LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

“ISOLASI DNA”

Disusun Oleh:
Nama : Awal Josua Aritonang
NIM : 205040201111095
Kelas :H
Asisten : Alzena Aufannisa Syahda

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2021
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Deoxyribonucleic acid (DNA) isolasi adalah proses ekstraksi DNA dari
berbagai sumber. Sumber untuk isolasi DNA sangat beragam. Pada dasarnya dapat
diisolasi dari organisme hidup atau mati. Sumber-sumber umum untuk isolasi DNA
meliputi seluruh darah, rambut, sperma, tulang, kuku, jaringan, noda darah, air liur,
bukal (pipi) kapas, selepitel, dan urin.
Isolasi DNA adalah salah satu teknik dasar untuk mempelajari bidang
bioteknologi dan biomolekuler dalam laboratorium dengan tujuan diantaranya yaitu
untuk memisahkan DNA dari partikel molekul seperti protein, polisakarida dan
lipid. Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel.
Proses ini sangat penting untuk penghancuran struktur protein dan memungkinkan
untuk pelepasan asam nukleat dari inti. Lisis dilakukan dalam larutan garam,
deterjen yang mengandung protein denaturasi atau protease (enzim mencerna
protein), seperti proteinase. Sebagai mahasiswa pertanian, sangat perlu untuk
mengetahui bagaimana cara atau teknik serta tahapan dalam pengisolasian DNA.
Oleh sebab itu untuk mengetahui secara jelas bagaimana isolasi DNA dapat terjadi
dan tahapan-tahapan apa saja yang dilakukan maka perlu dilakukan praktikum
isolasi DNA ini.

1.2. Tujuan
Adapun tujuan dilakukannya praktikum ini adalah sebagai berikut :
1. Untuk Mengetahui definisi asam nukleat
2. Untuk mengetahui definisi isolasi DNA
3. Untuk mengetahui Struktur dan fungsi DNA
4. Untuk mengetahui tahapan-tahapan isolasi DNA
5. Untuk mengetahui manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian
1.3. Manfaat
Dengan diadakannya praktikum isolasi DNA ini, praktikan atau mahasiwa
menjadi paham dan mengerti tentang pengertian isolasi DNA dan asam nukleat.
Selain itu mahasiswa atau praktikan juga dapat mengetahui struktur dan fungsi
DNA serta tahapan-tahapan yang terjadi pada isolasi DNA. Mahasiswa atau
raktikan juga mengerti dan mengetahui bahwa isolasi DNA berguna dalam bidang
pertanian.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Definisi Asam Nukleat (2 Indonesia+ 1 Inggris dan terjemahan)

Menurut Suharsono (2018), asam nukleat merupakan salah satu
makromolekul dari biokimia dengan sistem dan struktur yang kompleks, memiliki
banyak molekul yang berkhasiat tinggi serta disusun oleh rantai-rantai nukleotida
yang tentunya sudah menyimpan informasi genetik.
Asam nukleat adalah adalah biopolymer yang memiliki molekul berbobot
tinggi yang dimana susunan unit atau satuan monomernya yaitu mononukleotida
yang menyimpan dan mentransfer genetik bagi setiap masing-masing sel
(Rahmadina, 2019).
Nucleic acids are high molecular mass compounds found in all living cells
and viruses and are essential to all known forms of life. These nucleic acid
molecules fold from 3 dimensions (3D) to form certain ligands, sensors, and
catalysts and come together to form the same molecule with genetic, genotype and
phenotypic information (Wachowius, 2017). Dalam bahasa Indonesia asam nukleat
adalah senyawa bermassa molekul tinggi yang ditemukan di semua sel hidup dan
virus dan penting untuk semua bentuk kehidupan yang diketahui. Molekul asam
nukleat ini terlipat dari 3 dimensi (3D) membentuk ligan, sensor, dan katalis
tertentu serta menyatu kembali membentuk molekul yang sama informasi genetik,
genotip dan fenotipnya.

2.2. Defenisi Isolasi DNA (1 Indonesia + 1 Inggris)

Menurut Hariyadi et al., (2018), Isolasi DNA adalah salah satu teknik dasar
untuk mempelajari bidang bioteknologi dan biomolekular dalam laboratorium
dengan tujuan diantaranya yaitu untuk memisahkan DNA dari partikel molekul
seperti protein, polisakarida dan lipid.
DNA issolation is the use of DNA for analysis or manipulation usually
requires that it is isolated and purified to a certain extent (Wilson et al., 2010).
Dalam Bahasa Indonesia memiliki arti bahwa isolasi DNA adalah teknik untuk
menganalisis DNA baik kegunaannya setelah dilakukan isolasi dan murni
kandungannya.
2.3. Struktur DNA beserta fungsinya
2.3.1 Struktur DNA
Menurut Priyani (2004), DNA memiliki dua struktur tang dimana
terdapatnya struktur kimia dari DNA dan struktur fisik dari DNA. Struktur fisik
Dna diartikan bahwa ketika dua rantai gula fosfat ini memiliki arah yang berbeda
dan mengakibatkan basa-basa nitrogen menjadi berpasangan secara komplemen.
Sedangkan struktur kimia dari DNA maksudnya adalah bahwa setiap molekul DNA
tersusun dari beberapa sub unit deoksiribonukleotida monofosfat.

Sumber: (Hasan, 2016)

Setiap unit atau bagian tersebut nantinya tersusun kembali dari beberapa
kelompok fosfat yang berikatan dengan gula pada atom karbon. Nukleotida dalam
DNA tersebut nanti akan dihubungkan dari satu dengan yang lainnya sehingga
kelompok fosfat yang berikatan dengan gula pada atom karbon no. 5 dengan Carbon
no.3 dari gula berikutnya dapat membentuk ikatan fosfodiester dan satu buah fosfat
dengan satu basa nitrogen. Basa nitrogen inilah yang akan menyusun nukleotida
yang dikelompokkan menjadi dua basa yaitu:
● Purine, yang artinya basa nitrogen yang strukturnya terdiri dari dua cincin.
Contohnyanya adalah adenin dan guanin.

Sumber: (Hasan, 2016)

● Pirimidin, yang artinya basa nitrogen yang strukturnya hanya terdiri dari satu
cincin. Contohnya adalah sitosin dan timin.

Sumber: (Hasan, 2016)

Watson dan Crick juga menemukan bahwa DNA ini memiliki struktur
double helix yang setiap molekulnya terdiri dari dua rantai polinukloeotida yang
tersusun secara anti paralel.

Sumber: (Hasan, 2016)

Dimana setiap nukleotida ini terdiri dari 3 gugus molekul, diantaranya

adalah gula 5 karbon, 2 basa nitrogen golongan purin (adennin dan guanin) dan
golongan pirimidin (sitosin dan timin), serta gugus fosfat. Vasa nitrogen inilah
nantinya yang akan memiliki peran dalam membawa informasi genetik sedangkan
gula dan fosfat berperan penting sebagai peranan struktural.

2.3.2 Fungsi DNA

Pada umumnya DNA dapat diartikan sebagai senyawa kimia yang paling
penting bagi makhluk hidup karena membawa keterangan genetik dari sel
khususnya dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Menurut Effendi (2020)
adapun fungsi DNA yaitu:

1. Sebagai pengidentifikasi gen ketika hendak menentukan garis keturunan

sehingga dapat diteruskan.
2. Pengatur perkembangan dan proses metabolisme tubuh.
3. Sebagai zarah sendiri dalam kromosom.
4. Pembentuk dan pengontrol sintesis protein.

2.4. Tahapan Isolasi DNA

Menurut Faatih (2009) terdapat dua prinsip atau cara dalam isolasi DNA,
yaitu :
a) Sentrifugasi, merupakan teknik dengan tujuan memisahkan campuran
berdasarkan berat dari molekul komponennya.
b) Presipitasi, merupakan cara atau langkah yang dilakukan dengan tujuan
untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran.
Sedangkan untuk Langkah-langkah yang sering dilakukan dalam
pengisolasian DNA ini terbagi menjadi tiga diantaranya adalah pengumpulan sel-
sel, pemecahan sel (lisis) atau pencernaan protein, dan pengendapan DNA.
Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu:
1) Isolasi sel
Tahap ini merupakan tahapan pertama dalam isolasi DNA ini.
Untuk perlakuan pada tahap ini adalah mengisolasikan DNA berupa
jaringan yang ingin digunakan.
2) Lisis dinding dan membran sel
Pada tahap kedua ini akan dilakukan pelilisan dinding dan membran
sel dengan cara penghomogennan melalui larutan pelisis sel. Pada tahap ini
sentrifugasi memiliki kecepatan lebih dari 10.000 rpm dengan dukungan
jika menggunakan larutan pelisis sel. Kemudian initi sel harus dilisiskan,
hal ini dikarenakan susbstansi gennya banyak berada didalamnya. Inti sel
sendiri dapat dipisahkan dari beberapa komponen molekul sel yang tidak
berfungsi sama sekali.
 3) Ekstraksi dalam larutan
Tahap ketiga ini adalah tahap dimana supernatant yang sudah
terbentuk akan dibuang dan setelah itu akan dilakukan kembali ekstraksi di
dalam larutan tersebut. Hal ini bertujuan memisahkan DNA dari protein,
lipid melalui cara pengocokan.
4) Purifikasi
Pada tahap ini DNA akan dibersihkan dari hasil ekstrak dengan zat-
zat lainnya. Dalam artiannya tahap ini adalah tahap pemurnian DNA dengan
memberikan RNAse pada larutan dan setelah itu di inkubasika sekitar 10
menit dengan suhu 65◦C. tujuan dari diberikannya RNAse adalah untuk
menyingkirkan kontaminasi RNA sehingga DNA dapat terisolasi dengan
baik dan utuh.
5) Presipitasi.
Tahap ini adalah tahap terakhir dimana tujuan dari perlakuan tahap
ini adalah untuk mengendapkan protein histon, sehingga untaian-untaian
DNAnya itu tidak dapat kembali menggulung kepada bentuk smeula dan
mengalami pengikatan kembali dengan protein histon tersebut.pengendapan
ini dapat terjadi dikarenakan pada larutan prepitasi protein tersebut sudah
ditambahkan ammonium asetat yang dimana jika berikatan dengan protein
akan membentuk sebuah senyawa baru dengan tingkat kelarutan yang
sangat rendah.

2.5. Manfaat Isolasi DNA Dalam Bidang Pertanian

DNA merupakan salah satu bagian dari struktur makhluk hidup yang
menyimpan dan membawa materi genetik. Pengisolasian DNA ini memiliki tujuan
untuk memperkenalkan bagaimana DNA pada setiap makhluk hidup. Isolasi DNA
ini juga berfungsi dalam rekayasa genetika berbagai tumbuhan. Isolasi DNA
tersebut termasuk kedalam teknik molekuler yang dilakukan dengan
pengekstrasian. Hal tersebut sesuai dengan pernyataan Syafaruddin et al., (2011)
yang mengatakan bahwa untuk memperoleh atau mengetahui kualitas suatu DNA,
harus dilakukan dengan pengekstrasian karena merupakan syarat dasar dalam
melakukan studi molekuler ini terutama dalam DNA.
 BAB III
PEMBAHASAN

3.1. Alat dan Bahan

3.1.1 Alat
Alat Fungsi
Mortar dan Pistil Untuk menghaluskan brokoli
Gelas Ukur Untuk mengukur volume larutan
Beaker glass Temapat mereaksikan bahan
Pipet tetes Untuk memindahkan cairan dari wadah
satu ke wadah yang lain.
Saringan Untuk menyaring campuran komposisi
tiap- tiap perlakuan

3.1.2 Bahan
Alat Fungsi
Brokoli Sebagai bahan atau sampel yang akan
diamati.
Detergen bubuk Berfungsi untuk melisis dinding sel
tumbuhan yang terdapat dalam larutan
sampel.
Garam Berfungsi untuk meminimalkan daya
ikatan antara DNA dan protein dengan
merusak keseimbangan muatan
negative dan positif antara keduanya.
Sehingga DNA akan lebih mudah
dilepaskan.
Alkohol 96 % Berfungsi untuk memisahkan
campuran larutan dan
3.2 Cara Kerja Kerja

Menyiapkan alat dan bahan

Menimbang sebanyak 5 gr pada tiga kali ulangan

Menghaluskan brokoli dengan mortar dan pistil

Menambahkan aquadest sebanyak 50 ml pada 3 kali ulangan dan beri tanda pada
gelas dengan perlakuan A, B, dan C.

Menimbang garam Menimbang garam 0,5 gr sebanyak satu kali ulangan,

menimbang garam 1 gr sebanyak dua kali ulangan, menimbang deterjen 0,5 gr
sebanyak satu kali ulangan, menimbang deterjen 1 gr sebanyak dua kali ulangan

Mengkomposisikan bahan A (0,5 g garam: 1 g detergen), perlakuan B (1 g garam:

1 g detergen), perlakuan C (1 g garam: 0,5 g detergen)

Campurkan komposisi bahan A kedalam gelas A dan dihomogenkan, lakukan hal

yang sama pada perlakuan B dan C

Menyaring perlakuan A dan dimasukkan ke wadah lain, lakukan hal yang sama
pada perlakuan B dan C

Mengambil 2,5 ml larutan dan memasukkannya ke dalam tabung reaksi pada

perlakuan A, B, dan C

Mengambil 5 ml alkohol dan dimasukkan ke dalam masing-masing tabung reaksi

Amati dan Catat hasil praktikum

3.3. Analisa Perlakuan
Langkah pertama sebelum melakukan praktikum ini adalah praktikan harus
menyiapkan alat dan bahan yang digunakan pada saat praktikum. Kemudian
menimbang brokoli sebanyak 5 gr dan diulang sebanyak 3 kali. Lalu menghaluskan
brokoli tersebut menggunakan mortal dan pistil. Setelah itu aquadest sebanyak 50
ml pada brokoli dan lakukan pada masing-masing ulangan serta homogenkan.
Jangan lupa untuk memberi tanda pada gelas yaitu A, B, dan C pada tiap-tiap
perlakuan.
Langkah kedua yaitu menimbang garam 0,5 gr sebanyak 1 kali ulangan.
Kemudian dilanjutkan dengan menimbang garam 1 gr sebanyak 2 kali ulangan.
Lalu lakukan juga penimbangan detergen 0,5 gr sebanyak 1 kali ulangan dan
menimbang detergen 1 gr sebanyak 2 kali ulangan. Kemudian komposisikan bahan
yang akan di homogenkan dengan gelas A yaitu 0,5 gr garam dan 1 gr detergen.
Pada perlakuan B yaitu 1 gr garam dan 1 gr detergen. Perlakuan C yaitu 1 gr garam
dan 0,5 gr detergen. Setelah itu mencampurkan komposisi bahan A kedalam gelas
A dan dihomogenkan. Begitu juga dengan komposisi bahan B dicampurkan ke
dalam gelas B dan dihomgenkan dan begitu juga selanjutnya pada komposisi bahan
C. Kemudian menyaring perlakuan A, B, dan C dan dimasukkan dalam wadah lain.
Lalu mengambil 2,5 ml larutan dan memasukkannya ke dalam tabung reaksi.
Lakukan tersebut pada tiap-tiap perlakuan baik A, B, dan C. Selanjutnya
mengambil 5 ml alkohol dan dimasukkan ke dalam masing-masing tabung reaksi.
Langkah terakhir mengamati dan mencatat hasil pengamatan.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Perlakuan Banyaknya gumpalan
No
Garam : Detergen
1 0,5 : 1 Sedang
2 1:1 Banyak
3 1 : 0,5 Sedikit

4.2 Pembahasan
4.2.1 Perlakuan A (0,5 g gram : 1 g detergen)
Pada perlakuan A ini menggunakan komposisi perbandingan garam dan
detergen sebesar 0,5 g : 1 g. Garam dan juga detergen bubuk ini digunakan untuk
melubangi dan merusak sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa keluar, sehingga
membentuk gumpalan. Pada komposisi ini dengan perbandingan garam 0,5 g dan
detergen 1 g terjadi banyaknya gumpalan yang sedang. Hal ini terjadi karena
detergen memiliki jumlah yang cukup besar daripada garam sehingga dinding sel
yang terpecahkan lumayan banyak. Hal tersebut juga didukung Wahyuni (2017)
yang mengatakan bahwa detergen ini berperan dalam melisiskan membran sel dan
mengurangi aktivifasi enzim nuklease yang merupakan enzim pendegradasi. Selain
itu banyaknya gumpalan ini dipengaruhi oleh jumlah garam yang digunakan. Pada
perlakuan A yang memiliki garam sebanyak 0,5 g menghasilkan gumpalan yang
lebih sedikit dibandingkan perlakuan B yang menggunakan garam sebanyak 1 g.
Hal tersebut juga sesuai dengan pernyataan Hapsari (2015) yang mengatakan di
dalam garam terdapat ion Na= yang berikatan dengan fosfat dan membentuk sebuah
gumpalan ketika hendak diamati.

4.2.2 Perlakuan B (1 g gram : 1 g detergen)

Pada perlakuan B ini menggunakan perbandingan garam dan detergen

sebesar 1 g : 1 g. Garam dan juga detergen bubuk ini digunakan untuk melubangi
dan merusak sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa keluar, sehingga membentuk
gumpalan. Pada komposisi pada perlakuan ini yaitu menghasilkan jumlah
gumpalan yang banyak dibandingkan dengan perlakuan A ataupun C, yang dimana
perlakuan B menghasilkan gumpalan lebih banyak dibandingkan perlakuan A
ataupun B. Hal ini dapat terjadi karena kedua komposisi ini seimbang. Hal tersebut
juga didukung Wahyuni (2017) yang mengatakan bahwa detergen ini berperan
dalam melisiskan membran sel dan mengurangi aktivifasi enzim nuklease yang
merupakan enzim pendegradasi. Selain itu Banyaknya gumpalan ini dipengaruhi
oleh jumlah garam yang digunakan. Pada perlakuan A yang memiliki garam
sebanyak 0,5 g menghasilkan gumpalan yang lebih sedikit dibandingkan perlakuan
B yang menggunakan garam sebanyak 1 g. Hal tersebut juga sesuai dengan
pernyataan Hapsari (2015) yang mengatakan di dalam garam terdapat ion Na= yang
berikatan dengan fosfat dan membentuk sebuah gumpalan ketika hendak diamati.

4.2.3 Perlakuan C (1 g gram : 0,5 g detergen)

Pada perlakuan C ini menggunakan perbandingan garam dan detergen

sebesar 1 g : 0,5 g. Garam dan juga detergen bubuk ini digunakan untuk melubangi
dan merusak sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa keluar, sehingga membentuk
gumpalan. Pada komposisi pada perlakuan ini yaitu menghasilkan jumlah
gumpalan yang lebih sedikit dibandingkan perlakuan A ataupun B. Hal ini terjadi
dikarenakan komposisi detergen lebih sedikit. Hal ini didukung oleh pernyataan
Mulyani et al., (2011) yang mengatakan bahwa pada saat pencucian DNA terdapat
garam-garam yang ikut mengendap bersama DNA sehingga tidak dapat terlisis
dengan baik membentuk gumpalan-gumpalan. Sehingga jika terlalu banyak garam
justru menimbulkan pelisisan dan gumpalan dalam jumlah yang sedikit.
 BAB V
PENUTUP

5.1. Kesimpulan
Isolasi DNA adalah salah satu teknik dasar untuk mempelajari bidang
bioteknologi dan biomolekular dalam laboratorium dengan tujuan diantaranya yaitu
untuk memisahkan DNA dari partikel molekul seperti protein, polisakarida dan
lipid. Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel.
Proses ini sangat penting untuk penghancuran struktur protein dan memungkinkan
untuk pelepasan asam nukleat dari inti. Langkah-langkah yang sering dilakukan
dalam pengisolasian DNA ini terbagi menjadi tiga diantaranya adalah pengumpulan
sel-sel, pemecahan sel (lisis) atau pencernaan protein, dan pengendapan DNA.
Sedangkan tahapan-tahapannya yaitu isolasi sel, lisis dinding dan membran sel,
ekstraksi dalam larutan, purifikasi, dan presipitasi. Pada praktikum ini, garam dan
detergen memiliki fungsi penting dalam membentuk banyaknya gumpalan-
gumpalan yang terjadi. Komposisi yang berbeda-beda pada setiap perlakuan
menimbulkan perbedaan yang berbeda-beda juga pada gumpalan yang dibentuk.

5.2. Saran
Diharapkan pada pertemuan selanjutnya asisten praktikum dan praktikan
dapat bekerja sama dengan lebih baik lagi. Pada pertemuan selanjutnya juga
diharapkan agar asisten praktikum dapat menjelaskan materi dengan baik.
 DAFTAR PUSTAKA

Effendi, Y. Buku Ajar Genetika Dasar. Penerbit Pustaka Rumah C1nta.

Faatih, M. 2009. Isolasi dan digesti DNA kromosom. Program Studi Biologi FKIP
Universitas Muhammadiyah, Surakarta.
Hapsari, A. I. (2015). Isolasi DNA Tanaman Bayam (Amaranthus sp.) dan Ikan
Lele (Clarias sp.) Sebagai KAjian Dalam Biologi Molekuler. Didaktika,
23- 30.
Hariyadi, S., Narulita, E., & Rais, M. A. 2018. Perbandingan Metode Lisis Jaringan
Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih
(Rattus norvegicus). In Proceeding Biology Education Conference:
Biology, Science, Enviromental, and Learning (Vol. 15, No. 1, pp. 689-
692).
Hasan, F. 2016. Modul Mata Pelajaran Biologi Kesehatan SMK : Hubungan
Kromosom, Gen, dan DNA Serta Kode Genetik. Pusat Pengembangan dan
Pemberdayaan Pendidik dan Tenaga Kependidikan Bisnis dan Pariwisata.
Mulyani, Y., Purwanto, A., & Nurruhwati, I. 2011. Perbandingan beberapa metode
isolasi DNA untuk deteksi dini koi herpes virus (KHV) pada ikan mas
(Cyprinus carpio L.). Jurnal Akuatika, 2(1).
Priyani, N. 2004. Sifat Fisik dan Kimia DNA. Program Studi Biologi dan Ilmu
Pengetahuan Alam, Universitas Sumatera Utara.
Rahmadina, R. 2019. Modul Ajar : Biokimia Dalam Kehidupan. Universitas Islam
Negeri Sumatera Utara, Medan.
Suharsosno, H. 2018. Asam Urat Gangguan Metabolisme Asam Nukleat. UPT
Perpustakaan Universotas Udanaya, Denpasar.
Syafaruddin, S., Randriani, E., & Santoso, T. J. (2011). Efektivitas dan efisiensi
teknik isolasi dan purifikasi DNA pada jambu mete. Journal of Industrial
and Beverage Crops, 2(2), 141601.
Wachowius, F. 2017. Nucleic Acids: Function and Potentialfor Abiogenesis.
Laboratory of Molecular Biology, 1-37.
Wahyuni, F, D. 2017. Biologi Molekuler. Program Studi Bioteknologi Fakultas
Ilmu-Ilmu Kesehatan Universitas Esa Unggul, Jakarta.
Wilson, K and John, W. 2010. Principles and Techniques of Biochemistry and
molecular Biology. Cambridge University Press,New York.
LAMPIRAN