EKSTRAKSI DNA BUAH NAGA

(Laporan Praktikum Bioteknologi Pertanian)

Oleh

Kelompok 8
Anita Yuliana Dewi 1514121040
Sugeng Priyanto 1514121041
Ambar Fiandani 1514121042
Resi Agustini 1514121043
Ikhwan Dwikesuma 1514121044
Okvi Hilleri A.N 1514121045

JURUSAN AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
2017
 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA merupakan asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA
terdapat pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. DNA mitokondria dan kloroplas
memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu.
Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat
dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan
berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein
histon. Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian terbesar dari DNA
berada pada nukleus yaitu organel yang dipisahkan dari sitoplasma dengan membran.
Nukleus terdiri dari 90 % keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain
seperti mitokondria dan kloroplas. Karena DNA terdapat pada nukleus, maka perlu
adanya metode pelisisan sel sampai pemanenan sel. Dimana metode tersebut
merupakan bagian dari metode isolasi DNA (Elrod S, 2007).

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA
dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati,
sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA, dalam mengeluarkan DNA dari
sel dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran
inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan
dengan menggunakan blender atau penggerusan menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel
dan membran inti, salah satunya adalah pemberian deterjen (Muladno, 2002).

1.2. Tujuan

Tujuan dari praktikum ini adalah sebagai berikut :

1. Mengetahui cara melakukan esktraksi DNA secara aseptik
2. Mengetahui fungsi bahan-bahan dalam ekstraksi DNA
3.
 II. PEMBAHASAN

2.1 Alat dan Bahan

2.1.1 Alat

Alat-alat yang digunakan pada praktikum ekstraksi DNA pada buah naga antara lain:
1. Pisau yang fungsinya untuk memotong dan mengupas buah naga
2. Plastik berfungsi untuk melumatkan daging buah naga yang sudah dipotong
hingga hancur dan halus
3. Corong berfungsi sebagai tempat menyaring buah naga yang telah dipotong
sebelumnya
4. Tissue berfungsi untuk menyaring ekstrak sari buah naga
5. Wadah mangkok kecil berfungsi untuk wadah sampo dan juga sebagai tempat
pengadukan ekstak buah naga yang telah dicampur dengan garam dan sampo
6. Batang pengaduk/ sendok berfungsi untuk mengaduk
7. Gelas ukur berfungsi untuk mengukur berapa banyak etanol yang digunakan untuk
ekstraksi
8. Tabung reaksi berfungsi sebagai tempat ekstraksi buah naga untuk diketahui
prespitasi DNA yang ditandai dengan munculnya benang berwarna putih.

2.1.2 Bahan

Pada kegiatan ekstraksi DNA bahan naga kali ini kita menggunakan bahan-bahan
penunjang seperti garam, shampoo atau sunlight/handsoap, etanol, dan aquades.
Karena buah naga yang digunakan mengandung banyak air, jadi aquades tidak
digunakan pada proses ekstraksi. Setiap panambahan bahan-bahan ini tentu saja
memiliki fungsi dan manfaat tersendiri agar ekstraksi DNA berjalan dengan lancar
dan berhasil. Fungsi penggunaan bahan-bahan tersebut dijelaskan pada poin di bawah

1. Sampoo (detergen/sabun cuci piring/Handsoap)

Samphoo mengandung sodium dodesil sulfat (SDS), kandungan ini dapat

menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel (Jamilah, 2005), sehingga
struktur membrane akan rusak, dan melisiskan dinding sel serta mendenaturasi
protein, sehingga DNA pada jaringan buah yang digunakan dapat diisolasi (Restu
dkk, 2012)

2. Garam

Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk memekatkan

DNA. ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan)
dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-
molekul saling tolak menolak satu sama lain. Sehingga pada saat ion Na+ membentuk
ikatan denagn kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul, Jadi nampak bahwa
adanya endapan. Selain itu, garam berperan penting untuk menghilangkan protein dan
karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama
dengan detergen keduanya berfungsi sebagai lysing buffer (Jamilah, 2005).

Selain itu, kandungan Potassium asetat yang bertujuan untuk membentuk senyawa
kompleks CTAB-Potassium asetat-protein-debris sel. Buffer CTAB dapat
memisahkan polisakarida dan dinding sel dan/atau memisahkan debris dan komponen
sel lain yang menjadi pengotor melalui sentrifugasi. Proses ini menghasilkan larutan
dengan dua fasa, yakni fasa atas dan endapan (Porebski et al, 1997; Surzycky, 2000).

3. Fenol

Setelah ion Na+ pada garam memekatkan DNA, selanjutnya lebih dipekatkan lagi
oleh etanol. Fenol merupakan pelarut organik yang dapat melarutkan protein, lipid
dan molekul lain seperti polisakarida, yang diharapkan akan didapatkan supernatan
yang berisi DNA bebas kontaminan. Pemekatan yang sering dilakukan adalah
presipitasi etanol. Pemekatan ini dilakukan dengan penambahan etanol pada lapisan
atas sampel sehingga terjadi presipitasi DNA pada pembatasan kedua larutan.
Alkohol dingin berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul kerena
pemekatan oleh garam, karena kerapatan alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan
air maka alkohol akan berada di bagian atas larutan pada tabung reaksi. Strand-strand
DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagi benang-benang putih yang
terapung di atas filtrate (Jamilah, 2005).

3.2 . Prosedur kerja

Prosedur kerja pada praktikum ini adalah sebagai berikut :

1. Disiapkan alat dan bahan yang akan digunakan.
2. Dicuci bersih buah naga yang telah disiapkan dengan menggunakan air kran yang
mengalir.
3. Buah yang telah dicuci kemudian dipisahkan antara daging buah dengan kulit
buah. untuk diambil ekstrak buahnya.
4. Kemudian daging buah dipotong secara dadu, dalam hal ini daging buah tidak
boleh terkena benda asing lainnya agar tidak terjadi kontaminasi pada buah yang
akan digunakan.
5. Dilumatkan daging buah menggunakan plastik yaitu dengan cara di remas-remas
menggunakan tangan.

Langkah ini merupakan langkah yang sangat penting dan harus benar-benar
diperhatikan dalam ekstraksi DNA. Semakin halus, maka DNA yang akan di
ekstrak pun akan lebih mudah, begitu juga sebaliknya. Apabila bahan uji buah
naga masih dalam substrat yang belum hancur sempurna, maka ada beberapa
bagian yang nantinya tidak terjadi ekstraksi dan hanya ada pada bagian luarnya
saja. Penghalusan yang terlalu berlebihan dan terlalu lama juga dapat
mengakibatkan sel dalam dan DNA rusak. Hal tersebut ditandai dengan warna
bahan uji.
 Menurut Jamilah (2005) saat penghancuran, terjadi pelepasan senyawa polifenol
dan polisakarida. Plolivenol yang teroksidasi akan terikat kovalen dengan DNA,
sedang polisakarida mengalami koprespitasi dengan asam nukleat dengan
penambahan alkohol, terbentuk matriks seperti lem. Hal ini menyebabkan DNA
kental.

6. kemudian buah yang sudah lumat disaring untuk memisahkan bahan yang kasar
dan yang halus yang ditampung pada gelas ukur.
7. Sambil menunggu penyaringan, disiapkan garam kurang lebih 4jimpit dan
shampo sebanyak kurang lebih 2 gram.

Pengadonan garam dan sabun harus memiliki takaran yang tepat. Karena,
semakin basa sabun, maka kekuatannya untuk memecah membran yang ada pada
sel pun makin besar, sehingga jumlahnya perlu dibatasi. Antara penggunaan
sampo, detergen, dan sabun cuci piring pun memiliki takaran yang berbeda.
Dibandingkan detergen, kekuatan mengikat lemak jauh lebih tinggi pada sabun
cuci piring, tetapi kekuatan mengikat air lebih tinggi detergen. Detergen memiliki
nilai pH lebih tinggi pula daripada sabun cuci piring (Jamilah, 2005). Sehingga
takaran yang digunakan harus sangat perlu diperhatikan.

8. Pada buah yang sudah di ambil ekstraknya kemudian ditambahkan kedalam bahan
samphoo untuk merusak membrane sel dan membrane inti. Dan kemudian
dilakukan pengadukan secara perlahan. Jika pengadukan dilakukan terlalu cepat
dan menimbulkan busa yang banyak, maka itu akan dapat menghambat proses
ekstraksi.
9. Setelah itu didiamkan selama 1 menit untuk menghilangkan sisa-sisa busa
samphoo. Diendapkan hanya 1 menit, tentu saja jika diendapkan terlalu lama,
maka sifat basa dari sabun akan menghancurkan organela yang ada dalam sel dan
bahkan DNA yang akan diekstrak itu sendiri.
10. Ekstrak yang ditambahkan samphoo kemudian disaring kembali hingga diperoleh
takaran 2 ml dan dimasukkan kedalam tabung reaksi.
11. Ditambahkan etanol untuk membantu proses pegendapan terhadap organel-
organel yang sudah keluar dari sel atau memisahkan bagian-bagian yang terurai
tersebut berdasarkan berat molekul. Sehingga akan terbentuknya endapan. Strand-
strand DNA yang terikat oleh alkohol/etanol akan nampak sebagi benang-benang
putih yang terapung di atas filtrat (Oswald, 2007).
12. Diamati reaksi yang terjadi pada kedua bahan tersebut, apakah terdapat gel
berwarna putih memanjang yang menandakan reaksi dengan perlakuan tersebut
berhasil. Menurut Jamilah (2005), polivenol yang teroksidasi akan terikat kovalen
dengan DNA, sedang polisakarida mengalami koprespitasi dengan asam nukleat
dengan penambahan alkohol, terbentuk matriks seperti lem.

3.3 Gambar dan Penjelasan

Gambar 1. Disiapkan alat dan bahan

Gambar 1. Alat yang digunakan pada ekstraksi DNA buah naga yaitu, mangkuk kecil,
gelas kecil, corong,pisau, sendok, tisue ,gelas ukur dan tabung. Bahan-bahan yang
digunakan yaitu buah naga, isoprophanol, aquadest, garam, shampo.
 Gambar 2. Pengupasan buah naga dan dipotong-potong
Gambar 2.buah naga dikupas kulitnya. Proses pengupasan buah tangan jangan sampai
mengenai tangan.

Gambar 3. buah naga dimasukan kedalam plastik

Gambar 3. Buah naga dimasukan kedalam plastik lalu di lumatkan sampai halus.
Proses ini berfungsi

Gambar 4. Penyaringan buah naga

Gambar 4. Penyaringan dilakukan setelah buah naga di haluskan, tujuan dilakukan

penyaringan adalah untuk mengurangi resiko kegagalan karena warna buah naga
yang dgunakan sangat pekat.
 4
5
6
7
8
9
10
Gambar 5. Pencampuran sari buah naga dengan garam dan samphoo

Gambar 5. Proses ini dilakukan pencampuran antara shampo (2 ml), garam dua
jumput, dan sari buah naga satu sendok kemudian diaduk. Proses pengadukan
dilakukan selama 1 menit dengan teliti hingga buih tidak muncul saat pengadukan
kemudian didiamkan selama 3 menit.

Gambar 6. Penyaringan larutan buah naga

Gambar 6. Buah naga yang telah dilarutkan dengan shampo dan garam disaring
kembali.

Gambar 7. Penambahan isoprophanol

Gambar 7. Penambahan isoprophanol disesuaikan dengan larutan buah naga. Larutan
buah naga yang digunakan sebanyak 2 ml sehingga penambahan isoprophanol
sebanyak 2 ml juga. Setelah ditambahkan isoprophanol didiamkan sampai keluar
benang-benang putih mengapung.

Gambar 8. Hasil percobaan

Gambar 8. Ekstraksi DNA buah naga berhasil. Indikator yang digunakan yaitu
munculnya buih/strand-strand DNA yang terikat oleh alkohol dan nampak sebagai
benang-benag putih, yang terapung diatas filtrat.
 III. KESIMPULAN

Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa :

1. Setiap bahan yang digunakan memiliki fungsi dan peran masing-masing.
Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur berfungsi untuk memekatkan
DNA dan membentuk endapan DNA.
2. Pada saat melakukan proses ekstraksi, tangan tidak boleh bersentuhan langsung
dengan bahan yang digunakan (seperti buah yang sudah dikuliti) untuk
meminimalisir terjadinya kontaminansi
3. Pengadukan dilakukan secara perlahan agar tidak menimbulkan banyak busa.
Sebab busa yang banyak dapat menghambat proses ekstraksi.
4. Ekstraksi DNA buah naga berhasil, ditandai dengan munculnya buih/strand-strand
DNA yang terikat oleh alkohol dan nampak sebagai benang-benag putih, yang
terapung diatas filtrat.
 DAFTAR PUSTAKA

Elrod, S. 2007. Genetika Edisi Keempat. Erlangga. Jakarta.

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan

Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Beragai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. UNM.
Malang.

Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda.

Bogor.

Oswald, Nick. 2007. Ethanol Precipitation of DNA and RNA: How it works.
http://bitesizebio.com/253/the-basics-how-ethanol-precipitation-of-dna-and-
rna-works/. Diakses pada 27 november 2017 pukul 8.00 WIB

Porebski, S., Bailey, G.L & Baum, B.R. 1997. Modification of a CTAB DNA
extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol
components. Plant Mol Biol Reptr 15

Restu, M., Mukrimin, & Gusmiaty. 2012. Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan Isolasi
DNA Tanaman Suren berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA.
Jurnal Natur Indonesia 14(2): 138-142

Surzycki, S. 2000. Basic Techniques in Molecular Biology. Springer-Verlag.

Berlin,Heidelberg