Kuliah ke-8 Mikrobiologi 1203 P

METABOLISME MIKROORGANISME
METABOLISME
 Sel harus menyelesaikan 2 tugas dasar untuk
tumbuh, yaitu:
 Mensintesa komponen baru
 biosintesis
 Mengumpulkan energi
 Jumlah total reaksi kimia biosintesis dan
pengumpulan energi disebut ―metabolisme‖
 PRINSIP METABOLISME
 Metabolisme dapat dibagi 2
komponen, yaitu:
 Anabolisme
 Katabolisme
 Katabolisme
 Reaksi degradatif
 Reaksi yang menghasilkan energi dari
pecahan molekul-molekul yang lebih
besar
 Anabolisme
 Reaksi yang melibatkan sintesis
komponen sel
 Reaksi anabolis membutuhkan energi
 Reaksi anabolis menggunakan energi
yang dihasilkan dari reaksi katabolis
PRINSIP METABOLISME
 Mengumpulkan energi
 Energi didefinisikan sebagai kapasitas untuk melakukan pekerjaan
 Hadir sebagai:
 Energi potensial
Energi yang disimpan
 Energi kinetik
 Energi yang bergerak
o Melakukan pekerjaan
 Energi dapat dikonversikan dari satu bentuk ke bentuk yang lain
 Potensial  kinetik
 Kinetik  potensial
PRINSIP METABOLISME
 Mengumpulkan energi
 Jumlah energi yang dilepas dari ikatannya disebut “energi
bebas”
 Energi tersedia untuk melakukan pekerjaan
 Jika perekasi (reactants) memiliki energi bebas lebih dari produk,
maka energi dilepaskan.
o Reaksi Eksergonis
 Jika produk memiliki energi lebih dari pereaksi, maka energi
dikonsumsi.
o Reaksi Endergonis
PRINSIP METABOLISME
 Komponen Jalur metabolik
 Proses terjadi sejalan dengan reaksi kimia
 Komponen awal dikonversikan menjadi molekul
pertengahan (intermediate) dan produk akhir.
 Produk Intermediates dan produk akhir dapat digunakan sebagai
metabolit prekursor
 Jalur metabolik memiliki komponen penting untuk
menyelesaikan proses
 Enzim
 ATP
 Sumber energi kimia
 Pembawa elektron
 Metabolit prekursor
PRINSIP METABOLISME
 Peran enzim
 Enzim memfasilitasi setiap langkah jalur metabolik
 Mereka adalah protein yang berperan sebagai katalis
 Meningkatkan konversi substrat menjadi produk
 Reaksi katalisa dengan menurunkan energi aktivasi
 Energi dibutuhkan untuk memulai reaksi kimia.
ENZIM
 Berperan sebagai katalisator biologi
 Sangat spesifik
 Jenis enzim tertentu hanya beraksi dengan 1 substrat
substrat dalam jumlah terbatas
 Enzim tidak dapat mengganti pereaksi atau produk reaksi
kimia
 Enzim tidak dapat digantikan dengan reaksi kimia yang
dikatalisisnya
 Enzim biasanya dinamai untuk substrat yang dilakukannya
dan berakhir dengan akhiran–ase
 protease
ENZIM
 Cara kerja Enzim
 Enzim bekerja dengan 2
tahap, yaitu:
 Substrat yang mengikat sisi
aktif enzim untuk
membentuk suatu enzim
kompleks
 Substrat adalah bahan  E + S  E-S  E + P
khusus pada enzim yang
bekerja.  Enzim dilepas untuk mengikat
 Produknya terbentuk. substrat baru
 Enzim diregulasikan untuk
mencegah produksi hasil yang
berlebihan.
ENZIM
 Kofaktor dan Koenzim
 Kofaktor
 Komponen non-protein yang bereaksi
dengan enzim.
 Koenzim
 Kofaktor Organik
 Bekerja sebagai pembawa (carriers)
bagi molekul atau elektron
o NAD+, FAD and NADP+ adalah
koenzim
 Tidak spesifik seperti enzim
 Bisa bekerja dengan beberapa enzim.
 ENZIM
 Faktor Lingkungan dari aktifitas Enzim
 Faktor-faktor yang mempengaruhi aktifitas enzim adalah:
 Suhu
 Suhu yang meningkat akan meningkatkan kecepatan reaksi
o Suhu yang sangat tinggi membuat enzim menjadi tidak berfungsi
 pH
 Fungsi enzim terbaik pada pH di atas 7
 Konsentrasi garam
 Konsentrasi garam yang rendah sangat disukai enzim
ENZIM
 Regulasi Allosteric
 Meregulasikan produksi hasil
 Molekul peregulasi mengikat nagian
enzim allosteric
 Mengubah kemiripan enzim terhadap
substrat
 Enzim Allosteric memulai aktifitas
jalur (pathway) yang diberi
 Regulasi mengendalikan aktifitas
metabolik
 Feedback inhibition
 Produk akhir jalur (pathway) bekerja
pada bagian allotter enzim
 Menutup jalur masuk
ENZIM
 Penghambatan Enzim
 Penghambatan Tidak kompetitif (Non-competitive inhibition)
 Penghambat dan substrat bekerja pada bagian enzim yang berbeda
 Allosteric inhibition
 Feedback inhibition
 Penghambatan kompetitif (Competitive inhibition)
 Penghambat berkompetisi untuk bagian aktif dengan substrat
 Penghambat secara struktural sama dengan substrat
 Obat Sulfa berkompetisi dengan PABA untuk bagian aktif enzim yang
menghasilkan asam folat.
ENZIM
 PRINSIP METABOLISME
 Peran ATP
 Adenosine triphosphate (ATP)
 Sumber energi bagi sel
 Berhubungan secara negatif pada kelompok fosfat yang
menempel pada molekul adenosin
 Berhubungan negatif terhadap fosfat
 Menciptakan ikatan tidak stabil yang mudah pecah menghasilkan energi
 ATP diciptakan dari 3 mekanisme:
 Substrate phosphorylation
 Oxidative phosphorylation
 Photophosphorylation
 PRINSIP METABOLISME
 Substrate phosphorylation
 Menggunakan energi kimia
untuk menambahkan ion fosfat
ke molekul ADP
 Oxidative phosphorylation
 Menggunakan energi dari
proton untuk menambah ion
fosfat ke ADP
 Photophosphorylation
 Menggunakan energi radiasi
dari matahari untuk diubah
menjadi phosphorylate ADP ke
ATP
 PRINSIP METABOLISME

 Peran sumber energi kimia

 Sumber energi
 Bahan compound pecah untuk menghasilkan energi
 Jenis-jenis bahan compound yang tersedia :
 Glukosa, merupakan molekul organisyang paling umum

 Mengumpulkan energi membutuhkan sejumlah reaksi

yang berpasangan
 Reaksi Oksidasi-reduksi
PRINSIP METABOLISME
 Reaksi Oksidasi-reduksi
 Reaksi di mana 1 atau lebih elektron dipindahkan dari 1
substrat ke substrat lainnya.
 Bahan compound yang kehilangan elektron dioksidasi
 Disebut Donor Elektron
 Bahan compound yang mendapat elektron direduksi
 Disebut Pembawa Elektron
 Di dalam reaksi, elaktron dihilangkan
 Proton sering mengikuti bentuk ion H+
 Ion H+ memiliki 1 proton dan tidak ada elektron
 PRINSIP METABOLISME
 Peran pembawa elektron (electron carriers)
 Ada 3 jenis pembawa elektron (electron carriers)
 Nicotinamide adenine dinucleotide
 NAD+
 Flavin adenine dinucleotide
 FAD
 Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate
 NADP+
 Bentuk yang direduksi mewakili kekuatan yang direduksi
 Disebabkan energi yang dapat digunakan di dalam ikatan
 Bentuk yang direduksi :
 NADH + H+
 FADH2
 NADPH
 PRINSIP METABOLISME

 Metabolit Precursor
 Produk Intermediate dihasilkan di dalam jalur katabolis
 Digunakan pada jalur anabolis
 Tampil sebagai bahan mentah untk kontruksi makromolekul
KATABOLISME GLUKOSA
Tahapan pada katabolisme glukosa:

 Glikolisis
 Transisi (konversi)
 Siklus Kreb (Tricarboxylic Cycle, TCA)
 Electron Transport Chain (ETC, Respiration)
KATABOLISM GLUKOSA
 Skema metabolisme
 Tiga jalur utama:
 Jalur metabolik utama:
 Glikolisis
 Transisi
 Siklus Kreb
 Electron Transport Chain

 Jalur utama adalah katabolis dan

menyediakan :
 Energi
 Koenzime yang direduksi
 Metabolit Precursor
GLIKOLISIS
 Glikolisis
 Jalur utama untuk mengubah 1 glukosa  2 piruvat
 10 tahapan
 Jalur tersebut terdiri dari:
 Dua 3 C-molekul piruvat
 Menghasilkan 2 ATP
 2 ATP selanjutnya pecah menjadi glukosa
 4 ATP dikumpulkan
 Dua molekul mengurangi tenaga
 NADH + H+
 6 jenis metabolit precursor
 5 intermediate and 1 piruvat
GLIKOLISIS
 TRANSISI
 Tahap Transisi
 Menghubungkan glikolisis menjadi Tricarboxylic Acid Cycle
 Memodifikasi 3-C piruvat dari glikolisis menjadi 2-C acetyl CoA
 CO2 dihilangkan melalui dekarboksilasi
 Sisa kelompok 2-C acetyl bergabung menjadi koenzim A
o Membentuk Acetyl CoA
 NAD+ direduksi menjadi NADH + H+
 Setiap piruvat memasuki langkah transisi
 Reaksi terjadi 2 kali untuk 1 glukosa
 Hasil dari tahap Transisi :
 Tenaga yang berkurang
 NADH + H+
 Metabolit Precursor
 Acetyl CoA
TRANSISI
 SIKLUS ASAM TRICARBOKSILAT

 Siklus Asam Trikarboksilat

 menyelesaikan oksidasi glukosa
 Menggabungkan acetyl CoA dari tahap Transisi
 Melepaskan CO2 pada reaksi
 Siklus berganti 1 kali untuk setiap acetyl CoA
 Dua putaran untuk setiap molekul glukosa
 Siklus menghasilkan:
 2 ATP
 6 NADH + H+
 2 FADH2
 4 CO2
SIKLUS ASAM TRIKARBOKSILAT
 RESPIRASI
 Menggunakan NADH and
FADH2 untuk mensintesa
ATP
 Fosforilasi oksidatif terjadi
dari kombinasi 2
mekanisme:
 Rantai Trasportasi
Elektron
 Menghasilkan proton motive
force
 Kombinasi dengan sintesa
ATP
 Menggunakan energi di
dalam proton motive force
untuk mensintesa ATP
RESPIRASI
 Rantai Transportasi elektron
 Kelompok pembawa elektron dengan membran yang
melekat
 Susunan pembawa membantu produksi proton motive force
 Empat jenis pembawa elektron:
 Flavoproteins—FAD
 Iron-sulfur proteins—seperti NAD dehydrogenase complex
 Quinones—lipid soluble molecules yang bergerak di dalam
membran dan memindahkan elektron
 Cytochromes—proteins dengan kelompok ‗heme‘
RESPIRASI
 Rantai Transportasi elektron mitokondria
 Rantai terdiri dari :
 Complex I
 a.k.a NADH dehydrogenase
 Complex II
 a.k.a succinate dehydrogenase
 Coenzyme Q
 Complex III
 Cytochrome C
 Complex IV
 Setiap pembawa menerima elektron dari pembawa sebelumnya.
 Di dalam proses, proton dipompakan melewati membran
RANTAI TRANSPORTASI ELEKTRON
MITOKONDRIA
RESPIRASI
 Mekanisme tenaga proton
 Pembawa tertentu menerima proton dan elektron,
beberapa hanya menerima elektron
 Memompa proton melewati membran
 Menciptakan suatu gradien proton
 Penyusunan pembawa menyebabkan proton dapat melewati
membran.
RESPIRATION

 Rantai transportasi
elektron menggunakan
serangkaian reaksi
oksidasi reduksi untuk
menghasilkan energi
untuk memompa H+
dan untuk membentuk
air.
RANTAI TRANSPORTASI ELEKTRON
MITOKONDRIA
RESPIRASI
 Rantai transportasi elektron prokaryota
 Respiration dapat bersifat aerob atau anaerob
 Pada respirasi aerob beberapa prokaryota memiliki
enzim sama dengan complex I and II dari mitokondria
 Tidak memiliki enzim yang sama dengan complex III atau
cytochrome c
 Menggunakan quinones (ubiquinone)
o membawa elektron secara langsung menuju terminal
electron acceptor
o Oksigen bertindak sebagai penerima jika tersedia
RANTAI TRANSPORTASI ELEKTRON
PROKARYOTA (AEROB)
RESPIRASI
 Rantai transportasi elektron pada prokaryota
 Respirasi anaerob kurang efisien
 Pembawa elektron alternatif digunakan
 Oksigen tidak bertindak sebagai ujung penerima elektron
(terminal electron acceptor)
 Beberapa bakteri menggunakan nitrat
 Nitrat diubah menjadi nitrit
o Nitrit diubah menjadi ammonia
 Bakteri pereduksi sulfur menggunakan sulfat sebagai ujung
penerima elektron (terminal electron acceptor)
 Pembawa Quinone (menaquinone) menghasilkan vitamin K
 RESPIRASI
 Sintesa ATP
 Mengumpulkan energi dari tenaga proton (proton force)
untuk mensitesa ATP
 Mengizinkan proton untuk mengalir kembali ke dalam sel
 Menghasilkan cukup energi untuk mem-phosphorylate ADP 
ATP
o Satu ATP terbentuk dari 3 proton
 10 proton dipompa keluar setiap NADH+H+
 Satu NADH menghasilkan 3 molekul ATP
 6 proton dipompa keluar setiap FADH2
 Satu FADH menghasilkan 2 molekul ATP
 RESPIRASI
 ATP dari phosphorylasi oksidatif
 ATP dihasilkan melalui re-oksidasi NADH + H+ dan FADH2
 Maximum theoretical yield
 Dari glycolysis
 2 NADH + H+  6 ATP
 Dari tahap transisi
 2 NADH + H+ 6 ATP
 Dari TCA
 6 NADH + H+ 18 ATP
 2 FADH2  4 ATP
 FERMENTASI
 Digunakan oleh organisme yang tidak dapat
berespirasi
 Karena kekurangan penerima elektron inorganik yang
cocok atau kekurangan rantai transportasi elektron
 ATP dihasilkan hanya pada glikolisis
 Tahap lain untuk mengkonsumsi tenaga pereduksi yang
berlebih
 Mengulang siklus NADH
 Jalur fermentasi menggunakan pyruvate atau derivative sebagai
terminal electron acceptor
FERMENTASI
FERMENTASI
 Produk akhir dari
fermentasi termasuk:
 Asam laktat
 Ethanol
 Asam butyrat
 Asam propionic
 2,3-Butanediol
 Campuran beberapa
asam
 Semua dihasilkan pada
serangkaian reaksi untuk
menghasilkan terminal
electron acceptor yang
cukup
Terima Kasih