TUGAS MAKALAH

BIOTEKNOLGI PERTANIAN

“DNA Rekombinan”

OLEH:

RAHUL
D1B118021
KELAS-C

POGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS HALU OLEO
KENDARI
2020
 BABI
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Memasuki abad ke-20, ditemukan penemuan-penemuan baru tentang biologi
molekular. Pada awal abad ini pula, diketahui bahwa setiap makhluk hidup menggunakan
DNA dan RNA untuk menyimpan dan metransfer informasi genetiknya, bahwa setiap
makhluk hidup menggunakan kode genetik yang sama untuk membuat proteinnya. Pada saat
itu pula, para ilmuwan-ilmuwan di bidang teknologi ini, berpikir mengenai bisa tidaknya
materi gen ini dimanipulasi sedemikian rupa sehingga bisa didapatkan DNA dan RNA yang
sifat genetiknya sesuai dengan yang kita inginkan.
Seiring berkembangnya ilmu pengetahuan, muncullah ilmu yang mempelajari
mengenai pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan cara penyisipan molekul
DNA ke dalam suatu vektor sehingga memungkinkannya untuk terintegrasi dan mengalami
perbanyakan dalam suatu sel organisme lain yang berperan sebagai sel inang yang dikenal
sebagai teknologi DNA rekombinan atau biasa disebut rekayasa genetika. Teknologi ini
memungkinkannya diperolehnya suatu produk dengan sifat tertentu dalam waktu lebih cepat
dan jumlah lebih besar daripada produksi secara konvensional serta memadukan sifat dari dua
jenis organisme yang berbeda (organisme transgenik) dan lain-lain.
Berdasarkan uraian latar belakang di atas, maka perlu diakukan penyusunan makalah
terkait dengan DNA rekombinan untuk mengetahui lebih jelas mengenai teknologi DNA
rekombinan tersebut serta manfaat yang diperoleh dari aplikasi teknologi tersebut.

B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, maka dapat dirumuskan permasalahan sebagai
berikut:
1. Apakah yang dimaksud DNA rekombinan?
2. Perangkat apa sajakah yang digunakan dalam teknologi DNA rekombinan?
3. Bagaimanakah teknik teknologi DNArekombinan ?
4. Apakah manfaat dari teknologi DNA rekombinan?

C. Tujuan Penulisan
Tujuan yang hendak dicapai dalam penulisan makalah ini adalah untuk mengetahui
pengertian dari DNA rekombinan, perangkat dan teknik yang digunakan dalam teknologi
DNA rekombinan serta manfaat dari aplikasi teknologi DNA rekombinan.

D. Manfaat Penulisan
Makalah ini diharapkan dapat bermanfaat sebagai berikut:
1. Bagi mahasiswa dapat melatih keterampilan dan kemampuan dalam membuat karya tulis
ilmiah
2. Bagi pembaca dapat menambah sumber informasi tentang teknologi DNA rekombinan
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Pengertian DNA Rekombinan
DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan suatu
sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA yang
sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi ( Robert, dkk: 2009).
Rekayasa genetika adalah serangkaian teknik untuk memodifikasi dan merekomendasi
gen dari berbagai organisme yang berbeda yang juga disebut teknologi DNA rekombinan
( Mae-wan Ho, 2008)
Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan, atau dengan istilah yang
lebih populer rekayasa genetika, ini melibatkan upaya perbanyakan gen tertentu di dalam
suatu sel yang bukan sel alaminya sehingga sering pula dikatakan sebagai kloning gen.
Banyak definisi telah diberikan untuk mendeskripsikan pengertian teknologi DNA
rekombinan. Salah satu di antaranya, yang mungkin paling representatif, menyebutkan bahwa
teknologi DNA rekombinan adalah pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan
cara penyisipan molekul DNA ke dalam suatu vektor sehingga memungkinkannya untuk
terintegrasi dan mengalami perbanyakan di dalam suatu sel organisme lain yang berperan
sebagai sel inang.
Rekayasa genetika dapat memberikan hasil yang sangat menguntungkan. Sebagai
contoh pasien yang menderita diabetes tidak mampu membentuk hormon insulin untuk
mengatur kadar gula dalam darah. Oleh karena itu, pasien membutuhkan suntikan insulin
sebagai tambbahan. Dengan teknik rekayasa genetika, para peneliti berhasil memaksa
mikroorganisme (bakteri) untuk membentuk insulin yang mirip dengan insulin manusia
(suryo, 2001).

B. Perangkat Teknologi DNA Rekombinan
Adapun perangkat yang digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya enzim
restriksi untuk memotong DNA, enzim ligase untuk menyambung DNA dan vektor untuk
menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup, transposon sebagai alat untuk
melakukan mutagenesis dan untuk menyisipkan penanda, pustaka genom untuk menyimpan
gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan, enzim transkripsi balik untuk membuat DNA
berdasarkan RNA, pelacak DNA atau RNA untuk mendeteksi gen atau fragmen DNA yang
diinginkan atau untuk mendeteksi klon yang benar. Vektor yang sering digunakan diantarnya
plasmid, kosmid dan bakteriofag. Enzim restriksi, digunakan untuk memotong DNA. Enzim
restriksi mengenal dan memotong DNA pada sekuens spesifik yang panjangnya empat
sampai enam pasang basa. Enzim tersebut dikenal dengan nama enzim endonuklease
restriksi.
GAMBAR 1. Rekayasa Genetika
Ada beberapa bagian terpenting yang selalu digunakan dalam rekayasa genetika.Yang
pertama adalah enzim seluler dan yang kedua adalah vector
1. Cellular Enzymes/Enzim seluler Enzim yang dipakai dalam memanipulasi DNA
diantaranya adalah:
a. enzim Endonuklease, yaitu enzim yang mengenali batas-batas sekuen nukleotida spesifik
dan berfungsi dalam proses restriction atau pemotongan bahan-bahangenetik. Penggunaan
enzim ini yang paling umum antara lain pada sekuen palindromik. Enzim ini dibentuk dari
bakteri yang dibuat sedemikian rupa sehingga dapat menahan penyusupan DNA, seperti
genom bacteriophage.
b. DNA polimerisasi, yaitu enzim yang biasa dipakai untuk meng-copy DNA. Enzim ini
mengsintesis DNA dari sel induknya dan membentuk DNA yang sama persis ke sel induk
barunya. Enzim ini juga bisa didapatkan dari berbagai jenis organisme, yang tidak
mengherankan, karena semua organisme pasti harus meng-copy DNA mereka.
c. RNA polimerisasi yaitu enzim yang berfungsi untuk ’membaca sekuen DNA dan
mengsintesis molekul RNA komplementer. Seperti halnya DNA polimerisasi, RNA
polimerisasi juga banyak ditemukan di banyak organisme karena semua organisme harus
’merekam’ gen mereka.
d. DNA ligase merupakan suatu enzim yang berfungsi untuk menyambungkan suatu bahan
genetik dengan bahan genetik yang lain. Contohnya saja, enzim DNA ligase ini dapat
bergabung dengan DNA atau RNA dan membentuk ikatan phosphodiester baru antara DNA
atau RNA yang satu dengan lainnya.
e. Reverse transcriptases adalah enzim yang berfungsi membentuk blue-print dari molekul
RNA membentuk cDNA (DNA komplementer). Enzim ini dibuat dari virus RNA yang
mengubah genom RNA mereka menjadi DNA ketika mereka menginfeksi inangnya. Enzim
ini biasa dipakai ketika bertemu dengan gen eukariotik yang biasanya terpisah-pisah menjadi
potongan kecil dan dipisahkan oleh introns dalam kromosom.

2. Natural Vectors/Vektor natural
Sebagai salah satu cara untuk memanipulasi DNA di luar sel, para ilmuwan dalam
bioteknologi harus bisa membuat suatu tempat yang keadaannya stabil dan cocok dengan
tempat DNA yang dimanipulasi. Sekali lagi, alam telah memberikan solusi dari masalah ini.
Vektor disini bisa diartikan sebagai alat yang membawa DNA ke dalam sel induk barunya.
Agar suatu metode dalam rekayasa genetika dianggap berhasil, di dalam vektor, DNA hasil
rekombinan seharusnya benar-benar hanya dibawa setelah sebelumnya DNA rekombinan
digabungkan dengan DNA vektor melalui enzim ligase. Namun di dalam vektor, DNA
rekombinan tidak termutasi lagi membentuk DNA dengan sifat baru. Contoh dari vektor
natural dari alam adalah plasmid dan virus atau bacteriophage

Gambar 2. Plasmid bakteri sebagai vector
C. Teknik Teknologi DNA Rekombinan
Teknologi DNA rekombinan meliputi beberapa teknik, yaitu :
1. Teknik untuk mengisolasi DNA
2. Teknik untuk memotong DNA
3. Teknik untuk menggabungkan atau menyambungkan DNA
4. Teknik untuk memasukkan DNA rekombinan ke dalam sel hidup sehingga DNA
rekombinan tersebut dapat bereplikasi dan dapat diekspresikan dalam sel bakteri lainnya atau
sel resipien melalui kontak fisik antara dua sel.

Gambar 3. Teknik DNA rekombinan
a) Isolasi DNA yang diawali dengan melakukan perusakan serta penghilangan dinding sel.
Dalam proses ini dapat dilakukan secara mekanis ataupun dengan cara enzimatis. Setelah
perusakan sel telah dilakukan, langkah selanjutnya adalah pelisisan sel hal ini dapat
dilakukan dengan menggunakan buffer nonosmotik, serta deterjen yang kuat seperti triton X-
100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS). Remukan sel yang diakibatkan oleh lisisnya sel
dibuang dengan melakukan sentrifugasi sehingga bias dibedakan antara bagian yang rusak
serta organel target yang pada akhirnya didapatlkan DNA yang nantinya dilakukan
pemurnian dengan penambahan amonium asetat dan alcohol.
b) Selanjutnya adalah pemotongan DNA dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease.
Pemutusan ini dilakukan di dalam strain tertentu yang bertujuan untuk mencegah agar tidak
merusak DNA. Selain itu strain tersebut juga mempunyai suatu system modifikasi yang
menyebabkan pemutusan basa pada urutan tertentu yang merupakan recognition sites bagi
enzim restriksi tersebut. Pemotongan DNA genomik dan DNA vektor dengan menggunakan
enzim restriksi ini harus menghasilkan ujung-ujung potongan yang kompatibel dalam arti
setiap fragmen DNAnya harus dapat disambungkan dengan DNA vektor yang sudah
berbentuk linier.
c) Tahap penyambungan DNA terdapat beberapa cara, yaitu penyambungan dengan
menggunakan enzim DNA ligase dari bakteri, penyambungan dengan menggunakan DNA
ligase dari sel E. coli yang telah diinfeksi dengan bakteriofag T4 atau sering disebut dengan
enzim T4 ligase. Serta dengan pemberian enzim deoksinukleotidil transferase untuk
menyintesis untai tunggal homopolimerik 3’. Dengan untai tunggal semacam ini akan
diperoleh ujung lengket buatan, yang selanjutnya dapat diligasi menggunakan DNA ligase.
d) Tahap berikutnya adalah analisa terhadap hasil pemotongan DNA genomik dan DNA
vektor serta analisis hasil ligasi molekul molekul DNA dengan menggunakan teknik
elektroforesis. Hasil dari penyambungan ini dimasukkan ke dalam sel inang agar dapat
diperbanyak dengan cepat. Dalam hal ini pada campuran reaksi tersebut selain terdapat
molekul DNA rekombinan, juga ada sejumlah fragmen DNA genomik dan DNA plasmid
yang tidak terligasi satu sama lain. Tahap memasukkan campuran reaksi ligasi ke dalam sel
inang ini dinamakan transformasi. Sehingga diharapkan sel inang mengalami perubahan sifat
tertentu setelah dimasuki molekul DNA rekombinan.
e) Tahap selanjutnya adalah seleksi transforman dan seleksi rekombinan. Oleh karena DNA
yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA rekombinan, maka kita harus
melakukan seleksi untuk memilih sel inang transforman yang membawa DNA rekombinan.
Selanjutnya, di antara sel-sel transforman yang membawa DNA rekombinan masih harus
dilakukan seleksi untuk mendapatkan sel yang DNA rekombinannya membawa fragmen
sisipan atau gen yang diinginkan. Seleksi sel rekombinan yang membawa fragmen yang
diinginkan dilakukan dengan mencari fragmen tersebut menggunakan fragmen pelacak
(probe), yang pembuatannya dilakukan secara in vitro menggunakan teknik reaksi
polimerisasi berantai atau polymerase chain reaction (PCR).
Rekombinasi memiliki tiga mekanisme dasar dalam menjalani prosesnya yaitu:
1. Transformasi merupakan transfer DNA telanjang yang umumnya berasal dari satu sel
bakteri ke dalam sel yang berbeda. Prosesnya adalah ketika sebuah sel bakteri pecah atau lisis
maka DNA sirkular akan terlepas ke lingkungan. Efisiensi transformasi bergantung pada
kompetensi sel.

Gambar 4. Proses transformasi
2. Konjugasi merupakan pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung melalui
kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri yang
berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.

Gambar 5. Proses konjugasi yang menyebabkan resistensi pada plasmid

3. Transduksi merupakan transfer materi genetik dari satu bakteri ke bakteri lainnya dengan
menggunakan virus bakteri sebagai vektor. Transfer ini menggunakan prinsip dasar dari galur
donor yang menyediakan DNA bagi galur resipien. Perbedaan utamanya dengan transfer
DNA lainnya adalah DNA ditransfer melalui perantaraan bakteriofag.

Gambar 6. Proses transduksi
D. Manfaat Teknologi DNA Rekombinan
Pengembangbiakan gen-gen rekombinan dan ekspresinya dalam bentuk produk-produk
protein oleh Eschrechia coli atau sel khamir yang dapat ditumbuhkan dalam jumlah yang tak
terbatas memberikan kemungkinan memproduksi protein-protein secara komersial yang
mempunyai kegunaan praktis. Kemungkinan ini mendorong timbulnya bidang rekayasa
genetika. Dalam permasalahan tersebut teknik DNA rekombinan dan metode
pengembangbiakan memainkan peranan yang sangat penting ( Albert, 1982).
Berbagai riset DNA rekombinan banyak diaplikasikan secara praktis dalam berbagai bidang,
diantaranya :

1. Bidang Kedokteran
Gen-gen bagi beberapa protein yang dibutuhkan dalam bidang kedokteran yang dibutuhkan
dalam bidang kedokteran yaitu pembuatan insulin manusia oleh bakteri Eschrechia coli untuk
pengobatan penyakit diabetes.
Dahulu insulin didapatkan dari kelenjar pancreas sapid dan babi. Untuk membuat hanya
0,45 kg insulin hewan itu, yang dibutuhkan oleh 750 pasien diabetes selama satu tahun,
diperlukan 3.600 kg kelenjar yang berasal dari 23.000 ekor hewan. Laporan dari Kementrian
Kesehatan Pendidikan dan Kesejahteraan (HEW = Health Education and Welfare) Amerika
Serikat, dalam tahun 1981 diperlukan 56 juta hewan untuk memenuhi kebutuhan insulin
Amerika serikat. Melalui teknik DNA rekombinan (rekayasa genetika), para peneliti berhasil
memaksa bakteri untuk membentuk insulin yang mirip dengan insulin manusia dan ini
bahkan lebih baik dibandingkan insulin yang dihasilkan sapi dan babi yang dapat diterima
oleh tubuh manusia. Selain itu, dengan cara yang sama teknologi DNA rekombinan
mempunyai peran dalam pembuatan vaksin (misalnya hepatitis B), produksi hormon
pertumbuhan dan lain sebagainya.
2. Bidang Pertanian
Beberapa manfaat rekayasa genetika dalam bidang pertanian diantaranya :
a. Mengganti pemakaian pupuk nitrogen yang banyak dipergunakan tapi mahal harganya,
oleh fiksasi nitrogen secara alamiah. Bakteri tanah Rhizobium sp dapat mengadakan infeksi
ke dalam akar dari tanaman family Leguminosae. Infeksi ini menghasilkan bintil akar dan
bakteri yang terdapat di dalamnya dapat mengikat zat lemas bebas dari udara untuk di
ubahnya menjadi nitrogen yang dapat diambil dan digunakan oleh tanaman tersebut.
b. Teknik rekayasa genetika mengusahakan tanaman-tanaman (terutama yang mempunyai arti
ekonomi) yang tidak begitu pekah terhadap penyakit yang disebabkan oleh bakteri, jamur dan
cacing.
c. Mengusahakan tanaman-tanaman yang mampu menghasilkan peptisida sendiri.
3. Bidang Peternakan 
a. Telah diperoleh vaksin-vaksin untuk melawan penyakit mencret ganas yang dapat
mematikan anak-anak babi
b. Sudah dipasarkan vaksin yang efektif terhadap penyakit kuku dan mulut, yaitu penyakit
ganas dan sangat menular pada sapi, domba, kambing, rusa dan babi
4. Bidang industri
Penelitian rekayasa genetika di bidang industry sedang meningkat dengan cepat.
Berbagai usaha yang telah giat dilakukan misalnya:
a. Menciptakan bakteri yang dapat melarutkan logam-logam langsung dari dalam bumi
b. Menciptakan bakteri yang dapat menghasilkan bahan kimia
c. Menciptkan bakteri yang dapat menghasilkan bahan mentah kimia seperti etilen yang
diperlukan untuk pembuatan plastik.

BAB III
PENUTUP
A. Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan dari penulisan makalah ini, maka dapat disimpulkan bahwa :
1. DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan suatu
sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA yang sudah
ada dengan cara enzimatik atau kimiawi.
2. Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan, atau dengan istilah yang
lebih populer rekayasa genetika, melibatkan upaya perbanyakan gen tertentu di dalam suatu
sel yang bukan sel alaminya.
3. Ada beberapa bagian terpenting yang selalu digunakan dalam rekayasa genetika pertama
adalah enzim seluler dan yang kedua adalah vektor.
4. Teknik yang digunakan dalam teknologi DNA rekombinan meliputi teknik untuk
mengisolasi DNA, teknik pemotongan, teknik untuk menggabungkan atau menyambungkan
DNA,  serta teknik transformasi.
5. Berbagai riset DNA rekombinan banyak diaplikasikan secara praktis dalam berbagai
bidang, diantaranya dalam bidang kedokteran, pertanian, perikanan dan industri.

B. Saran
Saran yang dapat saya ajukan pada penulisan makalah ini adalah diharapkan kepada
pembaca atau penulis agar makalah ini dapat menjadi salah satu sumber informasi tentang
DNA rekombinan.