REPLIKASI DNA
NIM : 2106050030
2023
KATA PENGANTAR
Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, karena atas Limpahan
Rahmatnya saya dapat menyelesaikan laporan pratikum yang berjudul:” Replikasi DNA” ini
tepat waktu tanpa ada halangan yang berarti dan sesuai dengan harapan.
Ucapan terima kasih saya sampaikan kepada Ibu Dr. Amor Tresna Karyawati selaku
dosen pengampuh mata kuliah yang telah membantu memberikan arahan dan pemahaman dalam
penyusunan laporan ini. Saya menyadari bahwa dalam penyusunan laporan ini masih banyak
kekurangan karena keterbatasan saya. Maka dari itu saya sangat mengharapkan kritik dan saran
untuk menyempurnakan laporan ini. Semoga apa yang ditulis dapat bermanfaat bagi semua pihak
yang membutuhkan.
Penulis
DAFTAR ISI
DAFTAR PUSTAKA........................................................................................................
BAB I
PENDAHULUAN
Secara umum, replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA pada
sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel, prokariot terus menerus melakukan
replikasi DNA. Pada eukariot saat terjadinya replikasi DNA sangatlah penting diatur,
yaitu pada fase siklus sel, sebelum mitosis atau miosis 1, penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA Polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida penyusun polimer DNA.
Replikasi DNA adalah proses perbanyakan atau penggandaan DNA untai ganda
(Yuwono, 2010). Pada sel eukariotik, proses replikasi terjadi selama fase S (sintesis)
selama siklus sel. DNA merupakan molekul hidup karena mampu melakukan
penggandaan diri (replikasi). Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis karena DNA mampu
mensistesis dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA. Replikasi DNA
dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.
Prosesnya dengan menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan
suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama. Proses yang terjadi
tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase serta komponen
lainnya. Replikasi DNA merupakan awal mula dari ekspresi suatu gen hingga
membentuk protein. Gen spesifik yang akan diekspresikan, biasanya akan direplikasi
terlebih dahulu (dikopi) hingga membentuk salinan gen yang identik dengan induk.
Akibatnya, salinan gen tersebut nantinya dapat diekspresikan dalam tahapan transkripsi
dan translasi (Damayanti, n.d.).
Replikasi DNA adalah proses di mana molekul DNA membuat salinan identik dari
dirinya sendiri. Fungsi replikasi DNA sangat penting dalam pemeliharaan dan
pertumbuhan sel. Beberapa fungsi utamanya melibatkan:
1. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim
helikase yang ditunjukkan oleh nomor 9.
2. Dengan bantuan topoisomerase yang ditunjukkan oleh nomor 11, yang berfungsi
mengurangi tegangan untai DNA.
3. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal pada
nomor 10 untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.
4. Primase (nomor 6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (nomor 5).
5. Molekul DNA polimerase (nomor 3 & 8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan
bergerak sepanjang untai tersebut untuk memperpanjang primer, membentuk untaian
tunggal DNA baru yang disebut leading strand (nomor 2) dan lagging strand (nomor
1). DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-
segmen polinukleotida diskontinu yang disebut fragmen Okazaki (nomor 7).
6. Enzim DNA ligase (nomor 4) kemudian menyambungkan potongan-potongan
lagging strand tersebut.
Proses replikasi dimulai ketika enzim DNA polimerase memisahkan dua untai
DNA heliks ganda, seperti ritsleting terbuka. Kemudian, setiap untai DNA yang “lama”
akan berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida di sepanjang untai
DNA komplementer baru yang bersesuaian dengan cara mendeteksi basa komplemennya.
Setelah mendapatkan pasangan yang sesuai, nukleotida yang baru tersebut disambung
satu sama lain untuk membentuk tulang punggung gula-fosfat untai DNA yang baru. Jadi,
setiap molekul DNA terdiri atas satu untai DNA “lama” dan satu untai DNA “baru”.
Sekarang, terdapat dua molekul DNA yang sama persis dengan satu molekul DNA induk.
Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain, yaitu mengoreksi DNA yang baru
terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan memperbaiki DNA yang rusak.
Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian nukleotida DNA sangat stabil dan mutasi
jarang terjadi.
Secara umum proses replikasi DNA meliputi tahap-tahap replikasi berikut:
1. Denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk
2. Inisiasi sintesis DNA
3. Pemanjangan untaian DNA
4. Ligasi fragmen-fragmen DNA
5. Terminasi sintesis DNA
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi). Setelah heliks yang unwound, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah unwound, dan mencegah mereka untuk
annealing (penempelan). Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi
dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.
Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai DNA, yang
masing-masing akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai DNA baru
sehingga akan diperoleh suatu gambaran yang disebut sebagai garpu replikasi.
Biasanya, inisiasi replikasi DNA, baik pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua
arah (bidireksional). Dalam hal ini dua garpu replikasi akan bergerak melebar dari ori
menuju dua arah yang berlawanan hingga tercapai suatu ujung (terminus).
b. Sintesis Primer
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase (Gambar 7).
Selain replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen,
dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida
komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang merupakan
jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek RNA ke
untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12
nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan untuk
mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA
polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
Unwinding (pembukaan resleting) DNA dapat menyebabkan
supercoiling (bentukan seperti spiral yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya.
Ini superkoil DNA Unwinding oleh enzim khusus yang disebut topoisomerase yang
mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini menciptakan nick di untai
DNA dalam rangka untuk meringankan supercoil tersebut.
Pada tahap ini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3 ‘OH akhir
primer RNA, dan menambahkan nukleotida komplementer baru. Seperti garpu
replikasi berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga
menghasilkan untai baru.
Gambar 4. Pembentukan lagging strand yang ditandai dengan adanya fragmen Okazaki
e. Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA (Gambar 10). Kegiatan ini dilakukan oleh enzim
DNA polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui ’5→
3′ aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida
baru oleh 5 ‘→ 3′ aktivitas polimerase DNA.
f. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah
atau nick antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase (Gambar 11)
mengidentifikasi dan segel nick tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester
antara 5 ‘fosfat dan 3′ gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.
DNA bukanlah substansi yang lemah, telah dilengkapi dengan mekanisme tertentu yang
mampu menetralisasi gangguan-gangguan yang terjadi sehingga tidak membawa efek negatif.
Mekanisme yang dimiliki DNA tersebut adalah mekanisme DNA repair (perbaikan DNA) yang
terjadi pada fase tertentu dalam siklus sel.Pada fase G1 (Gap 1) terdapat check point yaitu suatu
tempat dimana susunan DNA akan dikoreksi dengan seteliti-telitinya. Apabila ada kesalahan, sel
mempunyai dua pilihan:Pertama, kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA
repair.
Namun, apabila kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel
memutuskan untuk mengambil pilihan kedua yaitu dimatikan daripada hidup membawa
pengaruh buruk bagi lingkungan sekelilingnya. Saat itulah keputusan untuk berapoptosis
diambil. Sel dengan DNA normal akan meneruskan perjalanan untuk melengkapi siklus yang
tersisa yaitu S (Sintesis), G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).
Mekanisme repair berupa pemotongan bagian strand DNA yang mengandung "bulky
lesion" pada nukleotida pirimidin dimer
a) Proses dimulai oleh enzim endonuklease, dengan membuat incisi pada backbone strand di
2 sisi lesi
b) Oligonukleotida yang rusak ditahan dalam dupleks dengan ikatan hidrogen pada basa
dari strand lainnya. Selama replikasi DNA dipisahkan oleh DNA helikase
c) Setelah dipotong dan dibuang, maka celah diisi oleh DNA polimerase
d) dan strand yang direpair dilekatkandengan DNA ligase
e) Radl diketahui sebagai protein yang terlibat dalam proses repair ini".
Terjadi pemisahan total dalam eksisi sel prokariot dan eukariot untuk membuang
sejumlah nakletida yang disebabkan distorsi double heliks (1). Enzim glikosilase mengawali
repair dengan mengenal adanya perubahan, dan membuang basa dengan memisahkan ikatan
glikosidik antara basa dan gula (2). Perubahan basa purin pirimidin dibuang oleh
endonuklease, dan celah diperbesar oleh fosfodiesterase, kemudian diisi dengan DNA
polimerase (3-5) Strand ditutup dilekatkan dengan DNA ligase.
3. Mismatch Repair
Pasangan basa mismatch menyebabkan distorsi dalam bentuk double helix yang timbul
karena adanya kesalahan replikasi. Pada E. coli, basa mismatch direpair oleh enzim :
Pada yeast Saccharomyces cerevisiae, ditemukan gen Msh2 yang homolog dengan MutS
yang berfungsi untuk substitusi basa-basa dan loop DNA dalam mismatch repair (Uny, 2014).
BAB III
PENUTUP
3.1Kesimpulan
Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan
replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu
pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA.
3.2 Saran
Laporan ini masih dalam pengembangan dan jauh dari sempurna, oleh karena itu
dalam pengembangannya di butuhkan saran dan kritik untuk perkembangan makalah ini
agar dapat lebih baik lagi, dan bisa bermanfaat bagi kami dan orang lain.
DAFTAR PUSTAKA