Nama : Akhmad Syauqi

NIM : 113244019
Mata Kuliah : Biokimia

Mekanisme Replikasi DNA

Secara sederhana:
Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim
helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA.
Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk oligonukleotida
RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 dan 8) melekat pada seuntai
tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk
untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1). DNA
polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida
diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan
potongan-potongan lagging strand tersebut.
Salah satu tahapan penting dalam proses pertumbuhan jasad hidup adalah proses
perbanyakan bahan genetik. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai proses
replikasi. Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada
DNA yang digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Replikasi DNA
adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel, replikasi DNA terjadi
sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Penggandaan
tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in
vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).
Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuan tunggal
dinamakan replikon. Replikasi molekol DNA dimulai dari tempat khusus yang disebut titik
mula replikasi (origins of replication), bentangan pendek DNA yang memiliki sekuens
nukletida spesifik. Kromosom E. coli, seperti banyak kromosom bakteri lain melingkar dan
memiliki satu titik mula. Berkebalikan dengan kromosom bakteri, kromosom eukariot
mungkin memiliki beberapa ratus atau beberapa ribu titik mula replikasi. (Campbell, 2008)
Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai DNA, yang masing-
masing akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai DNA baru sehingga akan
diperoleh suatu gambaran yang disebut sebagai garpu replikasi. Biasanya, inisiasi replikasi
DNA, baik pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua arah (bidireksional). Dalam hal ini
dua garpu replikasi akan bergerak melebar dari ori menuju dua arah yang berlawanan hingga
tercapai suatu ujung (terminus).




Tahapan-tahapan dalam proses replikasi DNA semikonservatif
1. Inisiasi, DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously replicating
sequence) yang berperan sebagai asal muasal replikasi dan mereka saling berlawanan
dari asal bakterial (ORI). ARCs terdiri atas 11 pasangan landasan rentetan tambah dua
atau tiga rentetan nucleotida pendek tambahan dengan 100 hingga 200 pasangan
landasan sepanjang area DNA. Grup utama dari enam protein, secara kolektif dikenal
dikenal sebagai ORC (Origin Recognition Complex), mengikat asal muasal replikasi,
menandai replikasi DNA dengan tepat pada saat waktu yang sesuai melalui siklus sel.
Pengenalan situs awal replikasi, oleh suatu protein komponen polymerase DnaA yang
dihasilkan oleh gen dnaA.
2. Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication
fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini
dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang
menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing-masing cabang tersebut menjadi cetakan untuk pembentukan dua untaian
DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase
membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA) yang
dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer.
3. Pemanjangan Untaian DNA. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
menambahkan nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3 hidroksil
bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA
baru (DNA anak) disintesis dari arah 53, sedangkan DNA polimerase bergerak
pada DNA induk dengan arah 35. Namun demikian, salah satu untaian DNA
induk pada garpu replikasi berorientasi 35, sementara untaian lainnya berorientasi
53, dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 53.
Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut
4. Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand)
ialah untaian DNA disintesis dengan arah 53 secara berkesinambungan. Pada
untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3-OH
bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara
berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.
5. Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada
sisi yang berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini
disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Panjang fragmen
okazaki mencapai sekitar 2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel bakterial dan
sekitar 200 panjang nukelotides dalam sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini, primase
membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan
gugus OH 3 bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah
53. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H
dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi
celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-
fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.
DNA polymerases tidak mampu mengisi ikatan kovalen yang hilang. Celah yang
tersisa direkat oleh DNA ligase. Enzim ini mengkatalis pembentukan ikatan
phosphodiester antara 3 OH dari salah satu helaian dari 5-P dari helaian yang
lain.DNA ligase diaktifkan oleh AMP (adenosine monophosphate) sebagai cofactor
(faktor pengendali). Dalam E.coli, AMP dibawa dari nucleotide NAD+. Dalam sel-sel
eukaryotik, AMP ditandai dari ATP. Ligase-ligase tidak dilibatkan dalam
pemanjangan rantai; melainkan, mereka berperan pemasang enzim-enzim untuk
perekatan celah melalui molekul DNA.
6. Modifikasi Post-Replikasi DNA, Setelah DNA direplikasikan, dua helaian tersintesis
terbaru dipasangkan ke modifikasi enzimatik. Perubahan-perubahan ini biasanya
melibatkan penambahan molekul-molekul tertentu untuk mengkhususkan titik-titik
sepanjang helix ganda. Pada cara ini, tags sel, atau label-label, DNA, sehingga ini bisa
membedakan material genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing yang mungkin bisa
masuk ke dalam sel. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin juga mempengaruhi
cara molekul diikat. DNA merupakan faktor utama modifikasi dengan penambahan
kelompok methyl ke beberapa adenine dan residu-residu cytosine. Grup methyl
ditambahkan oleh DNA methylasess setelah nucleotides telah digabungkan dengan
DNA polymerases.
Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine dan methylasi dari
adenine membentuk 6-methyladine. Methyladine lebih umum daripada
methylcytosine dalam sel-sel bakterial, di mana dalam sel-sel eukaryotik, grup methyl
paling banyak ditambahkan ke cytosine. Methylase muncul hanya pada beberapa
rentetan nucleotide khusus. Dalam sel-sel eukaryotik, sebagai contoh, methylasi
secara umum muncul pada saat cytosine berdampingan ke guanine di sisi 3-OH (5
P-CG-3OH).Pola methylasi bersifat spesifik untuk spesies yang diberikan, berperan
seperti tanda tangan untuk DNA spesies tersebut. Hal ini patut diperhatikan karena
grup methy melindungi DNA melawan perlawanan enzim-enzim tertentu disebut
restriction endonucleases Oleh karena itu DNA asing melalui sebuah sel dicerna
dengan restriction endonucleases. Dalam sel tertentu, restriction endonucleases
bisa memotong DNA di titik khusus tertentu di mana DNA methylase menambah
sebuah grup methyl.
Pola methylasi melindungi DNA dari cernaan oleh sel yang memiliki endonucleases
tapi tidak melawan pembatasan enzim-enzim yang diproduksi sel-sel spesies yang
lain. Pembatasan ini menyederhanakan pertukaran DNA antar sel dari spesies yang
diproduksi sel-sel spesies yang berbeda. Methylasi DNA pada titik-titik tertentu
mungkin akan berakhir pada konversi terdekat dari B-DNA ke bentuk-bentuk Z-
DNA. Dalam bentuk B-DNA, grup-grup hydropholic methyl dari alur utama,
menghasilkan pengaturan yang tepat. Dengan mengubahnya ke bentuk Z, grup-grup
methyl membentuk area hydropholik yang membantu menstabilkan DNA. Konversi
lokal ini (dari B-DNA ke Z-DNA) mungkin mempengaruhi fungsi beberapa gen.