Makalah Biokimia dan Biologi Molekular

Makalah: Regulasi Ekspresi Gen pada Prokariot dan Eukariot

Disusun Oleh:
Farras Syuja
2006491752

Program Studi Magister Ilmu Kimia

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Indonesia
2020
 Outline Makalah
1. Pendahuluan dan Latar Belakang Regulasi Gen
2. Gen
2.1 Definisi Gen
2.2 Struktur Gen
2.3 DNA
3.Ekspresi Gen
3.1 Transkripsi
3.2 Translasi
4. Regulasi Ekspresi Gen
4.1 Definisi Regulasi Ekspresi Gen
4.2 Sistem Regulasi Ekspresi Gen
4.3 Prinsip Regulasi Gen
4.4 Elemen yang terlibat dalam regulasi ekspresi gen
5. Regulasi Ekspresi Gen pada Prokariot
5.1 Sistem Regulasi Operon laktosa
5.2 Sistem Regulasi Operon trp
5.3 Sistem Regulasi Operon Ara
5.4 Sistem Regulasi Operon Gal
6. Regulasi Ekspresi Gen pada sel Eukariot
6.1 Regulasi Kromosom
6.2 Regulasi Transkripsi
6.2.1 Melalui Pendekatan Kromosom
6.2.2 Melalui Pendekatan Gen Individu
a. Cis-acting Sequences
b. Trans-acting Sequences
c. Domain Pengaktifan Transkripsi
d. Domain Pengikat Ligan
6.3 Regulasi Post-Transkripsi Eukariot
6.4 Regulasi Translasi Eukariot
6.4.1 Regulasi pada inisiasi translasi.
6.4.2 Regulasi pascatranslasi.
7. Perbedaan Regulasi Ekspresi Gen antara Prokariota dan Eukariota
8. Daftar Pustaka
1. Pendahuluan dan Latar Belakang Regulasi Gen

Sel-sel dari berbagai jaringan yang menyusun organ tubuh manusia seperti jantung, hati,
paru-paru, ginjal, otak, kulit, tulang, dan lain sebagainya memiliki DNA yang sama di dalam
sebuah nukleusnya. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa setiap sel dalam tubuh individu
menyimpan informasi dan mengkode semua protein dan RNA yang diperlukan dalam
kehidupan organisme tersebut.

Tetapi pada kenyataannya, masing-masing sel tersebut memproduksi protein-protein

yang berbeda-beda. Banyak protein yang diproduksi sel-sel kulit tidak diproduksi oleh sel-sel
otak, demikian pula sebaliknya. Bahkan sel yang sama dapat memproduksi protein yang berbeda
pada saat dan kondisi lingkungan yang berbeda. Hal ini disebabkan adanya pengaturan atau
regulasi ekspresi gen di dalam sel setiap organisme. Regulasi gen ini yang menyebabkan ada sel-
sel yang secara spesifik memproduksi sebuah protein tertentu yang tidak diproduksi oleh sel-
sel lainya.

Salah satu contohnya adalah hemoglobin, merupakan protein yang berperan sebagai
pembawa molekul-molekul O2 (Oksigen) dalam darah, hanya disintesis di dalam selsel
retikulosit, sel yang berkembang menjadi sel darah merah. Tidak ada jenis sel lain yang
memproduksi hemoglobin. Selain itu terdapat juga sel-sel beta Langerhans kelenjar pankreas
memproduksi insulin, sebuah hormon yang sangat diperlukan dalam mentransporkan glukosa
masuk ke dalam sel. Tidak ada sel lain di dalam tubuh individu tersebut yang dapat memproduksi
insulin selain sel-sel beta Langerhans kelenjar pancreas. Mengapa hal ini bisa terjadi? Inilah yang
disebut dengan regulasi ekspresi gen pada saat diferensiasi sel.

Selain itu terdapat juga sel-sel yang memproduksi protein tertentu hanya pada saat dan
kondisi tertentu saja. Misalnya sel-sel bakteri Escherichia coli, akan memproduksi enzim yang
diperlukan untuk katabolisme laktosa apabila di dalam medium tempat tumbuh bakteri terdapat
laktosa. Ketika di dalam medium tidak ada laktosa, sel-sel E. coli tersebut tidak memproduksi
enzim-enzim katabolisme laktosa. Mengapa hal ini bisa terjadi? Inilah yang disebut regulasi
ekspresi gen. Sel bakteri dapat mengatur ekspresi gennya sesuai kebutuhan. Dalam sel bakteri
terdapat system yang dapat mengatur kapan ekspresi gen tertentu “on” dan kapan “off”.
 Pada sel manusia juga terdapat pengaturan “on-off” sebagaimana pada sel bakteri E. coli.
Gen dalam sel yang sama dapat mengubah ekspresinya sebagai respon signal dari luar, misalnya
senyawa kimia tertentu atau hormon tertentu. Jadi regulasi ekspresi gen merupakan sarana bagi
sel untuk mengontrol struktur dan fungsi, serta merupakan dasar dalam diferensiasi sel,
morfogenesis, serta fleksibilitas dan adaptabilitas masing-masing makhluk hidup. Selain itu
regulasi ekspresi gen juga merupakan substrat untuk terjadinya perubahan dalam evolusi,
karena pengendalian waktu, lokasi, dan jumlah ekspresi gen dapat mempengaruhi fungsi gen
secara signifikan.

2. Gen
2.1 Definisi Gen

Gen adalah materi genetik yang tersusun atas DNA yang berada pada kromosom. Gen juga
merupakan unit dasar pewarisan genetik yang diturunkan dari orang tua pada keturunannya. Pada
manusia memiliki 23 kromosom dengan 20.000 - 25.000 gen dalam satu kromosomnya. Gen
berfungsi menurunkan informasi genetik dengan pengkodean protein. Gen dominan dapat
menutupi ekspresi gen yang lain sehingga gen ini akan sering muncul. Gen resesif bersifat malu-
malu sehingga sifatnya tidak langsung terekspresikan. Walaupun demikian, gen resesif tetap
memberikan efek yang terselubung. Selain itu gen merupakan bagian dari kromosom atau salah
satu kesatuan kimia (DNA) dalam kromosom yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri-ciri
genetis dari suatu makhluk hidup.

2.2 Struktur Gen

Struktur gen prokariota berbeda dengan eukariota. Genom prokariota umumnya hanya
tersusun dari satu kromosom yang besar, terbentuk dari DNA untai ganda yang berbentuk sirkular,
berbeda dengan genom eukariota yang memiliki beberapa kromosom linier. Struktur gen
prokariota umumnya sangat sederhana, terdiri dari sekuens sandi (coding sequence) dan sekuens
regulator yang mengendalikan ekspresi gen tersebut, yang disebut bagian promoter. Bagian
promoter ini seringkali merupakan sekuens nukleotida TATA yang berulang, sehingga kerap
disebut kotak TATA atau TATA box (Gambar 2a). Bagian promoter ini menentukan dimana gen
mulai ditranskripsikan. Sekuens sandi, termasuk di dalamnya sekuens dimana transkripsi dimulai
dan diakhiri, seringkali disebut sebagai Open Reading Frame (ORF).
 Ukuran genom eukariota jauh lebih besar dari pada prokariota, strukturnya pun lebih
kompleks dibandingkan prokariota. Hal ini disebabkan karena sebagian besar gen eukariota,
bersifat diskontinyu, artinya bagian-bagian sandi seringkali terpisah oleh sekuens-sekuens non-
sandi. Bagian sandi pada gen eukariota ini disebut ekson (EXpressed sequence), sedangkan bagian
non-sandi disebut intron (INtervening sequences). Umumnya intron memisahkan ekson menjadi
bagian-bagian sandi yang memiliki domain fungsi yang berbeda (Gambar 1b)

A.

B.
Gambar 1. (A) Struktur Gen Prokariot dan (B) Struktur Gen Eukariot

Kompleksitas gen eukariota makin meningkat dengan adanya bagian-bagian pengatur

(regulatory sequences) yang berperan pada pengaturan ekspresi gen yang juga bersifat kompleks
dan seringkali jauh letaknya dari sekuens gen struktural. Bagian pengatur ini terdapat baik di arah
ujung 5’ maupun ujung 3’ dari sebuah gen, sekuens ini bersifat tidak ditranslasikan, atau non-
translasional. Di arah ujung 5’ gen, sebelum situs awal transkripsi, terdapat sekuens
nontranslasional yang disebut bagian promoter. Bagian promoter umumnya mengandung sekuens
TATA yang berulang-ulang, karena itu sering disebut TATA box, di bagian inilah RNA
polimerase berikatan untuk memulai proses transkripsi. Di arah ujung 5’ yang lebih jauh lagi
terdapat CCAAT box yang juga memiliki peran penting dalam regulasi transkripsi. Di arah ujung
3’ dari bagian sandi juga terdapat sekuens yang berperan sebagai regulator dan/atau terminator
transkripsi, juga terdapat sekuens yang berperan dalam poliadenilasi dari molekul mRNA hasil
transkripsi.
2.3 DNA

Nukleotida-nukleotida dalam molekul DNA terikat satu sama lain melalui ikatan
fosfodiester. Ikatan fosfodiester ini merupakan ikatan ester yang terbentuk antara gugus alkohol
gula pentosa pada posisi C3 (gugus 3’-hidroksi) dengan gugus fosfat (yang terletak pada C5) pada
nukleotida di sebelahnya. Ikatan ester ini terbentuk pada nukleotida yang juga sudah mengandung
ikatan ester pada posisi C5, sehingga secara keseluruhan ada dua ikatan ester fosfat pada rantai
yang terbentuk, yaitu pada C3 dan C5. Urutan atau sekuens nukleotida dalam rantai polinukleotida
merupakan struktur primer dari asam nukleat. Ujung rantai asam nukleat yang mengandung
nukleotida dengan posisi C5 bebas (tidak terikat pada nukleotida lain) disebut ujung 5’, sedangkan
ujung yang mengandung nukleotida dengan posisi C3 bebas (tidak terikat pada nukleotida lain)
disebut ujung 3’. Sesuai konvensi, sekuens nukleotida selalu dibaca dari ujung 5’ ke ujung 3’.

Molekul DNA umumnya tersusun oleh dua untai polinukleotida yang terpilin secara anti
parallel membentuk struktur untai ganda (double helix) yang terikat satu sama lain oleh ikatan-
ikatan hidrogen yang terbentuk antar basa-basa nitrogen pada satu untai dengan basa-basa nitrogen
pada untai yang lain yang saling berkomplementer. Pasangan basa yang saling berkomplementer
dan membentuk ikatan hidrogen tersebut adalah A-T dan G-C. Antara basa A dan T terbentuk 2
ikatan hidrogen, sedangkan antara basa G dan C terbentuk 3 buah ikatan hydrogen. Ikatan
hydrogen antar basa komplementer inilah yang menstabilkan struktur double helix dari molekul
DNA.

Gambar 2. DNA
 Molekul DNA manusia merupakan polimer yang sangat panjang, tersusun dari sekitar 6 x
109 pasang basa. Satu molekul DNA dari kromosom mamalia dapat mencapai panjang sekitar 2-
3 meter. Berbeda dengan DNA manusia dan organisme eukariotik lainnya, DNA sel prokariotik
tidak merupakan untai ganda linier, melainkan sebuah untai ganda sirkular, dan ukurannya jauh
lebih kecil dibandingkan dengan DNA eukariotik. DNA bakteri Escherichia coli misalnya,
merupakan untai ganda sirkular yang mengandung lebih kurang 4.600.000 (4,6 x 106) pasang basa.
Jika direntangkan panjangnya hanya sekitar 1,4 mm. Sangat jauh lebih pendek dibandingkan
dengan DNA manusia.

3.Ekspresi Gen

Informasi genetik suatu organisme tersimpan dalam molekul DNA yang terdapat di dalam
inti sel (nukleus) atau nukleoid. Unit fungsional dalam molekul DNA yang menyandi sifat
keturunan atau sifat genetik tertentu disebut gen. Keseluruhan informasi sifat genetik yang terdapat
dalam tubuh suatu makhluk hidup disebut genom.

Menurut Lehninger, ekspresi gen merupakan suatu rangkaian proses penerjemahan

informasi genetik, di dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA, menjadi protein. Ekspresi
genetik adalah suatu rangkaian proses kompleks yang melibatkan banyak faktor. Salah satu ciri
penting pada jasad hidup adalah keteraturan sistem. (Lehninger, 2010:204). Jadi ekspresi gen
merupakan suatu proses penggunaan informasi genetik yang tersimpan di dalam gen untuk
mensintesis senyawa-senyawa produk gen. Senyawa-senyawa produk gen ini umumnya adalah
protein. Untuk mengekspresikan informasi genetik yang dimilikinya, sel melakukan berbagai
proses, antara lain penyalinan informasi genetik dari DNA ke mRNA, proses ini disebut
transkripsi, dan kemudian diikuti dengan penerjemahan informasi genetik yang terdapat dalam
molekul mRNA menjadi protein, proses ini disebut translasi. Dengan cara ini sifat genetic
diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya.

3.1 Transkripsi

Transkripsi merupakan tahapan penting dalam sintesis protein atau ekspresi gen. Proses
transkripsi terjadi pada nukleus (prokaryotik: nukleoid) di mana DNA diterjemahkan menjadi
kode-kode dalam bentuk basa nitrogen membentuk rantai RNA yang bersifat single strain.
(Warianto, 2011:1). Transkripsi adalah proses sintesis RNA dengan template gen-gen yang
terdapat dalam untai DNA. Proses transkripsi berlangsung di dalam nukleus pada sel-sel
eukariotik, atau di dalam sitoplasma pada sel-sel prokariotik. Transkripsi dari setiap gen akan
menghasilkan RNA untai tunggal yang sekuensnya merupakan komplemen dari sekuens
nukleotida pada salah satu untai DNA untai ganda. Untai DNA ini disebut untai template (template
strand), sedangkan untai DNA pasangannya sering disebut untai kode (coding strand). Pada proses
transkripsi DNA template dibaca dari arah 3’ → 5’, sedangkan sintesis RNA berlangsung dari arah
5’ → 3”. Molekul RNA yang disintesis adalah mRNA (messenger RNA), tRNA (transfer RNA)
dan rRNA (ribosomal RNA).

Dalam transkripsi beberapa komponen utama yang terlibat adalah:

a. Enzim RNA polimerase mengikat untai DNA cetakan pada suatu daerah yang
mempunyai urutan basa tertentu sepanjang 20 hingga 200 basa. Daerah ini dinamakan
promoter. Baik pada prokariot maupun eukariot, promoter selalu membawa suatu
urutan basa yang tetap sebagai urutan konsensus. Pada prokariot urutan konsensusnya
adalah TATAAT, sedangkan pada eukariot urutan konsensusnya adalah TATAAAT.
Urutan konsensus akan menunjukkan kepada RNA polimerase tempat dimulainya
sintesis.
b. Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan
terikat pada suatu tempat di dekat daerah promoter, yang dinamakan tempat awal
polimerisasi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tempat ini dan sintesis
RNA pun segera dimulai.
c. Selama sintesis RNA berlangsung RNA polimerase bergerak di sepanjang molekul
DNA cetakan sambil menambahkan nukleotida demi nukleotida kepada untai RNA
yang sedang diperpanjang.
d. Molekul RNA yang baru saja selesai disintesis, dan juga enzim RNA polimerase,
segera terlepas dari untai DNA cetakan begitu enzim tersebut mencapai urutan basa
pengakhir (terminasi).

Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya. Hal ini karena
begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida, promoter dapat
mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi dengan cepat reinisiasi
transkripsi dapat terjadi berulangulang sehingga gen tersebut akan terselubungi oleh sejumlah
molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang berbeda-beda.

3.2 Translasi

Bila dibandingkan dengan transkripsi, translasi merupakan proses yang lebih rumit karena
melibatkan fungsi berbagai makromolekul. Makromolekul yang harus berperan dalam proses
translasi tersebut meliputi:

• Lebih dari 50 polipeptida serta 3 hingga 5 molekul RNA di dalam tiap ribosom,
• Sekurang-kurangnya 20 macam enzim aminoasil-tRNA sintetase yang akan mengaktifkan
asam amino,
• Empat puluh hingga 60 molekul tRNA yang berbeda,
• Sedikitnya 9 protein terlarut yang terlibat dalam inisiasi, elongasi, dan terminasi
polipeptida.

Protein disintesis oleh ribosom di sitoplasma dalam suatu proses yang disebuttranslasi.
Sekuens protein yang disintesis ditentukan oleh informasi genetik yang terdapat di dalam molekul-
molekul mRNA. Informasi genetik yang terdapat di dalam mRNA tersebut dinamakan kodon
triplet, karena tersusun oleh tiga buah nukleotida yang terletak bersisian. Kodon triplet dalam untai
mRNA dibaca dari ujung 5’ ke arah ujung 3’, dan polimerisasi asam amino membentuk protein
(polipeptida) berlangsung dari ujung N (amino) ke arah ujung C (karbonil). Kodon triplet bersifat
universal, artinya berlaku umum untuk semua sel, baik sel prokariota maupun eukariota. Tetapi
ada sedikit perbedaan pada kodon triplet untuk gen yang terdapat di dalam mitokondria. Pada saat
translasi, setiap asam amino akan dibawa ke ribosom oleh tRNA (RNA transfer).

Paling tidak ada satu macam tRNA untuk setiap asam amino, beberapa asam amino bahkan
memiliki lebih dari satu macam tRNA. Setiap tRNA memiliki sekuens khas yang disebut
antikodon, yaitu sekuens yang merupakan komplemen dari sekuen kodon pada mRNA.
Komplementasi basa dari sekuens kodon dan antikodon menjamin setiap asam amino akan
ditambahkan pada posisi yang tepat pada untai protein yang sedang dibentuk. Secara umum, proses
translasi dapat dibagi dalam 3 tahap, yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.
4. Regulasi Ekspresi Gen

4.1 Definisi Regulasi Ekspresi Gen

Regulasi ekspresi gen merupakan proses pengaturan dalam penterjemahan informasi genetik.
Regulasi ekspresi gen merupakan sarana bagi sel untuk mengontrol struktur dan fungsi, serta
merupakan dasar dalam diferensiasi sel, morfogenesis, serta fleksibilitas dan adaptabilitas masing-
masing makhluk hidup. Regulasi ekspresi gen adalah suatu pengendalian gen yang berfungsi untuk
memunculkan fenotipe dari genotipe. Proses pengaturan ini dilakukan dengan cara menghentikan
produksi enzim, melalui penghentian gen penyandinya. Regulasi ekspresi gen pada bakteri dimulai
dari proses transkripsi. Ini artinya jika suatu protein (yang dikodekan oleh gen) diperlukan, protein
akan ditranskripsi. Sedangkan jika suatu protein (yang dikodekan oleh gen) tidak diperlukan,
maka protein tidak akan ditranskripsi.

Pengendalian ekspresi gen merupakan aspek penting bagi organisme. Tanpa system
pengendalian yang efisien, sel akan kehilangan banyak energi yang justru merugikan suatu.
Pengendalian suatu gen melibatkan aktivitas gen regulator. Contohnya adalah bakteri E.coli yang
merupakan salah satu contoh organisme prokariotik yang paling banyak dipelajari aspek fisiologi
dan molekulernya. Dalam sistem molekulernya bakteri ini mempunyai banyak sistem
pengendalian ekspresi genetik yang menentukan kapan suatu gen tertentu diaktifkan dan
diekspresikan untuk menghasilkan suatu produk ekspresi.

4.2 Sistem Regulasi Ekspresi Gen

Secara umum dikenal dua sistem pengendalian ekspresi gen, yaitu: pengendalian positif dan
negatif. Pengendalian positif pada suatu operon artinya operon diaktifkan oleh produk gen
regulator. Sebaliknya, pengendalian negatif berarti operon tersebut dinonaktifkan oleh produk
ekspresi gen regulator.

Pengendalian positif membutuhkan protein untuk terjadinya transkripsi, sedangkan

pengendalian negatif membutuhkan protein untuk menghambat terjadinya transkripsi. Produk gen
regulator ada dua macam yaitu: aktivator dan represor. Aktivator berperan dalam pengendalian
secara positif, dan represor berperan dalam pengendalian secara negatif. Produk gen regulator
bekerja dengan cara menempel pada sisi pengikatan protein regulator pada daerah promoter gen
yang diaturnya. Pengikatan aktivator atau represor pada promoter ditentukan oleh keberadaan
molekul efektor yang biasanya berupa molekul kecil seperti asam amino, gula dan metabolit serupa
lainnya. Molekul efektor yang mengaktifkan ekspresi gen disebut induser. Sedangkan yang
bersifat menekan ekspresi gen disebut represor. Lebih jauh pengendalian positif dan negatif dapat
dibedakan menjadi dua sistem yaitu sistem yang dapat diinduksi (inducible system) dan sistem
yang dapat ditekan (repressible system). (Lehninger, 2010: 227).

Gambar 3. Positif-Negatif Regulation

4.3 Prinsip Regulasi Gen

Gen adalah produk yang dibutuhkan setiap saat, seperti pada jalur metabolism enzim pusat,
yang dikeluarkan secara konstan pada setiap sel suatu spesies atau organisme. Ekspresi gen yang
tidak berubah disebut ekspresi Gen konstitutif. Gen konstitutif ini berekspresi terus menerus,
dalam keadaan apapun, karena dibutuhkan untuk memenuhi metabolisme dasar seperti respirasi
dalam metabolisme energi. Disebut juga housekeeping genes dan meliputi 10 % dari seluruh gen.
Protein produknya konstan, tidak terpengaruh lingkungan. Untuk produk gen lainnya, tingkat
respon dalam sel naik turun, hal ini karena diatur dalam ekspresi gen. Produk gen yang
konsentrasinya meningkat dalam keadaan molekuler tertentu.

Ekspresi gen induktif merupakan Gen yang berekspresi khusus, yang hanya diekspresikan
bila ada keadaan yang memungkinkan, atau pada proses induksi. Disebut inducible genes meliputi
90% dari seluruh gen. Contohnya gen pada metabolisme laktosa. Ekspresi gen yang mengkode
DNA perbaikan enzim, misalnya proses tersebut menginduksi sistem protein pengatur yang
merespon kerusakan DNA tingkat tinggi. Sebaliknya, gen produk yang menurun konsentrasinya
sebagai respon terhadap sinyal molekuler yang dapat ditekan. Proses ini disebut represi.

4.4 Elemen yang terlibat dalam regulasi ekspresi gen

a) Gen struktural: bagian/daerah yang mengkode protein

b) Elemen pengontrol
i. Promotor: tempat menempelnya RNA polymerase
ii. Operator: tempat menempelnya gen regulator
c) Gen regulator: bagian/daerah pengatur suatu gen (switch on/off dari suatu gen)
d) Efektor: molekul kecil seperti asam amino, gula atau nukleotida yang fungsinya mengikat
regulator sehingga regulator bisa menempel atau lepas dari situs penempelannya.

5. Regulasi pada prokariot

Regulasi ekspresi gen pada prokariot banyak dimengerti melalui mekanisme yang
dipelajari dengan bakteri. Sistem regulasi yang pertama dimengerti ialah sistem regulasi operon
laktosa pada bakteri E. coli oleh Jacob dan Monod. Regulasi ini berperan dalam mengatur produksi
enzim b-galaktosidase, ketika bakteri harus memilih menggunakan laktosa atau glukosa sebagai
sumber karbonnya.

Gen struktural adalah sekuens nukleotida DNA yang berperan sebagai cetakan untuk
sintesis RNA. Pada prokariota, panjang rata-rata gen 1.000 pasang basa (pb), sedangkan pada
eukariota sepanjang 10.000 pb. Pada sel-sel prokariotik, terdapat gen-gen yang mengelompok
membentuk struktur yang disebut juga operon. Gen-gen yang mengelompok menjadi operon ini
umumnya mengkode beberapa protein yang diperlukan untuk fungsi yang saling berkoordinasi,
misalnya beberapa enzim yang diperlukan untuk biosintesis asam amino tertentu, atau beberapa
enzim yang bekerja bersama-sama dalam satu jalur metabolisme tertentu. Gen seperti ini disebut
gen polisistronik yaitu kumpulan beberapa gen yang diatur oleh satu gen regulator. Transkripsi dari gen
polisistronik akan menghasilkan mRNA polisistronik, yaitu RNA yang mengkode beberapa protein
sekaligus.

Pengaturan atau regulasi atau kontrol ekspresi gen pada sel-sel bakteri terutama dilakukan
pada tahap inisiasi transkripsi. Sebagaimana gen-gen prokariotik umumnya, inisiasi diatur oleh dua
elemen sekuens DNA, yaitu sekuens pada basa -35 yang sekuensnya TTGACA dan sekuens pada posisi
basa -10 yang sekuensnya TATAAT. Sekuens pada posisi -10 ini juga dikenal sebagai Pribnow Box. Kedua
sekuens ini disebut sekuens promoter, karena keduanya membantu pengenalan tempat dimulainya
transkripsi pada untai DNA template (sekuens ini disebut juga sekuens promoter).

Aktivitas RNA polimerase pada masing-masing sekuens promoter dipengaruhi melalui

interaksi sekuens promoter dengan protein tertentu, yang disebut protein regulator. Pengikatan
protein regulator pada sekuens promoter akan mempengaruhi pengenalan sekuens tersebut oleh RNA
polimerase, dapat berupa represi (negatif) atau atenuasi (positif). Jika pengaruhnya negatif, maka
protein regulator disebut represor, sebaliknya jika pengaruhnya positif maka disebut protein
aktivator. Apabila interaksi RNA polimerase dengan sekuens promoter dihambat (mengalami
represi, oleh protein represor), maka transkripsi tentu tidak akan dapat berlangsung. Sebaliknya
protein aktivator akan mempermudah interaksi RNA polimerase dengan sekuens promoter, sehingga
apabila tanpa aktivator gen tidak dapat ditranskripsikan, maka dengan adanya aktivator transkripsi akan
dapat berlangsung.

Berikut ini akan dijelaskan dua sistem regulasi yang paling umum dilakukan pada bakteri,
yaitu sistem operon laktosa (operon lac) dan sistem operon triptopan (operon trp). Pada operon
lac ekspresi gen diatur pada tingkat promotor, yaitu mengatur kontak antara promotor dengan
enzim transkriptase (pengendali transkripsi). Pada operon trp ekspresi diatur dengan cara
menghentikan transkripsi bila produk trankripsi, yaitu triptofan, sudah mencapai kuantitas yang
dibutuhkan. Selain itu juga terdapat system operon arabinosa (operon Ara) dan operon Galaktosa
(operan Gal)
5.1 Sistem Regulasi Operon laktosa

Salah satu contoh regulasi ekpresi gen pada sel-sel bakteri tampak pada regulasi operon
lac, yang menyandi enzim-enzim yang berperan dalam katabolisme laktosa. Laktosa adalah
gula bisakarida, yaitu gula yang tersusun atas dua molekul gula sederhana, yaitu glukosa dan
galaktosa. Laktosa dapat diuraikan menjadi glukosa dan galaktosa dengan bantuan enzim b-
galaktosidase. (Gambar 4)

Gambar 4. b-galaktosidase
 Bakteri E. coli dalam hidupnya dapat memanfaatkan baik laktosa maupun glukosa
tergantung gula mana yang tersedia dilingkungan. Bakteri E. coli mempunyai kemampuan
mensisntesis b-galaktosidase sehingga bila laktosa yang dimanfaatkan sebagai sumber karbon
maka bakteri tersebut akan mampu mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Namun bila
tersedia laktosa dan glukosa maka bakteri akan memilih glukosa sebagai sumber karbon, karena
glukosa merupakan gula yang lebih langsung dimanfaat dalam proses metabolisme. Pengaturan
ekspresi gen ini disebut sistem regulasi ekspresi gen; dan sistem ini pertama kali dijelaskan oleh
Jacob dan Monod. Sistem regulasi yang ditemukan oleh mereka sekarang dikenal sebagai sistem
regulasi operon laktosa, Sistem regulasi ini merupakan sitem regulasi pada tingkat inisiasi
transkripsi atau regulasi pada tingkat promotor.

Dalam operon lac terdapat tiga buah gen struktural yang menyandi protein (lac-z, lac-y, dan
lac-a) dan sebuah sekuens pengendali yang di dalamnya terdapat gen regulator (gen lac-i) dan satu bagian
pengatur yang disebut operator (Gambar 5). Sekuens pengendali ini terdapat di luar sekuens gen
struktural yang mengandung kode untuk ketiga enzim tersebut. Gen lac-i mengkode protein
represor untuk operon lac. Gen lac-z mengkode enzim β-galaktosidase (β-gal), yang mempunyai peran
utama untuk menghidrolisis laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Gen lac-y mengkode permease,
yang meningkatkan permeabilitas sel terhadap β-galaktosides. Gen lac-a mengkode enzim
transasetilase.

Gambar 5. Struktur operon Lac

Dalam pertumbuhan di dalam medium berbasis glukosa (tidak ada laktosa sebagai
induktor), protein represor lac yang dihasilkan sebagai ekpresi gen lac-i, akan berikatan dengan
sekuens operator, dan mencegah terjadinya transkripsi dari gen-gen struktural yang terdapat
dalam operon ini. Akibatnya, sintesis enzim-enzim yang berperan dalam katabolisme laktosa
tidak terjadi. Sebaliknya, apabila di dalam medium terdapat laktosa (induktor), maka protein
represor akan diikat oleh laktosa. Represor menjadi tidak aktif dan tidak dapat berikatan dengan
sekuens operator. Akibatnya, RNA polimerase dapat mengenali dan menduduki sekuens promoter,
transkripsi gen-gen struktural yang terdapat dalam operon dapat berlangsung (Gambar 6).
Ekspresi operon lac operon akan terhambat, bahkan walau ada laktosa, apabila dalam medium
terdapat glukosa. Penghambatan seperti ini dinamakan “represi katabolit”, terjadi karena
rendahnya konsentrasi cAMP yang disebabkan oleh cukupnya kadar glukosa di dalam medium.
Apabila ke dalam medium ditambahkan cAMP berlebih, maka represi akan hilang, walaupun
glukosa masih ada. Kemampuan cAMP mengaktifkan ekspresi operon lac disebabkan oleh interaksi
cAMP dengan protein yang disebut CRP (for cAMP receptor protein) atau CAP (catabolite
activator protein). Kompleks cAMP-CRP akan berikatan dengan sekuens operon lac yang berada di-
upstream dari tempat pengikatan RNA polimerase, dan menstimulasi aktivitas RNA polimerase
sampai 20-50 kali lipat.

Gambar 6. (a) Dalam keadaan tidak ada induktor ekspresi gen akan terhambat
(b) Jika ada induktor maka ekspresi gen akan berlangsung.
 Glukosa berfungsi untuk mengatur aktivitas CAP melalui pengaturan cAMP. Antara
CAP dan cAMP dapat terbentuk asosiasi, dan asosiasi ini akan menyebabkan CAP aktif
berperan sebagai aktivator; CAP yang terbebas dari cAMP tidak dapat berperan sebagai
aktivator. Kuantitas cAMP berbanding terbalik dengan kuantitas glukosa. Saat glukosa di
dalam sel berjumlah kecil cAMP ditemukan berada dalam jumlah yang besar, dan bila kuantitas
glukosa dalam sel meningkat maka cAMP akan menurun.

Dalam keadaan kuantitas rendah cAMP tidak dapat berasosiasi dengan CAP, akibatnya
CAP tidak dapat menjadi aktivator. Jadi pada saat glukosa rendah cAMP berada dalam jumlah
besar dan membentuk asosiasi cAMP-CAP yang berperan menjadi aktivator enzim
transkriptase, sehingga terjadi transkripsi operon laktosa. Ketika glukosa meningkat sampai
jumlah tertentu cAMP menurun sehingga tidak terbentuk asosiasi cAMP-CAP, dan CAP tidak
dapat berperan sebagai aktivator dan transkripsi operon laktosa tidak berlangsung.

Gambar 7. (a) Laktosa ada, glukosa langka (kadar cAMP tinggi), mRNA lac yang
disintesis melimpah; (b) Laktosa ada, glukosa ada (kadar cAMP rendah), mRNA lac
yang disentesis sedikit.

(Sumber: Campbell, 2010)

 Pada kenyataannya regulasi oleh laktosa dan glukosa atau oleh lac-i dan crp berjalan
secara simultan. Protein inhibitor dan aktivator bekerja secara bersamaan dalam mempengaruhi
kerja transkriptase. Pada Tabel diperlihatkan hasil kombinasi kerja antara kedua gen tersebut.
Terlihat bahwa b-galaktosidase akan disintesis hanya pada kondisi kehadiran laktosa dan tidak
ada glukosa.
Tabel 1. Regulasi Operon laktosa

Laktosa Represor/ Glukosa cAMP cAMP-CAP b-galaktosidase

Lac-i

hadir tidak aktif hadir rendah tidak terbentuk tidak terekspresi

hadir tidak aktif tidak hadir tinggi terbentuk tereskpresi

tidak hadir aktif hadir rendah tidak terbentuk tidak terekspresi

tidak hadir aktif tidak hadir tinggi terbentuk tidak terekspresi

5.2 Sistem Regulasi Operon trp

Operon trp mengkode protein-protein yang berperan dalam biosintesis triptofan (trp),
Kelompok gen ini, seperti halnya operon lac, diregulasi oleh represor yang berikatan dengan
sekuens operator. Aktivitas represor trp untuk mengikat sekuens operator akan diperkuat apabila ia
terikat dengan triptofan. Dalam hal ini, triptofan disebut sebagai korepresor. Karena aktivitas represor
trp untuk mengikat sekuens operator akan diperkuat dengan adanya triptofan, maka dapat dikatakan
kecepatan ekspresi operon trp ditentukan oleh banyaknya triptofan di dalam sel. Apabila triptofan
terdapat dalam konsentrasi cukup tinggi, maka ekspresi operon trp akan dihambat, sehingga
biosintesis triptofan pun terhambat. Mekanisme seperti ini disebut regulasi negatif terhadap ekspresi
gen. Sebaliknya pada operon lac, adanya laktosa justru akan mengaktifkan ekspresi operon, jadi laktosa
berfungsi sebagai induktor. Mekanisme seperti ini disebut regulasi positif.
 Kontrol metabolik terjadi ada 2 tingkat, seperti pada gambar dibawah, Sel menyesuaikan
aktivitas enzim yang sudah ada. Aktivitas enzim pertama dalam jalur sintesis triptofan dihambat
oleh produk akhir jalur tersebut. Dengan demikian, jika triptofan menumpuk dalam sel, asam
amino tersebut menghentikan sintesis lebih banyak triptofan dengan cara menghambat enzim.
Operon untuk enzim katabolik cenderung akan diaktifkan jika ada senyawa yang akan dirombak,
misalnya laktosa. Sebaliknya, operon untuk enzim anabolik pada umumnya akan dinon-aktifkan,
jika tersedia senyawa yang akan disintesis, misalnya asam amino triptofan. Oleh karena itu, jika
di dalam sel sudah tersedia cukup triptofan maka operon trp akan dinon-aktifkan.

Gambar 8. Regulasi jalur metabolic (Sumber: Campbell, 2010)

Selain dengan mekanisme pengendalian negatif semacam ini, operon trp juga mempunyai
mekanisme pengendalian lain, yaitu mekanisme pelemahan yang tidak ada pada operon lac. Sel
juga dapat menyesuaikan tingkat produksi enzim-enzim tertentu. Dengan kata lain sel dapat
meregulasi ekspresi gen pengode enzim. Jika, dalam contoh, lingkungan menyediakan semua
triptofan yang dibutuhkan oleh sel, sel akan berhenti membuat enzim-enzim yang menganalisis
sintesis triptofan Pada kasus ini, kontrol produksi enzim terjadi pada transkripsi, sintesis RNA
duta yang mengkodekan enzim-enzim tersebut. Secara lebih umum, banyak gen genom bakteri
dinyalakan dan dimatikan oleh perubahan status metabolik sel.

Operon trp mengandung lima gen struktural, yaitu: trp-E, trp-D, trp-C, trp-B, dan trp-A, yang
mengkode enzim triptofan sintetase. Disamping itu operon trp juga mengandung sebuah sekuens
promoter tempat RNA polimerase terikat pada saat inisiasi transkripsi, dan sebuah gen represor
(trp R) yang mengkode protein represor trp. Protein represor ini yang nantinya akan berikatan
dengan sekuens operator, dan menghalangi terjadinya transkripsi. Pada operon lac,
allolaktotase/laktosa yang berikatan dengan protein represor akan menginaktifkan represor,
sehingga transkripsi dapat berlangsung. Sebaliknya pada operon trp, pengikatan triptofan pada
protein represor justru akan menghalangi terjadinya transkripsi (Gambar 9).

Gambar 9. Struktur Operon trp

Berbeda dengan operon lac, operon trp juga memiliki peptida leader dan sebuah sekuens
atenuator yang memungkinkan terjadinya regulasi dengan kuantitas bertingkat (graded regulation).
Proses atenuasi ekspresi gen ini merupakan mekanisme kedua dan melengkapi regulasi terhadap
ekspresi operon trp. Jika represor trp dapat menekan transkripsi operon trp sampai 7 kali lebih kecil,
maka atenuasi dapat menekannya menjadi 10 kali lipat lagi, sehingga dengan kedua mekanisme ini ekspresi
operon trp dapat ditekan sampai 700 kali lebih kecil. Mekanisme atenuasi ini dapat terjadi karena pada
sel prokariotik (yang tidak memiliki membran nukleus), translasi sudah dimulai pada saat transkripsi
masih berlangsung. Karena proses transkripsi dan translasi dapat berlangsung pada saat yang sama, maka
proses translasi dapat mempengaruhi proses transkripsi operon secara langsung.
 Langkah pertama dalam mekanisme Atenuasi dimediasi oleh pembentukan salah satu dari
dua kemungkinan struktur loop-batang dalam segmen 5 operon trp di mRNA. Jika konsentrasi
triptofan rendah maka translasi peptida leader lambat dan transkripsi trp operon melampaui
translasi. Hal ini menghasilkan pembentukan struktur lingkaran batang yang tidak dapat
dihentikan di antaranya daerah 2 dan 3 di segmen 5 'mRNA. Transkripsi operon trp kemudian
selesai. Jika konsentrasi triptofan tinggi, ribosom dengan cepat menerjemahkan peptida leader
mRNA. Karena Terjadinya translasi terjadi dengan cepat sehingga ribosom menutupi region 2
sehingga tidak dapat menempel pada region. Akibatnya pembentukan struktur lingkaran batang
antara wilayah 3 dan 4 terjadi dan transkripsi dihentikan.

Gambar 10. Mekanisme atenuasi transkripsi operon trp

5.3 Sistem Regulasi Operon Ara
Katabolisme L-arabinosa oleh E-coli melibatkan tiga enzim yang dikode oleh tiga gen
berurutan, yaitu araB, araA, dan araD. Aktivitas transkripsi ketiga gen tersebut diatur oleh gen
keempat yaitu araC. Lokus araC dan araBAD ditranskripsi dengan arah yang berlawanan oleh
suatu daerah promotor sentral. Aktivitas ipromotor araC (Pc) maupun promotor araBAD (PBAD)
distimulasi oleh CAP-cAMP. Pada saat tidak tersedia arabinosa, sehingga tidak diperlukan enzim
untuk katabolisme, protein araC melakukan pengendalian negatif dengan cara menempel pada
araO2 dan aral1. Penempelan itu menyebabkan DNA membengkok sehingga menekan transkripsi
operon araBAD. Sebaliknya, jika arabinosa tersedia, terjadi perubahan konfirmasi protein araC
sehingga protein regulator tersebut tidak dapat menempel pada araO2 melainkan melekat pada
aral1 dan aral2. Hal ini menyebabkan penghilangan struktur bengkokkan DNA yang sebelumnya
menekan operon ara BAD sehingga operon ini dapat ditranskripsi dan translasi menghasilkan
enzim-enzim yang digunakan untuk metabolisms arabinosa.
5.4 Sistem Regulasi Operon Gal
Operon gal pada E. coli terdiri atas tiga gen struktural, yaitu galE, galT, dan galK yang
ditranskripsi dari dua promotor yang saling tumpang tindih pada sisi sebelah hulu dari galE.
Operon ini selain bertanggung jawab dalam metabolisme galaktosa sebagai sumber karbon, juga
berperan dalam mengubah UDP-glukosa menjadi UDP-galaktosa pada waktu tidak ada galaktosa.
Meskipun transkripsi kedua promotor gal dapat diinduksi oleh galaktosa, tetapi produk galE
dalam aras dasar selalu dibutuhkan pada saat tidak tersedia galaktosa. Operon gal juga diatur oleh
sistem represi katabolic. Pada saat konsentrasi cAMP tinggi, kompleks CAP-cAMP akan
menstimulasi transkripsi dari promotor pertama sekaligus menekan promotor kedua sehingga
terbentuk produk gen-gen struktural operon gal. dasar (basal level).

6. Regulasi Ekspresi Gen pada sel Eukariot

Sel-sel eukariotik berukuran 10 kali lebih besar daripada sel prokariotik dan volumenya
dapat 1000 kali lipatnya. Perbedaan dasarnya dalah adanya kompartemen dalam sel berlapis
membran, aktivitas metabolisme terjadi. Hal yang paling penting adalah adanya DNA di dalam
nukleus. Berdasarkan struktur inilah nama eukariot yang berarti inti sebenarnya diberikan
(Santoso, 2016). Sel eukariot umumnya berdiameter 10-100 µ. Selain itu, eukariotik bergerak
dengan silia atau flagel yang kompleks, terkecuali pada tumbuhan tingkat tinggi (Campbell, 2010).

Pada sel eukariot, Regulasi ekspresi gen dapat terjadi pada semua tahapan proses. Regulasi
dapat terjadi ketika DNA dilepaskan dari nukleosom untuk mengikat faktor transkripsi (epigenetic
level), saat RNA ditranskripsikan (level transkripsi), saat RNA diproses dan diekspor ke
sitoplasma setelah ditranskripsi (pasca-transkripsi level), ketika RNA diterjemahkan menjadi
protein (level translasi), atau setelah protein dibuat (pasca- tingkat transkripsi). Kontrol yang
bekerja pada ekspresi gen jauh lebih kompleks pada eukariota daripada pada prokariota. Perbedaan
utama adalah keberadaan membran inti pada eukariota, yang mencegah transkripsi dan translasi
simultan yang terjadi pada prokariota. Sedangkan, pada prokariota, control inisiasi transkripsi
adalah titik regulasi utama, pada eukariota regulasi ekspresi gen dikontrol hamper secara ekuivalen
dari banyak titik berbeda.
Regulasi ekspresi gen eukariotik dapat berlangsung di berbagai tahap aliran informasi genetik, mulai
dari DNA sampai protein. Dari Gambar 11dibawah, dapat dijelaskan beberapa tahapan regulasi gen
eukariot

a) mengatur kapan dan berapa sering sebuah gen ditranskripsikan (kontrol transkripsi),
b) mengatur bagaimana mRNA hasil transkripsi dipotong atau diproses (kontrol prosesing mRNA),
c) menentukan mRNA mana yang akan diekspor dari nukleus ke sitosol (kontrol lokalisasi dan
transport RNA),
d) secara selektif mendegradasi molekul mRNA tertentu (kontrol degradasi RNA),
e) memilih mRNA mana yang ditranslasikan oleh ribosom (kontrol translasi), dan
f) secara selektif mengaktivasi atau mendeaktivasi protein setelah disintesis (kontrol
aktivitas protein).

Namun demikian, sama seperti pada sel-sel prokaritik, regulasi utama ekspresi gen eukariotik adalah
kontrol pada tahap inisiasi transkripsi.

Gambar 11. Ekspresi gen Eukariotik dapat diregulasi pada beberapa tahapan tertentu.

6.1 Regulasi Kromosom

Kromosom eukariot tersusun atas dua komponen: DNA dan protein histon. DNA
merupakan bahan dasar gen yang mengandung informasi untuk mengendalikan kehidupan, dan
histon berfungsi untuk melindungi DNA dari kerusakan mekanik, misal putus saat bergerak pada
waktu mitosis atau meiosis. Kromosom yang nampak di bawah mikrosokop cahaya pada saat
mitosis atau meiosis merupakan hasil penggulungan DNA pada histon.
 Penggulunangan ini berlangsung melalui beberapa tingkat. Kromosom yang berada dalam
keadaan aktif, yaitu pada fase di luar mitosis atau meiosis secara umum berada dalam keadaan
tidak tergulung. Sedangkan komosom yang berada dalam keadaan tergulung, gennya tidak akan
berekspresi. Gen-gen yang secara permanen tidak diekspresikan pada suatu jaringan kemungkinan
besar DNAnya (bersama dengan histon) berada dalam keadaan tergulung. DNA tergulung pada
protein yang disebut dengan protein histon membentuk nukleosom. Kumpulan nukleosom tersebut
digulung lagi membentuk suatu struktur menyerupai fiber. Fiber tersebut digulung lagi hingga
membentuk kromatin.

Gambar 12. Tahapan pembentukan kromosom

Studi morfologi kromosom di bawah mikroskop cahaya memperlihatkan adanya pita-pita

pada suatu kromosom sebagai akibat perbedaan intensitas penyerapan warna pada berbagai
wilayahnya. Wilayah yang menyerap warna sangat pekat disebut heterokromatin, sedangkan
yang berwarna lebih terang disebut eukromatin. Heterokromatin merupakan wilayah dengan
DNA tergulung sangat kompak, sehingga berwarna pekat, sedang pada eukromatin gulungannya
lebih longgar. Pada wilayah heterokromatin, terdapat gen-gen yang tidak aktif berekspresi,
sedangkan gen-gen yang aktif berekspresi terdapat pada wilayah eukromatin.
 Salah satu pengaturan atau regulasi ekspresi gen terjadi, ketika DNA menggulung pada
protein histon. Ujung N (N-terminus) dari setiap protein histon menonjol keluar dari nukleosom.
Penonjolan tersebut dengan dikatalisis enzim tertentu dapat ditempeli berbagai gugus senyawa
kimia, seperti seperti asetil (-COCH3), metil,dan gugus fosfat. Sebagai contoh regulasi atau
pengaturan ekspresi gen yang terjadi adalah apabila terjadi penempelan gugus asetil (-COCH3)
pada protein histon (histone acetylation). Ketika terjadi histone acetylation, kromatin menjadi
terurai sehingga DNA bisa ditranskripsi menjadi RNA.

Gambar 13 Contoh Regulasi pada kromosom

6.2 Regulasi Transkripsi
6.2.1 Melalui Pendekatan Kromosom

Sebagaimana pada sel-sel bakteri, transkripsi dalam sel-sel eukariotik dikendalikan melalui
pengikatan protein-protein tertentu pada sekuens regulator spesifik pada DNA, yang akhirnya akan
memodulasi aktivitas RNA polimerase. Regulasi ekspresi gen pada berbagai jenis sel-sel
eukariotik dalam tubuh organisme multiselular yang sudah berdiferensiasi secara paripurna ini
sangat rumit. Hal ini dilakukan terutama melalui kombinasi aksi berbagai jenis protein regulator
transkripsi. Proses inisiasi transkripsi DNA pada eukariotik lebih kompleks jika dibandingkan
pada prokariotik. Transkripsi DNA pada eukariotik harus melibatkan transcription factor dan
enhancer dan protein protein tertentu. Enhancer adalah urutan nukleotida yang jauh jaraknya cukup
jauh dari gen. Transcription factor adalah protein yang mempengaruhi terjadinya transkripsi DNA
pada eukariotik. Transcription factor dapat berupa aktivator atau repressor. Mekanisme sederhana
dari inisiasi transkripsi pada eukariotik dijelaskan dalam gambar 14

Gambar 14. Transkripsi sel Eukariot

Letak Regulasi ekspresi gen ketika inisiasi transkripsi tersebut ada pada transcription
factor. Jika transcription factor merupakan repressor, transkripsi DNA tidak dapat berlangsung.
Pengaturan ekspresi gen saat inisiasi transkripsi juga terletak pada enhancer dan aktivator.
Enhancer mempunyai 3 situs ikatan (binding site) yang masing-masing mengikat suatu aktivator
yang spesifik. Jika dalam suatu sel terdapat aktivator untuk masing- masing situs ikatan (binding
site) maka proses transkripsi dapat berlangsung. Sebagai contoh adalah regulasi ekspresi gen
ketika proses differensiasi embrio. Semua sel embrio memiliki gen – gen yang sama, namun hanya
bakal sel hati yang mengekspresikan protein albumin dan hanya bakal sel lensa (mata) yang
mengekspresikan kristalin. Control element (aktivator) dari kedua gen tersebut mempunyai
kombinasi yang berbeda walaupun mempunyai satu jenis control element (aktivator). Pada
Gambar 15, Control element (aktivator) yang sama disimbolkan dengan warna abu-abu.

Gambar 15. Regulasi Transkripsi pada protein albumin

 Transkripsi gen pengkode albumin akan terjadi jika ketiga Control element (aktivator) ada
dalam sel dan ketiganya hanya terdapat pada bakal sel hati. Sehingga gen tersebut hanya
terekspresi di sel bakal hati meskipun semua sel memiliki gen tersebut. Transkripsi gen pengkode
protein kristalin akan terjadi jika ketiga Control element (aktivator) ada dalam sel dan ketiganya
hanya terdapat pada bakal sel lensa (mata), Sehingga gen tersebut hanya terekspresi di sel lensa
(mata) meskipun semua sel memiliki gen tersebut.

Gambar 16. albumin di dalam sel liver dan sel lensa mata

6.2.2 Melalui Pendekatan Gen Individu

a. Cis-acting Sequences
Sekuens yang berada di arah 5' dari situs awal atau start site transkripsi ini merupakan
bagian yang paling penting dalam inisiasi transkripsi. Disinilah dibentuk kompleks transkripsi.
Secara umum, bagian ini disebut “sekuens promoter”. Dalam genom eukariotik terdapat beberapa
sekuens yang sangat dikonservasi, salah satu di antaranya adalah yang dikenal sebagai “TATA
Box”. Sekuens ini terletak sekitar 30 ke arah upstream (-30) dari situs awal transkripsi, dan
merupakan satu-satunya sekuens yang mutlak ada dalam sekuens promoter. Sekuens lain yang
juga sering ditemukan dalam promoter, tetapi tidak selalu ada, adalah sekuens CCAAT (disebut
“CAT Box”) dan “Box GC”. Karena mutan dari ketiga sekuens ini hanya mengekspresikan mRNA
dalam jumlah sangat kecil, maka diperkirakan ketiganya merupakan sekuens yang sangat penting
dalam kompleks transkripsi.
b. Trans-acting Sequences
Trans-acting factors secara fungsional memiliki dua domain. Domain pertama dibutuhkan
untuk berikatan dengan DNA, dan domain yang kedua dibutuhkan untuk aktivasi transkripsi. Ada
beberapa kelas trans-acting factors yang sudah dikenal, dan seluruhnya mengaktivasi transkripsi
dengan jalan berikatan dengan DNA pada sekuens promoter. Dalam tabel 2 berikut ini disajikan
beberapa trans- acting factors tersebut.

Tabel 2. Beberapa trans-acting factors yang sudah dikenal

Kelas Monomer Keterangan Contoh

atau Dimer
Heliks- Monomer Domain tiga helks; heliks 3 Protein homeotik
turn- berikatan dengan DNA dan heliks 1 Drosophila
Heliks dan 2 berikatan dengan protein
lain
Zinc Monomer Berikatan dengan Zn (zinc) dalam Protein reseptor
Finger bagian protein yang kaya histidin- steroid
sistein
Leucine Homo- atau Dimer terbentuk dari interaksi Proto-oncogene c-
Zipper heterodimer bagian protein yang kaya leusin Fos dan c-Jun;
gen op2 pada
jagung
Heliks- Dimer Dua heliks dihubungkan oleh Proto-oncogene
loop- sebuah loop c-myc
Heliks

c. Domain Pengaktifan Transkripsi

Domain ini umumnya bertindak secara terpisah dan independen dari domain pengikatan
DNA. Mengaktifkan transkripsi domain meningkatkan transkripsi dengan melakukan ineraksi
fisik dengan protein pengatur lain dan / atau dengan RNA polimerase. Mekanisme sebenarnya
yang digunakan domain ini untuk mengaktifkan atau meningkatkan transkripsi tidak dikenal.
d. Domain Pengikat Ligan
Hormon steroid, hormon tiroid, dan asam retinoat adalah contoh ligan yang mengaktifka
transkripsi mengikat ke domain tertentu pada protein reseptor. Setelah mengikat reseptor
mengalami konformasi perubahan yang memungkinkannya untuk mengikat DNA. Begitu terikat
pada DNA, protein reseptor dapat mengaktifkan atau menekan transkripsi gen target.

6.3 Regulasi Post-Transkripsi Eukariot

RNA hasil transkripsi DNA dari eukariotik tidak langsung ditranslasi menjadi protein,
namun harus melewati beberapa proses terdahulu, salah satu proses yang harus dilalui yaitu intron
splicing. RNA hasil traskripsi pada eukariotik disebut dengan primary RNA. yang terdiri dari
bagian intron dan bagian ekson. Intron adalah bagian atau segmen dari RNA yang tidak
menyandikan asam amino, sedangkan ekson adalah bagian atau segmen dari RNA yang
menyandikan suatu asam amino. Intron splicing adalah suatu proses pemotongan atau pembuangan
bagian intron dari primary RNA sehinnga membentuk mRNA. Dari proses intron splicing tersebut
terkadang suatu primary RNA dapat membentuk mRNA yang berbeda-beda. Sebagai contoh, pada
gen troponin yang dapat menghasilkan 2 protein yang berbeda. primary RNA yang dihasilkan dari
gen tersebut mempunyai 5 ekson. Saat proses intron splicing, primary RNA dapat menghasilkan
mRNA yang tersusun dari ekson ke-1, ke-2, ke-3, ke-5 atau yang tersusun dari ekson ke-1, ke-2,
ke-4, ke-5. Masing-masing mRNA tersebut menghasilkan protein yang berbeda.

Gambar 17. Saat proses (RNA splicing), gen Trp menghasilkan 2 jenis mRNA
6.4 Regulasi Translasi Eukariot
Setelah mRNA masuk kedalam sitoplasma akan terjadi proses translasi menghasilkan
protein. Regulasi dapat terjadi pada tahapan ini, yang meliputi berbagai cara termasuk
pendegradasian mRNA, inisiasi translasi, pengaktifan protein, dan degradasi protein. Regulasi
tingkat mRNA. Panjang pendeknya umur mRNA akan menentukan kuantitas protein yang
disintesis, mRNA yang berumur panjang akan menghasilkan protein lebih banyak ketimbang yang
dihasilkan mRNA yang berumur pendek.

6.4.1 Regulasi pada inisiasi translasi.

Terdapat sejumlah protein yang berfungsi mengatur jalannya translasi. Sebagai contoh, sel
darah merah mempunyai protein yang berfungsi sebagai inhibitor terhadap inisiasi translasi mRNA
hemoglobin. Protein inhibitor ini akan menjadi tidak aktif bila ada senyawa heme. Senyawa heme
yaitu senyawa penyusun hemoglobin yang berfungsi mengikat Fe. Bila ada heme maka polipeptida
penyusun hemoglobin dapat disintesis, dan kemudian akan berasosiasi dengan heme membentuk
molekul hemoglobin.

6.4.2 Regulasi pascatranslasi.

Sebelum menjadi protein aktif atau fungsional, polipeptida hasil transkripsi akan
mengalami suatu pemrosesan agar dapat membentuk struktur fungsionalnya. Pemrosesan ini
melibatkan pemotongan rantai polipeptida atau penambahan asam amino baru atau senyawa lain
seperti karbohidrat pada rantai polipeptida. Sebagai contoh polipeptida yang akan ditranspor
melewati membran akan mengandung ruas signal transpor dibagian hulu rantainya. Ruas signal
transpor akan berperan membawa polipeptida melewati pori-pori membran. Ruas signal ini akan
dipotong setelah polipeptida melewati membran. Insulin aktif mengandung dua rantai asam-
amino; namun kedua rantai tersebut berasal dari satu polipeptida hasil transkripsi.
7. Perbedaan Regulasi Ekspresi Gen antara Prokariota dan Eukariota

Tabel. 3. Perbedaan Regulasi Antara Prokariota dan Eukariota

Prokariota Eukariota
Kekurangan inti Mengandung inti
DNA ditemukan di dalam sitoplasma DNA terikat ke kompartemen inti
Transkripsi RNA dan pembentukan Transkripsi RNA terjadi sebelum
protein terjadi hampir secara pembentukan protein, dan terjadi di nukleus.
bersamaan Terjemahan RNA menjadi protein terjadi di
dalam
sitoplasma.
Ekspresi gen diatur terutama pada Ekspresi gen diatur pada banyak tingkatan
tingkat transkripsi (epigenetik, transkripsi, bolak-balik inti,
pasca-
Promote polisistronik transkripsi, translasi, dan pasca-
translasi) Promote monosistronik
RNA polymerase 1 macam RNA polymerase 3 macam
Proses inisiasi hanya memerlikan Proses inisiasi memerlukan protein/enzim lain
DNA polimerase
Post transkripsional tidak ada Post transkripsional ada
Proses simultan Proses nonsimultan
System operon, negative feedback Dapat diatur pada berbagai tahap dan
non coding RNA

8. Daftar Pustaka

• Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L. Biochemistry. 5th edition. WH Freeman & Co.; Cooper
GM, Sunderland MA. The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition. Sinauer Associates;
2000.
• Evan, G. 1991. “Regulation of Gene Expression.” British Medical Bulletin 47 (1): 116–35.
https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.bmb.a072451.
• Lodish, Harvey, Arnold Berk, and Kaiser Chris A. 2016. Molecular Cell Biology. 8th ed. New
York:
W.H Freeman and Company.
• Murray, Robert K. 2003. Harper’s Illustrated Biochemistry. Military Medicine. 26th ed. Vol. 147.
Lange Medical Books/McGraw Hill. https://doi.org/10.1093/milmed/147.1.48.
• Nelson, David. L., and Michael M.Cox Cox. 2008. Principles of Biochemistry Sixth Edition.
Macmillan. 6th ed. Vol. 6. USA. https://doi.org/10.1136/bmj.4.5733.481-a.
• www2.csudh.edu/nsturm/CHEMXL153/RegulationofGeneExpression.html
• https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Introductory_and_General_Biology/Book%3A_Bi
ology_(Kimball)/09%3A_Regulation_of_Gene_Expression/9.01%3A_Regulation_of_Ge
ne_Expressionin_Bacteria
• https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Genetics/Book%3A_Working_with_Molecular_Ge
netics_(Hardison)/Unit_IV%3A_Regulation_of_Gene_Expression/15%3A_Positive_and
_negative_control_of_gene_expression