PRAKTIKUM 2

ISOLASI DNA

Tujuan Praktikum
1. Dapat melakukan isolasi DNA secara sederhana dari berbagai jenis jaringan (buah dan
sayuran)
2. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap hasil isolasi pada DNA Buah dan sayur
3. Mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA

Pendahuluan
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berbagai untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan. DNA terdapat di nukleus,
mitokondria dan kloroplas. Terdapat perbedaan diantara ketiga lokasi DNA ini, yaitu : DNA
nukleus berbentuk linear dan berhubungan sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berhubungan dengan protein histon.
DNA memiliki struktur helix utas ganda, yang mengandung komponen-komponen gula pentose
(deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa. Satu sel memiliki DNA yang merupakan materi
genetic dan akan diturunkan pada keturunannya. DNA dapat diisolasi, baik pada manusia
maupun tumbuhan. Isolasi DNA merupakan langkah tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya
ada dua, yaitu :
1. Sentrifugasi, merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berda di bagian bawah
tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Teknik sentrifugasi
dilakukan oleh mesin yaitu mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi. Hasil
sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatant di bagian
atas dan pellet di bagian bawah.
2. Presipitasi, merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari
campuran.
Langkah-langkah isolasi DNA, yaitu pengumpulan sel-sel, pemecahan sel (lisis sel) dan
pencernaan protein, dan pengendapan DNA.
 Pada dasarnya, isolasi DNA dapat dilakukan dari berbagai sumber, antara lain organ
manusia, darah, daun, daging buah, serangga, kalus, akar batang, daging, dan sisik ikan. Pada
individu yang diperoleh dari berbagai sumber akan memiliki jenis jumlah dan ukuran yang sama.
DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontaminasi oleh polisakarida dan metabolit
sekunder seperti tannin, pigmen, alkaloid dan flavonoid. Sedangkan DNA dari hewan lebih
banyak mengandung protein. Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses
destruksi dinding sel untuk melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki
dinding sel yang kuat dan seirngkali pada beberapa jenis tanaman, kontaminasi tersebut sulit
dipisahkan dari ekstrak asam nukleat. Kehadiran kontaminasi di atas dapat menghambat aktivitas
enzim, misalnya DNA tidak sensitive oleh enzim restriksi dan mengganggu proses amplifikasi
DNA dengan PCR. Demikian pula pada hwan yang memiliki kandungan kitin (seperti serangga),
memerlukan teknik dan metode khusus untuk menghancurkan sel ingga isi dapat terpisah tau
keluar dari sel.

Alat dan Bahan

Alat Bahan
1. Tabung reaksi 1. Pisang
2. Neraca analitik 2. Papaya
3. Spatula 3. Melon
4. Mortar 4. Umbi Bawang
5. Pestle 5. Sawi
6. Gelas ukur 6. Tisuue
7. Mikro pipet 7. Alkohol 70%
8. Kain saring 8. Garam
9. Botol selai 9. Detergen bubuk, cair, dan krim
10. Blender

Cara Kerja
Membuat larutan detergen
1. Siapkan 3 gelas beaker
 2. Masukkan setiap jenis detergen (bubuk, cair, dan krim) ke dalam masing-masing gelas
beaker sebanyak 10 gram
3. Tambahkan aquades sebanyak 10 ml
4. Aduk perlahan (jangan sampai berbuih) hingga larut merata.
Langkah kerja Ekstraksi DNA
1. Tumbuk masing-masing sayuran dan buah sebanyak 60 gr
2. Tambahkan aquades sebanyak 60 ml
3. Saring hasil tumbukan buah ke dalam beaker glass
4. Masukkan sari buah yang telah di saring ke dalam 3 tabung reaksi berbeda, masing-
masing sebanyak 4 ml
5. Tambahkan larutan detergen yang berbeda (bubuk, cair, dan krim) pada setiap tabung
reaksi yang telah berisi sari biah sebanyak 2 ml
6. Tambahkan 1 spatula garam dapur ke dalam masing-masing tabung reaksi
7. Tambahkan alkohol dingin 70% sebanyak 3 ml ke dalam masing-masing campuran
8. Tunggu beberapa saat dan perhatikan lapisan yang terbentuk dalam tabung reaksi
9. Ambil lapisan yang melayang menggunakan mikropipet
10. Masukkan lapisan tersebut ke dalam mikrotube
11. Lakukan dihomogenkan dengan menggunakan sentrifuge
12. Amati lapisan yang terbentuk!

Pertanyaan dan Jawaban

1. Jelaskan fungsi reagen-reagen pada praktikum isolasi DNA berikut:
a. Detergen
b. Garam
c. Alkohol
2. Apa fungsi penumbukan buah dan sayur dalam isolasi DNA?
3. Mengapa alkohol yang ditambahkan harus dalam keadaan dingin?
4. Mengapa pada macam buah yang berbeda menghasilkan kuantitas dan pembentukan
DNA yang berbeda?
5. Mengapa pada macam detergen yang berbeda menghasilkan kuantitas dan pembentukan
DNA yang berbeda?