NAMA : SRI RAHAYU

NPM : 183112620120029

TUGAS : REPLIKASI DNA (TRANSKRIPSI dan TRANSLASI)

MATA KULIAH : BIOLOGI MOLEKULER

A. PENDAHULUAN
Salah satu fungsi DNA sebagai materi genetik pada sebagian besar organisme adalah harus
mampu menyimpan informasi genetik dan dengan tepat dapat meneruskan informasi tersebut dari
induk kepada keturunannya, dari generasi ke generasi. Fungsi ini merupakan fungsi genotipik,
yang dilaksanakan melalui replikasi
Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan sebagai salah
satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel. Proses perbanyakan bahan genetik
dikenal dengan replikasi
Tahapan replikasi DNA secara umum tidak banyak berbeda antara organisme prokariot dan
eukariot. Perbedaannya ada pada jenis dan jumlah enzim yang terlibat, serta kecepatan dan
kompleksitas replikasi DNA. Pada organisme eukariot, peristiwa replikasi terjadi sebelum
pembelahan mitosis, tepatnya pada fase sintesis dalam siklus pembelahan sel.

B. REPLIKASI DNA
Replikasi DNA merupakan suatu proses yang kompleks melibatkan bermacam-macam
protein yang berperan dalam tahap-tahap yang berbeda dalam proses ini. Secara umum, replikasi
DNA dimulai dari disosiasi untai ganda DNA menjadi untai-untai tunggal yang dikatalisis oleh
enzyme helicase. Kemudian dilanjutkan dengan terikatnya protein SSB (Single Strand Binding
Protein) yang menstabilkan untai-untai tunggal DNA tersebut. Disosiasi untai ganda DNA terjadi
pada titik-titik tertentu pada DNA templete yang disebut titik awal replikasi. Disosiasi ini
menyebabkan terbentuknya garpu replikasi atau gelembung replikasi. Sebelum sintesis untai DNA
yang baru berlangsung, terlebih dahulu berlangsung sintesis ribonukleotida primer yang dikatalisis
oleh kompleks enzim yang disebut primase. Kemudian, enzim DNA polymerase melakukan
sintesis DNA dengan jalan menambahkan deoksiribonukleotida baru pada untai ribonukleotida
primer. (Prof Erna)

1
 Terjadinya replikasi dapat melalui tiga model. Model pertama disebut sebagai model
konservatif, yaitu dua rantai DNA yang lama tetap tidak berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk
dua rantai DNA baru. Model kedua, disebut sebagai model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA
yang lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing
rantai DNA lama tersebut. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing
mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis. Model
ketiga disebut disebut sebagai model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama
digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karna itu, hasil akhirnya diperoleh
rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan baru.

Gambar 1. Model replikasi DNA. Replikasi Konservatif, Replikasi Semi konservatif dan
Replikasi Dispersif.

Dari ketiga model tersebut, model semi konservatif merupakan model yang tepat untuk
replikasi DNA. Model replikasi DNA ini telah terbukti oleh percobaan Meselon dan Stahl. Dan ini
berlaku bagi organisme prokariot maupun eukariot.

C. REPLIKASI DNA BERLANGSUNG SECARA SEMI KONSERVATIF

Hipotesis Watson-Crick menyatakan bahwa replikasi atau penggandaan DNA berlangsung
secara semi konservatif. Yaitu, masing-masing untai DNA induk untai ganda akan bertindak
sebagai templete atau cetakan untuk pembentukan untai DNA anak. Dengan demikian pada proses
replikasi akan diperoleh dua untai DNA yang komplementer dengan dua untai DNA induknya.

2
Hipotesis ini telah dibuktikan oleh Matthew Meselson dan Franklin Stahl pada tahun 1957, yang
mengukuhkan teori bahwa replikasi DNA berlangsung secara semi konserfatif (Prof erna)

Gambar 2 : 1. Replikasi DNA berlansung secara semi konservatif.

2. DNA induk akan terpisah menjai dua untai, kemudian masing-masin untai akan
menjadi templete untuk pembentukan untai baru.
3. Masing-masing untai baru akan bergabung dengan untai lama sehingga akan
terbentuk dua DNA anak yang masing-masing satu untai DNA lama dan satu untai
baru.

D. REPLIKASI DNA BERLANGSUNG DUA ARAH (BIDIRECTIONAL)

Replikasi DNA berlangsung secara serentak ke dua arah (bidirectional), yang dimulai dari
satu tempat yang lazim disebut titik awal replikasi atau origin of replication. Pada Escherichia coli
titik awal replikasihanya ada satu, disebut oriC. Pada DNA eukariota titik awal replikasi ada
ribuan, dengan demikian replikasi berlangsung pada banyak titik awal, menghasilkan banyak
fragmen-fragmen DNA yang relative pendek, yang kemudian akan ditautkan satu sama lain
menjadi satu DNA genom yang utuh oleh enzim ligase DNA. (Prof Erna)
Titik dimana terjadi disosiasi untai ganda DNA menjadi untai-untai tunggal ini disebut
Garpu Replikasi atau Replication Fork. Replikasi atau sintesis DNA dimulai dari titik awal
replikasi dan berlangsung ke dua arah yang berlawanan secara serentak (bidirectional). (Prof Erna)

3
 Gambar 3 : (Kanan) Replikasi dimulai dari titik awal replikasi dan berlangsung ke dua arah
secere serentak (bidirectional). Hal ini berlaku baik bagi DNA prokariota yang
hanya memiliki satu titik awal replikasi.
(Kiri) Pada DNA eukariota yang memiliki banyak titik awal replikasi.

Replikasi berakhir pada titik terminasi, yaitu ketika dua garpu replikasi bertemu satu sama
lain. Pada DNA eukariota, karena titik awal replikasi sangat banyak, maka tampak seperti
gelembung – gelembung. Gelembung-gelembung ini sering disebut gelembung replikasi atau
replication bubble. Gelembung replikasi membesar seiring dengan berjalanya replikasi. Ketika
sebuah gelembung replikasi bertemu dengan gelembung replikasi yang lain, maka replikasi DNA
akan berakhir (terminasi). Adanya gelembung – gelembung replikasi ini dapat dilihat melalui
mikroskop electron. (Prof Erna)

E. PROSES REPLIKASI
Pada titik awal replikasi terjadi disosiasi DNA untai ganda (DNA dupleks) untuk memberi
jalan pada enzim DNA polymerase agar dapat berikatan dan membaca templete DNA. Disosiasi
untai ganda DNA ini, baik pada titik awal replikasi (origin of replication) maupun sepanjang untai
DNA, dikatalisasi oleh enzim heliksase. Stabilisasi wilayah DNA yang sudah terdisosiasi tersebut
dipertahankan oleh sejenis protein yang disebut protein SSB (single-strand binding proteins) yang
terkait pada bagian-bagian DNA yang sudah terdisosiasi menjadi untai-untai tunggal tersebut,
sehingga tidak menyatu kembali membentuk untai ganda. Wilayah ini kemudian dapat dimasuki
oleh enzim-enzim yang diperlukan untuk berlangsungnya replikasi. (Prof Erna)

4
 Pada proses replikasi, DNA baru tebentuj dari ujung 5’ ke arah ujung 3’,sedangkan
pembacaan DNA templete berlangsung sebaliknya, yaitu dari ujung 3’ ke arah 5’. Hal ini
disebabkan karena enzim DNA polymerase, yaitu enzim yang untai DNA, hanya dapat
mengkatalisis reaksi penambahan nukleotida untuk memperpanjang untai DNA, hanya dapat
mengkatalisis reaksi penambahan nukleotida baru pada ujung diperpanjang. DNA polymerase ini
hanya dapat mengkatalisis reaksi esterase dari gugus fosfat yang terdapat pada C5 nukleotida baru
dengan gugus hidroksil yang terletak pada C3 nukleotida yang sudah berada dalam untai DNA
yang sedang diperpanjang. (Prof Erna)
Untuk memulai proses replikasi, enzim DNA polymerase meerlukan primer, suatu
oligoribonukleotida sepanjang 10-60 nukleotida (umumnya antara 15-30 nukleotida). Hal ini
disebabkan enzim DNA polymerase hanya dapat mengikatkan nukleotida (baru) pada gugus 3’OH
dari nukleotida yang sudah ada sebelumnya pada rantai poli- atau oligonukleotida. Sintesisi
oligoribonukleotida ini dikatalisisoleh suatu kompleks enzim RNA polymerase yang disebut
primososm atau primase. Primase dapat melakukan polimerisasi ribonukleotida tanpa adanya untai
ribonukleotida sebelumnya. Primer yang dibenrtuk oleh enzim primase merupakan komplementer
dari sekuens DNA templete pada titik awal replikasi atau pada bagian DNA tempat memulai
sintesis DNA. Menjelang akhir proses replikasi, primer oligoribonukleotida ini dibuang lalu
diganti dengan sekuens deoksiribonukleotida yang sesuai melalui aktivitas enzim DNA
polymerase. (Prof Erna)
Sintesis DNA pada dua unit tunggal DNA yang sedang mengalami replikasi berlangsung
secara serentak ke dua arah yang berlawanan (secara bidirectional), padahal perpanjangan rantai
DNA oleh DNA poli,erase hanya dapat berlangsung dari arah ujung 5’ kea rah ujung 3’. Akibatnya
pada salah satu untai DNA templete akan terbentuk untai DNA baru secara kontinyu, sedangkan
pada untai DNA templete yang lain terjadi pembentukan untai DNA baru secara sepotong-potong.
Potongan-potongan DNA ini disebut fragmen Okazaki. Pada E. coli, fragmen Okazaki
panjangnya sekitar 1000-2000 nukleotida, sedangkan pada organisme eukariotik, fragmen-
fragmen Okazaki ini kemudian akan ditautkan satu sama lain olen enzim DNA ligase menjadi
untai DNA yang utuh. Untai DNA yang disintesis secara kontiyu tersebut dinamakan “ leading
strand’, sedangkan untai DNA yang terbentuk dari fragmen-fragmen Okazaki disebut “lagging
strand”.(Prof Erna)

5
 Gambar 4 : Untai DNA yang disintesis secara kontiyu disebut “leading strand”, sedangkan
untai DNA yang disintesisi secara diskontinyu disebut “lagging strand”.

F. PROTEIN-PROTEIN YANG BERPERAN DALAM REPLIKASI

Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak protein yang
masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat di dalam proses
replikasi genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan genetik itu sendiri. Oleh
karena itu ada kaitan fungsional yang sangat erat dan tidak terpisahkan antara proses replikasi
bahan genetik dengan proses ekspresi genetik dan metabolisme sel secara keseluruhan.
Dalam proses replikasi yang kompleks ini berperan berbagai macam protein. Ada lebih dari
20 macam protein yang sudah diketahui memiliki peran dalam proses replikasi DNA. Sebagaian
besar dari protein-protein ini berasosiasi dan berkoordinasi satu sama lain pada garpu replikasi
membentuk suatu “mesin replikasi” yang sangat efisien dan efektif.

6
 Tabel : Beberapa protein penting yang berperan dalam proses replikasi DNA
NO PROTEIN AKTIVITAS
1 Helikase Unwinding dan disosiasi untai ganda DNA menjadi untai-untai
ganda
2 Protein SSB Menstabilkan untai-untai tunggal DNA di awal replikasi,
mencegah reannealing dari dsDNA.
3 Topoimerase (pada Meringankan beban tegangan yang diakibatkan oleh terjadinya
prokariota Gyrase) disosiasi atau unwinding DNA oleh enzim helikase.
4 Primase Sintesis ribonukleotida primer
5 DNA Polimerase a. Polimerisasi deoksiribonukleotida
b. Memotong dan mmbuang ribonukleotida primer, sekaligus
menggantikannya dengan sekuens deoksiribonukleotida yang
sesuai /komplementer dengan sekuens DNA templete
c. Memperbaiki kesalahan dalam replikasi DNA (DNA repair)
6 Ligase Menautkan fragmen-fragmen DNA yang dibentuk oleh enzim
DNA polymerase menjadi untai DNA yang panjang.

Ketiga fungsi DNA polymerase sebagaimana yang disebutkan di atas dilakukan oleh
kompleks enzim ini melalui beberapa aktivitas, satu aktivitas utamanya adalah polimerisasi atau
penambahan residu nikleotida pada utai DNA nascent (atau untai primer ribonukleotida). Di
samping itu ada dua aktivitas tambahan yang menonjol, yaitu aktivitas eksoniklease 5’ → 3’dan
eksonuklease 3’ → 5’. Aktivitas eksonuklease 5’ → 3’ diperlukan untuk memotong dan
membuang primer ribonukleotida yang digunakan pada tahap awal replikasi, sekaligus
menggantikannya dengan deoksiribonukleotida yang sesuai melalui aktivitas polymerase 5’ →
3’nya.

G. SINTESIS PROTEIN
Ekspersi gen merupakan proses dimana informasi yang dikode di dalam gen diterjemahkan
menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Dogma sentral mengenai ekspresi gen, yaitu
DNA yang membawa infoemasi genetik ditranskripsi menjadi RNA, dan RNA diterjemahkan
menjadi polipeptida. Selama ekspresi gen, informasi genetik ditransfer secara akurat dengan DNA

7
melalui RNA untuk menghasilkan polipetida dengan urutan asama amino yang spesifik . Ekspresi
gen merupakan sintesis protein yang terdiri dari dua tahap yaitu, :
1. Tahap pertama , urutan rantai nukleotida templete (cetakan) dari suatu DNA untai ganda disalin
untuk menghasilkan satu rantai molekul RNA. Proses ini disebut transkripsi dan berlangsung
dalam intti sel.
2. Tahap kedua merupakan sintesis polipeptida dengan urutan spesifik berdasarkan rantai RNA
yang dibuat pada tahapan pertama. Proses ini disebut translasi. Proses ini membutuhkan
pengikatan dan pergerakan ribosom di sitoplasma pada sepanjang rantai RNA tersebut menjadi
urutan asam amino untuk membentuk rantai polipeptida. Pada proses ini digunakan istilah
penerjemahan karena bahasa pada nukleotida RNA diterjemahkan menjadi Bahasa baru , yaitu
bahasa asam amino suatu protein.

Gambar 5 : Sintesis Protein

1. Transkripsi
Transkripsi adalah proses sintesis RNA dengan templete gen-gen yang terdapat dalam
untai DNA. Proses transkripsi berlangsung di dalam nucleus pada sel-sel eukariotik, atau di
dalam sitoplasma pada sel-sel prokariotik. Transkripsi dari setiap gen akan menghasilkan RNA

8
untai tunggal yang sekuensnya merupakan komplemen dari sekuens nukleotida pada salah satau
untai DNA untai ganda. Untai DNA ini disebut untai templete (templete strand), sedangkan
untai DNA pasangannya sering disebut untai kode (coding strand). Pada proses transkripsi
DNA templete dibaca dari arah 3’→ 5’, sedangkan sintesis RNA berlangsung dari 5’→ 3’. (Prof
Erna)
Ada empat macam RNA utama, yaitu Messenger RNA (mRNA), mengkode sekuens
asam amino dalam sebuah polipeptida. Ribosomal RNA (rRNA), membawa asa-asam amino
ke ribosom pada saat translasi. Transfer RNA (rRNA), bersama-sama protein ribososm
membentuk konstruksi ribosom (organel yang mentranslasi mRNA membentuk). Sedangkan
pada organisme eukariotik telah diketahui 3 macam kompleks enzim RNA polimerase yaitu
RNA polimerse I, II dan III. RNA polymerase I berperan terutama mensunteisi 3 macam rRNA
(18S; 5,8S;28S0), RNA polymerase III terutama mensintesis tRNA dan 5S rRNA. Secara
umum proses transkripsi dapat dibagi menjadi 3 tahap yaitu :
1. Inisiasi
Pada tahap inisiasi terjadi pengenalan sekuens promoter dan pengkaitan holoenzim atau
kompleks enzim RNA polymerase pada sekuens promoter. Pada prokariota, kompleks enzim
RNA polymerase, terbentuk dari inti enzim RNA polymerase yang berikatan dengan suatu
protein yang disebut faktor sigma (σ). faktor sigma (σ) inilah yang membantu pengenalan
sekunes promoter oleh kompleks enzim RNA polymerase.Setelah sekuens promoter dikenali
oleh kompleks enzim ini, lalu kompleks enzim berikatan dengan sekuens promoter dan
memulai transkripsi. Tahap inisiasi pada eukariota lebih rumit dibandingkan dengan
prokariota. Pengenalan sekuens promoter dilakukan oleh sekelompok protein yang disebut
faktor-faktor transkripsi. Faktor-faktor transkripsi itu adalah TFIID (TBP;11 TAF’s), TFIIA,
TFIIB, TFIIF, TFIIE, dan TFIIH.
2. Elongasi
Pada tahap inisiasi, enzim RNA polymerase mengalami fosforilasi berulang kali yang
menyebabkannya terlepas dari protein-protein faktor transkripsi lainnya. Setelah factor-
faktor tersebut terlepas, selanjutnya enzim RNA polymerase melanjutkan pembentukan
untai RNA. Dan terjadilah perpanjangan rantai DNA.

9
 3. Terminasi.
Tahap terminasi adalah penghentian perpanjangan rantai RNA yang ditandai dengan adanya
sekuens-sekuens khas pada untai DNA templete, antara lain yang dikenal oleh suatu protein
terminasi yang disebut factor ρ (rho). Faktor ρ (rho) adalah enzim helicase khusus yang
diaktifkan atau distimulasi oleh RNA yang bekerja menguraikan kompleks RNA-DNA
nascent. Terminasi transkripsi pada prokariota berlangsung apabila enzim RNA polymerase
membaca satu sekuens khas pada untai templete DNA. Sedangkan pada eukariota informasi
tentang terminasi transkripsi belum semuanya diketahui dengan jelas, salah satunya
kemungkinan diberikan oleh sekuens-sekuens tertentu yang disebut palindrom.

Gambar 6 : Proses Transkripsi

Enzim utama yang berperan pada proses transkripsi adalah RNA polymerase. Enzim ini
berbeda dengan DNA polymerase karena RNA polymerase tidak memerlukan primer untuk mulai
sintesis untai RNA. Enzim RNA polymerase merupakan enzim dengan multiaktivitas atau
multifungsi, karena itu sering disebut sebagai kompleks enzim. (Prof Erna)
Dalam sel-sel prokariotik hanya ada satu macam em=nzim RNA polimerase. Enzim ini
berperan mensintesis ketiga macam RNA, yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA. Salah satu RNA
polymerase yang sangat dikenal karena sangat banyak diteliti adalah RNA polymerase dari bakteri
E.coli.

10
2. TRANSLASI
Translasi adalah proses sintesis protein dalam templete mRNA. Proses ini melibatkan
beberapa molekul kunci, antara lain mRNA, tRNA, ribosom (unit terkecil dan unit terbesar),
peptidil/protein polimerase, dan factor pelepas (release factor). Proses translasi terbagi dalam 3
tahap yaitu :
1. Initiasi
2. Elongasi
Subunit besar sekarang mengikat untuk membuat situs peptidil (atau P) dan situs
aminoasil (atau A). Kemudian tRNA pertama menempati Psite dan tRNA kedua
memasuki situs-A dan melengkapi kodon kedua. Metionin dipindahkan ke asam amino
A-site, tRNA pertama keluar, ribosom bergerak di sepanjang mRNA, dan tRNA
berikutnya masuk. Dan ini adalah langkah dasar perpanjangan. Saat perpanjangan
berlanjut, peptida yang tumbuh terus ditransfer ke tRNA A-site, ribosom bergerak
sepanjang mRNA, dan tRNA baru masuk. Semua mRNA dibaca dalam arah 5´ hingga
3´
3. Terminasi
Apabila pada A-site terbaca kodon stop (UAA/UAG/UGA), maka protein “release
factor” akan menduduki A-site dan translasi segera berakhir (terminated). Kompleks
ribosom terurai, dan protein yang dihasilkan akan terlepas.

Gambar 7 : Ekspresi gen pada sel Eukariota Ekspresi gen pada sel Prokariota

11
 DAFTAR PUSTAKA

1. Sinaga E. Biokimia Dasar. PT. ISFI Penerbitan. 2012.

2. Yuwono T. Biologi Molekuler. Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Pertanian.
Universitas Gajah Mada. Penerbit Erlangga.

12
 https://www.scribd.com/doc/292476064/TUGAS-Makalah-Replikasi-Dna-Transkripsi-Dan-
Translasi
Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali pertumbuhan
sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak proses yang
saling berkaitan satu sama lain.
Hal ini dimaksudkan agar masing-masing untaian DNA tersebut dapat bertindak sebagai
cetakan, sebab proses pemasangan nukleotida-nukleotida baru dengan cetakannya akan terhalangi
jika kedua untai itu masih berada dalam keadaan berikatan. Dengan demikian salah satu

13