Replikasi DNA

• Suci Puspita Sari

• Melani Patrecia Limbong
• Mirna Maulidah
• Nor Rafika
• Rismayanti
• Melani Lolok
• Anggun Paule
• Noor Ashari
• Aziqah Azzahrah Muhsin
• Anastasya
• Melin Bamba
• Novita Indah Purnamasari
• Iin Aulyah Tahir
• Donna Apriani
• Rezky Amaliah MN
• Mansyur
• Ordito Yudistira Samma
 Pengertian DNA
 DNA atau Asam Deoksribo nukleat adalah
tempat penyimpangan informasi genetik
yang membawa informasi yang dapat
diturunkan
 Letak intruksi DNA terletak pada inti sel.
Replikasi DNA
 Replikasi DNA
 Replikasi DNA dimulai dengan membukanya DNA
double helix pada suatu daerah yang disebut
replication fork.
 Membukanya double helix ini disempurnakan
oleh kerja enzim DNA helicase. Daerah
membukanya double helix DNA ini, terlihat
dengan mikroskop electron seperti gelembung
(bubble), dan dengan demikan disebut sebagai
suatu replication bubble.
 Bubble ini akan mengalami peningkatan
ukurannya sejalan dengan bergeraknya
replication fork pada DNA helix dalam dua arah
Sejalan dengan terpisahnya dua untai DNA ("unzip") dan Basa-basa
nitrogennya terdedah, enzim DNA polymerase Bergerak ke posisi pada titik
tempat sisntesis akan dimulai.
 Enzim-enzim dalam replikasi DNA
1.Topoisomerase:
 bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan double
heliks DNA. Tegangan ikat pada struktur gulungan double heliks
DNA dapat dipatahkan dengan penorehan (nicking) salah satu
untai DNA tunggal (topoisomerase I). Topisomerase II menoreh
untai DNA dua-duanya. Topoisomerases I dan II tetap berikatan
dengan DNA setelah nicking.

2.Helicase;
 menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah
gulungan supercoil dihilangkan oleh topoisomerase. Dua untai
DNA ini secara alami ingin berikatan satu sama lain karena
adanya afinitas ikatan hidrogen, dengan demikian, aktivitas
helikase memerlukan energi dalam bentuk ATP untuk
memisahkan menjadi dua untai DNA.
 3.DNA polymerase:
 mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara nukleotida
baru yang akan membentuk untai baru dengan nukleotida pada
untai DNA lama yang berfungsi sebagai pencetak (template
strand).
 mengkatalisis reaksi antara 5' phosphate pada nukleotida baru
dan 3' OH bebas pada polinukleotida yang sedang dibentuk
(ikatan phosphodiester). Sebagai hasilnya, untai baru DNA hanya
dapat bertambah panjang pada arah dari 5' ke 3‘. Sekali lagi,
untuk diketahui bahwa ikatan phosphodiester dibentuk antara
gugus 3' OH pada gula dengan gugus 5' phosphate dari nukleotida
yang baru.
 Terdapat beberapa bentuk polymerase DNA; DNA polymerase III
bertanggungjawab dalam proses sintesis untai DNA baru.
 DNA polymerase adalah kelompok yang terdiri dari beberapa sub-
unit protein yang berbeda (disebut holoenzyme). Enzim ini
memiliki aktivitas proofreading, yaitu dapat memastikan bahwa
enzim ini menyisipkan basa nitrogen yang tepat, dan memiliki
aktivitas sebagai 3'à 5' exonuclease (excision of nucleotides)
dengan demikian enzim ini dapat memotong bila terjadi kesalahan.
 Arah replikasi

Untai DNA baru, selalu disintesis dalam arah 5' ke 3'.

5' triphosphate hanya dapat ditambahkan ke gugus 3'OH
dari deoxyribose.
 4.Primase, adalah bagian dari agregat protein yang disebut
primeosome. Enzim ini berfungsi menempelkan primer RNA
pendek ke untai tunggal/ single-stranded DNA untuk bertindak
sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase sebagai tempat
darimana memulai sintesis. Primer RNA ini pada akhirnya akan
dibuang oleh RNase, dan gap/ tempat lowong ini akan diisi oleh
kerja DNA polymerase I.
5.Ligase: mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester antara
3'OH dan 5'phosphate yang berdekatan. Enzim ini dapat
menyambung gap yang tidak tersambungketika RNA primer
dibuang dan kemudian digantikan.
6.Single-stranded binding proteins: sangat penting untuk menjaga
stabilitas dari replication fork. Single-stranded DNA adalah sangat
labil, atau tidak stabil, oleh karena itu protein ini akan berikatan
dengannya ketika masih dalam keadaan untai tunggal (single
stranded) dan menjaganya agar tdk terdegradasi.
Enzym2 yang terlibat dalam replikasi
 Proses enzim DNA Polimerase mensintesis :

 Titik mulai (start point) bagi enzim DNA polymerase

adalah pada segmen pendek yang dikenal sebagai
RNA primer. Secara termnologi, "primer" menunjukkan
perannya untuk memulai (to "prime“) sintesis DNA
pada suatu titik tertentu. Primer ini terletak secara
komplemen terhadap DNA template oleh enzim yang
dikenal dengan RNA polymerase atau Primase.
 DNA polymerase, kemudian menambahkan nukleotida
satu persatu dalam urutan yang betul-betul
komplemen, yaitu A--T dan G--C.
Proses DNA polymerase mengetahui basa mana yg
harus ditambahkan :
 DNA polymerase digambarkan sebagai "template
dependent" (tergantung pada template/ cetakannya)
sehingga enzim ini akan “membaca” sekuen basa
nitrogen pada template DNA, dan kemudian
mensintesis untai komplemennya. Untai DNA template
selalu dibaca dari arah 3' ke 5' (yaitu dimulai dari
ujung 3’ DNA template dan membaca nukleotida-
nukleotida secara urut ke arah ujung 5’ dari DNA
template).
 Untai DNA yang baru dibentuk (karena komplemen
dengan DNA template) maka pasti disintesis pada
arah 5’ ke 3’. (ingat bahwa 2 untai DNA berpasangan
secara antiparallel).
 Studi-studi yang dilakukan pada genom organisme prokaryotic
menunjukkan bahwa DNA memiliki dua fungsi utama dalam
replikasi dirinya sendiri:
 Pertama, berfungsi sebagai template (cetakan), dan
 Kedua, menghasilkan enzim, khususnya DNA polimerase, dan
protein-protein lain yang membantu proses replikasi.
 Replikasi DNA dapat dimulai pada beberapa situs (multiple sites)
disepanjang DNA template, dan masing-masing potongan yang
dihasilkan di gabungkan bersama oleh enzim DNA ligase.
 Replikasi DNA sirkuler dimulai pada titik khusus dalam lingkar
DNA yang mengarahkan terbentknya replication bubble
 Replikasi untuk molekul DNA linier dimulai pada titik spesifik
melalui pembentukan replication bubble. “original of replication”
atau titik awal replikasi (titik Ori) merupakan titik khusus untuk
dimulainya repikasi.
THE TWO STRANDS OF DNA ARE ANTIPARALLEL
Ikatan Phospho diester
 Replikasi Discontinue
 DNA selalu direplikasi dari ujung 5' ke ujung 3‘.
 Karena dua untai DNA adalah antiparalel, ini berarti
ada satu untai sebagai "leading strand", yang dapat
melakukan replikasi secara kontinu, dan terdapat
untai satunya sebagai "lagging strand" yang terdiri
dari fragmen-fragmen pendek yang kemudian harus
disambung menjadi satu untaian (oleh enzim DNA
Ligase).
 Fragmen Okazaki
 Karena untai DNA asli (template) terdiri dari dua untai tunggal
yang komplemen dan antiparalel, maka hanya satu untai DNA
baru yang dapat mulai pada ujung 3' dari DNA template dan dapat
bertambah panjang (tumbuh) secara kontinue ketika titik replikasi
(the replication fork) bergerak di sepanjang DNA template.
 Untai DNA yang lain harus tumbuh pada arah yang berlawanan,
dan hasil dari replikasi secara diskontinue ini adalah berupa urutan
fragmen-fragmen pendek DNA baru yang disebut fragmen
Okazaki. Untuk menjadikan segmen-segmen pendek DNA baru ini
dibuat dalam untai yang kontinue, segmen-segmen ini
digabungkan oleh kerja enzim DNA ligase yang “merekatkan”
potongan-potongan ini menjadi satu untaian dengan pembentukan
ikatan phosphodiester
 Tahap terakhir adalah membuang RNA primer oleh
kerja enzim, dan kemudian mengisi kekosongan ini
dengan deoksinukleotida sehingga menjadi untai
DNA yang utuh.
The replication fork
Okazaki Fragments
 Replikasi semi-konservatif
 Karena masing-masing untai DNA baru
adalah komplemen terhadap untai
templatenya, maka kopi DNA baru yang
identik dengan template double heliks
dihasilkan selama replikasi.
 Pada masing-masing heliks baru, satu
untai adalah template DNA lama, dan untai
lainnya adalah untai DNA baru yang baru
saja disintesis, inilah yang disebut dengan
replikasi secara semi-conservative.
 Dengan demikian dihasilkan dua kopi DNA
yang identik.
Semiconservative vs conservative model
DNA is replicated "semi-conservatively"
DNA Replication
 Proses replikasi DNA pada semua organisme adalah proses yang
sangat menakjubkan.
 Total jumlah gen pada sel manusia, genom manusia, diperkirakan
sekitar 3 milyar pasang basa (base pairs), dan pada satu untai
tunggal berisi mencapai 250 juta pasang basa.
 Yang lebih menakjubkan lagi, kecilnya kesalahan yang terjadi
meskipun ukuran DNA manusia yang begitu besar. Kesalahan
hanya terjadi sekitar satu dalam setiap 10-100 milyard DNA.
 Proses replikasi DNA secara sempurna pada sel-sel manusia
berlangsung beberapa jam. Untuk mereplikasi DNA yang sebesar
ini dalam waktu yang hanya beberapa jam, memerlukan tidak
hanya satu replication fork, membentuk beberapa replication
bubble dan mengahasilkan beberapa segmen untai DNA yang
pada akhirnya disambung-sambung membentuk DNA double
heliks baru.
 Perbaikan DNA
 Dalam kaitannya dengan terjadinya kesalahan, makhluk hidup
memiliki mekanisme DNA proofreading dan perbaikan yang
dapat mengenali terjadinya kesalahan pasangan-basa dan
kerusakan DNA dan memperbaikinya.
 Terdapat dua jalur perbaikan:
 base excision, memperbaiki basa yang tertukar dengan cara
membuangnya oleh kerja DNA glycosylase yang diikuti
dengan membuang gula fosfat yang terbentuk.
 nucleotide excision, nukleotida disekitar daerah yang rusak
dibuang sebagai oligonucleotida.
 Kekosongan yang terjadi dari dua proses tersebut
kemudian diisi oleh kerja secara berurutan dari DNA
polymerase dan DNA ligase.