Replikasi DNA

Replikasi DNA merupakan suatu proses mengkopi atau menduplikasi informasi genetik yang
terdapat dalam DNA. Replikasi sangat erat hubungannya dengan proses pembelahan sel, dimana
tujuan replikasi/pengkopian DNA adalah agar sel yang baru memiliki materi genetik/DNA yang sama
dengan sel awal/induk, tanpa merusak/menganggu materi genetik/DNA sel induk. Pada eukariot,
replikasi terjadi pada fase S ( sintesis ) pada siklus sel, sehingga ketika sel akan memasuki fase
mitosis (pembelahan), sel telah memiliki DNA yang telah mengganda yang akan dibagi ke sel yang
baru. Pada kromososm DNA yang telah mengganda ini akan saling bergabung satu dengan yang
lainnya pada sentromer, dan dipertahankan sampai masuk fase anafase pada mitosis. Lamanya fase
S tergantung pada jenis organismenya. Sel mamalia memiliki fase S ± 8 jam, sel yeast ± 40 menit.

Berdasarkan tujuan dari replikasi tersebut, maka keakuratan pengkopian DNA selama proses
replikasi menjadi sangat penting. Informasi genetik yang tersusun dalam bentuk urutan basa-basa
tersebut harus diduplikasi dengan tepat, karena urutan basa-basa DNA sangat mudah berubah
akibat intervensi bahan kimia, radiasi lingkungan, suhu tinggi dan karena molekul-molekul reaktif
lainnya. Untuk mengantisipasi kemungkinan rusak/terganggunya ketepatan urutan basa-basa DNA
selama proses replikasi, maka sel memiliki mekanisme pengawasan dan perbaikan DNA sehingga
laju mutasi dapat ditekan. Sebagai contoh laju mutasi pada sel bakteri hanya sekitar 1 dalam 10 9
nukleotida per generasi sel. Mutasi yang menyebabkan tidak terkendalinya proliferasi sel dikenal
juga dengan istilah kanker.

Ada beberapa teori yang menjelaskan bagaimana mekanisme replikasi terjadi, yaitu

1. Teori konservatif

2. Teori semi konservsati

3. Teori disversiv
 Namun dari beberapa penelitian menunjukan kalau teori yang paling mungkin dalam
menjelaskan mekanisme replikasi adalah teori semikonservatif. Inti dari teori ini adalah bahwa
kedua strand DNA parenatal/lama dipakai sebagai cetakan (template) untuk mensintesis untai DNA
anak. Sehingga pada akhirnya sel baru akan mewarisi DNA untai ganda yang mengandung 1 untai
DNA lama dan 1 untai DNA baru.

Proses replikasi DNA

Proses replikasi melibatkan banyak enzim (multi enzim) dan protein. Diantara enzim dan
protein yang terlibat dalam proses replikasi adalah :

No Nama enzim/protein Fungsi

1 Helikase Memutuskan ikatan hidrogen, sehingga DNA yang
tadinya berupa rantai ganda (double strand) menjadi
untai tunggal (single strand)
2 Topoisemerase/gyrase Mencegah timbulnya masalah lilitan DAN selama
proses replikasi
3 Protein single-strand DNA binding Menjaga agar DNA untai tungal tetap lurus dan tidak
protein (SSB) mudah rusak
4 DNA primase Mensintesis RNA primer
5 DNA polimerase III Mensintesis DNA
6 DNA polimerase I Membuang RNA primer dan mengisinya dengan
nukleotida DNA
7 Ligase Menggabungkan fragmen okazaki

Pada dasarnya semua enzim yang terlibat dalam replikasi DNA bekerja secara sekaligus secara
bersama-sama sebagai suatu multi enzim besar yang bergerak cepat sepanjang rantai DNA. Namun
tahap-tahap proses replikasi yaitu :

 Dalam keadaan normal, DNA double heliks sangat stabil, oleh karena itu tahap awal,
replikasi dimulai dengan kerja enzim helikase yang memutus ikatan hidrogen DNA. Sehingga
DNA yang tadinya double strand menjadi single strand. Helikase pertama kali bekerja pada
daerah yang disebut dengan RO (replication origin). Ciri-ciri RO adalah daerah yang banyak
mengandung basa A – T. Genom prokariot memiliki satu RO sedangkan eukariot memiliki
banyak RO
 RO pada prokariot :

RO pada eukariot :

 Hasil kerja helikase ini membentuk struktur DNA menjadi bergelembung yang disebut
dengan gelembung replikasi, yang jika dipotong akan menyerupai struktur garpu (garpu
replikasi)

 Helikase bekerja memutus ikatan hidrogen DNA dari ujung 3’ ke 5’ DNA (dari daerah RO).

 Pada saat bersamaan dengan kerja helikasi, gyrase (topoisomerase) akan memutar DNA
kearah berlawanan, sehingga DNA yang berbentuk helik (berpilin) sewaktu helikase bekerja,
tidak kusut.

 Rantai DNA tunggal hasil kerja helikase, selanjutnya akan ditempeli oleh protein SSB
sehingga bentuknya tetap lurus, tidak melipat serta sekaligus melindungi DNA rantai tunggal
tersebut dari kerusakan

 Sintesis DNA dilakukan oleh enzim DNA polimerase III. Sintesis untuk pertama kali baru
bekerja setelah helikase memutus ikatan hidrogen sebanyak ± 100-200 bp. Namun untuk
memulai sintesi DNA, DNA polimerase III baru dapat bekerja jika ada primer.

 Pada proses replikasi, primer dalam bentuk RNA (RNA primer) yang disintesis oleh enzim
DNA primase. Panjang RNA primer adalah ± 20 bp
  Sintesis DNA oleh DNA polimerase III dilakukan dengan memperpanjang RNA primer yang
sudah ada. Seperti yang telah dibahas pada pertemuan sebelumnya sintesis DNA dimulai
dari ujung 5’ ke arah ujung 3’, sehingga cetakan DNA yang dibaca adalah dari ujung 3’ ke 5’.

 Karena helikase bekerja membuka DNA dari ujung 3’ ke 5’, maka sintesis DNA yang
menggunakan cetakan DNA strand 3’-5’ (dari daerah RO ) akan berlangsung secara terus
menerus tanpa terputus-putus. Stand DNA ini disebut juga dengan leading strand

 Sebaliknya sintesis DNA yang menggunakan cetakan strand DNA 5’-3’ (dari daerah RO) akan
berlangsung secara terputus-putus. Sintesis pada lagging strand akan berlangsung lebih
lambat karena disintesis DNA selalu dimulai setiap helikase selesai membuka 100-200 pb,
yang berarti bahwa akan selalu dibuat RNA primer agar DNA polimerase dapat mensintesis
DNA. Strand ini disebut juga dengan lagging strand.

 Dengan kata lain pada leading strand hanya dibentuk satu RNA primer, sedangkan pada
lagging strand dibentuk banyak RNA primer ( pada setiap ± 100-200 bp nukleotida yang
dibuka oleh helikase ).

 Karena primer dalam bentuk RNA, sedangkan yang disintesis adalah DNA, maka RNA primer
harus dihilangkan.

 Karena pada lagging strand terdapat banyak RNA primer, maka seolah-olah pada strand ini
terdapat fragmen DNA yang tepotong/terpisah. Fragmen ini disebut dengan fragmen
OKAZAKI.

 DNA polimerase I akan menghilangkan RNA primer, sekaligus mensintesis bagian yang
kosong dengan nukleotida yang sesuai.

 Selanjutnya enzim ligase akan menyambungkan fragmen-fragmen okazaki tersebut.

Gambaran proses replikasi secara umum :

Pada dasarnya proses replikasi pada eukariot hampir sama dengan prokariot. Namun terdapat
beberapa perbedaan, diantaranya adalah :

No Prokariot Eukariot

1 RO hanya satu RO banyak

2 Dalam masa tumbuh, DNA prokariot Replikasi hanya terjadi pada fase S.
bereplikasi dengan cepat

3 Hanya melibatkan satu unit protein SSB Melibatkan 3 sub unit protein SSB

4 Jenis DNA polimerase ( DNA polimerase I Jenis DNA polimerase ( DNA polimerase α dan δ)
dan III
Proses koreksi kesalaha sintesis DNA

- Pemeriksaan ketepatan pemasangan basa Frekwensi kesalahan baca 10-9 sampai 10-7
(karena ada aktifitas eksonuklease dari DNA polimerase

- Koreksi terhadap kesalahan pemasangan basa. Utas cetakan dengan DNA baru dibedakan
berdasarkan sekuen GATC yang dilabel dengan N6 metiladenin

- Koreksi untuk memperbaiki utas DNA