BIOLOGI DASAR II

REKOMBINAN DNA
DOSEN PENGAMPUH: NURSYAHBANI SARAHA S.pd.M.Si

DISUSUN OLEH:
AYATULLAH YUSUF

FAKULTAS ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS NUKU
2024
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Kemajuan dibidang teknologi saat ini sudah berkembang sangat pesat,

banyak penemuan baru tentang biologi molekular, diantaranya yaitu adanya

sistem kloning. Sistem kloning itu sendiri merupakan suatu proses menghasilkan

individu-individu dari jenis yang sama identik secara genetik. Pada hewan atau

tumbuhan tertentu pengkloningan terbentuk secara alami yaitu kebiasaan proses

hewan atau tumbuhan bereproduksi aseksual. Sedangkan dalam bioteknologi,

kloning merujuk pada berbagai usaha yang dilakukan manusia untuk menghasilkan

salinan berkas DNA atau gen, sel atau organisme.

Seiring berkembangnya ilmu pengetahuan tersebut, muncullah ilmu yang

mempelajari mengenai pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan

cara penyisipan molekul DNA ke dalam suatu vektor sehingga memungkinkannya

untuk terintegrasi dan mengalami perbanyakan dalam suatu sel organisme lain

yang berperan sebagai sel inang yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan

atau biasa disebut rekayasa genetika. Teknologi ini memungkinkannya

diperolehnya suatu produk dengan sifat tertentu dalam waktu lebih cepat dan

jumlah lebih besar daripada produksi secara konvensional serta memadukan sifat

dari dua jenis organisme yang berbeda (organisme transgenik) dan lain-lain.
 Untuk lebih jelas mengenai DNA rekombinan, akan di bahas pada

pembahasan makalah ini.

B. Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas, maka dapat dirumuskan

permasalahan sebagai berikut :

1. Apakah yang dimaksud DNA rekombinan ?

2. Bagaimanakah teknik/tahapan teknologi DNA rekombinan ?

3. Bagaimana penerapan dari teknologi DNA rekombinan ?

C. Tujuan

Tujuan dari penulisan makalah ini adalah sebagai berikut :

1. Untuk mengetahui pengertian dari DNA rekombinan.

2. Untuk mengetahui teknik yang digunakan dalam teknologi DNA

rekombinan

3. Untuk mengetahui manfaat dan penerapan dari teknologi DNA

rekombinan.

D. Manfaat

Manfaat dari penulisan makalah ini adalah sebagai berikut :

1. Bagi mahasiswa dapat melatih keterampilan dan kemampuan dalam

membuat karya tulis ilmiah

2. Bagi pembaca dapat menambah sumber informasi tentang

teknologi DNA rekombinan

 BAB II PEMBAHASAN

A. Definisi DNA Rekombinan

Menurut Cohen dan Boyer (1980: DNA rekombinan (rDNA) adalah

bentuk DNA buatan yang dibuat dengan menggabungkan dua atau lebih

sekuens yang tidak akan biasanya terjadi bersama-sama. Dalam hal

modifikasi genetik, itu adalah diciptakan melalui pengenalan DNA yang

relevan ke dalam DNA organisme yang ada, seperti plasmid bakteri, untuk

kode untuk atau mengubah sifat berbeda untuk tujuan tertentu, seperti

resistensi antibiotik (News Medical.Net)

Robert (2009) mengatakan bahwa DNA rekombinan adalah DNA

yang mengalami perubahan karena penyisipan suatu sekuens

deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA

yang sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi. Rekayasa genetika

adalah serangkaian teknik untuk memodifikasi dan merekomendasi gen

dari berbagai organisme yang berbeda yang juga disebut teknologi DNA

rekombinan.

Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan, atau

dengan istilah yang lebih populer rekayasa genetika, ini melibatkan upaya

perbanyakan gen tertentu di dalam suatu sel yang bukan sel alaminya

sehingga sering pula dikatakan sebagai kloning gen. Banyak definisi telah
diberikan untuk mendeskripsikan pengertian teknologi DNA rekombinan.

Salah satu di antaranya, yang mungkin paling representatif, menyebutkan

bahwa teknologi DNA rekombinan adalah pembentukan kombinasi materi

genetik yang baru dengan cara penyisipan molekul DNA ke dalam suatu

vektor sehingga memungkinkannya untuk terintegrasi dan mengalami

perbanyakan di dalam suatu sel organisme lain yang berperan sebagai sel

inang. Rekayasa genetika dapat memberikan hasil yang sangat

menguntungkan. Sebagai contoh pasien yang menderita diabetes tidak

mampu membentuk hormon insulin untuk mengatur kadar gula dalam

darah. Oleh karena itu, pasien membutuhkan suntikan insulin sebagai

tambahan. Dengan teknik rekayasa genetika, para peneliti berhasil

memaksa mikroorganisme (bakteri) untuk membentuk insulin yang mirip

dengan insulin manusia (suryo, 2001).

B. Teknologi DNA Rekombinan

Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik kejuruteraan genetik

yang melibatkan penggunaan DNA rekombinan - yaitu DNA yang

menggabungkan maklumat genetik dua species organisme yang

berlainan. Jika gen-gen ini digabungkan dalam sel telur atau sel sperma

supaya maklumat genetik ini boleh diturunkan kepada progeni, maka hasil

daripada gabungan ini dinamakan organisme transgenik.

Penghasilan DNA rekombinan melibatkan tiga proses:

1. Manipulasi DNA in vitro (luar sel organisma)

 2. Gabungan, atau rekombinasi DNA sesuatu organisma dengan DNA

bakteria dalam plasmid atau bakteriofak

3. Pengklonan, atau teknik untuk mereplikasi progeni yang membawa DNA

rekombinan.

Proses-proses diatas pertama kali dilakukan oleh Paul Berg dan A.D.

Kaiser pada tahun 1972. Mereka berjaya memasukkan DNA prokariot

kedalam bakteria, kemudian oleh S.N. Cohen dan Herbert Boyer yang

berjaya menggabungkan DNA organisme eukariot bersama plasmid

bakteria.

Komponen yang digunakan dalam teknik DNA rekombinan diantaranya

enzim restriksi untuk memotong DNA, enzim ligase untuk menyambung

DNA dan vektor untuk menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel

hidup, transposon sebagai alat untuk melakukan mutagenesis dan untuk

menyisipkan penanda, pustaka genom untuk menyimpan gen atau

fragmen DNA yang telah diklonkan, enzim transkripsi balik untuk membuat

DNA berdasarkan RNA, pelacak DNA atau RNA untuk mendeteksi gen

atau fragmen DNA yang diinginkan atau untuk mendeteksi klon yang

benar. Vektor yang sering digunakan diantarnya plasmid, kosmid dan

bakteriofag.

Enzim restriksi, digunakan untuk memotong DNA. Enzim restriksi

mengenal dan memotong DNA pada sekuens spesifik yang panjangnya

empat sampai enam pasang basa. Enzim tersebut dikenal dengan nama

enzim endonuklease restriksi.

 Ada dua bagian terpenting yang selalu digunakan dalam rekayasa

genetika yaitu sebagai berikut :

1. Enzim seluler/Cellular Enzymes

Enzim yang dipakai dalam memanipulasi DNA diantaranya adalah :

a. enzim Endonuklease, yaitu enzim yang mengenali batas-batas sekuen

nukleotida spesifik dan berfungsi dalam proses restriction atau

pemotongan bahan-bahan genetik. Penggunaan enzim ini yang paling

umum antara lain pada sekuen palindromik. Enzim ini dibentuk dari

bakteri yang dibuat sedemikian rupa sehingga dapat menahan

penyusupan DNA, seperti genom bacteriophage.

b. DNA polimerisasi, yaitu enzim yang biasa dipakai untuk meng-copy DNA.

Enzim ini mengsintesis DNA dari sel induknya dan membentuk DNA yang

sama persis ke sel induk barunya. Enzim ini juga bisa didapatkan dari

berbagai jenis organisme, yang tidak mengherankan, karena semua

organisme pasti harus meng-copy DNA mereka.

c. RNA polimerisasi yaitu enzim yang berfungsi untuk ’membaca sekuen

DNA dan mengsintesis molekul RNA komplementer. Seperti halnya DNA

polimerisasi, RNA polimerisasi juga banyak ditemukan di banyak

organisme karena semua organisme harus ’merekam’ gen mereka.

d. DNA ligase merupakan suatu enzim yang berfungsi untuk

menyambungkan suatu bahan genetik dengan bahan genetik yang

 lain. Contohnya saja, enzim DNA ligase ini dapat bergabung

dengan DNA atau RNA dan membentuk ikatan phosphodiester

baru antara DNA atau RNA yang satu dengan lainnya.

e. Reverse transcriptases adalah enzim yang berfungsi membentuk blue-

print dari molekul RNA membentuk cDNA (DNA komplementer). Enzim ini

dibuat dari virus RNA yang mengubah genom RNA mereka menjadi DNA

ketika mereka menginfeksi inangnya. Enzim ini biasa dipakai ketika

bertemu dengan gen eukariotik yang biasanya terpisah-pisah menjadi

potongan kecil dan dipisahkan oleh introns dalam kromosom.

2. Vektor natural/ Natural Vectors

Sebagai salah satu cara untuk memanipulasi DNA di luar sel, para

ilmuwan dalam bioteknologi harus bisa membuat suatu tempat yang

keadaannya stabil dan cocok dengan tempat DNA yang dimanipulasi.

Sekali lagi, alam telah memberikan solusi dari masalah ini. Vektor disini

bisa diartikan sebagai alat yang membawa DNA ke dalam sel induk

barunya.

Agar suatu metode dalam rekayasa genetika dianggap berhasil, di

dalam vektor, DNA hasil rekombinan seharusnya benar-benar hanya

dibawa setelah sebelumnya DNA rekombinan digabungkan dengan DNA

vektor melalui enzim ligase. Namun di dalam vektor, DNA rekombinan

tidak termutasi lagi membentuk DNA dengan sifat baru. Contoh dari vektor
natural dari alam adalah plasmid dan virus atau bacteriophage (Witarto,

2005).

Adapun teknik pembuatan DNA rekombinan adalah sebagai berikut:

1. Teknik mengisolasi DNA.

2. Teknik memotong DNA dengan menggunakan enzim retriksi

endonuklease.

3. Teknik menggabung/ menyambung DNA dengan menggunakan enzim

ligase.

4. Teknik memasukkan DNA kedalam sel hidup (vektor)

5. Vektor berkembang dengan seleksi DNA yang direkayasa.

Gambar 1: mekanisme DNA Rekombinan

 Gambar 2: mekanisme DNA Rekombinan untuk produksi insulin

1. Isolasi DNA yang diawali dengan melakukan perusakan serta

penghilangan dinding sel. Dalam proses ini dapat dilakukan secara

mekanis ataupun dengan cara enzimatis. Setelah perusakan sel telah

dilakukan, langkah selanjutnya adalah pelisisan sel hal ini dapat dilakukan

dengan menggunakan buffer nonosmotik, serta deterjen yang kuat

seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS). Remukan

sel yang diakibatkan oleh lisisnya sel dibuang dengan melakukan

sentrifugasi sehingga bias dibedakan antara bagian yang rusak serta

organel target yang pada akhirnya didapatlkan DNA yang nantinya

dilakukan pemurnian dengan penambahan amonium asetat dan alcohol.

2. Pemotongan molekul DNA, baik genomik maupun plasmid dilakukan

dengan enzim restriksi. Ada dua macam enzim restriksi yaieu enzim

restriksi tipe I dan enzim restriksi tipe II.

Enzim restriksi tipe II mempunyai sifat-sifat umum yang

penting sebagai berikut:

a. mengenali urutan tertentu sepanjang empat hingga tujuh pasang basa di

dalam molekul DNA.

b. memotong kedua untai molekul DNA di tempat tertentu pada atau di

dekat tempat pengenalannya

c. .menghasilkan fragmen-fragmen DNA dengan berbagai ukuran dan

urutan basa. Berdasarkan tempat hasil pemotongan, fragmen- fragmen

DNA memiliki dua macam ujung yaitu:

1) Ujung lengket (sticky end) atau ujung kohesif, terjadi jika tempat

pemotongan pada kedua untai DNA terpisah sejauh beberapa

pasang basa, sehingga menghasilkan fragmen- fragmen dengan

ujung 5’ yang runcing karena masing- masing untai tunggalnya

menjadi tidak sama panjang. Dua fragmen DNA dengan ujung

yang runcing akan mudah disambungkan satu sama lain.

2) Ujung tumpul (blunt end), terjadi jika tempat pemotongan DNA

pada posisi yang sama. Kedua fragmen hasil pemotongannya

akan mempunyai ujung 5’ yang tumpul karena masing-masing

untai tunggalnya sama panjangnya.

 Penyatuan dua fragmen DNA ujung tumpul sulit dilakukan

sehingga memerlukan perlakuan tambahan, misalnya

pemberian molekul linker, molekul adaptor, atau

penambahan enzim deoksinukleotidil transferase.

3. Tahap selanjutnya adalah penyambungan molekul DNA. Ada tiga cara

yang dapat digunakan untuk meligasi fragmen-fragmen DNA secara in

vitro. Pertama, ligasi menggunakan enzim DNA ligase dari bakteri. Kedua,

ligasi menggunakan DNA ligase dari sel-sel E. coli yang telah diinfeksi

dengan bakteriofag T4 atau lazim disebut sebagai enzim T4 ligase. Ketiga

yaitu pemberian enzim deoksinukleotidil transferase untuk menyintesis

untai tunggal homopolimerik 3’. Suhu optimum bagi aktivitas DNA ligase

sebenarnya 37ºC. Akan tetapi, pada suhu ini ikatan hidrogen yang secara

alami terbentuk di antara ujung-ujung lengket akan menjadi tidak stabil

dan kerusakan akibat panas akan terjadi pada tempat ikatan tersebut.

Oleh karena itu, ligasi biasanya dilakukan pada suhu antara 4 dan 15ºC

dengan waktu inkubasi (reaksi) yang diperpanjang (sering kali hingga

semalam).

4. Setelah tahap penyambungan molekul DNA, dilakukan analisis terhadap

hasil pemotongan DNA genomik dan DNA vektor serta analisis hasil ligasi

molekul-molekul DNA tersebut. menggunakan teknik elektroforesis. Jika

hasil elektroforesis menunjukkan bahwa fragmen-fragmen DNA genomik

telah terligasi dengan baik pada

 DNA vektor sehingga terbentuk molekul DNA rekombinan,

campuran reaksi ligasi dimasukkan ke dalam sel inang agar

dapat diperbanyak dengan cepat. Tahap memasukkan

campuran reaksi ligasi ke dalam sel inang dinamakan transformasi

karena sel inang diharapkan akan mengalami perubahan sifat

tertentu setelah dimasuki molekul DNA rekombinan.

5. Tahap selanjutnya adalah seleksi transforman dan seleksi rekombinan.

Oleh karena DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA

rekombinan, maka kita harus melakukan seleksi untuk memilih sel inang

transforman yang membawa DNA rekombinan. Selanjutnya, di antara sel-

sel transforman yang membawa DNA rekombinan masih harus dilakukan

seleksi untuk mendapatkan sel yang DNA rekombinannya membawa

fragmen sisipan atau gen yang diinginkan.

Pada dasarnya ada tiga kemungkinan yang dapat terjadi

setelah transformasi dilakukan, yaitu:

1. Sel inang tidak dimasuki DNA apa pun atau berarti transformasi gagal.

2. Sel inang dimasuki vektor religasi atau berarti ligasi gagal, dan

3. Sel inang dimasuki vektor rekombinan dengan/tanpa fragmen sisipan

atau gen yang diinginkan.

Seleksi sel rekombinan yang membawa fragmen yang

diinginkan dilakukan dengan mencari fragmen tersebut menggunakan

fragmen pelacak (probe), yang pembuatannya dilakukan secara in vitro

menggunakan teknik reaksi polimerisasi berantai atau polymerase chain

reaction (PCR). Pelacakan fragmen yang diinginkan antara lain dapat

dilakukan melalui cara yang dinamakan hibridisasi koloni (Tjahjoleksono,

2009).

Transfer DNA atau perpindahan DNA ke dalam bakteri dapat

melalui tiga cara yaitu:

1. Transformasi : transfer DNA yang umumnya berasal dari satu sel bakteri

ke dalam sel yang berbeda. Prosesnya adalah ketika sebuah sel bakteri

pecah atau lisis maka DNA sirkular akan terlepas ke lingkungan. Efisiensi

transformasi bergantung pada kompetensi sel.

2. Konjugasi : merupakan pemindahan materi genetik berupa plasmid

secara langsung melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti

jembatan diantara dua sel bakteri yang berdekatan. Umumnya terjadi

pada bakteri gram negatif.

3. Transduksi : transfer materi genetik dari satu bakteri ke bakteri lainnya

dengan menggunakan virus bakteri sebagai vektor. Transfer ini

menggunakan prinsip dasar dari galur donor yang menyediakan DNA bagi

galur resipien. Perbedaan utamanya dengan transfer DNA lainnya adalah

DNA ditransfer melalui perantaraan bakteriofag.

 C. Manfaat Teknologi DNA Rekombinan

Berbagai penelitian tentang DNA rekombinan banyak gunakan dan

dimanfaatkan dalam berbagai bidang, diantaranya :

1. Bidang industri.

Penelitian rekayasa genetika di bidang industry sedang meningkat

dengan cepat. Berbagai usaha yang telah giat dilakukan misalnya :

a) Menciptakan bakteri yang dapat melarutkan logam-logam

langsung dari dalam bumi Menciptakan bakteri yang dapat

menghasilkan bahan kimia

b) Mencipatkan bakteri yang dapat menghasilkan bahan mentah

kimia seperti etilen yang diperlukan untuk pembuatan plastic

2. Bidang Pertanian

Beberapa manfaat rekayasa genetika dalam bidang pertanian

diantaranya adalah:

a) Mengganti pemakaian pupuk nitrogen yang banyak dipergunakan

tapi mahal harganya, oleh fiksasi nitrogen secara alamiah. Bakteri

tanah Rhizobium sp dapat mengadakan infeksi ke dalam akar dari

tanaman family Leguminosae. Infeksi ini menghasilkan bintil akar

dan bakteri yang terdapat di dalamnya dapat mengikat zat lemas

bebas dari udara untuk di ubahnya menjadi nitrogen yang dapat

diambil dan digunakan oleh tanaman tersebut.

 b) Teknik rekayasa genetika mengusahakan tanaman- tanaman

(terutama yang mempunyai arti ekonomi) yang tidak begitu

pekah terhadap penyakit yang disebabkan oleh bakteri, jamur

dan cacing.

c) Mengusahakan tanaman-tanaman yang mampu menghasilkan

peptisida sendiri.

3. Bidang Peternakan

a) Telah diperoleh vaksin-vaksin untuk melawan penyakit mencret

ganas yang dapat mematikan anak-anak babi.

b) Sudah dipasarkan vaksin yang efektif terhadap penyakit kuku dan

mulut, yaitu penyakit ganas dan sangat menular pada sapi,

domba, kambing, rusa dan babi

4. Bidang Kedokteran

Gen-gen bagi beberapa protein yang dibutuhkan dalam

bidang kedokteran yang dibutuhkan dalam bidang kedokteran yaitu

pembuatan insulin manusia oleh bakteri Eschrechia coli untuk

pengobatan penyakit diabetes (Wikipedia.org).

 BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan

Berdasarkan pembahasan pada makalah ini maka dapat ditarik beberapa

kesimpulan sebagai berikut :

1. DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena

penyisipan suatu sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak

terdapat dalam molekul DNA yang sudah ada dengan cara enzimatik atau

kimiawi.

2. Komponen yang terlibat dalam Dna rekombinasi yaitu Enzim restriksi

untuk memotong DNA, DNA polymerase, enzim ligase, enzim DNA ligase,

Vektor untuk menyambung dan mengklonkan gen di dalam sel hidup,

Transposon, Pustaka genom, Enzim transkripsi balik, Pelacak DNA atau

RNA

3. Tahapan-tahapan teknologi DNA rekombinan adalah isolasi DNA

kromosom yang akan diklon, pemotongan molekul DNA menjadi

sejumlah fragmen dengan berbagai ukuran, isolasi DNA vektor,

penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan molekul

DNA rekombinan, transformasi sel inang menggunakan molekul DNA

rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan

analisis DNA rekombinan.

 B. Saran

Makalah ini masih jauh dari kesempurnaannya dan

informasinya pun terbatas.

 DAFTAR PUSTAKA

Anshori.DNA Rekombinan. (online) Tersedia http://anshori.comuv.com/

DNA_Rekombinan.html. (Tanggal 15 November 2014).
Ilham.2009.DNArekombinan.(online).Tersediahttp://ilhamgantz.blogspot.c
om/200 9/ 03/dna-rekombinan.html. (Tanggal 15 November 2014.)
News Medical., 2012. DNA Rekombinan. Tersedia http://www.news-
medical.net/health/Recombinant-DNA-What-is-Recombinant-DNA-
%28Indonesian%29.aspx. (Tanggal 15 November 2014).
Tjahjoleksono, Aris., 2009. DNA Rekombinan. (Online) Tersedia
http://web.ipb.ac.id/-tpb/files/materi/genetika/dna/rekombinan.htm
Rifa’I, Muhaimin PhD.Med.Sc. 2010. Genetika Rekombinasi dan Populasi.
Galaxy Science. Malang.
Satriani. 2011. DNA rekombinan. (online) Tersedia
http://satriani09ngeblog. blogspot.com/2011/12/dna-
rekombinan.html (Tanggal 15 November 2014)
Wikipedia. 2011. Recombinant DNA. (Online) Tersedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Recombinant_DNA (Tanggal 15
November 2014).
Wikipedia. 2011. Teknologi DNA rekombinan. (Online) Tersedia
http://ms.wikipedia.org/wiki/Teknologi_DNA_rekombinan. (Tanggal
15 November 2014)
Witarto, A.B., 2005. Inspirator Kemajuan Iptek. Pusat Penelitian
Bioteknologi – LIPI. (Online) Tersedia
http://www.beritaiptek.com/zberita-beritaiptek-2005 (Tanggal 15
November 2014).