MEKANISME REPLIKASI DNA PADA EUKARIOTIK

Oleh : dr. Tarmizi

I. Siklus sel dari Sel Eukariotik (Gambar.1)1

1. Selama fase G1 (gap pertama), sel-sel mempersiapkan diri untuk
menduplikasi kromosom mereka.
2. Selama fase S (sintesis), sintesis DNA (replikasi) terjadi (lihat Gambar 2).2
3. Selama fase G2 (gap kedua), sel-sel mempersiapkan diri untuk membagi.
4. Selama fase M (mitosis), terjadi pembelahan sel.
5. Sel dapat melintasi siklus sel berkali-kali.
6. Sel juga dapat meninggalkan siklus tidak pernah membagi lagi, atau
mereka dapat memasuki fase (kadang-kadang disebut G0) di mana mereka
tetap untuk waktu yang diperpanjang. Menanggapi stimulus yang tepat,
sel-sel ini masuk kembali siklus sel dan membelah lagi.

Gambar 1. Siklus sel dari Sel Eukaryotik 1

1
 Gambar 2. Gambaran Umum Replikasi DNA.2

II. Mekanisme replikasi.1,4

1. Replikasi adalah dua arah dan semikonservatif (Gambar 3).
a. Bidirectional berarti bahwa replikasi dimulai di sebuah tempat asal
dan secara bersamaan bergerak di kedua arah dari titik ini.
(1) Prokariota memiliki satu situs asal pada setiap kromosom.
(2) Eukariota memiliki beberapa situs asal pada setiap kromosom.
b. Semikonservatif berarti bahwa, setelah replikasi, setiap molekul
anak DNA berisi satu strand induk utuh dan satu untai baru
disintesis bergabung dengan pasangan basa.
2. Garpu Replikasi adalah tempat di mana sintesis DNA terjadi. Strand
induk DNA terpisah dan heliks terurai menjelang replikasi fork
(Gambar. 4).
a. Helicases melepaskan helix, dan untai tunggal yang mengikat
protein tahan dalam konformasi untai tunggal.

2
 Gambar 3. Replikasi kromosom Eukariotik.1
Garis biru adalah helai induk. garis merah yang baru disintesis helai. Sintesis
adalah dua arah dari setiap titik asal (O), sehingga ada garpu replikasi bergerak
di setiap arah mulai dari origin.

b. Topoisomerase bertindak untuk mencegah supercoil ekstrim helix

induk yang akan menghasilkan sebagai konsekuensi dari
unwinding di garpu replikasi.
(1) Topoisomerase pecah dan bergabung kembali ke rantai DNA.
(2) DNA girase, suatu topoisomerase dihambat oleh antibiotik
golongan kuinolon, hanya ditemukan pada prokariota.
(3) Sebuah daftar dari protein yang terlibat dalam replikasi DNA
ditunjukkan pada (Tabel 1).1

Gambar 4. Kompleks replikasi pada eukariota.1

3
Untai tertinggal ditampilkan mengitari kompleks replikasi untuk
menunjukkan bahwa semua sintesis DNA arah 5 'ke 3'. Untai tunggal protein
yang mengikat (tidak ditampilkan) terikat pada berpasangan DNA, untai
tunggal. protein lain juga berpartisipasi di kompleks ini

3. Polimerase DNA mengkatalisis sintesis DNA.

a. Prokariota memiliki tiga polimerase DNA: pol I, pol II, dan pol III.
Pol III adalah enzim replikatif, dan pol I terlibat dalam perbaikan
dan sintesis pada lagging strand.
b. Eukariota memiliki sejumlah besar DNA polimerase, beberapa di
antaranya diuraikan pada (Tabel 2).1 Polimerase eukariotik diberi
nama dengan huruf Yunani, dan yang utama adalah , , , dan .
DNA polimerase terlibat dalam menghasilkan primer untuk
replikasi DNA. DNA polymerase digunakan secara eksklusif
untuk perbaikan. Polymerase bertindak sebagai polymerase lead
pada lagging strand selama replikasi. Polimerase adalah
polymerase lead pada strand leading DNA, dan fungsi polimerase
secara eksklusif di mitokondria.

4
c. Polimerase DNA hanya dapat menyalin template DNA di 3'5'
dan menghasilkan untai baru disintesis di 5'3'.
d. Trifosfat Deoxyribonucleoside (dATP, dGTP, dTTP, dan dCTP)
adalah prekursor untuk sintesis DNA.
(1) Setiap pasangan prekursor dengan sesuai dasar pada untai
cetakan dan membentuk ikatan fosfodiester dengan kelompok
hidroksil pada 3'-karbon dari gula pada akhir rantai tumbuh
(Gambar. 5).1
(2) Pirofosfat diproduksi dan dibelah dua fosfat anorganik

5
Gambar 5. Aksi Polimerase DNA.1
Trifosfat Deoxyribonucleoside berfungsi sebagai prekursor (substrat) digunakan
oleh polimerase DNA untuk memperpanjang rantai DNA. polimerase salinan
DNA template DNA untai di 3'-to-5 'arah. Untai baru tumbuh 5'-to-3 '

4. DNA polimerase membutuhkan primer (Gambar. 6).

a. DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis untai baru.
b. RNA berfungsi sebagai primer untuk polimerase DNA in vivo.
(1). The RNA primer, yang berisi sekitar 10 nukleotida, dibentuk
oleh copy dari strand induk dalam reaksi awalnya dikatalisasi
oleh Primase DNA; polimerase kemudian menambahkan
beberapa deoksiribonukleotida ke primer RNA.
c. DNA polimerase menambahkan deoksiribonukleotida ke 3'-
hidroksil dari primer RNA dan kemudian sampai ke ujung untai
DNA berkembang.
d.DNA induk (template) helai disalin secara bersamaan pada garpu
replikasi, meskipun mereka berjalan dalam arah yang berlawanan.
(1) The strand strand dibentuk oleh copy kontinu strand induk
yang berjalan 3 'ke 5' menuju garpu replikasi.
(2) Lagging strand dibentuk oleh copy terputus strand induk yang
berjalan 3 'ke 5' jauh dari garpu replikasi.
(a). Karena semakin heliks ini dibatalkan, sintesis strand
lagging dimulai dari primer lain. Fragmen pendek yang
dibentuk oleh proses ini dikenal sebagai fragmen Okazaki.
(b). Primer RNA dikeluarkan oleh nucleases (misalnya, RNase
H); maka kesenjangan yang dihasilkan diisi dengan
deoksiribonukleotida yang sesuai dengan polymerase DNA
lain.
(c). Akhirnya, fragmen Okazaki bergabung dengan DNA
ligase, enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan
fosfodiester antara dua rantai polinukleotida.

6
 e. Pada sel eukariotik, sekitar 200 deoksiribonukleotida
ditambahkan ke strand lagging di setiap putaran sintesis,
sedangkan di prokariota 1.000 sampai 2.000 ditambahkan

Gambar 6. Mekanisme DNA sintesis pada

garpu replikasi.1
Dua putaran tindakan polymerase
ditunjukkan ( dan ). Jumlah
nukleotida ditambahkan dalam setiap
putaran jauh lebih besar daripada yang
ditampilkan; pada eukariota, sekitar 10
ribonucleotides dan 200
deoksiribonukleotida dipolimerisasi pada
lagging strand. Sintesis pada leading
strand kontinu.

5. Ketepatan replikasi sangat tinggi dengan tingkat kesalahan

keseluruhan 10-9 untuk 10-10.
a. Kesalahan (penyisipan sebuah nukleotida yang tidak pantas) yang
terjadi selama replikasi dapat diperbaiki dengan mengedit selama
proses replikasi. Fungsi proofreading ini dilakukan oleh aktivitas
3 'ke 5' exonuclease terkait dengan kompleks polimerase.
b. Proses perbaikan Postreplication (misalnya, perbaikan mismatch)
juga meningkatkan ketepatan replikasi.

III. Langkah Replikasi DNA.3,4

Mekanisme molekuler replikasi DNA ditunjukkan pada Gambar 7.
Urutan kejadian ini adalah sebagai berikut:

7
1. Basis urut pada asal usul replikasi yang dikenal.
2. Helikase memutus ikatan hidrogen memegang pasangan basa bersama-
sama. Hal ini memungkinkan dua untai induk dari DNA untuk memulai
unwinding dan membentuk dua garpu replikasi.
3. Single-stranded DNA binding protein (SSB) mengikat bagian untai tunggal
dari setiap helai DNA, mencegah mereka dari reassociating dan
melindungi mereka dari degradasi oleh nucleases.
4. Primase mensintesis pendek (sekitar 10 nukleotida) primer RNA di 5 ' 3'
arah, mulai dari asal-usul pada setiap helai induk. Untai induk digunakan
sebagai template untuk proses ini. primer RNA diperlukan karena DNA
polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA, dan hanya dapat
memperpanjang untai dari ujung 3 'dari preformed "primer."
5. DNA polymerase III dimulai sintesis DNA dalam 5 ' 3' arah, dimulai
pada ujung 3' dari masing-masing primer RNA. untai baru disintesis ini
adalah saling melengkapi dan antiparallel ke untai induk digunakan
sebagai template. alur ini dapat dibuat terus menerus dalam satu potong
panjang dan dikenal sebagai "leading strand."
"lagging strand" disintesis kontinyu sebagai rangkaian fragmen kecil
(sekitar 1.000 nukleotida panjang) dikenal sebagai fragmen Okazaki.
Setiap fragmen Okazaki diinisiasi oleh sintesis primer RNA oleh
Primase, dan kemudian diselesaikan oleh sintesis DNA menggunakan
DNA polimerase III. Setiap fragmen dibuat dalam 5 ' 3' arah.
Ada leading dan strand lagging untuk masing-masing dua garpu
replikasi pada kromosom.
6. Primer RNA dikeluarkan oleh RNAase H pada eukariota dan DNA
polimerase tidak terkarakterisasi mengisi gap dengan DNA. Pada
prokariota DNA polimerase I baik menghilangkan primer (5 'exonuclease)
dan mensintesis DNA baru, dimulai pada ujung 3' dari Okazaki fragmen
tetangga
7. Kedua eukariotik dan prokariotik polimerase DNA memiliki kemampuan
untuk "mengoreksi" kerja mereka dengan cara 3' 5' aktivitas
exonuclease. Jika DNA polimerase membuat kesalahan selama sintesis

8
 DNA, dasar berpasangan yang dihasilkan pada ujung 3 'dari untai tumbuh
dihapus sebelum sintesis terus berlanjut.
8. DNA ligase segel "nicks" antara fragmen Okazaki, mengkonversi mereka
ke strand kontinu DNA.
9. DNA girase (DNA topoisomerase II) menyediakan "putaran" di depan
setiap garpu replikasi. Sebagai helikase unwinds DNA pada garpu
replikasi, DNA depan itu menjadi overwound dan superkoil positif
terbentuk. DNA girase menyisipkan superkoil negatif oleh nicking kedua
untai DNA, melewati untai DNA melalui nick, dan kemudian resealing
kedua untai. Kuinolon adalah keluarga dari obat yang menghalangi aksi
topoisomerase. asam nalidiksat membunuh bakteri dengan menghambat
girase DNA. Inhibitor eukariotik topoisomerase II (etoposid, teniposide)
menjadi berguna sebagai zat antikanker.

9
 Gambar 7. Replikasi DNA.3

DAFTAR PUSTAKA

1. Lieberman MA, Ricer R. Biochemistry, Molecular Biology, and Genetics. 6th

ed. Philadelphia: Lippincott Williams & Wilkins; c2014. p. 58-64.

2. Lewis R. Human Genetics: Concepts and Application. 9th ed. New York:
McGraw-Hill Companies; c2010. p. 170-81.

3. Kaplan. UMSLE Step 1 Biochemistry and Medical Genetics Lecture Notes

2016. 1st ed. New York: Kaplan Medical; c2016. p. 17-24.

4. Lodish H, Berk A, Kaiser CA. Krieger M, Bretscher A, Ploegh H, Amon A,

Scott MP. Molecular Cell Biology. 7th ed. New York: W.H. Freeman and
Company; c2013. p. 145-50.

10
11