Jalur Pengaturan Ekspresi Gen, Kontrol Molekuler Transkripsi, Ekspresi Gen dan

Organisasi Kromatin pada Eukaryot

Resume

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II

yang dibina oleh Bapak Prof. Dr.agr. Mohamad Amin, M.Si

Oleh :
Kelompok 5 offering K 2017
Pratiwi Kartika Sari (160342606267)
Nadilah Nur Anggraeni (170342615521)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

September 2019
TOPIK 1
JALUR PENGATURAN EKSPRESI GEN PADA EUKARIOT
A. Dimensi dari Regulasi Gen pada Eukariot
Diantara eukariota, terutama organisme multisel seperti kita, gen diatur dalam dimensi sp
asial. Organisme multiseluler mengandung banyak tipe sel berbeda yang diorganisasikan ke d
alam jaringan dan organ. Misalnya gen yang diekspresikan dalam sel darah tidak diekspresika
n dalam sel saraf, aatu bahkan hanya setiap gen memiliki ekspresi yang berlawanan. Perbedaa
n regulasi ekspresi gen tersebut mendasari kompleksitas anatomis dan fisiologis eukariota mu
ltiseluler. Ekspresi gen pada eukariota melibatkan transkripsi DNA menjadi RNA dan terjema
han selanjutnya dari RNA itu menjadi polipeptida. Namun, sebelum terjemahan, sebagian bes
ar RNA eukariotik “diproses”, yaitu RNA ditutup pada ujung 5 ', dipadatkan pada akhir, dan d
iubah secara internal dengan kehilangan urutan intron nonkoding.
B. Transkripsi DNA yang Dikendalikan
Kontrol transkripsi lebih kompleks pada eukariota daripada prokariota. Salah satu
alasannya adalah bahwa gen berada dalam nukleus. Sebelum sinyal lingkungan dapat ber efek
pada tingkat transkripsi, mereka harus ditransmisikan dari permukaan sel, tempat mereka
biasanya diterima, melalui sitoplasma dan membran inti, dan ke kromosom. Karena itu sel
eukariotik perlu sistem pensinyalan internal yang cukup rumit untuk mengontrol transkripsi
DNA. Sinyal dari lingkungan harus melewati lapisan sel untuk mempengaruhi transkripsi gen
dalam jaringan tertentu. Karena itu komunikasi antar sel merupakan suatu aspek penting dari
regulasi transkripsi eukariotik.
Seperti pada prokariota, regulasi transkripsional eukariotik adalah dimediasi oleh interaksi
protein-DNA. Protein pengatur positif dan negatif mengikat daerah DNA tertentu dan
menstimulasi atau menghambat transkripsi. Sebagai kelompok, protein ini adalah disebut faktor
transkripsi.
C. Alternatif Splicing RNA
Sebagian besar gen eukariotik memiliki intron, daerah nonkode yang mengganggu urutan
yang menentukan asam amino polipeptida. Setiap intron harus dihapus dari transkrip RNA
suatu gen yaitu dengan melibatkan penyatuan kode yang tepat urutan, atau ekson, menjadi RNA
messenger, agar urutan pengkodean diekspresikan dengan benar. Pembentukan mRNA
dimediasi oleh organel nuklir kecil yang disebut spliceosomes. Intron ini dapat dihilangkan
 secara terpisah atau dalam kombinasi, tergantung tentang bagaimana mesin splicing
berinteraksi dengan RNA. Jika dua intron berturut-turut adalah dihapus bersama, ekson di
antara mereka juga akan dihapus. Dengan demikian, splicing memiliki kesempatan untuk
memodifikasi urutan pengkodean RNA dengan menghapus beberapa eksonnya.
D. Kontrol Sitoplasmik Dari Stabilitas mRNA
mRNA diekspor dari inti ke sitoplasma tempatnya berperan sebagai templat untuk sintesis
polipeptida. Di sitoplasma, mRNA tertentu dapat diterjemahkan oleh beberapa ribosom yang
bergerak secara berurutan. Jalur translasi berlanjut sampai mRNA terdegradasi. Degradasi
mRNA adalah titik kontrol dalam keseluruhan proses ekspresi gen. mRNA yang terdegradasi
harus diisi ulang dengan transkrip tambahan, jika tidak polipeptida yang disandikannya akan
berhenti disintesis. Penghentian sintesis polipeptida ini merupakan bagian dari program
pengembangan, yaitu untuk mencegah sintesis polipeptida yang tidak diinginkan. Panjang
umur RNA Messenger dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor. Ekor poli (A) tampaknya
menstabilkan mRNA. Faktor kimia, seperti hormon, juga dapat mempengaruhi stabilitas
mRNA.
INDUKSI KEGIATAN TRANSKRIPSIONAL OLEH FAKTOR LINGKUNGAN DAN
BIOLOGIS
Dalam studi mereka tentang operon laktosa di E. coli, Jacob dan Monod menemukan
bahwa gen untuk metabolisme laktosa secara khusus ditranskripsi ketika laktosa diberikan kepada
sel. Dengan demikian, mereka menunjukkan bahwa laktosa adalah penginduksi transkripsi gen.
Gen eukariotik diinduksi oleh faktor-faktor lingkungan dan gizi tampaknya kurang dari pada
prokariota. Sehingga dapat dipertimbangkan dua contoh ekspresi gen yang diinduksi dalam
eukariota.
A. Suhu: Gen Heat-Shock
Ketika organisme mengalami tekanan suhu tinggi, mereka merespons dengan mensintesis
sekelompok protein yang membantu menstabilkan lingkungan seluler internal. Protein heat-
shock ini, ditemukan pada prokariota dan eukariota, salah satu polipeptida yang paling
terkonservasi yang dikenal. Ekspresi protein heat-shock diatur pada tingkat transkripsional;
yaitu, stres panas secara khusus menginduksi transkripsi gen yang mengkode protein ini.
 Gambar 1. Ekspresi protein heat-shock diatur pada tingkat transkripsional
Dalam Drosophila, misalnya, salah satu protein heat-shock yang disebut HSP70, dikodekan
oleh gen yang terletak di dua cluster terdekat di salah satu autosom. Ketika suhu melebihi 33
C, masing-masing gen ditranskripsi menjadi RNA, yang kemudian diproses dan
diterjemahkan untuk menghasilkan polipeptida HSP70. Transkripsi gen hsp70 yang diinduksi
oleh panas ini dimediasi oleh polipeptida yang disebut faktor transkripsi heat-shock, atau
HSTF, yang terdapat dalam inti sel Drosophila, yang secara kimiawi diubah oleh fosforilasi,
(Urutan yang mengikat HSTF terfosforilasi disebut elemen respon sengatan panas (HSE)),
yang kemudian berikatan secara spesifik dengan sekuens nukleotida di hulu gen hsp70 dan
membuat gen lebih mudah diakses oleh RNA polimerase II, enzim yang menyalin sebagian
besar gen penyandi protein. Transkripsi gen hsp70 kemudian distimulasi.
B. Molekulasi Sinyal: Gen Yang Menanggapi Hormon
Pada eukariota multiseluler, satu jenis sel dapat memberi sinyal yang lain dengan
mengeluarkan hormon. Pada hewan ada dua kelas hormon umum. Kelas pertama, hormon
steroid, adalah molekul kecil yang larut dalam lemak yang berasal dari kolesterol, yang mudah
keluar-masuk membran sel. Contohnya adalah estrogen dan progesteron; testosteron,
glukokortikoid; dan ecdysone.
 Gambar 2. Pengaturan ekspresi gen oleh hormon steroid.
Hormon kelas kedua, hormon peptida, adalah rantai linier asam amino, yaitu molekul-molekul
yang dikodekan oleh gen. Contohnya adalah insulin, somatotropin, dan prolaktin. Karena
hormon peptida biasanya terlalu besar untuk dilewati secara bebas melalui membran sel,
sinyal yang mereka sampaikan harus ditransmisikan ke bagian dalam sel oleh protein reseptor
yang terikat membran (Gambar 19.5).

Gambar 3. Pengaturan ekspresi gen oleh hormon peptida.

Ekspresi gen yang diinduksi hormon dimediasi oleh urutan spesifik dalam DNA. Urutan ini,
 yang disebut elemen respons hormon (HREs), analog dengan elemen respons sengatan panas.
Terletak di dekat gen yang mereka atur dan berfungsi untuk mengikat protein spesifik, yang
kemudian bertindak sebagai faktor transkripsi.
TOPIK 2

KONTROL MOLEKULER TRANSKRIPSI DALAM EUKARYOT

A. Urutan DNA yang Terlibat dalam Kontrol Transripsi
Transkripsi dimulai pada promotor gen, inisiasi dari transkripsi promotor gen eukariotik
membutuhkan beberapa protein aksesori, atau faktor-faktor transkripsi dasar. protein ini
berikatan dengan urutan di dalam promotor untuk memfasilitasi penyelarasan RNA polimerase
yang tepat pada templat untai DNA. Transkripsi gen eukariotik juga dikendalikan oleh berbagai
faktor transkripsi khusus. Faktor-faktor ini mengikat elemen respon, disebut enhancer di
sekitar gen. Faktor-faktor khusus transkripsi yang mengikat enhancer ini dapat berinteraksi
dengan faktor-faktor transkripsi basal dan RNA polimerase, yang mengikat promotor gen.
Interaksi yang terjadi antara yang faktor khusus transkripsi, faktor transkripsi basal, dan RNA
polimerase mengatur aktivitasi transkripsi gen.
Tiga sifat enhancer yaitu : (1) jaraknya relatif besar hingga beberapa ribu pasang basa dari
gen teregulasi mereka, (2) berpengaruh pada ekspresi gen, (3) tidak tergantng posisi, artinya
mereka dapat mereka dapat ditempatkan di upstream, downstream, atau dalam suatu intron gen
dan masih memiliki efek pada ekspresi gen. Sebagian besar Enhancer berfungsi secara spesifik
jaringan, yaitu mereka merangsang transkripsi hanya di jaringan tertentu. Protein yang
berikatan dengan enhancer mempengaruhi aktivitas protein yang mengikat promotor, termasuk
faktor transkripsi basal dan RNA polimerase.
B. Protein yang Terlibat dalam Kontrol Transkripsi: Faktor Transkripsi
Protein memiliki setidaknya dua domain kimia penting yaitu domain pengikat DNA dan
domain aktivasi transkripsi. Banyak faktor transkripsi eukariotik memiliki motif struktural
khas yang dihasilkan dari hubungan antara asam amino di dalam rantai polipeptida mereka.
Motif struktural pertama yaitu “jari seng”, loop peptida pendek yang terbentuk ketika dua
sistein di satu bagian polipeptida dan dua histidin di bagian lain di dekatnya bersama-sama
mengikat a ion seng; segmen peptida antara dua pasang asam amino lalu menonjol keluar dari
tubuh utama protein sebagai semacam jari.
Gambar 4. Motif struktural dalam berbagai jenis faktor transkripsi. (a) Motif jari-seng dalam faktor transkripsi
mamalia SP1, (b) motif heliks-turn-helix dalam faktor transkripsi homeodomain. (c) Motif risleting leusin yang
memungkinkan dua polipeptida untuk dimerisasi dan kemudian berikatan dengan DNA, (d) Motif helixloop-helix
yang memungkinkan dua polipeptida untuk dimerisasi dan kemudian berikatan dengan DNA.

Motif kedua dalam banyak faktor transkripsi adalah helix-turn-helix, rangkaian tiga heliks
pendek asam amino yang dipisahkan satu sama lain secara bergantian. Motif helix-turn-helix
bertepatan dengan daerah yang conserve sekitar 60 asam amino yang disebut homeodomain,
dinamakan demikian karena terjadi pada protein yang disandikan oleh gen homeotik Drosophila.
Protein homeodomain merangsang transkripsi gen tertentu dengan cara spesifik spasial dan
temporal selama pengembangan. Protein homeodomain memainkan peran penting sebagai faktor
transkripsi. Aktivasi transkripsi melibatkan interaksi fisik antar protein. Faktor transkripsi yang
terikat ke enhancer dapat melakukan kontak dengan satu atau lebih protein di enhancer lain, atau
dapat berinteraksi langsung dengan protein yang terikat di wilayah promotor. Melalui kontak dan
interaksi ini, domain aktivasi faktor transkripsi kemudian dapat menyebabkan konformasi
perubahan pada protein yang dirakit, membuka jalan bagi RNA polimerase untuk memulai
transkripsi.

Motif struktural ketiga yaitu leucine zipper, polipeptida berbentuk dimer oleh interaksi
antara leusin di masing-masing daerah zipper mereka. Ketika dua ritsleting ini berinteraksi,
wilayah bermuatan melebar ke arah yang berlawanan, membentuk permukaan yang dapat
mengikat DNA bermuatan negatif. Motif struktural keempat yaitu helix-loop-helix, dua daerah
heliks dari asam amino dipisahkan oleh loop nonhelical. Protein dengan bentuk ini dilambangkan
sebagai HLH dasar, atau bHLH protein.
 Faktor transkripsi dengan motif dimerisasi seperti leucine zipper atau helix-loop-helix pada
prinsipnya dapat bergabung dengan polipeptida seperti mereka untuk terbentuk homodimer, atau
mereka dapat bergabung dengan polipeptida yang berbeda untuk membentuk heterodimer.

REGULASI POST-TRANSKRIPSI EKSPRESI GEN OLEH RNA INTERFERANCE

Mekanisme posttranskripsi juga memainkan peran penting dalam mengatur ekspresi gen
eukariotik. Beberapa mekanisme melibatkan RNAs kecil, nonkoding. Pasangan dasar dengan
sekuens target pada molekul RNA messenger, campur tangan RNAs kecil ini dengan ekspresi gen.
Oleh karena itu, jenis regulasi gen posttranskripsi ini disebut RNA inter-ference, sering disingkat
RNAi.

A. Jalur RNAi

Fenomena interferensi RNA melibatkan molekul RNA kecil yang disebut RNA
interfering pendek (siRNAs) atau microRNAs (miRNAs).
 Gambar 5. Ringkasan peristiwa yang terlibat dalam jalur interferensi RNA.

Dalam sitoplasma, siRNAs dan miRNAs tergabung partikel ribonukleoprotein. Untai gan
da siRNAs dan miRNAs pada partikel ini terurai, dan salah satu untainya hilang. Satu untai RNA
yang bertahan berinteraksi dengan molekul messanger RNA spesifik. Interaksi dimediasi oleh pa
sangan basa antara RNA untai tunggal pada kompleks RNA-protein dan sekuen komplemen pada
molekul RNA messanger. Karena interaksi ini menghalangi ekspresi gen yang menghasilkan mR
NA, partikel RNA-protein disebut sebagai RNA-Induced Silencing Complex (RISC). fungsi da
ri protein ini belum diketahui.

Pasangan basa antara RNA dalam RISC dan sekuens gen target dalam mRNA sempurna,
RISC memotong mRNA target di daerah tengah pasangan basa. Pemotongan mRNA lalu terdegr
adasi, setelah terpotong RISC mungkin berasosiasi dengan molekul lain dari mRNA dan mengind
uksi pemotongan itu. Karena RISC dapat digunakan berulang kali tanpa kehilangan kemampuann
ya untuk menargetkan dan memotong mRNA, RSIC berperilaku sebagai katalis. RNA terkait RIS
C yang menghasilkan pemotongan mRNA biasanya disebut interferensi RNA pendek.

Ketika RNA di dalam RISC berpasangan tidak sempurna dengan sekuens targetnya, mRN
A biasanya terpotong, translasi mRNA terhambat. RNA terkait RISC yang memiliki efek ini bi di
sebut microRNA.

B. Sumber siRNAs dan MicroRNAs

Gen ini biasanya dilambangkan dengan simbol mir, gen mir ditemukan memiliki sedikit
atau tidak ada potensi protein koding, memiliki struktur yang aneh. Masing-masing berisi
peregangan pendek nukleotida berulang dalam orientasi yang berlawanan di sekitar
segmen pendek antar DNA. Ketika ditranskripsi, struktur pengulangan terbalik ini
menghasilkan sebuah RNA yang dapat dilipat kembali pada dirinya sendiri untuk
membentuk batang beruntai ganda pendek di dasar loop beruntai tunggal.

Gambar 6. Regulasi ekspresi gen oleh interferensi RNA

Enzim Dorsha mengenali loop batang, dan mengeluarkannya dari transkrip utama gen
mir. Loop batang yang dikeluarkan lalu dibawa ke sitoplasma dimana ia dipotong oleh
Dicer untuk membentuk miRNA. Setelah matang dalam RISC, miRNA beruntai tunggal
dapat menargetkan urutan mRNA yang diproduksi oleh gen lain. Beberapa RNA yang
menginduksi RNAi berasal dari transkripsi unsur lain dalam genom seperti transposon dan
transgen, dan mereka juga berasal dari RNA virus.
TOPIK 3

EKSPRESI GEN DAN ORGANISASI KROMATIN

Kromosom eukariotik terdiri dari bagian DNA dan protein. Secara keseluruhan disebut
dengan kromatin yang memiliki sifat kimia bervariasi pada kromosom. Bagaimana komposisi dan
organisasi protein mempengaruhi ekspresi gen?.
A. Eukromatin dan Heterokromatin
Variasi kepadatan kromatin dalam inti sel menyebabkan perbedaan pewarnaan pada bagian
kromosom. Material yang sangat terwarnai disebut dengan heterokromatin dan material yang
kurang terwarnai disebut eukromatin. Kombinasi analisis genetika dan molekuler
menunjukkan bahwa sebagian besar gen eukariotik terletak di eukromatin. Ketika gen
eukromatik dialihkan ke lingkungan heterokromatik, mereka cenderung berfungsi tidak normal
dan dalam beberapa kasus, gen tersebut tidak berfungsi sama sekali, yang disebut variegasi
efek-posisi. Alel putih berbintik pada Drosophila adalah contoh yang tepat. Satu gangguan
dekat lokus eukromatin white dan lainnya di heterokromatin basal kromosom X yang
mengganggu ekspresi gen white dan menyebabkan fenotip mata berbintik-bintik. Tampaknya
gen white eukromatik tidak berfungsi baik pada suasana heterokromatik. Contoh ini dan contoh
lainnya memberikan gambaran bahwa heterokromatin menekan fungsi gen, mungkin karena
menjadi bentuk yang terkondensasi sehingga tidak dapat ditranskripsi. Karena kondisi ini pada
struktur dasar gen white, kami mengatakan bahwa mereka bersifat epigenetik, yaitu keadaan
diwariskan selain dari urutan gen yang sebenarnya mengatur ekspresi gen. Keadaan epigenetik
yang diwariskan melibatkan beberapa aspek organisasi kromatin di dekat gen white yang
direposisi.
B. Organisasi Molekuler dari DNA Transkripsi Aktif
Perlakuan kromatin yang diisolasi dengan konsentrasi DNase I yang sangat rendah
menyebabkan DNA terpecah pada beberapa bagian tertentu, yang disebut dengan bagian
hipersensitifitas DNase I. Signifikansi fungsional dari bagian hipersensitif ini masih belum
jelas, tetapi beberapa bukti menunjukkan bahwa mereka dapat menandai daerah-daerah di
mana DNA tidak terurai secara, mungkin karena transkripsi telah dimulai. Pada kasus gen β-
globin untuk manusia, beberapa daerah hipersensitif DNase I terletak di daerah pertama kontrol
lokus (LCR) sepanjang gen itu sendiri. Gen-gen β-globin manusia diatur secara spasial dan
temporal. Bahkan, hal luar biasa dari kluster gen ini adalah bahwa anggotanya diekspresikan
pada waktu yang berbeda selama perkembangan.
LCR dari kluster gen β-globin mengandung sisi yang mengikat faktor transkripsi yang aktif
sebelum gen tersebut melakukan transkripsi. Diaktifkan terlebih dahulu ini dideteksi oleh
peningkatan sensitivitas DNA dalam LCR terhadap pencernaan DNase I dengan konsentrasi
rendah. LCR bukan hanya kumpulan perangkat tambahan yang melakukan kontrol atas
berbagai kontrol gen β-globin. LCR harus terletak di bagian upstream dari gen β-globin dan
secara alami untuk mengendalikan ekspresi gen dengan benar. LCR memiliki fitur lain yang
membedakannya dengan enhancer sederhana, yaitu dapat mengontrol ekspresi gen β-globin
ketika seluruh kluster gen (LCR + gen β-globin) dimasukkan dalam posisi kromosom yang
berbeda

Gambar 7. Kluster gen β-globin manusia pada kromosom nomor 11.

C. Remodeling Kromatin
DNA yang ditranskripsi lebih mudah diakses oleh serangan nuklease daripada DNA yang
tidak ditranskripsi. DNA yang ditranskripsi memang dikemas dalam nukleosom. Namun,
dalam DNA yang ditranskripsi, nukleosom diubah oleh kompleks multiprotein yang akhirnya
memfasilitasi aksi RNA polimerase. Perubahan nukleosom dalam persiapan untuk transkripsi
disebut dengan remodeling kromatin. Dua tipe umum kompleks remodeling kromatin telah
diidentifikasi. Tipe pertama terdiri dari kelompok enzim yang mentrasnfer gugus asetil ke asam
amino lisin pada posisi tertentu di histon nukleosom. Enzim ini disebut histone acetyl
transferase (HATs). Tipe lain dari permodelan kromatin mengganggu struktur nukleosom di
sekitar promotor gen. Kompleks ini dinamai untuk dua jenis mutasi (switching-inhibited dan
sukrosa nonfermenter) yang mengarah pada penemuan protein penyusunnya (Kompleks
SWI/NFS).
D. Metilasi DNA
Modifikasi kimia nukleotida penting untuk regulasi gen pada beberapa eukariota, terutama
mamalia. Modifikasi tersebut yaitu dengan penambahan gugus metil ke sitosin. Sebagian besar
sitosin termetilasi ditemukan dalam pasangan-pasangan basa dengan struktur,
5_ mC pG 3_
3_ GpCm 5_
di mana mC menunjukkan metilsitosin dan p antara C dan G menunjukkan ikatan fosfodiester
antara nukleotida yang berdekatan di setiap untai DNA (memberikan komposisi satu untai,
yaitu mCpG).
Dinukleotida CpG termetilasi dapat dideteksi dengan mencerna DNA dengan enzim
restriksi yang peka terhadap modifikasi kimiawi dari situs pengenalan mereka. Sebagai
contoh, enzim HpaII mengenali dan memotong urutan CCGG; Namun, ketika sitosin kedua
dalam urutan ini dimetilasi, HpaII tidak dapat memotong urutan. Jadi, DNA termetilasi dan
tidak termetilasi memberikan pola fragmen restriksi yang berbeda ketika dicerna dengan
enzim ini. Dinukleotida CpG terjadi lebih jarang, mungkin karena telah bermutasi menjadi
dinukleotida TpG selama evolusi. Distribusi dinukleotida CpG juga tidak merata, dengan
banyak segmen pendek DNA yang memiliki kepadatan dinukleotida CpG yang jauh lebih
tinggi daripada daerah genom lainnya, yang disebut pulau CpG. Sitosin di pulau-pulau ini
jarang, jika ada pun akan termetilasi, dan bahwa keadaan tidak terdermetilasi ini kondusif
untuk transkripsi. Di mana DNA termetilasi ditemukan, maka terkait dengan represi
transkripsional. Ada kemungkinan bahwa dinukleotida CpG termetilasi mengikat protein
spesifik dan bahwa protein ini membentuk kompleks yang mencegah transkripsi gen tetangga.
E. Imprinting (Perekaman)
Metilasi DNA pada mamalia juga bertanggung jawab untuk kasus-kasus yang tidak biasa
di mana ekspresi gen dikendalikan oleh asal orang tuanya. Kapan pun ekspresi suatu gen
dikondisikan oleh asalnya orang tua, para ahli genetika mengatakan bahwa gen tersebut telah
direkam (imprinted) — suatu istilah yang dimaksudkan untuk menyampaikan gagasan bahwa
gen tersebut telah ditandai dengan suatu cara sehingga ia “mengingat” dari mana induk itu
berasal. Tanda yang mengkondisikan ekspresi suatu gen adalah metilasi dari satu atau lebih
dinukleotida CpG di sekitar gen. Pada tikus, gen Igf 2, yang mengkode faktor pertumbuhan
seperti insulin, diekspresikan ketika diwariskan dari ayah tetapi tidak dari ibu. Sebaliknya, gen
yang dikenal sebagai H19 diekspresikan ketika diturunkan dari ibu tetapi tidak dari ayah. Fakta
bahwa beberapa gen dimetilasi dalam satu jenis kelamin tetapi tidak pada jenis lainnya
menyiratkan bahwa faktor-faktor khusus jenis kelamin mengendalikan mesin metilasi.
 Gambar 8. Metilasi dan pencetakan gen Igf2 pada tikus. Gen dimetilasi pada wanita tetapi tidak pada pria .

1. Alel gen Igf2 dicetak dalam garis induk — dimetilasi dalam germ line betina dan tidak
termetilasi dalam germ line jantan.
2. Alel yang tercetak dari gen Igf2 dari masing-masing orang tua digabungkan dalam zigot pada
saat pembuahan.
3. Selama pengembangan jaringan somatik, alel yang berkontribusi maternal tetap dimetilasi
sedangkan alel yang berkontribusi paternal tetap tidak mengalami metilasi. Dalam sel somatik,
hanya alel yang tidak termetilasi, yang dikontribusikan oleh ayah yang diekspresikan. Alel
yang dimetilasi dan dikontribusikan secara maternal akan diam.
4. Selama pengembangan germ line, jejak metilasi terhapus.
Metilasi dibangun kembali selama oogenesis, tetapi tidak selama spermatogenesis. Jadi, jika tikus
itu betina, semua gen Igf2 akan dimetilasi, bahkan jika mereka adalah salinan dari alel Igf2 yang
tidak termetilasi yang diwarisi dari ayah. Jika tikus itu jantan, tidak ada gen Igf2 yang akan
dimetilasi bahkan jika mereka adalah salinan dari alel Igf2 yang dimetilasi yang diwarisi dari ibu.

KONTROL HORMONAL TERHADAP EKSPRESI GEN

A. Aktivasi Transkripsi oleh Hormon Steroid
Hormon steroid berlabel radioaktif telah menunjukkan bahwa kompleks protein reseptor
hormon cepat terakumulasi dalam inti sel target, kompleks protein reseptor hormon ini
mengaktifkan transkripsi gen atau set gen tertentu. Beberapa kompleks protein reseptor
hormon ini mengaktifkan transkripsi gen target dengan cara mengikatkan diri pada sekuens
DNA spesifik yang ada di daerah pengatur cis dari gen-gen ini. Protein kromosom nonhistone
dapat mengontrol keadaan transkripsi gen tertentu.
Histon disintesis, seperti DNA, selama fase S dari siklus sel. Ketika kromatin dari sel fase
S (fase sintesis DNA) dalam transkripsi in vitro, histone mRNA disintesis.ketika kromatin dari
fase G1 (Periode setelah selesainya mitosis, tetapi sebelum S) digunakan, tidak ada histone
mRNA yang disintesis. Ketika nonhiston dihilangkan dari kromatin fase G1 dan diganti dengan
protein kromosom ninhistone dari kromatin fase-S, dan kromatin yang direkonstitusi
ditranskripsi secara in vitro, histone mRNA disintesis. Di sisi lain, ketika non-histone dalam
kromatin yang dilarutkan berasal dari sel fase G1 dan DNA dan histone berasal dari sel fase S,
tidak ada histone mRNA yang disintesis. Hasil ini menunjukkan bahwa protein non-histone
dalam kromatin menentukan apakah gen yang mengkode histone ditranskripsi.
B. Hormon Glukokortikoid Bekerja Melalui Elemen Enhacer
Hormon steroid spesifik seperti glukokortikoid (misalnya kortisol) dan estrogen (mialnya
β-stradiol) telah terbukti mengaktifkan gen target spesifik oleh interaksi protein yang dimediasi
dengan sekuens regulasi cis-acting, atau disebut dengan enhancer. Glukokortikoid merupakan
contoh ekspresi gen teraktivasi hormon steroid. Ketersediaan hormon sintetik ini memfasilitasi
persiapan substrat hormon berlabel untuk penempatan dan mengikat serta untuk studi in vitro
pada transkripsi gen traget kloning. Kompleks reseptor hormon-glukokortikoid mengaktivasi
transkripsi gen target dengan mengikat sekuens GRE pada enhancer yang terletak dekat
masing-masing gen
C. Ecdysone dan Kromosom “Puffs” pada Lalat
Pada kromosom raksasa kelenjar ludah lalat dipteran tertentu, seperti spesies Drosophila
dan Chironomus tentans,masing-masing pita kromosom mengalami perubahan morfologis
yang mencolok pada waktu tertentu selama perkembangan. Masing-masing pita melebar
menjadi struktur yang tersebar, struktur tidak begitu berwarna disebut “puffs” (“puffing” ).

Bentuk spesifik dari puffing kromosom ludah terjadi selama molting. Jika larva
diperlakukan dengan ecdysone pada tahap perkembangan sebelum atau sesudah molting,
terjadi pola puffing kromosom yang identik dengan yang terjadi pada saat molting alami. Pola
puffing yang diinduksi ecdysone menunjukkan bahwa hormon steroid berefek pada ekspresi
gen.
D. Regulasi dengan Jalur Alternatif Penyambungan Transkripsi.
Regulasi transkripsi memainkan peran penting dalam mengontrol perkembangan eukaryot.
Selanjutnya dikenal sensitivitas nuklease dari gen aktif mentranskripsi pada beberapa
organisme lain. sensitivitas nuklease dari gen aktif telah ditemukan berdasarkan pada
keberadaan 2 protein kromosom nonhiston yang disebut HMG14 dan HMG17 (HMG untuk
kelompok mobilitas tinggi, protein kecil dengan mobilitas tingi selama elektroforesis gel
polyacrylamide). Ketika protein ini dihilangkan dari kromatin aktif, sensitifitas nuklease
hilang. Ketika mereka ditambahkan kembali, sensitivitasnya pulih.
Ketika kromatin terisolasi yang mengandung gen aktif transkripsi diperlakukan dengan
konsentrasi DNase I yang sangat rendah, molekul DNA terpotong pada beberapa sisi spesifik.
Beberapa sisi hipersensitif ini menunjukkan “hulu” (berdekatan dengan ujung gen yang
homolog dengan ujung 5’ dari mRNA) gen transkripsi aktif. Pada beberapa kasus,
hipersensitivitas sisi ini terbukti berada tepat di ujung hulu dari promotor gen yang
ditranskripsikan. Pada kasus lain, hipersensitivitas sisi tampaknya terletak pada enhancer.
Nama : Nadilah Nur Anggraeni

NIM : 170342615521

1. Bagaimana faktor biologis lingkungan yang berupa hormon dapat menginduksi

transkripsi ?

Jawab : hormon yang mempengaruhi yaitu steroid dan peptida. Steroid ukurannya
kecil sehingga bebas keluar masuk sel, umumnya memeiliki reseptor di dalam sel
berupa protein steroid, reseptor dan hormon membentuk kompleks yang disebut
dengan (kompleks hormon-protein). kompleks ini bertindak sebagai fakltor
transkripsi. Kompleks ini masuk nukleus dan berikatan dengan DNA sehingga
ekpspresi gen membentuk suatu protein. Peptida, molekulnya berukuran besar
sehingga tidak dapat bebas keluar masu sel. Memiliki reseptor di membran, interaksi
antara hormon dan resptornya membentuk kompleks yang disebut dengan hormon-
reseptor yang akan mengubah konformasi sehingga mempengaruhi downstream
lainnya, selanjutnya signal yang diterima mempengaruhi faktor transkripsi yang
sudah ada di dalam nukleus. Selain itu ada faktor selain hormon yaitu terdapat protein
bukan hormon yang memiliki mekanisme sama seperti hormon peptida.

2. Bagaimana ekor poli A dapat mempengaruhi umur mRNA ?

Jawab: sekuen AUUUA apabila ditambahkan ke mRNA yang stabil maka akan
membuat mRNA tersebut menjadi tidak stabil. Hormon juga mempengaruhi yaitu
hormon steroid berupa estrogen, yaitu dengan cara mengaktivasi gen transkripsi
berupa vitellogenin, sehingga mRNa umurnya lebih panang dan stabil. Ketika mRNA
berinteraksi dengan siRNA atau miRNA maka proses translasinya akan berhenti dan
juga bisa terdegradasi.