PEMBAHASAN

1. Definisi Replikasi DNA

DNA merupakan molekul hidup karena mampu melakukan penggandaan diri
(replikasi). Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis karena DNA mampu mensistesis dirinya
sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA. Replikasi DNA dapat terjadi dengan
adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama. Prosesnya dengan
menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru
yang sama dengan molekul DNA lama. Proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim
helikase, enzim polimerase, dan ligase.

2. Hipotesis Replikasi DNA

Three Models of DNA Replication

Conservative Semiconservative Dispersive

Ada tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA, yaitu konservatif, semikonservatif,

dan dispersif.
a. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi
sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan
molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru.
b. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama.
Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu
rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.
c. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya
diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan
baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang
saling berselang-seling pada setiap untai.

Percobaan Meselson dan Stahl

Meselson & Stahl Experiments

Setelah berhasil membuat model struktur DNA, Watson dan Crick

memprediksi bahwa DNA bereplikasi dengan cara semikonservatif. Kemudian pada
tahun 1958, Matthew Meselson dan Franklin Stahl melakukan percobaan untuk
menguji ketiga alternatif hipotesis replikasi DNA tersebut dengan menggunakan DNA
bakteri Eschericia coli. Hasilnya ternyata mendukung model replikasi
semikonservatif yang telah diprediksi oleh Watson dan Crick.
 3. Polimerase DNA
Polimerase DNA adalah enzim-enzim yang menciptakan molekul DNA dengan
merakit nukleotida, blok bangunan DNA. Enzim ini sangat penting untuk replikasi DNA
dan biasanya bekerja berpasangan untuk membuat dua untai DNA yang identik dari satu
molekul DNA asli. Selama proses ini, DNA polimerase "membaca" untaian DNA yang
ada untuk membuat dua helai baru yang sesuai dengan yang sudah ada.
Setiap kali sel membelah, DNA polimerase diperlukan untuk membantu
menduplikasi DNA sel, sehingga salinan molekul DNA asli dapat dikirimkan ke masing-
masing sel anak. Dengan cara ini, informasi genetik ditransmisikan dari generasi ke
generasi.
Sebelum replikasi dapat berlangsung, enzim yang disebut helikase membuka
molekul DNA dari bentuk anyaman erat. Ini membuka atau "membuka ritsleting" DNA
untai ganda untuk memberikan dua untai tunggal DNA yang dapat digunakan sebagai
pola untuk replikasi.
DNA polimerase menambahkan nukleotida bebas baru ke ujung 3 ' membentuk
untai baru, perpanjangan dalam 5' ke arah 3 '. Namun DNA polimerase tidak dapat
memulai pembentukan rantai baru ini sendiri dan hanya dapat menambahkan nukleotida
untuk kelompok 3'-OH yang sudah ada. Sebuah primer diperlukan, di mana nukleotida
dapat ditambahkan. Primer biasanya terdiri dari RNA dan DNA basa dan yang pertama,
dua basis selalu RNA. Primer ini dibuat oleh enzim lain yang disebut primase.
Meskipun fungsi DNA polimerase sangat akurat, kesalahan yang dibuat sekitar
satu dari setiap miliar pasangan basa disalin. Karena itu DNA "mengoreksi" oleh
polimerase DNA setelah disalin. Ketika kopling tidak benar, polimerase DNA berbalik
arah oleh satu pasangan basa DNA. Pasangan basa yang salah kemudian dipotong dan
polymerase DNA mencoba untuk memasukkan kembali nukleotida yang benar sebelum
melanjutkan ke depan. Ini menjaga integritas dari untai DNA asli yang dilewatkan ke sel
anak.
Struktur DNA polimerase

Struktur DNA polimerase sangat kekal, yang artinya subunit katalitik mereka
memiliki sedikit variasi dari satu spesies ke spesies lain, terlepas dari bagaimana domain
mereka terstruktur. Struktur yang sangat kekal ini biasanya menunjukkan bahwa fungsi
seluler mereka sangat penting dan tak tergantikan, karena itu memerlukan pemeliharaan yang
kaku untuk memastikan manfaat evolusi mereka.
Struktur DNA Polimerase diketahui melalui kristalografi menyerupai tangan kanan. DNA
polimerase dianalogikan terbagi atas tiga bagian yaitu ibu jari, jari-jari tangan lainnya, serta
telapak tangan.

1. Daerah telapak tangan dari DNA polimerase tersusun atas helai beta serta situs
katalis utama pada DNA polimerase. Daerah ini mengikat dua ion logam secara
terpisah dari bagian enzim lainnya, biasanya ion logam yang diikat adalah ion
Magnesium atau Seng. Daerah ini berperan dalam katalisis reaksi transfer gugus
fosfor.
2. Daerah jari-jari tangan lainnya dari DNA polimerase berperan penting saat suatu
pasangan basa yang sesuai terbentuk antara nukleotida dengan cetakannya. Daerah ini
bergerak mengurung nukleotida tersebut, kemudian memicu terjadinya reaksi katalisis
dengan mendekatkan nukleotida tersebut dengan ion-ion logam katalis yang ada di
daerah telapak tangan.
3. Daerah ibu jari dari DNA polimerase tidak secara langsung terlibat dalam dalam
reaksi katalisis, melainkan hanya berinteraksi dengan DNA yang baru saja terbentuk.
Hal ini berfungsi untuk mempertahankan posisi primer dengan situs aktif dari enzim
DNA polimerase ini tetap dekat serta membantu DNA polimerase tetap bergabung
dengan substratnya. Daerah ini juga berperan dalam prosesivitas DNA polimerase.
Tipe polymerase DNA

Prokariotik Polimerase:

A. DNA Polymerase I
DNA Polymerase I (atau Pol I) adalah enzim yang berpartisipasi dalam proses
replikasi DNA. Ditemukan oleh Arthur Kornberg pada tahun 1956 merupakan DNA
polimerase pertama yang dikenal. Pada awalnya ditandai dalam E. coli dan di
prokariota. E. coli dan di banyak bakteri lain, gen yang mengkodekan Pol I dikenal
sebagai PolA. Bentuk enzim dari E.coli terdiri dari 928 asam amino, dan merupakan
contoh dari enzim processive yang dapat mengkatalisis beberapa polimerisasi.
Pol I memiliki empat aktifitas enzimatik:
1. A 5 '→ 3' aktivitas polimerase DNA (forward) DNA-Dependent, membutuhkan
situs 3’ primer dan untai cetakan.
2. A 3 '→ 5' (reverse) aktivitas exonuclease yang menengahi proofreading.
3. A 5 '→ 3' (forward) aktivitas exonuclease yang menengahi nick translation
selama perbaikan DNA.
4. A 5 '→ 3' aktivitas polimerase DNA (forward) RNA-Dependent. Pol I beroperasi
pada pola RNA dengan efisiensi jauh lebih rendah (0,1-0,4%) daripada yang
dilakukannya pola DNA dan kegiatan ini mungkin hanya signifikansi biologis
terbatas.

Dalam proses replikasi, RNase H menghilangkan primer RNA (dibuat oleh

primase) dari untai tertinggal dan kemudian Polymerase I mengisi di nukleotida yang
diperlukan antara fragmen Okazaki dalam arah 5 '→ 3', proofreading untuk kesalahan
sebagai kelanjutannya. DNA Ligase kemudian bergabung dengan berbagai fragmen
bersama-sama ke sebuah untai DNA terus menerus.
B. DNA polymerase II
DNA polimerase II (juga dikenal sebagai DNA Pol II atau Pol II) adalah DNA
polimerase prokariotik yang dikodekan oleh gen PolB. DNA Polymerase II adalah
protein 89,9 kDa dan merupakan anggota dari keluarga B polimerase DNA. Ini pada
awalnya diisolasi oleh Thomas Kornberg pada tahun 1970, dan ditandai selama
beberapa tahun ke depan. Fungsi Pol II masih dalam perdebatan, namun konsensus
menunjukkan bahwa Pol II terlibat sebagai enzim cadangan dalam replikasi DNA
prokariotik. Enzim ini memiliki 5 '-> 3' kemampuan sintesis DNA serta 3 '-> 5'
aktivitas proofreading exonuclease. DNA Pol II berinteraksi dengan beberapa mitra
yang mengikat dengan DNA Pol III untuk meningkatkan ketelitian dan processivity.
Mekanisme DNA pol II:
Selama replikasi DNA, pasangan basa dikenai kerusakan dalam urutan. Urutan
rusak DNA dapat menyebabkan replikasi terhenti. Dalam rangka untuk memperbaiki
kesalahan dalam urutan, DNA Pol II mengkatalisis perbaikan pasangan basa
nukleotida. Domain N-terminal DNA Pol II bertanggung jawab untuk asosiasi dan
disosiasi untai DNA untuk subunit katalitik. Ada kemungkinan besar dua situs di
domain N-terminal DNA Pol II yang mengenali DNA untai tunggal. Salah satu situs
bertanggung jawab untuk merekrut DNA untai tunggal DNA Pol II dan situs lain
bertanggung jawab untuk disosiasi DNA untai tunggal dari DNA Pol II.
C. DNA polymerase III
DNA polimerase III holoenzyme adalah kompleks enzim utama yang terlibat
dalam replikasi DNA prokariotik. Hal ini ditemukan oleh Thomas Kornberg (anak
dari Arthur Kornberg) dan Malcolm Gefter pada tahun 1970. Kompleks memiliki
processivity tinggi khususnya mengacu pada replikasi genom E.coli yang bekerja di
empat polimerase DNA lainnya (Pol I, II Pol, Pol IV, dan Pol V). Menjadi
holoenzyme utama yang terlibat dalam kegiatan replikasi, holoenzyme DNA Pol III
juga memiliki kemampuan proofreading yang memperbaiki kesalahan replikasi
dengan cara aktivitas exonuclease 3 '→ 5'. DNA Pol III adalah komponen dari
replisome yang terletak di cabang replikasi.

Eukariotik Polimerase:
A. Polimerase β
Dalam perbaikan dasar-eksisi, dasar penghapusan adalah diikuti dengan eksisi
dari nukleotida abasic tunggal. DNA polymerase β kemudian berfungsi untuk mengisi
nukleotida yang hilang, ini melibatkan kegiatan dalam domain N-terminal dari protein
yang menghilangkan sisa fosfat 5 'setelah eksisi nukleotida, diikuti dengan reaksi
polimerisasi untuk mengisi nukleotida yang hilang. Sintesis terbatas ini masuk akal
dalam hal sifat biokimia DNA polymerase β, yang distributif dan tidak memiliki
aktivitas proofreading. Dalam mode yang berbeda dari perbaikan dasar-eksisi (disebut
'panjang-patch'), lebih lama (2-10 nukleotida) bentangan DNA dihapus, tetapi tidak
jelas apakah ini diisi oleh β , atau oleh replikatif δ dan ε epolimerase.
B. Polymerase α, δ, ε
Dua jenis lain dari perbaikan melibatkan polimerase DNA replikatif δ atau ε,
dalam hubungannya dengan RFC dan PCNA sebagai kofaktor. Dalam perbaikan
nukleotida eksisi, resynth- esis oleh polimerase berikut ini penghapusan dari cleotide
oligonu- dari 24-32 mengurangi nukleotida yang rusak. Perbaikan mismatch
mengoreksi daerah DNA yang mengandung nukleotida serasi (yaitu di mana A tidak
dipasangkan dengan T dan G tidak dipasangkan dengan C). Segmen serasi dihapus,
dan polimerase δ dan ε mungkin diperlukan untuk resynthesize beberapa ratus
nukleotida di sekitar perbaikan.
Mekanisme yang berbeda diperlukan untuk perbaikan putusnya double-strand,
di mana pembelahan kedua untai ganda helix resynthesis sederhana menggunakan
strand yang rusak sebagai pola yang tidak dapat digunakan untuk efek perbaikan. Satu
mekanisme perbaikan putusnya untai ganda melibatkan homo rekombinasi logous
antara kromosom yang rusak dan salinan tidak rusak (misalnya homolog yang
kromosom dalam sel diploid). Khrom yang rusak kemudian berfungsi sebagai pola
untuk memungkinkan sintesis seluruh lokasi pemutusan dan karena itu akhirnya
memungkinkan fragmen yang rusak bergabung kembali.

Tabel beberapa tipe polymerase:

Nama Fungsi
Prokariotik polymerase
DNA polymerase I Menghapus primer dan mengisi celah pada
 untai yang tertinggal
DNA polymerase II Perbaikan DNA
DNA polymerase III Enzim utama sintesis DNA
Eukariotik polymerase
DNA polymerase α Polymerase pemula
Subunit Primase Sintesis RNA primer
Unit DNA polymerase Menambahkan bentangan sekitar 20
nukleotida ke primer
DNA polymerase β Perbaikan DNA
DNA polymerase δ Enzim utama sintesis DNA

4. Enzim-enzim yang Terlibat dalam Replikasi DNA

1) Helikase
Enzim helikase memutuskan ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian
DNA sehingga terbentuk garpu atau cabang replikasi. Enzim helikase berfungsi
membuka putaran segmen DNA tepat di bagian depan garpu replikasi. Enzim helikase
mengikat ATP dan mengikat rantai tunggal DNA.
2) Topoisomerase
Enzim topoisomerase yang berperan dalam replikasi DNA adalah topoisomerase tipe
II yang disebut dengan DNA girase. Enzim ini mengurangi ketegangan superheliks
DNA dengan menciptakan istirahat sementara pada satu atau kedua untai DNA.
3) DNA Primase
Enzim DNA primase menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang
pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. DNA
beraktivitas dengan arah 5’-3’ (hanya terdiri atas 10 nukleotida). Kemudian pada
ujung 3’ ditambahkan dioksiribonukleosida trifosfat (oleh enzim polimerase DNA III)
satu demi satu sehingga lengkap 1000-2000 nukleotid. Nukleotida pada RNA pemula
atau RNA primer dihilangkan atau diputus satu demi satu oleh aktivitas 5’-3’
exonuclease. Enzim primase juga menghentikan perkembangan garpu atau cabang
replikasi untuk mencegah leading strand melampaui lagging strand. Enzim ini
mengawali pembentukan DNA baru pada leading strand atau DNA fragmen Okazaki
pada lagging strand oleh DNA polimerase.
4) Enzim DNA polymerase
Enzim DNA polimerase merupakan enzim utama yang mengkatalisis proses
polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA. Enzim ini menambahkan nukleotida
bebas hanya pada ujung 3’ dari rantai yangbaru terbentuk, sehingga terjadinya
elongasi (pemanjangan) pada rantai baru dengan arah dari ujung 5’ ke ujung 3’. DNA
polimerase menggunakan gugus OH 3’ bebas pada RNA-primer untuk mensintesis
DNA dengan arah 5’ 3’. Enzim ini hanya bisa menambahkan nukleotida ke ujung
3’ yang sudah ada, karena itu butuh primer sehingga nukleotida dapat ditambahkan.
5) DNA Ligase
Enzim DNA ligase menggabungkan fragmen-fragmen Okazaki (lagging strand) saat
proses replikasi. Enzim ini juga menyambungkan potongan-potongan DNA yang baru
disintesis.
6) DNA Gyrase
DNA gyrase membantu proses unwinding.
5. Proses Replikasi DNA

Proses replikasi DNA:

1. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh
enzim helikase yang ditunjukkan oleh nomor 9.
2. Dengan bantuan topoisomerase yang ditunjukkan oleh nomor 11, yang berfungsi
mengurangi tegangan untai DNA.
3. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal pada
nomor 10 untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.
4. Primase (nomor 6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (nomor
5).
5. Molekul DNA polimerase (nomor 3 & 8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan
bergerak sepanjang untai tersebut untuk memperpanjang primer, membentuk
untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand (nomor 2) dan lagging
strand (nomor 1). DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus
mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu yang disebut fragmen
Okazaki (nomor 7).
6. Enzim DNA ligase (nomor 4) kemudian menyambungkan potongan-potongan
lagging strand tersebut.

Proses replikasi dimulai ketika enzim DNA polimerase memisahkan dua untai
DNA heliks ganda, seperti ritsleting terbuka. Kemudian, setiap untai DNA yang
“lama” akan berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida di
sepanjang untai DNA komplementer baru yang bersesuaian dengan cara mendeteksi
basa komplemennya. Setelah mendapatkan pasangan yang sesuai, nukleotida yang
baru tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang punggung gula-
fosfat untai DNA yang baru. Jadi, setiap molekul DNA terdiri atas satu untai DNA
“lama” dan satu untai DNA “baru”. Sekarang, terdapat dua molekul DNA yang sama
persis dengan satu molekul DNA induk. Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain,
yaitu mengoreksi DNA yang baru terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi,
dan memperbaiki DNA yang rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian
nukleotida DNA sangat stabil dan mutasi jarang terjadi.
Secara umum proses replikasi DNA meliputi tahap-tahap replikasi berikut:
1. Denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk
2. Inisiasi sintesis DNA
 3. Pemanjangan untaian DNA
4. Ligasi fragmen-fragmen DNA
5. Terminasi sintesis DNA

6. Perbedaan Replikasi pada Prokariot dan Eukariot

Sel Prokariotik
 Replikasi DNA terjadi di dalam sitoplasma
 Memiliki satu daerah origin pada tiap molekul DNA
 Pemutusan ikatan hidrogen antar pasangan basa dibantu oleh DNA gyrase.
 Intermediet pada replikasi DNA menghasilkan dua struktur seperti garpu dan satu
struktur menyerupai gelembung.
 Sintesis DNA pada untai leading dan lagging dilakukan oleh DNA polimerase III.
 Panjang fragmen Okazaki 1000-2000 nukleotida.
 Laju replikasi sangat cepat yakni 2000bp per sekon.

Sel Eukariotik
 Replikasi DNA terjadi di dalam nukleus
 Memiliki beberapa titik daerah origin pada tiap kromosom
 Tidak membutuhkan DNA gyrase dalam memutus ikatan hidrogen antar pasangan
basa.
 Intermediet pada replikasi DNA menghasilkan kelipatan struktur garpu.
 Sintesis DNA pada untai leading dilakukan oleh DNA polimerase δ dan untai lagging
oleh DNA polimerase α.
 Panjang fragmen Okazaki 100-200 nukleotida.
 Laju replikasi lambat yakni 100 nukleotida per sekon.
 KESIMPULAN

Replikasi DNA adalah proses duplikasi informasi genetika yang terjadi pada saat
pembelahan sel. Sifat DNA baru pada sel anak identik dengan DNA orang tuanya. Proses
replikasi bersifat semikonservatif, yakni setiap DNA untai ganda baru terdiri dari untai
original dan untai baru yang komplemen dengan untai original. Proses replikasi dimulai
ketika enzim DNA polimerase memisahkan dua untai DNA heliks ganda, seperti ritsleting
terbuka. Kemudian, setiap untai DNA yang “lama” akan berfungsi sebagai cetakan yang
menentukan urutan nukleotida di sepanjang untai DNA komplementer baru yang bersesuaian
dengan cara mendeteksi basa komplemennya. Setelah mendapatkan pasangan yang sesuai,
nukleotida yang baru tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang punggung
gula-fosfat untai DNA yang baru. Enzim DNA polimerase berfungsi untuk mengoreksi DNA
yang baru terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan memperbaiki DNA yang
rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian nukleotida DNA sangat stabil dan
mutasi jarang terjadi.
 MAKALAH BIOKIMIA

REPLIKASI DNA

Oleh:
Kelompok 2
Dian Fatmawati – 1303326151
Erlyna Yunestha Sansivera – 1303326151
Halimah Madinatul Islam – 1303326151
Ignasius Suto Karuno – 1303326151
KIMIA H – 2013

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MALANG

Oktober
2015