REGULASI EKSPRESI GEN

Valentina Yurina
Program Studi Sarjana Farmasi
FKUB
 Topik perkuliahan

Peran regulasi ekspresi gen

Komponen yang berperan dalam

regulasi gen

Regulasi gen pada prokariota

Regulasi gen pada eukariota

 Peran regulasi ekspresi gen
Perbandingan jumlah gen pada prokariota vs.
manusia

• Prokariota: 500 - 4000

• Manusia: +/- 20.000-25.000
 tidak jauh berbeda
• Perbedaan fenotif
sangat besar, mengapa??
Regulasi
ekspresi Gen
 Peran regulasi ekspresi gen
• Setiap sel manusia  memiliki genome yang sama
tetapi mempunyai karakter yang jauh berbeda

???
 Peran regulasi ekspresi gen
• Perbedaan karakter sel dengan genome yang
sama disebabkan oleh adanya pengaturan
ekspresi gen menjadi protein
– Sel saraf: protein A, B, K, L,....
– Sel otot polos: protein A, C, M, N, ......
• Perbedaan yang hanya sedikit (ratusan protein
dari 10.000-20.000 protein yang
diekspresikan)  sudah memberikan karakter
sel yang berbeda
 DIFFERENT GENE CATEGORIES
Genes turned “on” in all cells at all times
(e.g. transcription machinery, translation
machinery, energy conversion, etc.).
Housekeeping genes

Genes that are turned “on” in each cell

Cell type specific that give a cell its special properties and
function.
genes
Genes specific to certain stages during
Developmental growth & development of a person.
regulatory genes
Genes not normally expressed but can be
in response to external stimuli (e.g.
Inducible genes hormone).
 Perbedaan Ekspresi Gen
• Perbedaan ekspresi gen  dipicu oleh faktor
lingkungan dan stimulus dari luar sel
• Contoh: pengaruh hormon glukokortikoid
pada:
– Sel liver peningkatan produksi tirosin amino
transferase
– Sel lemak  penurunan produksi tirosin amino
transferase
– Sel retina  tidak berefek
Siapa yang melakukan kontrol gen?
Protein regulator gen (Gene regulatory
protein)

Bagaimana protein pengontrol gen mengenali

daerah yang hendak diatur diantara sekian
puluh ribu gen manusia?
 Adanya sekuens DNA spesifik yang dikenali
oleh protein regulator gen
 Interaksi DNA-protein regulator gen
• Bagian protein regulator gen yang mengenali
DNA sekuens  DNA binding motif
• Pengenalan sekuens DNA oleh DNA binding
motif didasari oleh:
– perbedaan pola donor ikatan hidrogen, akseptor
ikatan hidrogen, dan kantung hidrofob pada major
groove
– urutan nukleotida spesifik
A DNA recognition code. The edge of each
base pair, seen here looking directly at the
major or minor groove, contains a distinctive
pattern of hydrogen bond donors, hydrogen
bond acceptors, and methyl groups. From the
major groove, each of the four base-pair
configurations projects a unique pattern of
features. From the minor groove, however, the
patterns are similar for G-C and C-G as well as
for A-T and T-A.

Bruce Alberts, Molecular Biology of the Cell

Bruce Alberts, Molecular Biology of the Cell
 Interaksi DNA sekuens dan DNA
binding motif
• Bersifat spesifik dan sangat kuat
• Dengan ikatan hidrogen, ikatan ionik, dan interaksi hidrofobik
• Contoh DNA binding motif:
– Helix turn helix motif
– Zinc finger motif
– Leucine zipper motif

DNA binding by helix turn helix

Bruce Alberts, Molecular Biology of the Cell
helix-turn-helix DNA-binding proteins
All of the proteins bind DNA as dimers in which the two copies of the recognition
helix (red cylinder) are separated by exactly one turn of the DNA helix (3.4 nm).
The second helix of the helix-turn-helix motif is colored blue. The lambda
repressor and cro proteins control bacteriophage lambda gene expression, and
the tryptophan repressor and the catabolite activator protein (CAP) control the
expression of sets of E. coli genes
Bruce Alberts, Molecular Biology of the Cell
 DNA binding by a zinc finger protein.

(A) The structure of a fragment of a mouse gene regulatory protein bound to a specific
DNA site. This protein recognizes DNA using three zinc fingers of the Cys-Cys-His-His
type arranged as direct repeats. (B) The three fingers have similar amino acid
sequences and contact the DNA in similar ways. In both (A) and (B) the zinc atom in
each finger is represented by a small sphere. (Adapted from N. Pavletich and C. Pabo,
Science252:810-817, 1991. © 1991 the AAAS.) Bruce Alberts, Molecular Biology of the Cell
leucine zipper proteins A leucine zipper dimer bound to DNA. Two a-
helical DNA-binding domains (bottom)
dimerize through their ahelical leucine zipper
region (top) to form an inverted Y-shaped
structure. Each arm of the Y is formed by a
single a helix, one from each monomer, that
mediates binding to a specific DNA sequence
in the major groove of DNA. Each a helix binds
to one half of a symmetric DNA structure.
(Adapted from T.E. Ellenberger et al.,
Cell71:1223-1237, 1992. © Cell Press.)
Heterodimerization of leucine zipper
proteins can alter their DNA-binding
specificity. Leucine zipper
homodimers bind to symmetric DNA
sequences, as shown in the left-hand and
center drawings. These two proteins
recognize different DNA sequences, as
indicated by the red and blue regions in
the DNA. The two different monomers
can combine to form a heterodimer,
which now recognizes a hybrid DNA
sequence, composed from one red and
one blue region
Bruce Alberts, Molecular Biology of the Cell
REGULASI GEN PADA
PROKARIOTA
 Regulasi gen pada prokariota
 Pada prokariot  operon mengontrol kecepatan
transkripsi
 Operon: sekelompok gen yang bekerja bersama
dan mengkode protein dengan fungsi yang
berkaitan
OPERON

Regulator Structural Structural

Promoter Operator
gene gene A gene B

RNA Repressor
Produces the polymerase
repressor binding site
binding site
 Struktur Operon
Operon pada prokariot terdiri dari:

1) Gen struktural: mengkode protein tertentu yang

berperan dalam proses metabolisme prokariota

2) Promoter: sebagai sisi pengenalan/pengikatan RNA

polymerase

3) Gen Operator: mengatur produksi RNA dari gen

struktural, sebagai switch on/off gen struktural
 INDUCTION
Enzim (protein) dibutuhkan hanya pada kondisi tertentu 
represor terikat pada operator  RNA polymerase tidak bisa
membentuk mRNA  tidak terbentuk enzim
Saat enzim dibutuhkan (ada substrat yang harus dimetabolisme),
substrat bertindak sebagai inducer yang berikatan dengan
represor, mengubah konformasinya sehingga represor tidak dapat
berikatan dengan operator  terjadi transkripsi  terbentuk enzim
Contoh: sistem lac operon pada E. coli

Inducer

R
RR P O SG1 SG2
 Figure 18.4
Regulatory Promoter
gene
Operator

DNA lacI lacZ

No
RNA
3 made
mRNA
RNA
5 polymerase

Active
Protein repressor

(a) Lactose absent, repressor active, operon off

lac operon

DNA lacI lacZ lacY lacA

RNA polymerase
3
mRNA
mRNA 5
5

Protein  -Galactosidase Permease Transacetylase

Allolactose Inactive
(inducer) repressor

(b) Lactose present, repressor inactive, operon on

 Figure 18.4a

Regulatory Promoter
gene
Operator

DNA lacI lacZ

No
RNA
made
3
mRNA
RNA
5 polymerase

Active
Protein repressor

(a) Lactose absent, repressor active, operon off

 Figure 18.4b

lac operon

DNA lacI lacZ lacY lacA

RNA polymerase
3
mRNA mRNA 5
5

Protein
-Galactosidase Permease Transacetylase
Allolactose Inactive
(inducer) repressor

(b) Lactose present, repressor inactive, operon on

 Sistem lac operon
• Lac operon mengandung gen struktural: lacZ, lacY, lacA
 berperan dalam metabolisme laktosa
• Saat laktosa tidak ada  tidak perlu dihasilkan lacZ,
lacY, lacA  gen regulator lacI menghasilkan protein
represor yang berikatan dengan operator RNA
polimerase tidak bisa bekerja  tidak dihasilkan lacZ,
lacY, lacA
• Saat laktosa ada  laktosa berikatan dengan represor
sehingga represor tidak dapat berikatan dengan
operator  RNA polimerase bisa bekerja  dihasilkan
lacZ, lacY, lacA untuk memetabolisme laktosa
 ABS protein
Optimizing overproduction

1 2 3 4 5 6 7 8 9

97 kDa

66 kDa

45 kDa

30 kDa

Non induksi IPTG induksi IPTG

 REPRESSION
Enzim dibutuhkan hampir sepanjang waktu, produksi enzim hanya
dihentikan jika produk yang dihasilkan sudah terlalu banyak
Represor tidak dapat berikatan dengan operator
Produk yang berlebih bertindak sebagai efektor yang membantu
represor untuk berikatan dengan operator  Transkripsi berhenti, enzim
tidak dihasilkan
Contoh: sistem Tryp operon pada E. coli

RR P O SG1 SG2
 Figure 18.3 trp operon

Promoter Promoter
Genes of operon

DNA trpR trpE trpD trpC trpB trpA

Operator
Regulatory RNA
gene Start codon Stop codon
3 polymerase
mRNA 5
mRNA
5
E D C B A

Protein Inactive Polypeptide subunits that make up

repressor enzymes for tryptophan synthesis
(a) Tryptophan absent, repressor inactive, operon on

DNA
No RNA
made

mRNA

Protein Active
repressor

Tryptophan
(corepressor)
(b) Tryptophan present, repressor active, operon off
 Figure 18.3a

trp operon
Promoter Promoter
Genes of operon
DNA trpR trpE trpD trpC trpB trpA
Operator
Regulatory RNA Start codon Stop codon
gene 3 polymerase
mRNA mRNA 5
5
E D C B A

Protein Inactive
repressor
Polypeptide subunits that make up
enzymes for tryptophan synthesis

(a) Tryptophan absent, repressor inactive, operon on

 Figure 18.3b-1

DNA

mRNA

Protein Active
repressor

Tryptophan
(corepressor)
(b) Tryptophan present, repressor active, operon off
 Sistem trp operon
• trp operon mengandung gen struktural: trpA, trpB, trpC,
trpD, trpE  berperan dalam produksi tryptophan
• Saat tryptophan tidak ada  perlu dihasilkan trpA, trpB,
trpC, trpD, trpE  protein represor tidak aktif dan tidak
bisa berikatan dengan operator  RNA polimerase bisa
bekerja  dihasilkan trpA, trpB, trpC, trpD, trpE
• Saat tryptophan ada (berlebihan)  tryptophan bertindak
sebagai co-repressor berikatan dengan represor sehingga
represor aktif, dapat berikatan denggn operator  RNA
polimerase tidak bisa bekerja  tidak dihasilkan trpA, trpB,
trpC, trpD, trpE untuk memproduksi tryptophan
REGULASI GEN PADA
EUKARIOTA
Mekanisme kontrol gen pada eukariota
Kontrol gen pada eukariot lebih kompleks dibandingkan pada
prokariota karena adanya pembagian kompartemen sel (nukleus).

Regulasi gen dapat terjadi pada tahap:

a. Modifikasi struktur kromatin

b. Transcription (kapan dan seberapa sering gen ditranskripsikan)
c. mRNA processing and transport (kontrol proses splicing RNA dan
mRNA mana yang ditransport dari nukleus ke sitoplasma)
d. Translation (kontrol mRNA mana yang ditranslasikan oleh
ribosom)
e. Degradation of mRNA (kontrol mRNA yang didegradasi )
f. Protein processing (kontrol aktivasi/inaktivasi protein)
g. Protein degradation
Regulasi ekspresi gen melalui Remodeling Chromatin

chromatin remodeling  aktivasi gen

eukariotik melalui perubahan struktur
kromatin

chromatin remodeling diperantarai oleh 2

mekanisme:

• modifikasi histon
• remodelling kompleks nukleosome
DNA double helix

chromatin

nucleosome
 Histone Modifications
• Asetilasi penambahan gugus asetil pada lisin yang
bermuatan positif pada bagian ekor histone oleh histon
acetyl transferase (HAT)  perubahan muatan/netralisasi
muatan positif lisin penurunan kekuatan ikatan histon
dengan DNA  pelonggaran struktur kromatin 
meningkatkan inisiasi transkripsi
• Metilasi penambahan gugus metil  meningkatkan
kerapatan histon
• Fosforilasi  Penambahan gugus fosfat pada asam amino
serin, tirosin, threonin  menambah muatan negatif
histone  menurunkan kekuatan ikatan histon dengan
DNA  melonggarkan kromatin  meningkatkan inisiasi
transkripsi
• Ubiquinasi
Figure 18.7

Histone
tails

DNA
Amino acids double
available helix
for chemical
modification
Nucleosome
(end view)
(a) Histone tails protrude outward from a nucleosome

Unacetylated histones Acetylated histones

(b) Acetylation of histone tails promotes loose chromatin
structure that permits transcription
39
 Nucloesome remodeling complexes
• Nucloesome remodeling complexes kompleks protein ATP-
dependent yang mengubah posisi nukloesome pada kromatin
sebagai respon pengikatan aktivator sehingga dapat
meningkatkan transkripsi
• Beberapa mekanisme kerja kompleks nucleosome
remodeling:
– Menggeser nukleosome sepanjang DNA sehingga DNA-
binding sites terekspos
– Restrukturisasi nucleosome
– Transfer nucleosome dari satu DNA ke DNA lain
Mekanisme kontrol gen
 Transcription Control
• Melibatkan sekuens DNA yang mempengaruhi
terjadi/tidaknya transkripsi oleh RNA
polimerase:
– enhancer  bagian dari DNA yang berikatan
dengan aktivator
– silencer  bagian dari DNA yang berikatan
dengan represor
 Faktor Transkripsi
• Peran: membantu RNA polimerase dalam
mengawali terjadinya transkripsi melalui
penempelan dengan promotor
• Tanpa adanya faktor transkripsi, RNA polimerase
tidak bisa memulai proses transkripsi

 Ada 2 tipe:
1) Activators – protein yang berikatan pada enhancer dan
RNA polimerase yang menyebabkan peningkatan
transkripsi

2) Repressors – protein yang berikatan pada silencer yang

menyebabkan penurunan transkripsi
45
 Regulasi Post-Transkripsi
• Regulasi post transkripsi terutama berperan saat sel
harus memberikan respon yang cepat terhadap
pengaruh lingkungan
• Meliputi:
mRNA processing and transport

Translation

Degradation of mRNA

Protein processing/degradation

© 2011 Pearson Education, Inc.

 mRNA Processing
• alternative RNA splicing  mRNA yang berbeda
dihasilkan dari produk trasnkripsi awal, tergantung dari
segmen RNA mana yang dianggap sebagai exon dan
intron
 Figure 18.13

Exons

DNA 1 2 3 4 5

Troponin T gene

Primary
RNA 1 2 3 4 5
transcript

RNA splicing

mRNA 1 2 3 5 or 1 2 4 5
 mRNA transport control
mRNA transport: nukleus  sitoplasma

• Penelitian menunjukan bahwa ½ dari produk transkripsi

primer tidak pernah keluar dari nukleus dan mengalami
degradasi
• mRNA matang keluar dari nukleus melalui pori, tetapi signal
dan mekanismenya belum diketahui
• 5’cap yang tepat dibutuhkan agar mRNA dapat keluar dari
nukleus menuju sitoplasma
 mRNA Degradation
• T ½ molekul mRNA di sitoplasma bervariasi (menit hingga
bulan)
– mRNA XYZ  5 menit
– mRNA ABC  60 menit
– mRNA XYZ dan mRNA ABC ditranslasikan terus menerus  protein
ABC jauh lebih banyak dari XYZ

• T ½ mRNA pada eukariot ditentukan pada untranslated

region (UTR) pada ujung 3’ mRNA (poly A) menstabilkan
mRNA  semakin panjang poly A  semakin stabil
Initiation of Translation (kontrol translasi)
• Inisiasi translasi  diregulasi oleh suatu protein
tertentu yang berikatan dengan mRNA
Eukaryotic Cap-Dependent Translation
Initiation and Its Regulation by eIF2α
Kinases and Other Signaling Pathways

Sonenberg N, Hinnebusch AG. Regulation of translation

initiation in eukaryotes: mechanisms and biological
targets. Cell. 2009;136(4):731–745.
doi:10.1016/j.cell.2009.01.042
 Protein Processing
• Protein processing  pemotongan atau penambahan
gugus tertentu pada protein mengatur aktivitas protein
• Terjadi di badan golgi, dibantu oleh protein chaperone

Animation: Protein Processing

Action of chaperones during translation
Chaperones bind to the amino (N) terminus of the growing polypeptide chain,
stabilizing it in an unfolded configuration until synthesis of the polypeptide is
completed. The completed protein is then released from the ribosome and is
able to fold into its correct three-dimensional conformation.
From: Protein Folding and Processing, The Cell: A Molecular
Approach. 2nd edition. Cooper GM.
Sunderland (MA): Sinauer Associates; 2000.
Action of chaperones during protein transport
A partially unfolded polypeptide is transported from the cytosol to a
mitochondrion. Cytosolic chaperones stabilize the unfolded configuration.
Mitochondrial chaperones facilitate transport and subsequent folding of the
polypeptide chain within the organelle.

From: Protein Folding and Processing Cover of The Cell

The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition.
Cooper GM.
Sunderland (MA): Sinauer Associates; 2000.
 Protein Degradation
• Protein degradation  dilakukan oleh
Proteasome
 From: Protein Degradation
The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition.
Cooper GM.
Sunderland (MA): Sinauer Associates; 2000.

The ubiquitin-proteasome pathway

Proteins are marked for rapid degradation by the covalent attachment of several
molecules of ubiquitin. Ubiquitin is first activated by the enzyme E1. Activated
ubiquitin is then transferred to one of several different ubiquitin-conjugating
enzymes (E2). In most cases, the ubiquitin is then transferred to a ubiquitin ligase
(E3) and then to a specific target protein. Multiple ubiquitins are then added, and the
polyubiquinated proteins are degraded by a protease complex (the proteasome).
Cyclin degradation during the cell
cycle
The progression of eukaryotic
cells through the division cycle is
controlled in part by the synthesis
and degradation of cyclin B, which
is a regulatory subunit of the Cdc2
protein kinase. Synthesis of cyclin
B during interphase leads to the
formation of an active cyclin B–
Cdc2 complex, which induces
entry into mitosis. Rapid
degradation of cyclin B then leads
to inactivation of the Cdc2 kinase,
allowing the cell to exit mitosis
and return to interphase of the
next cell cycle.

From: Protein Degradation

The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition.
Cooper GM.
Sunderland (MA): Sinauer Associates; 2000.