MAKALAH GENETIKA MOLEKULER

“DNA SITOPLASMIK”

OLEH:

NANDA AKBARIL
(1410421025)

DOSEN PENGAMPU : Dr. Dewi Imelda Roesma, M.Si.

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS ANDALAS

PADANG, 2017
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Ilmu genetika khususnya genetika pada organisme eukariot biasanya memfokuskan
pada kromosom-kromosom dan gen-gen yang terdapat di dalam inti sel. Namun,
masih terdapat organel-organel sel lain yang berada di luar inti sel yang juga
mengandung bahan genetik. Beberapa percobaan pewarisan menunjukkan bahwa
bahan di luar inti atau elemen-elemen sitoplasmik juga merupakan pembawa sifat
keturunan. Benda-benda di luar inti merupakan bahan dari DNA yang terletak dalam
mitokondria dari sel-sel tanaman dan hewan, dan plastida dari sel tanaman. Karena
itu pewarisan karakter dari tetua ke keturunan dapat dibedakan menjadi dua
mekanisme yaitu pewarisan kromosomal (kromosom inti) dan pewarisan ektrakrom
osomal (kromosom sitoplasma). Keunikan pola pewarisan sitoplasma (mitokondria
dan kloroplas pada tanaman) menyebabkan DNA ini dapat digunakan sebagai
penanda untuk mengidentifikasi hubungan kekerabatan secara maternal/garis ibu
Menurut Finkeldey (2003) dalam Resmisari (2006), sumber DNA yang diteliti
dengan marka penanda genetik ini sebagian besar terdapat dalam nukleus (99,9%).
Sisanya yang 0,1% terdapat dalam organel tertentu. Organel yang mengandung DNA
ialah terdapat pada plastida yang terdiri dari mitokondria dan kloroplas. Material
genetik yang di analisis dari plastida biasanya hanya berasal dari sifat satu tetuanya,
kalau tidak dari tetua jantannya saja atau hanya dari betinanya, sedangkan dengan
material genetik yang diambil dari inti, analisis genetiknya bisa menunjukan dua
tetuanya. Pada DNA kloroplas material genetik diturunkan dari tetua betina, tetapi
bisa mendeteksi tetua genetik jantannya.
Pada makhluk hidup eukariotik, kromosom dapat dijumpai pada inti sel
(nukleus), mitokondria, dan klorofil (Alim, 2013). Adanya materi genetik yang
mewarisi sifat dari suatu organisme ke keturunannya di mitokondria dan kloroplas
yang merupakan organel sitoplasmik menunjukkan bahwa pewarisan sifat tidak
hanya melalui gen-gen pada kromosom yang terdapat dalam nukleus, tetapi juga
dapat melalui organel sitoplasmik. Pewarisan tersebut dinamakan pewarisan
sitoplasmik. Berdasarkan penjelasan diatas yang mendasari pembuatan makalah ini
tentang DNA sitoplasmik

1.2 Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah dari makalah ini adalah :
1. Apakah yang dimaksud DNA sitoplasmik dan apa saja pembagiannya ?
2. Apakah yang dimaksud dengan DNA mitokondria dan bagaimana susunan,
sifat-sifat serta manfaatnya dalam genetika molekuler ?
3. Apakah yang dimaksud dengan DNA kloroplas dan bagaimana susunan, sifat-
sifat serta manfaatnya dalam genetika molekuler ?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari pembuatan makalah ini adalah :
1. Untuk mengetahui dan memahami pengertian DNA sitoplasmik serta
pembagiannya.
2. Untuk mengetahui dan memahami letak, susunan, sifat-sifat serta manfaat
DNA mitokondria dalam genetika molekuler.
3. Untuk mengetahui dan memahami letak dan susunan, sifat-sifat serta manfaat
DNA kloroplas dalam genetika molekuler.
 BAB II
ISI

DNA sebagai unit keturunan terkecil terdapat pada semua makhluk hidup mulai dari
mikroorganisme sampai organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan dan
tanaman. DNA terdapat dalam sel terdiri atas DNA inti sel dan DNA sitoplasma di
luar inti sel. DNA sitoplasma berupa DNA mitokondria (mtDNA) untuk sel-sel
hewan dan DNA kloroplast (cpDNA) pada sel tumbuhan (Muladno 2002 cit
Abdullah, 2008). Genom inti dan sitoplasmik ini menjadi karakter organisme
sehingga dapat dijadikan sebagai acuan dalam perbandingan ciri baik kesamaan
maupun perbedaannya.

2.1 DNA Mitokondria

Selain genom yang terletak di inti, makhluk hidup memiliki DNA di luar inti yang
terdapat dalam mitokondria. Mitokondria adalah organel yang bertanggung jawab di
dalam metabolisme aerobik pada sel-sel eukariot. Fungsi mitokondria adalah untuk
memasok energi dalam sel atau biasa disebut tempat respirasi sel, Energi ini
diperoleh dari makanan. Di dalam sel mitokondria terdapat ratusan ribu mitokondria
yang terdapat di sitoplasma sel (Solihin, 1994). Mitokondria merupakan tempat
berlangsungnya respirasi seluler, yang melibatkan oksidasi nutrient menjadi CO dan
air dengan membebaskan molekul ATP (Brown, 2002). Mitokondria yang dijumpai
pada semua jenis organisme eukariot, diduga membawa hingga lebih kurang 50 gen
di dalam molekul DNAnya. Gen-gen ini di antaranya bertanggung jawab atas struktur
mitokondria itu sendiri dan juga pengaturan berbagai bentuk metabolisme energi.
Enzim-enzim untuk respirasi sel dan produksi energi terdapat di mitokondria dan
juga bahan makanan akan dioksidasi di dalam organel ini untuk menghasilkan
senyawa adenosin trifosfat (ATP) (
Mitokondria memiliki molekul DNA tersendiri dengan ukuran kecil yang
susunannya berbeda dengan DNA inti, yang dinamakan DNA mitokondria (mtDNA).
DNA mitokondria (mtDNA) berbentuk lingkaran heliks tertutup yang terdapat di
dalam matrik, urutan nukleotidanya telah diketahui secara. DNA mitokondria
(mtDNA) merupakan molekul DNA rantai ganda yang berbentuk sirkuler yang
ditransmisikan secara maternal. DNA mitokondria ini menyandi komplek protein
rantai respirasi yang sangat diperlukan untuk produksi ATP (Susmiarsih, 2010).
mtDNA mengandung sejumlah gen penting untuk respirasi dan fungsi lainnya,
sehingga relatif lebih mudah untuk mengisolasi nukleotidanya dari genom (Park dan
Moran, 1995).
DNA mitokondria memiliki karakteristik sebagai molekul DNA yang
diturunkan secara utuh tanpa adanya rekombinasi, memiliki molekul dengan ukuran
kecil/pendek yang susunannya berbeda dengan DNA inti, dan memiliki variasi basa
nukleotida yang lebih tinggi dibandingkan DNA inti. Tingginya variasi basa
nukleotida disebabkan DNA mitokondria memiliki laju perubahan 5-10 kali lebih
tinggi dibandingkan DNA inti (Muladno 2006 cit Abdullah, 1994).

2.1.1 Macam dan Susunan DNA Mitokondria

mtDNA mempunyai 2 untai yaitu heavy (H) yang kaya dengan guanin dan untai light
(L) yang kaya dengan sitosin. mtDNA merupakan DNA yang padat gen dan hampir
tidak mempunyai intron, berukuran sebesar 16569 pasang basa (pb) yang membentuk
37 gen (Susmiarsih, 2010). mtDNA hewan secara umum mamiliki jumlah dan jenis
gen yang sama yaitu 13 daerah yang mengkode protein (URFI, URF2, URF3, URF4,
URFS, URF6, URFA6L, URF4L, Cytochrome Oxidase unit I, Cytochrome Oxidase
unit II, Cytochrome Oxidase unit III. Cytochrome b dan ATPase 6); 2 gen pengkode
rRNA yaitu 12s rRNA dan 16s rRNA; 22 gen pengkode tRNA (Solihin, 1994).

Gambar 1. Genom Mitokondria (Susmiarsih, 2010).

2.1.2 Sifat-sifat DNA Mitokondria Sifat-sifat DNA mitokondria
dapat dilihat dari beberapa aspek yaitu :

1. mtDNA terletak di dalam mitokondria sedangkan DNA inti di dalam sel.

mtDNA terletak di matriks mitokondria berdekatan dengan membran dalam
mitokondria, tempat berlangsungnya reaksi fosforilasi oksidatif yang
menghasilkan radikal oksigen sebagai produk samping.
2. Laju mutasi lebih cepat dan tinggi sekitar 10-17 kali dibandingkan DNA inti.
Hal tersebut dikarenaka mtDNA tidak memiliki mekanisme reparasi yang
efisien (Bogenhagen, 1999). DNA polimerase yang dimiliki oleh mitokondria
adalah DNA polimerase γ yang tidak mempunyai aktivitas proofreading
(suatu proses perbaikan dan pengakuratan dalam replikasi DNA). Tidak
adanya aktivitas ini menyebabkan mtDNA tidak memiliki sistem perbaikan
yang dapat menghilangkan kesalahan replikasi. Replikasi mtDNA yang tidak
akurat ini akan menyebabkan mutasi mudah terjadi.
3. Tidak memiliki protein histon
4. Jumlah lebih banyak dan ukuran genom lebih kecil, mtDNA memiliki jumlah
lebih dari 1000 kopi dalam tiap sel, sedangkan DNA inti hanya berjumlah dua
kopi. Ukuran genom mtDNA juga berukuran relatif kecil sehingga dapat
dipelajari secara menyeluruh sebagai suatu unit tersendiri. Ukuran genom
mitokondria hewan berkisar dari 14,000-39,000 pasangan basa (Solihin,
1994).
5. Diwariskan secara maternally inherited, DNA mitokondria diwariskan hanya
dari ibu, sedangkan DNA inti dari kedua orang tua (dari DNA ayah dan ibu).
Pada saat pembuahan sel, sel sperma hanya berpusi materi DNA saja,
sedangkan sedangkan bagian-bagian sel sperma lain tidak. Sehingga DNA
mitokondria pada anak hanya dari ibu.
6. Bentuknya lingkaran dan sirkuler, berpilin ganda dan tidak terlindungi
membran (prokariotik). Sedangkan bentuk DNA inti panjang tidak sirkuler,
double helix, pada saat akan pembelahan sel berbentuk kromosom.
 7. Tidak memiliki intron dan semua gen pengkode terletak
berdampingan,sedangkan pada DNA inti terdapat ekson dan intron, pada saat
sintesis protein terjadi pemotongan intron yaitu pada pemerosesan mRNA.
8. Haploid (2n), DNA mitokondria bersifat haploid karena hanya berasal dari
ibu.
9. Stop kodonnya berbeda, salah satu bentuk keunikan lainnya dari mitokondria
adalah perbedaan kode genetik mitokondria menunjukkan perbedaan dalam
hal pengenalan kodon universal. UGA tidak dibaca sebagai “berhenti” (stop)
melainkan sebagai tryptofan, AGA dan AGG tidak dibaca sebagai arginin
melainkan sebagai “berhenti”, AUA dibaca sebagai methionin (Susmiarsih,
2010).

2.1.3 Manfaat Penggunaan DNA Mitokondria

DNA mitokondria memberikan banyak manfaat, serta hubungannya dengan kajian
keragaman genetik dan pemecahan masalah di dalam studi biologi populasi.
Biasanya mtDNA digunakan sebagai penanda genetika. Beberapa hal yang
mendukung penggunaan DNA mitokondria sebagai penanda dalam studi keragaman
genetik dan studi biologi populasi pada hewan yaitu :
 DNA mitokondria terdapat dalam jumlah kopi yang tinggi. Jumlah kopi yang
tinggi ini rnenjadikannya mudah diisolasi dan dipurifikasi untuk berbagai
keperluan analisis genom.
 Ukuran DNA mitokondria relatif kecil (14-39 kb) sehingga dapat dipelajari
sebagai satu kesatuan yang utuh.
 Bagian-bagian dari genom mitokondria berevolusi dengan kecepatan yang
berbeda. Diketahui bahwa tingkat evolusi dari suatu gen atau bagian dari
DNA merupakan faktor penting yang menentukan penggunaan penanda DNA
dalam studi sistematika dan biogeografi. Gen-gen yang terkonservasi dengan
baik dapat dijadikan sebagai dasar penelusuran kesamaan asal muasal
(ancient taxa), sedangkan gen-gen yang tak terkonservasi dengan baik yaitu
gen-gen yang berevolusi dengan cepat dapat digunakan untuk perbandingan
galur-galur baru.
Berikut beberapa contoh manfaat mtDNA sebagai penanda genetika :
 a. Untuk Melacak Kejadian yang Relatif Baru seperti Hibridisasi Alami Antara
dua Subspesies.
Karena mtDNA berevolusi sangat cepat maka dapat digunakan untuk
melacak kejadian yang relatif baru seperti pada studi hibridisasi alarni antara
dua subspesies. Contohnya pada penelitian Boursot et al., 1984 yaitu pada
mencit Eropa (Mus musculus domesticus dan Mus musculus musculus),
introgresi alel-alel dari grup satu terhadap lainnya menunjukkan hal yang
lebih menonjol untuk genom mitokondria dibandingkan untuk genom inti.
b. Untuk Mempelajari dan Mengamati Asal Muasal dan Biologi Populasi Suatu
Hibrid.
DNA mitokondria bersifat khusus yaitu diturunkan melalui induk
betina tanpa mengalami rekombinasi. Adanya sifat tersebut dapat digunakan
untuk suatu rekonstitusi historik dari genealogi matrilinier suatu spesies
maupun antar populasi yang ada. Contohnya pada Iebah, semua keturunan
dari ratu yang sama membawa DNA mitokondria yang sama sehingga
individu-individu hibrid yang ada tidak membawa campuran mtDNA
parental. Hibrid tersebut hanya rnengandung mtDNA dari induk betinanya.
Keadaan tersebut sangat berguna untuk mempelajari dan mengamati asal
muasal dan biologi populasi suatu hibrid (Solihin, 1994).

2.1.4 Kelebihan DNA Mitokondria

DNA mitokondria mempunyai beberapa kelebihan yang menjadikannya banyak
digunakan untuk mengidentifikasi keragaman genetik dan dinamika populasi.
Beberapa kelebihan tersebut adalah :
1. Memiliki ukuran yang kompak dan relatif kecil (16.000-20.000 pasang basa),
tidak sekompleks DNA inti sehingga dapat dipelajari sebagai satu kesatuan
yang utuh.
2. Berevolusi lebih cepat dibandingkan dengan jelas perbedaan antara populasi
dan hubungan 18 kekerabatannya.
3. Hanya sel telur yang menyumbangkan material mitokondria sehingga
mitokondria DNA hanya diturunkan dari induk betina
 4. Bagian-bagian dari genom mitokondria berevolusi dengan laju yang berbeda,
sehingga dapat berguna untuk studi sistematika dan penelusuran kesamaan
asal-usul (Park dan Moran 1995).
DNA mitokondria telah banyak digunakan sebagai penanda molekul
untuk studi genetika populasi, penelusuran asal-usul dan pelacakan beberapa
penyakit degeneratif, penuaan serta kanker (Wandia 2001).

2.2 DNA Kloroplas

Kloroplas adalah organel seluler yang hanya ditemukan pada tumbuhan hijau dan
protista yang berfotosintesis, dan mereka mampu melakukan fotosintesis di sel.
Kloroplas memiliki dinding ganda yang melindungi bagian dalam, klorofil terdiri
dari struktur lamellar protein dan kaya akan stroma (Bayu, 2005). Pada dasarnya
kloroplas memiliki struktur yang menyerupai mitokondria dengan sistem membran
tilakoid yang berisi klorofil. Seperti halnya mitokondria, kloroplas juga mempunyai
DNA sendiri (Brown, 2002).
Pada kloroplas terdapat DNA, RNA, ribosom dan berbagai enzim. Semua
molekul ini sebagian besar terdapat di stroma, tempat berlangsungnya transkripsi dan
translasi (Bayu, 2005). Kloroplas mengandung peralatan biokimia lengkap yang
diperlukan dalam replikasi dan ekspresi dari plastom, termasuk DNA dan RNA
polimerase, ribosom, tRNA dan rRNA sintase. Namun ukuran plastom tidak cukup
besar untuk mengkode semua protein yang diketahui ada pada kloroplas. Hal ini
membuktikan bahwa organel masih tetap tergantung dari genom inti untuk bisa
menjalankan fungsinya.

2.2.1 Struktur DNA Kloroplas

Struktur dari genom kloroplas sama dengan struktur genom mitokondria. DNA
kloroplas lebih besar dari pada DNA mitokondria hewan, dengan ukuran antara 80-
600 kb. Jumlah tiruan dari DNA kloroplas pada setiap kloroplas bervariasi setiap
spesies (Bayu, 2005). Pada tanaman tingkat tinggi, DNA kloroplas berbentuk
molekul melingkar tertutup (close circular DNA ) berutas ganda. DNA kloroplas
(genom) terdapat dalam 50 atau lebih lingkaran jalur-ganda melilit dalam tiap plastid.
 Genom kloroplas memiliki ukuran paling kecil di antara DNA tanaman.
Kelebihan dari genom kloroplas adalah sangat efisien dalam memanfaatkan DNA.
Hal ini dikarenakan hampir semua DNA merupakan bagian dari gen tertentu
sehingga mempunyai fungsi tertentu. Total nukleotida dibandingkan dengan
nukleotida yang menjadi bagian dari gen sekitar 90% sehingga hampir tidak terdapat
DNA berulang pada genom kloroplas.
Kloroplas mempunyai tingkat otonomi di dalam sel yang dalam banyak hal
sama dengan mitokondria. Dalam stroma terdapat DNA dengan genom itu sejumlah
protein khas kloroplas dibuat dengan menggunakan ribosom yang juga terdapat
dalam stroma. Kloroplas juga melakukan replikasi.
Seluruh genom kloroplas terdapat di dalam satu molekul DNA kloroplas
(ctDNA) yang sirkular. Biasanya DNA terdapat dalam kopi berganda sebanyak 20-60
ctDNA per kloroplas. Panjang DNA sering 45 um, tetapi bergantung kepada spesies
dapat berkisar antara 40-60 um.
ctDNA cukup besar sehingga dapat mengkode lebih dari 150 protein. Masing-
masing dengan berat molekul 50.000 dalton. Ini kira-kira sama dengan jumlah
berbagai protein yang terdapat dalam kloroplas, baik protein struktural maupun
enzim yang penting untuk fotosintesis, sintesis karbohidra, lipid dan protein. Namun
kloroplas tidak mengkode semua protein itu sendiri. Replikasi dan diferensiasi
dikontrol sebagian oleh genom inti dan sebagian oleh ctDNA.

2.2.2 Susunan DNA Kloroplas

Genom kloroplas terdiri dari dua gen, pada setiap kloroplas terdapat RNA ribosom
(16 S; 23 S; 4,5 S; 5 S). Berbeda dengan DNA mitokondria yang hanya memiliki satu
tiruan gen. Genom juga terdiri dari gen untuk RNA transfer, dan gen untuk yang
lainnya, tetapi bukan semua nya. Susunan protein untuk transkripsi dan translasi dari
gen yang sudah ditandai pada kloroplas (seperti protein ribosom, sub unit RNA
polimerase, dan faktor-faktor translasi) atau untuk proses fotosintesis. Intron
ditemukan pada beberapa daerah pengkodean protein dan gen RNA transfer pada
DNA kloroplas. Protein lain ditemukan dalam kloroplas adalah gen inti (nukleus)
(Bayu, 2005).
Gambar 2. Genom Kloroplas (Bayu, 2005).
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan dari makalah ini adalah :
1. DNA sitoplasma yaitu DNA diluar inti sel berupa DNA mitokondria
(mtDNA) untuk sel-sel hewan dan DNA kloroplast (cpDNA) pada sel
tumbuhan.
2. DNA mitokondria (mtDNA) merupakan molekul DNA rantai ganda yang
berbentuk sirkuler yang ditransmisikan secara maternal. DNA mitokondria ini
menyandi komplek protein rantai respirasi yang sangat diperlukan untuk
produksi ATP.
3. DNA kloroplas berbentuk molekul melingkar tertutup (close circular DNA )
berutas ganda dan berperan penting untuk fotosintesis, sintesis karbohidra,
lipid dan protein.

3.2 Saran
Adapun saran yang dapat diberikan untuk makalah ini adalah makalah ini masih
perlu dilengkapi dari buku-buku lainnya serta jurnal nasional maupun
internasional lainnya.
 DAFTAR PUSTAKA

Abdullah, M.A.N. 2008. Karakterisasi Genetik Sapi Aceh Menggunakan Analisis

Keragaman Fenotipik, Daerah D-Loop DNA Mitokondria dan DNA
Mikrosatelit.[Disertasi]. Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Bayu, E.S. 2005. Genom Kloroplas. e-USU Repository Universitas Sumatera Utaran.
Medan.
Bogenhagen, D.F. 1999. DNA Repair ’99 Repair of mtDNA in Vertebrates. Am. J.
Hum. Genet. 64:1276-1281, 1999.
nd
Brown, T.A. 2002. DNA in Genomes, 2 ed.
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.G. Mitchell. 2002 Biologi. Erlangga. Jakarta.
Park IK, Moran P. 1995. Development in Molecular Genetic Techniques in Fisheries.
Pages 1-28 in Gary R. Carvalho and T.T. Pitcher, Editors. Molecular
Genetic in Fisheries. Champman and Hall. T.J. Press Ltd., Padstow,
Cornwall.
Resmisari, R.S. 2006. Variasi DNA Kloroplas Shorea leprosula Miq. di Indonesia
Menggunakan Penanda PCR-RFLP.[Tesis]. Institut Pertanian Bogor.
Bogor.
Solihin, D.D. 1994. Ulas Balik Peran DNA Mitokondria (mtDNA) dalam Studi
Keragaman Genetik dan Biologi Populasi pada Hewan. Hayati 1(1):1-4.
Susmiarsih, T. 2010. Peran Genetik DNA Mitokondria (mtDNA) pada Motolitas
Spermatozoa. Majalah Kesehatan PharmaMedika 2(2):178-183.
Wandia IN. 2001. Genom mitokondria. J Vet. 2 (4): 131-137.