Laporan Praktikum

Genetika

PERCOBAAN VI

ISOLASI DNA

NAMA : FATMAWATI

NIM : H041211002

HARI/TANGGAL : JUM’AT/22 APRIL 2022

KELOMPOK : IV (EMPAT) B

ASISTEN : NOER ZAKIAH DERAJAT SAM

LABORATORIUM GENETIKA
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2022
 BAB I

PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Genetika merupakan salah satu cabang ilmu biologi yang mempelajari

pewarisan sifat pada mahluk hidup. Kata genetika sendiri pertama kali

diperkenalkan oleh William Bateson sebagai cabang baru dalam ilmu Biologi.

Ilmu genetika telah lama diterapkan oleh nenek moyang kita melalui proses

seleksi buatan. Nenek moyang kita mendomestifikasi tumbuhan dan hewan liar

dan kemudian melakukan persilangan untuk memperoleh hewan atau tumbuhan

dengan sifat yang diinginkan. Jagung rnerupakan salah satu contoh hasil

penerapan ilmu genetika di masa lampau (Artadana dan Savitri, 2018).

Isolasi DNA merupakan salah satu tahap penting dalam kegiatan

memperoleh informasi genetik dan analisis genetik. DNA dengan kualitas yang

baik digunakan untuk kegiatan seperti pemanfaatan marka molekuler, pembuatan

pustaka genom, hingga sekuensing. Prinsip isolasi DNA terdiri dari tiga tahapan,

yaitu: lisis dinding dan membran sel, pemisahan atau purifikasi DNA, dan

presipitasi DNA. Permasalahan utama yang sering muncul dalam proses isolasi

DNA tanaman adalah kandungan senyawa polisakarida, polifenol, protein, RNA,

dan senyawa metabolit sekunder yang terdapat pada tanaman yang dapat

menghambat tahapan isolasi DNA (Rizko dkk., 2020).

Berdasarkan uraian diatas, maka dilakukanlah praktikum Isolasi DNA ini

untuk mengetahui cara atau metode yang benar secara konvensional untuk

memisahkan atau mengisolasi DNA dari buah-buahan.

I.2 Tujuan Percobaan

Adapun tujuan dari percobaan mengenai Isolasi DNA adalah:

1. Untuk mengetahui cara atau metode yang benar untuk memisahkan atau

mengisolasi DNA dari buah-buahan.

2. Mengetahui keaktifan deterjen dan buah yang dipakai untuk melakukan

percobaan isolasi DNA.

1.3 Waktu dan Tempat Percobaan

Percobaan ini dilaksanakan pada hari Jum’at, tanggal 22 April 2022 pukul

13.00-17.00 WITA, bertempat di Laboratorium Genetika, Lantai Biologi Dasar,

Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,

Universitas Hasanuddin.
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II.1 Materi Genetik

Pada tahun 1869 seorang ahli ilmu kimia berkebangsaan Jerman bernama

Friedrich Miescher menyelidiki susunan kimia dari nukleus sel. Ia mengetahui

bahwa nukleus sel tidak terdiri dari kerbohidrat, protein maupun lemak,

melainkan terdiri dari zat yang mempunyai pengandungan fosfor sangat tinggi.

Oleh karena itu zat itu terdapat didalam nukleus sel, maka zat itu disebut nuklein.

Nama ini kemudian diubah menjadi asam nukleat, karena asam ikut

menyusunnya. Asam nukleat terdiri atas dua tipe yaitu asam deoksiribonukleat

atau ADN (deoxyribonucleic acid atau DNA) dan asam ribonukleat atau ARN

(ribonucleic acid atau RNA) (Suryo, 2016).

Asam deoksiribonukleat atau ADN (deoxyribonucleic acid atau DNA)

adalah bahan genetik seperti beberapa kejadian memberikan petunjuk secara tidak

langsung bahwa ADN itu mengandung informasi genetik dari makhluk hidup,

misalnya hasil percobaan menyatakan bahwa kebanyakan ADN dan protein

banyak terdapat didalam sitoplasma, adanya korelasi yang tepat antara banyaknya

ADN tiap sel dengan jumlah sel kromosom dalam setiap sel kromosom dalam tiap

sel, dan susunan molekuler dari ADN dalam semua sel yang berbeda-beda dari

suatu organisme adalah sama sedangkan susunan ARN dan protein bervariasi dari

satu tipe sel lainnya baik kualitas maupun kuantitasnya. Percobaan-percobaan ini

yang dapat memberi keyakinan bahwa ADN (Asam deoksiribonukleat) benar-

benar merupakan bahan genetik (Suryo, 2016).

 Struktur ADN (Asam deoksiribonukleat) yaitu bagian terbesar dari ADN

terdapat didalam kromosom. Sedikit ADN terdapat juga didalam organel seperti

mitokondria dari tumbuhan dan hewan, dan dalam kloroplast dari ganggang dan

tumbuhan tingkat tinggi. Asam nukleat tersusun atas nukleotida, yang bila terurai

terdiri dari gula, pospat dan basa yang mengandung nitrogen. Karena banyaknya

nukleotida yang menyusun molekul ADN, maka molekul ADN merupakan suatu

polinukleotida. Molekul gula yang menyusun ADN adalah sebuah pentosa, yaitu

deoksiribosa, molekul pospatnya berupa PO4, basa nitrogen yang menyusun

molekul ADN dibedakan atas kelompok pirimidin yaitu sitosin dan timin

sedangkan kelompok purin yaitu adenine dan guanine (Suryo, 2016).

DNA adalah materi genetik yang diwarisi organisme dari induknya. Setiap

kromosom mengandung satu molekul DNA panjang, yang biasanya mengandung

satu atau lebih gen. Ketika sel mereproduksi diri melalui pembelahan, maka

molekul DNA-nya disalin dan diteruskan dari satu generasi ke generasi

berikutnya. Didalam struktur DNA, terdapat kode informasi yang memprogram

semua aktivitas sel. Namun, DNA sendiri tidak terlibat langsung dalam

pelaksanaan operasi sel (Campbell dkk., 2010). Basa nitrogen, dibedakan atas

primidin yang terdiri atas cytosine (C) dan thymine (T) serta purin yang terdiri

atas adenine (A) dan guanine (G) (Aisah dkk., 2017).

Pasangan DNA–DNA, DNA–RNA atau RNA–RNA dapat terbentuk

melalui proses hibridisasi. Hibridisasi adalah pembentukan ikatan dupleks stabil

antara dua rangkaian nukleotida yang saling komplementer melalui perpasangan

basa nitrogen. Hibridisasi dapat menunjukkan suatu keseragaman sekuens.

Hibridisasi DNA terbagi dalam dua kategori, yaitu Hibridisasi Southern dan
Hibridisasi Nothern Blot. Hibridisasi Southern adalah proses perpasangan antara

DNA yang menjadi sasaran dan DNA pelacak, hibridisasi southern dibagi ke

dalam empat tahap, yaitu fiksasi DNA di membran (nitroselulosa atau nilon),

pelabelan pelacak, prehibridisasi dan hibridisasi serta deteksi hasil hibridisasi.

Hibridisasi Nothern atau RNA Blot secara umum sama seperti Suothern Blot yang

membedakan adalah pada sampel yang digunakan yaitu RNA (Aisah dkk., 2017).

Asam nukleat lain yang juga sangat penting ialah asam ribonukleat

(ribonucleic acid, RNA). Seperti halnya DNA, RNA terdiri atas tiga macam

molekul, yakni gula pentosa, asam pospat, dan basa nitrogen. Perbedaan DNA dan

RNA salah satunya terletak pada basa primidinnya. Basa pirimidin pada DNA

terdiri atas sitosin (C) dan timin (T) sedangkan basa pirimidin pada RNA terdiri

atas sitosin (C) dan urasil (U) (Aisah dkk., 2017)

Sel merupakan unit fungsional dan strukutural terkecil dari makhluk

hidup. Sel mengandung materi genetik yang terletak pada inti sel dan mitokondria

(pada hewan) atau kloroplas (pada tumbuhan). Materi genetik ini dapat berupa

Deoxyribonucleic Acid (DNA) dan Ribonucleic Acid (RNA)

(Furqoni dkk., 2017).

II.2 Prinsip Isolasi DNA

Prinsip isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni yang tidak

tercampur dengan komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat. Isolasi

DNA genom dapat dilakukan dengan metode lisis sel secara fisik dan kimia.

Secara fisik sel dipecah dengan kekuatan mekanik yaitu secara freeze thaw, bead

mill homogenization dan resonansi misalnya dengan sonikasi. Sedangkan secara

kimia sel dirusak dengan buffer lisis berisi senyawa kimia yang dapat merusak
integritas barrier dinding sel, misalnya SDS (Sodium Dedocyl Sulfate) dan CTAB

(Cetyltrimethylammonium bromide) (Murtiyaningsih, 2017).

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan

berfungsi untuk mengatur perkembangan biologi seluruh bentuk kehidupan secara

seluler. Isolasi DNA dianggap penting sebagai langkah awal dalam mengenali

profil pita DNA. Namun, yang menjadi kendala adalah terkadang dalam

melakukan isolasi DNA, ditemukan DNA yang memiliki kualitas dan kuantitas

yang rendah. Hal tersebut dapat diketahui dari konsentrasi DNA-nya. Memang

dalam per-kembangannya yang semakin pesat, banyak alternaif metode untuk

isolasi DNA (Mawardi, 2016).

Isolasi DNA merupakan salah satu tahap penting dalam kegiatan berbasis

molekuler. Dibutuhkan DNA dengan kualitas yang baik untuk berbagai kegiatan

seperti pemanfaatan marka molekuler, pembuatan pustaka genom, hingga

sekuensing. Permasalahan utama yang sering muncul dalam proses isolasi DNA

tanaman adalah kehadiran senyawa kontaminan pada sampel yang diisolasi seperti

senyawa polisakarida, polifenol, protein, RNA, dan senyawa metabolit sekunder

yang terdapat pada tumbuhan obat. Menurut Ranjan, kehadiran senyawa

kontaminan tersebut dapat menghambat berbagai proses mulai dari pemotongan

DNA, amplifikasi, hingga kloning (Nugroho, 2015).

Prinsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),

ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta

pemurnian DNA. Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi

DNA antara lain harus menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti
protein dan RNA, metodenya harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua

spesies. Metode yang dilakukan dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan

fungsi molekul DNA, dan metodenya harus sederhana dan cepat (Nugroho, 2017).

Prinsip isolasi DNA terdiri dari tiga tahapan, yaitu lisis untuk

menghancurkan dinding dan membran sel baik secara fisik menggunakan deterjen

dan secara kimiawi menggunakan blender, pemisahan atau purifikasi DNA

menggunakan garam karena mengandung SDS, dan presipitasi DNA atau proses

pengendapan menggunakan alkohol atau etanol dingin (Rizko dkk., 2020).

II.3 Isolasi DNA Secara Konvensional dan Modern

Ekstraksi DNA terdiri dari tiga tahap utama yakni perusakan dinding sel

(lisis), pemisahan DNA dari komponen lainnya serta pemurnian DNA.

Pemecahan sel atau lisis pada proses ekstraksi sel bertujuan untuk menghancurkan

membran dan dinding sel sehingga bagian dalam sel dapat keluar. Selanjutnya

tahap pemisahan DNA dari makromolekul lain seperti protein, sebagian kecil

RNA, lipid dan polisakarida. Tahap terakhir ialah pemurnian DNA, tahap ini

bertujuan untuk menghilangkan residu dari zat yang digunakan pada tahap lisis

dan pemisahan DNA (Hutami dkk., 2018).

Metode konvensional dalam ekstraksi DNA diantaranya adalah metode

ekstraksi menggunakan phenolchloroform. Metode ini memerlukan sejumlah

tahapan penambahan bahan-bahan kimia dan membutuhan waktu pengerjaan yang

cukup lama (± 18 jam). Salah satu bentuk modifikasi proses ekstraksi DNA ialah

penggunaan kit ekstraksi komersial yang telah berisi campuran bahan yang

dibutuhkan untuk proses ekstraksi dengan waktu pengerjaan yang cukup singkat (

kurang lebih 2 jam) (Hutami dkk., 2018).

 BAB III

METODE PERCOBAAN

III.1 Alat dan Bahan

III.1.1 Alat

Alat yang digunakan dalam percobaan ini adalah pipet tetes, tabung

reaksi, gelas kimia, corong, erlenmeyer, batang pengaduk, pisau, mesin blender,

spatula, rak tabung reaksi dan timbangan digital.

III.1.2 Bahan

Bahan yang digunakan dalam percobaan ini adalah buah jeruk (Citrus

auriantum), detergen (bubuk dan cair), kertas saring, label, aluminium foil, garam

dapur, air dan etanol 96%.

III.2 Cara Kerja

Pertama-tama disiapkan alat dan bahan yang dibutuhkan. Kemudian

dilarutkan deterjen cair dan bubuk sebanyak 5 gr menggunakan 500 mL air dan

diaduk selama 15 menit. Setelah itu, dipotong dan diambil daging buah jeruk

sebanyak 100 gram dan ditambahkan 100 mL air kemudian dihaluskan

menggunakan blender dan dibagi kedalam dua gelas kimia yang masing-masing

gelas diisi 50 mL cairan jeruk halus. Setelah itu, ditambahkan larutan detergen

cair ke salah satu gelas dan larutan detergen bubuk ke gelas lainnya, kemudian

diberi label sesuai jenis detergen yang ditambahkan. Setelah itu, ekstrak jeruk

diaduk menggunakan batang pengaduk kemudian ditambahkan garam sebanyak

satu sendok spatula dan diaduk kembali. Setelah itu kedua larutan ini diasring

menggunakan kertas saring. Hasil saringan kemudian dimasukkan kedalam

tabung reaksi dan ditambahkan etanol dingin 96% sebanyak 5 mL kemudian

diamati.

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

IV.1 Tahapan Pembentukan DNA

IV.1.1 Lisis (Fisik)

Gambar 1. Tahapan Lisis (fisik)

(Sumber: Dokumentasi Pribadi)

IV.1.2 Lisis (Kimiawi)

Gambar 2. Tahapan Lisis (kimiawi) menggunakan Detergen Bubuk

(Sumber: Dokumentasi Pribadi)
 Gambar 3. Tahapan Lisis (kimiawi) menggunakan Detergen Cair
(Sumber: Dokumentasi Pribadi)

IV.1.3 Purifikasi

Gambar 4. Tahapan Purifikasi menggunakan NaCl

(Sumber: Dokumentasi Pribadi)

IV.1.4 Presipitasi
 Gambar 5. Tahapan Presipitasi menggunakan Etanol 96%
(Sumber: Dokumentasi Pribadi)

IV.1.5 Hasil

DNA
Supernatan

Natan

Gambar 7. Hasil Isolasi DNA menggunakan Detergen Bubuk

(Sumber: Dokumentasi Pribadi)
 Natan

DNA

Supernatan

Gambar 8. Hasil Isolasi DNA menggunakan Detergen Cair

(Sumber: Dokumentasi Pribadi)

IV.2 Pembahasan

Isolasi DNA dilakukan untuk mendapatkan DNA murni tanpa komponen

sel yang lain. Pada percobaan ini, dilakukan isolasi DNA terhadap buah-buahan.

Tahapan isolasi DNA dilakukan dengan 3 tahap yaitu lisis, purifikasi dan

presipitasi. Lisis yaitu tahapan penghancuran dinding sel, dapat dilakukan dengan

2 cara yaitu mekanik dan kimiawi. Secara mekanik dapat menggunakan alat,

misalnya blender, sedangkan secara kimiawi yaitu dengan menggunakan bahan

kimia, misalnya detergen. Tahapan kedua yaitu purifikasi/pemurnian DNA

menggunakan NaCl, proses ini bertujuan untuk memisahkan protein, lipid dan

makromolekul lainnya. tahapan terakhir yaitu presipitasi/pengendapan

menggunakan alkohol/etanol agar DNA menggumpal dan dapat terlihat

benang/pilinannya.
 Keberhasilan proses isolasi DNA ditentukan oleh kuantitas dan kualitas

kemurnian DNA yang dihasilkan. Beberapa teknik isolasi DNA telah

dikembangkan baik secara konvensional maupun menggunakan kit isolasi DNA

yang sudah dikembangkan secara komersial (Setiaputri dkk., 2020).

Percobaan kali ini dilakukan dengan menggunakan metode isolasi DNA

konvensional. Hal pertama yang dilakukan adalah memotong buah sebanyak 100

gr, hal ini dilakukan untuk memudahkan proses lisis (fisik) menggunakan blender

dan ditambahkan dengan air. Setelah itu, proses lisis (kimiawi) juga dilakukan

menggunakan detergen bubuk dan detergen cair yang telah dilarutkan,

penggunaan detergen pada tahapan ini dikarenakan detergen mengandung SDS

(Sodium Dedocyl Sulfate). Proses lisis ini dilakukan untuk

menghancurkan/merusak dinding sel jeruk sebagai tahapan awal isolasi. Hasil dari

tahapan ini ialah ekstrak jeruk yang kemudian dimasukkan kedalam 2 tabung

reaksi. Selanjutnya ialah penambahan garam pada masing-masing tabung reaksi

berisi ekstrak jeruk, hal ini dinamakan sebagai proses purifikasi yang bertujuan

untuk memisahkan/mengikat DNA dari komponen sel yang lain, sehingga DNA

akan mudah diamati. Penggunaan garam pada proses ini dikarenakan garam

mengandung Na+ yang dapat berikatan dengan gugus fosfat DNA. Setelah itu,

dilakukan penyaringan terhadap kedua ekstrak jeruk. Tahapan terakhir ialah

penambahan etanol dingin 96% pada masing-masing ekstrak yang telah disaring,

proses ini disebut sebagai presipitasi/pengendapan yang bertujuan untuk memicu

terjadinya pengendapan benang-benang DNA sehingga dapat terlihat dengan jelas.

Berdasarkan hasil percobaan, diperoleh sampel dengan detargen bubuk

terbentuk pada lapisan atas yang terdapat DNA yang melayang seperti benang-
benang dan dibawah terdapat pengendapan (natan). Presipitat DNA terlihat seperti

serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan karena massa

jenis etanol lebih kecil daripada massa jenis air. Namun, pada tabung reaksi

sampel dengan detergen cair, presipitasi terjadi pada lapisan atas bukan lapisan

bawah yang menunjukkan bahwa DNA tidak terlarut dalam etanol tetapi larut

dalam air. Hal tersebut bisa terjadi dikarenakan etanol yang digunakan kurang

dingin human error.

BAB V

PENUTUP

V.1 Kesimpulan

Adapun kesimpulan dari praktikum ini adalah sebagai berikut:

1. Percobaan ini menggunakan metode sederhana untuk memisahkan atau

mengisolasi DNA dari buah jeruk dengan menghancurkan (melisiskan) sel

buah jeruk.

2. Detergen mengandung SDS (Sodium Dodecyl Sulphate) untuk membantu

dalam ekstraksi DNA buah jeruk, sehingga penggunaan detergen akan sangat

cocok untuk isolasi DNA dengan metode sederhana.

V.2 Saran
 Saran saya untuk praktikum ini adalah sebaiknya praktikan lebih telaten

dan teliti dalam melakukan percobaan agar tidak terjadi kesalahan hasil pada

sampel akibat human error.

 DAFTAR PUSTAKA

Suryo, 2016, Genetika Manusia, Yogyakarta, Gadjah Mada University Press.

Mawardi, A., dan Simonapendi, M. I., 2016, Uji Efektivitas Metode Isolasi DNA
Genom Kopi Arabika (Coffea arabica L.) Asal Kabupaten Jayawijaya,
Jurnal Biologi Papua, 8(1): 7-12.

Murtiyaningsih, dan Hidayah., 2017, Isolasi DNA Genom dan Identifikasi

Kekerabatan Genetik Nanas Menggunakan Rapid (Random Amplified
Polimorfic DNA), Jurnal Agritrop, 15(1): 84-90.

Nugroho, E. D., dan Rahayu, D. A., 2017, Pengantar Bioteknologi (Teori dan
Aplikasi), Deepublish, Yogyakarta.

Artadana, I. D. M., dan Savitri, W. D., 2018, Dasar-Dasar Genetika Mendel dan
Pengembangannya, Yogyakarta, Graha Ilmu.

Hidayat, T., dan Kasmiruddin, 2020, Miskonsepsi Materi Genetika Tentang

Ekspresi Gen, Jurnal Pendidikan Biologi dan Sains, 3(1): 59.
Lampiran 1. Referensi