PRODI BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNIK
UNIVERSITAS NUSA CENDANA
KUPANG
2023
BAB I
PENDAHULUAN
PEMBAHASAN
1. Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan
replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur,
yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR)
(Scheilf, 1993).
Model Replikasi DNA
DNA merupakan molekul hidup karena mampu melakukan penggandaan diri
(replikasi). Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis karena DNA mampu mensistesis
dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA. Replikasi DNA dapat
terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.
Prosesnya dengan menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan
suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama. Proses yang terjadi
tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase. Ada tiga
kemungkinan terjadinya replikasi DNA, yaitu konservatif, semikonservatif, dan
dispersif (Elrod, 2007).
a. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi
sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan
molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru (Fincham, 2007).
b. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama.
Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu
rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.
c. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya
diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan
baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang
saling berselang-seling pada setiap untai.
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi. Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan
nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase
yang merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan
pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri
dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan
untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai,
DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
5. Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui „5→ 3′
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida
baru oleh 5 „→ 3′ aktivitas polimerase DNA.
6. Ligasi
Replikasi mesin ini menghentikan di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur
helikase. Ketika helikase bertemu dengan protein situs itu jatuh bersama dengan
terdekat untai tunggal protein pengikat.
2. Transkripsi
Sebuah rantai DNA digunakan untuk mencetak rantai tunggal mRNA dengan
bantuan enzim polimerase. Enzim tersebut menempel pada kodon permulaan,
umumnya adalah kodon untuk asam amino metionin. Pertama-tama, ikatan hidrogen
di bagian DNA yang disalin terbuka. Akibatnya, dua utas DNA berpisah. Salah satu
polinukleotida berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai gen atau
antisense. Misalnya pencetak memiliki urutan basa G-A-G-A-C-T, dan yang
berfungsi sebagai gen memiliki urutan basa komplemen C-T-C-T-G-A. Karena
pencetaknya G-A-G-A-C-T, maka RNA hasil cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi, RNA
C-U-C-U-G-A merupakan hasil kopian dari DNA C-T-C-T-G-A (gen), dan
merupakan komplemen dari pencetak. (Prashar et al, 2012).
Transkripsi DNA akan menghasilkan mRNA (messenger RNA). Pada
organisme eukariot, mRNA yang dihasilkan itu tidak langsung dapat berfungsi dalam
sintesis polipeptida, sebab masih mengandung segmen-segmen yang tidak berfungsi
yang disebut intron. Sedangkan segmen-segmen yang berfungsi untuk sintesis
protein disebut ekson. Di dalam nukleus terjadi pematangan/pemasakan mRNA yaitu
dengan jalan melepaskan segmen-segmen intron dan merangkaikan segmen-segmen
ekson. Gabungan segmen-segmen ekson membentuk satu rantai/utas mRNA yang
mengandung sejumlah kodon untuk penyusunan polipeptida. Rantai mRNA ini
dikenal sebagai sistron (Yuwono, 2007).
a. Prinsip Dasar Transkripsi
Fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai materi genetik adalah
fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur pertumbuhan dan
diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu. Fungsi
ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah proses
transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa molekul
RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA
menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.
Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA,
yaitu
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan
sumber basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang
tidak berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi
digantikan oleh urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah
adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan
uridin trifosfat (UTP) (Yuwono, T. 2010).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di
antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis
molekul RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer
dengan urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens.
Sementara itu, untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama
dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun demikian,
sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang
salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat
berselang-seling di antara kedua untai DNA.
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5’→ 3’ seperti halnya arah sintesis DNA.
4. Gugus 3’- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5’- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan
dua atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi
polimerisasi DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase,
melainkan RNA polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim
ini terletak pada kemampuan enzim RNA polimerase untuk melakukan inisiasi
sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.
b. Proses Transkripsi
Schelf (1993) menjelaskan bahawa secara garis besar proses transkripsi
meliputi 3 (tiga) tahapan utama yaitu : Inisiasi, elongasi dan terminasi.
1. Inisiasi
Inisiasi adalah awal dari transkripsi. Hal ini terjadi ketika enzim polimerase
RNA mengikat ke wilayah gen yang disebut promotor. RNA polimerase mengikat
dua untai DNA untuk di copy. RNA polimerase mengenali dan mengikat promoter
(urutan DNA khusus dekat ujung akhir gen dimana transkripsi akan dimulai).
Meskipun promoter dari gen yang berbeda sangat bervariasi dalam ukuran dan
urutan, semua promoter mengandung beberapa karakteristik urutan pendek dari 6-10
pasang nukleotida yang membantu mengikat RNA polimerase.
Selain berfungsi sebagai tempat pengikatan untuk RNA polimerase dan
menentukan di mana transkripsi dimulai, promotor menentukan mana dari dua heliks
DNA yang digunakan sebagai template. Bagian tertentu dari promotor sangat penting
untuk mengikat RNA polimerase.
2. Elongasi
Bagian DNA yang telah terbuka oleh RNA polimerase disebut gelembung
transkripsi/transcription bubble. Ketika RNA polimerase bergerak di sepanjang
DNA, ia terus membuka rantai heliks ganda dan memperlihatkan sekitar 10 sampai
20 basa sekaligus. RNA polimerase menambahkan nukleotida ke ujung 3' dari
molekul RNA yang sedang terbentuk. Setelah sintesis RNA berlangsung, DNA
heliks ganda terbentuk kembali dan molekul RNA yang baru akan lepas dari cetakan
DNA-nya. Begitu polimerase RNA telah berpindah dari promotor, molekul RNA
polimerase lainnya dapat bergerak masuk untuk memulai. Jika promotor sangat kuat,
yaitu jika ia dapat dengan cepat menarik RNA polimerase, gen tersebut dapat
mengalami transkripsi oleh banyak RNA polimerase secara bersamaan. Saat RNA
polimerase bergerak dan membuka rantai DNA, arah RNA polimerase terbagi
menjadi dua. Jika transkripsi dimulai pada ujung 5' gen pada titik A dan bergerak di
sepanjang gen ke arah yang sama dengan RNA polimerase ke titik B, maka
transkripsi akan berjalan ke arah hilir/downstream. Jika sebaliknya, transkripsi
dimulai pada titik B dan bergerak ke arah yang berlawanan dari RNA polimerase ke
titik A, transkripsi akan bergerak ke arah hulu/upstream.
3. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA
yang disebut Terminator yang juga merupakan urutan RNA yang mensinyali akhir
dari transkripsi. Terdapat dua tipe terminator: terminator intrinsik yang
menyebabkan inti enzim RNA polimerasi menghentikan proses transkripsi itu sendiri
dan terminator ekstrinsik yang membutuhkan protein selain RNA polimerase
(terutama polipeptida yang dikenal sebagai rho) untuk melakukan terminasi. Enzim
RNA polimerase bergerak di sepanjang untai DNA sampai menemukan kodon
terminator. Pada titik terminator sequnece RNA polimerase melepaskan polimer
mRNA dan melepaskan diri dari molekul DNA.
RNA dibedakan menjadi dua kelompok utama yaitu RNA genetik dan RNA
non-genetik.
RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa
keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu
yang tidak memiliki DNA, misalnya virus.Ketika virus ini menyerang sel hidup,
RNA yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel korban, yang kemudian ditranslasi
oleh sel inang untuk menghasilkan virus-virus baru. Dalam hal ini fungsi RNA
menjadi sama dengan DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam mengatur
aktivitas sel.
RNA non-genetik
RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik
sehingga RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki
DNA.Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi
mRNA, tRNA, dan rRNA.
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat
di dalam nukleus.RNAr bersama protein membentuk ribosom, ialah benda-benda
berbentuk butir-butir halus di dalam sitoplasma.Lebih dari 80% RNA merupakan
RNAr.Ribosom bertindak sebagai “mesin” perakit dalam sintesis protein yang
bergerak ke satu arah sepanjang RNAd. Di dalam ribosom, molekul RNAr ini
mencapai 30-46%.
3. Translasi
b. Tahapan Translasi
1. Inisiasi
Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke mRNA.
Penempelan terjadi pada tempat tertentu yaitu pada 5′-AGGAGGU-3′. Selanjutnya
ribosom bergeser ke arah 3′ sampai bertemu dengan kodon AUG. Kodon ini
menjadi kodon awal.Asam amino yang dibawa oleh tRNA awal adalah
metionin.Metionin adalah asam amino yang disandi oleh AUG. pada bakteri,
metionin diubah menjadi Nformil metionin.Struktur gabungan antara mRNA,
ribosom sub unit kecil dan tRNA- Nformil metionin disebut kompleks inisiasi.
2. Elongasi
Tahap selanjutnya adalah penempelan sub unit besar pada sub unit kecil
menghasilkan dua tempat yang terpisah. Tempat pertama adalah tempat P yang
ditempati oleh tRNA- metionin. Tempat kedua adalah tempat A yang terletak pada
kodon ke dua dan kosong. Proses elongasi terjadi saat tRNA dengan antikodon dan
asam amino yang tepat masuk ke tempat A. Akibatnya kedua tempat di ribosom
terisi, lalu terjadi ikatan peptida antara kedua asam amino. Ikatan tRNA dengan
metionin lalu lepas, sehingga kedua asam amino yang berangkai berada pada tempat
A. Ribosom kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-tRNA berada
pada tempat P dan tempat A menjadi kosong. Selanjutnya tRNA dengan antikodon
yang tepat dengan kodon ketiga akan masuk ke tempat A, dan proses berlanjut
seperti sebelumnya.
3. Terminasi
Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir yaitu UAA,
UAG, UGA. Kodon-kodon ini tidak memiliki tRNA yang membawa antikodon yang
sesuai. Selanjutnya masuklah release factor (RF) ke tempat A dan melepaska rantai
polipeptida yang terbentuk dari tRNA yang terakhir. Kemudian ribosom berubah
menjadi sub unit kecil dan besar.
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
DAFTAR PUSTAKA
Campbell, Neil A. and Jane B. Reece. 2005. Biology 7th ed, International
Edition. San Fransico: Pearson Educational Inc.
Elrod, Susan dan William Stansfield. 2007. Genetika Edisi Keempat. Erlangga.
Jakarta
Fincham, JRS. 1990. Mendel – Now down to Molecular Level. Nature. 343 :
207- 210
Hartwell, Leland H., Leroy Hood, dkk. 2000. Genetics: From Genes to
Genomes. New York: McGraw-Hill Companies, Inc.
Irawan, B. 2008. Genetika Molekuler. Pusat Penerbitan dan Percetakan UNAIR.
Surabaya.
Stansfield, WD, Colome JS, Cano RJ. 2006. Biologi Molekuler dan Sel. Jakarta:
Erlangga.
Suryo. 2005. Genetika Strata 1.Gadjah Mada University Press. Yogyakarta.