LAPORAN PRAKTIKUM

DRY LAB BIOLOGI SEL & MOLEKULER

ACARA I
PENGENALAN NCBI

Disusun Oleh :
Amabel Satria Cahya Adi / 198114032
Kania Putri Purnomo / 198114033
Belarminus Dimas Bramantyo / 198114034

LABORATORIUM BIOFARMASETIKA
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA
2019
 I. Tujuan Praktikum
1. Mampu memahami ilmu bioinformatika dan aplikasinya dalam membantu
penerapan ilmu biologi sel dan molekuler.
2. Mampu menyebutkan berbagai macam open source basis data yang dapat
digunakan untuk memahami biologi molekuker.
3. Mengenal NCBI dan berbagai fitur sistem informasi yang disediakan.

II. Dasar Teori

Semua makhluk hidup memiliki materi genetik untuk mempertahankan
kelangsungan struktur, sifat, fungsi dan aktivitas-aktivitas kimia dalam selnya.
DNA merupakan salah satu jenis asam nukleat yang berperan sebagai materi
genetic yang menurunkan sifat tertentu dari satu generasi ke generasi
turunannya. Materi ini mengarahkan pembentukan protein dan RNA tertentu
yang penting dalam sel makhluk hidup. DNA juga mengatur pertumbuhan dan
pembelahan sel, termasuk informasi untuk diferensiasi sel sehingga terbentuk
tumbuhan, hewan, manusia dan mikroorganisme lainnya. Begitu pentingnya
DNA ini sehingga disebut sebagai molekul utama kehidupan
(Wirahadikusumah, 1985).
DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik secara lengkap yang
diperlukan untuk mencirikan struktur semua protein dan RNA tiap-tiap spesies
organisme, untuk membuat program pada saat yang tepat dan menempatkan
biosintesissel dan jaringan secara teratur, untuk menentukan aktivitas
organisme sepanjang siklus hidupnya, dan untuk menentukan kekhususan
organisme tertentu. DNA alami terdiri dari dua rantai anti parallel dalam suatu
rangkaian heliks ganda. Basa A-T dan G-T yang saling komplementer
tersusun berpasangan melalui ikatan hydrogen pada heliks(Lehninger, 1982).
DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa
nitrogen, dan phospat. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan
nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda, dimana basa nitrogen dan
kedua benang polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap
melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida
yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. Ikatan-ikatan fosfat itu sangat
kuat dan dikenal sebagai ikatan-ikatan ester kovalen, atau ikatan fosfodiester.
Residu fosfat ( PO4-) sepanjang rantai ini bersifat asam, sehingga diberi nama
asam nukleat (Goodenough, 1988).
DNA akan mengalami denaturasi dan renaturasi. Jika suatu larutan yang
mengandung DNA dipanaskan atau diberi alkali kuat, maka hubungan
hydrogen menjadi labil dan putus. Dua pita spiral dari molekul DNA itu
membuka. Proses ini disebut denaturasi DNA. Jika larutan tersebut kemudian
didinginkan kembali atau dinetralisis secara perlahan-lahan maka terbentuklah
pasangan-pasangan basa itu kembali. Peristiwa ini dinamakan renaturasi (Jack,
1995).
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) adalah institusi
yang konsen dalam sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI
membuat database yang dapat diakses secara umum, merangsang riset biologi
terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome dan
menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah
pada pemahaman yang lebih baik tentang proses molekuler yang
mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Adapun situs akses NCBI adalah
: www.ncbi.nlm.nih.gov (Artanti, 2016).
Bioinformatika merupakan kajian yang memadukan disiplin biologi
molekul, matematika dan teknik informasi (TI). Ilmu ini didefinisikan sebagai
aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan
menginterpretasikan data-data biologi molekul. Biologi molekul sendiri juga
merupakan bidang inter-disipliner, mempelajari kehidupan dalam level
molekul. Mula-mula bidang kajian ini muncul atas inisiatif para ahli biologi
molekul dan ahli statistik, berdasarkan pola pikir bahwa semua gejala yang
ada di alam ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi dari data-
data yang ada. Pada bidang Bioinformatika, data-data atau tindak-tanduk
gejala genetika menjadi inti pembentukan simulasi. Pada saat ini,
Bioinformatika ini mempunyai peranan yang sangat penting, diantaranya
adalah untuk manajemen data-data biologi molekul, terutama sekuen DNA
dan informasi genetika. Perangkat utama Bioinformatika adalah software dan
didukung oleh kesediaan internet (Jordan, 1999)
A. Pencarian Nukleotida dalam NCBI

1. Membuka situs www.ncbi.nlm.nih.gov , maka akan terbuka homepage NCBI

seperti tampilan di atas.

2. Disebelah kiri terdapat sumber berbasis data yang telah dikelompokkan.

Bagian kanan terdapat menu Popular Resources yang menunjukkan fitur-fitur
yang sering digunkan dalam NCBI. Bagian atas dari fitur terdapat kotak search
engine yang digunakan untuk mencari dokumen atau data dengan cara menulis
pada kotak tersebut. Bagian tengah terdapat fitur submit, fitur download,
fitur learn, fitur develop, fitur analyze, dan fitur research.
 a) Fitur submit untuk memasukkan data kedalam basis data NCBI;
b) Fitur download untuk menstransfer/mendownload data NCBI ke
komputer;
c) Fitur learn sebagai menu bantuan untuk membantu menemukan dokumen
atau file yang diinginkan;
d) Fitur develop untuk membantu programmer dalam mengakses dan
memanipulasi data NCBI pada aplikasi mereka;
e) Fitur analyze untuk membantu pengguna dalam analisis data;
f) Fitur research untuk mengetahui penelitian NCBI dan proyek kolaboratif
lainnya. Disebelah kanan terdapat sumber basis data yang populer
digunakan. Pada bagian atas terdapat kotak search engine yang
memudahkan dalam mencari dokumen/file yang dibutuhkan.

3. Pencarian Nukleotida dalam NCBI

a) Urutan nukleotida dapat dicari dengan memilih nucleotide pada kotak all
database dan mengisi kotak search dengan nukleotida yang ingin dicari,
misalnya ”ERALPHA” lalu klik search.

ERALPHA merupakan salah satu dari dua jenis utama reseptor estrogen,
yang diekpresikan dalam trofoblas manusia dan meningkat selama
 diferensiasi syncytiotrophoblast. ERALPHA dikodekan oleh gen ESR1
(Estrogen Receptor 1). (Kumar dkk, 2009).

b) Muncul beberapa hasil pencarian terkait nukleotida ERAPLHA yang

terdapat pada berbagai organisme

c) Klik salah satu hasil pencarian nukleotida tersebut, misalnya “Canis

familiaris partial mRNA for ERalpha protein (eralpha gene)”. Informasi
 terkait gen tersebut akan muncul dalam format genbank. Format genbank
menyimpan urutan dan penjelasannya bersama-sama. Awal bagian anotasi
ditandai dengan garis yang dimulai dengan kata “LOCUS”. Awal bagian
urutan ditandai dengan garis yang dimulai dengan kata “ASLI” dan bagian
akhir ditandai oleh garis dengan hanya “//”. File GenBank biasanya
berakhir dengn .gb atau kadang-kadang .gbk. (Anonim, 2014)

d) Pada hasil pencarian nukelotida tersebut akan muncul beberapa informasi

mengenai spesies yang dicari, yaitu FASTA untuk memunculkan urutan
nukleotida pada spesies yang dicari; Locus Name menunjukkan genus dan
spesies pada Canis familiaris, di mana huruf “A” sebagai genus dan “J”
sebagai spesies; Seguence length menunjukkan pasangan basa; Molecule
type menunjukkan tipe molekul dari spesies tersebut; genbank divison
sebagai ...; Modification date menunjukkan tanggal terakhir data tersebut
diakses; Definition menunjukkan definisi dari spesies tersebut; Accesion
sebagai nomor untuk mengakses; Version menunjukkan versi dari data
tersebut; Keywords menunjukkan kata kunci dari pencarian tersebut;
Source sebagai sumber data dari spesies yang dicari; Organism
 menunjukkan urutan taksonomi dari Canis familiaris; dan Reference
sebagai modifikasi penulis tentang data.

Sequence Length
Accession Number
Genbank division
Modification
Date
Locus name Molecule type

Version number
 Tampilan format FASTA akan muncul seperti tampilan di atas,terdapat 2
jenis basa yaitu basa purin dan basa pirimidin basa,basa purin terdiri dari
adenine (a) memiliki struktur dua-cincin, sehingga membuatnya suatu purin dan
guanine (g) Guanin adalah purin (memiliki dua cincin) dan basa pirimidin
terdiri dari sitosin (c). Sitosin adalah bagian dari DNA dan RNA, dan berikatan
dengan Guanin. Memiliki satu cincin, jadi suatu pirimidin dan Timin (t). Timin
adalah pirimidin (satu cincin), dan itu hanya terdapat dalam DNA.

e) Data urutan nukleotida hasil pencarian tersebut dapat disimpan dalam file
pengguna. Ada beberapa cara untuk menyimpan data urutan nukleotida.
Cara pertama, untuk menyimpan file dalam format FASTA, klik
sendcomplete recordFileFASTAcreate file.
Cara kedua, bila pengguna mempunyai akun NCBI, maka data FASTA dapat
ditambahkan dalam akun dengan cara klik sendcomplete recordCollection
add to collection.

Cara ketiga, data FASTA dapat disimpan dengan cara klik sendcomplete
recordclipboard add to clipboard. Data FASTA akan secara otomatis
tersimpan pada clipboard sehingga dapat sewaktu-waktu dibuka.
B. Pencarian Urutan Protein dalam NCBI
a) Dibuka website NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
b) Setelah muncul tampilan awal NCBI, pada kotak database dipilih protein
dan pada kotak search tulis nama protein yang dicari yaitu insulin.
“Search” diklik.

c) Setelah muncul hasil dari pencarian, dicari jenis insulin pada organisme
yang diinginkan, misalnya homo sapien.
d) Link diklik sesuai dengan protein yang dicari pada organisme, sehingga
muncul informasi terkait gen tersebut dalam format GenPept.
 e) “Fasta” diklik agar dapat melihat urutan protein dalam bentuk fasta.

Penjelasan mengenai 5 asam amino (Mulyadi, 2015):

- Alanin
Alanin adalah salah satu asam amino yang paling signifikan di antara 20
asam amino lainnya. Alanin menawarkan energi untuk sistem tubuh kita. Ia
dilepaskan ke dalam aliran darah pada saat kita berolahraga dan menginduksi
efek karbohidrat ke sistem kesehatan. Mendorong peningkatan sintesis protein
dan keseimbangan nitrogen.
Fungsi utama Alanin:
  Sumber energi yang penting untuk otot.
 Asam amino utama dalam metabolisme gula.
 Meningkatkan sistem kekebalan tubuh dengan memproduksi antibodi
 Bagian terbesar dari jaringan ikat

Kekurangan alanin mengakibatkan:

 Hipoglikemia Kelebihan Alanin
 Kerusakan otot mengakibatkan:
 Kelelahan  Penurunan kadar insulin
 Infeksi virus dan glukagon

 Peningkatan kadar insulin  Diabetes mellitus

dan glukagon  Kwashiorkor (kelaparan)

- Arginin
Agrinin disintesis secara normal di tubuh, arginin dikenal sebagai asam
amino semi-esensial. Kadang-kadang lebih diperlukan daripada produksi
normalnya. Kekurangan asam amino ini mungkin akan meyebabkan
penyembuhan luka yang buruk, kelemahan pada otot, rambut rontok, iritasi
pada kulit, dan sembelit.
Fungsi utama Agrinin:
 Penting untuk aktivitas sistem kekebalan tubuh normal.
 Diperlukan untuk penyembuhan luka.
 Membantu meregenerasi hati yang rusak.
 Diperlukan untuk produksi dan pelepasan hormon pertumbuhan
 Meningkatkan pelepasan insulin dan glukagon. arginin adalah asam
amino yang paling ampuh dalam melepaskan insulin.
 Membantu dalam penyembuhan melalui sintesis kolagen
 Cikal bakal pembentukan GABA, inhibitor neurotransmitter penting
 Membantu dalam penyembuhan luka
 Mengurangi ukuran tumor.
  Diperlukan untuk spermatogenesis.
Kekurangan arginin mengakibatkan:
 AIDS
 Sindrom defisiensi imun, termasuk CFS dan Sindrom Perang Teluk
 Kandidiasis
 Asparagin

- Asam aspartat
Asam aspartat adalah salah satu dari dua asam amino milik kelompok 20
asam amino umum. Meningkatkan aktivitas enzim, pemeliharaan kelarutan
dalam tubuh, serta homeostasis dalam karakter ionik protein.
Fungsi utama Asam aspartat:
 Asam aspartat dapat bertukar dengan Asparagin, dan oleh karena itu
dua asam amino ini memiliki banyak fungsi yang sama.
 Meningkatkan stamina.
 Salah satu dari dua asam amino eksitatori utama, yang lainnya adalah
Glutamat (Asam glutamat).
 Membantu melindungi hati dengan membantu penghapusan amonia.
 Terlibat dalam metabolisme DNA dan RNA.
 Terlibat dalam fungsi sistem kekebalan tubuh dengan meningkatkan
produksi imunoglobulin dan pembentukan antibodi.
Kekurangan Aspartat Asam mengakibatkan:
 Kekurangan kalsium dan magnesium. Karena hubungan ini, kadar
asam aspartat rendah harus berkonsultasi dengan dokter untuk menguji
kalsium dan / atau kekurangan magnesium.
Kelebihan Asam aspartat mengakibatkan:
 Amytrophic Lateral Sclerosis (ALS atau penyakit Lou Gehrig)
 Epilepsi, terutama setelah kejang.
 Stroke.
 Sistein
- Glisin
Glisin dikenal sebagai asam amino kedua yang paling umum di antara
kelompok asam amino. Ini membantu mengubah zat-zat beracun yang
berbahaya dalam tubuh ke bentuk non-toksik.
Fungsi utama Glisin:
 Glisin merupakan agian dari struktur hemoglobin.
 Salah satu dari dua neurotransmitter inhibitor utama, yang lainnya
adalah GABA.
 Bagian dari sitokrom, enzim yang terlibat dalam produksi energi.
 Menghambat kecanduaan gula.
 Salah satu dari 3 asam amino glucogenic penting, bersama dengan
serin dan alanin.
 Terlibat dalam produksi glukagon, yang membantu dalam metabolisme
glikogen.
Kekurangan Glisin mengakibatkan:
 Sindrom Kelelahan  Anemia
Kronis  Infeksi virus
 Hipoglikemia  Kandidias

Kelebihan Glisin mengakibatkan:

 Kelaparan

- Histidin
Histidin diperlukan untuk perkembangan bayi. Defisiensi histidin dapat
menyebabkan eksim, sejenis penyakit kulit. Ada beberapa kelainan genetik
yang mendorong kondisi non-metabolik untuk histidin. Hal ini menyebabkan
gangguan berbicara dan retardasi mental di kalangan bayi dan balita.
Fungsi utama Histidin:
 Ditemukan dalam konsentrasi tinggi dalam hemoglobin.
 Berguna dalam mengobati anemia karena hubungan dengan
hemoglobin.
 Telah digunakan untuk mengobati rheumatoid arthritis.
  Prekursor ke histamin.
 Terkait dengan respon alergi dan telah digunakan untuk mengobati
alergi.
 Membantu dalam mempertahankan pH darah yang tepat.
Kekurangan Histidin mengakibatkan:
 Radang sendi
 Anemia
 Dysbiosis (Ketidakseimbangan flora bakteri usus).
Kelebihan Histidin mengakibatkan:
 Kehamilan

f) Hasil data urutan protein dapat disimpan dengan cara yang sama pada
penyimpanan nukleotida.

C. Penyejajaran Urutan Nukleotida/Protein

BLAST adalah serangkaian program yang telah disediakan oleh website NCBI
untuk menyelaraskan kueri sekuen terhadap basis data yang ditargetkan.
Untuk mengakses BLAST, langkah-langkahnya yaitu:
a) Dibuka situs www.ncbi.nlm.nih.gov dan pilih option BLAST yang tertera
pada sisi kanan homepage

b) Setelah masuk pada page BLAST terlihat 4 option tipe BLAST yang mau
kita gunakan. Bila ingin menggunakan fitur BLAST tblastx maka dibuka
terlebih dahulu salah satu fitur dari keempat itu.

c) Berikut merupakan tampilan dari basis data blastx. Dapat terlihat muncul
option tblastx
Berikut deskripsi dari kelima program utama BLAST (Madden, 2013):

1. blastn: Digunakan untuk membandingkan antara nukleotida dengan sekuen

nukleotida lainnya. Ada 3 fitur pada blastn, yaitu

- megablast, untuk identifikasi sekuen, perbandingan intra-spesies

- discontigous megablast, pencarian dengan mengkode sekuen untuk
perbandingan silang-spesies
- blastn, untuk pencarian dengan data yang pendek, perbandingan silang-spesies

2. blastp: Digunakan untuk membandingkan antara protein satu dengan sekuen

protein lainnya. Ada 4 fitur pada blastp, yaitu

- blastp, untuk identifikasi sekuen umum dan pencarian berdasarkan kemiripan

- DELTA-BLAST, pencarian berdasarkan kemiripan protein dengan tingkat
sensitivitas yang lebih tinggi dibanding blastp
- PSI-BLAST, pencarian berulang untuk konstruksi matriks skor posisi-spesifik
(PSSM) atau identifikasi kerabat jauh untuk keluarga protein
- PHI-BLAST, penjajaran protein dengan pola input sebagai pembatas

3. blastx: Untuk mencari nukleotida yang diminta terhadap basis data protein,
serta menerjemahkan permintaan tersebut dengan cepat.
4. tblastn: Untuk mencari protein yang diminta terhadap database nukleotida,
serta menerjemahkan database tersebut dengan cepat

5. tblastx: Untuk mengidentifikasi urutan nukleotida yang mirip dengan yang

diminta berdasarkan potensi kodenya
DAFTAR PUSTAKA

Kumar P., Kamat A., Mendelson CR. 2009. Estrogen Receptor Alpha (Eraplha)
Mediates Stimulatory Effects Of Estrogen on Aromatase (CYP19) Gene
Expression in Human Placenta.
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19299445)

Anonim. 2014. GenBank Format.

http://sckitbio.org/docs/0.5.2/generated/skbio.io.format.genbank.html

Artanti, Anif. 2016. Petunjuk Praktikum Biologi Molekuler. Surakarta: Universitas

Sebelas Maret

Goodenough, Ursula. 1988. Genetics. Jakarta : Erlangga

Jack, R.C. 1995. Basic Biochemical Laboratory and Computing. New York: Oxford
University Press.

Lehninger, A.L. 1982. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta: Erlangga.

Mulyadi, Tedi. 2015. 20 Macam Asam Amino dan Fungsinya.

https://budisma.net/2015/10/20-macam-asam-amino-dan-fungsinya.html/
accessed 3 November 2019.

Ordway, G., Daniel J. 2004. Myoglobin: an Essential Hemoprotein in Straited Muscle.

The Journal of Experimental Biology. No. 207: 3441-3446

Wirahadikusumah, M. 1985. Biokimia, Protein, Enzim dan Asam Nukleat. Bandung:

Penerbit ITB

Madden, Thomas.2013. The NCBI Handbook, 2nd Edition. Bethesda: National

Center for Biotechnology Information

National Center for Biotechnology Information.2016. BLAST Homepage and

Selected Search Pages.
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf
accessed 7 November 2019