Protein secara berlebiha tidak menguntungkan bagi tubuh. Makanan yang tinggi
protein biasanya tinggi lemak sehingga dapat dapat menyebabkanobesitas.
Kelebihan protein tidak baik, karena dapat mengganggu metabolisme protein yang
berada di hati. Ginjal pun akan terganggu tugasnya, karena bertugas membuang hasil
metabolisme protein yang tidak terpakai. Kadar protein yang tinggi bisa menyebabkan
kalsium keluar dari tubuh,hal ini dapat menyebabkan osteoporosis.
Protein yang belum diuraikan menjadi nutrisi memasuki peredaran darah melalui
dinding usus sebagai zat tak dikenal. Hal ini sering terjadi pada anak-anak yang masih kecil.
Tubuh bereaksi terhadapnya sebagai zat tak dikenal dan menimbulkan reaksi alergi. Alergi
protein seperti ini palng sering disebabkan oleh susu dan telur.