Pengenalan NCBI : Pencarian Nukleotida dalam NCBI

1. Membuka situs www.ncbi.nlm.nih.gov , maka akan terbuka homepage NCBI

seperti tampilan di atas.

2. Dis
ebelah kiri terdapat sumber berbasis data yang telah dikelompokkan. Bagian
kanan terdapat menu Popular Resources yang menunjukkan fitur-fitur yang
sering digunkan dalam NCBI. Bagian atas dari fitur terdapat kotak search
engine yang digunakan untuk mencari dokumen atau data dengan cara menulis
pada kotak tersebut. Bagian tengah terdapat fitur submit, fitur download,
fitur learn, fitur develop, fitur analyze, dan fitur research.

1. Fitur submit untuk memasukkan data kedalam basis data NCBI;

2. Fitur download untuk menstransfer/mendownload data NCBI ke komputer;

3. Fitur learn sebagai menu bantuan untuk membantu menemukan dokumen atau
file yang diinginkan;

4. Fitur develop untuk membantu programmer dalam mengakses dan

memanipulasi data NCBI pada aplikasi mereka;

5. Fitur analyze untuk membantu pengguna dalam analisis data;

6. Fitur research untuk mengetahui penelitian NCBI dan proyek kolaboratif

lainnya. Disebalah kanan terdapat sumber basis data yang populer digunakan.
Pada bagian atas terdapat kotak search engine yang memudahkan dalam
mencari dokumen/file yang dibutuhkan.

3. Pencarian Nukleotida dalam NCBI

a) Urutan nukleotida dapat dicari dengan memilih nucleotide pada kotak all
database dan mengisi kotak search dengan nukleotida yang ingin dicari,
misalnya ”ERALPHA” lalu klik search.

ERALPHA merupakan salah satu dari dua jenis utama reseptor estrogen, yang
diekpresikan dalam trofoblas manusia dan meningkat selama diferensiasi
syncytiotrophoblast. ERALPHA dikodekan oleh gen ESR1 (Estrogen Receptor .
(Kumar dkk, 2009).

b) Muncul beberapa hasil pencarian terkait nukleotida ERAPLHA yang terdapat

pada berbagai organisme

c. Klik salah satu hasil pencarian nukleotida tersebut, misalnya “Canis familiaris
partial mRNA for ERalpha protein (eralpha gene)”. Informasi terkait gen
tersebut akan muncul dalam format genbank. Format genbank menyimpan urutan
dan penjelasannya bersama-sama. Awal bagian anotasi ditandai dengan garis yang
dimulai dengan kata “LOCUS”. Awal bagian urutan ditandai dengan garis yang
dimulai dengan kata “ASLI” dan bagian akhir ditandai oleh garis dengan hanya
“//”. File GenBank biasanya berakhir dengn .gb atau kadang-kadang .gbk.
(Anonim, 2014)

d. Pada hasil pencarian nukelotida tersebut akan muncul beberapa informasi

mengenai spesies yang dicari, yaitu FASTA untuk memunculkan urutan
nukleotida pada spesies yang dicari; Locus Name menunjukkan genus dan
spesies pada Canis familiaris, di mana huruf “A” sebagai genus dan “J”
sebagai spesies; Seguence length menunjukkan pasangan basa; Molecule type
menunjukkan tipe molekul dari spesies tersebut; genbank divison sebagai ...;
Modification date menunjukkan tanggal terakhir data tersebut diakses;
Definition menunjukkan definisi dari spesies tersebut; Accesion sebagai
nomor untuk mengakses; Version menunjukkan versi dari data tersebut;
Keywords menunjukkan kata kunci dari pencarian tersebut; Source sebagai
sumber data dari spesies yang dicari; Organism menunjukkan urutan
 taksonomi dari Canis familiaris; dan Reference sebagai modifikasi penulis
tentang data.

Sequence Length Genbank division

Accession Number
Modification
date
Locus name
Molecule type

Version number
 Tampilan format FASTA akan muncul seperti tampilan di atas

Data urutan nukleotida hasil pencarian tersebut dapat disimpan dalam file
pengguna. Ada beberapa cara untuk menyimpan data urutan nukleotida.
Cara pertama, untuk menyimpan file dalam format FASTA, klik
send�complete record�File�FASTA�create file.
 Cara kedua, bila pengguna mempunyai akun NCBI, maka data FASTA dapat
ditambahkan dalam akun dengan cara klik send�complete record�Collection� add
to collection.

Cara ketiga, data FASTA dapat disimpan dengan cara klik send�complete
record�clipboard� add to clipboard. Data FASTA akan secara otomatis tersimpan
pada clipboard sehingga dapat sewaktu-waktu dibuka.

Daftar pustaka
Kumar P., Kamat A., Mendelson CR. 2009. Estrogen Receptor Alpha (Eraplha)
Mediates Stimulatory Effects Of Estrogen on Aromatase (CYP19) Gene
Expression in Human Placenta. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19299445)
Anonim. 2014. GenBank Format.
http://sckitbio.org/docs/0.5.2/generated/skbio.io.format.genbank.html