LAPORAN PRAKTIKUM

BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

ACARA I
PENGENALAN NCBI

Disusun oleh :

Kezia Chenyta Sinando 198114112

I Gede Wira Darma Atmaja 198114113

Firman David Mangasi Simanjuntak 198114114

Andarvinka Evandra 198114115

Kelompok pratikum : IV

LABORATORIUM VIRTUAL
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA
2019
A. Tujuan Praktikum

1. Mampu memahami ilmu bioinformatika dan aplikasinya dalam membantu

penerapan ilmu biologi sel dan molekuler.
2. Mampu menyebutkan berbagai macam open source basis data yang dapat
digunakan untuk memahami biologi molekuler.
3. Mengenal NCBI dan berbagai fitur sistem informasi yang disediakan.

B. Dasar Teori
 1. Gen

Gen adalah unit terkecil dari suatu makhluk hidup yang mengandung substansi
hereditas, terdapat di dalam lokus gen. Gen terdiri dari protein dan asam nukleat
(DNA dan RNA). Gen-gen yang ada di dalam kromosom tidak memiliki batas-
batas yang jelas.i Walaupun demikian, gen-gen dapat diumpamakan dalam satu
deretan berututan dan teratur pada benang kromosom. Setiap gen dalam
kromosom dimulai dari kodon AUG (Start) disebut pula sebagai kodon
permulaan, karena memulai sintesis polipeptida. Kodon UGA, UAG, dan UAA
disebut kodon tak bermakna (STOP = Tanda akhir dari suatu protein) karena
kodon-kodon ini tidak mengkode asam amino. Gen memenuhi lokus suatu
kromosom sebagai zarah kompak yang mengandung suatu informasi genetika dan
mengatur sifat-sifat menurun tertentu. Pada kenyataannya, bata-batas lokus satu
sama lain tidak seperti kotak dan gen itu sendiri masing masing tidak kompak
seperti butir-butir kelereng. Setiap gen pada organisme mengendalikan produksi
suatu enzim khusus. Enzim-enzim itu akan melakukan semua kegiatan
metabolisme organisme tersebut sehingga mengakibatkan perkembangan suatu
struktur fisiologi yang khas, yaitu fenotipe organisme tersebut. Gen memiliki
beberapa fungsi antara lain :

a. Sebagai zarah tersendiri yang ada pada kromosom. Zarah adalah zat
terkecil dan tidak dapat dibagi-bagi lagi.

b. Menyampaikan informasi genetik dari induk kepada keturunannya.

c. Mengatur proses metabolisme dan perkembangan (Master, 2014).

Struktur dari gen :

Gambar.1. Struktur gen (Pongsibanne, L.K., 2013)

1. Daerah pengkode yaitu daerah yang mengkode suatu polipetida dimulai dari
kodon start (AUG) dan berakhir di kodon stop (UAA, UGA, UAG) meliputi
intron dan ekson (Pongsibanne, L.K., 2013).

a. Intron

Intron adalah nukleotida yang terdapat dalam gen antara ekson. Urutan
nukleotida ini tidak mengkode untuk protein, itu berarti intron tidak harus penting
dalam proses sintesis protein. Ketika untai messenger (mRNA) dibuat melalui
transkripsi DNA pada gen, urutan nukleotida intron dikecualikan. Pengecualian
dari urutan intron dari untai mRNA terjadi melalui proses yang disebut RNA
splicing; bisa juga memalui cis-splicing ketika hanya ada satu intron digabungkan
dengan gen, trans-splicing terjadi ketika ada 2 atau lebih intron terkait dengan
gen. Sehelai mRNA matang, yang siap untuk kode untuk protein, yang dibentuk
setelah mengeluarkan intron dari untai. Karena kedua RNA dan DNA
mengandung urutan non-coding ini, istilah intron bisa disebut sebagai urutan
nukleotida non-coding DNA dan urutan yang sesuai dalam RNA. Hal ini penting
untuk melihat bahwa RNA ribosom (rRNA) dan RNA transfer (tRNA)
mengandung gen dengan intron, tetapi mereka akan dihapus ketika gen
diekspresikan. Dengan kata lain, intron melalui transkripsi, tetapi tidak melalui
translasi. Oleh karena itu, ini disebut sebagai urutan translasi DNA. Fungsi
langsung dari intron ini sedikit tidak jelas, namun diyakini bahwa ini penting
untuk diversifikasi protein, namun terkait dari sebuah gen tunggal. Ditambahkan
intron dimediasi dari ekspresi gen telah diterima sebagai fungsi penting lain intron
(Saefudin, 2008).

b. Ekson

Ekson adalah urutan nukleotida gen yang diekspresikan, dan mereka

ditemukan dikedua sisi intron. Dalam istilah sederhana, dapat dinyatakan bahwa
ekson benar-benar dasar dalam ekspresi gen atau dalam sintesis protein.
Polipeptida untai dibentuk berdasarkan urutan nukleotida DNA dan kemudian
splicing RNA terjadi, itu adalah koleksi ekson. Hampir semua gen memiliki
urutan nukleotida awal yang membedakannya sebagai gen dari DNA atau untai
RNA utama yang dikenal sebagai Open Reading Frame (ORF); dua ORFs
menandai ujung dari gen dimana ekson berada (Saefudin, 2008).

2. Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalikan

transkripsi gen struktural. Berada pada bagian hulu/upstring coding region.
Terdiri atas : Pribnow box, Operator, attenuator, enhancer (Pongsibanne, L.K.,
2013).

3. Operator yaitu urutan nukleotida yang merupakan tempat perlekatan protein

repressor (penekan atau penghambat ekspresi gen) (Pongsibanne, L.K., 2013).
4. Terminator yaitu bagian gen yang terletak di sebelah hilir (down stream) dari
gen structural. Fungsinya memberikan sinyal pada enzim RNA Polimerase agar
menghentikan proses transkripsi. Umumnya berupa struktur hairpin dan
lengkungan (loop) (Pongsibanne, L.K., 2013).

2. DNA

DNA merupakan materi genetic sel, penyataan ini telah dibuktikan dengan
berbagai percobaan. Bukti lainnya, sebelum mengalami mitosis, sel eukarotik
dengan tepat mengandakan DNA nya, dan selama metosis, DNA ini akan
terdistibusi tepat sama dua sel anaknya. Selain itu kromosom diploid mempunyai
DNA dua kali lebih banyak dari pada kromosom haploid yang ditentukan
didalam gamet-gamet organism yang sama. Bukti lain hasil penelitian Erwin
Chargaff, pada tahun 1947an melaporkan bahwa komposisi DNA berbeda-beda
antara satu spesies dengan spesies lainnya , dalam spesies apapun yang dipilih,
banyak nya keempat basa nitrogen tidaklah sama, tetapi hadir dari yang khas.
Chargaff juga menemukan adanya keteraturan yang agak ganjil dalam rasio basa-
basa nukleutida ini. Dalam DNA setiap spesies yang dipelajarinya, jumlah
adeninkurang lebih sama jumlah timin, dan jumlah guanine kurang lebih sama
dengan sitosin. Contohnya, pada DNA manusia keempat basa nitrogen hadir dala,
persentase: A =30,9% dan T =29,4%, G=19.9% dan C+19,8%. Kesamaan A=T
dan G=C yang kemudian dikenal sebagai anturan chargaff (Saefudin, 2008).

Setiap gen merupakan sebuah asam nukleat yang disebut asam

deoksiribonukleat (DNA), secara otomatis mengatur pembentukan asam nukleat
lain yaitu, asam ribonukleat (RNA), RNA ini kemudian menyebar ke seluruh sel
untuk mengatur pembentukan suatu protein yang spesifik. Senyawa-senyawa
kimia dasar yang membentuk DNA, yaitu asam fosfat, suatu gula yang disebut
deoksiribosa , dan empat basa nitrogen dua purin : adenine dan guanin, serta dua
pirimidin yaitu, timin dan sitosin. Asam fosfat dan deoksiribosa membentik kedua
untai heliks yang merupakan kerangka molekul DNA (Hall, 2014).

3. Genom

Genom merupakan total DNA yang dimiliki oleh organism (bakteri,

hewan, tumbuhan, dan manusia) atau satu kesatuan gen yang secara alami dimiliki
oleh satu sel atau satu kesatuan kromosom jasad euksriotik dsn fase haploid.
Genom manusia dan hewan terdiri DNA inti (nuclear genome) dan DNA
mitondria sedangkan genom tumbuhan terdiri dari DNA plastid, DNA kloroplas
dan mitokondria (Nugroho & Rahayu, 2018).

Genom inti manusia terdiriatas gen yang mengkode protein maupun yang
tidak mengkode protein dan DNA ekstragenik. Genom inti manusia ini hanya
10% yang mengkode protein vital dibutuhkan manusia (coding regulatory DNA),
sedangkan 90% tidak mengkode protein (coding DNA). Gen yang tidak
mengkode protein terdiri atas pseudogen, fragmen DNA dan intron atau pun
sekuen yang tidak ditranslasi). Genom mitokondria terdiri atas dua gen ribosomal
RNA (12S rRNA dan 16S rRNA). 22 gen tRNA dimana 90% gen yang dimilikinya
adalah gen pengkode protein (Nugroho & Rahayu, 2018).

4. Protein

Kata protein berasal dari protos atau proteos yang berarti yang pertama
atau yang utama. Protein merupakan komponen penting atau komponen utama sel
hewan atau sel manusia. Oleh karena sel itu merupaka pembentuk tubuh kita.
Maka protein yang terdapat dalam makanan berfungsi sebagai zat utama dalam
pembentukan dan pertumbuhan tubuh (Poedjiadi & Supriyanti, 2006).

Dalam kehidupan, protein sangat berperan penting pula. Proses kimia

dalam tubuh dapat berlangsung dengan baik karena adanya enzim, suatu protein
yang berfungsi sebagai biokatalis. Di samping hemoglobin dalam butir-butir darah
merah atau eritroset yang berfungsi sebagai pengangkut oksigen dari paru-paru
keseluruh bagian tubuh adalah salah satu jenis protein. Demikian pula zat-zat
yang berperan untuk melawan bakteri penyakit atau yang disebut antigen, juga
suatu protein (Poedjiadi & Supriyanti, 2006).

Tumbuhan membentuk protein dari CO2, H2O dan senyawa nitrogen.

Hewan yang makan tubuhan mengubah prtotein nabati menjaadi protein hewani.
Disamping du gunakan untuk pembentukan sel-sel tubuh, protein juga dapat
digunakan sebagai sumber energy apabila tubuh kita kurang karbohidrat dan
lemak. Komposisi rata-rata unsure kimia yang terdapat dalam protein ialah
sebagai berikut. Karbon 50%, hydrogen 7%, oksigen 23%, nitrogen 16%. Dapat
dilakukan penelitian kandungan protein dalam suatu bahan makanan. Unsure
nitrogen ditentukan dengan cara destruksi dengan asam pekat. Berat proteim yang
ditentukan ialah 6,25 kali berat unsur nitrogen (Poedjiadi & Supriyanti, 2006).

Protein mempunyai molekul besar dalam bobot molekul bervariasi antara

5000 sampai jutaan. Dengan cara hidrolisis oleh asam atau oleh enzim, protein
akan menghasilkan asam-asam amino. Ada 20 jenis asam amino yang terdapat
dalam molekul protein. Aasam-asam amino ini terkait dengan satu dengan yang
lain oleh karena peptide. Protein mudah dipengaruhi oleh suhu tinggi, pH dan
pelarut organik (Poedjiadi & Supriyanti, 2006).
 5. Bioinformatika

Istilah bioinformatik mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an

untuk mengacu pada penerapan computer dalam biologi. namun demikian
penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan
pengembangan algoritme untuk analisis sekuens biologis) dilakukan sejak tahun
1960-an. Ledakan informasi berawal dari dari data DNA dan yang pertama
kalinya 1977-an, urutan DNA suatu jenis virus yang mempunyai 5.000 nukleutida
dan sekitar 11 gen berhasil dibaca secara menyeluruh (gershon 1997). Seiring
dengan kemajuan dalam informasi biologi, kemajuan informasi teknologi
(computer dan internet) bersinergi dalam menciptakan bidang multidisiplin baru
yaitu bioinformatika (Rahayu & Nugroho, 2018).

Kajian baru bioinformatika ini tak lepas dari perkembangan biologi

modern yang ditandai dengan kemampuan manusia untuk memahami genom,yaitu
keseluruhan total DNA yang dimiliki oleh setiap organisme. Kemampuan untuk
memahami dan memanipulasi kode genetic DNA ini sangat didukung oleh TI
melalui perangkat-perangkat keras maupun lunak. Hal ini bisa dilihat pada upaya
Celera Genomics,suatu perusahaan Bioteknologi Amerika Serikat yang telah
melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal
memanfaatkan TI,sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang
singkat (hanya beberapa tahun). Aplikasi TI dalam bidang biologi akan semakin
menjadi penting di masa depan,tidak hanya mengakselerasi kemajuan
bioteknologi, namun juga menjembatani dua gelombang ekonomi baru tersebut
(TI dan Bioteknologi) (Rahayu & Nugroho, 2018).

Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi

untuk mengelola dan menganalisis informassi hayati. Bidang ini mencakup
penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk
memecahkan msalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan pengguanaan
sekuens DNA dan asam amino. Contoh topic utama dibidang ini meliputi
pangkalan data untuk mengelola imformasi hayati. Penyejajaran sekuens
(sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau
pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis eksperesi gen
(Rahayu & Nugroho, 2018).

Pemahaman biologi molekuler telah membuka peluang bagi para peneliti

dan ilmuan untuk terus melakukan penelitian, termasuk pengembangan cara
pembuatan obat. Cara pembuatan obat biasanya dilakukan dengan menemukan
zat atau senyawa yang dapat menekan perkembang biakan suatu gen penyebab
penyakit. Target obat dapat berupa enzim-enzim yang diperlakukan untuk
perkembangbiakan suatu gen. mula-mula yang harus dilakukan adalah analisis
 struktur dan fungsi enzim-enzim tersebut. Kemudian mencari atau mensintesis
zat atau senyawa yang dapat menekan fungsi dari enzim-enzim tersebut (Rahayu
& Nugroho, 2018).

Perkembangan ilmu biokimia telah membuka cakrawala baru dengan

dikembangkannya teknologi farmasi dengan pendekatan skala molekul.
Dimenangkannya hadiah Nobel kimia 2013 oleh peneliti komputasi kimia/
bioinformatika telah menunjukan bahwa metode in silico molecular
dynamics,homology modeling, dan molecular docking telah berperan penting
dalam teknologi farmasi modern. Kedepannya, data hasil bioinformatika tersebut
dapat digunakan untuk pengembangan personalized medicine. Berdasarkan data
jumlah besar yang telah dikumpulkan dalam penelitian wet. Maka database
tersebut dapat dikembangkan untuk kepentingan personalized medicine (Rahayu
& Nugroho, 2018).

Sudah ada beberapa penyakit yang diselidiki untuk perkembangan

personalized medicine, diantaranya obesitas dan crohn. Dengan demikian,
informasi genomic dan proteomic setiap individu akan dapat digunakan untuk
memberikan pengobatan yang cocok bagi pasien (Rahayu & Nugroho, 2018).

6. NCBI

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu

institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi
molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan
mengembangkan software penganalisis data genom. Situs NCBI dapat di akses
pada : www.ncbi.nlm.nih.gov. Didirikan pada 4 November 1988 sebagai salah
satu divisi dari National Library of Medicine (NLM) di National Institutes of
Health (NIH) (Dhiantika, 2010).
Fasilitas terletak di Bethesda, Maryland, Amerika Serikat. Awalnya, penciptaan
NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler
yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan berikut:
untuk membuat dan memelihara database publik, mengembangkan perangkat
lunak untuk menganalisis data genom, dan untuk melakukan penelitian dalam
biologi komputasi. Dalam waktu, dan melalui penggunaan luas dari Internet,
NCBI menjadi semakin sadar akan peran penelitian biologi murni. Biologi
molekular menjadi sebagai tokoh sebagai penelitian biomedis. Hal ini terbukti
sebagai database khusus berbagai sedang diciptakan oleh NCBI, untuk
melengkapi mereka yang berurusan langsung dengan kesehatan manusia. NCBI
mulai menawarkan Jasa Serta :
-Mengembangkan metode baru untuk menangani volume dan kompleksitas data
meneliti ke metode yang dapat menganalisis struktur dan fungsi makromolekul.
-Menciptakan sistem komputerisasi untuk menyimpan dan menganalisis data
tentang biologi molekuler.

-Menyediakan akses ke analisis dan alat komputasi (yang memfasilitasi

penggunaan database dan perangkat lunak) untuk peneliti
dan publik.Dalam proses pengembangan database, NCBI membentuk standar
database seperti nomenklatur database yang juga digunakan oleh non-database
NCBI. Satu NCBI database GenBank, urutan database yang asam nukleat yang
berisi informasi urutan dari lebih dari 200 000 organisme yang berbeda. GenBank
mungkin adalah database yang paling populer digunakan, dan benar-benar
mendahului NCBI. Bagi banyak orang, nama adalah identik dengan NCBI
(Aarga,2011)
C. Hasil Praktikum dan Pembahasan

1. Dibuka situs web http://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Tampilan homepage NCBI

akan seperti berikut:

2. Fitur yang ada dalam homepage NCBI adalah sebagai berikut:

a. Di sebelah kiri terdapat sumber basis data yang dikelompokkan

b. Di bagian tengah terdapat fitur:

 Fitur Submit: untuk memasukan data ke dalam basis data NCBI

 Fitur Download: untuk mentransfer/mendownload data NCBI ke
computer
 Fitur Learn: sebagai menu bantuan untuk membantu menemukan
dokumen atau file yang diinginkan
 Fitur Develop: untuk membantu programmer dalam mengakses
dan memanipulasi data NCBI pada aplikasi mereka
 Fitur Analyze: untuk membantu pengguna dalam analisis data
 Fitur Research: untuk mengetahui penelitian NCBI dan proyek
kolaboratif lainnya

c. Di sebelah kanan terdapat sumber basis data yang popular digunakan

d. Di bagian atas terdapat kotak search engine yang memudahkan dalam

mencari dokumen/file yang dibutuhkan
3. Pencarian Nukleotida dalam NCBI:

a. Pada kotak all database dipilih nucleotide lalu kotak search engine
diketik “ERALPHA”. Lalu diklik search.
b. Kemudian akan muncul tampilan seperti berikut:

c. Kemudian diklik salah satu hasil pencarian tersebut, misalnya “Canis

familiaris partial mRNA for ERalpha protein (eralpha gene)”. Informasi
terkait gen tersebut akan muncul dalam format genbank
d. Kemudian akan muncul tampilan seperti berikut:

Keterangan:

 LOCUS : letak kromosom

 748 bp : panjang sekuen
 mRNA : tipe molekul, yaitu message RNA. mRNA
adalah produk tranksripsi DNA yang secara normal dapat
diterjemahkan ke dalam protein. mRNA berfungsi menyandi urutan
asam amino pada polipeptida (Agustina dkk., 2011)
 Linear : bentuknya memanjang
 23 July 2016 : tanggan pengupdatean terakhir
 ACCESSION : menunjukkan nomor identifikasi sekaligus
nomor akses yang khas untuk tiap sekuen
 VERSION : menunjukkan nomor identifikasi bagi
sekuen yang telah megalami koreksi atau perbaikan dari sekuen
sebelumnya
e. Diklik FASTA pada bagian kiri atas untuk melihat urutan nukleotida
dalam format FASTA.

Urutan nukleotida akan muncul dalam bentuk FASTA:

f. Ada beberapa cara untuk menyimpan data urutan nukelotida.

 Dengan format FASTA: Diklik send → complete record → file →

FASTA → create file

 Jika sudah punya akun NCBI, data FASTA bias disimpan dalam
akun dengan cara: Diklik send → complete record → collection →
add to collection
  Disimpan ke clipboard sehingga dapat sewaktu-waktu dibuka:
Diklik send → complete record → clipboard → add to clipboard

4. Pencarian urutan protein dalam NCBI

a. Dibuka website NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ . Kemudian pada

kotak all database dipilih protein dan pada kotak search engine diketik
“insulin” lalu diklik search
b. Kemudian akan muncul tampilan seperti berikut:

c. Kemudian diklik salah satu link, mislanya “insulin precursor [Aplysia

californica]”. Maka akan muncul informasi terkait gen tersebut dalam
format GenPept
d. Diklik FASTA pada bagian atas untuk melihat protein dalam format
FASTA

Maka akan muncul tampilan seperti berikut:

e. Data urutan protein dapat disimpan dengan cara yang sama seperti
pada penyimpanan data nukleotida
5. Penyejajaran urutan nukleotida dan protein dengan BLAST:

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) adalah suatu alat pencari yang
digunakan untuk penyejajaran sekuen yang mirip dengan sekuen yang meragukan
yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database
dalam waktu singkat. BLAST terdapat pada sisi kanan homepage NCBI. Jenis-
jenis BLAST adalah sebagai berikut:

 Nucleotide blast (blastn): untuk membandingkan suatu sekuen

nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
 Protein blast (blastp): untuk membandingkan suatu sekuen asam
amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
 Blastx: membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah
sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen protein
 tblastn: untuk membandingkan suatu sekuen protein yang kita
miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis
ditranslasi pada semua pembacaan 6-frame
 tblastx: untuk membandingkan suatu translasi 6-frame dari
nukleotida

a. Pada homepage NCBI, diklik BLAST

Tampilan BLAST akan seperti berikut:

b. Diklik Nucleotide BLAST untuk penyejajaran urutan nukleotida

Tampilan Nucleotide BLAST akan seperti berikut:

c. Pada kolom accession number, diketik nomor “AJ313195” (nomor

accession ERalpha) untuk penyejajaran sekuen nukleotida tersebut
dengan sekuen nukleotida yang terdapat dalam database
d. Lalu diklik BLAST pada bagian bawah halaman

e. Setelah beberapa saat, akan muncul tampilan seperti berikut:

f. Diklik salah satu data nukleotida yang diinginkan
 Lalu akan muncul tampilan seperti berikut:

Data yang ditampilkan tersebut adalah salah satu sekuen nukleotida

yang hampir mirip dengan sekuen nukleotida yang dicari dalam
BLAST.

g. Kembali ke homepage NCBI dan diklik BLAST

h. Pada tampilan BLAST, diklik Protein BLAST

 Tampilan Protein BLAST akan seperti berikut:

i. Pada kolom accession number, diketik “insulin” untuk penyejajaran

urutan protein tersebut dengan urutan protein yang terdapat dalam
database
j. Lalu diklik BLAST pada bagian bawah halaman

k. Setelah beberapa saat, akan muncul tampilan seperti berikut:

l. Diklik salah satu data urutan protein yang diinginkan
 m. Lalu akan muncul tampilan seperti berikut:

Data yang ditampilkan tersebut adalah salah satu urutan protein yang
hampir mirip dengan urutan protein yang dicari dalam BLAST.

6. Pencarian lokus gen:

a. Dibuka kembali tampilan halaman insulin (memakai insulin karena
ERALPHA tidak ada Genome Data Viewer), lalu diklik Show in Genom
Data Viewer

Akan muncul tampilan sebagai berikut:

b. Untuk melihat hasil translasi dari ekspresi gen: diklik Tracks →

configure tracks → sequence → six-frame translation → configure
Setelah itu akan muncul tampilan seperti berikut:
d. Untuk melihat hasil translasi lebih jelas, gambar loop + dan loop – bisa
digeser ke arah loop +

Maka akan terlihat tampilan seperti berikut:

 Warna hijau merupakan start kodon, sedangkan warna merah merupakan
stop kodon.

D. Daftar Pustaka
Dhiantika, L., 2010. Pengenalan National Centre for Biotechnology Information
(NCBI). Online.
http://dhiantika.staff.ugm.ac.id/files/2010/11/BUKU-PETUNJUK-
DRYLAB-BIOSEL-2010.pdf. Diakses pada 4 November 2019.

Guyton, A. C., Hall, J. E., 2014. Buku Ajar Fisiologi Kedokteran. Edisi 12.
Jakarta : EGC, 1022

Master, Jani., 2014. Materi Genetika. Bandar Lampung: Jurusan Biologi FMIPA
Universitas Lampung.

Nugroho, E.D., dan Rahayu, D.A., 2018. Pengantar Bioteknologi (Teori dan
Aplikasi.). Yogyakarta : Deepublish

Poedjiadi, Anna dan F.M. Titin Supriyanti., 2006. Dasar- dasar Biokimia. Jakarta:
UI Press.

Pongsibanne, L.K., 2013. Genetika. Makasar: Universitas Islam Negeri Alauddin.

Saefudin., 2008. Hand out Genetika. Bandung: Jurusan Pendidikan Biologi

FMIPA Universitas Pendidikan Indonesia.

DISKUSI

1. Mengapa Human genome project penting dalam perkembangan ilmu

biologi sel dan molekuler ?
2. Apakah definisi ilmu bioinformatika ?
3. Mengapa mahasiswa fakultas farmasi perlu mempelajari ilmu
bioinformatika ?
4. Apakah yang dimaksud dengan BLAST dan aplikasinya ?
5. Apakah yang dimaksud dengan NCBI ?

Jawaban:

1. Karena membawa perubahan besar bagi Bioinformatika yaitu dapat

mencari perbedaan dan persamaan diantara gen-gen yang berbeda pada
spesies yang sama maupun spesies yang berbeda. Dari perbedaan-
perbedaan tersebut maka dapat digunakan untuk proses
indentifikasi,identifikasi dan pengelompokan secara filogenik dengan
berdasarkan persamaan dan perbedaan genetic,sehingga dapat diketahui
proses evolusi,sehingga melahirkan cabang ilmu yang disebut dengan ilmu
evolusi yang disebut juga dengan perbandingan genom (Scomparative
Genomics).

2. Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu biologi yang

merupakan perpaduan antara biologi dan teknologi informasi.

3. Karena bagi seorang farmasis, bioinformatika membantu para ilmuwan

untuk mendesain molekul obat baru.

4. BLAST (Basic Local Alligment Search Tool) merupakan suatu alat

pencari digunakan untuk penyejajaran sekuen yang mirip dengan sekuen
meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui
GenBank DNA database dalam waktu singkat.

Ada 5 program utama dalam BLAST:

 nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida
yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.
 protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang
kita miliki dengan database sekuen protein.
 blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah
sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan
database sekuen protein. 
 tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan
database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada
semua pembacaan 6 frame. 
 tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.
5. NCBI adalah suatu institut yang membuat basis data yang dapat diakses
oleh public, merangsang riset biologi, terkomputasi, mengembangkan
software penganalisis data genom dan menyebarkan informasi biomedical
yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemamahan yang lebih baik
tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan
kesehatannya.