LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA DARI BUAH TOMAT MENGGUNAKAN

MATERIAL LOKAL
diajukan untuk memenuhi salah satu Tugas Mata Kuliah Praktikum Biokimia
Tanggal Percobaan Awal : Senin, 24 Mei 2021
Tanggal Percobaan Akhir : Senin, 24 Mei 2021

Dosen pengampu : Drs. Rahmat Setiadi, M.Sc.

Disusun oleh :
Kelompok 5
Raden Bobby Pasha (1702749)

Rekan Kerja :
Dyah Oktafiawati (1701780)

Izza Nabilatunnisa (1702497)

DEPARTEMEN PENDIDIKAN KIMIA

FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA
2021
 ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA DARI BUAH TOMAT
MENGGUNAKAN MATERIAL LOKAL

Tanggal Percobaan Awal : Senin, 24 Mei 2021

Tanggal Percobaan Akhir : Senin, 24 Mei 2021

A. Tujuan Percobaan :
1. Mengetahui dan memahami tahapan isolasi dan karakterisasi DNA pada tomat
2. Mengetahui dan memahami metode isolasi DNA yang digunakan.
3. Dapat menarik kesimpulan dari fragmen DNA pada tomat yang dihasilkan saat proses
karakterisasi DNA dengan elektroforesis gel.

B. Prinsip Dasar
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu
sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-
fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen
(Suryo, 2004).  
Informasi bahwa DNA memiliki struktur molekul double helix disampaikan
berdasarkan foto diffraksi sinar X-ray dari suatu DNA fiber yang diambil oleh Rosalind
Franklin. Dari foto tersebut dapat diamati bahwa DNA mempunyai bwentuk molekul
seperti benang, tidak mengkristal, melainkan dapat diamati juga terdiri dari kumpulan
molekul paralel. Berdasarkan foto tersebut Crick, seorang kristalographer X-ray yang
sebelumnya menurunkan persamaan yang menggambarkan difraksi oleh molekul heliks,
untuk menyimpulkan :
1. Bahwa DNA adalah molekul helix.
2. Bahwa Basa aromatik planarnya terbentuk tumpukan cincin paralel yang
sejajar dengan sumbu serat.
 Gambar 1: foto sinar x-ray DNA yang diambil oleh Rosalind Franklin
(Donald & Judith, 2011)

Terdapat ada tiga struktur DNA yang dikenal selama ini. Struktur-struktur DNA
tersebut adalah sebagai berikut:
a. Struktur primer
DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap nukleotida
terdiri dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula
pentosa berupa 2’- deoksi – D - ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu
molekul fosfat. Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5’ bebas
(tidak terikat nukleotida lain) menuju ujung dengan gugus 3’ hidroksil bebas
atau dengan arah 5’– 3’.
b. Struktur Sekunder
Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan fungsinya sebagai
pembawa informasi genetik adalah komposisi basa penyusun. Pada tahun
1949- 1953, Edwin Chargaff menggunakan metode kromatografi untuk
pemisahan dan analisis kuantitatif keempat basa DNA, yang diisolasi dari
berbagai organisme.
(Darnell dkk, 1994)

Informasi dalam DNA disimpan sebagai kode yang terdiri dari empat basa kimia:
adenin (A), guanin (G), sitosin (C), dan timin (T). DNA manusia terdiri dari sekitar 3
miliar basa, dan lebih dari 99 persen basa itu sama pada semua orang. Urutan, atau
urutan, dari dasar-dasar ini menentukan informasi yang tersedia untuk membangun dan
memelihara suatu organisme, mirip dengan cara huruf-huruf alfabet muncul dalam urutan
tertentu untuk membentuk kata dan kalimat.
(U.S. National Library of Medicine, 2021)
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk
hidup dapat dilakukan suatu tekhnik yang disebut isolasi DNA. DNA pada makhluk
hidup dapat diisolasikan secara sederhana.Pengisolasian DNA secara sederhana dapat
dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti, baik
secara mekanik maupun secara kimiawi.Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang
digunakan untuk memperoleh DNA murni yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel
dalam jaringan.
(Campbell, Neil A : 2002)
 Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya
ada dua yaitu sentrifungsi dan presipitasi. Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan
untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran.

(Pierce: 2005)
Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain
harus menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya
harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh
mengubah struktur dan fungsi molekul DNA; dan metodenya harus sederhana dan cepat

(Surzycki, 2000).

Isolasi DNA adalah suatu teknik yang digunakan untuk mendapatkan DNA
murni. Prinsip dasar isolasi DNA ada tiga yaitu penghancuran, ekstraksi dan pemurnian.
Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari zat-zat lain yang dapat dilakukan
dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis maupun bagian tanaman dapat
menimbulkan masalah berbeda, antara lain karena adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA dan juga
mempengaruhi enzim-enzim seperti polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau
enzim untuk kegiatan molekuler lain yang dapat menyebabkan DNA tidak dapat
digunakan untuk aplikasi penelitian.
(Istanti, 1999)

Elektroforesis adalah sebuah metode untuk separasi atau pemisahan sebuah

molekul besar (seperti protein, fragmen DNA, RNA dll) dari campuran molekul yang
serupa. Elektroforesis digunakan untuk memisahkan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Sebuah arus
listrik
dilewatkan melalui medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan.
(Yuwono, 2008)

Tanaman tomat (Solanum sp) merupakan salah satu tanaman dari kelas
solanaceae yang saat ini banyak beredar dipasaran. Tomat ditemukan pertama kali di
daratan Amerika Latin, tepatnya di sekitar Peru, Equador. Penyebaran tomat (Solanum
Sp) yang cukup cepat dapat meningkatkan perekonomian masyarakat. Komoditas tomat
ini terus berkembang di area pertanian maupun perdagangan internasional, termasuk ke
dalam komoditas sayuran atau buah dengan nilai ekonomis tinggi serta bagi
perekonomian di Indonesia.
(Lusiana, 2015)
Menurut Badan Pusat Statistik (2017) produksi tanaman tomat di Indonesia tahun
2015 mencapai 877.792 ton, dari luas areal tanam sebesar 54.554 ha, dengan
produktivitas 16,09 ton/ha. Sedangakan tahun 2016 produksi tomat Indonesia mencapai
883.233 ton, dari luas areal tanam sebesar 57.688 ha, dengan produktivitas 15,31 ton/ha.
Produksi tomat di Aceh pada tahun 2015 mencapai 210.924 ton dengan luas areal tanam
946 ha dengan produktivitas 218,80 ha dan pada tahun 2016 produksi tanaman tomat
meningkat sebesar 256.473 ton namun luar areal tanam menurun sebesar 811 dengan
produktivitas 316,24 ton/ha.

Tomat diklasifikasikan ke dalam golongan sebagai berikut.

Kingdom : Plantae (tumbuh-tumbuhan).

Divisi : Spermatophyta (tumbuhan
berbiji).

Subdivisi : Angiospermae (berbiji tertutup).

Kelas : Dicotylodenae (biji berkeping satu)
Ordo : Tubiflorae
Famili : Lycopersicum
Spesies : Lycopersicum esculentum
 Tabel 1. Kandungan Gizi Buah Tomat dalam 100 gram
Berdasarkan bentuknya buah tomat dibedakan menjadi lima jenis
a. Tomat Biasa (Lycopersicum eculentum Mill, var. commune Bailey).
Berbentuk bulat pipih tidak teratur, sedikit sedikit beralur terutama di dekat
tangkai.
b. Tomat Apel atau pir (Lycopersicum eculentum Mill, var. pyriforme Alef).
Berbentuk bulat seperti buah apel atau buah pir
c. Tomat kentang atau tomat daun lebar (Lycopersicum eculentum Mill, var.
grandifolium Bailey).
d. Tomat tegak ((Lycopersicum eculentum Mill, var. validum Bailey). Buahnya
berbentuk agak lonjong dan teksturnya keras.

e. Tomat Cherry ((Lycopersicum eculentum Mill, var. cerasiforme (Dun) Alef).

Buahnya yang berukuran kecil berbentuk bulat atau memanjang
(Wiryanta, B. T. W., 2002).
C. Alat dan Bahan
Isolasi DNA

Alat yang digunakan :

- Tumbukan : 1 buah
- Gelas plastik : 3 buah
- Timbangan : 1 set
- Sendok makan : 1 buah
- Sendok teh : 1 buah
 - Gelas ukur : 1 buah
- Saringan dapur : 1 buah
- Wadah plastik : 1 buah
- Plastik : 1 buah
Bahan yang digunakan :
- Garam dapur : secukupnya
- Deterjen cair : secukupnya
- Tomat ceri : secukupnya
- Alkohol 70% : secukupnya

D. Langkah Kerja dan Pengamatan

Isolasi DNA
No Langkah kerja Pengamatan Analisis

1. a. Penyiapan larutan - Garam dapur :  NaCl/ garam dapur

buffer lisis padatan berwarna bertujuan untuk
Garam dapur
- dimasukkan putih, berbau khas memudahkan
sebanyak ½ - Deterjen : cairan pemisahan benang-
sendok teh ke berwarna merah muda benang DNA dari
dalam wadah
- Air : cairan tidak larutan dan untuk
- ditambahkan
1/3 cangkir berwarna, tidak berbau memudahkan
air - Larutan buffer lisis kotoran-
- ditambahk
: larutan berwarna kotorannya
an 1
sendok merah muda sehingga benang-
makan ,berbau khas benang DNA
deterjen tersebut mudah
Larutan buffer lisis diamati.
 Deterjen
berfungsi untuk
melisis sel pada
sampel.
2. b. Isolasi Sampel 1 (Tomat  Proses penghalusan
Tomat Ceri)
sampel bertujuan
Tomat
- dipotong untuk memisahkan
menjadi bagian- antara sel yang satu
bagian yang dengan yang
lebih kecil
lainnya sehingga
- ditimbang
sebanyak 30 akan memberikan
Tomat ceri kulit dan dagingnya
gram hasil yang lebih
- dimasukkan ke berwarna merah, berbentuk bulat
optimal ketika
dalam plastik dan berukuran kecil.
- dihalus proses ekstraksi,
Tomat halus : berwarna selain itu juga
kan
orange, berbau khas proses penghalusan
Sampel
ini mempermudah
halus

- ditambahkan 3
 sendok makan
larutan buffer lisis
- diaduk
- disaring
Filtrat Tomat halus + larutan buffer lisis : dalah proses

- Ditambahkan ¼ larutan berwarna orange berbau khas pelisisan sel, karena

cangkir etanol dingin tumbuhan memiliki
secara pelan Filtrat : larutan berwarna orange,
dinding sel.
- Didiamkan hingga berbau khas
terbentuk dua lapisan
- Dipilin benang DNA Alkohol 70% : larutan tidak berwarna,  Proses penembahan
yang telah terbentuk berbau khas larutan buffer lisis
DNA buah yang didalamnya
Filtrat + alkohol 70% : larutan
mengandung garam
- Disimpan dalam berwarna orange, berbau khas
larutan etanol 70% dan deterjen
- Dikeluarkan dari Didiamkan selama 15 menit terbentuk bertujuan untuk
dalam larutan etanol
dua lapisan melarutkan DNA
- Dikeringkan selama
10 menit yang dihasilkan
Lapisan atas berwarna orange seulas,
- Dimasukkan ke pada sampel tomat
dalam wadah kecil lapisan bawah berwarna orange
dan menjada DNA
berisi 0,5 mL larutan
running buffer agar tidak mudah
rusak.
DNA siap uji

 Penambahan alkohol
dingin berfungsi
untuk mengikat pita
DNA yang telah
terkumpul karena
Sampel 2 (Tomat Merah) pemekatan oleh
garam. Hal tersebut
dapat terlihat dengan
terbentuknya 2
lapisan ketika telah
ditambahkan
alkohol.
Kulit dan dagingnya berwarna merah,  Alkohol yang
berbentuk bulat lonjong dan ditambahkan harus
berukuran besar. dalam keadaan
dingin, hal ini
Tomat halus : berwarna orange
bertujuan agar
kemerahan, berbau khas
proses presipitasi
Tomat halus + larutan buffer lisis : berlangsung
larutan berwarna orange kemerahan, sempurna.
berbau khas
 Hasil yang diperoleh
Filtrat : larutan berwarna orange,
dari isolasi DNA
berbau khas
dari berbagai jenis
Alkohol 70% : larutan tidak berwarna, buah tomat yaitu
berbau khas pada tomat ceri
DNA yang
Filtrat + alkohol 70% : larutan
dihasilkan berwarna
berwarna orange, berbau khas
merah keorangean
Didiamkan selama 15 menit terbentuk sedangkan pada
dua lapisan tomat merah besar
berwarna orange
Lapisan atas berwarna orange seulas,
dan pada tomat hijau
lapisan bawah berwarna orange
berwarna hijau.

Sampel 3 (Tomat Hijau)

 Kulit dan daging buahnya berwarna
hijau, berbentuk bulat

Tomat halus : berwarna hijau muda,

berbau khas

Tomat halus + larutan buffer lisis :

larutan berwarna hijau, berbau khas

Filtrat : larutan berwarna hijau, berbau

khas

Alkohol 70% : larutan tidak berwarna,

berbau khas

Filtrat + alkohol 70% : larutan

berwarna hijau, berbau khas

Didiamkan selama 15 menit terbentuk

dua lapisan

Lapisan atas berwarna hijau seulas,

lapisan bawah berwarna hijau
DNA dipilin dan disimpan dalam
larutan alkohol 70%

DNA yang dihasilkan:

Sampel 1 (Tomat Ceri)

Sampel 2 (Tomat Merah)

Sampel 3 (Tomat Hijau)

 DNA disimpan dalam larutan running
buffer dan siap untuk karakterisasi

Karakterisasi DNA

No Langkah Kerja Pengamata Analisis

n
1. a. Penyiapan larutan Baking soda : padatan berwarna putih,  Penggunaan baking
running buffer berbau khas soda pada larutan
Baking soda
running buffer,
Air : cairan tidak berwarna,
- Dimasukkan dikarenakan baking
tidak berbau
sebanyak 1
soda memiliki efek
sendok
teh ke dalam seperti buffer yaitu
Larutan running buffer : larutan
wadah dapat
- Dilarutkan dalam berwarna putih keruh, berbau
mempertahankan
400 mL air khas
nilai pH
Larutan running buffer

2. b. Pembuatan sel  Larutan buffer terbuat dari  Gel atau agar-agar

alat campuran air dengan baking berfungsi sebagai
elektroforesis
soda tempat migrasi
Bubuk agar
 Larutan buffer : larutan DNA sampel
- Dilarutkan
berwarna putih keruh dan tidak  Larutan buffer
sebanyak
½ sendok teh berbau. yang digunakan
dalam 200 mL  Pemberian sisir berfungsi untuk memiliki
larutan buffer
membentuk sumur atau lubang konsentrasi yang
sambil dipanaskan
sampai mendidih yang nantinya akan diisi oleh DNA kecil yaitu 1%. Hal
- Didinginkan yang akan diuji. tersebut disebabkan
sampai hangat  Sisa larutan buffer yang karena semakin
kuku
- Dimasukkan ditambahkan ke dalam agar-agar besar konsentrasi
ke dalam yang sudah mengeras sampai
wadah yang menutupi seluruh bagian agar-
sudah agar.
ditempelkan
sisir sampai
sisir
terendam sekitar
0,5
 cm (sisir ditempelkan larutan buffer yang
0,5 cm di atas dasar digunakan maka
wadah
akan
- Dibiarkan hingga
memadat memperhambat
proses migrasi/
Agar memadat
pergerakan DNA
- Dipotong kedua
sampel
bagian ujung agar
dan disingkirkan  Larutan buffer
- Ditempelkan kawat pada proses ini
pada bagian yang
berfungsi sebagai
kosong
- Dicabut sisir secara penstabil medium
perlahan yang digunakan
- Ditambahkan larutan
(agar-agar) dan
buffer sampai
menutupi agar-agar sebagai ion
penghantar
Set alat elektroforesis
sehingga DNA
dapat bergerak
dari kutub negatif
ke kutub positif.

3. Pembuatan larutan Gliserin : Cairan tidak berwarna  Penambahan

loading buffer hingga kuning, tidak berbau, berasa pewarna makanan
Gliserin manis, bertekstur kental bertujuan untuk

- Diambil sebanyak 0,5 mempermudah

mL dalam melihat
- Ditambahkan 1 tetes mobilitas /
pewarna makanan
pergerakan DNA
- Ditambahkan 0,1 mL
air sampel.

Larutan loading buffer

4. Proses elektroforesis  Saat proses elektroforesis  Pergerakan DNA

DNA hasil berlangsung sampel yang sudah dipengaruhi oleh

diberi pewarna makanan akan berat molekul
- Diambil sebanyak 0,5
mL bergerak dari kutub negatif ke kutub  Semakin kecil
- Ditambahkan 0,1 mL positif dengan jarak tertentu di berat molekul dari
larutan loading buffer mediumnya (agar-agar). DNA maka
- Dimasukkan ke
pergerakannya
dalam sumur
elektroforesis akan semakin
Saat penambahan sampel yang telah di
- Dihubungkan dengan cepat sehingga
arus listrik pada beri warna pada media agar-agar.
jarak yang
baterai
- Diamati dihasilkan jauh,
perubahannya sedangkan semakin
Hasil besar berat
molekul dari DNA
maka
pergerakannya
 Saat proses pengaliran arus listrik
lambat, sehingga
jarak yang
dihasilkannya pun
pendek.

 setelah dilakukan pemisahan selama

1 jam

Sumber :
https://youtu.be/00fObSoHYGU
E. Pembahasan
Percobaan yang dilakukan adalah isolasi dan karakterisasi DNA dari tomat
menggunakan material lokal. Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mengetahui hasil
isolasi DNA pada sampel tomat, dan mengetahui pola migrasi DNA pada sampel tomat.
Molekul DNA dalam suatu makhluk hidup dapat diperoleh dengan cara di isolasi.
Isolasi DNA ialah suatu metode yang digunakan mendapatkan senyawa DNA suatu
makhluk hidup. Isolasi DNA memiliki tiga prinsip dasar, yakni penghancuran (lisis),
ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan lainnya, serta pemurnian DNA atau purifikasi
(purification) DNA. Pada percobaan ini, isolat DNA yang telah didapatkan selanjutnya
akan dikarakterisasi dengan metode elektroforesis gel untuk mengetahui apakah isolat
yang diperoleh merupakan senyawa DNA atau bukan. Pada percobaan isolasi dan
karakterisasi DNA, digunakan buah-buahan yang tersedia di lingkungan sekitar pada
praktikum ini digunakan sampel tomat. Tomat memiliki tekstur yang lunak sehingga
memudahkan dalam proses awal isolasi DNA, yakni saat lisis sel. Alat dan bahan yang
digunakan dalam percobaan ini menggunakan alat dan bahan lokal atau yang tersedia di
lingkungan sekitar.
Tahap pertama dilakukan penghancuran dinding sel (proses lisis). Tahap ini
dilakukan secara fisik dan secara kimiawi. Penghancuran dinding sel secara fisik
dilakukan menggunakan cara penumbukan. Penghalusan sampel menggunakan
tumbukan akan memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil
yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya. Sedangkan penghancuran dinding sel
secara kimiawi dilakukan menggunakan larutan buffer lisis. Buffer lisis yang terdiri dari
sabun detergen cair dan garam dapur sebagai pengganti SDS dapat melarutkan membran
sel yang mengandung lipid sehingga membran sel pecah dan sel akan lebih mudah
terekstrak. Langkah ini merupakan langkah yang sangat penting dan harus benar-benar
diperhatikan dalam ekstraksi DNA. Semakin halus, maka DNA yang akan di ekstrak pun
akan lebih mudah, begitu juga sebaliknya. Hal tersebut dapat terjadi karena apabila bahan
uji masih dalam substrat yang belum hancur sempurna, maka ada beberapa bagian yang
nantinya tidak terjadi ekstraksi dan hanya ada pada bagian luarnya saja. Saat
penghancuran, terjadi pelepasan senyawa polifenol dan polisakarida. Plolifenol yang
teroksidasi akan terikat kovalen dengan DNA, sedang polisakarida mengalami
koprespitasi dengan asam nukleat dengan penambahan alkohol, terbentuk matriks seperti
lem. Kekuatan mengikat lemak jauh lebih tinggi pada sabun cuci piring, tetapi kekuatan
mengikat airnya lebih rendah daripada detergen. Penambahan detergen menyebabkan
rusaknya membran sel melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik detergen
dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa “lipi protein-detergen
kompleks”. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel,
sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis.
Tahap selanjutnya adalah tahap ekstraksi. Tahap ini bertujuan untuk memisahkan
DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan dengan cara hati-hati, sehingga tidak
menyebabkan kerusakan pada DNA. Sampel yang sudah dihaluskan dan dicampur
dengan larutan buffer lisis kemudian disaring. Penyaringan ini berfungsi untuk
mengumpulkan larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel
dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. Selanjutnya, filtrat akan
ditambahkan alkohol dingin secara perlahan melalui dinding gelas. Alkohol dingin
berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul kerena pemekatan oleh
garam, karena kerapatan alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan air maka alkohol
akan berada di bagian atas larutan pada tabung reaksi. Strand-strand DNA yang terikat
oleh alkohol akan nampak sebagai benang-benang putih yang terapung di atas filtrat.
Setelah penambahan alkohol dingin, terlihat kumpulan benang-benang putih yang
melayang-layang di permukaan wadah. Benang-benang tersebut merupakan DNA yang
terpresipitasi dari filtrat. Berdasarkan hasil pengamatan, DNA dari ekstrak tomat ceri
lebih banyak dihasilkan daripada tomat hijau dan merah. Hal ini disebabkan karena tomat
merah dan hijau memiliki kadar air yang relatif tinggi. Kadar air dalam buah
mempengaruhi waktu yang digunakan dalam presipitasi DNA. Semakin tinggi kadar air
dalam buah, semakin lama pula waktu yang diperlukan dalam mempresipitasi DNA. Ini
dikarenakan buah yang memiliki kadar air yang banyak, memiliki sel-sel yang lebih
sedikit dibandingkan dengan kadar air yang dikandungnya. Buah yang memiliki
kandungan air yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga DNA
yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat di permukaan wadah. Lalu, DNA
dari ekstrak tomat hijau dan merah terlihat halus dan sulit untuk dipintal, sedangkan DNA
dari ekstrak tomat ceri terlihat lebih padat. Benang-benang DNA yang terbentuk diatas
permukaan diambil menggunakan diambil dan disimpan untuk proses selanjutnya.
Selanjutnya adalah tahap karakterisasi DNA menggunakan elektroforesis. Tahap
ini bertujuan untuk mendeteksi apakah hasil yang didapatkan dari isolasi adalah DNA
atau bukan. Prinsipnya adalah pemisahan molekul dan partikel berdasarkan perbedaan
medan listrik, molekul dan partikel bermuatan yang bergerak ke arah elektroda yang
memiliki
muatan berlawanan di bawah pengaruh medan listrik. Pada percobaan ini digunakan
material lokal untuk mengganti material standar. Seperti penggunaan larutan running
buffer yang biasanya TAE (Tris-asetat EDTA) atau TBE (Tris-borat EDTA), diganti
dengan campuran baking soda dan air. Larutan running buffer berfungsi untuk
memfasilitasi hantaran arus listrik. Selanjutnya, gel agarosa diganti dengan agar-agar,
karena teksturnya yang begitu mirip. Larutan agar-agar dibuat dengan cara melarutkan
serbuk agar-agar dalam larutan running buffer sambil dipanaskan. Konsentrasi dari agar-
agar perlu diperhatikan karena akan mempengaruhi laju migrasi. Sisir elektroforesis yang
biasa digunakan diganti dengan sisir yang terbuat dari stik es krim. Sisir ini berfungsi
untuk membuat sumur pada agar-agar yang akan digunakan untuk meletakkan larutan
DNA yang akan dikarakterisasi. Sumur dibuat dekat dengan kutub negatif. Hal ini
dikarenakan DNA memiliki muatan negatif, sehingga DNA akan bermigrasi dari kutub
negatif menuju kutub positif. Dengan demikian akan terlihat hasil isolasi pada tahap
sebelumnya adalah DNA atau bukan.
DNA hasil isolasi sebelum dikarakterisasi dengan elektroforesis harus
dicampurkan terlebih dahulu dengan larutan loading buffer. Sumber listrik yang
digunakan berasal dari baterai 9 volt yang disusun menjadi tiga buah, sehingga tegangan
listrik yang digunakan sebesar 27 volt. Setelah elektroforesis dilakukan selama 6 jam,
terlihat DNA tomat bergerak maju. Di dalam zat cair viskositas dihasilkan oleh gaya
kohesi antara molekul zat cair. Gaya ini disebut gaya Stoke.

Faktor – faktor yang menentukan kecepatan migrasi DNA:

1. Ukuran molekul DNA. Fragmen DNA yang berukuran besar akan bermigrasi
lebih lambat dibandingkan dengan fragmen DNA yang berukuran lebih kecil.
2. Konsentrasi agarosa. Migrasi molekul DNA pada konsentrasi lebih tinggi
 lebih lama daripada migrasi molekul DNA yang berkosentrasi rendah
3. Konformasi DNA. Konformasi rangkaian molekul DNA yang berukuran sama
akan bermigrasi dengan kecepatan yang berebda
4. Voltase yang digunakan. Pada coltase rendah, kecepatan migrasi DNA
sebanding dengan tingginya voltase yang digunakan. Tapi ketika voltase
dinaikkan, akan mengakibatkan pemisahan DNA dalam sel menurun.
F. Kesimpulan
Pada percobaan isolasi dan karakterisasi DNA pada sampel buah tomat ceri,
merah dan hijau, diperoleh bahwa benang DNA dengan warna yang berbeda. DNA buah
tomat ceri berupa benang halus berwarna oranye muda serta DNA tomat merah berupa
benang halus berwarna orange kemerahan dan DNA tomat hijau berupa benang halus
berwarna hijau. Pada tahap isolasi, DNA banyak didapatkan pada tomat ceri. Warna
benang halus DNA yang diperoleh sama dengan warna asli sampel serta komponen yang
berhasil di isolasi merupakan DNA. Pada DNA buah tomat ceri diperoleh dua fragmen
DNA berwarna biru dan kuning. Fragmen DNA berwarna kuning memiliki ukuran yang
lebih kecil dibanding fragmen DNA berwarna biru.
 DAFTAR PUSTAKA

Badan Pusat Statistik (2017). Statistik Tanaman Sayuran dan Buah‐buahan Semusim Indonesia
2017.
Campbell, Neil A. dkk. 2002. Biologi Jilid 1 Edisi 3. Jakarta: Erlangga.

Darnell, J., Lodish, H., dan Baltimore, D. (1994). Molecular Cell Biology 2nd edition.
New York: Scientific American Book, Inc.
Faatih, M. (2009). Isolasi dan digesti DNA kromosom. J Penelitian Sains Dan Teknologi,
20(1), 61–67.
Gardjito. (2013). Bumbu, Penyedap, dan Penyerta Masakan Indonesia. Jakarta:
Gramedia. Istanti, A.. (1999). Biologi Sel. Malang: Universitas Malang.
Lewis, R. (2003). Human genetics: Concepts and Applications. Boston: The McGraw-
Hills Company, Inc.
Lusiana, 2015. Pertumbuhan dan Hasil Berbagai Genotipe Tanaman Tomat (Licopersicum
esculentum Mill) Di Dataran Medium Tanjungsari, Kabupaten Sumedang. Jurnal
Agrorektan. 2 (1).
Pierce, A. G.et al. 2005. At A Glance Ilmu Bedah. Jakarta: Erlangga.
Surzycki, S. (2000). Basic Techniques in Molecular Biology. Spinger-Verlag. Berlin.
Heidelberg, New York.

Suryo, 2004. Genetika Strata 1. Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta.

U.S. National Library of Medicine, 2021. What is DNA?. Diakses dari :

https://medlineplus.gov/genetics/understanding/basics/dna/. Diakses pada 28 Mei 2021.
Voet, D. & Voet, G. J. (2011). Biochemistry fourth edition. USA : Wiley & Sons.
Wiryanta, B. T. W. (2002). Bertanam tomat. AgroMedia.

Yuwono, T. (2008). Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga

 LAMPIRAN

Gambar 1. Alat dan bahan yang digunakan Gambar 2. Terbentuk 2 lapisan

Gambar 3. DNA setelah dipilin Gambar 4. Proses dipilin

Gambar 5. Proses Penyaringan Gambar 6. Proses penumbukkan tomat