjang fragmen Okazaki 100-200 nukleotida.
7. Laju replikasi lambat yakni 100 nukleotida per sekon.

Gambar 5. Perbedaan replikasi pada prokariotik dan eukariotik

14
E. Enzim Yang Berperan Dalam Replikasi DNA
Menurut Sarmai (2013) ada beberapa enzim yang berperan dalam replikasi DNA
yaitu sebagai berikut:
1. Helikase
Enzim helikase memutuskan ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua
untaian DNA sehingga terbentuk garpu atau cabang replikasi. Enzim helikase
berfungsi membuka putaran segmen DNA tepat di bagian depan garpu replikasi.
Enzim helikase mengikat ATP dan mengikat rantai tunggal DNA.
2. Topoisomerase
Enzim topoisomerase yang berperan dalam replikasi DNA adalah topoisomerase
tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim ini mengurangi ketegangan
superheliks DNA dengan menciptakan istirahat sementara pada satu atau kedua
untai DNA.
3. DNA Primase
Enzim DNA primase menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang
pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. DNA
beraktivitas dengan arah 5’-3’ (hanya terdiri atas 10 nukleotida). Kemudian pada
ujung 3’ ditambahkan dioksiribonukleosida trifosfat (oleh enzim polimerase DNA
III) satu demi satu sehingga lengkap 1000-2000 nukleotid. Nukleotida pada RNA
pemula atau RNA primer dihilangkan atau diputus satu demi satu oleh aktivitas 5’-
3’ exonuclease. Enzim primase juga menghentikan perkembangan garpu atau
cabang replikasi untuk mencegah leading strand melampaui lagging strand. Enzim
ini mengawali pembentukan DNA baru pada leading strand atau DNA fragmen
Okazaki pada lagging strand oleh DNA polimerase.
4. Enzim DNA polymerase
Enzim DNA polimerase merupakan enzim utama yang mengkatalisis proses
polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA. Enzim ini menambahkan nukleotida
bebas hanya pada ujung 3’ dari rantai yangbaru terbentuk, sehingga terjadinya
elongasi (pemanjangan) pada rantai baru dengan arah dari ujung 5’ ke ujung 3’.
DNA polimerase menggunakan gugus OH 3’ bebas pada RNA-primer untuk
mensintesis DNA dengan arah 5’ 3’. Enzim ini hanya bisa menambahkan

15
 nukleotida ke ujung 3’ yang sudah ada, karena itu butuh primer sehingga nukleotida
dapat ditambahkan.
5. DNA Ligase
Enzim DNA ligase menggabungkan fragmen-fragmen Okazaki (lagging strand) saat
proses replikasi. Enzim ini juga menyambungkan potongan-potongan DNA yang
baru disintesis.
6. DNA Gyrase
DNA gyrase membantu proses unwinding.

16
 BAB III
KESIMPULAN

Adapun kesimpulan dari pembahasan materi replikasi DNA ini adalah sebagai
berikut:
1. Secara umum proses replikasi DNA meliputi tahap-tahap replikasi yaitu Denaturasi
(pemisahan) untaian DNA induk, Inisiasi sintesis DNA, Pemanjangan untaian DNA,
Ligasi fragmen-fragmen DNA, dan Terminasi sintesis DNA.
2. Perbedaan replikasi DNA pada prokariotik yaitu Replikasi DNA terjadi di dalam
sitoplasma, Memiliki satu daerah origin pada tiap molekul DNA, Pemutusan ikatan
hidrogen antar pasangan basa dibantu oleh DNA gyrase, Intermediet pada replikasi
DNA menghasilkan dua struktur seperti garpu dan satu struktur menyerupai
gelembung, Sintesis DNA pada untai leading dan lagging dilakukan oleh DNA
polimerase III, Panjang fragmen Okazaki 1000-2000 nukleotida, dan Laju replikasi
sangat cepat yakni 2000bp per sekon. Sedangkan pada eukariotik yaitu Replikasi
DNA terjadi di dalam nukleus memiliki beberapa titik daerah origin pada tiap
kromosom, Tidak membutuhkan DNA gyrase dalam memutus ikatan hidrogen antar
pasangan basa, Intermediet pada replikasi DNA menghasilkan kelipatan struktur
garpu, Sintesis DNA pada untai leading dilakukan oleh DNA polimerase δ dan untai
lagging oleh DNA polimerase α, Panjang fragmen Okazaki 100-200 nukleotida, dan
Laju replikasi lambat yakni 100 nukleotida per sekon

17
 DAFTAR PUSTAKA

Damayanti, E. 2011. Replikasi DNA Dan Abnormalitasnya Pada Pertumbuhan Sel Tumor.
Modul. Universitas Banjar Baru : Kabupaten Riau.

Gaffar, Shabarni. 2006. Bahan Ajar Bioteknologi Molekul. (Online)

(http://pustaka.unpad.ac.id/wp-content/uploads/2009/06/diktat_biotekmol.pdf,
diakses Selasa 02 Juli 2019).

Komalaayu, NM. 2015. Replikasi DNA. (online)

(https://www.academia.edu/18306413/Replikasi_DNA_Makalah, diakses Selasa
02 Juli 2019).

Sarmai, MS. 2013. Replikasi DNA. (online)

(http://staffnew.uny.ac.id/upload/197810222010122001/pendidikan/3-replikasi-
dna.pdf, diakses Selasa 02 Juli 2019).

18