MAKALAH BIOTEKNOLOGI

TEKNOLOGI REKOMBINASI DNA

OLEH :

KELOMPOK 7

1. Fajri Adhiyat Rifyant (18032051)

2. Gilang Amanda (18032055)

3. Nandia (18032017)

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI PADANG

2021
 I

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT yang maha kuasa karena dengan izin dan
kuasa-Nyalah kami dapat menyelesaikan makalah ini tepat pada waktunya.

Penyusun menyadari bahwa dalam penyusunan makalah ini terdapat banyak

kendala sehingga masih banyak terdapat kekurangan,oleh karena itu penyusun sangat
mengharapkan kritik maupun saran yang bersifat membangun demi kesempurnaan
penulisan ini.

Kepada semua pihak secara langsung maupun tidak langsung telah membantu
kesempurnaan penulis makalah ini diucapkan banyak terima kasih yang sedalam-
dalamnya khususnya kepada dosen pengajar mata kuliah ini,yang telah memberikan
arahan dan masukan sehingga tugas ini selesai tepat pada waktunya.

Akhirnya, hanya kepada Allah-lah kita kembali dan hanya kepada-Nyalah

terdapat kesempurnaan.Semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi kita semua.Amin

Padang, 4 Maret 2021

Penulis
 II

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR………………………………………………………………i

DAFTAR ISI………………………………………………………………………..ii

BAB I PENDAHULUAN

A. Latar belakang………………………………………………………….…..…1
B. Rumusan masalah……………………………………………………….…....2
C. Tujuan……………………………………………………………………..….2

BAB II PEMBAHASA

A. Pengertian Rekombinasi DNA ……………………….……………………….3

B. Prinsip Rekombinasi DNA…………………...……………….……………….4
C. Teknik Dasar Rekombinasi DNA…………………...………….……………..6

BAB III PENUTUP

A. Kesimpulan……………………………………………………………….…...7
B. Kritik atau saran………………………………………………………..……...7

DAFTAR PUSTAKA
 1

BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Bioteknologi merupakan cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk

hidup (bakteri, fungi, virus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup (enzim,
alkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa.Perkembangan
bioteknologi tidak hanya didasari pada biologi semata, tetapi juga pada ilmu-ilmu
terapan dan murni lainnya, seperti biokimia, komputer, biologi molekular,
mikrobiologi, genetika, kimia, matematika, dan lain sebagainya.

Perkembangan bioteknologi pada abad 21 sudah sangat pesat, terutama dinegara-

negara maju. Teknik bioteknologi modern telah berkembang pesat sejak 1970-an.
Perkembangan ini tidak lepas dari peran para ilmuan yang tak kenal lelah untuk
mengembangkan berbagai teknik bioteknologi. Teknik bioteknologi modern
yangsudah sering didengar antara lain teknik kultur jaringan dan Rekayasa Genetik
atau yang lebih dikenal dengan Teknik DNA Rekombinan.

Perkembangan bioteknologi sekarang ini sudah semakin pesat terutama di negara-

negara maju. Penerapan bioteknologi di bidang pangan dengan menggunakan
teknologi DNA rekombinan menghasilkan tanaman dan produk unggul karena
mengandung zat gizi yang berkualitas tinggi dibandingkan tanaman biasa, serta lebih
tahan terhadap hama penyakit dan tekanan lingkungan. Teknologi DNA rekombinan
adalah rekayasa genetika untuk menghasilkan sifat baru dengan cara
merekombinasikan gen tertentu dengan DNA genom.

Teknologi DNA rekombinan mempunyai dua manfaat yaitu pertama, dengan

mengisolasi dan mempelajari masing-masing gen akan diperoleh pengetahuan tentang
fungsi dan mekanisme kontrolnya. Kedua, teknologi ini memungkinkan diperolehnya
produk gen tertentu dalam waktu lebih cepat dan jumlah lebih besar daripada produksi
secara konvensional. Pada dasarnya upaya untuk mendapatkan suatu produk yang
diinginkan melalui teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa tahapan tertentu.

Tahapan-tahapan tersebut adalah isoasi DNA genomik yang akan diklon,

pemotongan molekul DNA menjdi sejumlah fragmen dengan berbagai ukuran, isolasi
DNA vektor, penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan DNA
rekombinan, transformasi sel inang menggunakan molekul DNA rekombinan,
reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan analisis DNA rekombinan.
Pada makalah ini secara khusus akan membahas mengenai prinsip dasar dalam
teknologi DNA rekombinan, proses pemotongan dan penyisipan gen.

B. Rumusan Masalah

1. Apa yang dimaksud dengan rekombinasi DNA?

 2

2. Apa saja tipe-tipe rekombinasi DNA?

3. Bagaimana prinsip rekombinasi DNA?

4. Apa saja teknik dasar rekombinasi DNA?

C. Tujuan

1. Mengetahui apa yang dimaksud dengan rekombinasi DNA

2. Mengetahui apa saja tipe-tipe rekombinasi DNA

3. Mengetahui prinsip rekombinasi DNA

4. Mengetahui teknik dasar rekombinasi DNA

BAB III

PEMBAHASAN
 3

A. Pengertian Rekombinasi DNA

Sejak ditemukannya enzim endonuklease restriksi yang dapat mengkatalisis

pemotongan molekul DNA pada bagian atau tempat spesifik pada tahun 1971, maka
lahirlah teknologi baru dalam bidang biologi molekuler yang disebut teknologi DNA
rekombinan atau rekayasa genetik. Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik
penggabungan DNA dari spesies yang berbeda sehingga akan diperoleh organisme
baru dengan sifat-sifat yang diinginkan.

Rekayasa genetika adalah serangkaian teknik untuk memodifikasi

danmerekomendasi gen dari berbagai organisme yang berbeda yang juga disebut
teknologi DNA rekombinan. Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA
rekombinan, atau dengan istilahyang lebih populer rekayasa genetika, ini melibatkan
upaya perbanyakan gen tertentu didalam suatu sel yang bukan sel alaminya sehingga
sering pula dikatakan sebagai kloning gen. Banyak definisi telah diberikan untuk
mendeskripsikan pengertian teknologi DNA rekombinan.

Rekombinasi DNA adalah suatu upaya meletakkan DNA dari suatu organisme
kedalam DNA bakteri dengan menggabungkan dua atau lebih sekuens yang biasanya
tidak akan  terjadi bersama-sama melalui penyambungan gen. Dalam hal modifikasi
genetik, itu diciptakan melalui pengenalan yang relevan DNA ke dalam DNA
organisme yang ada seperti plasmid dan bakteri, untuk kode atau mengubah ciri yang
berbeda dengan tujuan tertentu seperti resistensi antibiotik. Ini berbeda dari
rekombinasi genetika dalam hal itu tidak terjadi melalui dalam sel, tetapi di rekayasa.

Yang salah satu penggunaan pertama DNA rekombinan dalam botani, banyak
tanaman yang memiliki genom cukup beradaptasi yang sehingga memungkinkan bagi
mereka untuk siap menggabungkan DNA dari spesies yang jauh terkait. Dengan
splicing gen baru, para ilmuwan telah mampu mengembangkan tanaman yang tahan
terhadap kondisi lingkungan yang ekstrim termasuk kekeringan dan panas. Dalam hal
ini juga memungkinkan menggunakan DNA rekombinan untuk mengambil gen dari
hewan tertentu dan sambatan dalam genom ada beberapa tanaman untuk membuat
tanaman yang mengandung bahan kimia yang membuat mereka tidak menimbulkan
selera berbagai hama dan parasit.

Untuk fungsi DNA rekombinasi dalam pemberian vaksin melalui DNA

rekombinan juga mungkin, dalam rangka untuk menciptakan vaksin ini, virus tuan
rumah, seperti virus herpes, DNA-nya telah dihapus dan diisi dengan DNA
rekombinan yang berisi coding untuk membuat antibodi untuk penyakit
tertentu. Meskipun teknologi ini relatif baru, telah terbukti cukup berhasil dan
ilmuwan berharap bahwa hal demikian bisa dikembangkan lebih lanjut untuk
membuat vaksin untuk berbagai penyakit yang saat ini tidak memilikinya. Hal ini juga
memungkinkan untuk menggunakan teknologi DNA rekombinan untuk
menyembuhkan pasien dari beberapa penyakit. Ada banyak kondisi yang disebabkan
oleh urutan DNA yang rusak yang dapat diganti dengan bagian yang sehat dari DNA
yang diberikan kepada pasien, biasanya melalui pengiriman virus. Yang dalam
 4

penelitian menunjukkan bahwa penyakit seperti fibrosis kistik dan anemia sel sabit
mungkin baik satu hari diobati dan dicegah melalui perubahan struktural untuk DNA
seseorang. Teknologi untuk menyembuhkan penyakit ini masih dalam pengembangan,
namun hasil awal yang cukup menjanjikan. Dalam pasien tidak memiliki urutan DNA
yang membuat atau mengenali kebutuhan untuk enzim tertentu juga bisa mendapatkan
keuntungan dari perawatan DNA rekombinan. Yang dalam kasus ini, sebuah untai
DNA yang menciptakan protein khusus yang dibutuhkan untuk melakukan tugas
tertentu dapat dimasukkan ke dalam DNA seseorang. Bagi banyak jenis kondisi,
bagian yang rusak dari DNA tidak perlu diganti oleh DNA rekombinan, sebagai DNA
baru hanya dapat ditempelkan ke untai normal. Bagi penderitan diabetes yang
mengambil insulin memanfaatkan teknologi DNA rekombinan seperti ini karena
insulin yang diproduksi dengan menggunakan jenis teknologi. Prinsip Rekombinasi
DNA Teknik dalam manipulasi gen sangat kompleks dan beragam. Namun prinsip-
prinsip dasar dalam teknologi DNA rekombinan cukup sederhana yang meliputi
tahapan sebagai berikut: Generasi fragmen DNA dan pemilihan bagian yang
diinginkan dari DNA (misalnya gen manusia). Memasukkan atau menyisipkan DNA
yang terpilih ke dalam kloning vektor untuk membuat DNA rekombinan. Pengenalan
vektor rekombinan ke sel inang (misalnya bakteri). Perbanyakan dan seleksi klon
yang mengandung molekul rekombinan. Ekspresi gen untuk menghasilkan produk
yang diinginkan. Beberapa metode yang sering digunakan dalam teknik rekayasa
genetika meliputi pengunaan vektor, kloning, PCR (Polymerase Chain Reaction), dan
seleksi, screening, serta analisis rekombinan. Adapun langkah-langkah dari
rekombinasi genetik meliputi

Identifikasi gen yang diharapkan; Pengenalan kode DNA terhadap gen yang
diharapkan; Pengaturan ekpresi gen yang sudah direkayasa; Pemantauan transmisi
 5

gen terhadap keturunannya.

Memodifikasi materi genetik hewan telah banyak dilakukan dengan tujuan memiliki
berbagai macam manfaat yang bisa diambil, antara lain:

Bidang Sains dan Kedokteran Hewan yang secara genetika sudah dimodifikasi
atau dikenal dengan istilah Genetically Modified Animal (GMA) seperti pada hewan
uji yakni mencit dapat digunakan untuk penelitian bagaimana fungsi yang ada pada
hewan. Disamping itu juga digunakan untuk memahami dan mengembangkan
perlakuan pada penyakit baik pada manusia mapun hewan. Pengobatan Penyakit.
Beberapa penelitian telah menggunakan protein pada manusia untuk mengobati
penyakit tertentu dengan cara mentransfer gen manusia ke dalam gen hewan,
misalnya domba atau sapi. Selanjutnya hewan tersebut akan menghasilkan susu yang
memiliki protein dari gen manusia yang akan digunakan untuk penyembuhan pada
manusia. Modifikasi Hasil Produksi Hewan. Beberapa negara melakukan rekayasa
genetik pada hewan ternak yang diharapkan akan menghasilkan hewan ternak yang
cepat pertumbuhanya, tahan terhadap penyakit, bahkan menghasilkan protein atau
susu yang sangat bermanfaat bagi manusia.Berikut ini ada beberapa penerapan
Rekayasa Genetika pada beberapa jenis hewan. Teknik Dasar Rekombinasi
DNA Perangkat rekayasa genetika atau bahan molekuler yang umum digunakan
dalam penelitian teknologi DNA rekombinan adalah enzim. Enzim yang berperan
penting dalam teknologi DNA rekombinan adalah enzim restriksi dan enzim DNA
 6

ligase. Enzim restriksi merupakan suatu endonuklease yang memiliki kemampuan

mengenal dan memotong urutan nukleotida pada basa-basa secara spesifik (DNA
sekuens spesifik yang panjangnya empat sampai dengan enam pasang basa), sehingga
pemotongannya bersifat terarah.

Enzim restriksi juga dikenal dengan nama enzim endonuklease restriksi yang
ditemukan oleh Werner Arber dan Hamilton Smith tahun 1960 dari mikroba yang
memotong DNA untai ganda. Enzim restriksi memotong DNA pada tempat yangtepat
(bukan sembarang tempat). Bagian yang dipotong oleh enzim ini dinamakan sekuens
pengenal. Suatu sekuens pengenal adalah urutan nukleotida (urutan basa) tertentu
yang dikenal oleh enzim restriksi sebagai tempat atau bagian yang akan dipotongnya

Teknologi DNA
rekombinan telah mungkinkan bagi kita untuk: mengisolasi DNA dari berbagai
organisme, menggabungkan DNA yang berasal dari organisme yang berbeda sehingga
terbentuk DNA rekombinan, memasukkan DNA rekombinan ke dalam sel organisme
prokariot maupun eukariot hingga DNA rekombinan dapat berepilkasi dan bahkan
dapat diekspresikan. Jadi, Teknologi DNA Rekombinan merupakan kumpulan teknik
atau metoda yang digunakan untuk mengkombinasikan gen-gen di dalam tabung
reaksi.

Teknik-teknik tersebut meliputi: Teknik untuk mengisolasi DNA Teknik untuk

memotong DNA Teknik untuk menggabung atu menyambung DNA Teknuk untuk
memasukkan DNA ke dalam sel hidup Perangkat yang digunakan dalam teknologi
DNA rekombinan adalah perangkat-perangkat yang ada pada bakteri. Perangkat
tersebut antara lain adalah: enzim restriksi, enzim DNA ligase, plasmid, transposon,
pustaka genom, enzim transkripsi balik, pelacak DNA/RNA.
 7

Vektor berupa plasmid bakteri atau viral ADN virus.

Bakteri, berperan dalam perbanyakan plasmid melalui perbanyakan bakteri.

Enzim, terdiri dari enzim RESTRIKSI (pemotong plasmid/ADN) dan enzim Ligase
(penyambung ptongan-potongan ADN)
 8

Adapun langkah –
langkah pembuatan DNA rekombinan menurut Moeljopawiro adalah sebagai berikut:

1. Elusi atau isolasi fragmen tunggal DNA adalah proses pemisahan fragmen
DNA target dari campuran fragmen-fragmen DNA pengotornya. Hal ini penting
dalam rekayasa genetik karena fragmen tersebut dapat digunakan untuk pelacak
dalam mendeteksi gen DNA lain dan dapat dicangkokkan ke fragmen DNA lainnya.
Fragmen DNA yang tidak tercampur dengan fragmen DNA lainnya diperoleh melalui
beberapa tahap.

Tahap pertama adalah pemisahan fragmen yang ingin diisolasi dari fragmen
lainnya dengan pemotongan menggunakan enzim restriksi atau hasil PCR, yang
dilanjutkan dengan elektroforesis menggunakan gel agarose. Tahap selanjutnya
adalah mendeteksi fragmen yang akan diisolasi dan memotong gel agarose yang
mengandung fragment tersebut. Tahap terakhir adalah mengisolasi fragmen DNA dari
gel agarose dengan cara melewatkannya pada membran Hybon N netral dan memberi
larutan buffer elusi yang berisi Tris buffer dan Sodium Dodesil Sulfat.

Pemotongan gen; Restriksi plasmid merupakan proses pemotongan fragmen

DNA pada situs tertentu sesuai yang diinginkan dengan menggunakan enzim restriksi.
Molekul DNA rekombinan tidak dapat dibuat dengan mudah tanpa adanya dua jenis
enzim, yaitu: enzim restriksi endonuklease yang berperan sebagai “gunting” untuk
memotong DNA pada situs spesifik. Setiap enzim restriksi mengenali urutan spesifik
dan memotong hanya di tempat-tempat tertentu dari urutan basa tersebut. Enzim
 9

restriksi memotong DNA double strands dengan memutus ikatan kovalen di antara
phosphat dari satu deoksiribonukleotida dengan gula dari deoksiribonukleotida yang
berbatasan dengannya. Terdapat dua tipe hasil pemotongan, ujung rata (blunt end)
dan ujung kohesif (sticky end). Ujung rata (blunt end) dihasilkan ketika dua utas
molekul dipotong pada posisi yang sama, bagian akhirnya rata dan tidak ada
nukleotida yang tidak berpasangan. Ujung kohesif (sticky end) dihasilkan ketika
setiap molekul DNA dipotong pada posisi yang tidak sama sehingga salah satu utas
(5’ atau 3’) menggantung dengan beberapa nukleotida. Akhiran single strand yang
tidak rata ini dapat berpasangan secara spontan dengan basa pasangannya sehingga
disebut “sticky” (mudah lengket) atau kohesif. Penggabungan gen; Ligasi adalah
proses penyambungan antara satu fragmen DNA dengan fragmen DNA lainnya. Di
dalam pengklonan gen, DNA insert disambungkan dengan vector pengklonan.
Terdapat beberapa jenis vector, diantaranya vector untuk bakteri adalah plasmid,
phage dan cosmid, serta beberapa vector lain yang digunakan untuk organisme selain
bakteri, yaitu Yeast Artificial Chromosomes (YAC), Bacterial Artificial
Chromosomes (BAC), Plant Cloning Vectors dan Mammalian Cell Vectors. Faktor
yang sangat berperan dalam proses ligasi adalah Enzim Ligase. Ligasi berhasil bila
kedua ujung yang akan disambungkan berkomplemen. Kecocokan yang sangat
spesifik dibutuhkan bila fragmen DNA yang akan disambungkan mempunyai ujung
tidak rata (sticky end), karena penyambungannya harus mengikuti kaidah Chargaff,
yaitu T berpasangan dengan A dan G berpasangan dengan C. Sedangkan fragmen
DNA yang mempunyai ujung rata (blunt end) dapat disambungkan dengan sembarang
fragmen DNA lain yang berujung rata. Oleh karena itu untuk mengklon suatu
fragmen DNA yang spesifik menggunakan ujung tidak rata sedangkan pengklonan
DNA yang tidak memerlukan spesifikasi tertentu menggunakan ujung rata.

2. Penyisipan gen ke dalam bakteri; Penyisipan gen dapat dilakukan melalui dua
cara yaitu:

a) Konjugasi : perpindahan DNA dari satu sel (sel donor) ke dalam sel bakteri
lainnya (sel resipien) melalui kontak fisik antara kedua sel Transformasi :
pengambilan DNA oleh bakteri dari lingkungan di sekelilingnya. Transduksi :
cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam sel lainnya melalui perantara fage.

DNA yang masuk ke dalam bakteri dapat berintegrasi dengan DNA atau
kromosom bakteri sehingga terbentuk DNA rekombinan atau kromosom
rekombinan. Adapun proses rekombinasi DNA dari pemotongan hingga
penggabungan seperti yang ditampilkan pada gambar berikut:
 10

Memasukkan DNA Rekombinan ke Sel Target; Memasukkan DNA Rekombinan

ke Sel Target / Sel Hidup dapat dilakukan dengan tiga cara yaitu: Transformasi :
pengambilan DNA rekombinan dari lingkungan di sekelilingnya. DNA-
packaging : memasukkan molekul DNA-phage ke dalam partikel
phage. Minkroinjection : memakai jarum super kecil untuk menginjekasikan
DNA rekombinan langsung ke inti sel yang ditransformasi. Adapun proses
pemasukan DNA rekombinan ke dalam sel target, misalnya pada tumbuhan dapat
ditampilkan seperti gambar berikut:

1. Isolasi DNA

Molekul DNA dalam suatu sel dapat diisolasi atau diekstraksi untuk berbagai
macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis. Isolasi
DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein, lemak, dan karbohidrat. Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa
dan protein, serta pemurnian DNA (Corkill dan Rapley,2008). Tahap pertama dalam
 11

isolasi DNA adalah proses perusakan atau penghancuran membran dan dinding sel.
Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan untuk
mengeluarkan isi sel. Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara
yakni dengan cara fisik seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan
pestle dalam nitrogen cair atau dengan menggunakan metode freezing-thawing dan
iradiasi (Giacomazzi et al., 2005). Cara lain yakni dengan menggunakan kimiawi
maupun enzimatik. Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan
detergen yang dapat melarutkan lipid pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi
membran sel (Suzuki, 2008). Sementara cara enzimatik seperti menggunakan
proteinase K seperti untuk melisiskan membran pada sel darah serta mendegradasi
protein globular maupun rantai polipeptida dalam komponen sel (Suzuki, 2008).

DNA yangtelah diekstraksi dari dalam sel selanjutnya perlu dipisahkan dari
kontaminan komponen penyusun sel lainnya seperti polisakarida dan protein agar
DNA yang didapatkan memiliki kemurnian yang tinggi. Fenol seringkali digunakan
sebagai pendenaturasi protein,ekstraksi dengan menggunakan fenol menyebabkan
protein kehilangan kelarutannya dan mengalami presipitasi yang selanjutnya dapat
dipisahkan dari DNA melalui sentrifugasi (Carp, 2008).

Bettelheim dan Landesberg (2007) menyebutkan bahwa setelah sentrifugasi akan

terbentuk 2 fase yang terpisah yakni fase organik pada lapisan bawah dan fase
aquoeus (air) pada lapisan atas sedangkan DNA dan RNA akan berada pada fase
aquoeus setelah sentrifugasi sedangkan protein yang terdenaturasi akan berada pada
interfase dan lipid akan berada pada fase organik. Selain fenol, dapat pula digunakan
campuran fenol dan kloroform atau campuran fenol, kloroform, dan isoamil alkohol
untuk mendenaturasi protein. Ekstrak DNA yang didapat seringkali juga
terkontaminasi oleh RNA sehingga RNA dapat dipisahkan dari DNA ekstrak dengan
cara pemberian RNAse.

Tahap terakhir adalah pemurnian DNA. Pemurnian DNA dari ekstrak sel dengan
menggunakan salah satu kemikalia seperti berikut ini: Fenol, kloroform, Isopropanol,
isoamyl alkohol. Selain itu untuk pemurnian DNA dari kontaminan protein digunakan
enzim protease yaitu Pronase atau Proteinase-K dan kontaminan RNA dengan
menggunakan RNase. Pemisahan DNA dari molekul RNA danprotein dapat dilakukan
dengan menggunakan densitas gradien sentrifugasi Cesium Chlorida (CsCl), dengan
cara ini DNA akan terpisah pada band yang berbeda dengan protein dan RNA bahkan
antara linier DNA dan sirkuler DNA. Selain itu, dengan menggunakan garam dengan
konsentrasi tinggi, seperti 0,25 M sodium acetate atau 0,1 M sodium chlorida
(Fatchiyah, 2011).
 12

2. Kloning gen

Kloning gen merupakan suatu terobosan baru untuk mendapatkan sebuah gen
yang mungkin sangat dibutuhkan bagi kehidupan manusia. Kloning gen meliputi
serangkaian proses isolasi fragmen DNA spesifik dari genom suatu organisme,
penentuan sekuen DNA, pembentukan molekul DNA rekombinan, dan ekspresi gen
target dalam sel inang.

Unsur-unsur yang esensial diperlukan dalam kloning DNA adalah:

1) Enzim retraksi (enzim pemotong DNA)

2) Kloning vektor (pembawa)

1) Enzim ligase yang berfungsi menyambung rantai DNA (Sutarno, 2016).

Adapun proses-proses dasar dalam kloning DNA meliputi :

2) Pemotongan DNA (DNA organisme yang diteliti dan DNA vektor)

3) Penyambungan potongan-potongan (fragmen) DNA organisme dengan DNA

vektor menggunakan enzim ligase

4) Transformasi rekombinan DNA (vektor + DNA sisipan) ke dalam sel bakteri

Eschericia coli.

5) Seleksi (screening) untuk mendapatkan klon DNA yang diinginkan (Sutarno,

2016).
 13

Penentuan sekuen DNA melalui sekuensing bertujuan untuk memastikan fragmen

DNA yang diisolasi adalah gen target sesuai dengan kehendak. Gen target yang
diperoleh selanjutnya diklon dalam sebuah vektor (plasmid, fag, atau cosmid) melalui
teknologi DNA rekombinan yang selanjutnya membentuk molekul DNA rekombinan.
DNA rekombinan yang dihasilkan kemudian ditransformasi ke dalam sel inang
(biasanya sel bakteri, misalnya strain E. coli) untuk diproduksi lebih banyak. Gen-gen
target yang ada di dalam sel inang jika diekspresikan akan menghasilkan produk gen
yang kita inginkan.

Aplikasi kloning gen misalnya adalah produksi insulin. Fragmen DNA spesifik
penyandi insulin diisolasi dan diklon dalam suatu vektor membentuk DNA
rekombinan yang selanjutnya produksi insulin dilakukan di dalam sel inang bakteri E.
coli.

a. Tujuan pengkloningan gen adalah untuk: Menentukan urutan basa nukleotida

penyusun gen tersebut Menganalisis atau mengidentifikasi urutan basa nukleotida
pengendali gen tersebut

Mempelajari fungsi RNA / protein/enzim yang disandi gen tersebut Mengidentifikasi

muntasi yang terjadi pada kecacatan gen yang mengakibatkan penyakit
bawaan Merekayasa organisme untuk tujuan tertentu, misalnya memproduksi insulin,
ketahanan terhadap hama, dll. Sumber DNA untuk dikloning dapat diperoleh dari
DNA kromosom, cDNA (complementary DNA) yang disintesis menggunakan mRNA
sebagai cetakan (template), dan DNA yang dihasilkan dari perbanyakan menggunakan
PCR. Sedangkan komponen-komponen yang diperlukan untuk kloning yaitu:

Enzim endonuklease restriksi Enzim ligase Vektors Inang (Host) Metode atau
mekanisme untuk memasukkan/menyisipkan DNA ke dalam sel inang. Mekanisme
penyisipan gen atau DNA tersebut yaitu: DNA yang ingin disisipkan, diisolasi, dan
dipotong oleh enzim endonuklease restriksi, di tempat yang urutan nukleotidanya
spesifik. DNA yang akan digunakan sebagai inang, misalnya plasmid bakteri E. coli,
diisolasi dan dipotong pula oleh enzim yang sama. Plasmid ini biasanya disebut
sebagai vektor pengklon. Fragmen DNA kemudian disisipkan ke dalam vektor dan
disatukan oleh enzim endonuklease ligase. Plasmid yang telah disisipi, dimasukkan
kembali ke dalam bakteri, kemudian bakteri tersebut dikembangbiakkan menjadi
banyak sehingga rekombinan pun ikut bertambah banyak, demikian pula hasil
ekspresi gennya.
 14

BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan

Rekombinasi DNA adalah suatu upaya meletakkan DNA dari suatu organisme
kedalam DNA bakteri dengan menggabungkan dua atau lebih sekuens yang biasanya
tidak akan  terjadi bersama-sama melalui penyambungan gen.
 15

Adapun prinsip dari rekombinasi DNA antara lain Generasi fragmen DNA dan
pemilihan bagian yang diinginkan dari DNA (misalnya gen manusia); Memasukkan
atau menyisipkan DNA yang terpilih ke dalam kloning vektor untuk membuat DNA
rekombinan; Pengenalan vektor rekombinan ke sel inang (misalnya bakteri);
Perbanyakan dan seleksi klon yang mengandung molekul rekombinan dan ekspresi
gen untuk menghasilkan produk yang diinginkan.

Isolasi atau ekstraksi DNA dari suatu sampel adalah proses memurnikan DNA
dari komponen-kompenen penyusun sel. Sampel yang digunakan dapat berupa
jaringan, sel tanaman atau hewan, darah, DNA virus atau sampel lainnya yang
mengandung DNA. Prinsip kerja isolasi DNA cukup mendasar yakni menghancurkan
membran sel untuk membuat DNA terpapar dan kemudian memisahkannya dari
komponen sel.

Kloning gen merupakan suatu terobosan baru untuk mendapatkan sebuah gen
yang mungkin sangat dibutuhkan bagi kehidupan manusia. Kloning gen meliputi
serangkaian proses isolasi fragmen DNA spesifik dari genom suatu organisme,
penentuan sekuen DNA, pembentukan molekul DNA rekombinan, dan ekspresi gen
target dalam sel inang.

B. Saran

Demikian yang dapat kami paparkan mengenai materi yang menjadi pokok
bahasan dalam makalah ini,  tentunya masih banyak kekurangan dan kelemahannya,
karena terbatasnya pengetahuan dan kurangnya rujukan atau referensi yang ada
hubungannya dengan judul makalah ini. Penulis mengharapkan kritik dan saran yang
membangun dari para pembaca, agar makalah ini lebih baik untuk kedepannya.

DAFTAR PUSTAKA

Corkill, G., Rapley, R. 2008. The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Tools
andTechniques. In: Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Ed:
Walker, J.M., Rapley,R. Humana Press, NJ, USA.

Fatchiyah. 2011. Isolasi DNA. Malang: Universitas Brawijaya.

 16

Frederick A. Bettelheim, Joseph Marvin Landesberg. 2007. Laboratory Experiments

for General, Organic And Biochemistry. USA:Brooks.

Gerald Carp. 2008. Cell and Molecular Biology: Conceps and Experiment. Michigan:
Universitas Michigan.

Luigi Giacomazzi, P. Umari, and Alfredo Pasquarello. 2005. Medium-Range

Structural Properties of Vitreous Germania Obtained through First Principles
Analysis of Vibrational Spectra. Phys. Rev. Lett 95,075505.

Sutarno. 2016. Rekayasa Genetika dan Perkembangan Bioteknologi di Bidang

Peternakan. Proceeding Biology Education Conference.Vol 13(1) 2016: 23-27.

Suzuki R, Takizawa T, Negishi Y, Utoguchi N, Maruyama K. 2008. Effective gene

delivery with novel liposomal bubbles and ultrasonic destruction technology.
International Journal of Pharmaceutics. 354(1-2):49-55.