ABSTRAK Patogenesis penyakit dimana merkuri sebagai agen penyebab akan melewati
komponen lingkungan sebagai media transmisi sebelum sampai pada manusia.
Terdapat beberapa lokasi pertambangan emas rakyat di Sulawesi Utara yang
menggunakan merkuri. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi jenis
bakteri yang hidup pada sedimen tanah tercemar merkuri, mengisolasi dan
mengidentifikasi karakter gen merB pada bakteri tersebut.
Dilakukan uji resistensi pada fenil merkuri, identifikasi Gram dan 16S rRNA,
amplifikasi dan sekuensing gen merB, pensejajaran dan pembuatan pohon
filogenetik gen merB pada isolat bakteri resisten fenil merkuri.
Terdapat 2 isolat bakteri Pseudomonas sp. yang resisten terhadap fenil merkuri.
Gen merB pada bakteri ini mempunyai homologi sebesar 98-100% dibandingkan
dengan gen merB pada bakteri yang terdapat pada GenBank. Sisi aktif enzim
organomerkuri liase (MerB) yang dikode oleh gen merB pada posisi Cys-96,
Cys-159 dan Asp-99 tetap dipertahankan oleh gen merB kedua isolat bakteri
hasil penelitian. Terdapat 3 tempat perbedaan nukleotida merB antara kedua
isolat hasil penelitian dengan P. aeruginosa galur ARY1.
Terjadi mutasi substitusi transisi pada merB posisi Val-124 (GTC→GTT) dan
Val-136 (GTT→GTC) maupun Glu-132 (GAG) → Gly-132 (GGG) dimana
isolat 2B.2 dan 4B.2 Pseudomonas sp. sama dengan Klebsiella sp. ND3 tapi
berbeda dengan P. aeruginosa galur ARY1 walaupun genus yang sama.
Walaupun asam amino glutamat diganti oleh glisin yang berbeda sifat polaritas
tapi tidak berpengaruh pada aktifitas bioremediasi karena tempat tersebut bukan
merupakan sisi aktif.
Gen merB terdapat pada isolat bakteri lokal, Pseudomonas sp., di Sulawesi
Utara. Penelitian ini perlu dilanjutkan untuk menghasilkan kloning enzim
MerB (organomerkuri liase) dalam mengatasi masalah pencemaran merkuri.
pembentukan protein enzim MerB (organo- Apakah terdapat gen merB dan bagaimana
merkuri liase) yang akan mengkata-lisa urutan nukleotida gen merB pada bakteri
pemutusan ikatan C–Hg pada merkuri tersebut? Apakah terdapat mutasi pada gen
organik (Miller, 1999), untuk menghasilkan merB tersebut? Tujuan penelitian ini untuk
karbon yang tereduksi dan ion merkuri mengidentifikasi jenis bakteri yang hidup
(Benison et al., 2004). pada sedimen tanah tercemar merkuri, meng-
Beberapa lokasi pertambangan emas isolasi dan mengidentifikasi karakter gen
rakyat di Sulawesi Utara telah atau sementara merB pada bakteri tersebut, sehingga isolasi
memakai merkuri. Salah satu efek negatif dan karakterisasi gen merB yang bertanggung
akibat kegiatan pertambangan ini yaitu jawab terhadap bioremediasi merkuri organik
adanya kandungan merkuri pada permukaan ini sangat berguna untuk dasar penelitian
tanah dan rumput sekitar buangan limbah, bioteknologi dalam mengatasi masalah
serta kandungan merkuri pada rambut kesehatan lingkungan.
pekerja tambang di atas nilai ambang yang
ditetapkan (Limbong, 2010), serta terdapat- BAHAN DAN CARA KERJA
nya bakteri resisten merkuri yang berasal dari
sumber air minum, urine dan feses Desain Penelitian
masyarakat tersebut (Dempata et al., 2010). Penelitian ini adalah jenis penelitian
Masalah dalam penelitian ini ialah survey (deskriptif eksploratif) dengan meng-
bahwa merkuri merupakan logam berat yang isolasi dan mengidentifikasi bakteri resisten
tidak mempunyai manfaat apapun dalam merkuri organik, serta mengisolasi dan
tubuh manusia, tetapi bisa terdapat sekitar mengkarakterisasi gen resisten merkuri
kita baik dalam konsentrasi yang aman organik (merB) pada bakteri sedimen tanah
ataupun di atas nilai ambang aman, sehingga tercemar merkuri.
bisa mengakibatkan gangguan kesehatan.
Merkuri organik merupakan jenis merkuri Lokasi dan Waktu Penelitian
yang paling toksik, tetapi terdapat bakteri di Penelitian ini dilakukan dengan
alam sekitar kita yang bisa mendetoksifikasi mengambil sampel sedimen tanah pada
merkuri organik termasuk bakteri resisten buangan limbah pertambangan emas rakyat
merkuri organik yang dapat hidup pada di Desa Tatelu, Kabupaten Minahasa Utara,
lokasi tercemar merkuri. Bakteri ini dapat Sulawesi Utara. Isolasi bakteri dan ampli-
melakukan detoksifikasi merkuri organik fikasi gen merB dilakukan di Laboratorium
secara enzimatik yang dikode oleh gen merB. Bioteknologi Fakultas MIPA Unsrat, Manado.
Sejauh ini belum ada penelitian gen merB Identifikasi bakteri secara 16S rRNA
pada bakteri yang hidup di lokasi per- dilakukan di Laboratorium Bioteknologi,
tambangan rakyat yang menggunakan Sekolah Farmasi ITB, Bandung. Sekuensing
merkuri di Sulawesi Utara, sehingga perlu gen 16S rRNA dilakukan di Macrogen, Korea,
dilakukan isolasi dan karakterisasi gen merB dan sekuensing gen merB dilakukan di First
pada bakteri tersebut. BASE Laboratories, Malaysia. Waktu penelitian
Berdasarkan latar belakang ini maka dimulai dari pengambilan sampel spesimen
dikemukakan pertanyaan penelitian yaitu: tanah dilakukan pada Juni 2011 sampai
bakteri resisten merkuri organik apakah yang dengan selesainya seluruh pekerjaan
hidup pada sedimen tanah tercemar merkuri? laboratorium pada akhir Pebruari 2012.
072 BILLY J. KEPEL, FATIMAWALI, IRAWAN YUSUF, ROSDIANA NATSIR, FATMAWATI BADARUDDIN
B2R (10 pmol/ul) 1,0 μl, cetakan DNA sampel sedimen, sehingga jumlah sampel
(koloni) 2 μl, H2O 19,5 μl sehingga total 50 μl. sedimen sebanyak 4 kantong dengan berat
Kondisi reaksi adalah denaturasi awal dan masing-masing sedimen tanah sekitar 200
denaturasi 94ºC 5 menit dan 45 detik, gram, dengan kondisi suhu dan pH sampel
penempelan 50 ºC 45 detik, polimerisasi 72ºC saat itu berturut-turut adalah 25-30 ºC dan
45 detik, dan pemantapan 72ºC 5 menit. 6,5-7,0. Kadar merkuri pada keempat titik
Reaksi dilakukan dalam 40 siklus. tersebut berturut-turut adalah 0,0402 – 0,0355
Elektroforesis gen merB dengan gel – 0,0390 – dan 0,0361 mg/L.
agarosa l,5% dan visualisasi di bawah sinar
UV. Sekuensing hasil amplilikasi gen merB Identifikasi Bakteri, Amplifikasi dan
dilakukan di First BASE Laboratories, Analisis Gen 16S rRNA
Malaysia. Urutan nukleotida gen merB Terdapat total 17 isolat bakteri
dilakukan BLAST sedimen dimana pada titik 1 terdapat 5 isolat
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) dan pada titik 2 sampai 4 masing-masing
serta melihat hubungan kekerabatan gen terdapat 4 isolat. Masing-masing titik
merB dan dengan membuat pohon filogenik. sedimen terdapat 1 isolat bakteri yang
Terjemahan urutan asam amino gen merB bertahan hidup dan tumbuh paling baik
dilakukan dengan menggunakan media sampai pada konsentrasi 10 ppm, yaitu isolat
online http://web.expasy.org/translate/, ke- 1A.2 (titik 1), isolat 2B.2 (titik 2), isolat 3A.1
mudian dianalisis hubungan kekerabatan (titik 3), dan isolat 4B.2 (titik 4). Berdasarkan
protein MerB (organomerkuri liase) dengan identifikasi morfologi pewarnaan Gram maka
menggunakan media online didapatkan hasilnya yaitu bakteri batang
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2 positif Gram pada isolat 1A.2 (titik 1) dan
/. 3A.1 (titik 3), dan bakteri batang negatif
Gram pada isolat 2B.2 (titik 2) dan 4B.2 (titik
HASIL 4). Hasil BLAST terhadap amplifikasi PCR
dan kemudian analisis gen 16S rRNA
Analisis Kadar Merkuri pada Sampel keempat isolat bakteri terlihat pada Tabel 1.
Sedimen Tabel 1 memperlihatkan bahwa isolat
Hasil analisis kadar merkuri pada 1A.1 dan 3A.1 100% mempunyai kesamaan
lokasi buangan limbah pertambangan emas dengan Bacillus cereus dan secara filogenetik
rakyat yang menggunakan merkuri di Desa paling dekat dengan spesies bakteri tersebut,
Tatelu, Minahasa Utara, menunjukkan serta demikian juga isolat 2B.2 dan 4B.2
kandungan merkuri melebihi dari kadar yang mempunyai 100% kesamaan dengan
diperbolehkan untuk limbah B3 sesuai PP Pseudomonas sp.
No. 18 Tahun 1999 Tentang Pengelolaan
Limbah B3, yaitu konsentrasi merkuri > 0,01 Amplifikasi, Elektroforesis, dan Visualisasi
mg/l. Pada lokasi tersebut dipilih 2 saluran Gen merB Bakteri
pembuangan secara purposif yang masing- Primer ini dapat mengamplifikasi gen
masing berasal dari 10 unit tromol pengolah- merB dengan ukuran 500 bp dari bakteri.
an emas yang menggunakan merkuri. Pada Hasil amplifikasi dilakukan elektroforesis
kedua saluran pembuangan tersebut ber- dengan agarose 1,5% dan divisualisasi
turut-turut terdiri dari 2 titik pengambilan dengan sinar UV, ditampilkan pada
074 BILLY J. KEPEL, FATIMAWALI, IRAWAN YUSUF, ROSDIANA NATSIR, FATMAWATI BADARUDDIN
Gambar 1. Optimasi terhadap kondisi PCR media nutrient agar yang mengandung 10
yaitu suhu penempelan telah dilakukan ppm fenil merkuri menunjukkan terdapat
berulang kali. Kondisi optimum tercapai aktifitas bioremediasi merkuri organik.
pada pengaturan suhu denaturasi pada 94ºC, Namun hanya 2 dari 3 isolat bakteri ini
penempelan primer pada 50ºC, dan
yang berhasil dilakukan amplifikasi gen
pemanjangan DNA pada 72ºC. Waktu tiap
merB dengan PCR, dan selanjutnya
langkah tersebut digunakan masing-masing
45 detik dengan 40 kali siklus. Hasil yang sekuensing gen merB hanya berhasil
diperoleh menunjukkan bahwa fragmen gen dilakukan pada 2 isolat, yaitu isolat 2B.2
merB dengan 500 bp berhasil diperoleh dari dan 4B.2 sebagai Pseudomonas sp.
amplifikasi dengan cetakan DNA koloni Terdapat kesamaan gen merB antara isolat
isolat 1A.2, 2B.2, dan 4B.2, sedangkan isolat 2B.2 dan 4B.2 sebagai Pseudomonas sp.
3A.1 tidak berhasil diamplifikasi. dengan Klebsiella sp. galur ND3 MerB,
complete cds (JN188358.1) dan
Sekuensing Gen merB Pseudomonas aeruginosa galur ARY1
Empat isolat bakteri yang berhasil organomercurial lyase (merB) gene, complete
dilakukan isolasi dan identifikasi dan cds (FJ613641.1) yang terdapat pada
keempat bakteri ini bisa tumbuh pada
Tabel 1. Hasil Blast Gen 16S rRNA Isolat Bakteri 1A.2, 2B.2, 3A.1 dan 4B.2
500 bp
Gambar 1. Elektroforegram fragmen gen merB hasil amplifikasi koloni bakteri dengan PCR. Isolat bakteri :
1A2 (Bacillus cereus), 2B.2 (Pseudomonas sp.), 3A.1 (Bacillus cereus), 4B.2 (Pseudomonas sp.)
kbp (kilo basie pair), bp (base pair)
ISOLASI DAN KARAKTERISASI GEN MERB PADA BAKTERI PSEUDOMONAS SP. SEBAGAI GEN 075
RESISTENSI MERKURI ORGANIK
GenBank. Homologi urutan nukleotida merB basa berbeda antara Klebsiella sp. ND3-MerB,
pada keempat bakteri tersebut sangat tinggi isolat 2B2.F Pseudomonas sp., dan isolat 4B.F
yaitu 98-100%. Sisi aktif enzim Pseudomonas sp. galur S2 di satu pihak,
organomerkuri liase (MerB) yang merupakan dengan Pseudomonas aeruginosa galur ARY1
hasil translasi gen merB pada posisi Cys-96 organomercurial lyase (merB) gene di lain pihak
dan Cys-159, yang merupakan conserved (Gambar 2). Tempat pertama yang berbeda
cystein, dan Asp-99 tetap dipertahankan oleh terlihat pada posisi Val-124 ketiga bakteri
gen merB kedua isolat bakteri hasil penelitian. pertama – termasuk isolat 2B.F Pseudomonas
Walaupun urutan nukleotida gen sp. dan isolat 4B.F Pseudomonas sp. sebagai
merB ini tidak banyak berbeda tapi ter- produk dari penelitian ini – pada basa GTT
identifikasi adanya 3 tempat dimana terdapat posisi Val-124 diganti dengan GTC (T→C)
Klebsiella-sp.ND3-MerB TCTTTGAAATTGACGACCGCCGTCTGTATGCCTGGTGCGCGCTGGACACC
4B.2_Pseudomonas_sp. TCTTTGAAATTGACGACCGCCGTCTGTATGCCTGGTGCGCGCTGGACACC
2B.2_Pseudomonas_sp. TCTTTGAAATTGACGACCGCCGTCTGTATGCCTGGTGCGCGCTGGACACC
P._aeruginosa_ARY1 TCTTTGAAATTGACGACCGCCGTCTGTATGCCTGGTGCGCGCTGGACACC
**************************************************
Cys-96 Asp-99
Klebsiella-sp.ND3-MerB TTGATATTTCCGGCGCTGATCGGCCGTACAGCTCGCGTCTCATCGCATTG
4B.2_Pseudomonas_sp. TTGATATTTCCGGCGCTGATCGGCCGTACAGCTCGCGTCTCATCGCATTG
2B.2_Pseudomonas_sp. TTGATATTTCCGGCGCTGATCGGCCGTACAGCTCGCGTCTCATCGCATTG
P._aeruginosa_ARY1 TTGATATTTCCGGCGCTGATCGGCCGTACAGCTCGCGTCTCATCGCATTG
**************************************************
Klebsiella-sp.ND3-MerB CGCTGCAACCGGAGCACCCGTTTCACTCACGGTTTCACCCAGCGAGATAC
4B.2_Pseudomonas_sp. CGCTGCAACCGGAGCACCCGTTTCACTCACGGTTTCACCCAGCGAGATAC
2B.2_Pseudomonas_sp. CGCTGCAACCGGAGCACCCGTTTCACTCACGGTTTCACCCAGCGAGATAC
P._aeruginosa_ARY1 CGCTGCAACCGGAGCACCCGTCTCACTCACGGTTTCACCCAGCGGGATAC
********************* ********************** *****
Val-124→Val-124 Gly-132→Glu-132
Klebsiella-sp.ND3-MerB AGGCTGTCGAACCTGCCGGCATGGCGGTGTCCTTGGTATTGCCGCAGGAA
4B.2_Pseudomonas_sp. AGGCTGTCGAACCTGCCGGCATGGCGGTGTCCTTGGTATTGCCGCAGGAA
2B.2_Pseudomonas_sp. AGGCTGTCGAACCTGCCGGCATGGCGGTGTCCTTGGTATTGCCGCAGGAA
P._aeruginosa_ARY1 AGGCTGTTGAACCTGCCGGCATGGCGGTGTCCTTGGTATTGCCGCAGGAA
******* ******************************************
Val-136→Val-136
Klebsiella-sp.ND3-MerB GCAGCCGACGTTCGTCAGTCCTTCTGTTGCCATGTACATTTCTTTGCATC
4B.2_Pseudomonas_sp. GCAGCCGACGTTCGTCAGTCCTTCTGTTGCCATGTACATTTCTTTGCATC
2B.2_Pseudomonas_sp. GCAGCCGACGTTCGTCAGTCCTTCTGTTGCCATGTACATTTCTTTGCATC
P._aeruginosa_ARY1 GCAGCCGACGTTCGTCAGTCCTTCTGTTGCCATGTACATTTCTTTGCATC
**************************************************
Cys-159
Gambar 2. Hasil pensejajaran gen merB isolat bakteri 2B.2 dan 4B.2 Pseudomonas sp. dengan Klebsiella sp. ND3-MerB dan P.
aeruginosa ARY1 pada GenBank. Cys-96 dan Cys-159 : asam amino sistein pada urutan ke 96 dan ke 159; Val-124 dan Val-136 :
asam amino valin pada urutan ke 124 dan ke 136; Gly-132 : asam amino glisin pada urutan ke 132; Glu-132 : asam amino asam
glutamat pada urutan ke 132; Val-124→Val-124 dan Val-136→Val-136 : terdapat pergantian basa nukleotida pada urutan asam
amino valin ke 124 dan ke 136, tetapi tidak merubah hasil translasi asam amino; Gly-132→Glu-132 : terdapat pergantian basa
nukleotida dengan merubah hasil translasi asam amino ke 132, yaitu glisin menjadi asam glutamat.
076 BILLY J. KEPEL, FATIMAWALI, IRAWAN YUSUF, ROSDIANA NATSIR, FATMAWATI BADARUDDIN
pada proses transkripsi GTT menjadi menghasilkan asam amino yang sama
GUU yang akan mengkode asam amino yaitu valin. Posisi Glu-132 (asam
valin. Walaupun posisi basa DNA yang glutamat) dengan basa GAG pada ketiga
akhirnya pada proses translasi RNA ke bakteri pertama diganti menjadi GGG
protein akan mengkode Val-124 ketiga (A→G) pada bakteri P. aeruginosa strain
bakteri pertama berbeda pada basa ter- ARY1 sehingga akhir dari proses translasi
akhir (T→C), tetapi tetap menghasilkan akan menjadi asam amino glisin (Gly-
asam amino yang sama yaitu valin. Hal 132). Gambar 3 menunjukkan hubungan
yang hampir sama terjadi juga pada filogenetik gen merB isolat bakteri 2B.2
posisi Val-136 dimana basa GTC pada dan 4B.2 Pseudomonas sp. dengan
tiga bakteri pertama menjadi GTT pada P. Klebsiella sp. ND3-MerB dan P. aeruginosa
aeruginosa strain ARY1, karena tetap ARY1 pada GenBank.
Gambar 3. Hubungan filogenetik gen merB isolat bakteri 2B.2 dan 4B.2 Pseudomonas sp. dengan Klebsiella sp. ND3-MerB dan P.
aeruginosa ARY1 pada GenBank
menunjukkan indikator paparan merkuri mesin PCR (termalcycler), jenis kit PCR,
kronis dengan terdeteksinya nilai merkuri di beserta kondisi reaksi masing-masing kompo-
atas ambang batas pada rambut. nen (konsentrasi enzim polimerase, MgCl2,
dan buffer) yang disarankan produsen kit
Identifikasi Bakteri Resisten Merkuri tersebut. Upaya-upaya untuk mengampli-
Organik fikasi isolat 3A.1 Bacillus cereus dan
Bakteri genus Bacillus merupakan menemukan apakah gen merB ini apakah
salah satu jenis bakteri positif Gram yang berada di plasmid atau di genom belum
paling banyak dilaporkan sebagai bakteri berhasil dilakukan. Namun banyak laporan
resisten merkuri organik (Wang et al., 1989; penelitian mendukung bahwa gen merB ini
Pahan et al., 1995; Silver dan Phung, 2005). berada pada plasmid (Liebert et al., 1997;
Selain itu juga bakteri Pseudomonas ter- Walsh et al., 1998; Mindlin et al., 2002).
identifikasi pada isolat 2B.2 dan 4B.1 yang
merupakan bakteri Gram negatif. Secara Sekuensing Gen merB
umum bakteri resisten merkuri Gram negatif Data GenBank, gen merB bakteri
yang berasal dari lingkungan telah di- Klebsiella sp. ND-3 dan P. aeruginosa ARY1
identifikasi oleh beberapa peneliti (Bruce, mempunyai urutan nukleotida gen merB
1997; Silver dan Phung, 2005), bahkan pada lengkap sebanyak 639 basa nukleotida.
bakteri yang berasal dari feses primata yaitu Bakteri E. coli R831b yang mempunyai jumlah
P. fluorescens dan P. aeruginosa (Liebert et al., asam sebanyak 212 buah menunjukkan
1997). Clark et al. (1977) telah meng- bahwa bakteri ini mempunyai basa
identifikasi resistensi merkuri yang ditunjuk- nukleotida sebanyak 212 × 3 basa nukleotida
kan oleh 10 plasmid P. aeruginosa dan 1 = 636 + 3 nukleotida sebagai stop codon = 639
plasmid P. putida, serta Priyadarshini (2011) basa nukleotida, yang berarti jumlah basa
juga melaporkan resistensi merkuri yang nukleotida gen merB yang sama dengan
ditunjukkan oleh bakteri P. marincola dan P. bakteri Klebsiella sp. ND-3 (Lafrance-Vanesse
borbori. Beberapa strain Pseudomonas, dapat et al., 2009). Pada penelitian ini, jumlah basa
menurunkan kadar merkuri dapat kultur nukleotida yang berhasil dilakukan
sehingga bisa merupakan bioreaktor dalam sekuensing pada isolat 2B.2 dan 4B.2 adalah
proses detoksikasi merkuri (von Canstein et masing-masing sebanyak 506 dan 496 basa.
al., 2002; Dávila dan Custodio, 2009). Hal ini berarti bahwa hampir semua basa
Beberapa temuan ini menunjukkan bahwa nukleotida berhasil dilakukan sekuensing.
Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. merupakan Hasil pensejajaran terlihat bahwa
bakteri yang dapat beradaptasi dengan urutan nukleotida gen merB isolat 2B.2 dan
lingkungan yang mengandung merkuri 4B.2 yang merupakan Pseudomonas sp. tidak
dimana dapat mengembangkan sistem enzim jauh berbeda satu sama lain. Urutan
bioremediasi merkuri yang dikode oleh gen nukleotida pada kedua isolat di atas juga
merB. identik dengan urutan nukleotida pada
Klebsiella sp. ND-3-MerB dan P. aeruginosa
Amplifikasi, Elektroforesis, dan Visualisasi strain ARY1 yang terdapat pada GenBank. Hal
Gen merB Bakteri ini menunjukkan bahwa Pseudomonas sp. dan
Perbedaan pengaturan suhu dan Klebsiella sp. yang resisten terhadap merkuri
siklus dengan yang digunakan oleh Liebert et organik mempunyai urutan basa nukleotida
al. (1997) diduga disebabkan oleh perbedaan yang sama dalam mengkode sintesis protein
078 BILLY J. KEPEL, FATIMAWALI, IRAWAN YUSUF, ROSDIANA NATSIR, FATMAWATI BADARUDDIN
enzim MerB (organomerkuri liase). Secara dengan asam amino bermuatan positif (lisin,
bakteriologik, Klebsiella sp. dan Pseudomonas arginin atau arginin). Sebaliknya asam amino
sp. merupakan jenis bakteri yang banyak glisin merupakan asam amino non-polar
dilaporkan resisten terhadap merkuri organik alifatik karena rantai sampingnya hanya
(Schaefer et al., 2004). terdiri dari atom hidrogen dan cenderung
Terjadi jenis mutasi substitusi transisi berinteraksi dengan asam amino non-polar
pada Val-124 (GTC→GTT) karena terjadi lainnya (Nelson dan Cox, 2004). Perbedaan
pergantian basa nukleotida yang sejenis yaitu karakteristik kedua asam amino pada protein
T→C dimana keduanya adalah golongan enzim organomerkuri liase bisa mengalami
pirimidin, seperti juga pada posisi Val-136 perubahan konformasi protein tersebut yang
(GTT→GTC) (Maloy et al., 1994; Toha, 2009). selanjutnya bisa menyebabkan perubahan
Menarik untuk disimak bahwa justru gen aktifitas proses katalitik yang dilakukan
merB kedua isolat penelitian ini Pseudomonas enzim tersebut pada substrat merkuri
sp. sama dengan Klebsiella sp. ND3-MerB organik. Akan tetapi perbedaan asam amino
pada ketiga pasang basa DNA untuk Val-124 ini nampaknya bukan suatu critical point bagi
walaupun genus berbeda, dan sebaliknya enzim ini karena tidak berpengaruh pada
berbeda dengan P. aeruginosa strain ARY1 proses bioremediasi sebagai ekspresi fenotip
walaupun genus yang sama. katalisis enzim organomerkuri liase, karena
Hal yang sangat menarik di sini kedua isolat bakteri hasil penelitian tetap
bahwa terjadi perbedaan basa DNA yang tumbuh pada media kultur yang meng-
menyebabkan perbedaan produk asam amino andung fenil merkuri 10 ppm. Hal ini bisa
yang mempunyai sifat polaritas yang berbeda terjadi karena mutasi yang terjadi bukan
dan ini kembali terjadi antara Klebsiella sp. pada sisi aktif dari enzim organomerkuri
ND3-MerB, complete cds, isolat 2B2.F liase.
Pseudomonas sp., dan isolat 4B.2F Pseudomonas Organomerkuri liase (MerB) merupa-
sp., dengan P. aeruginosa strain ARY1 kan protein enzim yang hanya mempunyai
organomercurial lyase (merB) gene, complete cds. satu unit protomer atau protein monomer
Posisi Glu-132 (asam glutamat) dengan basa yang bisa mengkatalisis bioremediasi ber-
GAG pada ketiga bakteri pertama diganti bagai bentuk merkuri organik seperti metil
menjadi GGG (A→G) pada bakteri P. merkuri dan fenil merkuri (Benison et al.,
aeruginosa strain ARY1 sehingga akhir dari 2004; Silver dan Phung, 2005). Jadi walaupun
proses translasi akan menjadi asam amino metil merkuri yang terbanyak dibioremediasi
glisin (Gly-132). Jenis mutasi ini disebut di alam karena merupakan bentuk merkuri
substitusi transisi karena terjadi pergantian organik terbanyak di alam (Barkay et al.,
basa nukleotida yang sejenis yaitu A→G 2003), fenil merkuri yang dipakai dalam
dimana keduanya adalah golongan purin memantau ada tidaknya proses bioremediasi
(Maloy et al., 1994; Toha, 2009). ini juga berlaku seperti halnya proses
Asam glutamat merupakan asam bioremediasi merkuri organik di alam bebas.
amino yang bersifat polar bermuatan negatif Pada urutan asam amino isolat 2B.2 dan 4B.2
karena rantai sampingnya (gugus R) ini, sisi aktif protein enzim organomerkuri
mempunyai gugus karboksil pada yang akan liase (MerB) berhasil diidentifikasi pada
menjadi donor atau akseptor proton urutan asam amino Cys-96 dan Cys-159 yang
tergantung pada perubahan pH lingkungan juga merupakan conserved cysteines. Cys-96
dan akan membentuk ikatan ionik yang kuat dan Cys-159 ini memegang peran penting
ISOLASI DAN KARAKTERISASI GEN MERB PADA BAKTERI PSEUDOMONAS SP. SEBAGAI GEN 079
RESISTENSI MERKURI ORGANIK
Gupta A, Phung LT, Chakravarty L, Silver S 1999. Parks JM, Guo H, Momany C, Liang L, Miller SM,
Mercury Resistance in Bacillus cereus RC607: Summers AO, Smith JC 2009. Mechanism of Hg-C
Transcriptional Organization and Two New Open protonolysis in the organomercurial lyase MerB. J
Reading Frames. J Bacteriol. 181(22): 7080–7086. Am Chem Soc. 131: 13278–13285.
Konopka A, Zakharova T, Bischoff M, Oliver L, Priyadarshini S 2011. Isolation, identification and
Nakatsu C, Turco RF 1999. Microbial biomass and biochemical analysis of mercury resistant bacteria
activity in lead-contaminated soil. App Environ (MRB) from the effluent water of Rourkela Steel
Microbiol. 65(5): 2256-2259. Plant, Orrisa. Dissertation: Department of Life
Lafrance-Vanasse J, Lefebvre M, Di Lello P, Sygusch J, Science national Institute od Technology, Rourkela,
Omichinski JG 2009. Crystal structures of the Orissa.
organomercurial lyase MerB in its free and mercury- Rojas LA, Yanez C, Gonzalez M, Lobos S, Smalla K,
bound forms: insights into the mechanism of Seeger K 2011. Characterization of the Metabolically
methylmercury degradation. J Biol Chem. 284(2): Modified Heavy Metal-Resistant Cupriavidus
938-944. metallidurans Strain MSR33 Generated for Mercury
Liebert CA, Wireman J, Smith T, Summers AO 1997. Bioremediation. PLoS ONE, www.plosone.org, 6(3):
Phylogeny of Mercury Resistance (mer) Operons of e17555.
Gram-Negative Bacteria Isolated from the Fecal Schaefer JK, Yagi J, Reinfelder JR, Cardona T, Ellickson
Flora of Primates. Appl Environment Microbiol. K, Tel-Or S, Barkay T 2004. Role of the Bacterial
63(3): 1066–1076. Organomercury Lyase (MerB) in Controlling
Limbong D 2010. Analisis ancaman pencemaran Methylmercury Accumulation in Mercury-
merkuri oleh pertambangan emas skala kecil di Contaminated Natural Waters. Environ. Sci. Technol.
Tatelu. Diakses dari : 38(16): 4304–4311.
http://rmportal.net/library/content/tools/environ Silbergeld EK, Nash D, Trevant C, Strickland GTh, de
mental-policy-and-institutional-strengthening-epiq- Souza JM, da Silva RSU 2002.Mercury exposure and
iqc/epiq-environmental-policy-and-institutional- malaria prevalence among gold miners in Pará,
strengthening-cd-vol-1/epiq-cd-1-technical-area- Brazil. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina
policy-assessment-analysis-and-evaluation- Tropical. 35(5): 421-429.
strategic- planning/analisis-ancaman-pencemaran- Silver S, Phung LT 2005. A bacterial view of the periodic
merkuri-oleh-pertambangan-emas-skala-kecil-di- table: genes and proteins for toxic inorganic ions. J
tatelu (last modified Dec 19, 2011 02:16 AM) Ind Microbiol Biotechnol. 32(11-12): 587-605.
Maloy SR, Cronan Jr JE, Freifelder D 1994. Microbial Summers AO 2005. Metal resistence loci of bacterial
genetics, 2nd Ed. Boston : Jones and Barlett plasmids: a tribute to Stuart B. Levy, in Frontier in
Publishers. Antimicrobial Resistence (White DG, Alekshun MN,
Miller SM 1999. Bacterial detoxification of Hg(II) and McDermott PF [eds]). Washington DC: American
organomercurials. Essay Biochemistry. 34: 17-30. Society for Microbiology.
Mindlin VSZ, Bass IA, Bogdanova ES, Gorlenko ZhM, Toha AHA 2009. Ensiklopedia Biokimia dan Biologi
Kalyaeva ES, Petrova MA, Nikiforov VG 2002. Molekuler. Jakarta : EGC.
Horizontal Transfer of Mercury Resistance Genes in von Canstein H, Kelly S, Li Y, Wagner-Döbler I 2002.
Environmental Bacterial Populations Mol Biol. 36 (2), Species Diversity Improves the Efficiency of
160–170. (Publikasi diterjemahkan dari Mercury-Reducing Biofilms under Changing
Molekulyarnaya Biologiya. 36(2), 2002: 216–227). Environmental Conditions. Appl Environment
Nelson DL, Cox MM 2002. Lehninger Principles of Microbiol. 68(6): 2829-2837.
Biochemistry, 4th ed. W.H. Freeman Publisher. Walsh CT, Distefano MD, Moore MJ, Shewchuk LM,
Nofiani R, Gusrizal 2004. Bakteri resistensi merkuri Verdine GL 1998. Molecular basis of bacterial
spectrum sempit dari daerah bekas penambangan resistance to organomercurial and inorganic
emas tanpa izin (PETI) Mandor, Kalimantan Barat. J mercuric salts. FASEB Journal, 2(2): 124-130.
Natur Indonesia. 6(2): 67-74). Wang Y, Moore M, Levinson HS, Silver S, Walsh C,
Pahan K, Ghosh DK, Chaudhuri J, Gachhui R, Ray S, Mahler I 1989. Nucleotide sequence of a
Mandal A 1995. Mercury detoxifying enzymes chromosomal mercury resistance determinant from
within endospores of a broad-spectrum mercury a Bacillus sp. With broad-spectrum mercury
resistant Bacillus pasteurii strain DR2. J Bioscience. resistance. J Bacteriol. 171: 83-92.
20(1): 83-88.