Vivi Yenni Aryanti

19620056

Tugas Genetika

(Genetic Linkage)

1. Tautan gen (genetic linkage)

a) Pengertian genetic linkage
Keterkaitan genetic ditentukan oleh kemungkinan rekombinasi terjadi antara
dua lokus kromosom karena persilangan kromatid saudara dalam profase I meiosis.
Istilah genetic linkage mengacu pada fakta bahwa gen tertentu cenderung diwariskan
bersama, karena berada pada kromosom yang sama. Dengan demikian kombinasi
karakter orang tua lebih sering ditemukan pada keturunan daripada non orang tua.
Ket3erkaitan diukur dengan presentase rekombinasi antara lokus, gen yang tidak tertaut
menunjukkan 50% rekombinasi.
b) Bagaimana genetic linkage berhubungan dengan keanekaragaman genetic?

Genetic linkage yang telah diketahui selanjutnya dapat digunakan sebagai dasar
penentuan peta genetika. Peta genetika dapat dianalogikan sebagai suatu ruas jalan raya
yang terdiri dari banyak gang dan di kanan kiri terdapat gedung atau bangunan. Pada
peta genetika, gang-gang tersebut adalah penanda-penanda yang satu dengan yang
lainnya terpaut dengan jarak tertentu dalam suatu kromosom. Semakin banyak penanda
yang dipetakan dalam suatu kromosom, maka semakin lengkap peta genetika tersebut.
Dengan bantuan molekuler seorang ahli genetika dapat menentukan penanda DNA
spesifik pada tempat tertentu di sepanjang kromosom. Melalui peta genetika tersebut,
dimungkinkan dapat menentukan gen dan jumlah gen yang bertanggung jawab terhadap
karakter tertentu yang terjadi di kromosom, dan kekuatan pengaruh gen tersebut
terhadap suatu karakter dan keragaman genetic.

c) Bagaimana menentukan frekuensi rekombinan (Recombination frequency) dan peta

tautan gen (Linkage map)
- Menentukan frekuensi rekombinan

Misalnya kita hendak melihat apakah dua gen pada lalat buah terkait satu ama
lain, dan seberapa erat keterkaitannya, maka kita perlu menyilangkan lalat tersebut
dengan sifat gen sebagai berikut:
  Gen ungu, dengan alel dominan pr+ yang menentukan normal, mata
merah dan pr alel resesif yang menentukan mata ungu.
 Gen vestigial, dengan alel dominan vg+ yang menentukan sayap normal,
dan alel vg resesif yang menentukan sayap pendek.

Persilangan ini memberikan informasi yang dibutuhkan untuk mengamati

rekombinasi: lalat heterozigot untuk gen ungu dan vestigial, yang jelas terlihat alel
mana yang Bersama-sama pada satu kromosom. Untuk melihat peristiwa
rekombinasi, kita dapat menyilangkan lalat heterozigot ganda dengan penguji, yaitu
lalat homozigot resesif untuk semua gen yang diinginkan (alel pr dan vg). Untuk
mengukur keterkaitan secara kuantitatif, kita dapat menghitung frekuensi
rekombinan (RF) antara gen ungu dan vestigial dengan rumus sebagai berikut:

Frekuensi rekombinasi (RF) = x 100%

- Peta tautan gen (Linkage map)

Hubungan antara penanda DNA ditentukan oleh prinsip keterpautan genetic
(genetic linkage). Hal ini berdasarkan kepada pengertian bahwa genom
diorganisasikan dan ditransmisikan sebagai unit linier, yang disebut kromosom.
Genetic linkage atau “kotransmisi” penanda genetika yang berdekatan dari parental
kepada progeny pada kromosom yang sama, memungkinkan untuk menentukan
urutan penanda DNA sepanjang kromosom.
Sebagai contoh, misalnya ada empat penanda yaitu A, B, C, dan D, yang diujikan
pada 20 progeni silang balik (backcross) dari individu heterozigot kepada salah satu
parental homozigotnya (Gambar 1). Hasil skoring pita genetikanya adalah seperti
pada Tabel 1. Skor ini dihitung berdasarkan perbedaan pita genetic hasil
elektroforesis antara penanda satu dengan lainnya.
 Berdasarkan tabel 1 tersebut, jelas terlihat bahwa penanda B tidak terpaut
(unlinked) dengan penanda manapun karena mempunyai perbedaan pola pita
genetic yang besar (lebih dari 50%). Antara penanda A, C dan D menunjukkan
kemiripan atau keterpautan. Hanya enam individu menunjukkan perbedaan
genotype antara penanda A dan C. Dua individu menunjukkan perbedaan genotype
antara C dan D. Empat individu menunjukkan perbedaan genotype antara penanda
A dan D. hal ini, apabila digambarkan pada suatu garis linier, maka posisi penanda
D terletak di antara penanda A dan C, lebih dekat kepada penanda C daripada ke
penanda A (Gambar 2).

Prinsip seperti di atas dapat diterapkan pada ratusan bahkan ribuan penanda.
Dengan demikian suatu linkage map atau peta genetika yang menggambarkan
hubungan antar penanda dapat dibuat.

(Surahman, M. 2002. Peta Genetika Tanaman, Prinsip dan Aplikasinya. Bulletin

Agronomi. 31(1): 27-30.)

2. Review jurnal
Judul Ethnicity and Human Genetic Linkage Maps
Penerbit The American Society of Human Genetics
Volume dan Halaman Volume 76, halaman 276-290
Tahun 2005
Penulis Eric Jorgenson, Hua Tang, Maya Gadde, Mike Province,
Mark Leppert, Sharon Kardia, Nicholas Schork, Richard
Cooper, D. C. Rao, Eric Boerwinkle, dan Neil Risch.
Reviewer Vivi Yenni Aryanti
Tanggal 20 Maret 2021

Judul Ethnicity and Human Genetic Linkage Maps

Latar Genetic linkage maps menggambarkan lokasi relative
Belakang penanda genetic pada kromosom. Genetic linkage maps dapat
digunakan untuk mengidentifikasi lokasi gen yang bertanggung
jawab atas sifat dan penyakit. Gentik linkage maps pada manusia
berperan penting karena dua alasan. Pertama, genetic linkage maps
dapat digunakan sebagai alat dalam keterkaitan analisis, studi
asosiasi, dan pembangunan fisik peta. Kedua, genetic linkage maps
dapat digunakan untuk mempelajari kecepatan dan pola rekombinasi
seluruh genom.
Variasi tingkat rekombinasi di berbagai strain tikus telah
diteliti di tempat lain. Sedangkan variasi dalam tingkat rekombinasi
di seluruh kelompok etnis manusia masih belum dipelajari. Peta
hubungan genom manusi yang terbaru dan ekstensif telah dibentuk
dengan menggunakan dua sampel yang sama-sama putih atau
informasi gabungan individu dari berbagai etnis, membuat
perbandingan etnis menjadi tidak mungkin. Dalam penelitian ini,
peneliti membuat perbandingan tersebut berdasarkan sampel besar
dari empat kelompok rasa tau etnis utama, yaitu kulit putih, Afrika-
Amerika, Meksiko Amerika (Hispanik), dan Asia Timur (Cina dan
Jepang).
Material dan 1. Kumpulan data program tekanan darah keluarga
Metode Terdiri dari enpat jaringan komponen: GenNet, GENOA,
HyperGEN, dan SAPHIRe. Jumlah total anak yang diperiksa untuk
sampel gabungan dari keempat etnis adalah 8.428, termasuk 3.301
sampel etnis kulit putih, 1.564 sampel etnis Afrika-Amerika, 1.610
sampel etnis Hispanik, 1.953 sampel etnis Asia. Jumlah sampel
orang tua yang diperiksa sebanyak 863, dengan 220 sampel etnis
Afrika-Amerika, 408 sampel etnis kulit putih, dan 235 sampel etnis
Asia.
2. Penanda genetic
 Peta dibuat dengan menggunakan 353 penanda mikrosatelit
autosomal dari set skrining Marshfield 8. Semua genotype disediakan
oleh Layanan Genotipe Mamalia dari Marshfield Center for Medical
Genetics.
3. Metode statistik
Peta genetic dibangun menggunakan ASPEX paket program
sib_map. Algoritma dua titik menganggap setiap pasangan penanda
yang berdekatan secara terpisah, mengabaikan informasi dari
penanda yang lebih jauh. Dalam mode operasi kedua, do_suffle,
program sib_map menghitung jarak tiga titik untuk satu penanda
terhadap semua pasangan penanda yang berdekatan di sepanjang
peta.
4. Kesalahan genotype
Peneliti menguji semua penanda untuk setiap kelompok etnis ras
menggunakan Tes Alel Null (NAT), yang menguji apakah frekuensi
alel nol berbeda dari 0 pada penanda tertentu, dengan uji rasio yang
serupa. Tes dilakukan satu sisi; statistic didistribusikan dengan
campuran 50:50 dari distribusi x2 dengan 1 df dan massa titik pada
0. Frekuensi alel dihitung menggunakan (independent) subjek dari
setiap kelompok etnis. Jumlah totalnya individu dalam setiap
kelompok adalah 1.818 orang Afrika-Amerika, 1.657 kulit putih, 416
Hispanik, 162 Jepang, dan 409 Cina.
5. Data hilang non acak
Dalam kontruksi peta genetic, data genotype yang hilang secara
nonrandom meningkatkan jarak antar penanda. Peneliti
menambahkan data nonrandom yang hilang ke daftar peringatan
yang harus dipertimbangkan dalam membangun peta genetic.
6. Perbandingan ras/etnis
ASPEX memberikan perkiraan frekuensi alel penanda dari
individu dalam sampel yang dianalisis. Untuk tujuan perbandingan
pada etnis tertentu, peta gabungan untuk sepasang etnis dibuat untuk
memungkinkan frekuensi alel yang berbeda untuk setiap kelompok
ras/etnis dalam analisis, dengan menggunakan modifikasi program
sib_map.
Hasil dan 1. Total Panjang Peta
Pembahasan Jumlah seluruh peta Afrika-Amerika 1%-2,5% lebih panjang
dari peta kelompok lain. Perbedaan anara peta rata-rata jenis kelamin
Amerika-Afrika dan Hispanik signifikan secara nominal.
2. Interval Peta Individual
Untuk menentukan apakah skor Z untuk perbedaan panjang
interval penanda individu sesuai dengan distribusi normal seperti
yang diharapkan, peneliti membuat plot kuantil-kuantitatif (Q-Q) skor
Z untuk perbandingan interval penanda individu setiap pasangan
kelompok etnis. Distribusi yang diharapkan dari skor Z adalah
distribusi normal, sehingga penyimpangan dari garis menunjukkan
penyimpangan y p x dari distribusi yang diharapkan. Plot peta rata-
rata jenis kelamin Amerika-Afrika sebagian besar jatuh di atas garis,
konsisten dengan panjang interval y p x. Plot etnis putih versus
Hispanik menunjukkan titik data yang sangat dekat dengan garis,
menunjukkan sedikit perbedaan panjang interval y p x dari kedua peta
ini. Plot peta Asia menunjukkan jumlah pencilan terbesar.
3. Outliers (Pencilan)
Untuk memeriksa distribusi pencilan dalam sampel, peneliti
menghitung jumlah skor Z untuk setiap kelompok pembanding yang
melebihi dua batas, yaitu 1,96 dan 3,48. Terdapat tiga wilayah
pengamatan, yaitu pada kromosom 6p, 8p, dan 12q. Pada interval 6p,
peta Asia secara signifikan lebih panjang dari peta putih. Satu interval
pada kromosom 8p memiliki Z terbesar dari setiap perbandingan
interval. Terjadi perbedaan panjang interval yang signifikan pada
kromosom 12q, dimana peta putih memiliki interval terpanjang
sedangkan peta Asia memiliki interval terpendek.
4. Efek Sentromer dan Telomer
Tidak ada skor Z signifikan yang diidentifikasi dalam
perbandingan interval sentromerik, bergitu pula dengan panjang
interval sentromerik yang sangat berbeda. Perbedaan yang signifikan
dalam panjajng telomeric diamati untuk kelompok pembanding
Afrika Amerika-Asia dan kulit putih-Asia, dengan hasil interval Asia
yang lebih pendek dengan perbedaan sekitar 4%-11%.
5. Penanda Heterozigositas
 Kelompok Afrika Amerika memiliki heterozigositas tertinggi
(79,1%), diikuti oleh kulit putih (76,4%), Hispanik (75,5%), dan Asia
(73,1%). Korelasi dari perbedaan panjang interval sangat rendah, dan
tidak ada perbedaan yang signifikan secara statistic.
6. Alel Nol
Dengan membandingkan jumlah materi genotype yang hilang
pada penanda GGAT3H10, peneliti mendeteksi kelebihan data yang
hilang untuk dua penanda GATA29A01 dan GGAA15B08, untuk
keempat grup. Penanda GGAT3H10 menunjukkan kelebihan data
yang hilang di Asia. Pada kromosom 6, GATA29A01 dan
GGAA15B08 juga diperkirakan memiliki frakuensi alel nol yang
perbedannya dari nol sangat signifikan. Estimasi frekuensi alel nol
untuk keduanya tertinggi pada kelompok Cina dan Jepang. Pada
kromosom 8, estimasi frekuensi alel nol untuk penanda AFM143xd8
sangat signifikan pada kelompok Afrika Amerika tetapi tidak pada
kelompok lain. Pada kromosom 12, tidak ada penanda yang
menunjukkan satupun bukti adanya alel nol.
Kesimpulan Implikasi untuk stusi keterkaitan gen berpotensi penting.
Kehadiran alel nol dapat menyebabkan hasil negative palsu karena
inflasi perkiraan jarak antara gen penyakit yang diduga dan penanda
genetic sedang diuji. Pemeriksaan ulang analisis sebelumnya setelah
efek alel nol diambil menjadi pertimbangan bisa mengarah pada
tambahan dan lebih akurat temuan keterkaitan gen. Penelitian
selanjutnya harus menguji alel nol, untuk menghindari hilangnya
kekuatan statistic yang disebabkan oleh adanya alel nol. Meskipun
frekuensi alel nol yang signifikan ada sebagai penanda di semua
kelompok etnis, termasuk kulit putih, peneliti telah menunjukkan
bahwa masalah kemungkinan terbersar terjadi pada orang Afrika dan
Afrika Amerika. Kelompok Afrika Amerika menunjukkan jumlah
terbesar penanda dengan alel nol.