Bioteknologi Molekuler
DISUSUN OLEH
KELOMPOK I:
DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2017
KATA PENGANTAR
Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT, yang atas rahmat-Nya
sehingga kami dapat menyelesaikan penyusunan makalah yang berjudul “Analisis
DNA Dan RNA Dengan Menggunakan Teknik Elektroferesis Gel”. penyusunan
makalah ini merupakan salah satu tugas yang diberikan dalam mata kuliah
Bioteknologi Molekuler di Departemen Kimia Fakultas Matematika Dan Ilmu
Pengetahuan Alam Universitas hasanuddin.
Dalam penyusunan makalah ini kami merasa masih banyak kekurangan
baik pada teknis penulisan maupun materi, mengingat akan kemampuan dimiliki.
Untuk itu, kritik dan saran dari semua pihak sangat kami harapkan demi
penyempurnaan pembuatan makalah ini.
Dalam penyusunn makalah ini kami menyampaikan ucapan terima kasih
yang sebesar-besarnya kepada pihak-pihak yang membantu menyelesaikan
makalah ini.
Penyusun
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR................................................................................
i
3.1 Kesimpulan…………………………………………………
DAFTAR PUSTAKA……………………………………………..........
BAB 1
PENDAHULUAN
terutama yang semakin pesat dinegara-negara berkembang akan selalu diikuti pula
ilmu pengetahuan Bidang Molekuler ini telah dimulai pada akhir abad ke 19,
sistematik).
ditemukan penelitian yang menunjukkan adanya efek dari listrik terhadap partikel-
partikel atau molekul-molekul yang bermuatan listrik, dalam hal ini termasuk juga
DNA, RNA dan protein. Elektroforesis berasal dari bahasa Yunani yang
elektroferesis gel ?
1.3 Tujuan
elektroferesis gel ?
BAB II
PEMBAHASAN
nukleat itu disebut dioksiribonukleat (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit
sifat genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini
reproduksi (Campbell,2000).
DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama
sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui
(DNA) dan asam ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan
Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat (DNA) dan
asam ribonukleat (RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini
merupakan pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi
dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu
dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel mengerahkan sintesis molekul
RNA, satu tipe RNA, yaitu messenger RNA (mRNA), meninggalkan inti sel dan
mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai
Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. DNA
demikian pada beberapa virus tanaman, RNA merupakan pita double namun tidak
terpilin sebagai spiral. Rantai DNA memiliki lebar 22-24 Å, sementara panjang
satu unit nukleotida 3,3 Å[2]. Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA
perantar antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku
untuk semua organisme hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan
kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini
tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama
kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti),
lebih lanjut.
Komponen :
tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat,
satu gugus gula ribosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun
dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus
Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang
berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-
deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester
antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada
gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula
RNA d(RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dicetak oleh salah satu
Basa nitrogen :
Purin — DNA adalah Adenin dan Guanin, pada RNA adalah Adenin dan
Guanin
Pirimidin — DNA adalah Timin dan sitosin, pada RNA adalah Urasil dan
sitosin
Kadar: pada DNA: tetap (tidak dipengaruhi oleh kecepatan sintesis protein),
Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil tambahan
pada cincin gula ribosa (sehingga dinamakan ribosa). Basa nitrogen pada RNA
sama dengan DNA, kecuali basa timin pada DNA diganti dengan urasil pada
RNA. Jadi tetap ada empat pilihan: adenin, guanin, sitosin, atau urasil untuk suatu
Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan
dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel.
Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama, dan basa
nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada heliks. Kedua untai
pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang
terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah
adenin (dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine), guanin (G), dan timin (T).
konduktif, biasanya berupa larutan bufer, sebagai respon adanya suatu medan
migrasi partikel yang bermuatan akibat diberikan arus listrik searah atau DC
adanya muatan sebagai sifat fisik. Arah dan laju pergerakan tergantung pada spot
dan intensitas muatan ionik. Bufer elektroda digunakan untuk konduktor arus
Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada
pada makromolekul misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul yang
bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik
dari suatu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka molekul tersebut
akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul
tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pada bentuk
molekulnya.
Pergerakan ini dapat dijelaskan dengan gaya Lorentz, yang terkait dengan
sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati dan kondisi elektris lingkungan:
F adalah gaya Lorentz, q adalah muatan yang dibawa oleh objek, E adalah medan
listrik.
Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan,
tergantung di muatan yang ada pada permukaan partikel, tanda dan besarnya
molekul dapat terjadi karena efek seleksi dan medium yang sesuai.
molekular. Prinsip dasar teknik ini adalah bahwa DNA, RNA, atau protein dapat
a. Gel
Salah satu komponen dari elektroforesis adalah gel. Gel merupakan media
Ada dua jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu:
1. Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda
besar.
lebih besar (lebih dari 50 bp)dan digunakan secara horizontal. Gel poliakrilamida
digunakan untuk fragmen kecil (kurang dari 50 bp) dan digunakan secara vertikal.
Jarak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran dapat ditentukan
bergerak lebih cepat dan bermigrasi lebih jauh dari molekul kecil karena memiliki
hubungan dengan polisakarida, agropefin dibentuk agar. Agarose larut pada buffer
(TAE) yang mendidih dan ditunggu untuk dingin, Hasil ini dicetak pada cetakan
polimer yang netral, kationik, anionik, atau amfoter dengan sifat fisika dan kimia,
1. Gel Poliakrilamid
b. Power: ekstrimtinggi.
2. Gel Agarosa
b. Buffer
1. Elektroforesis DNA :
b. TBE (Tris-borate-EDTA )
c. Loading buffer
a. Proses Elektroforesis
dituangkan ke nampan pengecoran berisi sisir sampel dan pemadatan akan terjadi
pada suhu kamar. Setelah gel telah dipadatkan, sisir diambil dengan hati-hati agar
2. Elektroforesis
DNA dicampur loading buffer kemudian dipipet ke dalam sumur sampel, tutup
dan kekuasaan lead ditempatkan pada aparatus dan dialirkan arus. Aliran arus
Bromida yang bersifat karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena
Etidium Bromida dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat
terlihat jelas, sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk
memantau kecepatan molekul DNA pada gel. Jarak perpindahan DNA dalam gel
banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler protein
Elektroforesis gel agarosa adalah teknik paling baik yang pernah dibuat
dan secara rutin digunakan di laboratorium klinis untuk analisis protein dan DNA
pada berbagai cairan biologis (serum, urine, CSF). Teknik ini merupakan teknik
protein bermigrasi pada medium padat/gel yang direndam dengan suatu larutan
penyangga di bawah pengaruh medan listrik. Migrasi ini tergantung pada muatan
listrik, titik isoelektrik bersih dan massa molekul protein (Jean and Francois G.,
2010)
molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif
bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan
konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam skala
digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat setiap
yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang yang sama
Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu
berukuran besar.
Biasanya, gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang lebih
besar (lebih dari 200 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen kecil
(kurang dari 200 bp). Jarak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran dapat
dalam gel, kekuatan arus yang digunakan, kekuatan ionik dari larutan buffer, dan
konformasi fragmen DNA itu sendiri. Molekul DNA bermigrasi melalui pori-pori
kecil yang terbentuk dalam padatan gel agarosa. Secara umum, molekul yang
lebih kecil bergerak lebih cepat dan bermigrasi lebih jauh dari molekul kecil
karena memiliki gesekan yang lebih rendah saat bergerak menuju elektroda
positif. Konsentrasi yang rendah pada gel agarosa memberikan resolusi yang lebih
baik untuk fragmen besar, dengan memberikan pemisahan yang lebih besar antara
band yang secara ukuran tidak terlalu jauh berbeda. Konsentrasi gel yang lebih
tinggi, di sisi lain, dapat mengurangi kecepatan migrasi fragmen panjang yang
sementara itu dapat memfasilitasi pemisahan yang lebih baik pada fragmen DNA
Namun, fragmen yang lebih besar dapat bermigrasi secara lebih cepat daripada
fragmen yang lebih kecil, karena tegangan pada gel yang ditingkatkan. Selain itu,
DNA memiliki muatan yang konsisten untuk rasio massa, sehingga ukuran
resolusi pemisahan (di atas sekitar 5 sampai 8 V/cm). Untuk alasan itu, resolusi
terbaik dari fragmen yang lebih besar dari 2 kb dicapai dengan menerapkan tidak
bersifat karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena Etidium Bromida
dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas,
sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk memantau
fragmen DNA hasil pemotongan dengan enzim restriksi. Fragmen molekul DNA
yang telah dipotong-potong dapat ditentukan ukurannya dengan cara membuat gel
agarosa yaitu suatu bahan semi-padat ditentukan ukurannya dengan cara membuat
dari rumput laut. Gel agarosa dibuat dengan melarutkannya dalam suatu buffer.
Agar dapat larut dengan baik, pelarutannya dibantu dengan pemanasan, misalnya
gel akan berupa cairan sehingga mudah dituang ke atas suatu lempeng (plate)
yang biasanya terbuat dari Perspex. Sebelum mendingin dan memadat, pada ujung
yang dibentuk menyerupai sisir. Sisir tersebut di tancapkan pada salah satu ujung
gel yang masih cair. Dengan demikian, pada waktu gel memadat dan sisirnya
sampel molekul DNA dimasukkan. Gel agarosa yang sudah terbentuk kemudian
dimasukkan ke dalam suatu tanki yang berisi buufer yang sama dengan yang
digunakan untuk membuat gel. Buffer dapat dibuat misalnya dengan tris-asetat
kutub yang sejajar dengan lubang sampel DNA berupa kutub negative, sedangkan
kutub lainnya posistif. Oleh karena DNA bermuatan negative maka molekul-
molekul DNA akan bergerak ke arah kutub positif. Setelah beberapa waktu gel
kemudian direndam dalam larutan yang mengandung etidium bromida. Etidium
memendarkan sinar ultraviolet. Jika gel disinari dengan ultraviolet dari bawah
maka akan tampak citra berupa pita-pita pada gel. Pita-pita tersebut adalah
Molekul RNA dapat dianalisis dengan prinsip yang sama, yaitu menggunakan gel
seperti yang digunakan dalam elektroforesis DNA, namun gel yang digunakan
larutan perak nitrat yang lebih sensitive disbanding dengan Coomassie blue
(Yuwono, 2007).
dengan ukuran fragmen DNA dan jarak yang dimigrasikan melalui gel
agarose. Di sebelah kiri, ada sampel penanda yang bisa dijadikan kontrol dan
sebagai referensi untuk panjang DNA (pada pasangan basa). Di sebelah kanan
penanda, ada tiga contoh sampel DNA yang berbeda: Contoh A, Contoh B dan
jauh di seluruh gel agarose daripada fragmen DNA yang lebih besar. Jarak ini
hubungan antara ukuran fragmen DNA dan jarak yang dimigrasikan. Ini
adalah kurva negatif karena fragmen DNA semakin besar, mereka bermigrasi
Fragmen DNA
yangbervariasiukuranmolekulnyaakanberberaksesuaidengankonsentrasidari gel
bahwa ada 3 macam bentuk DNA yaitu super-helix circular (I), circular-opened
(II), dan linier (III).Meskipun ketiga bentuk itu mempunyai berat yang sama tetapi
laju migrasip ada gel elektroforesis berbeda. Perbedaan laju migrasi ini karena:
Idealnya untuk DNA ± 2kb pada gel agarose bergerak ± 5v/cm. Arah dari bidang
elektris konstans untuk DNA 50-100kb bergerak dengan laju yang sama, akan
berubah secara periodic sesuai kecepatan pergerakan DNA akan berubah juga.
DNA stabilpada temp. 4-30°C. Dan elektroforesis gel agarosa dilakukan pada
suhu kamar
deteksi asam nukleat, EtBr ini akan mengikat pada sela-sela pasangan basa DNA.
EtBr dapat mengurangi mobilitas DNA linier sampai 15%.Hanya sedikit DNA ±
1ng dapat dideteksi secara langsung dengancara gel diletakkan pada media UV-
transil luminator. EtBr dapat digunakan untuk mendeteksi single- atau double-
stranded asam nukleat (DNA atau RNA). Meskipun, affinity dariEtBr-dye ini
minimum.
tetapi efektif untuk isolasi DNA dari gel agarosa baik elektro elusi maupun
gel ekstraksi.
b. Tris-borat; resolusi cukup baik, tapi untuk mengisolasi kembali DNA dari
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
2. Perbedaan DNA dan RNA dapat lihat berdasarkan bentuk serta ukuran ,
ketika dilewatkan pada matriks gel dengan aliran listrik. DNA dan RNA
memiliki muatan negatif, dan saat berada dalam aliran listrik, akan
bermigrasi melalui gel menuju kutub positif, hanya saja Buffer yang
Campbell, N.A, J.B. Reece, and L.G. Mitchell, 2000. Biology. 6th ed. Jakarta :
Erlangga.
Lee, S.V., Bahaman, A.R. 2010. Modified gel preparation for distinct DNA
fragment analysis in agarose gel electrophoresis. Tropical Biomedicine 27(2):
351-354 (2010).
Sumber lain :
http://diazonium.wordpress.com/2012/05/18/tabel-perbedaan-dna-rna/diakses
tanggal 9 Oktober 2017.
http://hidayatulfaizah.wordpress.com/2011/03/03/perbedaan-dna-dan-rna/ diakses
tanggal 9 Oktober 2017.