Pelajaran ke-5

(Replikasi dan
Reparasi DNA)

Retno Agnestisia, S.Si., M.Sc., Ph.D.

§ Proses penggandaan DNA
dimana untai-untai DNA baru
disusun atas untai DNA
sebelumnya sebagai
cetakan.
§ Dengan cara ini informasi
genetik diwariskan dan
dipelihara dari satu generasi
ke generasi berikutnya.
§ Terjadi pada saat
pembelahan sel pada sel
eukariotik dan pembelahan
biner pada sel prokariotik.

Gbr.1. Replikasi DNA

§ Semikonservatif
Tiap untaian dari DNA double heliks akan terurai dan masing-masing untaian akan menjadi
cetakan bagi DNA keturunannya yang merupakan komplementernya.
§ Konservatif
DNA double heliks langsung mencetak DNA baru tanpa menguraikan untaian DNA-nya,
sehingga diakhir proses terbentuk dupleks molekul yang homolog dengan DNA double
heliks induknya.
§ Dispersif
Tiap untaian dari DNA double heliks tidak memisahkan diri menjadi suatu cetakan tetapi
pada DNA yang mengalami pemutusan pada salah satu rantai DNA, akan terjadi pengisian
untaian DNA pada tempat yang terputus.

Gbr.2. Mekanismereplikasi DNA

Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil
menunjukkan secara empiris bahwa replikasi DNA berlangsung
dengan mekanisme secara semikonservatif.

Meselson & Stahl Experiments

No Jenis enzim/protein
1 Topoisomerase
2 Helikase
3 HDP (Helix
Destabilizing Protein)
4 Primase
5 DNA Polimerase
6 RNA Polimerase
7 Eksonuklease 5’ - - 3’
8 Eksonuklease 3’ - - 5’
9 DNA ligase
Fungsi
Mengendurkan tegangan untaian DNA
pada waktu penguraian heliks ganda.
Membuka heliks kembar DNA dengan
memutuskan ikatan hidrogen
Mencegah utasan yang sudah terpisah
bergabung lagi
Mensintesis RNA primer untuk mengawali
sintesis DNA
Katalisis sintesis rantai DNA
Meletakkan molekul RNA primer, sebagai
pemula sintesis DNA
Memotong nukleotide dari arah ujung 5’
Memotong nukleotide dari arah ujung 3’
Menyambung dua rantai DNA
§ Empat jenis prekursor deoxynucleoside triphosphate (dNTP), meliputi
deoxyguanosine triphosphate (dGTP), deoxyadenosine triphosphate
(dATP), deoxythymidine triphosphate (dTTP), dan deoxycytidine
triphosphate (dCTP).
§ Merupakan blok pembangun DNA yang diperlukan dalam sintesis.
§ Akan kehilangan dua gugus fosfat saat dimasukkan ke dalam DNA selama
replikasi.

dGTP dATP

dTTP dCTP

Gbr.3. Prekursor deoxynucleoside triphosphate (dNTP)

§ Primer: sambungan template
Ini memiliki dua komponen utama.
1. Template menyediakan single strand DNA yang
mengarahkan pada penambahan setiap deoxynucleotide
(dNTP) komplementer.
2. Primer sebagai pelengkap, harus memiliki 3’-OH terbuka
yang berdekatan dengan daerah untai tunggal template. 3’-
OH inilah yang akan diperpanjang dengan adisi nukleotida.

Gbr.4. Pelekatan primer dan penambahan

prekursor deoxynucleoside triphosphate (dNTP) DNA disintesis dengan memperpanjang 3`-OH
pada template. primer
§ Protein pengikat untai tunggal DNA
Protein Single-Strand DNA-Binding (SSB)
Berfungsi menstabilkan struktur single strand DNA. DNA yang telah
dibelah dari struktur double helix dapat membentuk gulungan yang
mengganggu proses replikasi. Dengan adanya SSB, single
strand DNA dapat tetap lurus sehingga memudahkan proses replikasi.

Gbr. 5. Pelekatan protein Single-Strand DNA-Binding

(SSB) pada template.
a. Pemisahan untaian DNA induk (Denaturasi)
b. Pengawalan sintesis DNA (Inisiasi)
c. Pemanjangan untaian DNA (Elogasi)
d. Ligasi fragmen-fragmen DNA (Ligasi)
e. Pengakhiran sintesis DNA (Terminasi)
 1
1. Tegangan untaian DNA
2
dikendurkan oleh enzim
topoisomerase.
3
2. DNA double heliks dipisahkan
atau dibuka, sehingga
terbentuk untaian DNA yang
menyerupai garpu oleh enzim
helicase, kemudian dibantu
oleh enzim HDP untuk
mencegah untaian yang sudah
terpisah bergabung lagi.
3. Pencegah penyatuan kembali
untaian DNA juga akan dibantu
oleh protein SSB, dimana
ujung untai tunggal DNA diikat
oleh protein ini.
(Denaturasi)
Gbr. 6. Replikasi DNA
 4 1
4. Enzim primase akan mensintesis
2
rantai pendek RNA yang akan
menjadi primer, selanjutnya RNA
3
polymerase akan meletakkan
primer ke template untuk
4
mengawali sintesis DNA
(Inisiasi).
5
5. Enzim DNA polymerase
kemudian bekerja untuk
mensintesis DNA baru dengan
cara mengkatalisis penambahan
unit dNTP secara berurutan pada
ujung 3’-OH bebas dari primer
dan dibantu oleh sliding clamp
yaitu protein penjepit yang
berfungsi untuk mengikat DNA
polimerase dan mencegah enzim
ini berdisosiasi dari untaian DNA
cetakan (Inisiasi). Gbr. 6. Replikasi DNA
 4 1
5. Replikasi terjadi pada kedua
2
untaian tunggal secara
5a
bersamaan kearah
3
membukanya garpu (arah
pilinan).
4
Pengaruh sintesis berlangsung
dari untai 5` maka akan
5
diperoleh 2 macam untaian
yang arah pertumbuhannya
berbeda :
a. Untaian yang disintesis
5b
berkesinambungan (untai
leading/ leading strand)
memerlukan satu primer
b. Untaian yang satu lagi disintesis
terputus putus membentuk
fragmen Okazaki (lagging
strand) memerlukan banyak Gbr. 6. Replikasi DNA
primer
(Elogasi)
 4 1

6. Selanjutnya, DNA ligase akan

2
menyambung fragmen-fragmen
5a
yang masih terpisah pada 3
lagging strand menjadi
kesatuan yang utuh (Ligasi).
4
7. Pelepasan primer dari untaian
DNA oleh aktivitas enzim
5
eksonuklease; RNAse) dan 8

mengisinya dengan unit dNTP

yang sesuai oleh DNA
polymerase. Fungsi lainnya
ialah mampu memperbaiki 5b
kesalahan dalam sintesis DNA
(menyebabkan ketepatan 7b
proses replikasi menjadi tinggi). 6

8. DNA ligase kemudian

menyambung dua rantai DNA. 7a

(Terminasi) Gbr. 6. Replikasi DNA

 Prokaryotes
It occurs inside the cytoplasm
There is single origin of replication
A continuous process
DNA polymerase III carries out both
initiation and elongation
DNA repair and gap filling are done by DNA
polymerase I
Removal of RNA primers by exonuclease
Okazaki fragments are large, 1000-2000
nucleotides long
Replication is very rapid
Eukaryotes
It occurs inside the nucleus
Origin of replication are nomerous
Occurs during the S phase of the cell cycle
Initiation is carried out by DNA polymerase
𝛼 while elogation by DNA polymerase 𝛿
(lagging strand) and 𝜀 (leading strand)
The same are performend by DNA
polymerase 𝛼
The same is performend by RNase
Okazaki fragments are short, 100-200
nucleotides long
Replication is slow
§ Setelah DNA direplikasikan, dua helaian DNA yang baru disintesis dapat
mengalami modifikasi secara enzimatik.
§ Modifikasi ini biasanya melibatkan penambahan molekul-molekul tertentu
pada untaian double heliks DNA.
§ Ini dapat menjadi salah satu cara untuk melabeli DNA sehingga dapat
membedakan material genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing yang
mungkin bisa masuk ke dalam sel.
§ Contoh modifikasi ialah penambahan kelompok methyl ke beberapa residu
adenine dan cytosine oleh enzim DNA methylases.

Gbr. 7. Penambahan kelompok methyl ke residu cytosine

§ Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine, sedangkan
penambahan methyl ke adenine membentuk 6-methyladine.
§ Methyladine biasanya lebih umum daripada methylcytosine dalam sel-sel
bakteri, sebaliknya methylcytosine lebih umum pada sel-sel eukariotik.
§ Methylase muncul hanya pada beberapa rentetan nukleotide khusus.
Contoh: pada sel eukariotik, penambahan methyl secara umum muncul
pada saat cytosine berdampingan ke guanine di sisi 3’-OH (5’ P-CG-3’OH).
§ Pola e bersifat spesifik untuk spesies yang diberikan, berperan seperti
labeling untuk DNA spesies tersebut.
§ Pada sel bakteri, penambahan grup methyl ini diketahui berfungsi untuk
melindungi DNA dari serangan enzim-enzim tertentu, seperti restriction
endonucleases.
§ Enzim ini berfungsi untuk mengenali dan mencerna DNA asing.
§ Proses ini merujuk pada sekumpulan proses pengenalan dan pembenahan
kerusakan pada molekul DNA yang berlangsung dalam sel.
§ Dalam sel manusia, aktivitas metabolisme normal maupun faktor
lingkungan seperti sinar ultraviolet dan pancaran radiasi dapat
menyebabkan kerusakan DNA.
§ Banyak kerusakan ini berupa kerusakan struktural pada molekul DNA,
sehingga dapat mengubah ataupun menghilangkan
kemampuan transkripsi gen.

Gbr. 8. DNA yang rusak menyebabkan banyaknya kromosom

yang terputus.
Contoh mekanisme reparasi DNA:
1. Reparasi dengan memotong (excision repair) pada untaian
tunggal DNA terdiri dari tiga jenis, yaitu:
a. Base excision à memperbaiki
kerusakan nukleotida yang tidak
mengubah struktur DNA secara
signifikan. Contoh: kehadiran urasil
dalam DNA
b. Nucleotide excision à
memperbaiki kerusakan DNA yang
secara struktural berubah. Contoh:
pyrimidine dimer
c. Mismatch repair à memperbaiki
pasangan nukleotida yang tidak
cocok selama sintesis DNA.
Contoh: basa nitrogen yang tidak
cocok, seperti pasangan G - T atau
A-C
Contoh mekanisme reparasi DNA:
1. Reparasi dengan memotong (excision repair) pada dasarnya
memiliki mekanisme yang sama untuk ketiga jenis tersebut, yaitu:
a. Menghapus wilayah yang rusak
b. Resintesis DNA
c. Ligasi DNA à penyambungan
fragmen DNA menjadi kesatuan
yang utuh dengan
pembentukan ikatan
fosfodiester antara gugus 3'-
hidroksil dan 5’- fosfat di tulang
punggung DNA.
Contoh mekanisme base excision (kehadiran urasil dalam DNA):

a. Mengenali nukleotida yang

menyebabkan DNA ‘rusak’
kemudian memotongnya à
DNA glycosilase, sedangkan
memotong gula fosfat à
endonuclease dan
phosphodiesterase
b. Menginkorporasi nukleotida
pada daerah yang terpotong/
hilang tersebut à DNA
polymerase
c. Menyambungkan nukleotida
yang baru pada untaian DNA
asal à DNA ligase
Contoh mekanisme nucleotide excision (pyrimidine dimer):

a. Dua excinucleases mengikat

DNA di lokasi yang berbeda.
Satu memotong sisi 5’ dan
yang lainnya memotong sisi
3’, selanjutnya segmen DNA
dihilangkan dengan helicase.
b. Celah diisi dengan bantuan
enzim DNA polymerase.
c. Menyambungkan nukleotida
yang baru pada untaian DNA
asal dengan DNA ligase.
 MutS mengikat ketidakcocokan
MutH mengenali parental strand
MutL menghubungkan MutS ke MutH

Contoh mekanisme mismatch repair :

a. Mengenali ketidakcocokan
pasangan basa dan parental
strand à MutS, MutH, dan
MutL
b. Memotong fragmen DNA
yang rusak pada daughter
strand à exonuclease dan
helicase
c. Menginkorporasi nukleotida
pada daerah yang terpotong
à DNA polymerase
d. Menyambungkan nukleotida
yang baru pada untaian DNA
asal à DNA ligase
Contoh mekanisme reparasi DNA:
2. Reparasi pada untaian ganda DNA terdiri dari dua jenis, yaitu:

a. Non homologous end joining à

jalur yang memperbaiki untaian
ganda DNA yang putus. Ujung
putusnya DNA diikat secara
langsung tanpa memerlukan
sekuens/ template yang homolog.
Dimediasi oleh protein Ku.
b. Homologous recombination repair
à Jalur yang membutuhkan
sekuens homolog untuk memandu
perbaikan. Resintesis daerah DNA
yang rusak dilakukan dengan
menggunakan sekuens DNA yang
tidak rusak sebagai template/
cetakan.
3. Reparasi yang tergantung oleh
sinar (light-dependent repair)
Contoh: bakteri, ragi, beberapa
vertebrata - bukan manusia
Misalnya, untuk kerusakan
karena terjadinya timin dimer
Tahapan:
a. Enzim fotoliase mengenali
adanya timin dimer dan
mengikat timin dimer tersebut
b. Dengan bantuan sinar, enzim
fotoliase
memotong/menguraikan
ikatan antar timin tersebut
§ Jika kerusakan diteruskan ke generasi berikutnya, maka
digunakan istilah evolusi - mutasi.
à Terjadi di sel germinal - gamet - telur dan sperma
§ Jika kerusakan terjadi pada sel-sel somatik (semua sel
tubuh lainnya dari sel-sel germinal) maka hanya satu
individu yang terpengaruh.
§ Laju pembenahan DNA bergantung pada banyak faktor,
meliputi jenis sel, usia sel, dan lingkungan eksternal.
§ Sel yang telah mengakumulasi banyak kerusakan DNA
ataupun yang tidak dapat secara efektif memperbaiki
kerusakan dapat berujung pada tiga keadaan:
1. Keadaan dormansi ireversibel, dikenal sebagai
proses penuaan
2. Bunuh diri sel, dikenal sebagai apoptosis
3. Pembelahan sel yang tak teregulasi, menyebabkan
pembentukan tumor ataupun kanker
“Thank you for your kind attention”