A.

Judul Percobaan:
Isolasi DNA Ephitelial Mulut
B. Hari/Tanggal Mulai Percobaan:
Senin, 11 November 2019 pukul 09.30 WIB.
C. Hari/Tanggal Selesai Percobaan:
Senin, 11 November 2019 pukul 12.00 WIB.
D. Tujuan Percobaan:
1. Mampu mengerjakan isolasi DNA sesuai prosedur, dengan sampel DNA
diambil dari sel epithelial mulut
E. Dasar Teori
1. DNA
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk
kehidupan. DNA terdapat di nukleus, mitokondria, dan kloroplas. DNA
memiliki struktur helix utas ganda, yang mengandung komponen-
komponen gula pentosa (deoxiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa.
Satu sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan akan
diturunkan pada keturunannya (TimDosenBiokimiaUnesa, 2019). Struktur
DNA adalah sebagai berikut :

Secara struktural, DNA merupakan polimer nukleotida, di mana

setiap nukelotida tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat, dan basa nitrogen.
Polimer tersebut membentuk struktur dua untai heliks ganda yang disatukan
oleh ikatan hidrogen 9 antara basa-basa yang ada. Terdapat empat basa
dalam DNA, yaitu adenin (A), sitosin (C), guanin (G), dan timin (T). Adenin
akan membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin akan
membentuk tiga ikatan hidrogen dengan sitosin. Kombinasi jumlah dan
susunan yang terbentuk antara ikatan-ikatan basa ini memungkinkan setiap
indvidu memiliki cetak biru genetik yang spesifik dibandingkan organisme
lain. DNA memiliki fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita
Nukleotida memiliki tiga karakteristik komponen yaitu basa
nitrogen heterosiklik, gula pentosa dan gugus fosfat. Molekul nukleotida
yang gugus fosfatnya mengalami hidrolisis dinamakan dengan nukleosida.
Basa dan gula pentosa penyusun nukleotida merupakan bentuk senyawa
heterosiklik. Struktur nukleotida dan nukleosida dapat dilihat pada gambar
di bawah ini.

Gambar 1. Struktur Nuleotida

 Gambar 2. Struktur DNA dan Nukleotida

Basa nitrogen adalah informasi pusat yang membawa bagian dari

struktur nukleotida. Molekul-molekul ini, yang memiliki kelompok
fungsional yang berbeda, memiliki kemampuan yang berbeda untuk
berinteraksi satu sama lain. Seperti dalam gambar, pengaturan ide adalah
jumlah maksimum ikatan hidrogen antara nukleotida yang terlibat. Karena
struktur nukleotida, hanya nukleotida tertentu yang dapat berinteraksi
dengan yang lain. Gambar di atas menunjukkan ikatan timin dengan adenin,
dan ikatan guanin dengan sitosin. Ini adalah pengaturan yang tepat dan khas.

Formasi genap ini menyebabkan pelintiran pada struktur, dan mulus

jika tidak ada kesalahan. Salah satu cara protein dapat memperbaiki DNA
yang rusak adalah mereka dapat mengikat ke tempat yang tidak rata dalam
struktur. Bercak tidak merata terbentuk ketika ikatan hidrogen tidak terjadi
antara molekul nukleotida yang berlawanan. Protein akan memotong satu
nukleotida, dan menggantinya dengan yang lain. Sifat duplikat dari untaian
genetik memastikan bahwa kesalahan seperti ini dapat diperbaiki dengan
tingkat akurasi yang tinggi. (Nelson & Cox, 2008).
 Gula pada nukleotida gula. Terlepas dari nukleotida, gula selalu
sama. Perbedaannya adalah antara DNA dan RNA. Dalam DNA, gula 5-
karbon adalah deoksiribosa , sedangkan dalam RNA, gula 5-karbon adalah
ribosa. Ini memberi molekul genetik nama mereka; nama lengkap DNA
adalah asam deoksiribonukleat, dan RNA adalah asam ribonukleat. Gula,
dengan oksigen yang terpapar, dapat berikatan dengan gugus fosfat dari
molekul berikutnya. Mereka kemudian membentuk ikatan, yang
menjadi tulang punggung gula-fosfat . Struktur ini menambah kekakuan
pada struktur, karena ikatan kovalen yang mereka bentuk jauh lebih kuat
daripada ikatan hidrogen antara dua untaian. Ketika protein datang untuk
memproses dan mengubah posisi DNA, mereka melakukannya dengan
memisahkan untaian dan membaca hanya satu sisi. Ketika mereka lewat,
untaian materi genetik kembali bersatu, didorong oleh ketertarikan antara
basis nukleotida yang berlawanan. Tulang punggung gula-fosfat tetap
terhubung sepanjang waktu. (Lodish, et al., 2008).

Bagian terakhir dari struktur nukleotida, gugus fosfat, mungkin

akrab dari molekul ATP penting lainnya. Adenosine triphosphate, atau
ATP, adalah molekul energi yang diandalkan oleh sebagian besar kehidupan
di Bumi untuk menyimpan dan mentransfer energi di antara berbagai
reaksi. ATP mengandung tiga kelompok fosfat, yang dapat menyimpan
banyak energi dalam ikatannya. Tidak seperti ATP, ikatan yang terbentuk
dalam nukleotida dikenal sebagai ikatan fosfodiester , karena terjadi antara
gugus fosfat dan molekul gula. Selama replikasi DNA, suatu enzim yang
dikenal sebagai DNA polimerase menyusun basa nukleotida yang benar,
dan mulai mengorganisasikannya terhadap rantai yang dibacanya. Protein
lain, DNA ligase , menyelesaikan pekerjaan itu dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara molekul gula dari satu basa dan gugus fosfat dari basa
berikutnya. Ini menciptakan tulang punggung molekul genetik baru, yang
 dapat diturunkan ke generasi berikutnya. DNA dan RNA mengandung
semua informasi genetik yang diperlukan agar sel dapat berfungsi.
(Hartwell, Hood, Goldberg, Reynolds, & Silver, 2011).

2. Epithelium Mulut

Jaringan epithelium (ephitelial tissue) terdapat dalam wujud lapisan-

lapisan sel yang terkemas dengan rapat. Pada banyak epithelium, sel-sel
tersebut menjadi satu oleh tight junction (persambungan ketat). Permukaan
bebas pada epitelium itu terpapar ke udara atau cairan, sementara sel-sel
yang berada bagian dasar rintangan itu melekat ke suatu membran
basal.Jaringan lunak mulut terdiri dari mukosa pipi, bibir, ginggiva, lidah
palatum, dan dasar mulut. Mukosa pipi merupakan lapisan epitel dengan
bentuk sel skuamosa (sisik), disepanjang pipi sebelah dalam melebar depan
hingga bibir dalam atas dan bawah. Fungsi mukosa adalah merupakan barier
(pelindung), sebagai bagian dari sistem imun non spesifik agar mikroba atau
faktor penjejas tidak masuk kedalam tubuh. Mukosa sangat berperan pada
kesehatan di dalam rongga mulut karena pada keadaan normal, integritasnya
berfungsi untuk menahan penetrasi mikroorganisme. Daerah yang agak
rawan di dalam rongga mulut adalah pertemuan antara gusi dan gigi
(Roeslan, 2002).
3. Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan teknik yang penting dalam pengembangan

ilmu ini. Derajat kemurnian dan kualitas dalam isolasi DNA sangat
mempengaruhi hasil yang akan diperoleh. Secara umum, prosedur ekstraksi
yang baik untuk isolasi DNA mencakup tiga hal penting, yaitu harus bisa
dihasilkan DNA dengan kemurnian yang tinggi, DNA nya harus utuh, dan
jumlahnya mencukupi (Clark, 1964). Isolasi DNA juga merupakan langkah
pertama dalam studi sekuen DNA dari populasi DNA kompleks dan dalam
analisis struktur genom dan ekspresi gen. DNA dapat diisolasi, baik pada
manusia maupun tumbuhan. Isolasi DNA merupakan langkah tepat untuk
mempelajari DNA.

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan

berbagai macam sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun
tumbuhan. Upaya untuk mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan
merusak dinding dan membrane sel dan juga membran inti. Cara yang
digunakan untuk merusak membran-membran tersebut sangat beraneka
ragam, misalnya dengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal
dan pistil. Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel dapat
pula dirusak dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia. Adapun
manfaat dari isolasi DNA antara lain (Asris, 2010)

a) Mendapatkan DNA murni yang akan digunakan dalam

percobaan laboratorium tertentu.

b) Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel.

c) Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan secara

enzimatik melalui teknik Hibridisasi Southern

d) Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan pustaka

genomik.

e) Isolasi plasmid atau DNA fase dalam prosedur rutin peminakan

DNA.
Isolasi DNA merupakan langkah awal yang harus dikerjakan dalam
rekayasa genetika sebelum melangkah ke proses selanjutnya. Prinsip-
prinsip isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan presipitasi
a. Sentrifugasi
Merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah
tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung.
Teknik sentrifugasi dilakukan oleh mesin yaitu mesin sentrifugasi
dengan kecepatan yang bervariasi. Hasil sentrifugasi akan
 menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatant di
bagian atas, dan pelet di bagian bawah.
b. Presipitasi
Merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan
suatu komponen dari campuran. Langkah-langkah isolasi DNA :
1) Pengumpulan sel-sel
2) Pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein
Pemecahan sel (lisis sel) untuk menghindari pertama semua
merusak kestabilan ikatan hidrogen, gaya van der Waals dan
interaksi hidrofobik, yang menyebabkan destabilisasi protein,
termasuk nukleasi. Kedua, mereka mengganggu hubungan
asam nukleat dengan air.
Protein dihilangkan dengan menambahkan protease dan
meningkatkan osmolaritas (natrium asetat atau amonium
asetat).
3) Pengendapan DNA
Pengendapan memisahkan bentuk DNA dari komponen sel
yang rusak selama proses ekstraksi DNA. Ada tiga jenis utama
pemisahan DNA dari puing-puing sel. Dengan etanol dingin,
Phenol-Chloroform, iasoamyl alcohol. (Harty, et al., 2000)
F. ALAT DAN BAHAN
 Alat
1. Gelas kimia 100 mL 3 buah
2. Gelas ukur 10 mL 1 buah
3. Tabung reaksi 4 buah
4. Tabung mikrosentrifuge 3 buah
5. Pipet makro 1 buah
6. Pipet tetes 3 buah
7. Mikrosentrifuge 1 set
8. Vortex 1 set
 Bahan
1. Larutan isotonik 10 mL
2. Air mineral 10 mL
3. Aquades 10 mL
4. Larutan buffer Tris-EDTA 1 mL
5. Etanol dingin secukupnya
6. Larutan NaCl 2,5 M 100 𝜇L

G. ALUR PERCOBAAN
1. Pengumpulan sel-sel

10 mL aquades 10 mL air 10 mL lar.

mineral isotonik

- Digunakan untuk
berkumur 1 menit
- Ditampung dalam gelas
kimia

Larutan sampel
 2. Pemecahan sel
1 mL larutan sampel

- Diambil dengan pipet makro

- Dimasukkan ke dalam tabung
mikrosentrifuge
- Disentrifuge dengan kecepatan
10.000 rpm selama 1 menit
- Didekantasi

Supernatan Endapan

- Ditambah 1 mL larutan sel

epithelial
- Disentrifuge dengan kecepatan
10.000 rpm selama 1 menit
- Didekantasi

Supernatan Endapan

- Ditambah 1 mL larutan sel

epithelial
- Disentrifuge dengan kecepatan
10.000 rpm selama 1 menit
- Didekantasi

Supernatan Endapan

- Ditambah 1 mL larutan buffer

Tris-EDTA
- Divortex selama 1 menit dengan
kecepatan 1500 (sampai
endapan hancur)
- Diamati

Sampel bebas
protein
3. Pengendapan DNA
Sampel bebas protein

- Dimasukkan ke dalam tabung

reaksi
- Ditambah 100 𝜇L NaCl
- Diaduk
- Ditambah etanol dingin
- Dibiarkan selama 5 menit
- Diamati

DNA menggumpal
 H. HASIL PENGAMATAN
No. Prosedur Percobaan Hasil Pengamatan Dugaan/reaksi Kesimpulan
Sebelum Sesudah
Pengumpulan sel
-
Aquades = lar. - Aquades
tidak berwarna digunakan
10 mL 10 mL 10 mL -
1. Air mineral = berkumur =
aquades air mineral lar. isotonik lar. tidak keruh (+++) dan Terkumpulnya
berwarna terdapat busa sel epithel Sel epitel
-
- Digunakan untuk Lar. isotonik = - Air mineral paling banyak terkumpul paling
berkumur 1 menit lar. tidak digunakan terdapat pada banyak di dalam
berwarna berkumur = larutan Aquades yang
- Ditampung dalam
keruh (+) dan isotonik yang ditandai dengan
gelas kimia larutan keruh
tidak terdapat ditandai
Larutan sampel busa dengan larutan
- Lar. isotonik keruh daripada
digunakan aquades dan
berkumur = air mineral
keruh (++) dan
terdapat busa
(+)
 Pemecahan sel Disentrifuge
- Aquades = - Aquades = lar.
2. 1 mL larutan sampel tidak berwarna tidak berwarna,
dan terdapat endapan putih
- Diambil dengan pipet makro busa (+) (+++)
- Dimasukkan ke dalam tabung - Air mineral = - Air mineral =
mikrosentrifuge tidak berwarna lar. tidak
- Disentrifuge dengan kecepatan 10.000 dan tidak berwarna,
rpm selama 1 menit terdapat busa endapan putih
- Isotonik = (++) Hasil
- Didekantasi
tidak berwarna - Isotonik = lar. sentrifuge
dan terdapat tidak berwarna, terbanyak Pemecahan sel
busa (++) endapan putih berupa
Supernatan Endapan dan pencernaan
(+) endapan protein terjadi
- Ditambah 1 mL larutan Disentrifuge 2 terdapat pada setela divortex
- Aquades = lar. larutan
sel epithelial
tidak berwarna, isotonik
- Disentrifuge dengan
kecepatan 10.000 rpm endapan (++++)
- Air mineral =
selama 1 menit
lar. tidak
- Didekantasi berwarna,
Endapan endapan (+++)
- Isotonik = lar.
tidak berwarna,
endapan (++)
 Disentrifuge 3
Endapan - Aquades = lar.
tidak berwarna,
endapan putih Hasil vortex
- Ditambah 1 mL larutan sel (+++++)
epithelial berupa
- Air mineral =
- Disentrifuge dengan kecepatan lar. tidak endapan larut
10.000 rpm selama 1 menit berwarna, dan larutan
- Didekantasi endapan putih bebas protein
(++++)
- Isotonik = lar.
Supernatan Endapan tidak berwarna,
endapan putih
(+++)
- Ditambah 1 mL larutan
- (+) buffer tris
buffer Tris-EDTA EDTA = lar.
- Divortex selama 1 menit tidak berwarna
dengan kecepatan 1500 - Divortex =
(sampai endapan hancur) endapan larut
- Diamati
Sampel bebas protein
3. Pengendapan DNA - Sampel bebas - Sampel bebas
protein = lar. protein + NaCl
tidak berwarna 2,5 M = lar. DNA yang
Sampel bebas protein - NaCl 2,5 M = tidak berwarna terbentuk
lar. tidak - Sampel bebas
paling banyak
- Dimasukkan ke dalam tabung reaksi berwarna protein + NaCl
- Etanol = lar. 2,5 M + etanol pada larutan DNA terisolasi
- Ditambah 100 𝜇L NaCl isotonik dengan baik
tidak berwarna = lar. tidak
- Diaduk pada aquades
berwarna
- Ditambah etanol dingin dan air mineral
- Dibiarkan selama 5 menit yang ditandai
- Diamati Didiamkan 5 dengan
menit Struktur DNA terbentuknya
- Air mineral = yang terbentuk benang putih
DNA menggumpal terdapat benang berupa benang
DNA / helix DNA
- Aquades =
terdapat benang
tipis DNA
- Isotonik = tidak
tampak benang
DNA
I. Analisis dan Pembahasan
Pada percobaan ini berjudul Isolasi DNA yang memiliki tujuan agar praktikan
mampu mengerjakan isolasi DNA sesuai prosedur, dengan sampel DNA diambil
dari sel epithelial mulut. Isolasi DNA adalah proses mengeluarkan DNA dari
tempatnya (ekstraksi atau lisis) yang biasanya dilakukan dengan homogenisasi dan
penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah kerusakan DNA
(Yuwono, 2008). Prinsip utama pada isolasi DNA ini yaitu pengancuran (lisis),
ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, dan
pemurnian DNA (Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008).
Percobaan ini digunakan dua metode isolasi DNA, yaitu sentrifugasi dan
presipitasi. Metode sentrifugasi adalah proses pemisahan dua komponen
berdasarkan berat komponenya. Molekul yang memiliki berat lebih besar akan
berada pada lapisan bawah, sedangkan molekul yang memiliki berat yang lebih
ringan akan berada diatas. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi
yang terpisah, yaitu supernatant (filtrat) pada bagian atas, dan pellet (biasanya
berupa endapan) pada bagian bawah. Metode presipitasi merupakan metode yang
digunakan untuk mengendapkan suatu komponen, dengan cara menambahkan
duatu bahan kimia lain. Langkah-langkah isolasi DNA pada percobaan ini terdapat
3 tahap, yaitu.
1. Pengumpulan sel-sel
2. Pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein
3. Pengendapan DNA.
1. Pengumpulan Sel-sel
Pada percobaan pertama ini bertujuan untuk mengambil sampel sel
epithel dari mulut. Pertama yang dilakukan adalah menyiapkan tiga gelas
kimia, lalu setelah itu dimasukan kurang lebih 10 mL larutan aquades pada
gelas kimia I, 10 mL larutan mineral (air minum unesa) pada tabung II, 10 mL
larutan isotonik (good mood) pada tabung III. Aquades, air mineral, dan larutan
isotonic berupa cairan yang tidak berwarna. Tujuan dari penggunaan cairan
yang berbeda-beda ini adalah untuk mengetahui larutan mana yang paling
 banyak akan dapat menghasilkan sel epitel mulut, sehingga akan
mempengaruhi banyak DNA yang diisolasi. Setelah itu ketiga larutan tersebut
dimasukan ke dalam mulut, dan setelah itu dikumur-kumur di dalam mulut
selama kurang lebih 1 menit secara kencang. Tujuan dari kumur-kumur ini
adalah untuk mendapatkan sel-sel epitel mulut yang luntur karena pergerakan
dari berkumur menggunakan ketiga jenis cairan. Setelah itu didapatkan hasil
dari kumur-kumur ini adalah larutan sel epitel larutan aquades berupa larutan
keruh (+++) dan terdapat busa, larutan sel epitel air mineral berupa larutan
keruh (+) dan tidak terdapat busa dan larutan sel epitel isotonik berupa larutan
keruh (++) dan terdapat busa (+). Setelah semua prosedur sudah dilakukan
maka langkah selanjutnya adalah mengisolasi DNA.
2. Pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein
Pada percobaan selajutnya yaitu pemecahan sel (lisis sel) dan
pencernaan protein yang bertujuan untuk mengendapkan sel dan
menghancurkan protein agar DNA terpisah dari zat pengotornya. Sampel yang
telah didapatkan larutan sel epitel pada proses pertama, selanjutnya dilakukan
pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein. Pada proses ini dilakukan
dengan metode pemisahan secara sentrifugasi. Tiga tabung mikrosentrifuge
disiapkan (telah diberi tanda aquades, air mineral, isotonic) untuk dimasukkan
1 ml sampel sesuai dengan label menggunakan pipet mikro. Tujuan
digunakannya pipet mikro untuk mengambil sampel yaitu untuk dapat
mengambil cairan dengan jumlah sedikit secara akurat dan tepat pada volume
kurang dari 1 mililiter (1 mL). 3 larutan yang telah dimasukkan ke dalam 3
tabung mikrosentrifuge ini kemudian di mikrosentifuge dan setelah itu
disentrifuge dengan kecepatan 10.000 rpm selama satu menit. Sentrifuge adalah
teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya.
Molekul yang memiliki berat molekul besar akan berada di bagian bawah
tabung dan molekul cahaya akan berada di bagian atas tabung. Teknik
sentrifugasi dilakukan oleh mesin yaitu mesin sentrifugasi dengan kecepatan
yang bervariasi. Hasil sentrifugasi akan memperlihatkan dua fraksi terpisah,
supernatan di atas dan pelet di bawah. Disentrifuge dengan kecepatan 10.000
rpm, karena merupakan kecepatan efektif untuk mengendapkan sel epitel pada
larutan. Jika disenfrifuge dengan kecepatan yang lebih dari 10.000 rpm maka
diduga sel epitel pada larutan sampel dapat pecah dan ikut menjadi bagian dari
larutan, sedangkan jika kurang dari 10.000 rpm sel epitel pada larutan sampel
tidak semuanya ikut mengendap/ terkumpul. sehingga terdapat endapan
berwarna putih dibagian bawah tabung. Kecepatan 10.000 rpm juga didasari
oleh gambar dibawah ini, dimana untuk berupa sampel yang kita gunakan
memakai kecepatan yang tinggi. Dimana kecepatan yang tinggi pada
sentrifugasi yaitu (9.000-15.000 rpm)

Endapan dipisahkan dengan filtratnya, filtrat diambil dan dibuang.

Endapan yang terdapat pada mikrosentrifuge yang paling banyak terdapat pada
mikrosentrifuge pada label “aquades” sampel aquades. Kemudian endapan
yang terdapat dalam tabung mikrosentrifus ditambahkan dengan 1 mL larutan
sel epitel, kemudian disentrifuse kembali. Proses penambahan larutan sampel
dilakukan sebanyak 2 kali, sehingga sentrifugasi dilakukan 3 kali hal ini
bertujuan supaya endapan sel epithel yang diperoleh nanti menjadi lebih
banyak, sehingga DNA yang dapat diisolasi juga semakin banyak. Setelah
disentrifuge didapatkan endapan yang banyak pada aquades, air mineral, dan
isotonic.
Kemudian endapan yang didapat hasil sentrifuge ditambahkan 1 mL
larutan tris-EDTA. Penambahan Tiris-EDTA menjadikan larutan tidak
berwarna dan endapan teteap pada ketiga tabung mikrosentrifuge. Penambahan
tris-EDTA berfungsi untuk mempertahankan pH sehingga struktur DNA tidak
rusak. Konsentrasi dan pH dari buffer yang digunakan harus berada dalam
rentang pH 5 sampai 12. Larutan buffer dengan pH rendah akan mengkibatkan
depurifikasi dan mengakibatkan DNA terdistribusi ke fase fenol selama proses
deproteinisasi. Sedangkan pH larutan yang tinggi di atas 12 akan
mengakibatkan pemisahan untai ganda DNA. Fungsi tris-EDTA juga untuk
menghambat enzim dengan mengkelat ion logam (seperti Mg) dengan afinitas
tinggi yang merupakan kofaktor DNAse (enzim yang mendegradasi DNA)
dalam memecah DNA.

Gambar 3. Tris EDTA mengkelat ion logam membentuk kompleks

 Gambar 4. Kerja tris EDTA terhadap Enzim seperti DNAse
Selanjutnya 3 tabung mikrosentrifuge yang telah ditambahkan tris-
EDTA divortex. Divortex selama 1 menit dengan kecepatan 1500 (sampai
endapan hancur). Endapan yang membutuhkan waktu lebih lama untuk larut
yaitu pada tabung aquades atau larutan sel epithel dengan aquades karena
terdapat banyak endapan. Sampel divortex yaitu bertujuan untuk membantu
memecah sel (lisis sel) sehingga DNA yang terdapat dalam sel keluar. Selain
itu, larutan sampel menjadi homogen. Endapan yang larut setelah divortex ini
menandakan bahwa sel epithelial tersebut telah bebas protein dan DNA dapat
diisolasi.
3. Pengendapan DNA
Pada percobaan ketiga ini bertujuan untuk mengendapkan DNA agar
dapat diamati DNA yang mengendap. Tiga larutan pada tabung mikrosentrifuge
yang telah bebas protein kemudian dipindahkan ke tabung reaksi. Setelah itu
ditambahkan 1 µL NaCl 2,5 M dan dikocok. Larutan pada ketiga tabung reaksi
tidak mengalami perubahan yaitu menjadi larutan tidak berwarna. Fungsi dari
penambahan NaCl adalah untuk untuk menghilangkan protein dan karbohidrat
karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi.
Garam juga digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang
dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub
negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul
saling tolak menolak satu sama lain sehinggga ion Na+ pada NaCl berinteraksi
dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul. Kosentrasi yang
tinggi pada penambahan NaCl juga berfungsi untuk memekatkan DNA yang
akan terbentuk menghasilkan larutan berawan pada penambahan alkohol. Jika
NaCl memiliki kosentrasi yang kurang tinggi menyebabkan lebih sedikit DNA
yang mengendap.

Gambar 5. Interasi kutub begatif fosfat DNA dengan NaCl.

Kemudian, ditambahkan 1 mL etanol dingin. Cara menambahkan etanol

harus pelan-pelan (diteteskan pada sisi tabung). Etanol berupa larutan yang
tidak berwarna. Setelah ditambahkan etanol, masing-masing larutan tetap
tidak berwarna. Tujuan penambahan etanol dingin berfungsi dalam proses
prespitasi DNA. Prespitasi asam nukleat dapat dicapai dengan melalui
penambahan ethanol (ethanol, isopropanol). Efisiensi prepitasi dapat
ditingkatkan dengan pendinginan. Semakin tinggi suhu pada etanol maka
semakin mudah DNA yang terikat Prespitasi diendapkan melalui sentrifugasi
dan dilarutkan pada konsentrasi tertentu dari buffer yang dikehendaki. Etanol
dingin berfungsi untuk pengikatan DNA yang telah terkumpul karena
pemekatan oleh garam, karena kerapatan etanol lebih kecil dibandingkan
kerapatan air maka etanol akan berada di bagian atas larutan pada tabung
reaksi.
 Strand-strand DNA yang terikat oleh etanol akan nampak sebagi
benang-benang putih yang terapung di atas filtrat. Setelah penambahan
etanol, maka larutan di diamkan dulu selama 5 menit. Tujuan dibiarkan
selama 5 menit adalah agar proses pengendapan DNA bisa berjalan secara
optimal. Setelah di biarkan selama 5 menit, maka didapatkan hasil bahwa
tidak semua larutan menghasilkan benang-benang putih atau endapan.
Tabung yang menghasilkan benang benang putih paling banyak yaitu pada
air mineral. Benang-benang putih yang melayang terlihat jelas. Sedangkan
pada tabung aquades terbentuk benang-bennag putih yang tidak telalu
panjang dan tak nampak jelas. Pada tabung isotonic tidak terbentuknya
endapan maupun benang-benang putih yang melayang pada larutan. Benang-
benang melayang merupakan DNA yang berbentuk Helix. Urutan sampel
epitel pada air mineral unesa > sampel epitel pada aquades > sampel epitel
pada isotonik. Pada dugaan diduga bahwa laeutan minuman isotonik, di
hasilkan DNA yang terbanyak dikarenakan minuman isotonik mengandung
ion-ion yang dapat dengan mudah menarik sel epithelium mulut untuk
terlepas, akibatnya, semakin banyak sel epitel mulut yang digunakan pada
sampel, maka dimungkinkan kandungan DNA nya juga akan lebih banyak.
Ketidak sesuaian karena kurang lama dan kerasnnya saat praktikan
melakukan kumur-kumur atau saat pengumpulan DNA. Larutan isotonic
yang digunakan yaitu Goodmood tidak banyak mengandung ion-ion yang
dapat menarik sel epithelium mulut.
J. Kesimpulan
Berdasarkan percobaan yang dilakukan untuk isolasi DNA Epithelial Mulut
dengan metode sentrifugasi dan presipitasi menghasilkan serat DNA paling banyak
adalah air mineral unesa, dan yang paling sedikit adalah larutan isotonik, dengan
urutan air mineral unesa > aquades > larutan isotonik.
 DAFTAR PUSTAKA

Asris. (2010, 11 15). Definisi Isolasi DNA dan Manfaat Isolasi DNA. Retrieved from
Student.ipb.ac.id: http://asris07
Clark, J. M. (1964). Experimental Biochemistry. New York: W. H. Freeman and
Company.
Hartwell, L., Hood, L., Goldberg, M., Reynolds, A., & Silver, L. (2011). Genetika :
Dari Gen ke Genom. Boston: Bukit McGraw.
Harty, L., Garcia-Closas, M., Rothman, N., Reid, Y. A., Tucker, M. A., & Hartge, P.
(2000). Collection of Buccal cell DNA using treated cards, Cancer Epidemiol.
Biomarkers, 501-506.
Lodish, H., Berk, A., Kaiser, C., Krieger, M., Scott, M., Bretscher, A., & Matsudaira,
P. (2008). Biologi Sel Molekuler (edisi ke-6). New York: WH Freeman and
Company.
Nelson, D., & Cox, M. (2008). Prinsip Biokimia. New York: WH Freeman and
Company.
TimDosenBiokimiaUnesa. (2019). Panduan Praktikum Biokimia. Surabaya: Unesa.
 Jawaban Pertanyaan
1. Gambarkan struktur DNA!
Jawab :

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan komponen-
komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa.
Pasangan basa dari DNA terdiri atas dua macam yaitu basa purin dan pirimidin.
Basa purin terdiri atas adenin (A) dan Guanin (G) yang memiliki struktur cincin
ganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sistosin (C) dan timin (T) yang
memiliki struktur cincin tunggal. Ketika Guanin berikatan dengan Sitosin, maka
akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan ketika Adenin berikatan dengan
Timin maka hanya akan terbentuk dua ikatan hidrogen. Satu komponen pembangun
(building block) DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat, dan satu
pasang basa yang disebut nukliotida (Lewis, 2003).

2. Bagaimanakah cara menentukan jumlah DNA hasil isolasi tersebut menggunakan

spektofotometer!
Jawab :
Cara kerja pengujian kuantitatif DNA diawali dengan menghidupkan alat
spektrofotometer. Selanjutnya, ditentukan terlebih dahulu panjang gelombang
maksimum yang cocok untuk digunakan dalam uji kuantitatif menggunakan
spektrofotometer. Kemudian melakukan uji blanko menggunakan aquades.
Setelah itu dilanjutkan dengan menguji isolat DNA dengan cara meneteskannya
pada tempat sampel sebanyak 1 mikroliter. Kemudian mengukur kemurnian
DNA dan baca hasil kemurnian DNA-nya.

Lampiran Dokumentasi
1. Pengumpulan sel-sel
No Gambar Keterangan
1 ± 10 mL larutan isotonik,
air mineral, dan aquades
dibuat kumur selama 1
menit dan ditampung di
gelas kimia.

2. Pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein

No Gambar Keterangan
1 Sampel diambil 1 ml
dengan pipet makro lalu
dimasukkan ke dalam
tabung mikrosentrifuge
setelah itu dilakukan
isentrifuge dengan
kecepatan 10.000 rpm
selama 1 menit
No Gambar Keterangan
2 Setelah disentrifuge
didapatkan
- Aquades = lar. tidak
berwarna, endapan
putih (+++)
- Air mineral = lar. tidak
berwarna, endapan
putih (++)
- Isotonik = lar. tidak
berwarna, endapan
putih (+)
Lalu didekantasi
3 Setelah disentrifuge, dan
didekantasi, endapan
ditambahkan 1 ml
larutan sel epithelial dan
disentrifuge kembali
untuk kedua kalinya
sehingga didapatkan
hasil seperti pada
gambar yaitu endapan
yang didapatkan
menjadi
bertambah.setelah itu
didekantasi
4 Setelah disentrifuge dan
didekantasi, endapan
ditambahkan 1 ml
larutan sel epithelial dan
disentrifuge kembali
untuk ketiga kalinya
sehingga didapatkan
hasil seperti pada
gambar yaitu endapan
yang didapatkan
menjadi bertambah.
Setelah itu didekantasi
No Gambar Keterangan
5 Endapan yang
didapatkan,
ditambahkan 1 ml
larutan buffer Tris-
EDTA lalu divortex
selama 1 menit dengan
kecepatan 1500

6 Hasil setelah divortex

didapatkan endapan
hancur

3. Pengendapan DNA
No Gambar Keterangan
1 Sampel dimasukkan ke
dalam tabung reaksi,
lalu ditambah 100 𝜇L
NaCl, diaduk serta
ditambah etanol dingin
dan dibiarkan selama 5
menit
No Gambar Keterangan
2 Didapatkan benang
DNA pada Air mineral

3 Didapatkan benang
DNA tipis pada aquades

4 tidak tampak benang

DNA pada larutan
isotonik