REGULASI KOMPLEKS dari OPERON ARA

Repressor pada operon lac dan trp produk dari gen regulator berfungsi pada
tipe negatif untuk mematikan transkripsi dari operon. Pada sisi lainnya, protein
katabolis aktif (CAP) memberikan kontrol positif pada operon lac dengan
menstimulasi transkripsi pada operon. Regulasi protein utama dari operon ara
memerankan baik regulasi berefek negatif dan positif pada transkripsi dari gen
struktural operon, tergantung pada kondisi lingkungannya. Komponen regulator
yang mengontrol transkripi dari operon ara, termasuk sebuah elemen yang
bertindak dari jarak kurang lebih 200 bp jauh dari promotor yg membantu kontrol.
Operon ara dari E. coli mengandung 3 gen struktural (araB, araA, araD)
yang mengkodekan 3 enzim yg terlibat pada katabolisme arabinose. 3 gen ini
bekerja sama mentranskripsikan pada mRNA tunggal yang diinisiasi pada promotor
PBAD. (Transpor aktif arabinose kedalam sel dibawa oleh produk gen araE, AraF,
dan araG.gen ini berlokasi pada situs yang cukup jauh dengan operon araBAD).
Protein regulator pertama dari operon ara (protein araC) Diproduksi dari sebuah
transkip yang diinisiasi pada promotor yang disebut Pc. Pc promotor sedikitnya
mengandung 100 bp yang mana itu dekat dengan PBAD, tetapi dua promotor
menginisiasi transkripsi pada arah yang berlawanan. Protein araC, berperan sebagai
regulator negative (represor) transkripsi dari structural gen araB, araA, dan araD
dari PBAD Promotor ada ketika ara arabinosa dan cAMP tidak ada. Dia berperan
sebagai regulator positive (aktivator) dari transkripsi pada gen yang berasal dari
promotor PBAD ketika arabinos dan cAMP ada. Proses tersebut tergantung ada atau
tidaknya molekul efektor arabinosa dan cAMP, dan produk gen regulator ara C,
sebagai efek negative atau positive pada transkripsi dari araB dan araA dan araC.
sama halnya dengan lac operon, ara operon juga berperan sebagai represor
katabolik., yang bergantung pada kontrol positive oleh CAP dan cAMP.
Represi operon ara bergantung pada pengikatan protein araC di situs yang
disebut araO2 (O untuk operator, 2 karena operator ara kedua yang diidentifikasi)
terletak di 211 pasang nukleotida di hulu (relatif ke arah transkripsi dari PBAD)
dari situs pengikatan protein arac di aral. (Operator araO1,-operator ara pertama
yang diidentifikasi-mengontrol transkripsi gen regulator araC yang dimulai di Pc)
Model yang saat ini diterima untuk represi operon ara adalah bahwa protein araC
harus mengikat (sebagai dimer) di kedua situs aral dan situs araO2, dan bahwa
protein ini kemudian saling mengikat untuk membentuk loop DNA.
Ketika struktur loop terbentuk, harus mencegah pengikatan RNA
polimerase pada promotor yang berdekatan (PBAD) dari operon. Di hadapan
arabinose dan cAMP, operon ara diinduksi. Protein araC telah terbukti menjadi
aktivator transkripsi operon. Kompleks protein arabinose-araC dan kompleks
CAMP-CAP harus membuka loop dengan mengikat di situs aral mereka. RNA
polimerase mengikat di Situs PBAD dan memulai transkripsi gen struktural ara.
Represi Lambdi Prophage Selama Lisogeni
Ketika suhu bakteriofag lambda dalam keadaan profag pada sel lisogenik,
gen peng kode produk yang terlibat dalam jalur litik - yaitu, gen yang
mengendalikan Replikasi fag DNA , fag morfogenesis, dan lisis sel. Kode gen fag
lambda untuk represor, protein yang dikarakterisasi dengan berat molekul 27.000,
yang pada keadaan dimer atau tetramer berikatan dengan dua daerah operator yang
mengontrol transkripsi gen lambda dalam pertumbuhan litik. Dua wilayah operator
ini, disebut O, (untuk transkripsi dalam arah kiri) dan Og (untuk transkripsi dalam
arah kanan), tumpang tindih dengan urutan promotor di mana RNA polimerase
mengikat dan memulai transkripsi gen yang mengendalikan perkembangan litik.
dengan represor mengikat dua operator, RNA polimerase tidak dapat mengikat ke
dua promotor dan oleh karena itu, tidak dapat memulai transisi. Dengan cara ini,
gen fag disimpan terus menerus, memungkinkan profag yang "tidak aktif"
ditransmisikan dari sel induk induk menjadi keturunan sel generasi demi generasi.
Masing-masing operator mengandung tiga situs penekan represor dengan
urutan 17 pasangan nukleotida yang serupa, tetapi tidak identik. Setiap situs
pengikat represor memiliki simetri rangkap dua parsial di sekitar pasangan basa
pusat. Setiap urutan operator memiliki tiga situs pengikat represor dan bahwa
operator dan promotor (situs pengikatan RNA polimerase) tumpang tindih. Urutan
pasangan nukleotida dari wilayah OR ditampilkan di bagian atas, dengan urutan 17-
nukleotida-pasangan dari masing-masing situs pengikat penekan dalam kurung.
Titik oranye di antara dua untai DNA di dalam setiap situs pengikat represor
menunjukkan sumbu simetri parsial.

KONTROL OPERASI trp OLEH ATENUASI

Represi dan depresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural dari
operon trp sekitar 70 kali lipat. Pada mutan trpR yang tidak dapat membuat
represor, penambahan thryptophan ke a akan menyebabkan penurunan 8 hingga 10
kali lipat. Selain itu, penghapusan yang menghapus bagian dari wilayah trpL
menghasilkan peningkatan tingkat ekspresi operon trp. Efek dari penghapusan ini
terjadi pada keadaan tertekan dan depresi.
Regulasi level kedua dari operon trp ini disebut atenuasi, dan urutan dalam
trpL yang mengendalikan fenomena ini disebut attenuator. Atenuasi terjadi dengan
kontrol dari penghentian transkripsi di situs dekat akhir sekuen pertama mRNA.
Penghentian "prematur" transkripsi operon trp ini hanya terjadi jika ada tRNAtrp
bermuatan trypthophan dan menghasilkan transkrip 140-nukleotida-panjang
urutan-pertama-panjang.
Daerah attenuator memiliki urutan pasangan nukleotida yang identik
dengan sinyal terminasi transkripsi yang ditemukan di ujung sebagian besar operon
bakteri (termasuk operon trp). Sinyal terminasi ini mengandung palindrom yang
kaya GC diikuti oleh beberapa pasangan basa AT. Transkripsi dari sinyal terminasi
ini menghasilkan RNA yang baru lahir dengan potensi untuk membentuk struktur
"jepit rambut (“hairpin") yang terikat hidrogen diikuti oleh beberapa U.
Ketika transkrip yang baru lahir membentuk struktur jepit rambut,
menyebabkan regulasi konformasi terkait RNA polimerase, ia akan mentranskripsi
dalam loop berikut atau tidak ini yang membentuk ikatan gen [(A: U) n] dari
pasangan DNA-RNA. Nukleotida attenuator menjelaskan kemampuannya untuk
menghentikan transkripsi operon trp sebelum waktunya.
Gambar 14.10

Sekuen awal nukleotida dari mRNA operon trp. Daerah simetri dua dalam attenor
membentuk "hairpin" transkripsi-terminasi yang ditunjukkan pada Gambar 14.11c.
Perhatikan dua kodon triptofan tandem dalam urutan pengkodean untuk pemimpin
putatif pepuide. Trp ini kodon diyakini bertanggung jawab untuk mengendalikan
atenuasi oleh tryptophan.
Gambar 14.11
(Halaman kanan): Kontrol operon trp dengan atenuasi. Redaman terjadi dengan
penghentian transkripsi yang diatur triptofan dalam trpl. Sinyal terminasi
transkripsi normal pada bakteri adalah daerah simetri angka dua (dua urutan yang
membaca sama dalam arah berlawanan) diikuti oleh 4-8 AT pasangan basa. Daerah
hasil simetri angka dua dalam urutan MRNA yang dapat mendasarkan-pasangan
untuk membentuk struktur "jepit rambut" seperti yang ditunjukkan dalam (a) dan
(c). Urutan yang ditunjukkan pada (a) sebenarnya adalah urutan pasangan-basa
untuk sinyal terminasi transkripsi pertama pada akhir operon trp. Perhatikan
kesamaan struktur jepit rambut MRNA yang dibentuk oleh terminator r normal (a)
dan oleh attenuator (c). (B) Dengan tidak adanya triptofan, ribosom menerjemahkan
MRNA untuk membentuk peptida pemimpin menjadi terhenti di satu atau yang lain
dari dua kodon Trp. Hal ini memungkinkan pasangan-pasangan yang terbentuk
antara urutan pemimpin 74-85 dan 108-119 tetap utuh, yang pada gilirannya
mencegah jepit rambut pemutusan transkripsi dari pembentukan. Dengan
demikian, transkripsi berlanjut hingga sisa operon trp. (c) Jika triptofan hadir,
ribosom dapat menerjemahkan pada masa lalu kodon Trp ke kodon terminasi
transpor-peptida pimpinan UGA. Dengan melakukan hal itu, hal itu mengganggu
pasangan yang berpasangan di antara urutan pemimpin 74-85 dan 108-119. Ini,
pada gilirannya, membuat urutan terakhir bebas untuk pasangan-dasar dengan
urutan 126-134, membentuk jepit rambut transkripsi-terminasi. Dengan demikian,
deskripsi dihentikan pada urutan attenuato dan tidak berlanjut sampai sisa operasi.
Ingatlah bahwa transkripsi dimulai pada ujung 5 'c MRNA. Untuk alasan ini, urutan
74-85 dan 108-119 akan diproduksi dan dapat dipasangkan sebelum urutan 12 134.
Bahkan telah disintesis.
Ada tidak nya triptofan ditentukan oleh kemungkinan berikut:
Pertama, transkripsi dan translasi digabungkan dalam prokariota, sehingga
ribosom mulai menerjemahkan mRNAS sementara mereka masih diproduksi dalam
transkripsi. Dengan demikian, peristiwa yang terjadi selama translasi juga dapat
mempengaruhi transkripsi.
Kedua, perhatikan bahwa urutan 162-nukleotida-panjang dari mRNA trp
operon berisi urutan yang dapat berpasangan untuk membentuk struktur sekunder
alternatif. Dua dari sekuens ini membentuk hairpin transkripsi-terminasi yang telah
disebutkan sebelumnya. Hairpain ini dibentuk oleh pasangan-basa antara urutan
nukleotida 114-121 dan 126-134 (nukleotida 1 ada di ujung 5 '). Struktur sekunder
alternatif hasil dari pasangan-dasar antara urutan 74-85 dan 108-119. Jelas, hanya
satu dari struktur ini yang dapat ada pada satu waktu, karena nukleorida 114-119
adalah bagian dari keduanya. Jadi, jika sekuens 74-85 dan 108-119 berpasangan-
basa, hairpin transkripsi-terminasi attenuator tidak dapat terbentuk.
Ketiga, perhatikan bahwa sekuen pertama mengandung kodon inisiasi
translasi AUG, diikuti oleh 13 kodon untuk asam amino, diikuti oleh kodon
terminasi translasi UGA. Selain itu, sekuen pertama trp telah terbukti mengandung
situs efisien ikatan ribosom yang terletak di posisi yang sesuai untuk inisiasi
terjemahan pada kodon inisiasi AUG. Tampaknya sangat mungkin bahwa "leader
peptide" yang panjangnya 14 asam amino. Peptida pertama belum terdeteksi in
vivo, tetapi peptida pendek dari tipe ini sangat cepat terdegradasi pada E. coli,
sehingga kegagalan untuk mendeteksinya tidak terduga.
Peptide pertama mengandung dua residu kodon trp. Kedua kodon Trp
diposisikan sedemikian rupa sehingga tanpa ada triptofan (dan dengan demikian
tidak adanya Trp-tRNA, tp), ribosom akan terhenti sebelum bertemu dengan
struktur berpasangan yang dibentuk oleh urutan pemimpin 74-85 dan 103- 119.
Pasangan-pasangan ini menghalangi pembentukan hairpin transkripsi-terminasi.
Jadi, dengan tidak adanya triptofan, transkripsi akan terus melewati attenuator ke
dalam gen trpE.
Di tryptophan, ribosom dapat menerjemahkan melewati kodon Trp ke
kodon terminasi peptide pertama. Pada triptofan, transkripsi sering berakhir pada
attenuator dimana mengurangi jumlah mRNA, untuk gen struktural trp. Transkripsi
dari operon trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat dengan efek
gabungan dari represi (hingga 70 kali lipat) dan atenuasi menjadi 10 kali lipat.

UMPAN BALIK INHIBISI DAN ENZIM ALLOSTERI

Adanya konsentrasi yang cukup dari produk akhir (seperti histidine atau
tryptophan) dari jalur biosintetik sering mengakibatkan penghambatan enzim
pertama di jalur pathway. Kejadian tersebut disebut feedback inbibition atau
inhibisi (penghambatan) produk akhir. Penghambatan umpan balik (feedback
inhibition) menghentikan sintesis produk akhir seketika, ketika ditambahkan ke
media.
Enzim penghambat umpan balik memiliki sisi pengikatan produk akhir di
samping sisi pengikatan substrat. Enzim multimerik, produk akhir atau sisi/situs
pengikatan pengatur berada pada subunit (polipeptida) yang berbeda dari sisi/situs
Substrat. Setelah mengikat ujung dari produk, enzim tersebut menjalani perubahan
konformasi, yang disebut transisi alosterik dimana dapat mengurangi afinitasnya
terhadap substratnya. Protein yang mengalami perubahan konformasi seperti itu
biasanya disebut sebagai protein alosterik.

URUTAN SEMENTARA DARI EKSPRESI GEN SELAMA FASE INFEKSI

Gen virus diekspresikan dalam sekuens yang diprogram secara genetik. Satu
set gen fage, biasanya disebut "gen awal” (early genes), diekspresikan segera
setelah infeksi. Produk dari satu atau lebih “gen awal” bertanggung jawab untuk
mematikan ekspresi gen awal dan menghidupkan ekspresi set gen berikutnya, dan
seterusnya. Regulasi ekspresi gen sequential selama fase infeksi terjadi terutama
pada tingkat transkripsi. Virus bakteri -E. coli phages T4 dan T7 dan Bacillus
subtilis phage SPO1-ekspresi gen sekuensial dikendalikan dengan memodifikasi
spesifisitas promotor RNA polimerase, baik dengan sintesis RNA polimerase baru
(T7) atau dengan perubahan yang diinduksi fag dari RNA polimerase sel inang (T4
dan SP01).
Dalam sel yang terinfeksi T7 fag, gen "awal" ditranskripsi oleh E. coli RNA
polimerase. Salah satu kode gen "awal" untuk T7 RNA polimerase, yang kemudian
mentranskripsikan semua gen "terlambat" (pengkodean untuk protein struktural T7,
lisozim, dll.). Bacillus subtilis phage SPO1 menunjukkan jalur ekspresi gen
sekuensial yang sedikit lebih kompleks, yang melibatkan tiga set gen. Tiga set gen
ini disebut "awal," "tengah," dan "akhir" gen dalam referensi waktu mereka ekspresi
selama siklus reproduksi fag. Gen "awal" SPO1 ditranskripsi oleh B. subtilis RNA
polimerase. Salah satu produk gen "awal" adalah polipeptida yang berikatan dengan
RNA polimerase sel inang, yang mengubah kekhususannya sehingga
mentranskripsi gen "tengah" SP01. Dua produk dari gen "menengah" adalah, pada
gilirannya, polipeptida yang berasosiasi dengan B. subtilis RNA polimerase,
selanjutnya mengubah kekhususannya sehingga kemudian mentranskripsikan gen
"terlambat" dari SPO1.
Phage T4 menunjukkan pola ekspresi gen sekuensial yang lebih kompleks,
melibatkan beberapa modifikasi RNA polimerase sel inang yang berbeda. Kontrol
ekspresi gen sekuensial yang diamati terjadi terutama pada tingkat transkripsi dan
dimediasi oleh interaksi sekuens RNA polimerase-promoter spesifik.

PERTANYAAN
1. Jelaskan peran dari protein regulator pertama dari operon ara (protein araC)
pada proses katabolisme arabinose?
- Protein araC berperan sebagai regulator negative (represor), transkripsi dari
structural gen araB, araA, dan araD dari PBAD Promotor ketika ara
arabinosa dan cAMP tidak ada. Protein araC berperan sebagai regulator
positive (aktivator) dari transkripsi gen yang berasal dari promotor PBAD
ketika arabinos dan cAMP ada. Pada proses katabolisme arabinose dapat
tergantung dari beberapa factor salah satunya adalah hasil dari produk gen
regulator ara C, sebagai efek negative atau positive pada transkripsi dari
araB dan araA dan araD.
2. Sebutkan dan jelaskan dua daerah operator yang mengontrol transkripsi gen
lambda dalam pertumbuhan litik!
- Dua wilayah operator yang mengontrol transkripsi gen lambda dalam
pertumbuhan litik yaitu O untuk transkripsi dalam arah kiri dan Og untuk
transkripsi dalam arah kanan, kedua wilayah tersebut tumpang tindih
dengan urutan promotor di mana RNA polimerase mengikat dan memulai
transkripsi gen yang mengendalikan perkembangan litik. Dengan represor
mengikat dua daerah operator, RNA polimerase tidak dapat mengikat ke
dua promotor sehingga tidak dapat memulai transisi. Masing-masing dua
daerah operator tersebut mengandung tiga situs penekan represor dengan
urutan 17 pasangan nukleotida yang serupa, tetapi tidak identik. Setiap situs
pengikat represor memiliki simetri rangkap dua parsial di sekitar pasangan
basa pusat.