REPLIKASI DNA

Stefani Elza (2011005)

 PENDAHULUAN

● DNA dapat menentukan sifat suatu individu karena setiap makhluk hidup mempunyai
urutan pasangan basa yang spesifik dan berbeda dengan yang lain. Perbedaan urutan
pasangan basa antarindividu dapat dilihat pada saat proses pengurutan basa dalam
analisis DNA.
● Proses replikasi DNA terjadi pada saat sel berada di fase S (siklus sel).
● DNA dapat berfungsi sebagai heterokatalitik (mensintesis molekul lain, seperti RNA)
dan otokatalitik (melakukan replikasi diri).
 DEFINISI

● Dengan fungsi otokatalitik, DNA dapat memperbanyak diri melalui suatu proses yang
dinamakan replikasi.
● Replikasi DNA adalah pembentukan DNA baru yang sesuai dengan sifat DNA itu
sendiri. Proses ini memerlukan bahan baku deoksiribonukleotida, enzim, dan
nukleotida.
● Replikasi DNA dapat dijelaskan oleh tiga teori yaitu teori semi-konservatif, teori
konservatif, dan teori dispersif di mana ketiganya menghasilkan DNA yang sama
dengan DNA induknya.
 HIPOTESIS REPLIKASI DNA

Replikasi secara Konservatif, Replikasi secara Semi Konservatif, dan Replikasi secara Dispersif
1. Secara Konservatif
• Sepasang DNA turunan akan memiliki untai
yang membawa penuh DNA induk, dan
sepasang DNA turunan akan memperoleh
sepasang untai baru.
• Molekul DNA untai ganda induk tetap
bergabung, sedangkan kedua untai DNA
anakan terdiri atas molekul hasil sintesis
baru.
2. Secara Semi Konservatif
• Setiap molekul untai ganda DNA anakan
terdiri atas satu untai tunggal DNA induk
dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis
baru.
• Dua pasang untai DNA turunan akan
membawa masing-masing satu untai DNA
induk.
• Model replikasi DNA yang paling
diterima di masyarakat.
 Percobaan Meselson-Stahl
● Percobaan Meselson-Stahl adalah percobaan yang dilakukan oleh Matthew Meselson dan Franklin
Stahl yang mendemonstrasikan bahwa replikasi DNA adalah semikonservatif.

● Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan Franklin Stahl dari California institute of technology,
Amerika, melakukan eksperimen untuk membuktikan  Model  Replikasi DNA secara semi-
konservatif . Mereka menggunakan bakteri Escherichia coli atau E. coli , yaitu bakteri yang tidak
berbahaya, dan umum dijumpai  pada saluran pencernaan manusia/animal.  Meselson dan Stahl
menumbuhkan koloni bakteri  E.coli tersebut  dalam sebuah wadah yang berisi  Ammonium
chloride (sumber makanan (Nitrogen)).
 HASIL PERCOBAAN

1. Bakteri yang ditumbuhkan dalam ammonium chloride yang mengandung atom 15N saja, setelah dibiarkan
membelah berkali kali, akan menghasilkan DNA 15N dan setelah disentrifugasi terdapat band (pita DNA)
dekat dengan dasar tabung.
2. Bakteri yang sebelumnya ditumbuhkan dalam ammonium chloride yang mengandung atom 15N,
kemudian dipindahkan ke dalam ammonium chloride yang mengandung atom 14N, setelah
membelah satu generasi maka akan dihasilkan band (pita DNA)yang berada ditengah-tengah larutan dalam
tabung. Yang menandakan dihasilkan DNA hybrid yang mengandung DNA beratom 15N dan 14N
3. Bakteri yang sama seperti perlakuan no 2, dibiarkan membelah hingga pada generasi keduanya akan
menghasilkan dua band (pita DNA) berbeda, yaitu DNA beratom 14N, bersifat lebih ringan sehingga berada
dekat dengan permukaan tabung, dan DNA beratom 15N, bersifat lebih berat/besar sehingga berada di dekat
dasar tabung .
 Jadi kesimpulan dari percobaan ini
adalah  DNA mampu melakukan
replikasi secara semi konservatif, yaitu
ketika DNA bereplikasi, akan dihasilkan
satu untai baru hasil polimerisasi dan
satu untai lama dari induknya. 
3. Secara Dispersif
• Setiap untai DNA turunan memiliki
fragmen – fragmen pendek dari untai DNA
induk.

• 1 untaian DNA merupakan campuran dari

DNA lama dan DNA baru yang terpotong-
potong.
 Mekanisme Replikasi DNA Semikonservatif

Tahapan mekanisme replikasi DNA semikonservatif sebagai berikut :

1. Pemisahan (denaturation, denaturasi), untaian DNA induk
2. Penga-”awal”an (initation, inisiasi) sintesis DNA
3. Pemanjangan (elongation, elongasi) untaian DNA
4. Ligasi (ligation) fragmen-fragmen DNA
5. Peng-”akhir”-an (termination, terminasi) sintesis DNA
 PROSES
REPLIKASI DNA
 1.) PEMISAHAN / DENATURASI
● Pertama enzim topoisomerase akan mengurangi tegangan pada struktur double helix DNA.
● Kemudian enzim helikase akan memisahkan rantai ganda menjadi rantai tunggal. Hasil pemisahan
berbentuk Garpu Replikasi. (Replication Fork)
● Ada dua rantai tunggal yang terbentuk yang disebut (1) leading strand dan (2) lagging strand.
Daerah membukanya double helix DNA dengan mikroskop electron terlihat seperti
gelembung (bubble), dan dengan demikan disebut sebagai suatu replication bubble.
 2.) PENGA-AWALAN / INISIASI

● Replikasi DNA dimulai dari lokasi spesifik, yaitu asal replikasi. Lokasi ini memiliki
urutan tertentu yang dapat dikenali oleh DnaA.
● Tempat awal terjadinya disebut dengan istilah Origin Of Replication (ORI).
 3.) SINTESIS PRIMER

● Enzim primase akan membentuk RNA pendek yang disebut RNA primer. 
● Pada leading strand, hanya satu primer yang dibentuk sepanjang rantai baru.
● Pada lagging strand terbentuk banyak primer.
 4A.) SINTESIS LEADING STRAND

Adenin – Thimin (A & T) ;

Guanin – Sitosin (G&C)

● Enzim DNA polimerase III akan membentuk rantai DNA baru dengan cara
menambahkan nukleotida baru dengan awalan primer yang sudah terbentuk dari arah
5’ ke 3’ secara kontinu.
 4B.) SINTESIS LAGGING STRAND

● Pada lagging strand terbentuk banyak primer, yang menyebabkan rantai DNA baru
yang terbentuk menjadi terputus putus. (diskontinu)
● Kemudian akan diperpanjang oleh DNA polimerase III membentuk DNA pendek yang
disebut fragmen okazaki.
 5B.) PENGHAPUSAN PRIMER

● Penggantian RNA primer dengan DNA baru oleh enzim DNA Polimerase I dengan
arah 5’ ke 3’.
 6B.) LIGASI

● Celah-celah pada fragmen DNA di lagging strand akan disambung oleh kerja enzim
ligase.
● Penyumbatan antar fragmen Okazaki oleh enzim ligase dilakukan dengan
menciptakan ikatan fosfodiester antara 5’ fosfat dan 3’ gugus hidroksil.
 7.) TERMINASI

● Lokasi akhir replikasi diidentifikasi oleh protein tus. Saat helikase bertemu tus,
helikase akan jatuh bersama SSB.
 ENZIM DALAM PROSES REPLIKASI DNA

TOPOISOMERASE DNA Polimerase III

01 Mengurangi tegangan pada struktur 05 Melakukan replikasi dari ujung
double helix DNA. 5’ ke 3’.

HELIKASE
DNA Polimerase I
02 Membuka struktur double 06 Melepas DNA polimerase III.
helix

SSB (Single stranded binding) LIGASE

03 Mencegah ikatan DNA yang sudah 07 Menyambung potongan DNA
memisah untuk bersatu lagi. pada fragmen okazaki.
(menstabilkan untaian)
PRIMASE
04 Mengawali replikasi dengan membentuk
primer.
● Pada sel eukariota, panjang RNA primer : 10 nukleotida, dan interval antara primer
pada lagging strand  100-200 nukleotida
● Sintesus DNA dimulai pada / dari ‘Replication Origins’ oleh protein inisiator yang
memecah ikatan hidrogen diantara basa nitrogen
● Kromosom sel eukariota berisi ‘replication origin’ yang multipel, sedangkan pada
bakteri hanya mempunyai satu replication origin.
● Replikasi pada sel eukariota hanya terjadi pada fase S dari siklus selnya, dan berjalan
lebih lambat dari pada bakteri.
● Replikasi bakteri berlangsung dengan kecepatan sampai 1000 nukleotida per detik 
replikasi genome bisa dalam waktu kurang dari 1 jam
Bagaimana DNA polymerase mengetahui basa mana
yang harus ditambahkan?
DNA polymerase digambarkan sebagai "template dependent" (tergantung pada template/
cetakannya) sehingga enzim ini akan “membaca” sekuen basa nitrogen pada template
DNA, dan kemudian mensintesis untai komplemennya. Untai DNA template selalu dibaca
dari arah 3' ke 5' (yaitu dimulai dari ujung 3’ DNA template dan membaca nukleotida-
nukleotida secara urut ke arah ujung 5’ dari DNA template).Untai DNA yang baru
dibentuk (karena komplemen dengan DNA template) maka pasti disintesis pada arah 5’ ke
3’. (ingat bahwa 2 untai DNA berpasangan secara antiparallel).
Proses replikasi DNA pada semua organisme adalah
proses yang sangat menakjubkan
Total jumlah gen pada sel manusia, genom manusia, diperkirakan sekitar 3 milyar pasang basa (base
pairs), dan pada satu untai tunggal berisi mencapai 250 juta pasang basa.Yang lebih menakjubkan lagi,
kecilnya kesalahan yang terjadi meskipun ukuran DNA manusia yang begitu besar. Kesalahan hanya
terjadi sekitar satu dalam setiap milyard DNA.Proses replikasi DNA secara sempurna pada sel-sel
manusia berlangsung beberapa jam. Untuk mereplikasi DNA yang sebesar ini dalam waktu yang hanya
beberapa jam, memerlukan tidak hanya satu replication fork, membentuk beberapa replication bubble
dan mengahasilkan beberapa segmen untai DNA yang pada akhirnya disambung-sambung membentuk
DNA double heliks baru.
 Reparasi DNA
Dalam kaitannya dengan terjadinya kesalahan, makhluk hidup memiliki mekanisme DNA proofreading
dan perbaikan yang dapat mengenali terjadinya kesalahan pasangan-basa dan kerusakan DNA.

Terdapat dua jalur perbaikan:

● Base Excision Repair (BER), memperbaiki basa yang tertukar dengan cara membuangnya oleh
kerja DNA glycosylase yang diikuti dengan membuang gula fosfat yang terbentuk.
● Nucleotide Excision Repair (NER), nukleotida disekitar daerah yang rusak dibuang sebagai
oligonucleotida. Kekosongan yang terjadi dari dua proses tersebut kemudian diisi oleh kerja
secara berurutan dari DNA polymerase dan DNA ligase.
 Mekanisme Reparasi/Perbaikan DNA

Diklasifikasikan menjadi :
1. Reparasi dengan memotong (excission repair), terdiri dari 3 tahap :
a) Mengenali DNA yang ‘rusak’ kemudian memotong DNA tersebut  oleh enzim
DNA glycosilase
b) Mengikorporasi nukleotida pada daerah yang terpotong/hilang tersebut  oleh
enzim DNA polymerase
in the gap
c) Menyambung nukleotida yang baru pada untaian DNA asal  oelh enzim DNA
ligase
2. Reprasi yang tergantung oleh sinar (light-dependent repair), misalnya untuk kerusakan
karena terjadiya Timin dimer. Tahap-tahapnya :
a) Enzim otoliase mengenali adanya timin dimer dan mengikat timin dimer
tersebut.
b) Dengan bantuan sinar, enzim fotoliase memotong/menguraikan ikatan antar
timin tsb.
 Penyakit Yang Disebabkan Rusaknya Sistem
Reparasi DNA
● Xeroderma pigmentosum  Kanker kulit, sensititif thdp UV. Enzim yang dipengaruhi
adalah nucleotide excission repair
● Ataxia-telangecia (AT)  Leukemia, limfoma. Enzim yang dipengaruhi adalah ATM
protei
TERIMA KASIH