Makalah

Praktek Biologi:
Ekstraksi DNA dari Buah Pisang

Disusun oleh :
Ainun Najmah A. (No. Absen 2)
XII MIPA 3

SEKOLAH MENENGAH ATAS NEGERI 81 JAKARTA

JAKARTA
2021

BAB I PENDAHULUAN
A. Latar Belakang

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler.
DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara
ketiganya adalah: DNA nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan
protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan
tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas
memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu.
Hal ini sangat berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat
dari kedua orang tua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot berbeda
dengan struktur DNA eukariot. DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan
berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein
histon (Campbell, 2002).
DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan dan tumbuhan
terdapat di dalam inti sel, dan beberapa organ lain di dalam sel seperti mitokondria
dan kloroplast. Penyebutan nama DNA juga didasarkan pada lokasi asalnya. DNA
genome inti (nuclear DNA genome) berasal dari inti sel, DNA genom mitokondria
(mitochondrial DNA genome) berasal dari mitokondria, DNA genom kloroplast
berasal dari kloroplast. Pada organisme tingkat rendah, DNA penyusun kromosom
dan plasmid dibungkus oleh dinding sel (pada bakteri) atau dibungkus oleh protein
tertentu (pada virus). Kromosom eukariot berbentuk linear sedangkan kromosom
prokariot berbentuk sirkular. Selain itu prokariot juga mengandung satu atau lebih
plasmid. Plasmid merupakan mulekul DNA sirkular dengan ukuran yang jauh lebih
kecil dibanding kromosom (Campbell, 2002).
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan
komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan
pasangan basa. Pasangan basa pada DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin
dan pirimidin. ‘Basa purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki
struktur cincin-ganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin
(T) yang memiliki struktur cincin-tunggal.

Ketika Guanin berikatan dengan Sitosin, maka akan terbentuk tiga ikatan
 hidrogen, sedangkan ketika Adenin berikatan dengan Timin maka hanya akan
terbentuk dua ikatan hidrogen. Satu komponen pembangun (building block) DNA
terdiri atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu pasang basa yang disebut
nukleotida (Campbell, 2002).

B. TUJUAN

Tujuan dari praktikum ini adalah:

 Mengetahui cara/metode yang benar untuk memisahkan (mengisolasi) DNA dari

buah pisang.

 Mengetahui pengaruh kandungan air yang terdapat pada suatu buah terhadap
hasil isolasi DNA.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

Pada dasarnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA terletak
pada kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan kloroplas. Sedangkan RNA
dijumpai di nukleus, sitoplasma, dan ribosom.

DNA ada dalam setiap sel makhluk hidup. DNA adalah materi genetik yang diwarisi
organisme dari orang tuanya. Suatu molekul DNA sangat panjang dan umumnya terdiri
atas ratusan bahkan ribuan gen. DNA tersusun atas 3 komponen utama, yaitu suatu
molekul organic yang disebut basa nitrogen,suatu pentose (gula berkarbon lima), dan
gugus fosfat. (Campbell et al., 2002: 82-83). Zat ini disebut cetak biru kehidupan karena
memiliki peranan yang sangat penting, yaitu sebagai pembawa informasi hereditas yang
menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain. DNA bisa mengalami
denaturasi dan renaturasi. Banyak hal yang mempengaruhi proses tersebut, antara lain
suhu yang tinggi, pH ekstrim, kandungan elektrolit Na+ atau K+ dan komposisi basa C-G.
(Elrod, 2007: 271)

Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk hidup
dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai
cara, akan tetapi pada setiap jenis maupun bagian tanaman dapat menimbulkan masalah
berbeda, antara lain karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi
tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA dan juga mempengaruhi enzim-enzim
seperti polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau enzim untuk kegiatan molekuler
lain yang dapat menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk aplikasi penelitian.
(Carboni, 2007)

Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika
isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada masing- masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. (Sweeney, 2008)
 BAB III METODE PENELITIAN

A. Bahan dan Alat

- Bahan
 Pisang 1 buah
 Garam dapur 1 sendok makan

 Detergen cair 10 ml

 Air 110 ml

 Alkohol 70%

 Es batu

- Alat

 Pisau

 Sendok

 Wadah

 Garpu

 Gelas

 Saringan

 Plastik 1 kilo
B. Langkah Percobaan

1. Mendinginkan alkohol dengan meletakkannya ke dalam wadah penuh es.

2. Menuangkan air ke dalam wadah dan mencampurkannya dengan detergen cair,

lalu mengaduk hingga tercampur rata.
3. Menambahkan garam lalu mengaduk kembali hingga tercampur rata.

4. Mengupas dan memotong pisang.

5. Memasukkan pisang ke dalam plastik, kemudian melumatkan dengan tangan

 atau dengan sendok dan pisau.

6. Menambahkan larutan detergen dan garam ke dalam plastik, lalu mengaduk

hingga rata.

7. Menyaring campuran pisang dan detergen serta garam dengan saringan kembali
ke dalam wadah
8. Setelah menyaring, larutan dipindahkan ke dalam gelas, kemudian menambahkan
alkohol dan didiamkan selama kurang lebih 5 menit.

9. Mengamati hasil percobaan.

Link video praktek: https://youtu.be/b82QKCKFsA8

C. HASIL

Setelah diekstraksi dan didiamkan selama 5 menit, maka larutan dalam

gelas terlihat membentuk tiga lapisan, yang dapat dilihat pada gambar berikut :
 Hasil ekstrak dna pisang

Alkohol

Campuran pisang, detergen, air,

dan garam yang masih tersisa

Terlihat adanya tiga lapisan pada gelas, lapisan paling bawah adalah campuran
pisang, detergen, air, dan garam yang masih tersisa, lapisan di tengah ialah
alkohol, sedangkan yang paling atas adalah kumpulan benang-benang DNA
berwarna putih hasil ekstrak dari pisang yang memisah dari campuran pisang,
detergen, air, dan garam setelah diberi alkohol.
 BAB IV ANALISIS DATA

Dalam proses isolasi DNA, umumnya terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan
oleh seorang peneliti, yaitu :

1. Melisis/menghancurkan sel dengan cara mekanik maupun kimiawi, karena untuk

mengekstraksi DNA, dinding sel (jika ada), membran sel, dan membran
nukleus(pada eukariot) harus dihancurkan terlebih dahulu sehingga DNA dapat
keluar dan terlihat massanya.
2. Purifikasi (pemurnian larutan). Ketika sel telah lisis, seluruh komponen sel akan
bercampur satu sama lain. Sebagian besar proses manipulasi DNA mengharuskan
agar DNA terpisah dan bebas dari protein dan RNA. Di laboratorium, peneliti juga
akan memperhatikan untuk menginaktivasi enzim internal sel yang dapat
mendegradasi/ menghancurkan DNA. Mereka kemungkinan menggunakan enzim
pencerna protein, pemanasan, penambahan bahan kimia tertentu atau larutan
organik seperti fenol untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari
nukleus. Namun, kita tidak melakukannya pada percobaan ini, karena kita tidak
akan menggunakan DNA yang diperoleh untuk tujuan eksperimen khusus.
3. Presipitasi, yaitu pemisahan DNA dari larutan, dengan cara mencampurkannya
dengan suatu bahan tidak dapat melarutkannya (DNA) sehingga ia dapat
memisah/terpresipitasi. (Anonim A, 2005)
Sekarang mari kita analisis satu-persatu tahapan percobaan yang telah kita
lakukan untuk mengetahui tujuan sebenarnya pelaksanaan seluruh tahapan dalam proses
isolasi DNA ini.
1. Pemilihan bahan. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini ialah irisan daging
buah pisang yang lunak, pemilihan buah dengan daging buah yang lunak tak lain
ialah untuk mempermudah proses pelumatan, karena dalam praktikum ini kita
tidak menggunakan blender sebagai alat untuk menghaluskan bahan dan hanya
menggerusnya dengan bantuan garpu saja.
2. Penghalusan/pelumatan buah. Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa
dinding sel dan membran sel Dinding sel tersusun dari polisakarida. Untuk
mengisolasi DNA, maka hal pertama yang dilakukan adalah mendegradasi
dinding sel yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dengan cara
menggerus bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat dan sehalus
mungkin. Selain itu, penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu
dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi
selanjutnya. (Carboni, 2007)
3. Penambahan garam.. Untuk mengekstraksi DNA, maka DNA yang terdapat di
dalam nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya.
Penambahan garam, khususnya dengan konsentrasi tinggi (> 1 M) dapat
memisahkan nuclear protein (khususnya protein histon sehingga gulungan DNA
dapat terurai dan terlihat sebagai gumpalan benang putih di permukaan larutan)
dan juga memisahkan karbohidrat(polisakarida) yang terkandung dalam esktrak.
Penambahan garam juga dapat membantu proses presipitasi DNA. Ion Na + dari
NaCl akan memasuki membran sel secara difusi dan memasuki nukleus melalui
pori-pori nukleus. Ion Na+ pada garam dapat mengikat ion fosfat - pada DNA,
sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama(negatif) dan bersifat
polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi bermuatan (netral) atau
nonpolar. Proses tersebut mempermudah pemekatan dan pengumpulan massa
DNA pada proses presipitasi DNA. (Weising et al., 2005: 90)
4. Penambahan larutan detergen. Kini DNA di dalam nukleus menjadi terurai.
Namun, untuk dapat keluar dari sel, membran sel harus didegradasi terlebih dahulu.
Membran sel tersusun atas fosfolipid, protein, glikogen, dan kolesterol. Komponen-
komponen membran sel tersebut ada yang bersifat hidrofilik(glikoprotein, protein
ekstrinsik, ‘kepala’ fosfolipid) dan hidrofobik(kolesterol, sebagian protein intrinsik, ‘ekor’
fosfolipid) (Kimball, 1983: 89). Oleh karena itulah diperlukan detergen yang dapat
mendegradasi membran sel melalui mekanisme khusus. Sisi hidrofilik pada deterjen akan
mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat
lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid protein-deterjen
kompleks”.

Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel,

sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis. (Ilustrasinya dapat dilihat pada
 Hydrofob part

gambar 1.1 di bawah ini.

Hydrophylic part
(Intrinsic protein)
Gambar 1.1 sisi hidrofobik pada molekul detergen akan mengikat sisi hidrofobik
protein(dan komponen hidrofobik lain pada membran sel), demikian pula dengan sisi
hidrofilik, sehingga terbentuklah lipid-protein-detergen kompleks.
( Genetech Foundation for Biomedical Sciences, 2001)

5. Penambahan air dan pengadukan. Untuk mempercepat proses penghancuran

membran sel, maka setelah detergen dituang, perlu dilakukan homogenisasi antara
gerusan buah dan larutan detergen. Oleh karena itu, campuran kedua keduanya
lalu ditambahkan air dan diaduk perlahan.
6. Penyaringan larutan. Setelah dihomogenkan, maka larutan harus disaring
dengan mengunakan kasa. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan
larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan
jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. Untuk mempermudah
proses penyaringan, maka larutan terlebih dahulu didiamkan selama 5-10 menit
agar molekul dengan massa terbesar dapat mengendap di dasar.

7. Penambahan alkohol dingin. Setelah disaring, larutan tersebut dituang ke dalam

gelas. Alkohol dingin kemudian dituangkan secara perlahan melewati dinding sel
agar larutan yang berbagai komponenenya mulai terpisah tidak menyatu kembali.
Setelah beberapa saat, maka akan segera terlihat bahwa alkohol berada di atas
lapisan atas, sementara filtrat berada di dasar, hal ini terjadi karena alkohol
memiliki densitas (kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air.

Kemudian, setelah diamati selama ± 15-30 menit, terlihat adanya

kumpulan benang-benang putih yang melayang-layang ke permukaan gelas.

Kumpulan benang-benang putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat.
DNA dapat memisah dari larutan campuran (alkohol+filtrat) karena DNA tidak
larut dalam alkohol. (Kalumuck, 2000). Berikut adalah penjelasan atas peristiwa
presipitasi DNA :
DNA bersifat polar, karena adanya muatan negatif dari gugus rangka
fosfatnya. Sifat polar ini, berdasarkan prinsip “like dissolve like” (sejenis terlarut
dalam sejenis), membuat DNA larut dalam air yang juga memiliki sifat polar yang
tinggi. Sifat polar air dibuktikan dengan tingginya nilai konstanta dielektriknya,
yaitu 80,1(pada suhu 20°C), yang berarti bahwa kekuatan listrik antara dua
muatan dalam larutan yang mengandung air jauh berkurang jika dibandingkan
dengan kekuatan yang terjadi di ruang hampa atau di udara. Daya listrik pada
ikatan ion pada Kristal NaCl akan melemah saat terlarut dalam air, sehingga
membiarkan ion Na+ yang dilindungi oleh pelindung hidrasi (hydration
shell)tersebar dalam air. Mekanisme yang sama terjadi antara muatan negatif
fosfat DNA. Walaupun ion positif juga ada dalam larutan, kekuatan listrik yang
relatif lemah mencegahnya untuk membentuk ikatan ion yang stabil dengan fosfat
pada DNA dan memisahkannya dari larutan.
Alkohol memiliki tingkat polar yang lebih rendah daripada air, konstanta
dielektriknya adalah 24.3(pada suhu 25°C). Artinya, penambahan alkohol pada
larutan akan mengacaukan ‘penyaringan’ muatan oleh air. Jika alkohol dalam
jumlah memadai ditambahkan , maka daya tarik antara fosfat dan beberapa ion
positif yang terlarut (contohnya ion Na+ dari NaCl yang telah ditambahkan
sebelumnya) menjadi cukup kuat untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan
mempresipitasikan/ memisahkan DNA.
Hal ini umumnya terjadi jika jumlah alkohol telah mencapai 64% dari volume
larutan, dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut.
Biasanya Na+, NH +, atau Li+ memegang peranan ini, namun karena sebelumnya
kita telah menambahkan NaCl pada ekstrak buah, maka kemungkinan Na+ lah
yang memegang peranan terbesar dalam proses ini. (Anonim B, 2009)

Suhu alkohol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan

DNA, semakin dingin suhu alkohol, maka DNA yang mengumpul dan
terpresipitasi akan semakin banyak. Walau DNA yang terkumpul sangat banyak,
kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan double helix, walaupun dengan
mikroskop elektronik sekalipun, karena susunan double helix DNA hanyalah
gambaran mikrograf saja.
Pada percoban kali ini, diperlukan waktu kurang lebih 5 menit untuk dapat
melihat DNA. Ini disebabkan karena menggunakan buah pisang yang memiliki
kadar air yang relatif tinggi. Kadar air dalam buah mempengaruhi waktu yang
digunakan dalam presipitasi DNA. Semakin tinggi kadar air dalam buah, semakin
lama pula waktu yang diperlukan dalam mempresipitasi DNA. Ini disebabkan
karena buah yang memiliki kadar air yang banyak, memiliki sel-sel yang lebih
sedikit dibanding dengan kadar air yang dikandungnya. Buah yang memiliki
kandungan air yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga
DNA yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat massanya di
permukaan gelas.
 BAB V KESIMPULAN DAN SARAN

A. KESIMPULAN

Untuk mengisolasi DNA pada buah, diperlukan langkah-langkah sistematis,

yaitu menghancurkan dinding sel dengan penggerusan bahan, melisiskan
membran sel dan membran nukleus dengan pencampuran detergen, serta
presipitasi DNA dengan penambahan alkohol dingin dan bantuan ion Na + dari
NaCl (Kristal garam). DNA akan terlihat sebagai massa benang- benang putih
yang perlahan naik ke permukaan gelas. Kadar air pada buah mempengaruhi
waktu dan banyaknya DNA yang terpresipitasi. Semakin banyak kadar air maka
semakin lama waktu yang dibutuhkan, dan jumlah DNA yang terpresipitasi
semakin sedikit.

B. SARAN

Agar didapat hasil yang lebih baik lagi, penggunaan alkohol yang lebih murni, air
yang lebih murni (aquades), dan proses pendinginan yang lebih baik dapat
dilakukan di masa yang akan datang.
 DAFTAR PUSTAKA

Alatar, AA, et al. 2012. Simple And Rapid Protocol For The Isolation Of PCR-
Amplifiable DNA From Medicinal Plants. Genetics and Molecular Research 11 (1):
348-354.

Campbell, N.A. 2002. Biologi 5th ed. Jakarta : Erlangga. 

Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel. Malang: Jurusan Biologi FMIPA UM.

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak
Nanas (Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah sebagai
Topik Praktikum Mata Kuliah Genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program
Sarjana Biologi.

Muladno, 2002. Teknik Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha Muda.

Sasmita, Sukarno. 2015. Isolasi DNA Buah. --:--

Wilatika, Gizella Ayu. 2016. Isolasi DNA pada Buah Jeruk, Buah Semangka dan Buah
Melon. Malang: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Universitas Negeri
Malang