PROTEOMIK ANALISIS

Proteomik (proteomik) kata dari protein (protein) dan genomik (genomik) kombinasi
dari dua kata, yang berarti "kelompok gen mengungkapkan protein lengkap",
yang mencakup seluler serta biologi Semua menyatakan protein. Proteome
dasarnya mengacu pada karakteristik massa tingkat protein, termasuk protein
tingkat ekspresi, modifikasi pasca-translasi, interaksi protein-protein, dimana
tingkat protein dari penyakit, proses metabolisme sel holistik dan pemahaman
yang komprehensif tentang konsep pertama kali digunakan oleh Marc Wilkins
pada tahun 1995 diangkat.
Kata pengantar
Kegiatan penelitian proteome tidak hanya untuk hukum untuk memberikan
bahan dasar dari kehidupan, tetapi juga untuk berbagai jenis mekanisme
penyakit mengklarifikasi dan mengatasi menyediakan dasar teoritis dan solusi.
Melalui individu normal dan patologis individu proteome analisis komparatif, kita
dapat menemukan beberapa "molekul protein penyakit tertentu," yang bisa
menjadi target molekuler baru untuk desain obat, atau akan memberikan
diagnosis awal penanda penyakit . Memang, orang-orang di seluruh dunia obat
terlaris sendiri adalah sasaran dari protein, atau molekul protein. Oleh karena itu,
penelitian proteomik adalah untuk mengeksplorasi misteri kehidupan tidak hanya
harus bekerja, tetapi juga untuk kesehatan manusia membawa manfaat yang
luar biasa. Proteomik dalam penelitian ilmu kehidupan menjadi karakteristik era
pasca-genom.
Strategi Dasar
Proteome (Proteome) konsep pertama kali diusulkan oleh Marc Wilkins, yang
didefinisikan oleh genom (genom), atau sel, jaringan ekspresi dari semua protein
(protein). Konsep Proteome dan konsep genom ada banyak perbedaan, yang
bersama dengan organisasi, atau bahkan mengubah kondisi lingkungan yang
berbeda dalam transkripsi gen dapat menjadi berbagai bentuk mRNA splicing,
dan berbagai bentuk protein yang sama mungkin modifikasi pasca-translasi.
kelompok protein bukan merupakan produk langsung dari genom, proteome
Jumlah protein dalam genom kadang-kadang dapat melebihi jumlah Proteomika

(proteomik) di awal "perkembangan" negara, para ahli di lapangan menyangkal

bahwa itu adalah metodologi sederhana, sama seperti genomik, tidak tertutup,
konseptualisasi stabil pengetahuan, melainkan lapangan. proteomik berfokus
pada deskripsi regulasi gen dinamis ekspresi gen dengan penentuan kuantitatif
kadar protein, penyakit mengidentifikasi, efek obat pada proses kehidupan dan
menjelaskan mekanisme regulasi ekspresi gen sebagai ilmu pengetahuan,
proteomik tidak mulai dari awal, yang lebih dari 20 tahun sejarah dari protein
(peptida) spektrum dan produk gen adalah teknologi ekstensi pemetaan.
mengandalkan dua dimensi elektroforesis pemetaan peptida (elektroforesis gel
dua dimensi, 2-DE) dan analisis citra lebih lanjut, sedangkan pemetaan analisis
produk gen bergantung pada berbagai pemisahan, seperti spektrometri massa,
analisis komposisi asam amino.
Dasar penelitian
Diterapkan sejak awal 1990-an, Human Genome Project, para ilmuwan dari
berbagai negara, setelah hampir 10 tahun upaya, telah membuat prestasi besar.
Tidak hanya menyelesaikan lebih dari sepuluh jenis model organisme (dari
Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae untuk C. elegans) genom penentuan
urutan pekerjaan, tetapi juga diharapkan untuk menyelesaikan pada tahun 2003
di depan semua gen manusia dalam semua sequencing. Jadi, tahu bahwa semua
kode genetik urutan genom manusia, kita sewenang-wenang dapat mengontrol
penyakit dan kematian orang lakukan? Bahkan, tidak begitu sederhana.
Genomics (genomik) Meskipun aktivitas gen dan aspek penyakit terkait untuk
menyediakan manusia dengan dasar yang kuat, namun pada kenyataannya,
karena sebagian besar penyakit tidak disebabkan oleh perubahan genetik.
Selanjutnya, ekspresi gen yang kompleks, satu gen yang sama dalam kondisi
yang berbeda, periode yang berbeda mungkin memainkan peran yang berbeda.
Pada masalah ini, genomik tidak bisa dijawab. Jadi, dengan Human Genome
Project, penyelesaian bertahap dari ilmuwan dibuat setelah proyek genom lanjut,
proteomik (proteome) studi merupakan salah satu unsur yang sangat penting.
Saat ini, fungsi protein sangat kurang. Kebanyakan sekuensing genom oleh yang
baru ditemukan gen encoding fungsi protein tidak diketahui, sedangkan fungsi

protein yang diketahui dalam hal fungsi mereka sebagian besar melalui metode
seperti homolog fungsi gen disimpulkan dengan analogi. Diperkirakan bahwa
protein yang disandikan oleh genom manusia setidaknya setengah dari fungsi
yang tidak diketahui. Oleh karena itu, dalam beberapa tahun ke depan, dengan
setidaknya 30 jenis biologis sekuensing genom penyelesaian pekerjaan, fokus
penelitian terikat untuk fungsi protein, penelitian lebih proteome akan selesai
tujuan ini. Dalam aplikasi spesifik proteomik, protein peran penting dalam
penyakit yang membuat proteomik dalam studi penyakit manusia memiliki nilai
yang sangat penting.
Genom (genom) mengandung transkripsi informasi genetik melalui mRNA,
sebuah sel dalam fisiologis atau patologis negara ekspresi mRNA tertentu dari
segala macam sub-kelompok, yang disebut transkripsi (Transkriptome). Jelas, sel
yang berbeda dalam kondisi fisiologis atau patologis yang berbeda dari kelompok
transkrip mRNA mengandung berbagai jenis. menghasilkan diterjemahkan
protein mRNA, sebuah sel dalam keadaan fisiologis atau patologis tertentu
semua jenis protein yang diekspresikan protein yang disebut kelompok
(proteome). Demikian pula, sel-sel yang berbeda di bawah kondisi fisiologis atau
patologis yang berbeda dari protein diungkapkan oleh tipe yang tidak sama.
Protein adalah pelaku fungsi gen, sehingga struktur protein, posisi dan protein studi interaksi protein akan memperjelas sifat fenomena kehidupan memberikan
dasar langsung.
Ilmu kehidupan adalah ilmu eksperimental, sehingga pengembangan ilmu kehidupan
sangat tergantung pada perkembangan teknik eksperimental. Dengan teknologi
analisis urutan DNA sebagai teknologi inti untuk mempromosikan penelitian
genom kemajuan penelitian genomik, dan dalam gen teknologi chip sebagai
wakil dari teknologi ekspresi gen bagi para ilmuwan untuk memberikan kontribusi
yang signifikan untuk memahami pola ekspresi gen. Dalam penelitian proteome,
elektroforesis dua dimensi dan spektrometri massa kombinasi emas dan bagi
para ilmuwan untuk memahami pola ekspresi protein bersinar terang. Proteomik
(proteomik) mengacu pada studi dari teknologi proteomik dan hasil penelitian
yang diperoleh.

Studi proteomik mencoba untuk membandingkan sel dalam kondisi fisiologis atau
patologis yang berbeda dari persamaan dan perbedaan ekspresi protein pada
klasifikasi dan identifikasi protein terkait. Lebih penting lagi, proteomik untuk
menganalisis interaksi protein-protein dan fungsi protein.
Penelitian
Protein
1 protein identifikasi: Anda dapat menggunakan satu dimensi dan dua dimensi
elektroforesis gel elektroforesis dalam kombinasi dengan teknik Barat,
menggunakan chip protein dan antibodi chip dan teknik co-immunoprecipitation
untuk identifikasi protein.
(2) pasca-translasi modifikasi: ekspresi mRNA banyak protein yang diproduksi
untuk menjalani modifikasi pasca-translasi seperti fosforilasi, glikosilasi, aktivasi
plasminogen. Translasi protein fungsi penyesuaian cara penting, sehingga
modifikasi pasca-translasi protein untuk menjelaskan fungsi protein memiliki
peran penting.
3 untuk menentukan fungsi protein: analisis aktivitas dan menentukan apakah
enzim substrat, bioanalytical sitokin / ligan - reseptor binding assay. Anda dapat
menggunakan KO gen dan analisis teknologi antisense produk ekspresi gen fungsi protein. Selain protein diungkapkan setelah studi lokalisasi intraseluler
juga sampai batas tertentu membantu untuk memahami fungsi protein. Clontech
neon sistem ekspresi protein adalah studi tentang protein dalam lokalisasi
intraselular alat yang baik. 4 Bagi manusia, penelitian proteomik akhirnya untuk
melayani kesehatan manusia, terutama mengacu pada mempromosikan
pengembangan obat molekuler. Seperti menemukan molekul target obat. Banyak
obat itu sendiri adalah protein, dan banyak obat molekul target protein. Obat
juga dapat mengganggu interaksi protein - protein.
Kedokteran dan penyakit mekanisme dalam penelitian dasar, untuk memahami
orang kondisi perkembangan, tumbuh dan berbeda yang berbeda fisiologis dan

patologis dan ekspresi gen dalam jenis sel yang berbeda dari karakteristik
penting tertentu. Studi ini dapat ditemukan secara langsung dengan molekul
tertentu fisiologis atau patologis kondisi terkait, dan selanjutnya untuk desain
obat yang bekerja atas dasar molekul target spesifik.
Sel dan penelitian bahkan subselular
Pembangunan yang berbeda, tumbuh dan kondisi fisiologis dan patologis yang
berbeda sel jenis ekspresi gen yang berbeda tidak konsisten, sehingga studi
ekspresi protein harus akurat untuk sel-sel atau tingkat subselular. Teknik
imunohistokimia dapat digunakan untuk mencapai tujuan ini, namun kelemahan
fatal teknik ini adalah fluks rendah. LCM (Laser Tangkap microdissection)
teknologi dapat secara akurat dihapus dari jaringan bagian penyidik jenis sel
yang menarik, teknologi begitu LCM sebenarnya merupakan teknologi in-situ.
Lepaskan sel untuk persiapan sampel protein, dikombinasikan dengan chip
antibodi atau elektroforesis dua dimensi - teknologi spektrometri massa rute,
Anda dapat melakukan dalam ekspresi protein situ studi throughput tinggi.
Banyak penelitian menggunakan homogen jaringan protein persiapan sampel
roadmap teknologi, dan kesimpulannya adalah dipertanyakan, karena jaringan
homogenat setelah jenis sel yang berbeda dari protein dicampur bersama-sama,
data penelitian yang dihasilkan tidak dapat dijelaskan untuk setiap jenis ekspresi
protein sel . Meskipun sel-sel berbudaya bisa menjadi tipe sel tunggal, tetapi sulit
untuk mensimulasikan dalam sel kultur in vitro dalam lingkungan selular vivo,
dan oleh karena itu penelitian ini menyimpulkan bahwa sulit untuk menjelaskan
situasi aktual in vivo. Oleh karena itu, dalam studi jenis sel yang berbeda
pertama harus dipisahkan, memisahkan berbagai jenis sel dapat digunakan
untuk studi ekspresi gen, termasuk mRNA dan ekspresi protein.
Teknologi LCM untuk mendapatkan sel-sel dapat digunakan untuk persiapan
sampel protein. Dapat dibuat sesuai dengan total protein, atau protein membran,
atau nukleoprotein, glikoprotein juga dapat diperkaya, atau dengan menghapus
jenis protein albumin untuk mengurangi kompleksitas. Kit terkait adalah
produsen.
2D SDS

Berbagai jenis protein dalam protein sampel dapat dipisahkan dengan

elektroforesis gel dua dimensi. Elektroforesis gel dua dimensi dapat menjadi jenis
protein yang berbeda sesuai dengan perbedaan titik isoelektrik dan molekul
resolusi tinggi berat pemisahan. Elektroforesis dua dimensi bisa sukses 20003000 jenis pemisahan protein. Setelah elektroforesis, gel diwarnai dengan
sensitivitas tinggi, seperti pewarnaan perak dan pewarnaan fluorescent. Jika dua
sampel lebih banyak kesamaan antara ekspresi protein, dapat secara terpisah
disusun berdasarkan kondisi yang sama dalam dua sampel protein, di bawah
kondisi yang sama dan elektroforesis gel dua dimensi, pewarnaan
membandingkan dua perekat. Protein juga bisa dua sampel diberi label dengan
pewarna fluorescent yang berbeda, dan dua protein pada sampel pada gel
elektroforesis pemisahan dua dimensi hasil akhir dari analisis dengan teknologi
pemindaian fluoresensi.
Gel gel gambar sistem analisis patri dapat mengambil keuntungan dari
pencitraan dan perangkat lunak analisis dengan analisis kuantitatif protein dan
protein yang menarik untuk menemukan. Melalui sistem pemotongan protein
khusus, Anda dapat lem protein tempat daerah di mana pemotongan yang tepat.
Kemudian protein gel dicerna oleh enzim restriksi mencerna setelah desalting
proses / konsentrasi setelah sistem bercak dengan bercak protein ke permukaan
spesifik bahan (MALDI-TOF). Yang terakhir dari protein ini dapat dianalisis dalam
spektrometer massa untuk memperoleh data kualitatif protein, data ini dapat
digunakan untuk membangun sebuah database atau database yang sudah ada
dan analisis komparatif.
Elektroforesis gel LCM-dimensi - spektrometri massa roadmap teknologi khas dari
sebuah roadmap teknologi proteomik, di samping itu, chip yang LCM-antibodi
adalah proteomik penting roadmap teknologi. Yakni, oleh teknologi LCM untuk
mendapatkan jenis sel kepentingan, persiapan sampel protein sel dengan
fluorescent protein berlabel pewarna dan microarray hibridisasi antibodi, yang
dapat membandingkan persamaan dan perbedaan antara dua sampel ekspresi
protein. Clontech baru-baru ini mengembangkan chip antibodi, dapat 378 jenis
protein membran dan protein sitosolik dianalisis. Chip dalam hubungannya

dengan pengoperasian antibodi Chip reagen penting keseluruhan, termasuk kit

protein persiapan, protein fluorescent dye label reagen, label sistem pemurnian
reagen, reagen hibridisasi.
Untuk studi interaksi protein, ragi teknologi layar dua hibrida dan fag yang tidak
meragukan metode penelitian yang baik. Clontech mengembangkan ragi sistem
dua hibrida dan teknologi tampilan fag NEB dikembangkan bagi para peneliti
memilih.
Pada proteome juga dapat menjadi bagian atau seluruh jenis Proteome dari
protein yang diproduksi chip protein, chip tersebut dapat digunakan untuk studi
interaksi protein protein, studi ekspresi protein dan protein yang mengikat
molekul kecil. Sains, Vol. 293, Issue 5537,2101-2105 September 14,2001
menerbitkan sebuah artikel tentang ragi proteome kertas keping. Isi utama dari
makalah ini: 5800 ORF ekspresi ragi menjadi protein dan dimurnikan melihat
pembuatan keripik, dan kemudian menggunakan skrining kalmodulin Chip dan
molekul fosfolipid berinteraksi molekul
Akhirnya perlu untuk menunjukkan bahwa tunggal tradisional protein protein
penelitian fokus pada penelitian, dan proteomik fokus pada penelitian dalam
keadaan fisiologis atau patologis tertentu dari semua jenis protein dan dengan
lingkungan sekitarnya (pembilang) hubungan. Oleh karena itu penelitian
proteomik biasanya throughput tinggi. Beradaptasi dengan persyaratan
proteomik alat penelitian biasanya sistem yang sangat otomatis, throughput
yang tinggi dan cepat, dengan software analisis yang sesuai dan database,
peneliti dapat dalam waktu terpendek pengolahan data sampai
Signifikansi dan latar belakang
Signifikansi Penelitian
Dengan pelaksanaan proyek genom manusia dan kemajuan penelitian ilmu
kehidupan telah memasuki era pasca-genomik. Di era ini, obyek utama ilmu
kehidupan studi genomik fungsional, termasuk genomik struktural dan penelitian
proteomik. Meskipun ada sejumlah genom sequencing genom tetapi ini biasanya

lebih dari separuh fungsi gen tidak diketahui. Saat ini strategi genom diadopsi,
seperti chip gen, ekspresi gen analisis urutan (analisis Serial ekspresi gen, SAGE),
adalah mRNA dari sel-sel harus mempertimbangkan premis bahwa tingkat mRNA
dalam sel mencerminkan tingkat ekspresi protein. Tapi itu tidak sepenuhnya
benar, dari protein mRNA DNA, ada tiga tingkatan peraturan, yaitu peraturan
transkripsi (kontrol transkripsi), tingkat pengendalian penerjemahan (kontrol
Translational), tingkat pasca-translasi regulasi (kontrol Pasca translasi). Dari sudut
pandang mRNA, pada kenyataannya, hanya mencakup tingkat regulasi
transkripsi, dan tidak dapat sepenuhnya mewakili tingkat ekspresi protein.
Percobaan telah membuktikan bahwa jaringan mRNA kelimpahan dan korelasi
kelimpahan protein tidak baik, terutama untuk protein-kelimpahan rendah,
korelasi yang bahkan lebih buruk. Lebih penting lagi, modifikasi pasca-translasi
dari kompleks protein, protein lokalisasi subselular atau migrasi, interaksi protein
- protein, dll hampir mustahil untuk menilai dari tingkat mRNA. Tak perlu
dikatakan, pelaksanaan fungsi fisiologis protein, adalah fenomena kehidupan
dengan perwujudan langsung dari struktur dan fungsi protein langsung untuk
menjelaskan kondisi fisiologis atau patologis kehidupan dari mekanisme
perubahan. Protein itu sendiri dalam bentuk dan pola aktivitas, seperti modifikasi,
interaksi protein-protein pasca-translasi dan masalah protein konformasi, masih
mengandalkan studi protein secara langsung untuk menyelesaikan. Meskipun
variabilitas dan keragaman protein dan sifat khusus lainnya menyebabkan
penelitian teknologi protein jauh lebih kompleks daripada teknik asam nukleat
dan jauh lebih sulit, tetapi karakteristik ini berpartisipasi dan mempengaruhi
seluruh kehidupan saja. Studi Tradisional individu cara protein belum mampu
memenuhi persyaratan dari era pasca-genomik. Hal ini karena: (a) terjadinya
fenomena kehidupan sering efek multifaktorial, tentu melibatkan beberapa
protein. (2) keterlibatan beberapa protein ditenun menjadi jaringan, atau terjadi
secara paralel, atau dalam kaskade kausal. (3) pelaksanaan ekspresi protein
fungsi fisiologis yang beragam, dinamis, tidak dasar seperti genom tetap. Oleh
karena itu, untuk kompleksitas peristiwa kehidupan memiliki pengetahuan yang
komprehensif dan mendalam terikat untuk seluruh dinamis, penelitian jaringan
pada tingkat protein. Oleh karena itu, pada pertengahan 1990-an, masyarakat
internasional memiliki sebuah disiplin baru - proteomik (proteomik), yang
didasarkan pada adanya protein intraseluler dan kegiatan segala macam benda.

Hal ini dapat dikatakan penelitian proteome dilakukan tidak hanya ke dalam ilmu
kehidupan tonggak penelitian di era pasca-genomik, era pasca-genom adalah
salah satu inti dari penelitian ilmu kehidupan.