Biomembran dan arsitektur sel

Valentina Yurina
Program Studi Farmasi
Fakultas Kedokteran
Universitas Brawijaya
 Kompetensi mahasiswa

 Mahasiswa memahami:
 Struktur dan fungsi biomembran
 Komposisi penyusun biomembran
 Organel penyusun sel dan fungsinya
 Komponen dan struktur sitoskleteon
 Variasi biomembran

 Sel yang berbeda memiliki karakteristik yang berbeda

sesuai dengan fungsinya

Eritrosit -> permukaan halus, Sel epitel pada saluran cerna,

memungkinkan eritrosit menembus memiliki perpanjangan membran
pembuluh kapiler yang sempit  cilia, memfasilitasi pergerakan
cairan
 Cellular membrane

Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al. Molecular

Cell Biology. 4th edition. New York: W. H.
Freeman; 2000. Section 5.3, Biomembranes:
Structural Organization and Basic Functions.
Available from:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21583
/
 Biomembran
 Fungsi:
 Membatasi sel dari lingkungannya
 Mengatur keluar/masuknya senyawa ke dalam sel  Menjaga
homeostasis dalam sel
 Mengandung reseptor untuk mendeteksi signal dari lingkungan
 Memfasilitasi mekanisme komunikasi, adhesi, dan kontak antar sel
 Bersifat semi-permiabel  hanya senyawa dengan sifat
tertentu saja yang dapat keluar/masuk dalam sel
 Bersifat dinamis dan memiliki struktur lipid bilayer yang fluid
dengan ketebalan kurang lebih 5nm
Biomembran
 Struktur biomembran

 Berupa fosfolipid bilayer  lapisan yang memiliki sisi

hidrofil pada bagian luar (exoplasmic face) dan sisi
hidrofob pada bagian dalam (cytosolic face).
Polar Polar
head head A space-filling model of a
hidrofob
typical phospholipid bilayer
The hydrophobic interior is
generated by the fatty acyl side
chains. Some of these chains
have bends caused by
doublebonds. The
different polar head groups all
lie on the outer, aqueous
surface of the bilayer. [From L. Stryer,
Double bond 1995, Biochemistry,4th ed., W.H Freeman and
Company, p 270; courtsey of L.Stryer.]
 Struktur biomembran

 Lipid  amphipathic  memiliki kepala yang bersifat polar

(hydrophilic) dan ekor bersifat non polar (hydrophobic)
 Adanya sifat hidrofobik dan interaksi van der Walls
menyebabkan bagian ekor membentuk struktur bilayer
dengan bagian kepala yang polar berada di luar
 Komposisi lipid pada membran bilayer memiliki strukur
kimia, fungsi dan jumlah yang bervariasi
 Jenis lipid penyusun biomembran:
 Fosfogliserida
 Sphingolipid
 Kholesterol
Komponen penyusun biomembrane
(Bruce Albert, Molecular Biology of the Cell, 2015)
Komposisi Lipid Biomembran

Fosfogliserida:
• Phosphatidylethanolamine
(PE)
• Phosphatidylcholine (PC)
• Phosphatidylserine (PS)
• Phosphatidylinositol (PI)

Sphingolipid:
• Sphingomyelin (SM)
• glycolipid
glucosylcerebroside
(GlcCer)

Cholesterol
Variasi komposisi lipid
 Variasi Komposisi Lipid
 Sel menghadapi kondisi lingkungan
yang berbeda  perlu karakteristik
membran yang berbeda, contoh sel
epitel pada saluran cerna: apical,
lateral, basal
 Semakin tinggi kandungan
sphingolipid  semakin stabil
karena adanya OH bebas yang
dapat membentuk ikatan hidrogen
 bagian apical lebih banyak
kandungan sphingolipid karena
terpapar stress yang lebih tinggi
 Variasi Komposisi Lipid

 Pengaruh komposisi lipid

terhadap ketebalan dan
kelengkungan membran
 Semakin banyak SM 
semakin tebal
 PC  membentuk
monolayer, PE
membentuk conical

H. Sprong et al., 2001, Nature Rev. Mol. Cell Biol. 2:504.

 Biomembran bersifat dinamis

 Biomembran tidak bersifat rigid tetapi

dinamis  fluiditas membran
 Fluiditas menurun seiring dengan
peningkatan kandungan sphingolipid
dan cholesterol, sebaliknya fluiditas
meningkat seiring dengan banyaknya
phosphoglyceride
 Fludiditas membran juga dipengaruhi
oleh temperatur
 Protein pendukung biomembran
 Terdiri dari 3 kelas:

Integral membrane protein/transmembrane protein  Menembus

membran, terdiri dari bagian hidrofil (menghadap ke bagian sitosol dan
ekstrasel) serta bagian hidrofob (bagian yang menembus membran)

Lipid-anchored membrane protein  terikat secara kovalen dengan

bagian lipid

Peripheral membrane protein interaksi secara langsung atau tidak

langsung dengan protein atau komponen lipid penyusun membran
Protein pendukung biomembran
 Protein pendukung biomembran

Crystal structure of the human beta2 adrenergic

G-protein-coupled receptor. Søren G. F. Rasmussen,
Hee-Jung Choi, Daniel M. Rosenbaum, Tong Sun Kobilka,
Foon Sun Thian, Patricia C. Edwards, Manfred
Burghammer, Venkata R. P. Ratnala, Ruslan Sanishvili,
Robert F. Fischetti, Gebhard F. X. Schertler, William I. Weis
& Brian K. Kobilka.Nature 450, 383-387
Structure of a potentially open state of a
proton-activated pentameric ligand-gated ion
channel
Ricarda J. C. Hilf & Raimund Dutzler
Nature 457, 115-118(1 January 2009)
Fungsi protein pada membran
 LOX-1 (Lectin-like oxidized-LDL receptor-1)

Pengkode LOX-1 : gen OLR 1 6

exon

LOX-1: 273 asam amino  4

domain, yaitu:

• domain sitoplasmik yang

pendek (asam amino 1-33),
• domain transmembran
single (asam amino 34-60) ,
• domain stalk (atau NECK
domain, sama amino 61-142)
• C-type lectin-like domain
(CTLD) (asam amino 143-273)
Navarra et al.,2010 20
Struktur LOX-1

Park et al, 2005;

Tate, 2006
21
Jalur pensinyalan LOX-1

22
 Vaksinasi pLOX-1 mencegah aterosklerosis 23

HFD
Vaksinasi
Monosit
pLOX-1 LDL-C1
Agregasi
?4 platelet

LOX-1 ↓
Sel endotel
Sitokin pro-
Molekul Kerusakan Rupturnya
eNOS ↑ Sel Ketebalan
adhesin
inflamasi (TNFα, endotel plak
Busa ↓ intima ↓3
IL-6, NF-kB) ↓ 2
Infiltrasi LOX-1
mononuclear ↓

Makrofag LOX-1

Normalitas
struktur dan
orientasi SMC
1 Yanto,2017, 2 Parhusip, 2017, Al-Muyasaroh, 2017,
23 Aisyafuri,
2017, 3 Atyanta, 2017, 4 Murti, 2017
Karbohidrat pendukung biomembran

 Karbohidrat:
 Glikoprotein
 Glikolipid
 Glycocalix  bagian membran yang kaya karbohidrat 
berperan penting dalam cell recognition (antigen)
 Fungsi : pertahanan terhadap kerusakan mekanik dan
kimiawi, menjaga jarak antar sel, mencegah interaksi
protein yang tidak diinginkan, dan adhesi sel
Peran karbohidrat dalam membran

Human ABO blood-group

antigens. These antigens are
oligosaccharide chains
covalently attached to
glycolipids or glycoproteins in
the plasma membrane. The
terminal oligosaccharide sugars
distinguish the three antigens.
The presence or absence of the
glycosyltransferases that add
galactose (Gal) or N-
acetylgalactosamine (GalNAc)
to O antigen determine a
person’s blood type
 The Rhesus protein in the erythrocyte membrane

Both Rhesus proteins show 417 amino acids, shown here as circles. Mature proteins in the membrane lack the first
amino acid. The amino acid substitutions which distinguish the RhD from the RhCE protein are shown in yellow,
with the four amino acids which code for the C antigen in green and the one which codes for the E antigen in black.
The single amino acid substitutions which code for partial D are in blue, those which code for weak D are in red. The
mutations, identified by the Ulm group, are in light blue and orange. Flegel, Willy. (2007). The genetics of the Rhesus
Blood Group system. Blood transfusion = Trasfusione del sangue. 5. 50-7. 10.2450/2007.0011-07.
Organel sel
Nukleus

 Organel terbesar dalam sel eukariota

 Memiliki 2 lapis membran
 Mengandung genome DNA dan tempat sintesis RNA
 Euchromatin bagian kromatin yang tidak terlalu rapat,
mengandung gen aktif
 Heterokromatin  bagian kromatin yang tersusun rapat,
seringkali tidak aktif ditranskripsikan
 Mitokondria

 Merupakan tempat sintesis

ATP, mengubah glukosa dan
asam lemak menjadi ATP
 Memiliki 2 lapisan membran:
 Outer membran  Memiliki
banyak porin,
memungkinkan molekul
berukuran 10.000Da masuk
 Inner membran  memiliki
komposisi protein tinggi,
membentuk cristae
 mtDNA

Map of the human mitochondrial DNA genome (16569 bp, NCBI sequence accession NC_012920 — Anderson et al. 1981). The H (heavy, outer
circle) and L (light, inner circle) strands are given with their corresponding genes. There are 22 transfer RNA (TRN) genes for the following amino
acids: F, V, L1 (codon UUA/G), I, Q, M, W, A, N, C, Y, S1 (UCN), D, K, G, R, H, S2 (AGC/U), L2 (CUN), E, T and P (white boxes). There are 2 ribosomal
RNA (RRN) genes: S (small subunit, or 12S) and L (large subunit, or 16S) (blue boxes). There are 13 protein-coding genes: 7 for NADH
dehydrogenase subunits (ND, yellow boxes), 3 for cytochrome c oxidase subunits (COX, orange boxes), 2 for ATPase subunits (ATP, red boxes),
and one for cytochrome b (CYTB, coral box). Two gene overlaps are indicated (ATP8-ATP6, and ND4L-ND4, black boxes). The control region (CR) is
the longest non-coding sequence (grey box). Its three hyper-variable regions are indicated (HV, green boxes).
Mitochondrial Inheritance &
Mitochondrial disease
 Retikulum endoplasma/
endoplasmic reticulum (ER)

 Suatu jaringan berupa kantung-kantung yang disebut

dengan cisternae
 Fungsi utama  berperan dalam sintesis lipid dan protein
 smooth endoplasmic reticulum  tidak mengandung
ribosom
 rough endoplasmic reticulum  mengandung banyak
ribosom
 Retikulum endoplasma

 Smooth ER  Berperan dalam sintesis asam lemak

dan fosfolipid
 Sel hepatosit banyak mengandung smooth ER 
smooth ER mengandung enzim yang berperan dalam
metabolisme senyawa toksik
 Retikulum endoplasma

 Rough ER  mengandung ribosom tempat sintesis

protein
 Berperan dalam modifikasi protein, meliputi :
glikosilasi, fosforilasi, pembentukan ikatan disulfida,
dan folding protein
 Rough ER banyak terdapat di sel yang harus
memproduksi protein dalam jumlah banyak, misalnya:
 Sel plasma  Produksi Ab
 Sel langerhans  Produksi insulin
 Kompleks golgi
 Berperan dalam modifikasi protein dan lipid
(glikosilasi), sorting dan transport protein
dan lipid ke berbagai organel lain
 Terdiri dari bagian cis, medial, trans
 Pada masing-masing bagian terdapat enzim
yang berperan dalam modifikasi protein,
protein yang berbeda akan dimodifikasi
secara berbeda tergantung pada tujuan dan
fungsinya
 Transport protein dilakukan melalui
vesikel Three-dimensional model of the Golgi complex built by analyzing
micrographs of serial sections through a secretory cell
Transfer vesicles that have budded off from the rough ER fuse with the cis
membranes of the Golgi complex. In pancreatic acinar cells, the secretory
vesicles that form by budding off of sacs on the trans membranes store
secretory proteins, such as chymotrypsinogen, in concentrated form.
Other vesicles, detailed in Chapter 17, move material from one part of the
Golgi to another. [After a model by J. Kephart.]
 The synthesis and release of secretory
proteins in acinar cells of the rat pancreas
(a) Immediately after secretory proteins are
made on ribosomes of the rough ER, they
are found in the lumen of the rough ER.
Transfer vesicles transport them to Golgi
vesicles, where they are concentrated and
packaged into secretory vesicles containing
granules of zymogens (pancreatic enzyme
precursors, such as chymotrypsinogen).
Several of these coalesce to form a storage
vesicle; these accumulate under the apical
surface, which faces the lumen of an acinus.
Hormone or nerve stimulation triggers
fusion of the vesicles with the plasma
membrane, releasing the vesicles’ contents
into the lumen (exocytosis). (b) Once
released from acinar cells, the inactive
precursors move through ductules and the
pancreatic duct to the intestine, where they
are proteolytically activated into digestive
enzymes. Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et
al. Molecular Cell Biology. 4th edition. New
York: W. H. Freeman; 2000. Section 5.4,
Organelles of the Eukaryotic Cell. Available
from:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21
743/
Endosom -Lisosom
The endosomal–lysosomal apparatus is
responsible for the intracellular
digestion of externally and internally
generated macromolecules. As shown in
the accompanying figure, coated vesicles
internalize most extracellular macromolecules by
endocytosis to form early endosomes, which move
from the plasma membrane towards the cell
nucleus. As they do so, they become acidic and give
rise to 'late' endosomes. This increasing acidity
leads to the dissociation of lysosomal enzymes
from mannose-6-phosphate receptors (see Fig. 1 for
more on these receptors). Late endosomes also
fuse with primary lysosomes (which contain
lysosomal hydrolases and bud from the Golgi) to
form secondary lysosomes. The distinction
between late endosomes and lysosomes is based
primarily on pH. The lysosome is a more acidic
compartment, in which most macromolecular
degradation occurs.
Enzyme replacement and enhancement therapies:
lessons from lysosomal disorders
Robert J. Desnick & Edward H. Schuchman
Nature Reviews Genetics 3, 954-966 (December
2002)
 Lisosom
 Lisosom  mengandung enzim2 yang mendegradasi
polimer menjadi monomer penyusunnya, misalnya:
nuclease  degradasi RNA dan DNA menjadi
mononukleotida, protease  degradasi protein, fosfatase
 mengambil gugus fosfat
 Enzim lisosomal bekerja paling efektif pada pH asam 
disebut dengan acid hydrolases, bersifat tahan asam
 Adanya protein transporter pada membran lisosom
memfasilitasi masuknya ion H dan Cl ke dalam lisosom
sehingga kondisi sitosol lisosom cenderung asam .
 pH asam membantu denaturasi protein, dengan demikian
protein tersebut akan siap didegradasi lebih lanjut oleh
enzim lisosom
Tay-Sachs Disease
Tay-Sachs disease is caused by a
defect in one enzyme catalyzing a
step in the lysosomal breakdown
of gangliosides. The resulting
accumulation of these glycolipids,
especially in nerve cells, has
devastating consequences. The
symptoms of this inherited disease
are usually evident before the age of
1. Affected children commonly
become demented and blind by age
2 and die before their third birthday.
Nerve cells from such children are
greatly enlarged with swollen lipid-
filled lysosomes
 Peroksisom
 Peroxisomes mengandung oksidase  enzim yang menggunakan
oksigen untuk mengoksidasi senyawa organik, dalam proses tsb
dihasilkan hidrogen peroksida, suatu senyawa yang korosif
 Peroksisome juga mengandung catalase  enzim yang memecah
hidrogen peroksida menjadi air dan oksigen
 Dalam proses oksidasi di peroksisom tidak dihasilkan ATP, berbeda
dengan proses oksidasi pada mitokondria.
 Pada peroksisom, proses oksidasi asam lemak menghasilkan gugus
asetil, dan tidak terkait dengan produksi ATP
 Energi yang dilepaskan dalam oksidasi peroksisom dikonversi menjadi
panas, gugus asetil digunakan dalam proses sintesis kolesterol dan
metabolit lain.
 Pada eukariota, peroksisome merupakan organel utama tempat
oksidasi asam lemak, yang menghasilkan prekursor untuk proses
biosintesis lain.
 Dalam sel hepar dan ginjal, senyawa toksik yang masuk akan
didegradasi di peroksisom sehingga menghasilkan metabolit yang non
toksik
Sitoskeleton
Sitoskeleton
 The cytoskeleton and disease . Visualisation of the microtubule cytoskeleton
(red) and its close association with the nuclear lamina (green). Illustration
provided by Dr JLV Broers, University of Maastricht, The Netherlands

The Journal of Pathology, Volume: 204, Issue: 4, Pages: 351-354, First published: 19 October 2004, DOI: (10.1002/path.1665)
 Sitoskeleton

 F-actin filament, dimater : 8 nm, tersusun dari G-actin

monomer.
 Bersifat multifungsi dan dapat diorganisasi menjadi
struktur yang berperan dalam mempertahankan dan
memperkuat sel, menjaga bentuk sel, dan
berpartisipasi dalam migrasi sel
 Sitoskeleton

 Microtubulus (MT): diameter 25 nm, tersusun dari

monomer tubulin. Peran utama dalam transpor intrasel
organel dan vesikel
 Intermediate filament (IF): diameter 10 nm, tersusun dari
berbagai jenis protein, misalnya keratin dan neurofilamen.
Sifatnya lebih stabil dan kuat dibandingkan actin dan
mikrotubulus karena membentuk struktur berpilin (rope-
like structures). Membentuk suatu jaringan dalam sel yang
membantu sel bertahan terhadap tekanan mekanik dan
menjaga struktur sel
 Sitoskeleton

 Monomer penyusun intermediate filament pada

nukleus disebut dengan lamin.
 Sel yang berbeda memiliki komposisi intermediate
filamen yang berbeda, misalnya filamen yang
mengandung keratin banyak ditemui pada sel epitel,
desmin banyak ditemui pada sel otot, dan vimentin
banyak ditemui pada mesenchymal cells
 Sitoskeleton

 Microfilament: membentuk struktur bundles atau

network
 Bundles  susunan paralel filamen
 Network  susunan longgar, saling sambung silang,
dalam bentuk 2D atau 3D
 Membrane microfilamen binding protein  protein
pada membran yang berikatan dengan microfilamen,
menentukan bentuk/struktur sel
 Post test

1. Jelaskan karakteristik komponen utama penyusun

biomembran!
2. Jelaskan fungsi utama mitokondria dan badan golgi!
3. Sebutkan 3 komponen penyusun sitoskeleton!