MATA KULIAH :

DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

BAB 1
STRUKTUR DNA DAN GENOM

DNA adalah molekul genetik utama, yang membawa semua informasi herediter
di dalam kromosom dengan segera memusatkan perhatian pada strukturnya. Diharapkan
pengetahuan struktur akan mengungkapkan bagaimana DNA membawa pesan genetik
yang direplikasi ketika kromosom membelah untuk menghasilkan dua salinan identik
dari diri mereka sendiri. Selama akhir tahun 1940-an dan awal 1950-an, beberapa
kelompok penelitian di Amerika Serikat dan Eropa terlibat dalam upaya bersama-sama
untuk memahami bagaimana atom-atom DNA dihubungkan bersama oleh ikatan
kovalen dan bagaimana molekul yang dihasilkan diatur dalam ruang tiga dimensi. Tidak
mengherankan, pada awalnya ada kekhawatiran bahwa DNA mungkin memiliki struktur
yang sangat rumit dan mungkin aneh yang berbeda secara radikal dari satu gen ke gen
lainnya. Berdasarkan hal tersebut, penemuan tersebut sangat menggembirakan untuk
menyatakan bahwa ketika struktur DNA mendasar ditemukan membentuk double helix.
Informasi tersebut memberitahu bahwa semua gen memiliki kira-kira bentuk tiga
dimensi yang sama dan bahwa perbedaan antara dua gen berada dalam urutan dan
jumlah empat blok bangunan nukleotidanya di sepanjang untaian komplementer.
Demikian juga, kita sekarang menyadari bahwa RNA, yang sekilas tampak
sangat mirip dengan DNA, memiliki ciri-ciri strukturalnya sendiri yang berbeda. Pada
prinsipnya ditemukan sebagai molekul beruntai tunggal. Namun dengan pemasangan
pasangan basa untaian dalam, RNA bakteri menunjukkan struktur heliks ganda yang
luas dan mampu melipat ke dalam beragam struktur tersier yang beragam. Struktur ini
penuh kejutan, seperti pasangan berbasis non-klasik, interaksi tulang punggung, dan
konfigurasi seperti simpul. Yang paling luar biasa dari semuanya, dan yang sangat
penting secara evolusi, beberapa molekul RNA adalah enzim yang melakukan reaksi
yang merupakan inti dari transfer informasi dari asam nukleat ke protein.
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

1.1 Struktur DNA

Ciri paling penting dari DNA adalah bahwa biasanya terdiri dari dua rantai
polinukleotida yang saling berputar dalam bentuk heliks ganda (Gambar 1.1). Bagian
atas gambar (a) menyajikan struktur heliks ganda yang diperlihatkan dalam bentuk
skematis. Perhatikan bahwa jika terbalik 180 ° (misalnya, dengan membalik buku ini
terbalik), heliks ganda tampak sama secara dangkal, karena sifat komplementer dari dua
untai DNA. Model pengisian-ruang double helix, di bagian gambar (b), menunjukkan
komponen molekul DNA dan posisi relatifnya dalam struktur heliks. Tulang punggung
dari setiap helai heliks terdiri dari residu gula dan fosfat. ; proyeksi basa ke dalam tetapi
dapat diakses melalui alur utama dan kecil.

Gambar 1.1 Struktur DNA

Nukleotida merupakan pembangun dasar DNA terdiri dari gugus fosfat

bergabung dengan gula yang dikenal sebagai 2-deoksiribosa yang melekat pada suatu
basa. Fosfat dan gula memiliki struktur yang ditunjukkan pada Gambar 1.2.
Gula ini disebut 2-deoksiribosa karena tidak ada hidroksil di posisi 2 (hanya dua
hidrogen). Basa dihubungkan dengan 2-deoksiribosa yang mengalami penghilangan
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

molekul air antara hidroksil pada posisi C-1 dari gula dan basa untuk membentuk ikatan
glikosidik (Gambar 1.2). Demikian juga, ditunjukkan bahwa ikatan fosfat dengan 2-
deoksiribosa melalui kehilangan molekul air antara fosfat dan hidroksil pada posisi C-5
untuk membentuk fosfomonoester. Penambahan fosfat (atau lebih dari satu fosfat) ke
nukleosida akan membentk nukleotida. Pembentukan ikatan glikosidik antara basa dan
gula, dan pembentukan ikatan fosfoester antara gula dan asam fosfat maka membentuk
nukleotida (Tabel 1.1)

Gambar 1.2 Pembentukan Nukleotida

 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

Tabel 1.1 Senyawa Adenin

Basa dalam DNA terbagi dalam dua kelas yaitu purin dan pirimidin. Basa purin
adalah adenin dan guanin, dan basa pirimidin adalah sitosin dan timin. Purin berasal
dari struktur cincin ganda seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1.3a. Adenine dan
guanin memiliki struktur penting tetapi dengan berbagai gugus ikatan. Demikian juga,
sitosin dan timin adalah bervariasi pada struktur cincin tunggal, seperti yang
ditunjukkan pada Gambar 1.3b. Gambar tersebut juga menunjukkan penomoran posisi
pada cincin purin dan pirimidin. Basa melekat pada deoksiribosa oleh ikatan glikosidik
pada N1 dari pirimidin atau pada N9 dari purin.
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

(a)

(b)

Gambar 1.3 Basa Purin dan Pirimidin

Masing-masing basa terdiri atas keadaan tautomerik alternatif, yang berada

dalam kesetimbangan satu sama lain. Keseimbangan terletak jauh ke samping dari
struktur konvensional yang ditunjukkan pada Gambar 1.4, yang merupakan kondisi
dominan dan yang penting untuk pemasangan pasangan. Atom Nitrogen yang
menempel pada cincin purin dan pirimidin berada dalam bentuk amino yakni keadaan
predominan dan jarang mengasumsikan konfigurasi imino. Begitu juga dengan atom
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

oksigen yang menempel pada guanin dan timin biasanya memiliki bentuk keto dan
jarang mengambil konfigurasi enol. Sebagai contoh, Gambar 1.4 menunjukkan
tautomerisasi dari sitosin ke dalam bentuk imino (a) dan guanin ke dalam bentuk enol
(b). Seperti yang akan kita lihat, kapasitas untuk membentuk tautomer alternatif adalah
sumber kesalahan yang sering terjadi selama sintesis DNA.

Gambar 1.4 Tautomer Basa

 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

1.2 Gen
Gen merupakan fragment DNA yang da pat ditranskripsikan menjadi RNA dan
diterjemahkan menjadiprotein, yang selanjutnya mampu mempengaruhiproses fisiologi
tanaman maupun fenotipenya. Pada dasarnya gen tersusun oleh empat komponen:
1. Regulator. Merupakan bagian dari gen ya ng berperan dalam pola aktivasi suatu gen
(pada rangkaian fisiologis apa, kondisi apa, fase perke mbangan apa, atau pada
organ apa). Regulator terdapat pada awal sebuah gen mendahului promotor.
Regulator terdiri dari tiga elemen responsif yaitu HSE (Heat Shock response
Element), GRE (Glucocorticoid Response Element) dan SRE (Serum Response
Element).
2. Promotor. Merupakan bagian dari gen yang berperan dalam penentuan utas yang
akan dikode untuk dit raskripsikan dan kapan titik awal transkripsi akan dilakukan.
Letak promotor berada sebelum titik awal transkripsi, sehingga jarak dari titik
inisiasi dinotasikan dengan tanda '-', atau disebut arah downstream. Promotor yang
paling umum terdapat dalam gen tanaman adalah TATA box. Selain TATA box
(TATAAA, 10 bp), jenis promotor lainnya adalah CAAT box (GGCCAATCT, 22
bp), GC box ( GGGCGG, 20bp), Octamer (ATTTGCAT, 20 bp), kB
(GGGACTTTCC, 10 bp) dan ATF (GTGACGT, 20 bp).
3. Transcribed Region. Merupakan bagian gen ya ng akan ditranskripsikan menjadi
RNA. Bagian ini dimulai dari titik awal transkripsi (start site) hingga titik akhir
transkripsi (termination site). Notasi mulai start site adalah `+'
atau uptream. Dalam bagian ini terdapat bagian yang akan dibawa keluar dari inti
sel yang disebut exon, dan bagian yang akan tetap ditinggalkan di dalam inti sel,
yang disebut intron. Pada bagian exon mRNA, terdapat bagian yang akan
diterjemahkan menjadi rantai asam amino (Open Reading Frame/ORF ) dan bagian
yang tidak diterjemahkan (Un-translated Region/UTR).
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

4. Terminator. Merupakan bagian sekuens DNA dari suatu gen yang memberi tanda
kepada enzim penyusun RNA (RNApolymerase) untuk menghentikan proses
pemanjangan rantai RNA.
1.3 Struktur Kromosom
Kromosom merupakan suatu struktur makromolekul yang berisi DNA di mana
informasi genetik dalam sel disimpan. Kata kromosom berasal dari kata khroma yang
berarti warna dan soma yang berarti badan Kromosom. Kromosom terdiri atas dua
bagian, yaitu bagian pertama disebut sentromer / kinekthor yang merupakan pusat
kromosom berbentuk bulat dan bagian kedua disebut lengan kromosom yang
mengandung kromonema & gen berjumlah dua buah (sepasang).
Struktur kromosom dalam inti sel akan lebih mudah diamati jika sedang
berada pada satu tahapan pembelahan sel ketika kromosom membentuk
gulungan. Masing-masing kromosom dalam genom dapat dibedakan
berdasarkan beberapa kriteria, di antaranya adalah ukuran panjangnya, posisi
dari suatu struktur protein yang disebut sentromer yang membagi kromosom
menjadi dua bagian lengan dengan panjang yang berbeda, keberadaan, dan
posisi dari kromosom yang membesar yang disebut kromomer, keberadaan
tonjolan kecil dari material kromatin yang disebut satelit, dan lain
sebagainya. Ukuran kromosom bervariasi dari satu spesies ke spesies yang lainnya.
Panjang kromosom berkisar antara 0,2 sampai dengan 50 µ, dan berdiameter 0,2 sampai
dengan 20 µ.
Berdasarkan letak dari sentromernya (Gambar 1.5), kromosom dibedakan
menjadi:

1. Metasentrik: sentromer berada tepat di tengah-tengah sehingga membagi kromosom

menjadi dua lengan dengan ukuran panjang yang sama (lengan p = lengan q).
2. Submetasentrik atau akrosentrik: sentromer di antara tengah dan ujung kromosom
sehingga membagi kromosom menjadi dua lengan dengan ukuran yang tidak sama
panjang (lengan p < lengan q).
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

3. Telosentrik: Sentromer berada pada ujung atau sangat dekat dengan

ujung pada sebuah lengan kromosom.
Jadi jika dilihat secara morfologi kromosom dibagi menjadi dua bagian yaitu
Sentromer (bagian yang membagi kromosom menjadi dua bagian). Dan Lengan
Kromosom (badan kromosom yang mengandung kromonema dan gen.

Gambar 1.5 Struktur Kromosom

Perbedaan utama antara virus, prokariota, dan eukariota adalah struktur dan
lokasi kromosom. Virus tidak hidup memiliki kromosom yang terdiri dari DNA (asam
deoksiribonukleat) atau RNA (asam ribonukleat); material ini berada dalam keadaan
rapat ke dalam kepala virus. Di antara organisme dengan sel prokariotik (mis., Bakteri
dan ganggang biru-hijau), kromosom seluruhnya terdiri dari DNA. Kromosom tunggal
sel prokariotik tidak tertutup dalam membran nukleus. Di antara eukariota, kromosom
yang terkandung dalam inti sel terikat membran. Kromosom sel eukariotik terutama
terdiri dari DNA yang melekat pada inti protein dan juga mengandung RNA.

1.4 Organisasi Genom

3 milyar pasang basa merupakan genom manusia yang tersusun atas 22 pasang
autosom dan kromosom seks X dan Y. DNA kromosom dapat dibagi ke dalam daerah
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

heterokromatin dan eukromatin: heterokromatin mewakili daerah "padat" DNA

kromosom dan euchromatin mewakili daerah "longgar", yang umumnya merupakan
wilayah DNA yang ditranskripsi secara aktif. Menggunakan metode pewarnaan
sitogenetik, daerah kromosom yang berbeda dapat dipandang sebagai G-bands
(pewarnaan Giemsa) dengan pola karakteristik setiap kromosom individu memberikan
dasar untuk identifikasi sitogenetik dari setiap kromosom manusia. Dari awal, G-band
dianggap mencerminkan “gen-miskin dan wilayah yang miskin GC dan relatif lebih
padat dan lebih kaya AT, dan mereka mereplikasi lebih lambat daripada DNA dalam
pita pewarnaan yang lebih ringan; urutan genom manusia telah membuktikan konsep ini
tepat. Pita pewarnaan cahaya sesuai dengan R-band melalui teknik pewarnaan alternatif.
Namun, informasi urutan genom manusia telah mengungkapkan hal tersebut yang
mungkin bervariasi dalam konten GC melintasi daerah kromosom.

Gambar 1.6 Struktur Superhelical Turn DNA

Masing-masing dari 23 pasang kromosom manusia mengandung dupleks DNA

tunggal yang memanjang di antara keduanya telomer. Ketika DNA dalam genom
manusia adalah membentang dari satu ujung ke ujung yang lain, panjangnya akan
lebih panjang dari 1 m (sekitar 3 kaki)! Hebatnya, memadatkan DNA dengan lebih dari
100.000-lipatan, yang diperlukan untuk menyesuaikan kromosom ke dalam nukleus,
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

dicapai dengan melilitkan dan melipat gandakan helix menjadi serangkaian semakin
pendek dan lebih tebal struktur (Gbr. 1.6). Protein yang berikatan dengan DNA
membantu dalam mengaarahkan dan mengatur pelipatan, dan lipatan kompleks DNA
dan protein disebut sebagai kromatin.

1.4.1 Defenisi Gen, Genom, Plasmid

Sebelum sistem organisasi genom pada jasad dibahas lebih lanjut perlu dipahami
terlebih dahulu perbedaan pengertian antara gen dengan genom. Gen adalah unit
molekul DNA atau RNA dengan panjang minimum tertentu yang membawa informasi
mengenai urutan asam amino yang lengkap suatu protein atau yang menentukan struktur
lengkap suatu molekul rRNA (RNA ribosom) atau tRNA (transfer RNA). Genom
adalah satu kesatuan gen yang secara alami dimiliki oleh satu sel atau virus, atauu satu
kesatuan kromosom jasad eukariotik dalam fase haploid. Pada beberapa jasad, terutama
pada kelompok prokariotik seringkali dijumpai bahan genetik tambahan selain bahan
genetik utamanya. Bahan genetik tambahan ini disebut plasmid. Dalam keadaan
normal, kehadiran plasmid pada umumnya tidak diperlukan oleh sel. Jika sel jasad
tersebut membawa plasmid, maka genom jasad tersebut meliputi satu kesatuan gen yang
ada pada bahan genetik utamanya dan gen yang ada pada plasmid tersebut.

1.4.2 Organisasi Genom pada Prokariotik

Bahan genetik utama (kromosom) jasad prokariotik pada umumnya terdiri atas
satu unit molekul DNA untai gandai (double stranded) dengan struktur lingkar
(circular). Oleh karena itu, jasad prokariotik bersifat monoploid karena hanya adasatu
bahan genetic utama. Bahan genetik pada jasad prokariotik tidak dikemas di dalam
suatu struktur yang jelas karena pada sel prokariotik tidak terdapat inti sel (nucleus). Hal
berbeda dengan bahan genetic utama jasad eukariotik yang terdapat di dalm struktur
nucleus. Bahan genetic utama jasad prokariotik diketahui terikat pada membrane sel
sebelah dalam yang diduga berperanan dalam proses pemisahan DNA pada waktu
terjadi pembelahan sel. Oleh karena struktur bahan genetic utama jasad prokariotik
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

berupa molekul lingkar, molekul tersebut tidak ada bagian ujungnya. Seperti pada
Escherichia coli bahan genetik utamanya terdiri atas sekitar 4.600 kb (4,6 x 106 bp).
Genom jasad prokariotik tersusun atas banyak unit gen. secara umum struktur
lengkap gen pada bakteri terdiri atas tiga bagian utama yaitu :
[1] Promoter, adalah bagian gen yang berfungsi sebagai pengatur proses ekspresi
genetic (transkripsi) bagian structural. Bagian ini adalah bagian yang akan
dikenali pertama kali oleh RNA polymerase dan protein regulator sebelum
proses transkripsi (sintesis RNA) dimulai.
[2] Bagian structural (coding region), adalah bagian gen yang membawa kode-
kode genetik yang akan ditranskripsi dan kemudian ditranslasi (dalam hal gen
yang mengkode protein) atau hanya ditranskripsi saja (dalam hal gen yang
mengkode protein) atau hanya ditranskripsi saja (dalam hal gen yang
mengkode rRNA dan tRNA).
[3] Bagian terminator, adalah bagian gen yang berperanan dalam proses
penghentian transkripsi.
Bagian structural gen prokariotik tidak mengandung intron. Intron adalah
sekuens nukleotida yang tidak ditemukan “terjemahannya” di dalam rangkaian asam
amino protein yang dikode oleh suatu gen. Intron akan ditranskripsi tetapi kemudian
mengalami pemotongan sehingga tidak akan memgalami translasi. Sekuens nukleotida
yang akan diterjemahkan disebut sebagai ekson.

1.4.3 Organisasi Genom pada Eukariotik

Genom eukraiotik mempunyai organisasi yang lebih kompleks dibandingkan
dengan genom prokariotik. Molekul DNA utama pada eukariotik berupa molekul untai
ganda dengan struktur linear. Ukuran genom eukariotik, khususnya eukariotik tingkat
tinggi, jauh lebih besar dibandingkan dengan ukuran genom prokariotik. Bahan genetic
utama jasad eukariotik terletak di dalam inti sel (nucleus) dan dikemas sedemikian rupa
membentuk struktur yang disebut kromosom.Jumlah kromosom pada kelompok jasad
eukariotik sangat bervariasi mulai dua buah pada khamir Schizosaccharomyces pombe,
 MATA KULIAH :
DASAR-DASAR
PROGRAM STUDI KIMIA REKAYASA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM GENETIKA
UNIVERSITAS HASANUDDIN KODE:
18H03131702
BUKU AJAR SEMESTER 1

sampai mencapai 250 buah pada sejenis kepiting (hermit crab). Selain kromosom,
beberapa sel eukariotik juga mempunyai DNA di luar kromosom yaitu DNA pada
mitokondria dan pada kloroplas (pada sel tumbuhan hijau). Beberapa sel eukraiotik juga
mempunyai DNA plasmid, misalnya Saccharomyces cerevisiae mempunyai plasmid
alami yang disebut plasmid 2 μm. DNA mitokondria dan kloroplas berupa molekul
DNA lingkar dan replikasinya berlangsung secara independent, tidak bergantung pada
replikasi kromosom. Organisasi gen pada mitiokdria lebih mirip dengan organisasi gen
pada bakteri sehingga diduga mitokondria merupakan jasad prokariotik endosimbion
yang dalam proses evolusi berkembang menjadi bagian struktur sel eukariotik.