MAKALAH

EKSTRAKSI DNA

Disusun untuk memenuhi tugas

Mata Kuliah : Biologi Molekuler
Dosen pengampu :Bapak Hendra Nosih,M.si

DISUSUN OLEH :

RIFKI FATUL AYIB(SK519036)

PROGRAM STUDI S1 FARMASI SEMESTER 2

SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN KENDAL
TAHUN 2020
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Memasuki abad ke-20, ditemukan penemuan-penemuan baru tentang biologi molekular.
Pada awal abad ini pula, diketahui bahwa setiap makhluk hidup menggunakan DNA dan
RNA untuk menyimpan dan metransfer informasi genetiknya, bahwa setiap makhluk
hidup menggunakan kode genetik yang sama untuk membuat proteinnya. Pada saat itu
pula, para ilmuwan-ilmuwan di bidang teknologi ini, berpikir mengenai bisa tidaknya
materi gen ini dimanipulasi sedemikian rupa sehingga bisa didapatkan DNA dan RNA
yang sifat genetiknya sesuai dengan yang kita inginkan.
Seiring berkembangnya ilmu pengetahuan, muncullah ilmu yang mempelajari mengenai
pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan cara penyisipan molekul
DNA ke dalam suatu vektor sehingga memungkinkannya untuk terintegrasi dan
mengalami perbanyakan dalam suatu sel organisme lain yang berperan sebagai sel inang
yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan atau biasa disebut rekayasa genetika.
Teknologi ini memungkinkannya diperolehnya suatu produk dengan sifat tertentu dalam
waktu lebih cepat dan jumlah lebih besar daripada produksi secara konvensional serta
memadukan sifat dari dua jenis organisme yang berbeda (organisme transgenik) dan
lain-lain.
Berdasarkan uraian latar belakang di atas, maka perlu diakukan penyusunan makalah
terkait dengan DNA rekombinan untuk mengetahui lebih jelas mengenai teknologi
DNA rekombinan tersebut serta manfaat yang diperoleh dari aplikasi teknologi tersebut.
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, maka dapat dirumuskan permasalahan sebagai
berikut :
1. Apakah yang dimaksud DNA rekombinan ?
2. Perangkat apa sajakah yang digunakan dalam teknologi DNA rekombinan
3. Bagaimanakah teknik teknologi DNA rekombinan ?
4. Apakah manfaat dari teknologi DNA rekombinan ?

C. Tujuan Penulisan
Tujuan yang hendak dicapai dalam penulisan makalah ini adalah untuk mengetahui
pengertian dari DNA rekombinan, perangkat dan teknik yang digunakan dalam
teknologi DNA rekombinan serta manfaat dari aplikasi teknologi DNA rekombinan.

D. Manfaat Penulisan
Makalah ini diharapkan dapat bermanfaat sebagai berikut :
1. Bagi mahasiswa dapat melatih keterampilan dan kemampuan dalam membuat karya
tulis ilmiah
2. Bagi pembaca dapat menambah sumber informasi tentang teknologi DNA
rekombinan

BAB II
PEMBAHASAN
A. Pengertian DNA Rekombinan
DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan suatu
sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA yang
sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi
( Robert, dkk : 2009).
Rekayasa genetika adalah serangkaian teknik untuk memodifikasi dan merekomendasi
gen dari berbagai organisme yang berbeda yang juga disebut teknologi DNA
rekombinan ( Mae-wan Ho, 2008)
Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan, atau dengan istilah yang
lebih populer rekayasa genetika, ini melibatkan upaya perbanyakan gen tertentu di
dalam suatu sel yang bukan sel alaminya sehingga sering pula dikatakan sebagai
kloning gen. Banyak definisi telah diberikan untuk mendeskripsikan pengertian
teknologi DNA rekombinan. Salah satu di antaranya, yang mungkin paling
representatif, menyebutkan bahwa teknologi DNA rekombinan adalah pembentukan
kombinasi materi genetik yang baru dengan cara penyisipan molekul DNA ke dalam
suatu vektor sehingga memungkinkannya untuk terintegrasi dan mengalami
perbanyakan di dalam suatu sel organisme lain yang berperan sebagai sel inang.
Rekayasa genetika dapat memberikan hasil yang sangat menguntungkan. Sebagai
contoh pasien yang menderita diabetes tidak mampu membentuk hormon insulin untuk
mengatur kadar gula dalam darah. Oleh karena itu, pasien membutuhkan suntikan
insulin sebagai tambbahan. Dengan teknik rekayasa genetika, para peneliti berhasil
memaksa mikroorganisme (bakteri) untuk membentuk insulin yang mirip dengan
insulin manusia (suryo, 2001).
B. Perangkat Teknologi DNA Rekombinan
Adapun perangkat yang digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya enzim
restriksi untuk memotong DNA, enzim ligase untuk menyambung DNA dan vektor
untuk menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup, transposon sebagai alat
untuk melakukan mutagenesis dan untuk menyisipkan penanda, pustaka genom untuk
menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan, enzim transkripsi balik untuk
membuat DNA berdasarkan RNA, pelacak DNA atau RNA untuk mendeteksi gen atau
fragmen DNA yang diinginkan atau untuk mendeteksi klon yang benar. Vektor yang
sering digunakan diantarnya plasmid, kosmid dan bakteriofag. Enzim restriksi,
digunakan untuk memotong DNA. Enzim restriksi mengenal dan memotong DNA pada
sekuens spesifik yang panjangnya empat sampai enam pasang basa. Enzim tersebut
dikenal dengan nama enzim endonuklease restriksi.
Ada beberapa bagian terpenting yang selalu digunakan dalam rekayasa genetika.Yang
pertama adalah enzim seluler dan yang kedua adalah vector
1. Cellular Enzymes / Enzim seluler
Enzim yang dipakai dalam memanipulasi DNA diantaranya adalah :
a. enzim Endonuklease, yaitu enzim yang mengenali batas-batas sekuen nukleotida
spesifik dan berfungsi dalam proses restriction atau pemotongan bahan-bahangenetik.
Penggunaan enzim ini yang paling umum antara lain pada sekuen palindromik. Enzim
ini dibentuk dari bakteri yang dibuat sedemikian rupa sehingga dapat menahan
penyusupan DNA, seperti genom bacteriophage.
b. DNA polimerisasi, yaitu enzim yang biasa dipakai untuk meng-copy DNA. Enzim ini
mengsintesis DNA dari sel induknya dan membentuk DNA yang sama persis ke sel
induk barunya. Enzim ini juga bisa didapatkan dari berbagai jenis organisme, yang tidak
mengherankan, karena semua organisme pasti harus meng-copy DNA mereka.
c. RNA polimerisasi yaitu enzim yang berfungsi untuk ’membaca sekuen DNA dan
mengsintesis molekul RNA komplementer. Seperti halnya DNA polimerisasi, RNA
polimerisasi juga banyak ditemukan di banyak organisme karena semua organisme
harus ’merekam’ gen mereka.
d. DNA ligase merupakan suatu enzim yang berfungsi untuk menyambungkan suatu
bahan genetik dengan bahan genetik yang lain. Contohnya saja, enzim DNA ligase ini
dapat bergabung dengan DNA atau RNA dan membentuk ikatan phosphodiester baru
antara DNA atau RNA yang satu dengan lainnya.
e. Reverse transcriptases adalah enzim yang berfungsi membentuk blue-print dari
molekul RNA membentuk cDNA (DNA komplementer). Enzim ini dibuat dari virus
RNA yang mengubah genom RNA mereka menjadi DNA ketika mereka menginfeksi
inangnya. Enzim ini biasa dipakai ketika bertemu dengan gen eukariotik yang biasanya
terpisah-pisah menjadi potongan kecil dan dipisahkan oleh introns dalam kromosom.
2. Natural Vectors / Vektor natural
Sebagai salah satu cara untuk memanipulasi DNA di luar sel, para ilmuwan dalam
bioteknologi harus bisa membuat suatu tempat yang keadaannya stabil dan cocok
dengan tempat DNA yang dimanipulasi. Sekali lagi, alam telah memberikan solusi dari
masalah ini. Vektor disini bisa diartikan sebagai alat yang membawa DNA ke dalam sel
induk barunya.
Agar suatu metode dalam rekayasa genetika dianggap berhasil, di dalam vektor, DNA
hasil rekombinan seharusnya benar-benar hanya dibawa setelah sebelumnya DNA
rekombinan digabungkan dengan DNA vektor melalui enzim ligase. Namun di dalam
vektor, DNA rekombinan tidak termutasi lagi membentuk DNA dengan sifat baru.
Contoh dari vektor natural dari alam adalah plasmid dan virus atau bacteriophage
C. Teknik Teknologi DNA Rekombinan
Teknologi DNA rekombinan meliputi beberapa teknik, yaitu :
1. Teknik untuk mengisolasi DNA
2. Teknik untuk memotong DNA
3. Teknik untuk menggabungkan atau menyambungkan DNA
4. Teknik untuk memasukkan DNA rekombinan ke dalam sel hidup sehingga DNA
rekombinan tersebut dapat bereplikasi dan dapat diekspresikan dalam sel bakteri lainnya
atau sel resipien melalui kontak fisik antara dua sel.
a) Isolasi DNA yang diawali dengan melakukan perusakan serta penghilangan dinding
sel. Dalam proses ini dapat dilakukan secara mekanis ataupun dengan cara enzimatis.
Setelah perusakan sel telah dilakukan, langkah selanjutnya adalah pelisisan sel hal ini
dapat dilakukan dengan menggunakan buffer nonosmotik, serta deterjen yang kuat
seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS). Remukan sel yang
diakibatkan oleh lisisnya sel dibuang dengan melakukan sentrifugasi sehingga bias
dibedakan antara bagian yang rusak serta organel target yang pada akhirnya didapatlkan
DNA yang nantinya dilakukan pemurnian dengan penambahan amonium asetat dan
alcohol.
b) Selanjutnya adalah pemotongan DNA dengan menggunakan enzim restriksi
endonuklease. Pemutusan ini dilakukan di dalam strain tertentu yang bertujuan untuk
mencegah agar tidak merusak DNA. Selain itu strain tersebut juga mempunyai suatu
system modifikasi yang menyebabkan pemutusan basa pada urutan tertentu yang
merupakan recognition sites bagi enzim restriksi tersebut. Pemotongan DNA genomik
dan DNA vektor dengan menggunakan enzim restriksi ini harus menghasilkan ujung-
ujung potongan yang kompatibel dalam arti setiap fragmen DNAnya harus dapat
disambungkan dengan DNA vektor yang sudah berbentuk linier.
c) Tahap penyambungan DNA terdapat beberapa cara, yaitu penyambungan dengan
menggunakan enzim DNA ligase dari bakteri, penyambungan dengan menggunakan
DNA ligase dari sel E. coli yang telah diinfeksi dengan bakteriofag T4 atau sering
disebut dengan enzim T4 ligase. Serta dengan pemberian enzim deoksinukleotidil
transferase untuk menyintesis untai tunggal homopolimerik 3’. Dengan untai tunggal
semacam ini akan diperoleh ujung lengket buatan, yang selanjutnya dapat diligasi
menggunakan DNA ligase.
d) Tahap berikutnya adalah analisa terhadap hasil pemotongan DNA genomik dan DNA
vektor serta analisis hasil ligasi molekul molekul DNA dengan menggunakan teknik
elektroforesis. Hasil dari penyambungan ini dimasukkan ke dalam sel inang agar dapat
diperbanyak dengan cepat. Dalam hal ini pada campuran reaksi tersebut selain terdapat
molekul DNA rekombinan, juga ada sejumlah fragmen DNA genomik dan DNA
plasmid yang tidak terligasi satu sama lain. Tahap memasukkan campuran reaksi ligasi
ke dalam sel inang ini dinamakan transformasi. Sehingga diharapkan sel inang
mengalami perubahan sifat tertentu setelah dimasuki molekul DNA rekombinan.
e) Tahap selanjutnya adalah seleksi transforman dan seleksi rekombinan. Oleh karena
DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA rekombinan, maka kita
harus melakukan seleksi untuk memilih sel inang transforman yang membawa DNA
rekombinan. Selanjutnya, di antara sel-sel transforman yang membawa DNA
rekombinan masih harus dilakukan seleksi untuk mendapatkan sel yang DNA
rekombinannya membawa fragmen sisipan atau gen yang diinginkan. Seleksi sel
rekombinan yang membawa fragmen yang diinginkan dilakukan dengan mencari
fragmen tersebut menggunakan fragmen pelacak (probe), yang pembuatannya dilakukan
secara in vitro menggunakan teknik reaksi polimerisasi berantai atau polymerase chain
reaction (PCR).
Rekombinasi memiliki tiga mekanisme dasar dalam menjalani prosesnya yaitu:
1. Transformasi merupakan transfer DNA telanjang yang umumnya berasal dari satu sel
bakteri ke dalam sel yang berbeda. Prosesnya adalah ketika sebuah sel bakteri pecah
atau lisis maka DNA sirkular akan terlepas ke lingkungan. Efisiensi transformasi
bergantung pada kompetensi sel.
2. Konjugasi merupakan pemindahan materi genetik berupa plasmid secara langsung
melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan diantara dua sel bakteri
yang berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.
3. Transduksi merupakan transfer materi genetik dari satu bakteri ke bakteri lainnya
dengan menggunakan virus bakteri sebagai vektor. Transfer ini menggunakan prinsip
dasar dari galur donor yang menyediakan DNA bagi galur resipien. Perbedaan
utamanya dengan transfer DNA lainnya adalah DNA ditransfer melalui perantaraan
bakteriofag.
D. Manfaat Teknologi DNA Rekombinan
Pengembangbiakan gen-gen rekombinan dan ekspresinya dalam bentuk produk-produk
protein oleh Eschrechia coli atau sel khamir yang dapat ditumbuhkan dalam jumlah
yang tak terbatas memberikan kemungkinan memproduksi protein-protein secara
komersial yang mempunyai kegunaan praktis. Kemungkinan ini mendorong timbulnya
bidang rekayasa genetika. Dalam permasalahan tersebut teknik DNA rekombinan dan
metode pengembangbiakan memainkan peranan yang sangat penting
Bidang Kedokteran
Gen-gen bagi beberapa protein yang dibutuhkan dalam bidang kedokteran yang
dibutuhkan dalam bidang kedokteran yaitu pembuatan insulin manusia oleh bakteri
Eschrechia coli untuk pengobatan penyakit diabetes.
Dahulu insulin didapatkan dari kelenjar pancreas sapid dan babi. Untuk membuat hanya
0,45 kg insulin hewan itu, yang dibutuhkan oleh 750 pasien diabetes selama satu tahun,
diperlukan 3.600 kg kelenjar yang berasal dari 23.000 ekor hewan. Laporan dari
Kementrian Kesehatan Pendidikan dan Kesejahteraan (HEW = Health Education and
Welfare) Amerika Serikat, dalam tahun 1981 diperlukan 56 juta hewan untuk memenuhi
kebutuhan insulin Amerika serikat. Melalui teknik DNA rekombinan (rekayasa
genetika), para peneliti berhasil memaksa bakteri untuk membentuk insulin yang mirip
dengan insulin manusia dan ini bahkan lebih baik dibandingkan insulin yang dihasilkan
sapi dan babi yang dapat diterima oleh tubuh manusia. Selain itu, dengan cara yang
sama teknologi DNA rekombinan mempunyai peran dalam pembuatan vaksin (misalnya
hepatitis B), produksi hormon pertumbuhan dan lain sebagainya.
BAB III
PENUTUP
A. Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan dari penulisan makalah ini, maka dapat disimpulkan bahwa :
1. DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan suatu
sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA yang
sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi
2. Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan, atau dengan istilah yang
lebih populer rekayasa genetika, melibatkan upaya perbanyakan gen tertentu di dalam
suatu sel yang bukan sel alaminya.
3. Ada beberapa bagian terpenting yang selalu digunakan dalam rekayasa genetika
pertama adalah enzim seluler dan yang kedua adalah vektor.
4. Teknik yang digunakan dalam teknologi DNA rekombinan meliputi teknik untuk
mengisolasi DNA, teknik pemotongan, teknik untuk menggabungkan atau
menyambungkan DNA, seta teknik transformasi.
5. Berbagai riset DNA rekombinan banyak diaplikasikan secara praktis dalam berbagai
bidang, diantaranya dalam bidang kedokteran, pertanian, perikanan dan industri.

DAFTAR PUSTAKA

1.Muladno. 2010.Teknologi Rekayasa Genetika Edisi Kedua.Bogor:IPB press.

2.Neil A. Campbell, et all. Biologi Edisi Kedelapan, Julie 1.

3.Yohanis Ngili. 2015. Biokimia Aliran Informasi Genetika. Yogyakarta:innosain.