PENDAHULUAN

Tingkat Produksi budidaya perikanan terus meningkat dari kurang 1 juta ton pada tahun
1950 menjadi 60 juta ton pada tahun 2004 (FAO 2006). Sebagian besar peningkatan ini terjadi
sejak pertengahan 1980-an dengan persentase produksi yang besar berasal dari Asia dan
pinggiran Pasifik, khususnya Cina. Persentase volumenya adalah Cina 69,7%, Asia 21,9% dan
seluruh dunia 8,1% dengan nilai masing-masing produksinya sebesar 51,2%, 29,3% dan 19,5%.
Persentase dunia lainnya mencakup eropa barat yang menyumbang 7,7% dari total nilai
akuakultur seluruh dunia. Sektor Eropa didominasi oleh produksi ikan salmon Atlantik tetapi,
rainbow trout, tiram dan spesies laut seperti seabass dan seabream juga sekarang membuat
kontribusi yang signifikan. Meskipun sangat penting dari produksi perikanan budidaya saat ini
dan harapan bahwa ekspansi di masa depan akan membantu memberi makan penduduk dunia
yang terus berkembang sangat sedikit produksi ini bisa dikatakan berasal dari strain yang dikelola
secara genetik atau diperbaiki. Gjedrem (2005) memperkirakan bahwa kurang dari 5% dari
produksi perikanan budidaya dunia berasal dari program pemuliaan yang dikelola secara ilmiah
dan banyak dari ini berasal dari salmonids di Eropa utara, Amerika Selatan dan Amerika utara.
Hal ini membuat sebagian besar ikan budidaya di dunia berada dibawah proses domestikasi
tradisional. Banyak dari spesies baru yang masih pada tahap awal pengembangan dan masih
memanfaatkan benih atau induk yang ditangkap secara liar, khususnya di Asia. Gjedrem (2005)
menyatakan bahwa meskipun terdapat potensi untuk perbaikan sejalan dengan domestikasi
hewan terrestrial,tingginya fekunditas spesies akuatik mengakibatkan kebutuhan akan sejumlah
kecil indukan dan menyebabkan inbreeding yang cepat dan hilangnya viabilitas. Petani harus
terus-menerus mengganti stock dari alam untuk mempertahankan kinerja. Bukti menunjukkan
bahwa pemeliharaan dan pengelolaan ikan tradisional terus serius menurunkan kualitas 1enetic
dari stok yang terputus dari penggantian terus menerus oleh ikan liar atau dikelola (Pullin dan
Capilli, 1988; Eknath dan Doyle 1990). Laporan FAO tentang status akuakultur dunia (2006)
mengatakan sedikit tentang masalah ini dan peran potensial genetika untuk membantu
meningkatkan keberlanjutan dan efisiensi budidaya perairan dunia.

GENETIKA AKUAKULTUR

Sejarah awal genetika ikan baru-baru ini diulas di bab-bab dalam buku oleh Dunham
(2004) dan Gjedrem (2005) (tetapi juga melihat Benzie, 1998; Gjedrem 2000; Hulata 2001). Ilmu
genetika budidaya telah berkembang dengan cepat selama 30 tahun terakhir di samping industri
budidaya yang terus berkembang di Eropa dan Amerika Utara. Telah ada peningkatan jumlah
program pemuliaan dalam spesies ikan seperti ikan salmon Atlantik dan rainbow trout tetapi ada
pengakuan yang berkembang bahwa genetika dapat menghasilkan keuntungan langsung dan
harus dimasukkan pada awal proses domestikasi untuk menghindari degradasi genetik dari stock
ini. Hal ini penting dalam tingkat pendanaan yang sudah maju untuk manajemen genetik dan
perbaikan maupun pengembangan alat genom untuk spesies baru seperti halibut dan ikan kod
atlantik di Kanada dan Norwegia.

Organisme air memiliki banyak keuntungan mengenai genetika dibandingkan dengan binatang
darat,antara lain :

Tinggi fekunditas / Eksternal pembuahan

 Sejumlah besar gamet dapat dikumpulkan, disimpan dan dibuahi di bawah kondisi
pembenihan terkontrol. Fekunditas untuk Ikan Salmon adalah 103 telur / kg; Cyprinids
105 telur / kg dan Tiram 106 telur / kg setiap pemijahan.
 Memungkinkan desain pemuliaan yang relatif kompleks dengan ukuran famili besar
memungkinkan perkiraan yang lebih akurat dari parameter genetik dan tekanan seleksi
yang tinggi. Hibridisasi (antar spesifik) telah banyak digunakan.
 Tahap pendek atau tidak ada multiplikasi diperlukan antara pengembangbiakan nukleus
dan produksi komersial sehingga perbaikan genetik dapat dilihat oleh industri dengan
segera
 Gamet relatif murah sehingga memungkinkan untuk menggunakan teknik yang
menginduksi kematian tinggi seperti kromosom mengatur manipulasi atau transgenesis
tetapi menghasilkan genotipe yang unik dan sangat berharga. Misalnya Clones, YY laki-
laki.

Organisme yang pada dasarnya liar

 Tingginya kadar variasi genetik telah diamati di sebagian besar populasi liar dari
organisme air. Heterosigositas 6-10% pada ikan dan 10-20% di invertebrata.
 Variasi genetik merupakan prasyarat untuk program perbaikan selektif. Heritabilitas
terukur cenderung sedang hingga tinggi di berbagai sifat.
 Sebagian besar spesies dibagi menjadi populasi terisolasi yang mungkin secara genetik
dibedakan untuk beradaptasi dengan lingkungan yang berbeda. Perbandingan mungkin
untuk mengidentifikasi stok awal yang jauh lebih baik untuk akuakultur.
 Beberapa galur inbrida tersedia, galur ikan paling maju biasanya ikan hias.
Fenotipe plastik

 Genotipe yang sama dapat memiliki banyak kemungkinan fenotipe

 Dimungkinkan untuk mengubah jenis kelamin dari banyak organisme akuatik berdasarkan
suhu atau dengan pemberian hormon selama periode perkembangan seksual yang labil.
Hal ini memungkinkan stok jenis kelamin tunggal dihasilkan secara langsung atau melalui
pemuliaan terkontrol.
 Memungkinkan untuk mengubah keadaan ploidi dan tingkat variasi genetik dengan
manipulasi set kromosom menggunakan kejutan suhu atau tekanan. Hal ini
memungkinkan ikan triploid steril atau genotipe unik seperti YY jantan atau garis klonal
haploid ganda isogenik untuk diproduksi.
 Dimungkinkan untuk memodifikasi morfologi dan meristik sisik, sirip, sel prekursor otot
atau struktur lainnya dengan mengembangbiakan pada suhu yang berbeda.
 Dimungkinkan untuk memajukan atau menunda pematangan seksual atau menambah
dan mengurangi usia timbulnya sifat-sifat seperti smoltifikasi pada ikan salmon oleh
manipulasi fotoperiod.

Beberapa kelemahan.

Meskipun semua keuntungan kemajuan genetik ini telah terhalang oleh kurangnya
pengetahuan tentang biologi banyak spesies air. Berbagai perilaku pemijahan dan ukuran kecil
organisme air muda membuatnya sangat sulit untuk menandai mereka secara fisik pada tahap
awal dalam perkembangan mereka. Di masa lalu, sebagian besar program peningkatan
menggunakan pendekatan seleksi massa untuk meningkatkan sifat fenotipik yang jelas seperti
pola skala, warna, tingkat pertumbuhan, dan konformasi tubuh. Seleksi massa dapat
mengakibatkan perkawinan sedarah yang cepat kecuali langkah-langkah yang diambil untuk
meminimalkan kejadian terkait perkawinan. Perkawinan sedarah dapat diminimalkan dengan
mempertahankan jumlah populasi efektif yang besar (Ne) dan melalui adopsi skema penyilangan
garis untuk menunda dan mengurangi keterkaitan setiap persilangan di masa yang akan datang.
(Tave 1992). Ketika dikelola dengan baik, pendekatan ini menghasilkan perbaikan tetapi juga
banyak dalam keadaan ini membahayakan sumber daya genetik spesies melalui hilangnya
variasi genetik yang disebabkan oleh pergeseran genetik dan perkawinan sedarah. Untuk
melakukan program seleksi fsmili yang lebih efisien tetapi kompleks, perlu menggunakan unit
famili sehingga masing-masing famili dapat dibesarkan di tangki terpisah hingga ukuran tertentu
untuk penandaan fisik. Teknologi penandaan juga meningkat dari penggunaan label eksternal
atau pembekuan merek yang merusak ikan atau membuatnya lebih rentan terhadap penyakit
terhadap adopsi yang luas dari tag Pasif Integrated Transponder (PIT) yang disuntikkan secara
intramuskular atau intra-peritoneal sehingga menghindari kerugian. Unit family dan pemberian
tag PIT sekarang menjadi fitur umum dari program peningkatan salmon dan trout di seluruh dunia.
Tidak semua produsen hatchery dapat membeli unit famili dan tidak semua spesies dapat secara
individual distriping dan anak mereka dibesarkan secara terpisah untuk alasan biologi atau
logistik. Dengan kemajuan baru-baru ini dalam pengembangan penanda DNA, menjadi mungkin
untuk mengidentifikasi secara individu keturunan dari orangtua yang memiliki genotipe yang
dikenal sehingga memungkinkan untuk merekonstruksi silsilah secara retrospektif setelah
periode pemeliharaan, bahkan dalam populasi komunal yang besar. Dengan teknologi
manajemen induk ini, penggantian dan peningkatan menjadi tersedia untuk sejumlah besar
spesies dan lingkungan berbasis pertanian. Pendekatan ini juga membuka kemungkinan bagi
program pemuliaan tradisional untuk bekerja dengan lebih banyak ikan di lingkungan komersial
di mana tag tidak dapat diterima, dan mengambil keuntungan dari peristiwa kebetulan, misalnya
wabah penyakit pada populasi tanpa tanda, regenerasi silsilah dari populasi cadangan tanpa
tanda dalam kasus kerugian dalam pengembangbiakan nuklei, membandingkan hasil dari unit
famili dan ikan yang dipelihara secara komunal untuk menilai besarnya perbedaan yang
disebabkan oleh lingkungan. Sekarang mungkin untuk mengatasi kelemahan utama bekerja
dengan organisme akuatik dan melakukan manajemen induk, penggantian dan peningkatan
genetik menggunakan berbagai pendekatan yang dapat disesuaikan dengan biologi serta sumber
daya yang tersedia untuk sebagian besar spesies air yang dibudidayakan. Kecepatan
perkembangan teknologi khususnya dalam genomik telah cepat dan penyerapannya dalam ilmu-
ilmu akuatik telah menyebar luas. Masih belum jelas berapa banyak dari ini pada akhirnya akan
bermanfaat bagi industri akuakultur. Kami telah dalam tahap mengembangkan alat yang
diperlukan untuk secara efektif menggunakan teknologi ini untuk memberi informasi kepada
petani, peternak, perusahaan pakan dan produsen vaksin tentang bagaimana mereka harus
mengintegrasikan pengetahuan yang diperoleh ke dalam prosedur yang ada. Beberapa masalah
yang diuraikan akan diperluas di bagian berikut.

Pengembangan Perangkat Genetik

 Program Pemuliaan Klasik
Program ini telah diterapkan pada semua spesies hewan ternak dan tanaman utama dan
telah terbukti sangat efisien dalam meningkatkan hasil dan kualitas makanan yang kita makan
saat ini. Manusia telah memilih hewan dan tumbuhan melalui proses domestikasi yang telah
berlangsung selama ribuan tahun tanpa pernah memahami proses biologis atau genetik yang
terlibat. Dalam banyak kasus tidak mungkin untuk menilai tingkat perubahan karena banyak dari
populasi leluhur ini tidak ada lagi. Peningkatan genetik yang digerakkan secara ilmiah pada
hewan dan tumbuhan darat dimulai pada 1930an ketika dasar teori genetika kuantitatif
dikembangkan (Lush 1949). Genetika kuantitatif secara luas diadopsi, didukung dan dananya
disediakan untuk lembaga-lembaga nasional dan internasional yang ditujukan untuk perbaikan
hewan ternak darat. Baru-baru ini kegiatan ini telah diambil alih oleh perusahaan pemuliaan
multinasional. Pekerjaan ini telah menghasilkan peningkatan yang signifikan dalam hasil
terutama selama 40 tahun terakhir pada unggas (hasil daging dan FCR> 300%) Havenstein et al.
(2003), produksi susu sapi perah dalam 20 tahun (> 100%) (Shook, 2006) dan produksi daging
babi (> 200%) pada hewan yang secara nominal telah didomestikasi dan secara genetik
meningkat. Ini dipandang sebagai cara yang efektif untuk meningkatkan produksi dengan
manfaat biaya berkisar antara 1: 5 hingga 1:50 tergantung pada spesies.

1. ikan mas.
Pada ikan, program peningkatan selektif klasik didirikan setelah perang dunia kedua untuk
ikan mas Eropa di banyak negara-negara Eropa Tengah dan Timur yang mengakibatkan strain
sedang dikembangkan untuk meningkatkan hasil dari sistem budidaya kolam semi intensif dan
intensif (Kirpichnikov 1981). Strain ini kemudian telah didistribusikan secara luas di seluruh dunia
dan memberikan kontribusi untuk sebagian besar produksi pertanian air tawar di Eropa, Cina dan
Asia. Sejarah perkembangan beberapa strain ikan mas tersebut tidak didokumentasikan dengan
baik. pemuliaan dan pengujian stasiun ikan mas seperti yang di Szarvas di Hungaria
mempertahankan strain landrace dikumpulkan dari seluruh negeri serta meningkatkan strain
dikembangkan menggunakan seleksi massa dan persilangan (Bakos et al. (2002) juga Jaringan
Pusat Budidaya di Tengah dan Timur Eropa (NACEE). Ada program untuk mengembangkan lebih
lanjut ikan Mas di negara-negara tempat ikan tersebut diimpor untuk menyesuaikannya dengan
kondisi baru yang lebih baik. Program-program semacam itu telah didokumentasikan dengan baik
dari Israel, Vietnam dan India (Moav dan Wohlfarth 1968: Penman et al 2005 juga Jaringan Pusat
Budidaya di Asia Pasifik (NACA).). Sekarang harus diakui bahwa banyak dari strain ini tidak lagi
menanggapi peningkatan selektif untuk kinerja pertumbuhan dan banyak dari program ini
memanfaatkan beberapa bentuk multi-galur program lintas berkembang biak. Hal ini mungkin
karena intensitas seleksi yang tinggi dan kurangnya keturunan tugas menghasilkan pengurangan
cepat Ne dan hilangnya variasi dalam banyak strain tersebut. Ini harus dikontraskan dengan
keuntungan berkelanjutan pada ayam dan babi dari ternak dan ternak yang dikelola dengan baik
yang telah ditutup selama lebih dari 30 tahun. Lingkungan tropis yang sangat berbeda, di mana
ikan mas ini diperkenalkan menyebabkan masalah produksi baru yang tidak terlihat pada ikan
mas dalam kisaran suhu normal seperti pematangan awal atau dewasa sebelum waktunya.

2. Rainbow trout
Rainbow trout juga telah mengalami peningkatan selektif jangka panjang di Amerika
Serikat awalnya oleh Donaldson dan Olson (1955) dan kemudian lebih ilmiah oleh Kincaid et al.
(1977), Gall dan Huang (1988 a, b) dan Gunnes dan Gjedrem (1981) dan Gjedrem (1992) untuk
ikan laut tumbuh. Pemasok terbesar telur untuk industri Rainbow trout adalah Trout pondok dan
mereka hanya terlibat dalam program pemuliaan berbasis famili selama 5 tahun terakhir. Ada
program pemuliaan di Finlandia (Kause et al. 2002, 2003) dan Denmark (Henryon et al. 2002).
Rainbow trout adalah spesies lain yang telah memiliki sejarah panjang domestikasi meskipun ada
beberapa program pemuliaan yang dikelola secara ilmiah dan strain yang lebih baik. Sulit untuk
menilai berapa banyak literatur yang luas tentang biologi, fisiologi, endokrinologi dan genetika
trout pelangi yang telah dihasilkan sebenarnya berkontribusi terhadap peningkatan trout pelangi
sebagai spesies yang diternakkan. Banyak dari pekerjaan ini telah dilakukan di lembaga
penelitian dan sedikit telah diadopsi oleh industri. Perbaikan jangka pendek seperti semua
produksi betina atau semua triploid betina telah diadopsi secara luas tetapi sebagian besar telur
masih berasal dari strain yang dijinakkan secara massal.

3. Salmon Atlantis
Mungkin yang terbaik didokumentasikan dari program pemuliaan ikan modern berbasis
ilmiah adalah dari salmon Norwegia yang didirikan pada tahun 1971, tidak lama setelah salmon
pertama ditumbuhkan dalam kandang. Program pemuliaan didanai dengan baik dan mendapat
manfaat dari input para peternak hewan yang sudah mapan. Program pemuliaan menilai kinerja
lebih dari 40 keluarga individu dari 40+ jenis sungai salmon Atlantik yang berbeda di bawah
berbagai lingkungan budaya di sepanjang pantai Norwegia (Gjedrem et al. 1991). Penelitian ini
menunjukkan bahwa ada sedikit interaksi genotipe x lingkungan, keluarga terbaik tumbuh dengan
baik di bawah semua kondisi, dan bahwa sebagian besar variasi genetik berada di dalam
daripada di antara populasi. Oleh karena itu program pemuliaan disusun menggunakan strain
sintetis yang menggabungkan keluarga terbaik dari sejumlah sungai. Sejarah program pemuliaan
salmon Norwegia telah dijelaskan oleh (Gjedrem et al 1991;. Gjoen dan Bentsen 1997; Gjedrem
2005). Hari ini program pemuliaan dijalankan oleh perusahaan swasta Aquabreed dan
Salmobreed. Program-program ini memiliki sejumlah kesamaan dalam hal mereka menggunakan
unit keluarga untuk meningkatkan jumlah individu salmon sampai ikan cukup besar untuk ditandai
(PIT) proporsi ikan ini dari setiap keluarga dipertahankan sebagai potensi induk dan sisanya
tumbuh di bawah kondisi komersial dan kinerja individu dan keluarga mereka dinilai untuk
berbagai sifat komersial (Pertumbuhan, pematangan seksual, konformasi tubuh) Dalam
beberapa tahun terakhir ciri-ciri tambahan seperti resistensi penyakit (IPNV, Aeromonas, ISA)
juga dinilai dalam keluarga di bawah ini. Kondisi tantangan yang terkontrol dan informasi ini juga
termasuk dalam indeks pilihan. Perkiraan keuntungan dalam program Norwegia adalah antara 8-
10% per generasi (Gjoen dan Bentsen 1997). Program serupa juga telah dikembangkan di
negara-negara penghasil salmon lainnya (mis. Lihat situs web untuk Seleksi Alam Landcatch di
Skotlandia dan Chili, Stofnfiskcur di Islandia, Aquachile di Chili). Saat ini kebanyakan telur salmon
Atlantik yang diternakkan berasal dari program pemuliaan yang dikelola secara ilmiah yang telah
secara signifikan meningkatkan kinerja spesies ini.

 Kebutuhan Pengelolaan Genetik ikan Induk.

Sebagian besar ikan yang dibudidayakan di seluruh dunia masih belum dalam program
yang dikelola tetapi di bawah berbagai strategi penggantian induk. Domestikasi organisme
akuatik biasanya mengikuti pola yang ditetapkan dengan pengumpulan awal ikan muda atau
dewasa dari populasi lokal spesies liar. Setelah petani berhasil mengendalikan pertumbuhan dan
reproduksi spesies maka pasokan benih dari pembenihan ikan yang dihasilkan biasanya lebih
disukai karena hal ini mengurangi risiko masuknya penyakit dari alam dan mengurangi variabilitas
dalam anak ikan karena mereka cenderung memiliki usia dan ukuran yang sama. Keputusan
untuk menutup populasi tempat penetasan, berhenti menggunakan ikan liar sebagai induk, perlu
dikelola karena akan sangat penting untuk kelangsungan jangka panjang populasi tertentu.
Proses domestikasi awal dan metode peternakan dapat menghasilkan pengurangan dramatis
dalam jumlah aktual induk liar yang berkontribusi keturunan ke kolam induk pengganti.
Keberhasilan reproduksi ikan liar asli dan kelangsungan hidup anak-anak mereka dapat sangat
bervariasi dan tanpa beberapa bentuk penandaan mungkin mustahil untuk mengidentifikasi Ne
dari strain hatchery. Ne sangat sulit untuk memperkirakan spesies laut yang bertelur massa. Studi
terbaru menggunakan penanda genetik pada spesies pemijahan massal seperti seabream
(Brown et al., 2006) dan cod (Herlin et al. 2008) telah menunjukkan bahwa keturunan ikan
beberapa individu dapat mendominasi potensi pengganti induk. Bahkan pada spesies yang dapat
distripping tetapi masih memiliki angka kematian tempat penetasan yang tinggi, sehingga
kelompok benih sering dikumpulkan, Ne populasi penetasan masih dapat secara dramatis
berkurang pada spesies seperti halibut.

Perbaikan selektif bekerja pada organisme akuatik dan perbaikan telah diukur untuk
berbagai sifat yang berbeda pada banyak spesies yang penting secara komersial. Peningkatan
potensial dalam suatu sifat akan tergantung pada level awal variasi genetik aditif yang ada dalam
strain dan seberapa baik mereka dikelola dalam jangka panjang. Tidak pernah terlalu dini untuk
memulai pengelolaan genetik spesies tambak baru. Identifikasi bahan sumber potensial dan
pengujian komparatif strain dapat menghasilkan peningkatan besar dalam kinerja dan
memastikan variasi genetik dipertahankan untuk perbaikan di masa depan. Penggunaan tag,
penanda genetik atau beberapa bentuk manajemen lini diperlukan, tidak peduli apa pun jenis
pendekatan seleksi yang digunakan, untuk meminimalkan kawin sedarah dan hilangnya variasi
genetik.

 Kromosom mengatur manipulasi.

Fertilisasi eksternal pada ikan menyajikan kesempatan unik genetika memanipulasi

gamet untuk menghasilkan kelompok peternakan terstruktur atau genotipe baru dengan cara
yang tidak mungkin dalam hewan ternak lainnya. Salah satu teknologi yang paling kuat adalah
kemampuan untuk menginduksi partenogenesis dan berasal keturunan dari asal sepenuhnya ibu
atau ayah (lihat Komen dan Thorgaard (2007) dan Dunham (2004) untuk ulasan tentang teknologi
tersebut). Teknologi ini dicapai dengan menghancurkan DNA baik dalam telur atau sperma,
menggunakan radiasi pengion (Gamma atau UV), gamet yang dirawat kemudian digabungkan
dengan sperma atau telur yang tidak diobati, masing-masing untuk menghasilkan embrio haploid.
Embrio haploid dapat terus berkembang tetapi biasanya akan mati sebelum menetas. Embrio
Haploid menjadi sumber yang bagus untuk pemetaan gen karena mereka secara efektif
berukuran besar gamet tunggal yang mengandung cukup DNA untuk keperluan pemetaan gen
(Kocher et al. 1998). Namun, dimungkinkan untuk membuat embrio diploid dengan menghambat
divisi meiosis kedua atau divisi mitosis pertama; individu-individu tersebut mempertahankan satu
set kromosom yang digandakan dari gamet yang tidak dirawat. Telur yang dibuahi oleh milt yang
dirawat dengan UV dapat menjadi keturunan meiotic gynogenetic oleh kejutan yang mengganggu
divisi meiotic kedua, menyebabkan retensi tubuh kutub kedua. Jika kejutan tertunda ke divisi
mitosis pertama maka dua salinan haploid dari kromosom ibu dipertahankan untuk menghasilkan
keturunan ginogenetik mitosis. Keturunan gynogenetic Meiotic rata-rata homozigot pada 50%
lokus mereka karena mereka mempertahankan sepasang kromosom, kromatid saudara
perempuan, yang baru saja mengalami rekombinasi. Keturunan gynogenetic mitosis adalah 100%
homozigot karena mereka muncul dari duplikasi set kromosom tunggal dan digambarkan sebagai
individu haploid ganda (DH). Telur yang dirawat dengan radiasi UV atau gamma, untuk
menghancurkan DNA nuklirnya, dan kemudian menyatu dengan sperma normal menghasilkan
embrio haploid yang dapat dibuat diploid oleh gangguan divisi mitosis pertama yang
menghasilkan DH androgenetik yang 100% homozigot. Individu haploid ganda homozigot pada
semua lokus tetapi individu DH yang berbeda dalam keluarga yang sama akan diperbaiki untuk
alel yang berbeda pada lokus yang diberikan tergantung pada peristiwa rekombinan yang
menghasilkan gamet itu. Individu haploid ganda baik dari latar belakang gininetik atau
androgenetik dapat digunakan untuk menghasilkan garis klonal atau isogenik karena semua
gamet yang dihasilkan oleh individu akan identik, bahkan setelah rekombinasi. Ketika gamet ini
digunakan dalam putaran kedua partenogenesis, semua keturunannya akan identik dan klonal.
Oleh karena itu dimungkinkan untuk menghasilkan garis klon hanya dalam dua generasi untuk
spesies atau jenis ikan tertentu. Terlepas dari spesies model seperti zebrafish (Streisinger et al
1981) garis klon telah diproduksi di nila (Müller-Belecke dan Hörstegen Schwark 1995: Hussain
et al. 1998 dan Sarder et al. 1999) trout pelangi (Scheerer et al 1986 dan Thorgaard et al 1990.
Quillet et al 2007) dan ikan mas (Komen et al 1991;. Bongers et al 1997) Jika telur dibuahi dengan
sperma normal dan terapi kejut yang sama diterapkan maka kejutan awal pada divisi meiosis ke-
2 akan menghasilkan embrio yang berisi 3 set kromosom dan bersifat triploid (3n). Kejutan yang
terlambat pada divisi mitosis pertama akan mempertahankan dua set diploid dan menghasilkan
embrio dengan 4 set kromosom dan bersifat tetraploid (4n). Jenis-jenis hewan dengan set
kromosom ekstra dikenal sebagai poliploid. Poliploid mematikan pada vertebrata dan burung
yang lebih tinggi tetapi telah banyak diterapkan pada tanaman dan organisme akuatik (Chourrout
et al 1986). Gangguan divisi meiotik dan mitosis dapat dicapai dengan menggunakan berbagai
kejutan, paling umum, kejutan suhu panas dan dingin dan kejutan tekanan meskipun anestesi
dan perawatan kimia juga dapat digunakan. Percobaan optimisasi diperlukan untuk menentukan
waktu timbulnya goncangan, baik itu divisi meiosis ke-2 atau mitosis ke-1, pada suhu air sekitar
dan kekuatan serta durasi kejutan untuk memaksimalkan efek pada spesies tertentu. Dunham
(2004) telah menghasilkan daftar lebih dari 30 spesies ikan dan kerang yang berbeda dan hasil
perawatan dan hasil kejutan yang dioptimalkan.

 Teknologi Transfer Gen

Banyaknya gamet dan kemudahan koleksi, kontrol atas waktu pembuahan, kemudahan
manipulasi karena ukuran besar ovum dan inkubasi in vitro mendorong penerapan teknik transfer
gen di sejumlah spesies ikan. Studi-studi awal ini menggunakan gen-gen yang kebetulan tersedia
dan menyambungkan konstruksi dari berbagai gen dan sekuens promotor dari berbagai sumber
dan menyuntikkannya ke dalam sitoplasma dekat nukleus dalam telur ikan. Hasil dari studi ini
menunjukkan bahwa kurang dari 5% dari ikan disuntik berakhir dengan salinan konstruk
terintegrasi ke dalam genom inang. Masalah termasuk amplifikasi sitoplasma dan ekspresi dari
konstruk yang sering mengakibatkan terlalu tinggi dari keberhasilan prosedur. Integrasi
konstruksi tampaknya terjadi setelah pembelahan sel pertama sehingga hanya sebagian dari sel-
sel dalam host akan berisi konstruk mengakibatkan mosaicism. Breeding dari ikan ini mosaik
berarti bahwa hanya mereka yang memiliki konstruk stabil terintegrasi ke dalam jaringan kuman
akan melewati konstruk ke keturunan mereka. Bahkan dengan keunggulan yang ditawarkan oleh
ikan proses injeksi memakan dan membosankan dan menghasilkan tingkat yang relatif rendah
keberhasilan waktu. Teknik lain telah dicoba yang akan memungkinkan perpindahan massa dari
konstruksi ke dalam sejumlah besar telur tersedia dari spesies air. Ini termasuk elektroporasi,
integrasi retroviral, liposomal penguapan fase terbalik, sperma media transfer dan
microprojectiles (lihat Chen dan Powers 1990 untuk review). Powers et al. (1992) percaya bahwa
elektroporasi menawarkan kemungkinan terbaik untuk produksi massal dari generasi pertama
ikan transgenik. Karya sebelumnya terkonsentrasi pada peningkatan pertumbuhan melalui
penggunaan konstruksi GH. Dengan perbaikan dalam teknik dan langkah untuk membangun
peningkatan pertumbuhan yang lebih baik diamati pada sejumlah spesies komersial termasuk
rainbow trout (Guyomard et al 1989;.. Penman et al 1991) ikan mas (Chen et al 1989;. Zhang et
al .. 1990) ikan lele (Dunham et al 1992) nila (Martinez et al 1996;. Rahman et al.1998, Rahman
dan Maclean 1999). Studi ini menghasilkan berbagai keuntungan dalam kinerja pertumbuhan,
antara 10% -500%. Namun, perbaikan yang paling dramatis yang diamati pada pekerjaan yang
dilakukan di laboratorium Devlin di Vancouver. Laboratorium ini dikembangkan Total konstruksi
gen piscine yang dimanfaatkan baik lautan cemberut antibeku promotor (ocAFP) digunakan untuk
mengontrol chinook salmon GH cDNA atau promotor kaus kaki-mata salmon metallothionein (MT)
mengendalikan panjang penuh gen kaus kaki-mata GH. Ketika berhasil mengintegrasikan
konstruksi ini mengakibatkan elevasi yang signifikan dari tingkat sirkulasi GH (40X), terutama
pada ikan muda (Devlin et al 1994;. Devlin et al 1997.). perangkat tambahan pertumbuhan
individu transgenik atas kontrol berkisar 5-30 kali lipat peningkatan dalam pertumbuhan hingga
usia 1 tahun (Du et al 1992;. Devlin 1994, 1995) dan berhasil lulus kinerja ini ke anak-anak mereka.
Konstruk yang sama memiliki efek yang sama bila digunakan dalam spesies salmonid lainnya,
coho salmon 10-30X perbaikan, rainbow trout 3.2-10X perbaikan (Devlin et al 1995a;. 1997b),

Sekarang jelas bahwa spesies ikan merespon sangat berbeda terhadap efek GH, salmonid
tampaknya sangat sensitif dan ini mungkin terkait dengan fisiologi mereka. Tingkat pertumbuhan
pada salmon umumnya lambat terutama ketika suhu air rendah dan tampaknya sebagian
dikendalikan oleh tingkat GH yang beredar. Peningkatan tingkat GH pada ikan salmon transgenik
efektif memisahkan kontrol regulasi ini yang memungkinkan ikan untuk tumbuh pesat di musim
dingin dibandingkan dengan kontrol. Spesies air hangat seperti nila dan ikan mas dapat tumbuh
dengan cepat sepanjang tahun dan mungkin tidak bergantung pada regulasi GH. Ikan transgenik
yang dihasilkan dari jalur yang dipilih tidak menunjukkan perbaikan dramatis terlihat ketika ikan
liar yang digunakan. Devlin et al. (2001) yang dihasilkan individu transgenik dari Rainbrow trout
liar dan rainbow trout peliharaan. Transgenik liar menunjukkan peningkatan 17 kali dibandingkan
non transgenik, tetapi mereka tidak tumbuh lebih baik daripada ikan non transgenic yang
berkembang cepat. Memperkenalkan gen ke dalam strain peliharaan hanya meningkatkan kinerja
secara keseluruhan sebesar 4,4%. Hal ini harus diingat bahwa perlu 4-5 generasi pemuliaan
untuk mengembangkan garis ikan transgenik yang stabil untuk memperoleh peningkatan dalam
kinerja pertumbuhan. Tampaknya pada tahap ini pemuliaan selektif tidak hanya mencapai
peningkatan pertumbuhan tetapi juga peningkatan di sejumlah sifat penting komersial lainnya
yang akan meningkatkan nilai keseluruhan strain secara kumulatif. Namun, sejumlah besar
pekerjaan genom fungsional sedang dilakukan identifikasi kemungkinan gen transgenik yang
potensial terutama dalam bidang peningkatan resistensi penyakit (Dunham 2008). Peningkatan
resistensi telah diamati pada ikan lele dan medaka transgenik untuk cecropin leptik B. Efek
pleiotropik pada resistensi penyakit telah diamati pada ikan transgenik untuk konstruksi non
penyakit (Dunham 2008). Hingga saat ini tidak ada pelepasan ikan transgenik yang terautentikasi
untuk produksi akuakultur karena kesulitan dalam menilai risiko lingkungan dari setiap pelepasan.
Setiap penilaian terhadap fenotip strain transgenik yang diberikan di bawah kondisi laboratorium
dan ekstrapolasi ini untuk lingkungan perairan yang terus berubah hampir tidak mungkin (Devlin
et al. 2006). Hal ini cenderung menghasilkan organisme transgenik yang tersisa di fasilitas yang
terdapat sampai kita lebih memahami karakteristik mereka dan kami memiliki sarana penahanan
biologis yang dapat diandalkan Mair et al. (2007).

Teknik Molekuler

Telah ada pengembangan berkelanjutan dari penanda genetik sejak tahun 1960-an
karena kemampuan untuk memisahkan dan memvisualisasikan protein dan baru-baru ini molekul
DNA telah meningkat. Ada sejumlah ulasan tentang pengembangan penanda molekuler dan
penerapannya pada organisme akuatik. Perkembangan teknologi penanda sangat penting untuk
pemahaman kita yang lebih baik tentang struktur populasi dan evolusi organisme akuatik dan
akan mendukung perkembangan terbaru dalam genetika dan genomik akuakultur. Pada
dasarnya ada 2 kelas penanda Tipe 1 atau gen aktual dari fungsi yang diketahui (urutan
pengkodean) dan Tipe 2 atau segmen DNA anonim. Dalam hal penerapan langsung, hingga saat
ini, penanda Tipe 2 dan khususnya penanda mikrosatelit telah berdampak dramatis pada
kemampuan kami untuk mengelola ikan budidaya dalam beberapa tahun terakhir. penanda
genetik berdasarkan protein (allozymes) telah banyak digunakan dari tahun 1960-an dan telah
terbukti sangat berguna dalam mengembangkan pemahaman kita tentang genetika populasi
organisme air dan pengelolaan maupun konservasi perikanan selanjutnya. Namun, jumlah lokus
dan tingkat polimorfisme yang relatif rendah menandakan bahwa penggunaannya dalam
pemetaan dan usul tugas sangat terbatas. Pengembangan marka berbasis DNA pada awalnya
dalam DNA mitokondria dan berbagai teknik analisis fragmen restriksi lainnya seperti RAPD dan
AFLP tidak memerlukan pengetahuan sebelumnya tentang urutan DNA dan telah diterapkan
untuk mengidentifikasi tingkat polimorfisme yang tinggi tetapi teknik ini tidak mudah
dipindahtangankan di berbagai laboratorium dan pola pewarisan dominan dari urutan yang
sedang dipelajari mengurangi kegunaannya. Identifikasi kelas baru mikrosatelit DNA (Tautz, 1989)
terdiri dari urutan kecil tandem repeat (CA, CAT, GATA) misalnya (CA) 10 akan menjadi
mikrosatelit sederhana (CA diulang 10 kali). Identifikasi lokus mikrosatelit ini awalnya
membutuhkan pengembangan dan pengurutan yang diperkaya perpustakaan mikrosatelit yang
dibangun dari DNA spesies yang sedang dipelajari. Namun, hari ini dengan upaya sekuensing
luas yang dilakukan di banyak spesies banyak lokus mikrosatelit baru dapat diidentifikasi secara
langsung dari database. Di pelajari lebih baik spesies (seperti salmon, seabass nila, seabream
dan gurame) sejumlah besar lokus mikrosatelit telah dihasilkan untuk studi pemetaan genetik.
Mengapa marker tersebut sangat berguna? Fakta bahwa mereka dianalisis menggunakan
pendekatan PCR berarti bahwa kita dapat menggunakan sampel jaringan yang sangat kecil
(skala, klip sirip, setetes darah) untuk menghasilkan DNA yang cukup dari penanda yang kita
minati tanpa merusak ikan. Kami biasanya memiliki sejumlah besar lokus mikrosatelit yang
tersedia untuk spesies tertentu dan akan memilih lokus yang paling informatif, yang memiliki
sejumlah besar alel yang berbeda, dalam populasi yang diteliti. Banyak lokus mikrosatelit dapat
memiliki antara 10-50 alel dalam populasi tertentu. Meskipun ada sejumlah besar alel yang
berbeda dalam suatu populasi, setiap ikan hanya dapat memiliki dua alel di lokasi tertentu. Ini
bisa sama membuat individu homozigot atau berbeda membuat individu heterozigot pada lokus
tertentu, genetika Mendel sederhana. Oleh karena itu, jika Anda memiliki satu set orang tua yang
dapat Anda genotipe secara akurat di sejumlah lokus (katakanlah 10 lokus dengan masing-
masing 10 alel) semua orang tua ini harus memiliki subset unik 20 alel dari 100 dalam populasi.
Jika Anda kemudian berkembang biak dari orang tua ini, maka dimungkinkan untuk memprediksi
genotipe keturunan yang timbul dari pasangan mana pun. Beberapa penelitian telah
menunjukkan bahwa adalah mungkin untuk menetapkan keturunan untuk ikan tanpa tanda yang
tumbuh di bawah kondisi komersial dengan berbagai tingkat keberhasilan. Keberhasilan lebih
tinggi dalam pemuliaan terkontrol, sistem tertutup, di mana asal-usul yang tepat dari masing-
masing pasangan diketahui dan dalam kualitas lokus mikrosatelit dan reaksi PCR telah
dioptimalkan untuk mengurangi kesalahan genotipe.

Pemetaan Genetik

Banyaknya penanda genetik tipe II yang tersedia di banyak spesies sebagian besar didorong
oleh kelompok-kelompok yang tertarik pada pembangunan peta keterkaitan. Sampai saat ini
sebagian besar peta memiliki kepadatan rendah hingga sedang dengan jarak peta rata-rata
antara 2-15 centiMorgan (cM) antara marker (a cM setara dengan tingkat rekombinasi 1% antara
marker yang berdekatan dan setara dengan sekitar 1 juta basis) ) Proses mengembangkan peta
keterkaitan sangat baik dalam ulasan ini, mereka juga memberikan daftar semua upaya
pemetaan hingga saat ini di berbagai organisme perairan. Ketersediaan peta keterkaitan dalam
spesies tertentu memungkinkan identifikasi potensi Locitative Trait Loci (QTL) atau bagian genom
yang mengandung gen atau gen yang memengaruhi sifat fenotipik penting. Sampai saat ini,
sejumlah besar, lebih dari 14, QTL telah diidentifikasi dalam trout pelangi oleh kelompok
Danzmann dan kolaborator (lihat Korol et al. 2007 review). Ada peningkatan yang stabil dalam
tingkat publikasi QTL pada spesies lain seperti salmon Atlantik, nila dan ikan mas biasa. Pada
prinsipnya penanda harus dalam 1cm dari sifat tersebut memiliki aplikasi luas dalam populasi
Ada peningkatan yang stabil dalam tingkat publikasi QTL pada spesies lain seperti salmon
Atlantik, nila dan ikan mas. Pada prinsipnya penanda harus dalam 1cm dari sifat tersebut memiliki
aplikasi luas dalam populasi Ada peningkatan yang stabil dalam tingkat publikasi QTL pada
spesies lain seperti salmon Atlantik, nila dan ikan mas. Pada prinsipnya penanda harus dalam
1cm dari sifat tersebut memiliki aplikasi luas dalam populasi

selain dalam satu digunakan untuk menemukan QTL tersebut. Sebagian besar peta dalam
spesies ikan komersial masih tidak memiliki tingkat cakupan. Sebuah strategi yang telah terbukti
berguna di Atlantic salmon adalah untuk mengambil keuntungan dari perbedaan besar dalam
tingkat rekombinasi, dan karena itu memetakan ukuran antara jenis kelamin, ini berada di urutan
1: 5 pada pria: tingkat rekombinasi perempuan (Hayes et al.2006 ). Oleh karena itu dengan
menggunakan sejumlah penanda menyebar melalui masing-masing kelompok linkage ditemukan
sampai saat ini adalah mungkin untuk melokalisasi QTL untuk lengan kromosom tunggal, dalam
waktu kurang lebih 20cm menggunakan orang tua laki-laki. Setelah QTL telah dilokalisasi adalah
mungkin untuk melakukan pemetaan baik menggunakan lebih dari spidol yang ada atau
menghasilkan penanda baru dalam kelompok linkage menarik menggunakan orang tua
perempuan.

Pendekatan di atas menunjukkan manfaat yang besar, pada tahap awal dalam pengembangan
teknologi ini pada ikan untuk kolaborasi antara program pemuliaan komersial menggunakan
pendekatan berkembang biak selektif tradisional dan genetika molekuler. Dalam program
pemuliaan telah mengidentifikasi media untuk heritabilitas tinggi untuk ketahanan IPN di
ketegangan dan dapat mengidentifikasi tinggi dan rendah keluarga menanggapi dengan tingkat
akurasi yang tinggi, memungkinkan pendekatan yang sangat terfokus untuk melokalisasi QTL
yang (Guy et al. 2007). Mayoritas QTL yang telah dipublikasikan secara untuk mudah diukur sifat
kinerja tetapi sebagai teknologi dan alat-alat mengembangkan menggabungkan pendekatan QTL
untuk sifat sulit untuk mengukur pada calon berkembang biak seperti kualitas daging (egcolour)
dan sifat-sifat metabolik lainnya (misalnya metabolisme lipid dan adipositas).

Hal ini penting untuk melanjutkan pengembangan peta linkage pernah lebih padat (lihat
Danzmann dan Gharbi, 2007) untuk memungkinkan bergerak dari menggunakan penanda dekat
dengan gen untuk mengidentifikasi gen atau gen dan variasi alel yang menimbulkan kinerja
ditingkatkan . Hal ini dikenal sebagai Marker Assisted Selection (MAS) dan memiliki potensi untuk
membantu dalam peningkatan sifat dengan heritabilitas rendah, mengidentifikasi kandidat awal,
sebelum jatuh tempo, dan sifat-sifat hanya diamati di salah satu jenis kelamin (Lande dan
Thompson 1990). Meskipun potensi, jumlah contoh aplikasi yang sukses di ternak masih rendah
dan sikap peternak ternak didirikan untuk MAS digambarkan sebagai salah satu “optimisme hati-
hati” oleh Dekkers (2004) dalam ulasannya. Penerapan teknologi MAS akan meningkat dalam
budidaya. De Santis dan Jerry (2007) telah terdaftar sejumlah gen kandidat potensial
berdasarkan apa yang kita ketahui dari ternak. Mereka telah berkonsentrasi pada gen yang terkait
dengan pertumbuhan seperti GH, GHR, ILGF, GnRH, leptin, myogenin dan menunjukkan bukti
bahwa ini mungkin memainkan peran dalam ikan. Hal ini jelas bahwa daftar ini hanya dapat
meningkatkan sebagai fungsi penelitian genom menjadi lebih umum.

Marker Tipe 1
Ini merupakan pengembangan dalam pengidentifikasian Expressed Sequence Tags (EST)
yang sekarang memberikan jalan untuk dimasukkannya penanda Tipe 1 atau gen aktual
pemetaan ke suatu spesies. Dimasukkannya penanda Tipe 1 di peta gen berarti kita bisa
bandingkan posisi relatif gen-gen ini diantara genom spesies yang berbeda.
Dalam akuakultur, ini sangat penting karena memungkinkan kita untuk membandingkan peta gen
spesies ikan yang buruk denngan peta ikan model yang baik atau peta gen mamalia. Sarrpoulou
et al. (2008) telah menunjukkan manfaat dari pendekatan komparatif ini dengan menggunakan
model terbaru spesies ini diurutkan dengan model spesies ikan, fugu, medaka dan stickleback,
dan membandingkannya dengan tiga spesies ikan komersial gilthead seabream, seabass dan
nila. Pendekatan ini menunjukkan pada ikan stickleback adalah perantara terbaik, dengan
sintaksis 58% dengan gilthead seabream, dan menggunakan informasi ini untuk membandingkan
seabream dengan dua jenis lainnya.

Tag Sequence yang umum dengan single pass 3′ setelah dari DNA komplementer (cDNA) yang
berasal dari messenger RNA (mRNA) dari jaringan. mRNA hadir karena protein tertentu
diekspresikan dalam suatu jaringan. Dapat dilihat bahwa dengan mengekstraksi mRNA dari
berbagai jaringan yang berbeda dan dari berbagai jaringan pada hewan yang terpapar ke
berbagai kondisi lingkungan baru atau pada tahap perkembangan yang berbeda dimungkinkan
untuk tahapannya adalah mungkin untuk melihat gen mana yang diekspresikan dan bagaimana
gen atau subset gen tertentu dipengaruhi. Kebanyakan proyek genomik ikan besar telah
memasukkan komponen untuk menghasilkan EST dalam jumlah besar (lihat situs web yang
terdaftar, banyak daftar perpustakaan yang digunakan dan EST yang dihasilkan pada spesies
masing-masing). Dalam jaringan apa pun, banyak gen 1000-an dapat diekspresikan dan gen
rumah tangga biasa mungkin dalam jumlah yang cukup besar. Untuk mengidentifikasi gen yang
diekspresikan, perlu untuk mengurutkan untaian DNA yang saling melengkapi dengan mRNA dan
membandingkannya dengan urutan lain yang telah dikumpulkan dan diidentifikasi serta dipegang
oleh berbagai basis data di seluruh dunia. Urutan pustaka cDNA bisa acak tetapi pendekatan ini
dapat menghasilkan beberapa urutan dari transkrip umum. Peningkatan dalam pengembangan
perpustakaan dinormalisasi, banyak salinan cDNA dihilangkan secara selektif, sehingga urutan
lebih efisien. Subtraktif Subtitusional Hibridisasi (SSH) adalah teknik lain yang digunakan untuk
menghilangkan cDNA yang umum untuk sampel kontrol dan dari sampel yang ditantang,
sehingga hanya gen yang diekspresikan secara berbeda yang akan diurutkan. Urutan ini
kemudian di BLAST dicari terhadap semua basis data genetik yang ada, harapannya
mengidentifikasi homolog dari urutan gen yang dikenal dalam spesies lain (lihat Liu, 2007 untuk
tinjauan rinci dari teknologi ini).

Pemetaan hubungan langsung EST sangat sulit karena biasanya tidak ada informasi tentang
variasi alelik yang ada untuk EST yang diberikan pada populasi yang sedang dipelajari. Urutan
EST dapat diperiksa untuk keberadaan microsatellites, baru-baru ini Penambangan urutan basis
data EST telah menunjukkan sekitar 10% EST mengandung mikrosatelit. Perlu untuk memiliki
urutan dari beberapa individu untuk mengidentifikasi apakah gen yang diberikan adalah
polimorfik. Urutan EST juga dapat disejajarkan mengidentifikasi Single Nucleotide
Polymorphisms (SNP). Ini adalah mutasi titik yang memberi naik ke basa alternatif pada posisi
nukleotida tertentu di dalam lokus. Penemuan SNP masih sangat menantang dalam organisme
air karena banyak perpustakaan EST belum dibangun untuk mencari variasi intraspesifik di lokus
dalam suatu populasi, yang akan menghambat kemajuan dalam penemuan SNP. Namun SNP
sangat umum di sebagian besa genom tetapi baru-baru ini dimungkinkan untuk
memvisualisasikan dan menganalisis tunggal ini perbedaan dasar secara rutin dengan
perkembangan teknologi baru. Latar belakang untuk berbagai teknik penemuan SNP dan
teknologi genotyping dijelaskan dalam detail oleh Liu (2007). Jelas bahwa kemampuan untuk
mengidentifikasi dan memetakan sejumlah besar SNP dan otomatisasi upaya genotip berikutnya
telah mengarah pada perkembangan yang cepat dan penerapan teknologi SNP dalam ilmu
manusia dan hewan. Upaya pengurutan di Atlantik, ikan salmon pelangi trout dan Tilapia akan
berarti bahwa itu harus dimungkinkan mengidentifikasi sejumlah besar SNP dalam spesies ini
selama 5 tahun ke depan.

Dalam spesies dengan alat genetik yang dikembangkan lebih baik, EST dapat diberi label dan
digunakan sebagai probe untuk mengidentifikasi klon dalam pustaka insert besar (macroarray
filter) yang tersusun (mis. Perpustakaan Bakteri Kromosom Buatan BAC) yang berisi EST yang
menarik. Jika perpustakaan BAC telah diurutkan akhir dan berbagai klon BAC selaras EST akan
menjadi bagian dari contig (beberapa klon BAC yang berdekatan) dan posisinya akan diketahui
pada peta Fisik dan Genetik spesies (He et al.2007)

Alat genetik untuk organisme akuatik tidak terlalu maju pada tahap ini dan perpustakaan BAC
tidak tersedia atau belum sepenuhnya diurutkan dan diolah. Perpustakaan BAC tersedia dalam
beberapa spesies salmon Atlantik yang diternakkan (Davidson 2007 juga melihat cGRASP
situs web), nila (Katagari et al. 2001), seabass (Whitaker et al. 2006) dan gigas Pasifik
Crassostrea (Cunningham et al. 2006). Ketersediaan perpustakaan BAC membuka kemungkinan
kloning gen berdasarkan posisi atau peta atau QTL. Identifikasi marker yang mengapit gen yang
diminati atau QTL berarti bahwa klon BAC yang sesuai yang mengandung marker dapat
diidentifikasi dan dikonting dan klon yang mengandung gen diidentifikasi dan diurutkan proses
pemanggilan berjalan kromosom. Pustaka BAC juga berguna sebagai sumber daya pemetaan
fisik karena klon individu dapat diberi label dengan pewarna fluoresens dan kemudian
diseragamkan ke penyebaran kromosom spesies. Sejumlah proyek pemetaan fisik berbasis BAC
sedang berlangsung di salmon Atlantik (Ng et al 2005), nila (Katagiri et al. 2005) dan Channel
catfish (Xu et al. 2007). Perpustakaan BAC juga telah digunakan sebagai sumber daya dalam
urutan beberapa spesies hewan dan tumbuhan yang berbeda. Klon BAC adalah fisik pertama
yang dipetakan ke genom dan klon yang tumpang tindih yang memberikan jarak minimum
kemudian dapat diurutkan secara individual dan urutan penuh dibangun (lihat Liu 2007 untuk
ulasan terperinci).

Pemetaan langsung EST dimungkinkan pada spesies di mana panel pemetaan Radiasi Hibrida
(panel RH) . Garis hibrida radiasi terbukti sulit diproduksi pada ikan, salah satu keberhasilan
pertama adalah pada ikan zebra (Geisler et al. 1999) dan kelompok yang sama membantu dalam
pembuatan panel pertama pada spesies komersial, gilthead Sparus auratus ( Senger et al. 2006).
Pemetaan panel RH tidak memerlukan pengetahuan polimorfisme saja dari urutan sehingga
primer yang relevan dapat digunakan untuk PCR untuk mengkonfirmasi ada atau tidaknya urutan
yang diberikan di masing-masing garis hibrida. Panel Radiasi Hibrid memungkinkan sejumlah
besar penanda dipetakan dengan cepat tanpa batasan pendekatan berbasis rekombinasi.
Pekerjaan sedang berlangsung untuk mengembangkan panel RH baru untuk spesies lain seperti
seabass (AQUAFIRST). Pengembangan lebih banyak panel pemetaan Kesehatan Reproduksi
pada spesies akuakultur lain telah ditahan sampai batas tertentu dengan perkembangan pesat
dalam alat-alat lain dan harapan upaya sekuensing genom yang lebih dalam spesies akuakultur
membuat komitmen biaya dan waktu dalam mengembangkan panel seperti itu tidak perlu.
Namun, terlepas dari upaya komunitas spesies internasional untuk mendapatkan spesies mereka
diurutkan, hanya sedikit yang telah diadopsi sehingga kemungkinan inisiatif Kesehatan
Reproduksi lebih mungkin (Rexroad, 2007). Penambahan penanda Tipe 1 ke peta
memungkinkan pendekatan genomik komparatif untuk diadopsi untuk membantu dalam
mengidentifikasi kemungkinan lokus kandidat. Calon lokus atau QTL diidentifikasi dalam spesies
model dan lokus yang terkait dengannya dapat mengidentifikasi daerah sintaksis dalam spesies
komersial yang kurang dipelajari.

Genomik Fungsional
Penggerak lain untuk penemuan EST yang lebih banyak adalah pembangunan chip microarray
yang mengandung klona cDNA atau urutan sekuens oligonukleotida spesifik yang diturunkan dari
bagian-bagian penting gen yang dimaksud. Chip microarray ini dapat berisi 000 EST yang berasal
dari seluruh subset gen aninmal atau lebih terfokus khusus untuk jaringan atau fungsi biologis,
seperti respons terhadap penyakit. Pekerjaan dalam salmonids telah berkembang paling jauh
dan deskripsi pengembangan sumber daya genetik termasuk berbagai microarray dan protokol
yang digunakan dalam jenis studi ini ditinjau oleh Rise et al. (2007).

Microarray dapat digunakan untuk mempelajari berbagai sifat potensial yang menarik untuk
sektor akuakultur. Sampai saat ini ada banyak minat dalam tanggapan terkait penyakit (misalnya
Piscirickettsia salmonis (Rise et al. 2004), Aeromonas salmonicida (Ewart et al. 2005), penyakit
insang ameobik (Morrison et al. 2006) respons imun terhadap LPS tantangan (MacKenzie et al.
2006), vaksin bakteri hidup (Martin et al. 2006) dan vaksinasi DNA (Purcell et al. 2006). Spesies
Gyrodactylus, Lindenstrom et al. 2003, 2006: Fast et al 2006)). Ciri-ciri lain yang menarik
termasuk respons pertumbuhan pada salmon transgenik (Rise et al. 2006) dan respons stres
yang terkait dengan penanganan (Krasnov et al. 2005) dan suhu (Vornanen et al. 2005). Dengan
sejumlah besar gen yang dimonitor untuk ekspresi mereka di bawah berbagai kondisi yang
berbeda, jelas bahwa jenis studi ini dapat mengidentifikasi gen kandidat potensial yang memiliki
efek besar pada fenotipe dan mungkin memiliki kepentingan komersial. Pendekatan QTL yang
diuraikan sebelumnya tidak dapat memberikan tingkat resolusi yang diperlukan untuk
mengidentifikasi gen kandidat potensial karena kepadatan penanda yang rendah tersedia di
banyak spesies. Proyek yang mengintegrasikan pendekatan pemetaan QTL bersama studi
ekspresi gen global dapat mengidentifikasi kemungkinan pola ekspresi gen kandidat yang
berkorelasi dengan sifat yang sedang dipelajari (Haley dan de Koning 2006). Kemajuan dalam
pemahaman kita tentang resistensi penyakit pada organisme akuatik akan mengidentifikasi jalur
yang merespons infeksi daripada yang dapat ditingkatkan seperti sistem kekebalan atau
dukungan sehingga ikan dapat pulih lebih cepat dari tantangan seperti itu. Ciri-ciri lain yang
sangat penting dalam budidaya untuk banyak spesies termasuk kontrol dan penundaan
pematangan seksual. Ini bisa untuk meningkatkan biologi reproduksi sehingga ikan akan memijah
dan menghasilkan gamet berkualitas tinggi bila diperlukan, penting untuk industri yang
berkelanjutan. Kebalikannya juga berlaku pada spesies di mana pematangan perlu ditunda atau
dihindari.

Sumber daya berbasis web

Sumber daya berbasis web
Banyak alat dan teknologi genetika baru harus dikembangkan selama 20 tahun terakhir yang
pada awalnya didorong oleh kebutuhan Proyek Genom Manusia untuk mengurutkan dan
memesan 3.000 juta pangkalan. Kisah ini telah diceritakan di tempat lain (Ventner et al, 2001).
Alat dan teknologi genetik ini sekarang telah diterapkan untuk mengurutkan berbagai spesies
model penting lainnya, termasuk ikan.

Zebra Danio (Danio rerio) (http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/): Fugu, Takifugu rubripes)

(http://www.fugu-sg.org): Puffer fish Tetraodon nigrovirdis (http //www.genome Gov / 11008305):
Medaka (Oryzias latipes) (http: //dolphin.lab.nig.acjp/medaka/index/php): stickleback
(Gasterosteus aculeatus) (http // www.genome.gov / 12512292)

Ulasan ini pada dasarnya ditujukan untuk penerapan genetika dan genomik untuk budidaya dan
akan dibatasi untuk spesies bertani yang ada atau yang potensial. ada memiliki

menjadi sejumlah proyek yang telah bekerja dengan spesies akuakultur penting dalam beberapa
tahun terakhir. Proyek-proyek ini telah dalam banyak kasus menyatakan bahwa salah satu tujuan
utama mereka adalah untuk menghasilkan pengetahuan yang bermanfaat bagi sektor perikanan
budidaya.

Atlantic salmon (Salmo salar) Collaborative Uni Eropa yang didanai proyek yang disebut SALMAP
yang bertujuan untuk mengembangkan penanda baru dan peta lebih baik untuk salmonids
(Atlantic salmon, trout dan ikan trout coklat). Uni Eropa proyek yang didanai disebut SALGENE
yang bertujuan untuk menghasilkan sejumlah besar EST untuk aplikasi genom fungsional.
Sumber dari proyek-proyek ini sekarang bagian dari GRASP kolaborasi internasional yang besar
dan baru-baru cGRASP yang terus mengembangkan perpustakaan, resolusi pemetaan dan
sumber daya fungsional genomik untuk salmonids. (Http://www.cgrasp.org/). Kontribusi Norwegia
ke SALMAP dan proyek SALGENE dan kolaborasi terus dan upaya nasional dalam genomik
salmon dapat dilihat di (http://www.salmongenome.no/cgi-bin/sgp.cgi). proyek terbaru
berdasarkan ini inisiatif internasional telah dimanfaatkan microarray berdasarkan EST
dikumpulkan untuk mempelajari ekspresi gen di bawah berbagai tantangan penyakit. Chip
GRASP telah digunakan untuk mempelajari kekebalan dan respons penyakit untuk spesies
Gyrodactylus, Lindenstrom et al. 2003, 2006: Piscirickettsia Naik et al. 2004: Ichthyophthirius Sigh
dkk, 2004: penyakit insang amuba Brindle et al 2006 a, b: sealice dan vaksinasi, Martin et al 2006,
Purcell et al. 2006).

perusahaan Breeding salmon.

AquaChile (http://www.aquachile.com/spanish/inicio.html)
Aquagen (http://www.aquagen.no/eng/)

Landcatch (http://www.landcatch.co.uk/)

Salmobreed (http://www.salmobreed.no/SideMal01Eng.asp?ID=64)

Stofnfiskur (http://www.stofnfiskur.is/?modID=1&id=67)

Rainbow trout. (Oncorhynchus mykiss) Uni Eropa STRESSGENES proyek secara keseluruhan
tujuan adalah untuk mengidentifikasi dalam kandidat gen ikan terkait dengan ketahanan terhadap
stres kondisi dan dengan demikian memberikan dasar fisiologis dan genetik untuk strategi
marker-assisted selection baru. The rainbow trout telah dipilih sebagai fokus proyek ini karena
beberapa alasan: itu adalah spesies akuakultur penting di seluruh Eropa; ada tubuh besar data
fisiologis dan genetik tersedia untuk spesies ini; strain dengan tanggap berbeda terhadap stres
yang tersedia; semua mitra telah bekerja secara ekstensif pada spesies ini.
(Http://www.irisa.fr/stressgenes/) situs web ini ditutup untuk non anggota konsorsium.

Perkembangan terbaru dari alat genomik, khususnya teknologi microarray, memungkinkan

analisis ekspresi gen sistematis bahan biologis dan memberikan gambaran terpadu dari respon
global pada tingkat ekspresi gen. Informasi tersebut adalah sangat penting untuk mengidentifikasi
gen yang bertanggung jawab untuk variasi genetik dalam menanggapi stres dan untuk
pengembangan lebih lanjut dari jumlah yang memadai penanda molekuler, persyaratan penting
untuk skema marker-assisted selection. Saat ini

studi mengusulkan, untuk pertama kalinya, untuk menerapkan pendekatan fungsional ini baru
genom untuk menguji masalah fisiologis yang kompleks: analisis pola ekspresi gen pada tingkat
jaringan dalam menanggapi paparan stressor. Hal ini diusulkan untuk memeriksa profil ekspresi
gen pada rainbow trout selama paparan berbagai stres khas yang ditemui di lingkungan
akuakultur. Ini harus mengarah pada karakterisasi gen stres responsif sebagai calon penanda
gen kandidat.

Nila sumber genom tersedia untuk Oreochromis niloticus dan spesies cichlid lainnya dapat dilihat
(http://hcgs.unh.edu/cichlid/#maps)

Eropa Seabass. (Dicentrarchus labrax) Pekerjaan yang dilakukan oleh sebuah kolaborasi
multinasional (BASSMAP) untuk meningkatkan alat genetik untuk spesies ini dan dapat dilihat di
http://www.bassmap.org/) Proyek ini dikembangkan dan dipetakan lebih ??? tipe II spidol dan
dikembangkan ??? EST dan dipetakan ??? tipe I spidol. Hal ini juga dihasilkan sebuah
perpustakaan 65K BAC dengan cakupan genom 8X. Tahap kedua proyek ini telah dimasukkan
dalam sebuah proyek baru yang akan terus meningkatkan alat-alat (RH panel akhir urut BAC
perpustakaan) dapat dilihat di (http://aquafirst.vitamib.com/)

Seabream (Sparus auratus) lain Uni Eropa mendanai proyek multinasional (BRIDGEMAP) untuk
mengembangkan alat untuk gilthead seabream Sumber daya yang dihasilkan dapat dilihat di
(http://www.bridgemap.tuc.gr). Proyek ini dikembangkan panel hybrid RH pertama dalam ikan
dan menggunakan ini untuk memetakan ??? typeI dan ??? tipe II penanda (Franch et al 2006).
Tahap kedua proyek ini telah termasuk dalam proyek Uni Eropa AQUAFIRST.
(Http://aquafirst.vitamib.com/)

AQUAFIRST adalah sebuah proyek Uni Eropa yang bertujuan untuk mengidentifikasi gen yang
terkait dengan stres dan penyakit resistensi pada ikan dan moluska untuk memberikan dasar
fisiologis dan genetik untuk penanda yang dibantu pembiakan selektif. Ini didasarkan pada awal
proyek yang didanai Uni Eropa: BRIDGEMAP, BASSMAP dan STRESSGENES. Untuk
mengatasi kinerja yang buruk pertumbuhan, reproduksi terganggu dan peningkatan kerentanan
terhadap penyakit, petani memiliki antibiotik semakin digunakan dan obat-obatan.
Pengembangan program pembiakan selektif menggunakan penanda genetik menawarkan cara
untuk mengurangi, jika tidak menghilangkan, penggunaan antibiotik.
(Http://aquafirst.vitamib.com/)

Halibut Hippoglossus Hippoglossus dan Senegal tunggal (Solea senegalensis) (PLEUROGENE)

(http://pleurogene.ca/index.php) Ini adalah inisiatif Kanada dan Spanyol untuk bdevelop alat
genetik untuk ini flatfish laut potensial penting bertani. Lain urut flatfish dan sumber daya genetik
dapat diperoleh melalui situs GENIPOL.

Cod Gadus morhua Atlantik genomik cod dan pengembangan induk di Kanada
(http://codgene.ca/index.php)

Carp umum. (Cyprinus carpio) proyek EUROCARP Genetik Perpustakaan NACEE

(http://www.agrowebcee.net/subnetwork/nacee/)

NACA (http://www.enaca.org/modules/news/index.php?storytopic=18&start=60) USA kegiatan

yang berkaitan http://www.animalgenome.org/aquaculture/