PRAKTIKUM I

BIOLOGI SEL & MOLEKULER

EKSTRASI DNA PISANG

OLEH :

NAMA : Jovanka Frederika Nazaretha M. Rantung

NIM : 20101105071

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS SAM RATULANGI

MANADO

2021
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kepada Tuhan Yesus Kristus yang oleh karena rahmat-Nya sehingga saya boleh
menyelesaikan laporan ini. Terima kasih kepada Prof. Dr. Trina Ekawati Tallei, M.Si yang
telah membantu dan mengarahkan dalam praktikum ini. Saya menyadari bahwa laporan
praktikum yang saya buat ini masih jauh dari kata sempurna baik dari segi penyusunan,
bahasa, maupun penulisannya. Semoga laporan ini bisa bermanfaat untuk kedepannya.

Palu, 20 Maret 2021

Jovanka Frederika Nazaretha M. Rantung

 DAFTAR ISI

PENDAHULUAN
 A. Tujuan
1. Dapat Mengetahui proses isolasi DNA dari sel-sel buah pisang
2. Dapat memahami gambaran umum DNA hasil isolasi sebagai unit hereditas.

B. Latar Belakang

Sampai awal tahun 70an, DNA merupakan molekul seluler yang paling sulit dianalisis,
karena strukturnya yang panjang dan secara kimiawi monoton. Sebagai materi genetik suatu
organisme, nukleotida hanya dapat dianalisis secara tidak langsung melalui analisis urutan
protein dan RNA melalui analsis genetik. Kini menjadi hal yang mungkin untuk mengisolasi
suatu region spesifik dari suatu genome, yaitu total informasi genetik yang dimiliki oleh suatu
organisme; dan untuk memproduksi jumlah kopi yang tidak terbatas dari region tersebut, atau
untuk mendeterminasi urutan nukleotida dari region tersebut hanya dalam semalam, dengan
kecepatan pembacaan 1000 nukleotida per detik.

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-
komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa. Sebuah sel
memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem
kehidupan. Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu
organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada
manusia maupun tumbuhan.

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua,
yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul
besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas
tabung.

Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan
pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah. Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan
untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran. Pada praktikum kali ini, kami akan
mencoba untuk mengisolasi DNA dengan metode sederhana dengan menggunakan sampel
daging buah pisang .
 MATERI DAN METODE

A. Dasar Teori

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan

persenyawaan kimia yang paling penting pada
makhluk hidup yang membawa keterangan genetik
dari sel khusunya atau dari makhluk dalam
keseluruhannya dari satu generasi ke generasi
selanjutnya.Molekul DNA terdapat pada nukleus,
mitokondria, plastida dan sentriol(Suryo, 2012:59).
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan
membentuk genom. Genom meliputi bagian gen
yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel
organisme (Campbell, 2002:211). Menurut Jusuf Gambar 1. Struktur DNA
(2001:7), DNA prokariot dan eukariot mempunyai Sumber :pixshark.com
perbedaan bentuk. Organisme prokariot memiliki
DNA berbentuk sirkular, sedang organisme eukariuot mempunyai DNA berbentuk
linear.
Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis
Crick.Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA merupakan rantai ganda
(double helix). Terdiri dari gugus fosfat, basa nitrogen, gula ribosa, dan adanya ikatan
hidrogen yang menghubungkan kedua basa nitrogen(Sadaya, 2004:218-220).
1. Isolasi DNA
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk
hidup dapat dilakukan suatu tekhnik yang disebut isolasi DNA.DNA pada makhluk
hidup dapat diisolasikan secara sederhana.Pengisolasian DNA secara sederhana
dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran
inti, baik secara mekanik maupun secara kimiawi.Isolasi DNA merupakan suatu
teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni yaitu tanpa protein dan
RNA dari suatu sel dalam jaringan (Klug, 2008:58).
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari
DNA.Prinsipnya ada dua yaitu sentrifungsi dan presipitasi.Sentrifungsi merupakan
teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekulnya. Molekul yang
 mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul
ringan akan berada pada bagian atas.
Hasil sentrifungsi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell, 2002:115).
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu
komponen dari campuran (Albert, 1994:254).
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini
harus dilakukan dengan hati-hati sehingga tidak menyebabkan kerusakan DNA.
Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding
sel, membran plasma, dan membran inti dengan cara mekanik maupun kimiawi.
a. Mekanik
Dilakukan dengan pemblenderan atau penggerusan menggunakan mortar
dan pistil.
b. Kimiawi
Dilakukan dengan pemberian detergen.Penambahan sabun dan garam
adalah unuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan DNA.
Menurut Jamilah (2005:38) saat penghancuran, terjadi pelepasan senyawa
polifenol dan polisakarida. Polivenol yang teroksidasi akan terikat kovalen dengan
DNA, sedang polisakarida mengalami koprespitasi dengan asam nukleat dengan
penambahan alkohol, terbentuk matriks seperti lem. Hal ini menyebabkan DNA
kental.

Presipitor DNA terlihat seperti serabut putih yang terkumpul di atas larutan karena massa
jenis air. Menurut Jamilah (2005) DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Tahapan
isolasi DNA yaitu : preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA , dan presipitasi DNA. Jika isolasi
DNA dilakukan dengan sampel buah yang kadar airnya berbeda, hasilnya berbea pula. Buah
berkadar air tinggi
menghasilkan anisolat berbeda
dengan kadar

Gambar 2. Proses isolasi DNA

 air rendah. Makin tinggi air, maka sel yang terlarut makin sedikit, sehingga
DNA yang terpresipitasi sedikit.
Cara pemekatan yang sering dilakukan adalah presipitasi etanol. Dan dengan
adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20º C atau
kurang, etanol absolut akan mempresipitasi asam nukleat polimerik dengan baik.
Pemekatan ini dilakukan dengan penambahan etanol pada lapisan atas sampel
sehingga terjadi presipitasi DNA pada pembatasan kedua larutan. Dalam proses
ini, Na+akan membentuk ikatan dengan kutub negatif ion fosfor DNA. Kutub
tersebut bila menyebabkan bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak
menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan
kation kutub negatif fosfat DNA, DNA akan berkumpul (Jamilah, 2005). Selain itu,
garam berperan penting untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena
garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama dengan detergen,
keduanya berfungsi sebagai lysing buffer.
Penambahan detergen menyebabkan rusaknya membran sel melalui ikatan
yang dibentuk melalui sisi hidrofobik detergen
dengan protein dan lemak pada membran
membentuk senyawa “lipi protein-detergen
kompleks”.Senyawa tersebut dapat terbentuk
karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga
dengan detergen sehingga dapat membentuk
ikatan kimia.

Gambar 3. Misel sabun mengikat lemak

Sumber:yulianusi.wordpress.com/category
B. Alat dan Bahan
a. Alat
1. Sendok makan
2. Gelas plastik
3. Tusuk gigi/tusuk sate/lidi
4. Plastik
5. Saringan

b. Bahan
1. 1 buah pisang (matang)
2. Alkohol 95%
3. Sabun cair
4. Garam
5. Air 100ml

C. Cara Kerja
1. Siapkan semua alat dan bahan
2. Ambil 1 buah gelas plastik kemudian isi dengan 30ml air
3. Masukkan 1 sendok garam dan 2 sendok sabun cair
4. Aduk dengan perlahan hinga semua tercampur. Jika sudah tercampur, sisihkan
5. Ambil 1 buah pisang yang sudah dikupas lalu masukkan ke dalam plastik
6. Haluskan dengan cara ditumbuk secara perlahan hingga halus
7. Jika sudah halus, ambil cairan yang telah dibuat lalu masukkan ke dalam plastik
tersebut
8. Campurkan pisang dan cairan tersebut
9. Ambil lagi 1 buah gelas plastik lalu letakkan saringan diatas gelas tersebut
10. Saring campuran cairan dan pisang
11. Ambil alhokol yang sudah didinginkan terlebih dahulu
12. Miringkan gelas kearah alkohol dan tuang alkohol secara perlahan, secukupnya
13. Ambil tusuk sate, aduk secara perlahan pada bagian alkohol
14. Amati dan ambil benang-benang putih
 HASIL DAN PEMBAHASAN

Berdasarkan pengamatan yang telah saya lakukan, saya mendapat hasil akhir berupa

Alat yang digunakan dalam praktikum ini yaitu, plastik untuk tempat melumatkan
pisang, gelas plastik untuk wadah proses ekstraksi DNA digunakan, sendok untuk mengaduk
larutan sabun cair, air dan garam dan pisang lembut serta sabun cair supaya homogen, tusuk
sate untuk mengambil ekstrak DNA yang ada. Untuk bahan yang digunakan yaitu antara lain,
pisang sebagai bahan sampel, alkohol yang telah didinginkan untuk mempresipitasi asam
nukleat polimerik dengan baik dan terakhir yaitu larutan garam dan sabun untuk memecah
membran dan dinding sel serta membran inti supaya materi dalam sel dapat keluar.

Saat penghancuran, terjadi pelepasan senyawa polifenol dan polisakarida. Tujuan

penambahan air + garam + sabun cair adalah untuk memecah membran plasma, dan dinding
sel serta membran inti pada sel. Tujuan dari menambahkan alkohol ini adalah presipitasi
DNA yaitu memisahkan segala materi yang ada dengan DNA sehingga DNA dapat naik
karena massa jenis DNA lebih kecil daripada materi lain dengan penambahan alkohol ini.

Pembahasan kali ini akan diuraikan menurut proses dalam isolasi DNA dengan
ekstraksi DNA langkah per langkah, dikarenakan setiap langkah dalam praktikum ini
sangatlah mempengaruhi hasil akhir dari keberhasilan ekstraksi DNA secara sederhana ini.
 1. Penghalusan Bahan Uji (Pisang)

Langkah ini merupakan langkah yang sangat penting dan harus benar-benar diperhatikan
dalam ekstraksi DNA. Semakin halus, maka DNA yang akan di ekstrak pun akan lebih
mudah, begitu juga sebaliknya. Hal tersebut dapat terjadi karena apabila bahan uji pisang
masih dalam substrat yang belum hancur sempurna, maka ada beberapa bagian yang nantinya
tidak terjadi ekstraksi dan hanya ada pada bagian luarnya saja.

Menurut Jamilah (2005:38) saat penghancuran, terjadi pelepasan senyawa polifenol dan
polisakarida. Plolivenol yang teroksidasi akan terikat kovalen dengan DNA, sedang
polisakarida mengalami koprespitasi dengan asam nukleat dengan penambahan alkohol,
terbentuk matriks seperti lem. Hal ini menyebabkan DNA kental.

Penghalusan yang terlalu berlebihan dan terlalu lama juga dapat mengakibatkan sel dalam
dan DNA rusak. Hal tersebut ditandai dengan warna bahan uji yang awalnya putih
kekuningan menjadi coklat.

2. Penambahan Sabun Cair

Bisa dikatakan bahwa ini merupakan langkah penting yang harus diperhatikan dan paling
diperhatikan penggunaannya dalam ekstraksi DNA. Hal tersebut dikarenakan, banyak faktor
yang dijadikan indikasi dalam penggunaan sabun ini yaitu,

a. Kekuatan basa sabun

b. Jumlah sabun yang ditambahkan
c. Kekuatan pengadukan saat penambahan sabun
d. Lama pengendapan setelah penambahan sabun
e. Jenis sabun yang digunakan

Semakin basa sabun, maka kekuatannya untuk memecah membran yang ada pada sel pun
makin besar, sehingga jumlahnya perlu dibatasi. Untuk kekuatan pengadukan, jika
pengadukan dilakukan terlalu cepat dan menimbulkan busa yang banyak, maka itu akan dapat
menghambat proses ekstraksi.

Jenis sabun, detergen dengan sabun cuci piring tentu saja memiliki kegunaan yang
berbeda, kekuatan mengikat lemak jauh lebih tinggi pada sabun cuci piring, tetapi kekuatan
mengikat air lebih tinggi detergen. Detergen memiliki nilai pH lebih tinggi pula daripada
sabun cuci piring.
 Penambahan detergen menyebabkan rusaknya membran sel melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik detergen dengan protein dan lemak pada membran
membentuk senyawa “lipi protein-detergen kompleks”. Deterjen mengandung sodium dodesil
sulfat (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga
struktur membrane akan rusak dan melisiskan isi sel (Jamilah, 2005).

3. Penambahan larutan NaCl (air + garam)

Langkah ini juga merupakan langkah penting dalam ekstraksi DNA. Garam memegang
peranan penting yaitu untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat
menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergen, keduanya
berfungsi seperti halnya lysing buffer. Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur
dengan tujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung
oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNA. Saat
ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul.

Garam juga digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh
garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub
yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehinggga
pada saat ion Na+ membentuk ikatan denagn kutub negatif fosfat DNA, DNA akan
terkumpul. Jadi nampak bahwa selain digunakan untuk menghilangkan protein dan
karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses
pemekatan DNA.

Dengan penambahan garam, maka Solubility atau kemungkinan untuk mengumpulnya

suatu zat makin tinggi. Apabila garam dikeluarkan, maka organel sel yang dalam hal ini DNA
akan terurai kembali, dan akan terkumpul kembali ketika garam ditambahkan.

4. Penambahan Alkohol

Setelah ion Na+ pada garam mengumpulkan, selanjutnya lebih dipekatkan lagi oleh
etanol. Pemekatan yang sering dilakukan adalah presipitasi etanol. Dan dengan adanya garam
(kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20º C atau kurang, etanol absolut akan
mempresipitasi asam nukleat polimerik dengan baik. Pemekatan ini dilakukan dengan
penambahan etanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi presipitasi DNA pada
pembatasan kedua larutan. Alkohol dingin berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang
telah terkumpul kerena pemekatan oleh garam, karena kerapatan alkohol lebih kecil
dibandingkan kerapatan air maka alkohol akan berada di bagian atas larutan pada tabung
reaksi. Strand-strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagi benang-benang
putih yang terapung di atas filtrat.

5. Gambaran Umum DNA Hasil Isolasi Sebagai Unit Hereditas

Sebagai suatu materi genetik, DNA memiliki peranan yang sangat vital dalam penurunan
sifat suatu organisme.

a. Penyimpan Informasi Genetik

Fungsi pertama adalah, DNA harus mampu menyimpan informasi

genetik dan dengan tepat dapat meneruskan informasi tersebut dari suatu
generasi ke generasi berikutnya.

b. Pembentuk Protein
Fungsi kedua adalah sebagai perancang utama proses sintesis protein
(Pembentukan protein). Selama proses sintesis protein, terjadi proses
penerjemahan informasi yang dikode di dalam gen menjadi urutan asam
amino, yang dikenal dengan ekspresi gen.
c. Fungsi Perubahan
Fungsi DNA ketiga adalah DNA sewaktu-waktu harus dapat
mengalami perubahan sehingga organisme yang bersangkutan akan mampu
melakukan adaptasi dengan kondisi lingkungan yang berubah. Tanpa adanya
perubahan pada DNA, maka evolusi tidak akan pernah berlangsung. Fungsi
ini juga menyebabkan suatu perubahan pada gen.
d. Fungsi Evolusioner
DNA sangat membantu makhluk hidup pada proses adaptasi, sehingga
makhluk hidup dapat bertahan hidup di lingkungannya.
 KESIMPULAN

Proses isolasi DNA dari sel-sel buah dapat dilakukan dengan 2 cara yaitu cara
mekanik dan kimiawi. Cara mekanik dengan melumatkan buah yang akan diisolasi DNA nya.
Sedangkan cara kimiawi dengan penambahan-penambahan reagen, yaitu detergent, NaCl, dan
etanol dingin. Tahap-tahap isolasi DNA ada tiga yaiu yang pertama melumatkan buah yang
akan digunakan. Tahap selanjutnya melisiskan sel dengan menambahkan air garam (NaCl)
dan detergent kedalam buah yang sudah dilumatkan. Pemberian detergent berfunfsi untuk
membuka atau memecah membran sel (baik membrane sitoplasma maupun membrane
nukleus). Tahap terakhir adalah pemurnian DNA dengan menambahkan alkohol dingin ke
dalam campuran. Alkohol ini berfungsi untuk memisahkan DNA dari molekul-molekul lain
seperti protein.
 DAFTAR PUSTAKA

https://www.academia.edu/12159493/Laporan_Ekstrasi_DNA