BAB 1

PENDAHULUAN

A. Latarbelakang

Perubahan iklim merupakan faktor utama yang terjadi di Indonesia.

Adanya perubahan iklim memberikan dampak buruk bagi pertanian

khususnya tanaman, yaitu timbulnya beragam hama dan penyakit, gulma

yang tidak terkendali, hingga nematode parasit tanaman, sehingga perlu

dilakukannya aplikasi rekayasa/rekombinasi DNA. Rekayasa genetika dengan

teknologi rekombinasi DNA merupakan proses dimana gen organisme di

kombinasikan ulang dimodifikasi sedemikian rupa untuk meningkatkan

karakteristiknya digunakan untuk menghasilkan tanaman yang memiliki

tingkat ketahanan atau nilai gizi lebih.

Rekayasa genetika adalah ilmu mengkombinasikan Kembali susunan

DNA (rekombinasi DNA) menjadi susunan DNA yang baru dengan cara

merubah susunan DNA (menghilangkan dan atau menambahkan DNA) untuk

menambahkan karakter yang baru pada tanaman yang sebelumnya tidak ada

di dalam tanaman. Kehadiran teknologi rekombinasi DNA ini membantu para

pemulia menambahkan sifat baru ke dalam genom tanaman yang sebelumnya

tidak dapat dilakukan di sebabkan adanya inkompatibilitas seksual. Teknik

rekombinasi DNA memungkinkan peneliti memanipulasi gen asing

organisme lain ke dalam genom tanaman sekalipun secara seksual

 inkompatibel. Gen yang disisipkan dapat berasal dari bakteri, fungi, hewan,

bahkan dari manusia (Herman 2016).

Teknologi rekayasa genetik (teknologi rekombinasi DNA) digunakan

untuk memperbaiki sifat tanaman melalui modifikasi genetika untuk tujuan

mendapatkan tanaman yang mempunyai sifat baru dan unggul. Teknologi

rekombinasi DNA mengembangkan dan memanfaatkan teknik isolasi dan

mentransfer gen yang mengekpresikan sifat yang diinginkan ke tanaman

transgenik. Adanya teknologi rekombinasi DNA dapat menghasilkan tanaman

atau organisme transgenik yang mempunyai sifat baru seperti ketahanan

terhadap serangan hama dan penyakit serta ketahanan terhadap stress abiotik

maupun biotik (Susilo 2019).

B. Rumusan Masalah

Adapun masalah yang akan dibahas pada penulisan makalah ini adalah

sebagai berikut:

1. apakah yang dimaksud DNA rekombinan?

2. Apakah manfaat dari teknologi DNA rekombinan?

3. Bagaimana tahap-tahap kloning gen?

4. Bagaimana garis besar seleksi transforman dan seleksi rekombinan?

5. Apa saja aplikasi dalam biomolekuler dibidang farmasi?

C. Tujuan Penulisan

Tujuan yang ingin dicapai pada penulisan makalah ini adalah sebagai

berikut:

1. Untuk mengetahui apa yang dimaksud DNA rekombinan.

2. Untuk mengetahui manfaat dari teknologi DNA rekombinan

3. Untuk mengetahui tahap-tahap kloning gen

4. Untuk mengetahui bagaimana garis besar seleksi transforman dan seleksi

rekombinan

5. Untuk mengetahui aplikasi dalam biomolekuler dibidang farmasi?

 BAB II

PEMBAHASAN

A. Definisi

istilah teknologi DNA rekombinan atau rekayasa genetika secara ringkas

dapat diartikan sebagai teknik molekuler yang dengan tepat mampu

mengubah suatu molekul DNA, atau menggabungkan molekul DNA tertentu

dari sumber-sumber yang berbeda. Rekombinasi DNA dilakukan dengan

enzim (enzim restriksi dan ligase) yang dapat melakukan pemotongan dan

penyambungan molekul DNA dengan tepat dan dapat diprediksi. DNA

rekombinan selanjutnya dimasukkan ke dalam organisme sasaran melalui

introduksi langsung (transformasi), melalui virus, atau bakteri. Oleh karena

itu, dalam melakukan rekombinasi genetika, seorang pemulia selain dapat

melakukannya

penggabungan sel telur dan sperma (atau serbuk sarI dan putik pda tanaman)

pada metode pemuliaan selektif, dia dapat pula melakukan rekombinasi bahan

genetika d.engan ketelitian yang lebih tinggi dengan melakukannya dl taraf

molekuler.

Rekayasa genetika adalah serangkaian teknik untuk memodifikasi

dan merekomendasi gen dari berbagai organisme yang berbeda yang juga

disebut teknologi DNA rekombinan. Teknologi yang dikenal sebagai

teknologi DNA rekombinan, atau dengan istilah yang lebih populer rekayasa
 genetika, ini melibatkan upaya perbanyakan gen tertentu di dalam suatu sel

yang bukan sel alaminya sehingga sering pula dikatakan sebagai kloning gen.

Banyak definisi telah diberikan untuk mendeskripsikan pengertian

teknologi DNA rekombinan. Salah satu di antaranya, yang mungkin paling

representatif, menyebutkan bahwa teknologi DNA rekombinan adalah

pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan cara penyisipan

molekul DNA ke dalam suatu vektor sehingga memungkinkannya

untuk terintegrasi dan mengalami perbanyakan di dalam suatu sel organisme

lain yang berperan sebagai sel inang.

B. Manfaat

Dalam bidangnya banyak dimanfaatkan dalam berbagai macam

bidang dari industri, peternakan pertanian bahkan kedokteran dan antara lain

1. Menciptakan bakteri yang dapat melarutkan logam-logam langsung dari

dalam bumi

2. Menciptakan bakteri yang dapat menghasilkan bahan kimia Mencipatkan

bakteri yang dapat

3. menghasilkan bahan mentah kimia seperti etilen yang diperlukan untuk

pembuatan plastic

4. Mengganti pemakaian pupuk nitrogen yang banyak dipergunaka, oleh

fiksasi nitrogen secara alamiah

5. Teknik rekayasa genetika mengusahakan tanaman-tanaman (yang

memiliki nilai ekonomi) yang tidak begitu peka terhadap penyakit yang

disebabkan oleh bakteri, jamur dan cacing.

 6. vaksin yang efektif terhadap penyakit kuku dan mulut, yaitu

penyakit ganas dan sangat menular pada sapi, domba, kambing, rusa

dan babi

C. Tahap tahap kloning

Kloning berasal dari kata 'klon' dari bahasa Yunani yang berarti tunas

muda. Pada dasarnya kloning adalah teknik penggandaan gen yang

menghasilkan turunan yang sama sifat baik dari segi hereditasnya maupun

penampakannya.Dari referensi lainnya, dikatakan kloning adalah penggunaan

sel somatik makhluk hidup multiseluler untuk membuat satu atau lebih

individu dengan materi genetik yang sama atau identic. Sumber lainnya lagi

mengatakan bahwa kloning adalah teknik perbanyakan sel, jaringan atau

organisme secara aseksual, bias melibatkan dua induk atau satu induk

Sehingga dapat disimpulkan, bahwa kloning adalah suatu cara atau teknik

yang menggunakan sel somatik makhluk hidup untuk membentuk turunan

baru baik dari satu induk maupun dua induk yang turunannya memiliki materi

genetik yang sama sifat baik dari segi hereditas maupun penampakannya

yang prosesnya merupakan suatu bentuk reproduksi aseksual.

Tahapan-tahapan dalam mengkloning suatu gen adalah sebagai berikut

Suatu fragmen DNA yang mengandung gen yang akan dikloning pertama-

tama diinsersikan dulu pada molekul DNA sirkular yang disebut sector untuk

menghasilkan molekul DNA rekombinan atau chimoera. Vektor kemudian

bertindak sebagai pembawa DNArekombinan tersebut untuk masuk ke dalam

tuan rumah biasanya berupa bakteri, maupun sel-sel jenis lainnya yang bisa
 digunakan. Kemudian vector mengadakan replikasi dalam sel tuan rumah

yang menghasilkan banyak turunan-turunan identik, baik vektornya sendiri,

maupun gen yang dia bawa. Ketika sel tuan rumah membelah, kopi molekul

DNA rekombinan diwariskan pada progeny dan terjadi replikasi vektro

selanjutnya, setelah terjadi sejumlah besar pembelahan sel, maka dihasilkan

koloni atau sel kloningan yang identic. Tiap-tiap sel dalam klon mengandung

satu atau lebih kopian molekul DNA rekombinasi

D. Garis besar seleksi

Oleh karena DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya

DNA rekombinan, maka harus diakukanya seleksi untuk memilih sel inang

transforman yang membawa DNA rekombinan. Selanjutnya, di antara sel-sel

transforman yang membawa DNA rekombinan masih harus dilakukan seleksi

untuk mendapatkan sel yang DNA rekombinannya membawa fragmensisipan

atau gen yang diinginkan. Pada dasarnya ada tiga kemungkinan yang dapat

terjadi setelah transformasi dilakukan, yaitu (1) sel inang tidak dimasuki DNA

apa pun atau berarti transformasi gagal, (2) sel inang dimasuki vektor religasi

atau berarti ligasi gagal, dan (3) selinang dimasuki vektor rekombinan

dengan/tanpa fragmen sisipan atau gen yang diinginkan. Jika sel inang

memperlihatkan dua sifat marker vektor, maka dapat dipastikan bahwa

kemungkinan kedualah yang terjadi. Selanjutnya, untuk membedakan antara

kemungkinan kedua dan ketiga dilihat pula perubahan sifat yang terjadi pada

sel inang. Jika sel inang hanya memperlihatkan salah satu sifat di antara

kedua marker vektor, maka dapat dipastikan bahwa kemungkinan ketigalah

yang terjadi. Dalam perlakuan dengan menggunakan DNA rekombinan ini

dilakukan beberapa tahapan yang tercakup semua teknik di atas (1) Isolasi

DNA yang diawali dengan melakukan perusakan serta penghilangan dinding

sel. Dalam proses ini dapat dilakukan secara mekanis ataupun dengan cara

enzimatis. Setelah perusakan sel telah dilakukan, langkah selanjutnya adalah

pelisisan sel hal ini dapat dilakukan dengan menggunakan buffer nonosmotik,

serta deterjen yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil

sulfat. Remukan sel yang diakibatkan oleh lisisnya sel dibuang dengan

melakukan sentrifugasi sehingga bisa dibedakan antara bagian yang rusak

serta organel target. Yang pada akhirnya didapatlkan DNA yang nantinya

dilakukan pemurnian dengan penambahan amonium asetat dan alkohol.

Plasmid pada umumnya berada dalam struktur tersier yang sangat kuat atau

dikatakan mempunyai bentuk covalently closed circular sedangkan DNA

kromosom ikatan antara kedua untaiannya lebih longgar. Hal ini akan

menyebabkan DNA plasmid lebih rentan terhadap terjadinya denaturasi

protein apabila dibandingkan dengan DNA kromosom. Tahap kedua dalam

kloning gen adalah pemotonganmolekul DNA, baik genomic maupun

plasmid. Perkembangan teknik pemotongan DNA berawal dari saat

ditemukannya istem restriksi dan modifikasi DNA pada bakteri E. coli, yang

berkaitan dengan infeksi virus atau bakteriofag lambda. Virus l digunakan

untuk menginfeksi dua strain E. coli, yakni strain K dan C. Jika l yang telah

menginfeksi strain C diisolasi dari strain tersebut dan kemudian digunakan

untuk mereinfeksi strain C, maka akan diperoleh l progeni yang lebih kurang
sama banyaknya dengan jumlah yang diperoleh dari infeksi pertama. Dalam

hal ini, dikatakan bahwa efficiency of plating dari strain C ke strain C adalah

1. Artinya, hanya ditemukan l progeny sebanyak 1/10.000 kali jumlah yang

diinfeksikan. Sementara itu, l yang diisolasi dari strain K mempunyai nilai

EOP sebesar 1, baik ketika direinfeksikan pada strain K maupun pada strain

(2) Selanjutnya adalah pemotongan DNA dengan menggunakan enzim

restriksi endonuklease. Pemutusan ini dilakukan di dalam strain tertentu yang

bertujuan untuk mencegah agar tidak merusak DNA. Selain itu strain tersebut

juga mempunyai suatu sistem modifikasi yang menyebabkan pemutusan basa

pada urutan tertentu yang merupakan recognition sites bagi enzim tersebut.

Pemotongan DNA genomik dan DNA vektor dengan menggunakan enzim

restriksi ini harus menghasilkan ujung-ujung potongan yang kompatibel

dalam arti setiap fragmen DNAnya harus dapat disambungkan dengan DNA

vektor yang sudah berbentuk linier. (3) Tahap penyambungan DNA terdapat

beberapa cara, yaitu penyambungan dengan menggunakan enzim DNA ligase

dari bakteri, penyambungan dengan menggunakan DNA ligase dari sel E.

Serta dengan pemberian enzim deoksinukleotidil transferase untuk

menyintesis untai tunggal homopolimerik 3’. Dengan untai tunggal semacam

ini akan diperoleh ujung lengket buatan, yang selanjutnya dapat diligasi

menggunakan DNA ligase. Aktiviotas enzim ini berada pada suhu 37 oC.

namun, proses penyambungan biasa dilakukan ada suhu 4 dan 15oC. (4)

Tahap berikutnya adalah analisa terhadap hasil pemotongan DNA genomik

dan DNA vektor serta analisis hasil ligasi molekul-molekul DNA dengan
menggunakan Teknik elektroforesis. Dalam hal ini pada campuran reaksi

tersebut selain terdapat molekul DNA rekombinan, juga ada sejumlah

fragmen DNA genomik dan DNA plasmid yang tidak terligasi satu sama lain.

Sehingga diharapkan sel inang mengalami perubahan sifat tertentu setelah

dimasuki molekul DNA rekombinan (5) Tahap selanjutnya adalah seleksi

transforman dan seleksi rekombinan. Pada dasarnya ada tiga kemungkinan

yang dapat terjadi setelah transformasi dilakukan, yaitu sel inang tidak

dimasuki DNA apa pun atau berarti transformasi gagal,sel inang dimasuki

vektor religasi atau berarti ligasi gagal, dan sel inang dimasuki vektor

rekombinan dengan atau tanpa fragmensisipan atau gen yang diinginkan. Jika

sel inang memperlihatkan dua sifat marker vektor, maka dapat dipastikan

bahwa kemungkinan kedualah yang terjadi. Rekombinasi memiliki tiga

mekanisme dasar dalam menjalani prosesnya. Yaitu transformasi, konjugasi

dan transduksi. Prosesnya adalah ketika sebuah sel bakteri pecah atau lisis

maka DNA sirkular akan terlepas ke lingkungan. Efisiensi transformasi

bergantung pada kompetensi sel. Umumnya terjadi pada bakteri gram negatif.

Sedangkan transduksi merupakantransfer materi genetik dari satu bakteri ke

bakteri lainnya dengan menggunakan virus bakteri sebagai vektor. Terdapat

beberapa jenis teknologi rekombinasi yang sedang berkembang saat ini,

diantaranya adalah:

1. Homologous recombination

- Meningkatkan keragaman

- Menjaga integritas genome (DNA repair)

 2. Site-specific recombination

- Termasuk non homolog bagian DNA rekombinasi di bagian spesifik.

- Fragmen DNA bergabung kembali untuk membuat kombinasi baru

- Fragmen yang menyediakan lokasi tertentu dimana akan terjadinya

rekombinasi danmintegrasi genom virus Immunoglobulin gen

- DNA splicing

3. Transposition

- Bagian terkecil DNA (transposons) yang dapat bergerak sendiri untuk

beberapa lokasi dalam kromosom inang DNA.

- Integrasi segmen kecil dari DNA ke dalam kromosom

- Terjadi di lokasi yang berbeda dalam genom segme

E. Dalam bidang farmasi

 BAB III

PENUTUP

A. KESIMPULAN

Sehingga dalam penulisan makalah ini dapat disimpulkan bahwa DNA

rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan

suatu sekuens deuksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam

molekul DNA yang sudah ada dengan cara enzimatik atau kimiawi dan

tahapan teknologi DNA rekombinan adalah isolasi DNA kromosom yang

akan diklon, pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah

fragmen dengan berbagai ukuran, isolasi DNA vektor,penyisipan fragmen

DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan molekul DNA rekombinan,

transformasi sel inang menggunakan molekul DNA rekombinan, reisolasi

molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan analisis DNA rekombinan.

B. SARAN

Makalah ini masih sangat jauh dari kata sempurna masih bnyak

kekurangan dari segi kosa kata, tutur Bahasa hingga informasi yang

diberikan, dan sekiranya sebagai penyusun memberikan saran agar mencari

literatur atau informasi yang lebih banyak yang membahas makalah ini.
 DAFTAR PUSTAKA

Marwanto
http://rosidmarwanto.blogspot.com/2013/05/seleksi-transforman-dan-seleksi.html
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda,
Bogor. 123
pp.
Murdiyatmo, U. 1992. Kloning dan over ekspresi struktural dehalogenase dari
Pseudomonas
cepacia MBA4 pada E. coli. Prosiding Seminar Hasil Penelitian dan
Pengembangan
Bioteknologi. Pusat Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi. LIPI. Bogor. p.
98-109.
Kloning, aplikasi dari teknologi DNA Rekombinan
Istyhafid
https://greatminds2.wordpress.com/2010/04/17/kloning-aplikasi-dari-
teknologi-dna-rekombinan
Herman, m. 2016. “Aplikasi Tekmnik Rekayasa Genetik Dalam Perbaikkan

Sumber daya Genetik Tanaman untuk Ketahanan Cekaman Biotik.” Buletin

plasma Nutfah 16 (1): 72.