DNA RECOMBINATION

Disusun untuk memenuhi tugas mata kuliah Biologi Sel dan Biologi
Molekuler

Oleh:
ASEVANO CHRISTOBED 22010120410008
INTAN PRATAMA NAELANAVIRI PUTRI 22010120410010
ADHITYADEVA NURENDRA T 22010120410011

PROGRAM PENDIDIKAN MAGISTER BIOMEDIK

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2020

i
 DAFTAR ISI

Halaman Cover.........................................................................................................i

Daftar Isi..................................................................................................................ii

Daftar Gambar.........................................................................................................iv

BAB I MEKANISME REKOMBINASI HOMOLOG............................................1

1.1 Definisi Rekombinasi DNA............................................................................1

1.2 Rekombinasi Homolog...................................................................................1

1.2.1 Dasar Pemasangan Basa DNA pada Rekombinasi Homolog.............2

1.2.2 Rekombinasi Homolog Dapat Memperbaiki Kerusakaan Untai

Ganda dalam DNA..............................................................................3

1.2.3 Pertukaran Untai DNA dilakukan oleh RecA / Rad51 Protein..........4

1.2.4 Rekombinasi Homolog dapat menyelamatkan Fork Replikasi DNA

yang Rusak..........................................................................................6

1.2.5 Sel Secara hati-hati mengatur Penggunaan Rekombinasi Homolog

Dalam Perbaikan DNA.......................................................................6

BAB II REGULASI REKOMBINASI OLEH KROMATIN..................................8

2.1 Rekombinasi...................................................................................................8

2.2 Struktur Kromatin...........................................................................................9

2.3 Struktur Kromatin Lokal, Modifikasi, dan Proses Bertemplate-DNA.........10

2.3.1 Pemodelan Ulang (Remodeling) Kromatin......................................10

2.3.2 Modifikasi Protein Histon.................................................................11

2.4 Struktur Kromatin Orde Tinggi dan Proses dengan template-DNA.............13

BAB III REKOMBINASI HOMOLOG SELAMA MEIOSIS..............................15

3.1 Rekombinasi Homolog Penting dalam Meiosis...........................................15

3.2 Pembentukan Holliday Junction saat Meiosis..............................................18

ii
3.3 Rekombinasi Homolog Sering Menghasilkan Konversi Gen.......................20

Daftar Pustaka........................................................................................................23

iii
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 1. Hibridasi DNA......................................................................................2

Gambar 2. Mekanisme perbaikan double strand yang rusak dengan rekombinasi

homolog.................................................................................................3

Gambar 3. Invasi Strand dikatalisasi oleh RecA protein.........................................4

Gambar 4. Crossover kromosom pada meiosis.....................................................16

Gambar 5. Rekombinasi homolog saat meiosis dapat menghasilkan crossover

kromosom............................................................................................17

Gambar 6. Holliday junction.................................................................................18

Gambar 7, Migrasi cabang....................................................................................19

Gambar 8. Pembentukan heterodupleks selama meiosis......................................20

iv
 BAB I

MEKANISME REKOMBINASI HOMOLOG

1.1 Definisi Rekombinasi DNA

Rekombinasi merupakan salah satu dasar terjadinya variabilitas
genetik mahluk hidup. Rekombinasi pada tingkat genetik adalah proses
pertukaran dan penyisipan elemen genetik yang dapat terjadi antara rantai
DNA (atau materi genetik RNA) yang berlainan, atau antara bagian-bagian
gen yang terletak dalam satu rantai DNA atau RNA. Rekombinasi genetik
didefinisikan sebagai penggabungan gen dari satu atau lebih sel ke sel
target. Rekombinasi genetik juga merupakan penggabungan gen,
serangkaian gen atau bagian dari gen ke dalam kombinasi baru, baik secara
biologis atau melalui manipulasi laboratorium. Penyusunan kembali
informasi genetik dalam dan antara molekul materi genetik meliputi
berbagai macam proses.

1.2 Rekombinasi Homolog

Rekombinasi homolog yang juga disebut rekombinasi umum
merupakan pertukaran segmen-segmen DNA yang sama atau identik dapat
berupa pertukaran segmen DNA antar sister chromatid atau pertukaran
segmen DNA antar kromosom homolog. Rekombinasi homolog
(homologous recombination/HR) menjaga integritas genom selama proses
meiosis dan mitosis. HR berperan penting dalam segregasi kromosom yang
tepat serta memicu keragaman genetik pada proses meiosis. Rekombinasi
meiotik merupakan peristiwa terprogram yang dimulai dari kerusakan rantai
ganda DNA (double-strand break/DSB); yang dapat dipicu oleh pengaruh
berbagai faktor. DSB kemudian diproses oleh HR, menghasilkan adanya
relasi fisik antar kromosom homolog yang diperlukan untuk segregasi
kromosom yang tepat pada meiosis I. Relasi fisik tersebut (diidentifikasi
dengan istilah Holliday junction; lihat di bawah) kemudian berlanjut menuju
proses berikutnya; pembentukan produk crossover dan non-crossover yang

1
 nanti akan dibahas pada sub bab selanjutnya.
1.2.1 Dasar Pemasangan Basa DNA pada Rekombinasi Homolog
Ciri dari rekombinasi homolog adalah bahwa rekombinasi ini
terjadi hanya antara dupleks DNA yang memiliki daerah kemiripan
urutan yang luas (homologi). Kemiripan tidak harus sempurna, tetapi
harus sangat dekat agar rekombinasi homolog berhasil. Dalam
bentuknya yang paling sederhana, jenis interaksi pasangan basa ini
dapat ditiru dalam tabung reaksi dengan membiarkan heliks ganda
DNA terbentuk kembali dari untaian tunggal yang terpisah. Proses ini,
yang disebut renaturasiDNA atau hibridisasi, terjadi ketika tabrakan
acak yang langka menyandingkan sekuens nukleotida komplementer
pada dua untai tunggal DNA yang cocok, memungkinkan
pembentukan bentangan pendek heliks ganda di antara keduanya.
Langkah nukleasi heliks yang relatif lambat ini diikuti oleh langkah
“zipper” yang sangat cepat, karena wilayah heliks ganda diperluas
untuk memaksimalkan jumlah interaksi pasangan basa.

Gambar 1. Hibridisasi DNA. Untaian DNA yang terpisah dalam reaksi akan
terbentuk kembali sebagai DNA double helix bergantung pada pasangan acak dua
rantai DNA pelengkap. Sebagian pasangan tidak produktif seperti pada gambar
sebelah kiri. Namun juga ada beberapa yang akhirnya membentuk pasangan basa (
helix nukleasi). Zipper yang cepat kemudian mengarah pada pembentukan
komplet double helix.

DNA dalam sel hidup hampir semuanya dalam bentuk heliks

ganda yang stabil, sehingga reaksi yang digambarkan pada Gambar 1
jarang terjadi secara in vivo. Sebaliknya, seperti yang akan kita lihat,

2
 rekombinasi homolog dilakukan melalui serangkaian reaksi yang
dikontrol dengan cermat yang memungkinkan dua dupleks DNA
untuk mengambil sampel sekuens satu sama lain tanpa sepenuhnya
terdisosiasi menjadi untaian tunggal.
1.2.2 Rekombinasi Homolog Dapat Memperbaiki Kerusakaan Untai Ganda
dalam DNA
Rekombinasi homolog dapat memperbaiki untai ganda yang
rusak secara akurat, tanpa kehilangan atau perubahan pada nukleotida
di lokasi perbaikan. Agar rekombinasi homolog dapat berjalan dengan
baik, DNA yang mengalami kerusakan harus didekatkan dengan DNA
homolog tetapi tidak terputus, sehingga dapat berfungsi sebagai
template perbaikan DNA. Maka dari itu rekombinasi homolog
biasanya terjadi tepat setelah replikasi DNA yaitu dimana ketika dua
molekul “daughter DNA” saling berdekatan dan salah satu dapat
berfungsi sebagai template. Penjelasan paling sederhana di mana
rekombinasi homolog dapat memperbaiki double-strand DNA yang
rusak ditunjukkan pada gambar 2.

Gambar 2. Mekanisme perbaikan double strand yang rusak dengan rekombinasi

homolog

3
 Intinya adalah dupleks DNA yang rusak dan dupleks template
melakukan “strand dance” sehingga salah satu untai yang rusak dapat
menggunakan untai komplementer dari dupleks DNA utuh sebagai
template perbaikan. Pertama ujung DNA yang rusak direseksi oleh
nuklease khusus. Langkah selanjutnya adalah pertukaran strand yang
disebut invasi dimana salah satu dari ujung single strand 3’ DNA yang
rusak mengikat atau masuk pada dupleks template dan mencari urutan
homolog melalui pasangan basa. Setelah basa berpasangan, DNA
polymerase memperluas invasi strand dengan menggunakan info yang
didapatkan dari template yang molekul yang tidak rusak, sehingga
dapat memulihkan DNA yang rusak. Langkah terakhir adalah
perpindahan strand, pemulihan DNA lebih lanjut dan ligase
mengembalikan dua double heliks DNA asli dan lanjut proses
perbaikan. Rekombinasi homolog meyerupai reaksi perbaikan DNA
lainnya dimana DNA polymerase menggunakan template murni untuk
memulihkan DNA yang rusak.
1.2.3 Pertukaran Untai DNA dilakukan oleh RecA / Rad51 Protein

Gambar 3. Invasi Strand dikatalisasi oleh RecA protein

4
 Cara untai DNA tunggal yang menginvasi dengan cepat
mengambil sampel DNA dupleks untuk homologi, kemudian seteleh
homologi ditemukan akan terjadi pertukaran, hal tersebut dilakukan
oleh karena protein hal ini yang disebut RecA pada E. coli dan Rad51
pada hampir semua organisme eukariotik. Untuk mengkatalisis
pertukaran untai, RecA pertama-tama berikatan secara kooperatif ke
untai tunggal penginvasi untuk membentuk filamen protein-DNA
yang memaksa terbentuknya konfigurasi DNA yang tidak biasa: satu
kelompok yang terdiri tiga nukleotida berurutan yang dibentuk seolah-
olah mereka berada dalam heliks ganda DNA konvensional tetapi di
antara kembar tiga yang berdekatan, tulang punggung DNA tidak
dipelintir dan direntangkan. Filamen protein-DNA yang tidak biasa ini
kemudian berikatan ke DNA dupleks dengan cara meregangkan
dupleks, membuatnya tidak stabil dan membuatnya mudah untuk
memisahkan untaian. Untai tunggal yang menginvasi kemudian dapat
mengambil sampel urutan dupleks melalui pemasangan basa
konvensional. Pengambilan sampel ini terjadi di blok triplet
nukleotida: jika ditemukan triplet yang cocok, triplet yang berdekatan
diambil sampelnya, dan seterusnya. Dengan cara ini, ketidaksesuaian
akan menyebabkan disosiasi dengan cepat dan hanya bentangan yang
diperpanjang dari pasangan basa (setidaknya 15 nukleotida)
menstabilkan untai yang menginvasi dan menyebabkan pertukaran
untai.
RecA menghidrolisis ATP, dan langkah-langkah yang dijelaskan
di atas mengharuskan setiap monomer RecA sepanjang filamen berada
dalam keadaan terikat dengan ATP. Namun, pencarian itu sendiri
tidak membutuhkan hidrolisis ATP; sebaliknya, proses tersebut terjadi
dengan tabrakan antar molekul yang sederhana, sehingga
memungkinkan pengambilan sampel berbagai sekuens potensial
dengan cepat. Setelah reaksi pertukaran untai selesai, bagaimanapun,
hidrolisis ATP tetap diperlukan untuk melepaskan RecA dari

5
 kompleks molekul DNA. Pada titik ini, perbaikan DNA polimerase
dan DNA ligase dapat membantu proses perbaikan, seperti yang
ditunjukkan pada Gambar 2.
1.2.4 Rekombinasi Homolog dapat menyelamatkan Fork Replikasi DNA
yang Rusak
Fungsi penting dari rekombinasi homolog, adalah
menyelamatkan fork replikasi DNA yang mengalami kerusakan.
Berbagai sebab dapat merusak fork replikasi, contoh: satu untai atau
celah pada heliks DNA induk tepat di depan fork replikasi. Ketika
fork mencapai lesi ini, ia akan hancur — menghasilkan satu
kromosom anak yang rusak dan satu kromosom anak yang utuh. Fork
yang mengalami kerusakan dapat diperbaiki hingga sempurna
(menggunakan reaksi rekombinasi homolog dasar).
1.2.5 Sel Secara hati-hati mengatur Penggunaan Rekombinasi Homolog
Dalam Perbaikan DNA
Rekombinasi homolog tetap dapat menimbulkan bahaya bagi sel
karena kadang-kadang "memperbaiki" kerusakan menggunakan bit
yang salah dari genom sebagai template-nya. Hasil dari kesalahan
rekombinasi jenis ini dikenal sebagai hilangnya heterozigositas. Hal
ini menyebabkan konsekuensi besar jika homolog yang digunakan
untuk perbaikan memiliki mutasi yang dapat menimbulkan kerusakan,
karena peristiwa rekombinasi menghancurkan salinan "baik".
Kehilangan heterozigositas, meskipun jarang, merupakan satu hal
penting dalam proses pembentukan kanker. Mutasi pada komponen
yang menjalankan dan mengatur rekombinasi homolog bertanggung
jawab atas beberapa bentuk kanker yang diturunkan. Dua di
antaranya, protein Brca1 dan Brca2. Brca1 mengatur langkah awal
dalam pemrosesan broken-end; tanpa Brca1, ujung seperti itu tidak
diproses dengan benar untuk rekombinasi homolog dan malah akan
diperbaiki secara tidak akurat melalui jalur penggabungan akhir
nonhomolog. Brca2 mengikat protein Rad51, mencegah

6
polimerisasinya pada DNA, dan dengan demikian
mempertahankannya dalam bentuk tidak aktif sampai dibutuhkan.
Biasanya, setelah kerusakan DNA, Brca2 membantu membawa
protein Rad51 dengan cepat ke lokasi kerusakan dan, setelah
mencapai tempatnya, akan melepaskannya dalam bentuk aktif ke
DNA untai tunggal.
Pemuatan RecA atau Rad52 ke ujung DNA yang diproses dan
reaksi pertukaran untai selanjutnya juga dikontrol dengan ketat.
Meskipun protein-protein ini sendiri dapat melakukan langkah-
langkah ini secara

7
 BAB II
REGULASI REKOMBINASI OLEH KROMATIN

2.1 Rekombinasi
Rekombinasi menciptakan urutan DNA baru di dalam genom dengan
memecah dan kemudian menyambungkan kembali molekul DNA asli. Ada
beberapa jenis rekombinasi, dan beberapa diantaranya telah diselidiki secara
ekstensif. Mungkin salah satu yang paling banyak dipelajari adalah
rekombinasi homolog yang seperti dijelaskan di bab sebelumnya, terjadi
antara dua dupleks DNA yang berbagi urutan sekuens homolog.
Rekombinasi spesifik-lokasi, bergantung pada urutan pasangan tertentu,
bukan urutan homolog. Jenis rekombinasi lain yang disebut transposisi
adalah proses di mana elemen genetik berpindah ke lokasi yang berbeda dari
genom.
Berbagai peristiwa rekombinasi memainkan peran penting dalam
berbagai peristiwa biologis, misalnya rekombinasi homolog memperbaiki
kerusakan pada untai ganda DNA, atau DNA double-strand break (DSBs),
dan menghasilkan variasi genetik, terutama selama meiosis. Rekombinasi
V(D)J dalam sel imun hewan bertulang belakang, sebuah rekombinasi
spesifik-lokasi, memperkaya variasi reseptor antigen. Dalam banyak kasus
seperti ini, perubahan genom yang dimediasi oleh rekombinasi dapat
bermanfaat dalam mengatasi perubahan lingkungan. Oleh karena itu,
mengungkap mekanisme rekombinasi sangat penting untuk memahami tidak
hanya bagaimana sel memanipulasi informasi genetiknya sendiri, tetapi juga
bagaimana mereka beradaptasi dengan lingkungan.
Rekombinasi terjadi dalam struktur kromatin, yang memiliki pengaruh
besar pada proses terkait DNA. Kemajuan terbaru dalam teknik analisis
kromosom telah mendorong penelitian tentang struktur dan fungsi kromatin,
menyoroti mekanisme in vivo (di dalam sel asli) dari berbagai rekombinasi.
Bab ini mengulas pengetahuan saat ini tentang bagaimana rekombinasi

8
 dipengaruhi oleh kromatin, dengan fokus utama ditempatkan pada
rekombinasi homolog dan rekombinasi spesifik lokasi.

2.2 Struktur Kromatin

DNA kromosom sel eukariotik berkaitan dengan banyak protein
termasuk protein histon untuk membentuk kromatin. Unit dasar kromatin
adalah nukleosom, di mana DNA sepanjang 147 base pair (bp)
membungkus oktamer histon (dua salinan masing-masing histon H2A, H2B,
H3, dan H4). Jutaan nukleosom tersusun di sepanjang kromosom, dan
"rantai nukleosom" semacam itu selanjutnya terlipat menjadi struktur
kromosom. Pada akhirnya, DNA kromosom yang jumlahnya sangat besar
membentuk arsitektur yang rapat dan kompleks untuk ditampung dalam
nukleolus.
Kromatin juga memainkan peran fungsional dalam pengaturan hampir
semua peristiwa yang mempunyai template DNA (Bell et al. 2011).
Misalnya, kromatin dapat menghambat sebuah peristiwa biologis dengan
menimbulkan halangan sterik pada enzim pemrosesan DNA. Gagasan ini
dibuktikan dengan baik oleh fakta bahwa tempat awal transkripsi, tempat
mesin transkripsi besar berkumpul, bertepatan di wilayah bebas nukleosom
di banyak organisme model yang diselidiki. Sebaliknya, kromatin yang
terkondensasi secara positif menstimulasi metabolisme DNA melalui
pengorganisasian struktur kromosom tertentu atau dengan membawa lebih
dekat elemen cis yang jaraknya jauh. Interaksi jarak jauh seperti itu telah
dilaporkan terlibat dalam transkripsi, rekombinasi dan DNA repair
(perbaikan). Kedua contoh ini hanyalah seperti sebuah puncak dari gunung
es; faktanya, kromatin mempengaruhi dinamika kromosom dalam berbagai
cara. Dengan kata lain, reaksi yang bergantung pada DNA diatur oleh
kromatin pada banyak tahapan. Oleh karena itu, membedah setiap tahapan
regulasi kromatin merupakan masalah kritis untuk memahami mekanisme
proses tersebut.

9
2.3 Struktur Kromatin Lokal, Modifikasi, dan Proses Bertemplate-DNA
Lapisan paling dasar dari peristiwa pengaturan genomik yang
dimediasi oleh kromatin melibatkan nukleosom. Sifat kimia dan fisika
nukleosom sangat dinamis. Fleksibilitas seperti itu memungkinkan dua
tugas yang saling bertentangan, pengemasan dan pengaturan DNA
kromosom. Sampai saat ini, beberapa sistem telah ditunjukkan untuk
mengatur dinamika nukleosom, dan dua di antaranya adalah pemodelan
ulang (remodeling) kromatin dan modifikasi protein histon yang dijelaskan
di bagian ini.
2.3.1 Pemodelan Ulang (Remodeling) Kromatin
Salah satu sistem utama adalah pemodelan ulang kromatin yang
bergantung pada ATP (Clapier dan Cairns. 2009). Sistem ini
menggeser nukleosom dan/atau menukar histon, dengan
memanfaatkan energi dari hidrolisis ATP, untuk memodulasi interaksi
antara hormon dan DNA. Pemodelan ulang kromatin dapat
memfasilitasi aktivitas transaksi DNA dengan mengurangi pemadatan
kromatin atau dapat juga menekannya dengan merakit susunan
nukleosom yang berjarak teratur. Proses ini dikatalisis oleh faktor
pemodelan ulang kromatin (chromatin remodelers), yang dalam
banyak kasus merupakan kompleks ATPase dan subunit terkait, dan
dikonservasi/pertahankan pada banyak spesies. Saat ini, faktor
pemodelan ulang kromatin dapat diklasifikasikan menjadi empat
jenis/keluarga: SWI/SNF (switching defective/sucrose non
fermenting), ISWI (imitation switch), CHD (chromodomain, helicase,
DNA binding), dan INO80.
Kompleks SWI/SNF menggeser dan mengeluarkan nukleosom.
Banyak spesies memiliki dua kompleks multisubunit terkait dari
jenis/keluarga ini (misalnya, SWI/SNF dan RSC pada organisme
Saccharomyces cerevisiae), selain komponen tunggal remodeler
Fun30. Remodeler jenis ISWI, terdiri dari subunit yang relatif lebih
sedikit (2-4) subunit, menggeser nukleosom di sepanjang DNA untuk

10
 membentuk rantai nukleosom yang berjarak sama. Pemodel ulang
CHD menggeser atau mengeluarkan nukleosom baik sebagai
monomer atau kompleks multisubunit. Remodeler jenis INO80,
banyak di antaranya terdiri dari 10 subunit atau lebih, juga telah
terbukti menggeser dan mengeluarkan nukleosom. Menariknya,
kompleks tertentu yang termasuk dalam kelas ini memiliki aktivitas
pertukaran histon: kompleks SWR1 menggantikan dimer H2A-H2B
kanonik dengan varian H2A yang mengandung dimer H2A.Z-H2B,
dan kompleks INO80 mengkatalisis reaksi yang berlawanan.
Peran fisiologis faktor-faktor pemodelan ulang kromatin telah
dipelajari terutama dari segi regulasi dan transkripsi. Kompleks
SWI/SNF mengganggu posisi nukleosom terutama untuk membantu
faktor transkripsi mengikat promotor dan mengaktifkan ekspresi gen.
Sebaliknya, faktor ISWI sering mengumpulkan nukleosom bertahap di
atas promotor transkripsi, yang mengarah ke represi transkripsi. Perlu
dicatat, bagaimanapun, bahwa bagaimana remodeler kromatin
mempengaruhi transkripsi sepenuhnya bergantung pada konteks.
Misalnya, transkripsi canhinder SWI/SNF dengan membuat daerah
kromatin terbuka yang terikat oleh represor, dan kompleks keluarga
ISWI NURF mengaktifkan transkripsi. Temuan ini menunjukkan
bahwa pemodel kromatin mengatur transkripsi dan rekombinasi secara
beragam.
2.3.2 Modifikasi Protein Histon
Mekanisme kedua untuk memodulasi dinamika nukleosom
adalah modifikasi histon paska translasi, yang meliputi asetilasi lisin,
metilasi lisin dan arginin, dan fosforilasi serin dan treonin (Zentner
dan Henikoff. 2013). Banyak dari mereka diketahui terkait dengan
satu atau beberapa fungsi biologis.
Asetilasi histon dan kemungkinan keterlibatannya dalam
regulasi transkripsi pertama kali dilaporkan pada 1960-an (Phillips.
1963). Sejak itu, hubungan antara asetilasi histon dan aktivitas

11
kromosom telah diketahui: hiperasetilasi dan hipoasetilasi masing-
masing terjadi di daerah kromatin aktif dan tidak aktif. Tetapi baru-
baru ini signifikansi hubungan itu diungkapkan oleh analisis
molekuler pada transkripsi. Kita sekarang tahu bahwa histon yang
diperkaya oleh asetat-lisin banyak berada di sekitar promotor
transkripsi dan memiliki beberapa model untuk menjelaskan
bagaimana histon-asetat memfasilitasi transkripsi. Model yang masuk
akal adalah asetilasi dapat melemahkan interaksi DNA-histon dengan
menetralkan muatan positif gugus amino dalam lisin. Alasan lain yang
baru-baru ini dipercaya adalah bahwa asetat lisin berfungsi sebagai
situs pengikatan untuk protein yang membawa bromodomain, yang
sering ditemukan dalam komponen kompleks pemodelan ulang
kromatin (Musselman et al. 2012). Dalam skenario terakhir, histon
yang mengandung asetat menempel pada remodeler yang
mengandung bromodomain untuk mendekondensasi kromatin di
sekitarnya.
Metilasi lisin ditemukan dalam tiga keadaan berbeda (yaitu:
mono, di, dan tri) dan pada sejumlah residu. Situasinya jauh lebih
rumit daripada kasus asetilasi; derajat dan residu yang berbeda terkait
dengan konsekuensi biologis yang berbeda, bahkan sangat
berlawanan. Diringkas di sini adalah dua contoh di antaranya.
Trimetilasi histon H3 lisin 4 (H3K4me3) adalah ciri khas domain
kromatin aktif, mirip dengan histon asetat. Modifikasi ini mengatur
dinamika kromosom melalui mitra pengikatnya yang mengandung
domain seperti domain kromosom ganda, PHD (plant homeodomain),
dan domain tudor ganda (Musselman et al. 2012). Protein ini mengikat
H3K4me3 untuk memicu peristiwa runtut selanjutnya, mengingatkan
interaksi antara asetat histon dan bromodomain. Berbeda dengan
H3K4me3, trimetilasi histon H3 lisin9 (H3K9me3) merupakan tanda
utama kromatin tidak aktif. Misalnya, daerah heterokromatin
konstitutif seperti sentromer secara ekstensif dimodifikasi oleh

12
 H3K9me3, yang pada gilirannya terikat oleh protein keluarga HP1
yang dipertahankan (konservatif). Regio ini biasanya dikaitkan dengan
transkripsi dan rekombinasi yang ditekan tetapi terikat oleh banyak
protein untuk memainkan peran yang penting.

2.4 Struktur Kromatin Orde Tinggi dan Proses dengan template-DNA

Seperti dijelaskan sebelumnya, selain tingkat nukleosom, kromosom
dan perilakunya juga diatur pada tingkat konformasi tiga dimensi.
Mempelajari struktur kromatin orde tinggi telah dibatasi karena kelangkaan
sistem eksperimental yang sesuai, tetapi perkembangan teknologi baru-baru
ini secara bertahap menyoroti peran fungsional arsitektur kromosom dalam
proses kerangka DNA (Misteli. 2007). Di antara berbagai contoh, dua kasus
yang relevan dengan bab ini dijelaskan dalam bagian ini.
Contoh pertama adalah loop DNA, yang terutama telah dibahas dari
sudut pandang transkripsi. Diketahui dengan baik bahwa aktivasi transkripsi
dilakukan dengan kerjasama beberapa elemen cis seperti promotor dan
peningkat dan bahwa elemen-elemen ini, terlepas dari jarak spasialnya,
berinteraksi satu sama lain. Demikian pula, daerah promotor dan terminator
dari gen yang sama sering ditempatkan dekat untuk penyesuaian aktivitas
transkripsi (Hampsey dkk. 2011). Dalam kasus ini, situs kromosom yang
berbeda disatukan oleh struktur yang melingkar, yang bergantung pada
bebarapa faktor termasuk DNA itu sendiri, protein pengikat DNA, dan
histon yang dimodifikasi. Yang penting, formasi loop yang rusak
menyebabkan transkripsi yang menyimpang, mendukung kepentingan
fungsional dari struktur 3D.
Contoh kedua terkait dengan regulasi spasial dari peristiwa genomik
(Gibcus dan Dekker. 2013). Diusulkan bahwa setiap kromosom menempati
wilayah diskrit yang disebut wilayah kromosom, dan nukleus dapat dibagi
menjadi beberapa bagian. Domain kromatin transkripsi aktif dan tidak aktif
umumnya berada di dalam (interior) inti dan tepi, secara urut. Konsisten
dengan pernyataan ini, daerah heterokromatin biasanya terletak di sekitar

13
selubung inti di banyak organisme. Pengamatan ini menunjukkan adanya
sistem penempatan/kompartemenisasi dari nukleus yang ikut serta dalam
metabolisme kromosom. Sebuah pertanyaan penting adalah bagaimana
domain subnuklir terkait dengan fungsi genom, dalam proses tertentu yang
bergantung pada DNA. Lebih sederhananya, apakah yang pertama
memerintah yang terakhir, atau yang terakhir memerintah yang pertama?
Pertanyaan ini sekarang sedang diselidiki, tetapi keduanya tampaknya
benar: dalam kasus transkripsi, sementara peningkatan aktivitas transkripsi
dapat memfasilitasi pembentukan domain aktif seperti yang dicontohkan
oleh nukleolus, peristiwa genomik terpengaruh untuk diam di dekat
heterokromatin konstitutif. Meskipun masih banyak yang belum diketahui
tentang struktur dan fungsi domain kromatin, tampaknya mereka
menyediakan lapisan penting untuk metabolisme DNA.

14
 BAB III
REKOMBINASI HOMOLOG SELAMA MEIOSIS

3.1 Rekombinasi Homolog Penting dalam Meiosis

Rekombinasi homolog terdiri dari sekelompok reaksi— termasuk
pemrosesan ujung putus, pertukaran untai, sintesis DNA terbatas, dan ligasi
— untuk bertukar urutan DNA antara dua heliks ganda yang serupa urutan
nukleotida. Selain memiliki peran dalam memperbaiki kerusakan DNA
secara akurat, rekombinasi homolog juga berfungsi sebagai alat untuk
menghasilkan molekul DNA yang membawa kombinasi gen baru sebagai
hasil dari pertukaran bahan yang disengaja antara kromosom yang berbeda.
Meskipun ini kadang-kadang terjadi secara tidak sengaja dalam sel mitosis
(dan sering merugikan), sering terjadi dan bagian penting dari meiosis, yang
terjadi pada organisme yang bereproduksi secara seksual seperti itu sebagai
jamur, tumbuhan, dan hewan. Rekombinasi homolog terjadi sebagai bagian
integral dari proses dimana kromosom dibagi menjadi sel germinal (sperma
dan telur pada hewan). Rekombinasi homolog selama meiosis menghasilkan
persilangan kromosom dan konversi gen, menghasilkan kromosom hybrid
yang berisi informasi genetik dari homolog ibu dan ayah. Persilangan dan
konversi gen sama-sama dihasilkan secara homolog mekanisme
rekombinasi yang, pada intinya, mirip dengan yang digunakan untuk
memperbaiki istirahat untai ganda.

15
 Gambar 4. Crossover kromosom pada meiosis

Rekombinasi homolog pada meiosis dimulai dengan guratan tebal:

protein khusus (disebut Spo11 dalam budding yeast) memecah kedua untai
DNA double helix di salah satu kromosom yang berekombinasi. Seperti
topoisomerase, Spo11, setelah mengkatalis reaksi ini, tetap terikat secara
kovalen ke DNA yang rusak. Nuclease khusus kemudian dengan cepat
menurunkan ujung yang terikat oleh Spo11, menghilangkan protein tersebut
bersama dengan DNA dan meninggalkan ujung untai tunggal 3ʹ. Pada titik
ini, banyak reaksi rekombinasi menyerupai yang dijelaskan di atas untuk
perbaikan jeda untai ganda; memang, beberapa protein yang sama ada
digunakan untuk kedua proses tersebut. Namun, beberapa protein khusus
meiosis mengarahkannya untuk melakukan tugas mereka agak berbeda,
sehingga menghasilkan hasil yang berbeda diamati untuk meiosis.
Perbedaan penting lainnya adalah, pada meiosis, rekombinasi terjadi secara
istimewa antara homolog kromosom ibu dan ayah bukan antara dupleks
DNA identik yang baru direplikasi pasangan itu dalam perbaikan istirahat
untai ganda.

16
Gambar 5. Rekombinasi homolog saat meiosis dapat menghasilkan crossover
kromosom

17
3.2 Pembentukan Holliday Junction saat Meiosis
Yang sangat penting dalam meiosis adalah perantara yang dikenal
sebagai Holliday junction atau pertukaran lintas untai. Setiap persimpangan
Holliday junction bisa mengadopsi banyak konformasi dan satu set khusus
protein rekombinasi mengikat, dan dengan demikian menstabilkan isomer
terbuka dan simetris. Protein khusus yang mengikat Holliday junction dapat
mengkatalisasi reaksi dikenal sebagai migrasi cabang, di mana DNA
terkumpul Holliday junction dengan terus memutus dan membentuk
kembali pasangan basa.

Gambar 6. Holliday junction

Dengan cara ini, protein Holliday junction menggunakan hidrolisis

ATP untuk memperluas wilayah DNA heteroduplex awalnya dibuat oleh
reaksi pertukaran untai. Di meiosis, daerah heteroduplex sering "bermigrasi"
ribuan nukleotida dari situs asli dari double-strand break. Seperti yang
ditunjukkan pada, Holliday junction biasanya terjadi berpasangan, yang
dikenal sebagai Holliday junction ganda.

18
 Gambar 7. Migrasi cabang

Ada dua hasil dasar rekombinasi homolog selama meiosis. Pada

manusia, sekitar 90% dari untai ganda kerusakan yang terjadi selama
meiosis diselesaikan sebagai non-crossover. Di sini, dua dupleks DNA asli
terpisah satu sama lain dalam bentuk tidak berubah kecuali untuk wilayah
heteroduplex yang terbentuk di dekat situs putusnya untai ganda asli.
Hasil lainnya lebih mendalam: Holliday junction ganda terbentuk dan
dibelah oleh enzim khusus untuk membuat persilangan. Dengan demikian,
dua bagian asli dari setiap kromosom hulu dan hilir dari dua Holliday
junction bertukar, menciptakan dua kromosom yang telah crossover.
Masih belum diketahui bagaimana cara sel menentukan Spo11 mana
yang mengalami crossover. Crossover yang relatif sedikit terbentuk
didistribusikan sepanjang kromosom sedemikian rupa sehingga perpotongan
dalam satu posisi menghambat persilangan di daerah sekitarnya.
Diistilahkan sebagai kontrol crossover, mekanisme pengaturan yang kurang
dipahami namun menarik ini memastikan distribusi yang kira-kira merata
titik persilangan sepanjang kromosom. Ini juga memastikan bahwa setiap
kromosom — tidak peduli seberapa kecil — mengalami setidaknya satu
persilangan setiap meiosis. Untuk banyak organisme, kira-kira dua
persilangan per kromosom terjadi selama setiap meiosis, satu di setiap

19
 lengan. Persilangan ini memainkan peran mekanis penting dalam segregasi
kromosom yang tepat selama meiosis.

Terlepas dari rekombinasi meiosis menghasilkan crossover atau non-

crossover, proses rekombinasi meninggalkan daerah heteroduplex di mana
untai dengan urutan DNA dari homolog paternal berpasangan basa dengan
untaian dari homolog maternal. Wilayah heteroduplex ini dapat mentolerir
persentase kecil pasangan basa yang tidak cocok, dan karena migrasi
cabang, mereka sering meluas hingga ribuan pasangan nukleotida. Banyak
peristiwa non-crossover yang terjadi di meiosis sehingga menghasilkan situs
yang tersebar di sel germinal di mana rangkaian DNA pendek dari satu
homolog telah ditempelkan homolog lainnya. Daerah heteroduplex
menandai situs konversi gen potensial— dimana empat kromosom haploid
yang diproduksi oleh meiosis mengandung tiga salinan urutan DNA dari
satu homolog dan hanya satu salinan urutan ini dari homolog lain, seperti
yang dijelaskan selanjutnya.

Gambar 7. Pembentukan heterodupleks selama meiosis

3.3 Rekombinasi Homolog Sering Menghasilkan Konversi Gen

Dalam organisme yang bereproduksi secara seksual, hukum
fundamental genetika mengatakan — disamping itu dari DNA mitokondria,
yang diwariskan hanya melalui ibu — masing-masing orang tua
memberikan kontribusi genetik yang sama kepada keturunannya. Satu set

20
lengkap gen inti diwarisi dari ayah dan satu set lengkap diwarisi dari ibu.
Yang mendasari hukum ini adalah pembagian kromosom yang akurat sel
germinal (telur dan sperma) yang terjadi selama meiosis. Jadi, saat diploid
sel dalam induk mengalami meiosis untuk menghasilkan empat sel germinal
haploid, tepatnya setengah dari gen yang didistribusikan di antara empat sel
ini harus menjadi ibu (gen diwarisi dari ibu dari orang tua ini) dan separuh
lainnya dari ayah (gen yang diwarisi dari ayah orang tua ini). Pada beberapa
organisme (jamur, misalnya), memang demikian mungkin untuk
memulihkan dan menganalisis keempat gamet haploid yang dihasilkan dari
sebuah sel tunggal oleh meiosis. Studi pada organisme semacam itu telah
mengungkapkan kasus yang jarang terjadi pembagian gen melanggar aturan
genetika standar. Terkadang, untuk misalnya, meiosis menghasilkan tiga
salinan dari gen versi ibu dan hanya satu salinan alel paternal. Versi
alternatif dari gen yang sama disebut alel, dan itu adalah perbedaan dari
distribusi yang diharapkan selama meiosis yang dikenal sebagai konversi
gen. Studi genetik menunjukkan bahwa hanya sebagian kecil DNA biasanya
mengalami konversi gen, dan dalam banyak kasus hanya sebagian dari
sebuah gen berubah.
Beberapa jalur dalam sel dapat menyebabkan konversi gen, tetapi
salah satunya yang penting adalah paling banyak muncul dari konsekuensi
rekombinasi tertentu selama meiosis. Kita telah melihat bahwa baik
crossover maupun non-crossover menghasilkan heteroduplex wilayah DNA.
Jika dua untai yang membentuk daerah heteroduplex tidak memiliki urutan
nukleotida identik, pasangan basa yang tidak cocok terbentuk, dan ini
adalah sering diperbaiki oleh sistem perbaikan ketidakcocokan sel. Namun,
sistem perbaikan mismatch tidak dapat membedakan antara ayah dan ibu
untai dan secara acak akan memilih untai yang akan digunakan sebagai
templat. Sebagai konsekuensi, satu alel akan hilang dan yang lainnya
terduplikasi, hasilnya dalam "konversi" bersih dari satu alel ke alel lainnya.
Jadi, konversi gen, awalnya dianggap sebagai penyimpangan misterius dari

21
aturan genetika, dapat dilihat sebagai sebuah konsekuensi langsung dari
mekanisme rekombinasi homolog.

22
 DAFTAR PUSTAKA

Hanaoka F, Sugasawa K. DNA Replication, Recombination, and Repair:

Molecular Mechanisms and Pathology. DNA Replication, Recombination, and
Repair: Molecular Mechanisms and Pathology. 2016.

Nussbaum RL, McInnes RR, Willard HF. Introduction to the Human Genome. In:
THOMPSON & THOMPSON GENETICS IN MEDICINE. 8th ed. Philadelphia:
Elsevier; 2016. p. 3–20.

Alberts B, Johnson A, Lewis J, Morgan D. DNA Replication, Repair, and

Recombination. In: Molecular Biology of the Cell. 6th ed. UK: Garland Science;
2015. p. 276–86.

23