TEKNIK LABORATORIUM BAKTERIOLOGI DASAR

REKAYASA GENETIKA BAKTERI

Tugas ini disusun sebagai salah satu syarat untuk memenuhi

Ujian Tengah Semester Teknik Laboratorium Bakteriologi Dasar
Dosen Pengampu : Suyana, S.Si, M.Biotech

Disusun oleh :
PRASASTI RAHMA SUMUNAR
NIM. P07134222015

KEMENTERIAN KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA

POLITEKNIK KESEHATAN YOGYAKARTA
JURUSAN TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS
PROGRAM STUDI SARJANA TERAPAN
2023
 REKAYASA GENETIKA BAKTERI

Bakteri berasal dari bahasa Latin bacterium (jamak: bacteria) yang artinya
kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Bakteri adalah
organisme prokariotik yang umumnya tidak mempunyai klorofil dan produksi
aseksualnya terjadi melalui pembelahan sel. Bakteri adalah salah satu golongan
organisme yang tidak mempunyai selubung inti (prokariotik). Menurut
Dwidjoseputro (1985) ukuran sel bakteri pada umumnya adalah 0,5-1,0 µm, dan
mempunyai tiga bentuk dasar yaitu bulat atau kokus, batang atau bacillus, dan
bentuk spiral. Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran
sangat kecil (mikroskopik), sehingga menyebabkan organisme ini sangat sulit
untuk dideteksi. Bakteri adalah organisme yang paling banyak jumlahnya,
memiliki ratusan ribu spesies, dan tersebar luas dibandingkan makhluk hidup lain.

1. Sejarah Rekayasa Genetika

Pada awalnya, proses rekayasa genetika ditemukan oleh Crick dan Watson
pada tahun 1953. Rekayasa genetika merupakan suatu rangkaian metode yang
canggih dalam perincian akan tetapi sederhana dalam hal prinsip yang
memungkinkan untuk dilakukan pengambilan gen atau sekelompok gen dari
sebuah sel dan mencangkokkan gen tersebut pada sel lain dimana gen atau
sekelompok gen tersebut mengikat diri mereka dengan gen atau sekelompok gen
yang sudah ada dan bersama-sama menaggung reaksi biokimia penerima.
Modifikasi genetika adalah suatu perubahan yang terjadi pada DNA
dengan cara transfer gen di antara dan di dalam benda hidup lainnya yang
berbeda. Secara tradisional, modifikasi/rekayasa genetika sebenarnya telah
dilakukan oleh para petani melalui proses penyilangan dan perbaikan tanaman.
Misalnya melalui tahap penyilangan dan seleksi tanaman dengan tujuan tanaman
tersebut menjadi lebih besar, kuat, dan tahan terhadap penyakit. Selama puluhan
bahkan ratusan tahun yang lalu, para petani dan para pemulia tanaman telah
berhasil memuliakan tanaman padi, jagung, dan tebu, sehingga tanamantersebut
mempunyai daya hasil tinggi dan kualitas panen yang lebih baik.
Proses pemindahan gen pada pemuliaan tradisional dilakukan melalui
proses penyerbukan dengan perantaraan angin maupun bantuan serangga
penyerbuk. Proses penyerbukan ini sering kali melibatkan bantuan manusia,
misalnya melalui penyerbukan dengan cara memindahkan serbuk sari tanaman
yang satu ke ujung putik tanaman lainnya. Prinsip rekayasa genetika sama dengan
pemuliaan tanaman, yaitu memperbaiki sifat-sifat tanaman dengan menambahkan
sifat-sifat ketahanan terhadap mahluk hidup pengganggu maupun lingkungan
yang kurang menguntungkan serta memperbaiki kualitas nutrisi makanan.
Rekayasa genetika adalah kelanjutan dari pemuliaan secara tradisional.
Dalam arti paling luas merupakan penerapan genetika untuk kepentingan manusia
akan tetapi masyarakat ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang
lebih sempit, yaitu penerapan teknik-teknik genetika molekuler untuk mengubah
susunan genetik dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik yang
diarahkan pada kemanfaatan tertentu. Obyek rekayasa genetika mencakup hampir
semua golongan organisme, mulai dari bakteri, fungi, hewan tingkat rendah,
hewan tingkat tinggi, hingga tumbuh-tumbuhan. Bidang kedokteran dan farmasi
paling banyak berinvestasi di bidang yang relatif baru ini. Sementara itu bidang
lain, seperti ilmu pangan, kedokteran hewan, pertanian (termasuk peternakan dan
perikanan), serta teknik lingkungan juga telah melibatkan ilmu ini untuk
mengembangkan bidang masing masing.
Tidak seperti halnya pemuliaan tanaman secara tradisional yang
menggabungkan seluruh komponen materi genetika dari dua tanaman yang
disilangkan, rekayasa genetika memungkinkan pemindahan satu atau beberapa
gen yang dikehendaki dari satu tanaman ke tanaman lain. Keunggulan rekayasa
genetika adalah mampu memindahkan materi genetika dari sumber yang sangat
beragam dengan ketepatan tinggi dan terkontrol dalam waktu yang lebih singkat.
Melalui proses rekayasa genetika ini, telah berhasil dikembangkan tanaman yang
tahan terhadap organisme pengganggu seperti serangga, penyakit dan gulma.
Rekayasa genetika dapat diterapkan pada tingkat molekuler khususnya DNA.
Di akhir tahun 1960 adalah masa frustrasi di antara ahli sains yang bekerja
di bidang biologi molekular. Penelitian telah berkembang ke titik dimana
kemajuan dirintangi oleh batasan teknis. Bagaimanapun,sejumlah perkembangan
memberikan stimulus yang perlu untuk manipulasi gen menjadi nyata. Di tahun
1967 enzim DNA Ligase diisolasikan. Enzim ini dapat menggabung dua untai
bersama. Kemudian dilanjutkan dengan isolasi oleh enzim restriksi pertama di
tahun 1970. Enzim restriksi merupakan gunting molekuler yang sangat penting,
yang memotong DNA pada urutan yang tepat. Lalu, pada tahun 1970, alat dasar
yang diperlukan untuk membuat DNA rekombinan ditemukan. Molekul DNA
rekombinan pertama dilakukan di universitas Stanford tahun 1972, menggunakan
alur pembelahan dari enzim restriksi dan kemampuan dari DNA ligase
menggabung dua untai DNA bersama. Cara ini kemudian dikembangkan di tahun
1973 dengan menggabung fragmen DNA ke plasmid. Dimana merupakan elemen
ekstrakromosomal yang diisolasi dari bakteri Escherichia coli, molekul
rekombinan ini bertindak sebagai replicon. Hal ini kemudian dikenal sebagai
kloning gen. Penemuan pada tahun 1972 dan 1973 memicu kemungkinan
terjadinya revolusi ilmiah terbesar pada semua genetika baru. Akan tetapi
perkembangan Organime Modifikasi Genetika khususnya tanaman pertanian,
telah membuka kembali perdebatan tentang keamanan organisme tersebut dan
konsekuensi dari pelepasan Organime Modifikasi Genetika ke lingkungan.
2. Pengertian Rekayasa Genetika
Rekayasa genetika merupakan perubahan struktur gen. Perkembangan
rekayasa genetika sangat didukung oleh ilmu dasar seperti biologi molekuler,
biokimia, genetika, dan mikrobiologi. Penerapan rekayasa genetika sangat
bermanfaat dalam bidang farmasi, kesehatan, dan produksi pangan.
Konsep-konsep genetika molekuler telah memungkinkan pengembangan
prosedur-prosedur isolasi, manipulasi dan ekspresi bahan-bahan genetika. Disiplin
ilmu ini sering dikenal sebagai rekayasa genetika (genetik engineering) dan ilmu
ini dapat diaplikasikan baik di bidang penelitian dasar maupun terapan.
Pada penelitian dasar, teknik rekayasa dipergunakan untuk mempelajari
mekanisme replikasi dan ekspresi gen di dalam prokariot, eukariot dan virus.
Sejumlah penemuan dasar genetika molekuler yang sangat penting umumnya
dilakukan menggunakan teknik rekayasa genetika. Pada penelitian terapan,
rekayasa genetika dipergunakan untuk pengembangan kemampuan pengkulturan
mikroba penghasil produk-produk yang bernilai ekonomi tinggi, misalnya insulin
manusia hormon pertumbuhan untuk manusia dan hewan, interferon dan vaksin
serta enzim-enzim untuk keperluan Industri. Dengan demikian potensi rekayasa
genetika terapan secara komersial tampaknya tidak terbatas.
Pokok-pokok yang mendasari semua aspek pada rekayasa genetika adalah
proses isolasi dan purifikasi gen-gen spesifik, atau dikenal dengan kloning gen.
Apabila kita mempunyai sejumlah besar isolat DNA, karakterisasi, manipulasi
gen beserta produknya dapat dilakukan. Dengan adanya perkembangan rekayasa
genetika, memungkinkan tersedianya cara-cara untuk memotong beberapa
molekul DNA ke dalam fragmen-fragmen spesifik dan mentransfer fragmen-
fragmen DNA ini ke dalam suatu sel bakteri (uniselular). Sel tunggal yang telah
menerima fragmen DNA spesifik ini akan membelah berulang kali dan
membentuk suatu cluster yang meliputi jutaan sel yang identik. Dalam
pemindahan gen dari organisme yang langka atau memiliki sifat yang dapat
membahayakan ke dalam suatu mikroba yang telah diketahui dengan baik sifat
genetiknya, bahan kehidupan yang mahal akan dapat diproduksi dengan mudah
dalam jumlah yang cukup besar dan mempunyai nilai ekonomi yang tinggi.
3. Teknik Rekayasa Genetika Bakteri
a. DNA Rekombinan
Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik penggabungan DNA dari
spesies yang berbeda sehingga akan diperoleh organisme baru dengan sifat-sifat
yang diinginkan. DNA rekombinan ini yang terjadi melalui proses transformasi,
transduksi, konjugasi, transposisi.

Secara garis besar, teknologi DNA rekombinan (rekayasa genetika)

melibatkan penyisipan informasi genetik baru ke dalam organisme, biasanya
bakteri, untuk memberikan kemampuan baru. DNA rekombinan dapat
ditingkatkan nilai tambahnya untuk menghasilkan produk yang prospektif.
Metode ini tidak mengikuti rangkaian prosedur yang pasti. Pemilihan metode
bergantung kepada gen mana yang akan dipindahkan dan jenis organisme mana
yang akan menerima informasi genetik baru.

b. Kloning Bakteri
Kloning bakteri merupakan cara yang umum dilakukan untuk
memperbaiki sifat bakteri. Secara sederhana, perbaikan sifat bakteri dengan proses
kloning dapat digambarkan sebagai berikut.
Bakteri A memiliki kemampuan dalam memakan limbah pertanian, tetapi
tidak memiliki kemampuan dalam menghasilkan etanol (bahan bakar nabati). Kita
menginginkan bakteri tersebut dapat mengubah limbah menjadi etanol. Pertama-
tama, kita harus mengetahui mekanisme produksi etanol di dalam sel bakteri.
Setelah diketahui gen yang berperan dalam produksi etanol, kita dapat
memasukkan gen tersebut ke dalam bakteri A (bakteri target). Bakteri A yang
telah mengandung gen tersebut diharapkan akan tetap memiliki kemampuan
mengonsumsi limbah dan sebagai tambahan, bakteri tersebut juga mampu
memproduksi etanol. Dalam praktiknya, proses kloning tidak mudah dilakukan.
Proses kloning memerlukan teknologi yang memadai dalam penerapannya.

Kloning memerlukan pengetahuan lengkap mengenai jalur metabolisme

dari bakteri target. Contohnya, meski telah dimasukkan gen yang bertanggung
jawab dalam produksi etanol, tetapi bakteri A tetap tidak mampu menghasilkan
etanol karena dalam bakteri A terdapat jalur metabolisme yang memblokir jalur
produksi etanol. Oleh karena itu, bakteri yang bisa dijadikan sebagai bakteri target
terbatas hanya untuk bakteri yang telah selesai dikarakterisasi (diteliti sifat
genetiknya). Penjelasan tahapan proses kloning bakteri adalah sebagai berikut.
 Isolasi dan fragmentasi DNA
DNA donor dapat diisolasi dari sel tumbuhan, hewan, manusia ataupun
mikroba. DNA yang berisi gen yang dikehendaki pertama kali dipotong-potong
sampai dengan ukuran tertentu. Fragmen DNA ini sering disebut sebagai DNA
penumpang (passenger DNA). Beberapa cara untuk mendapatkan fragmen
DNA adalah dengan menggunakan enzim pemotong DNA (endonuklease
restriksi), pemotongan secara mekanis, sintesis DNA komplementer (cDNA),
sintesis langsung DNA secara kimia.
 Penyambungan DNA ke suatu vektor
Fragmen DNA penumpang selanjutnya digabungkan dengan fragmen
DNA kedua yang disebut sebagai vektor (kendaraan) yang memiliki
kemampuan untuk melakukan replikasi. Beberapa contoh vektor adalah
plasmid, lambda, kosmid, dan filamentous fag. Adapun enzim yang mampu
melakukan penyambungan DNA disebut sebagai DNA ligase.
 Penyisipan ke dalam sel inang (host)
Molekul hasil rekombinasi ini harus dimasukkan ke dalam sel, tempat
molekul ini dapat memperbanyak diri. Sel inang selanjutnya bertindak sebagai
pabrik yang membuat sejumlah copy dari molekul rekombinan ini. Karena
molekul ini melakukan replikasi tanpa adanya proses rekombinasi berikutnya,
dan molekul ini membentuk copy yang persis dengan yang lain, maka proses
ini disebut sebagai kloning molekul. Proses pemasukan molekul DNA
rekombinan ke dalam sel inang ini dapat berlangsung melalui beberapa cara
diantaranya transfeksi menggunakan DNA fag, transformasi menggunakan
DNA plasmid, secara in vitro dibungkus ke dalam bungkus fag (phage coor)
selanjutnya melalui proses transduksi dengan fag atau kosmid.
 Deteksi dan pemurnian klon yang diinginkan
Bakteri yang membawa molekul rekombinan selanjutnya diseleksi dari
bakteri yang tidak membawa molekul rekombinan. Seleksi ini dapat dilakukan
 dengan cara hibridisasi koloni, mapping restriksi, sequensing DNA, atau
blotting Southern.

c. Genome Shuffling
Prinsip dari perkawinan langsung antarbakteri (genome shuffling) adalah
penggabungan dua/lebih sel bakteri yang memiliki sifat unggul sehingga
dihasilkan bakteri baru yang memiliki sifat unggul dari kedua induknya. Proses ini
bisa terjadi secara alami, tetapi kemungkinannya sangat kecil.
Perkawinan antarbakteri merupakan hal yang tidak lazim karena setiap
bakteri memiliki bagian pelindung berupa dinding sel. Adanya dinding sel ini
akan mencegah materi/benda asing masuk ke dalam sel. Tentu saja, hal ini
sekaligus menyebabkan proses perkawinan antarbakteri sulit terjadi.
 Dalam teknik genome shuffling, dinding sel bakteri dihilangkan dengan
menggunakan enzim khusus, seperti lisozim dan mutanolisin. Sel-sel bakteri yang
telah kehilangan dinding selnya kemudian dicampurkan sehingga antarsel akan
saling bergabung (fusi) membentuk sel baru. Hasil penggabungan antarsel ini
masih belum memiliki dinding sel. Sel ini harus ditempatkan pada lingkungan
yang memiliki tekanan osmotik yang sesuai karena tanpa dinding sel, suatu sel
akan sangat rawan pecah. Dinding sel harus segera dibentuk kembali supaya
bakteri baru mampu hidup secara normal. Proses pembentukan dinding sel dapat
dilakukan dengan cara menumbuhkan bakteri hasil fusi tersebut di media
pertumbuhan yang sesuai. Perkawinan antarbakteri terjadi secara acak sehingga
sifat dari bakteri hasil fusi kemungkinan memiliki sifat yang beragam. Oleh
karena itu, tahap selanjutnya dari genome shuffling adalah menyeleksi bakteri
hasil fusi menggunakan metode seleksi yang spesifik, seperti teknik PCR
(polymerase chain reaction) untuk memilih bakteri dengan sifat yang sesuai
dengan diinginkan.
Perkawinan antarbakteri (genome shuffling) merupakan suatu teknik yang
cukup aplikatif untuk diterapkan di Indonesia. Teknik ini tidak memerlukan
peralatan yang canggih dalam pelaksanaannya serta relatif lebih murah dan
efisien. Hampir semua bakteri dapat direkayasa menggunakan teknik ini sehingga
dapat mempermudah dalam memperbaiki sifat genetis bakteri. Teknik ini juga
memberikan solusi untuk mengeksplorasi kekayaan alam Indonesia (terutama
mikroorganisme) dengan biaya yang lebih terjangkau.
 DAFTAR PUSTAKA

Boleng, D.T. 2015. Bakteriologi Konsep Konsep Dasar. Malang : Universitas

Muhammadiyah Malang Press.
Hartono, R dan Rosyidah, R.A. 2019. Biologi Sel dan Genetika. Jakarta :
Kementerian Kesehatan RI.
Nurhayati, R.W. 2010. Rekayasa Genetika : Teknik Perkawinan Antarmikroba.
Laboratorium Carbohydrate and Bioengineering Research Group Puslit
Bioteknologi LIPI.
Rahayu, E.S. 1999. Rekayasa Genetika. Fakultas Teknologi Pertanian Universitas
Gadjah Mada Yogyakarta.
Rini, C.S dan Rochmah, J. 2020. Bakteriologi Dasar. Sidoarjo : Universitas
Muhammadiyah Sidoarjo Press.