DIMENSI REGULASI GEN EUKARYOTIK

Eukariota, terutama organisme multisel seperti kita, gen juga diatur dalam dimensi
spasial. Organisme multiseluler mengandung banyak tipe sel berbeda yang diorganisasikan ke
dalam jaringan dan organ. Gen tertentu mungkin diekspresikan dalam sel darah, tetapi tidak
pernah dalam sel saraf. Seperti pada prokariota, ekspresi gen pada eukariota melibatkan
transkripsi DNA menjadi RNA dan terjemahan selanjutnya dari RNA itu menjadi polipeptida.
Pembagian sel eukariotik menjadi organel secara fisik memisahkan peristiwa ekspresi gen.
Peristiwa utama, transkripsi DNA menjadi RNA, terjadi padanukleus. Transkrip RNA juga
dimodifikasi dalam nukleus dengan capping, polyadenylation, dan penghilangan intron. RNA
yang dihasilkan kemudian diekspor ke sitoplasma di mana mereka terkait dengan ribosom,
banyak di antaranya terletak pada membran retikulum endoplasma. Setelah dikaitkan dengan
ribosom, mRNA ini diterjemahkan menjadi polipeptida. Pemisahan fisik dari peristiwa
ekspresi gen ini memungkinkan regulasi terjadi di tempat yang berbeda. Regulasi dapat terjadi
pada nukleus di baik tingkat DNA atau RNA, atau di sitoplasma di tingkat RNA atau
polipeptida.
TRANSKRIPSI DNA YANG DIKENDALIKAN
Pada prokariota, ekspresi gen diatur terutama dengan mengendalikan transkripsi DNA
menjadi RNA. Gen yang tidak ditranskripsikan maka tidak diekspresikan. Transkripsi
terjadi pada prokariota ketika molekul pengatur negatif seperti protein penekan lac telah
dihilangkan dari sekitar gen dan molekul pengatur positif seperti protein aktivator katabolit
(CAP) / kompleks AMP siklik terikat padanya6kontrol interaksi. Kontrol transkripsi lebih
kompleks pada eukariota daripada prokariota. Komunikasi antar sel merupakan aspek
penting dari regulasi transkripsi eukariotik. Seperti pada prokariota, regulasi transkripsional
eukariotik dimediasi oleh interaksi proteinDNA. Positif dan negatif protein regulator
mengikat daerah DNA tertentu dan merangsang atau menghambat transkripsi.
PENYAMBUNGAN ALTERNATIF RNA
Sebagian besar gen eukariotik memiliki intron, daerah nonkode urutan yang
menentukan asam amino polipeptida. Salah satu contoh dari splicing alternatif terjadi
selama ekspresi gen untuk troponin T, protein yang ditemukan di otot rangka vertebrata;
ukuran protein ini berkisar antara 150 hingga 250 asam amino. Pada tikus, gen T troponin
lebih dari 16 kb panjang dan mengandung 18 ekson yang berbeda (Gambar 19.2). Transkrip
gen ini disambungkan dengan berbagai cara untuk membuat susunan besar mRNA. Ketika
ini diterjemahkan, banyak polipeptida T troponin yang berbeda diproduksi. Semua
 polipeptida ini berbagi asam amino dari ekson 1-3, 9-15, dan 18. Namun, wilayah yang
dikodekan oleh ekson 4-8 mungkin ada atau tidak ada, tergantung pada pola
penyambungan, dan tampaknya dalam kombinasi apa pun. Variasi tambahan disediakan
oleh ada atau tidak adanya daerah yang dikodekan oleh ekson 16 dan 17; jika 16 hadir, 17
tidak, dan sebaliknya. Bentuk troponin T yang berbeda ini mungkin berfungsi dalam cara
yang sedikit berbeda di dalam otot, berkontribusi terhadap variabilitas aksi sel otot. Untuk
menghargai variasi yang dapat dihasilkan dengan penyambungan RNA secara alternatif,
selesaikan melalui Solve It: Counting mRNAs.

Gambar. Penyambungan transkrip alternatif dari gen T troponin tikus. Hanya 3 dari 64
mRNA yang mungkin ditampilkan.
PENGENDALIAN SIKLOPLASMIK STABILITAS RNA MESSENGER
Messenger RNA diekspor dari nukleus ke sitoplasma di mana mereka berfungsi
sebagai template untuk sintesis polipeptida. Begitu berada di sitoplasma, mRNA tertentu
dapat diterjemahkan oleh beberapa ribosom yang bergerak di dalamnya secara berurutan.
Jalur perakitan translasi ini berlanjut sampai mRNA terdegradasi. Oleh karena itu degradasi
RNA Messenger adalah titik kontrol lain dalam keseluruhan proses ekspresi gen. MRNA
yang berumur panjang dapat mendukung banyak putaran sintesis polipeptida, sedangkan
mRNA yang berumur pendek tidak bisa. Penelitian baru-baru ini mengungkapkan bahwa
stabilitas mRNA dan terjemahan mRNA menjadi polipeptida juga diatur oleh molekul RNA
kecil dan bukan pengkodean yang disebut RNA interfering kecil (siRNAs) atau microRNAs
(miRNAs). Molekul RNA pengatur ini, yang panjangnya antara 21 dan 28 nukleotida,
dihasilkan dari RNA yang lebih besar dan beruntai ganda dalam berbagai organisme
eukariotik, termasuk jamur, tanaman, dan hewan. Pasangan-campur dan microRNA pendek
dengan urutan dalam mRNA tertentu; sekali dipasangkan, mereka menyebabkan mRNA
dibelah dan kemudian terdegradasi, atau mereka mencegah mRNA dari diterjemahkan
menjadi polipeptida.
Induksi Aktivitas Transkripsi oleh Faktor Lingkungan dan Biologis
Ekspresi gen eukariotik dapat diinduksi oleh faktor lingkungan seperti panas dan
oleh pensinyalan molekul seperti hormon dan faktor pertumbuhan.
SUHU: GEN HEAT-SHOCK
Ketika organisme mengalami tekanan suhu tinggi, mereka merespons dengan
mensintesis sekelompok protein yang membantu menstabilkan lingkungan seluler internal.
Protein heat shock ini, ditemukan pada prokariota dan eukariota, adalah salah satu
polipeptida yang paling dikonservasi yang dikenal. Perbandingan sekuens asam amino
protein heat-shock dari organisme yang beragam seperti E. coli dan Drosophila
menunjukkan bahwa mereka adalah 40 sampai 50 persen identik- sebuah temuan luar biasa
mengingat lamanya waktu evolusi yang memisahkan organisme ini. Ekspresi protein heat-
shock diatur pada tingkat transkripsional; yaitu, stres panas secara khusus menginduksi
transkripsi gen yang mengkode protein. Ketika Drosophila mengalami stres akibat panas,
HSTF secara kimiawi diubah oleh fosforilasi. Dalam keadaan yang diubah ini, ia berikatan
secara spesifik dengan sekuens nukleotida di hulu gen hsp70 dan membuat gen lebih mudah
diakses oleh RNA polimerase II, enzim yang menyalin sebagian besar gen penyandi protein.
Transkripsi gen hsp70 kemudian distimulasi dengan penuh semangat. Urutan yang mengikat
HSTF terfosforilasi disebut elemen respon sengatan panas (HSE).
MOLEKUL SINYAL: GEN YANG MENANGGUNG HORMON
Pada eukariota multiseluler, satu jenis sel dapat memberi sinyal yang lain dengan
mengeluarkan hormon. Kelas pertama, hormon steroid, adalah molekul kecil yang larut
dalam lemak yang berasal dari kolesterol. Karena sifat lipidnya, mereka memiliki sedikit
atau tanpa kesulitan melewati membran sel. Contohnya adalah estrogen dan progesteron,
yang memainkan peran penting dalam siklus reproduksi wanita; testosteron, hormon
diferensiasi dan perilaku pria; glukokortikoid, yang terlibat dalam mengatur kadar gula
darah; dan ecdysone, hormon yang mengontrol kejadian perkembangan pada serangga.
Hormon kelas kedua, hormon peptida, adalah rantai linier asam amino. Seperti semua
polipeptida lainnya, molekul-molekul ini dikodekan oleh gen. Contohnya adalah insulin,
yang mengatur kadar gula darah, somatotropin, yang merupakan hormon pertumbuhan, dan
prolaktin, yang menargetkan jaringan di payudara mamalia betina. Ekspresi gen yang
diinduksi hormon dimediasi oleh urutan spesifik dalam DNA. Urutan ini, yang disebut
elemen respons hormon (HREs), analog dengan elemen respons sengatan panas yang
dibahas sebelumnya. Mereka terletak di dekat gen yang mereka atur dan berfungsi untuk
mengikat protein spesifik, yang kemudian bertindak sebagai faktor transkripsi. Dengan
hormon steroid seperti estrogen, HRE terikat oleh kompleks hormon / reseptor, yang
kemudian merangsang transkripsi.
Kontrol Molekuler Transkripsi dalam Eukariota
Transkripsi gen eukariotik diatur oleh interaksi antara protein dan sekuens DNA
dalam atau dekat gen. Banyak penelitian saat ini tentang ekspresi gen eukariotik berfokus
pada faktor-faktor yang mengontrol transkripsi. Penekanan berat pada kontrol transkripsi
ini sebagian disebabkan oleh pengembangan teknik eksperimental. Dalam prokariota dan
eukariota, transkripsi adalah peristiwa utama dalam ekspresi gen; karena itu merupakan
level paling mendasar di mana ekspresi gen dapat dikendalikan.
Dna Yang Terlibat Dalam Pengendalian T Ranscription
Transkripsi dimulai pada promotor gen di tempat RNA polimerase. transkripsi dari
promotor gen eukariotik membutuhkan beberapa protein aksesori. Interaksi yang terjadi di
antara yang khusus faktor transkripsi, faktor transkripsi basal, dan RNA polimerase
mengatur transkripsi aktivitas gen. Enhancer menunjukkan tiga sifat: (1) mereka bertindak
relatif besar jarak — hingga beberapa ribu pasangan basa dari gen teregulasi mereka;
(2)pengaruh pada ekspresi gen tidak tergantung pada orientasi (3) efeknya tidak tergantung
pada posisi. Ketiganya karakteristik membedakan peningkat dari promotor, yang biasanya
terletak di dalam gen dan yang berfungsi hanya dalam satu orientasi. Enhancers bisa
berukuran relatif besar, hingga beberapa ratus pasangan basa. Enhancer memiliki aktivitas
pengaturan parsial sendiri. Sebagian besar enhancer berfungsi secara spesifik jaringan;
yaitu, merangsang transkripsi hanya pada jaringan tertentu. Contoh yang jelas dari
spesifisitas jaringan ini berasal dari studi gen kuning pada Drosophila. Gen ini bertanggung
jawab untuk pigmentasi di banyak bagian tubuh — di sayap, kaki, dada, dan perut.
Protein yang terlibat dalam control transkripsi: Faktor transkripsi
Protein ini mempunyai setidaknya dua struktur kimia penting yaitu : Domain
pengikatan DNA dan domain pengaktifan transkripsi. Dua domain pengaktivasi transkripsi
terdapat pada polipeptida ini, satu terletak di tengah dan satu terletak pada gugus terminus
karboksil. Pada protein reseptor steroid hormone, yang merupakan faktor transkripsi pada
hewan, domain pengikatan DNA letaknya terpusat dan terlihat tumpang-tindih dengan
domain pengaktivan transkripsi yang memanjang dari asam amino terminal. Reseptor
hormone steroid juga mempunyai domain ketiga yang berfungsi spesifik untuk mengikat
hormone steroid.
REGULASI POSTTRANSKRIPSIONAL EKSPRESI GEN OLEH RNA
INTERFERENCE
RNA nonkode pendek dapat mengatur ekspresigen eukariotik dengan berinteraksi
dengan mRNA diproduksi oleh gen-gen ini. Meskipun banyak regulasi gen eukariotik terjadi
pada level transkripsi, penelitian terbaru menunjukkan bahwa mekanisme posttranskripsi juga
memainkan peran penting dalam mengatur ekspresi gen eukariotik. Beberapa mekanisme ini
melibatkan RNA kecil dan bukan pengkodean.
RNAi Pathways
Fenomena interferensi RNA, yang dirangkum dalam Gambar 19.8, melibatkan
molekul RNA kecil yang disebut RNA interfering pendek (siRNAs) atau microRNAs
(miRNAs). Molekul-molekul ini, 21 hingga 28 pasangan basa panjang, dihasilkan dari
molekul RNA yang lebih besar dan beruntai ganda oleh aksi enzimatik protein yang
merupakan endonuklease spesifik RNA yang digandakan. Karena endonucleases ini
"memotong" RNA besar menjadi potongan-potongan kecil, mereka disebut enzim Dicer.
SUMBER-SUMBER RNA YANG MENARIK SINGKAT DAN MicroRNA
Beberapa molekul RNA kecil yang menginduksi RNAi berasal dari transkrip gen
microRNA. Gen-gen ini, biasanya dilambangkan dengan simbol mir, ditemukan di genom
berbagai jenis eukariota; sekitar 100 gen mir hadir di Genom C. elegans dan Drosophila, dan
sekitar 250 terdapat dalam genom vertebrata. Awalnya, beberapa gen ini diidentifikasi melalui
analisis mutasi itu mengubah regulasi gen lain. Ketika gen mir ditentukan oleh mutasi ini
dianalisis pada tingkat molekuler, mereka ditemukan memiliki sedikit atau tidak ada
proteincoding potensi.
Ekspresi Gen dan Organisasi Chromatin
Kromosom eukariotik terdiri dari bagian DNA dan protein yang kira-kira sama. Secara
kolektif, kami menyebut materi ini sebagai kromatin. Karakteristik kimia kromatin bervariasi
sepanjang kromosom. Di beberapa daerah, misalnya, histones, yang merupakan sebagian
besar protein dalam kromatin, memiliki asetilasi, dan di daerah lain, beberapa nukleotida
dalam DNA dimetilasi.
EUCHROMATIN DAN HETEROCHROMATIN
Kombinasi analisis genetik dan molekuler telah menunjukkan bahwa sebagian besar
gen eukariotik terletak di euchromatin. Terlebih lagi, ketika gen ekarromatik secara artifisial
dialihkan ke lingkungan heterokromatik, mereka cenderung berfungsi secara tidak normal,
dan, dalam beberapa kasus, tidak berfungsi sama sekali. Banyak contoh variegasi efek posisi
telah ditemukan di Drosophila, biasanya dalam hubungan dengan inversi atau translokasi
yang memindahkan gen euchromatic ke heterochromatin. Perilaku gen putih pada lalat
dengan kromosom X yang disusun ulang ini menunjukkan bahwa ekspresi gen dapat
dipengaruhi oleh kondisi yang tidak mengubah urutan nukleotida gen. Terlebih lagi, karena
gen putih diekspresikan dalam beberapa bercak mata, tetapi tidak pada gen yang lain, kita
tahu bahwa sekali kondisi ini terbentuk, mereka diwariskan secara klonal ketika sel- sel mata
membelah.

PERTANYAAN:
1. Apa yang dimaksud dengan epigenetic? (Annisah R.A)
Jawab: ekrspresi gen yang tidak sama dengan pengkodenya
2. Apa kaitannya HSTF dengan HSES? (Annisah R.A)
Jawab: apabila HSTF berikatan dengan HSES maka HSES akan mengaktifkan HST
maka transkripsi akan berjalan