KELENGKAPAN DAN KEBENARAN PENJELASAN MENGENAI

DOGMA SENTRAL: KODE GENETIK, TRANSKRIPSI, MODIFIKASI

PASCA TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

PAPER
Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Genetika

Yang dibina oleh Bapak Mohamad Amin, S.Pd, M.Si, Dr

dan Ibu Erti Hamimi, S.Pd., M.Sc

DisusunOleh:
1. Choirun Nisa’ (160351606466)
2. Dinas Iriandana (160351606403)
3. Moneyta Kurnia Pangestu (160351606467)
4. Rani Anggun Anggraini (160351606426)
Kelompok 6
Offering A

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PRODI PENDIDIKAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
Maret 2019

A. Dogma Sentral

Dogma sentral biologi menjelaskan mengenai proses perubahan gen dari

DNA menjadi RNA, dan RNA menjadi protein. Dogma ini menjelaskan
bagaimana proses pembacaan materi genetik menjadi protein yang berperan
di setiap tahap metabolisme di dalam tubuh suatu organisme (Bettelheim et
al, 1984) Sebagai pernbawa informasi genetika, DNA rnempunyai dua
fungsi utama: 1) rnembuat kopi yang tepat dari pada dirinya sendiri pada
waktu proses repllkasi atau duplikasi dan 2) rneneruskan koda-koda
 informasi yang dimiliki ke.nRNA (tnessenger RNA) pada waktu proses
transkripsi. Dengan demikian mRNA kelaknya dapat menterjemahkan
(mengtranslasikan) informasi-informasi "bahasa dalam 4 huruf" dari pada
asam nukleat ke dalam "bahasa dalam 24 huruf" darl pada protein. Konsep
ini (gambar 1) merupakan dasar yang terkenal sebagai Dogma Sentral yang
dlkemukakan oleh Crick (2) pada tahun 1958.
Dogma yang berlaku universal ini menyatakan bahwa sekali informasi
telah diteruskan menjadi protein, maka tidak dapat dikembalikan menjadi
bentuk asalnya (DNA). Aliran informasi dari asam nukleat ke asam nukleat
memang memungkinkan, tetapi aliran informasi dari protein ke asam
nukleat atau dari protein ke protein tidak memungkinkan. Dogma sentral
terdiri dari tiga tahap yaitu replikasi, transkripsi dan translasi.
Sentral dogma terdiri dari tiga proses yaitu : 1. Replikasi, yaitu proses penggandaan
DNA. Maksudnya dari satu DNA dibuat tiruannya sehingga menjadi 2 DNA. 2.
Transkripsi, yaitu proses pengkopian untutai DNA menjadi mRNA, dimana mRNA ini
yang nantinya menjadi cetakan untuk satu atau beberapa macam protein. Jadi transkripsi
tidak mengkopi seluruh untai DNA namun hanya bagian tertentu yang spesifik untuk
protein tertentu. 3. Translasi, yaitu tahap produksi protein berdasarkan pada cetakan yang
dibuat oleh mRNA. Tahap replikasi dilakukan untuk memasok DNA pada
setiap organisme, sedangkan tahap transkripsi bertujuan untuk menulis
ulang DNA dalam bentuk mRNA (messenger RNA). Tahap translasi untuk
menterjemahkan mRNA tersebut menjadi suatu protein.

Gambar 1. Tahap dalam sentral dogma

B. TRANSKRIPSI

1. Transkripsi Pada Prokariot

 Transkripsi merupakan langkah pertama dalam ekspresi gen yang
mentransfer informasi genetik yang tersimpan dalam dna (gen) menjadi
molekul rna messenger yang membawa informasi ke ribosom yang
merupakan tempat sintesis protein di dalam sitoplasma. ciri-ciri transkripsi
pada prokariot dan eukariot itu sama, tapi banyak dari promotor memiliki
urutan yang berbeda. rna polimerase dari e. coli mengkatalisis semua sintesis
rna pada spesies ini. rna polimerase archaea memiliki struktur yang sangat
berbeda. segmen dna yang ditranskripsi untuk menghasilkan satu molekul rna
disebut unit transkripsi. unit transkripsi mungkin setara dengan gen
individual, atau mereka mungkin termasuk beberapa gen yang berdekatan.
sebagian besar transkrip membawa urutan pengkodean beberapa gen yang
umum di bakteri. proses transkripsi dapat dibagi menjadi tiga tahap: (1)
inisiasi rantai rna yang baru, (2) pemanjangan rantai, dan (3) penghentian
transkripsi dan pelepasan molekul rna baru (_ gambar 11.7).

dalam proses transkripsi, ahli biologi sering menggunakan istilah

upstream dan downstream untuk merujuk daerah-daerah yang terletak ke
arah ujung 5’ dan ujung 3’, secara berturut-turut, pada transkrip terletak
pada beberapa tempat di molekul mrna. istilah-istilah ini didasarkan pada
kenyataan bahwa sintesis rna selalu terjadi di ujung 5’ ke arah ujung 3’.
daerah upstream dan downstream pada gen adalah urutan dna spesifik
yang sesuai segmen 5’ dan 3’ transkrip mereka yang sesuai pada titik
acuan spesifik.
2. RNA POLIMERASE: ENZIM COMPLEKS
RNA polimerase yang mengkatalis kompleks transkripsi, yaitu protein
multimeric. rna polimerase e. coli memiliki molekul bobot sekitar 480.000
dan terdiri dari lima polipeptida. dua dari rna polimerase ini adalah identik;
dengan demikian, enzim mengandung empat polipeptida yang berbeda.
molekul rna polimerase yang komplit yaitu holoenzyme, memiliki komposisi
α2ββ’σ. subunit σ yang terlibat dalam perakitan inti tetrameric (α2ββ’) pada
rna polimerase. subunit β mengandung ribonukleosida trifosfat sebagai
tempat mengikat (binding site), dan subunit β’ mengandung template tempat
mengikat DNA. salah satu subunit, yaitu sigma (σ) faktor, terlibat hanya
dalam inisiasi transkripsi; yang berperan dalam perpanjangan rantai. setelah
inisiasi rantai rna telah terjadi, faktor σ dilepaskan, dan perpanjangan rantai
dikatalisis oleh enzim inti (α2ββ’). fungsi dari sigma adalah untuk mengenali
dan mengikat rna polimerase ke inisiasi transkripsi atau tempat promotor
dalam dna. enzim inti (tanpa σ) akan mengkatalis sintesis rna dari template
dna in vitro, namun, dengan demikian akan menginisiasi rantai rna di tempat
yang acak pada kedua untai dna. sebaliknya, holoenzyme (mengandung σ)
menginisiasi rantai rna in vitro hanya pada tempat yang digunakan pada in
vivo.

3. Inisiasi Of Rantai RNA

Inisiasi pada rantai rna melibatkan tiga langkah: (1) pengikatan rna
polimerase holoenzyme ke daerah promotor dalam dna; (2) lokalisasi
pembukaan dari dua untai dna oleh rna polimerase, menyediakan template
untai bebas untuk dasar pasangan dengan memasukkan ribonucleotides; dan
(3) pembentukan ikatan fosfodiester antara beberapa ribonucleotides pertama
di rantai rna yang baru. holoenzyme tetap terikat pada wilayah promotor
selama sintesis pada ikatan delapan pertama atau sembilan; kemudian faktor
sigma dilepaskan, dan enzim inti memulai tahap pemanjangan pada sintesis
rna. selama inisiasi, rantai pendek dari 2-9 ribonucleotides disintesis dan
dilepaskan. kegiatan ini berhenti setelah rantai 10 atau lebih ribonucleotides
telah disintesis dan rna polimerase mulai bergerak ke hilir (downstream) pada
promotor. dengan ketentuan, pasang nukleotida atau nukleotida yang
berdekatan untuk unit transkripsi diberi nomor relatif terhadap tempat inisiasi
transkrip (menunjukkan +1) yaitu pada pasangan nukleotida yang sesuai
dengan yang pertama (5’) pada nukleotida dari transkrip rna. pasangan basa
yang mengawali sebagai tempat inisiasi diberikan awalan minus (-); yang
mengikuti (relatif terhadap arah transkripsi) tempat inisiasi diberikan awalan
plus (+). urutan nukleotida yang mendahului tempat inisiasi yang disebut
sebagai urutan hulu (upstream sequences); yang mengikuti tempat inisiasi
disebut urutan hilir (downstream sequence).
seperti disebutkan sebelumnya, subunit sigma dari rna polimerase
memediasi ikatannya untuk promotor dalam dna. ratusan promotor e. coli
telah diurutkan dan ditemukan dengan sangat sedikit memiliki kesamaan. dua
urutan pendek dalam promotor ini cukup untuk dikenal, tapi bahkan ini jarang
identik dalam dua promotor yang berbeda. titik tengah dari dua sekuens
urutan terjadi antara 10 dan 35 pasang nukleotida, yaitu sebelum tempat
transcripti-inisiasi (_ gambar 11.8).

dengan demikian mereka disebut urutan -10 dan urutan -35.

meskipun urutan ini sedikit berbeda dari gen ke gen, beberapa nukleotida
sangat tahan. urutan nukleotida yang ditunjukkan seperti dalam elemen
genetik yang paling sering disebut urutan konsensus (consensus
sequences). urutan konsensus -10 di nontemplate untai tataat; urutan
konsensus -35 adalah ttgaca. subunit sigma awalnya dikenal dan diikat pada
 urutan -35; dengan demikian, urutan ini kadang-kadang disebut urutan
pengenalan (recognition sequence). urutan -10 yang banyak mengandung at
memfasilitasi lokalisasi pembukaan dna, yang merupakan prasyarat penting
untuk sintesis rantai rna yang baru. jarak antara urutan -35 dan -10 di e. coli
promotor, tidak pernah menjadi kurang dari 15 atau lebih dari 20 pasang
nukleotida panjang. selain itu, bagian pertama atau 5’ yang terkandung di rna
e. coli biasanya (>90 persen) purin.

4. Pemanjangan Rantai Rna

Pemanjangan rantai rna dikatalisis oleh inti enzim rna polimerase,
setelah melebaskan subunit σ. perpanjangan kovalen rantai rna berlangsung
dalam gelembung transkripsi, sebagai tempat pembukaan segmen dna.
molekul rna polimerase mengandung kegiatan pembukaan dna dan aktivitas
penutupan/menggulung dna. rna polimerase terus membuka rantai double
helix dna menjelang polimerisasi dan menggulung/menutup untaian dna
komplementer dibelakang tempat polimerisasi ketika bergerak sepanjang
helix ganda (_ gambar 11.9).
 di e. coli, rata-rata panjang gelembung transkripsi adalah 18 pasang
nukleotida, dan sekitar 40 ribonucleotides menyatu ke dalam pertumbuhan
rantai rna per detik. rantai rna yang baru dipindahkan dari untai template dna,
sebagai rna polimerase bergerak di sepanjang molekul dna. wilayah transient
dasar-pasangan antara rantai tumbuh dan dna template untai sangat singkat,
mungkin hanya tiga pasangan basa panjang. stabilitas kompleks transkripsi
dipertahankan terutama oleh pengikatan dna dan pertumbuhan rantai rna pada
rna polimerase, bukan oleh pasangan basa yang terletak diantara untai
template dna dan rna yang baru.
5. Penghentian/Terminasi Rna Rantai
pemutusan rantai rna terjadi ketika rna polimerase bertemu dengan
penghentian sinyal (termination signal). ketika hal itu terjadi, transkripsi
kompleks berdisosiasi, melepaskan molekul rna yang baru. ada dua jenis
terminator transkripsi di e. coli. tipe pertama dihasilkan pada proses
penghentian hanya karena adanya protein yang disebut rho (ρ); karena itu,
urutan penghentian tersebut disebut rhodependent terminator. tipe yang lain
pada proses penghentian transkripsi tanpa melibatkan rho; urutan tersebut
bernama rho-independent terminators. rho-independent terminators
mengandung daerah yang kaya gc diikuti oleh enam atau lebih pasangan basa
at, dengan adanya a’ di untaian template (_ gambar 11.10, atas).

urutan nukleotida yang kaya gc mengandung urutan nukleotida yang

terbalik dalam setiap helai dna dan saling melengkapi. ketika ditranskrip,
daerah urutan terbalik ini menghasilkan rna untai tunggal yang berupa urutan
pasangan basa dan bentuk struktur yang melengkung (gulungan, hairpin)
(gambar 11.10, bawah). rna struktur hairpin segera terbentuk setelah sintesis
 dari daerah pada rantai rna dan menghambat pergerakan molekul rna
polimerase di sepanjang dna, menyebabkan jeda dalam ekstensi atau
perpanjangan rantai. karena pasangan basa au lemah, maka membutuhkan
lebih sedikit energi untuk memisahkan basa dari salah satu pasangan basa
standar lainnya, perjalanan u’ setelah menggulung (hairpin) daerah digunakan
untuk pelepasan rantai rna yang baru disintesis dari template dna ketika
struktur hairpin menyebabkan rna polimerase berhenti pada tempat ini.
mekanisme dengan rho-dependent termination pada transkripsi terjadi
mirip pada rho-independent termination bahwa keduanya melibatkan
pembentukan ikatan hidrogen pada sisi terminasi. dalam kedua kasus, hairpin
ini menghambat pergerakan rna polimerase, sehingga menyebabkan ia
berhenti. namun, rho-dependent terminators mengandung dua urutan
tambahan: a 50-90 pasang nukleotida urutan hulu (upstream) dari
pengulangan urutan yang terbalik yang menghasilkan untai rna dengan
banyak c’ tetapi beberapa g’, oleh karena itu tidak terbentuk hairpin atau
struktur sekunder lainnya, dan urutan spesifik situs pengikatan protein rho
disebut rut (rho utilization) dekat ujung 3’ pada transkrip. ikatan protein rho
pada urutan rut dalam transkrip dan bergerak dari 5’ ke 3’ mengikuti rna
polimerase. ketika polimerase bertemu hairpin, hal ini akan berhenti,
membiarkan rho untuk menangkap dengan melewati hairpin, dan
menggunakan aktivitas helikase untuk membuka pasangan basa dna/rna di
ujung atau terminal dan melepaskan rna transkrip.

6. Concurrent Transcription, Translation, And Mrna Degradation

dalam prokariot, translasi dan degradasi molekul mrna sering dimulai
sebelum sintesis (transkripsi) selesai. karena molekul mrna disintesis,
ditranslasi, dan didegradasi pada arah 5’ ke 3’, ketiga proses tersebut bisa
terjadi secara bersamaan pada molekul rna yang sama. dalam prokariot,
polypeptidesynthesizing tidak terpisahkan dengan pelindung nukleus pada
tempat sintesis mrna. karena itu, ketika ujung 5’ sebuah mrna telah disintesis,
dapat segera digunakan sebagai template untuk sintesis polipeptida. memang,
transkripsi dan translasi sering tergabung di prokariota. oscar miller, barbara
hamkalo, dan rekannya mengembangkan teknik yang memungkinkan mereka
 untuk memvisualisasikan penggabungan ini antara transkripsi dan translasi
pada bakteri dengan mikroskop elektron. salah satu dari foto mereka yang
menunjukkan transkripsi pada gen dan produk dari translasi mrna di e. coli
dihasilkan dalam _ gambar 11.11.

7. Transkripsi Dan Pengolahan Rna Pada Eukariot

meskipun keseluruhan proses sintesis rna antara prokariot dan
eukariot mirip, namun proses ini jauh lebih kompleks pada eukariota. pada
eukariota, rna disintesis di inti, dan sebagian besar rna yang mengkode
protein harus diangkut ke sitoplasma untuk ditranslasi pada ribosom. ada
bukti yang menunjukkan bahwa beberapa translasi terjadi di inti; namun,
sebagian besar jelas terjadi dalam sitoplasma. mrna prokariotik sering
mengandung daerah pengkodean dua atau lebih gen; mrna tersebut dikatakan
multigenic. sebaliknya, banyak dari transkrip eukariotik yang telah ditandai
mengandung daerah pengkode gen tunggal (yang monogenik). namun
demikian, hingga seperempat dari unit transkripsi di cacing kecil
caenorbabditis elegans kemungkinan multigenic. lebih jelasnya, mrna
eukariotik mungkin bisa termasuk dalam monogenik atau multigenic.
lima enzim yang berbeda mengkatalisis transkripsi pada eukariota,
dan transkrip rna yang dihasilkan menjalani tiga modifikasi penting, termasuk
eksisi urutan noncoding disebut intron. urutan nukleotida beberapa transkrip
rna dimodifikasi posttranscriptionally dengan mengedit rna.
lima perbedaan rna polimerase pada eukariot, dan masing-masing
enzim mengkatalisis transkripsi kelas tertentu dari gen. selain itu, pada
eukariot, mayoritas dari transkrip utama gen yang mengkodekan polipeptida
menjalani tiga modifikasi besar sebelum transport mereka ke sitoplasma
untuk translasi (_ gambar 11.12).

1. 7-methyl guanosin ditambahkan ke ujung 5’ dari transkrip primer.

2. ujung poli (a) ditambahkan ke 3’ dari transkrip, yang dihasilkan oleh
pembelahan bukan oleh penghentian atau terminasi perpanjangan rantai.
3. urutan intron yang disambung dari transkrip.
ujung 5’ pada kebanyakan mrna eukariotik adalah residu guanosin 7-
metil yang bergabung ke nukleosida awal transkrip oleh 5’-5’ sambungan
fosfat. 3’ ujung poli (a) adalah saluran polyadenosine 20 sampai 200
nukleotida panjang.
pada eukariota, populasi transkrip primer dalam inti disebut
heterogen rna nuklear (hnrna) karena variasi yang besar pada ukuran
disajikan dalam molekul rna. bagian utama dari hnrnas ini noncoding urutan
intron, yang keluar dari transkrip primer dan terdegradasi dalam inti. dengan
demikian, banyak hnrna sebenarnya terdiri dari molekul pra-mrna yang
menjalani berbagai kegiatan pengolahan sebelum meninggalkan inti. juga,
pada eukariot, transkrip rna yang dilapisi dengan ikatan protein rna selama
atau segera setelah sintesis mereka. protein ini melindungi gen transkrip dari
degradasi oleh ribonucleases, enzim yang mendegradasi molekul rna selama
pemrosesan dan transportasi ke sitoplasma. rata-rata masa transkrip gen pada
eukariota sekitar lima jam, berbeda dengan masa rata-rata kurang dari lima
 menit pada e. coli. meningkatkan stabilitas transkrip gen pada eukariota
disediakan, setidaknya sebagian, oleh interaksi mereka dengan ikatan protein
rna.

8. Lima Rna Polimerase / Lima Set Gen

RNA polimerase tunggal mengkatalisis semua transkripsi di e. coli,
eukariot mulai kompleksitas dari ragi bersel tunggal bagi manusia
mengandung dari tiga lima polimerase rna yang berbeda. tiga enzim, yang
ditunjuk yaitu rna polimerase i, ii, dan iii, yang telah banyak dikenal pada
sebagian eukariot. ketiganya lebih kompleks, dengan 10 atau lebih subunit,
dari e. coli rna polimerase. selain itu, berbeda itu e. coli enzim, semua rna
polimerase eukariotik memerlukan bantuan dari protein lainnya yang disebut
faktor transkripsi dalam urutan untuk memulai sintesis rantai rna. fitur
kunci dari lima eukariotik polimerase rna dirangkum dalam tabel 11.1.

rna polimerase i terletak pada nucleolus, daerah yang berbeda dari nukleus di
mana rrna disintesis dan dikombinasikan dengan protein ribosom. rna
polimerase i mengkatalisis sintesis semua rna ribosom kecuali sebagian kecil
5s rrna. rna polimerase ii mentranskripsi gen nuklear yang menyandi protein
dan gen lain yang menspesifikasi hnrnas. rna polimerase iii mengkatalisis
sintesis pada transfer molekul rna, molekul 5s rrna, dan nuklear kecil rna. saat
ini, rna polimerase iv dan v dapat diidentifikasi hanya pada tanaman; namun,
ada petunjuk bahwa mereka mungkin ada dalam eukariot lainnya, terutama
jamur. rna polimerase iv dan v berperan penting dalam mematikan transkripsi
gen dengan memodifikasi struktur kromosom, proses yang disebut kromatin
 renovasi. kromatin renovasi terjadi ketika histon pada ujung di nukleosom
secara kimiawi dimodifikasi dan protein berinteraksi dengan kelompok-
kelompok yang dimodifikasi, menyebabkan kromatin untuk menjadi lebih
atau kurang memadat. rna polimerase iv mensintesis transkrip yang diproses
menjadi rnas pendek yang disebut small interfering rnas (sirnas) yang
merupakan regulator penting dari ekspresi gen. salah satu mekanisme
melibatkan interaksi dengan protein lain untuk memodifikasi (memadat atau
mengendor) struktur kromatin. rna polimerase v mensintesis bagian dari
sirnas dan noncoding (antisense) transkrip gen yang diatur oleh sirnas.
meskipun rincian dari proses masih sedang bekerja, tampaknya mungkin
bahwa sirnas berinteraksi dengan noncoding transkrip dan nukleosom terkait
beberapa protein yang ditandai, sedang kromatin yang lain tidak memadat ke
dalam struktur yang tidak dapat ditranskripsi.

9. Inisiasi Pada Rantai RNA

Tidak seperti pada prokariotik, polimerase rna eukariotik tidak bisa
memulai transkripsi sendiri. semua kelima polimerase rna eukariotik
membutuhkan bantuan faktor transkripsi protein untuk memulai sintesis
rantai rna. memang, faktor transkripsi ini harus mengikat ke daerah promotor
dalam dna dan membentuk kompleks inisiasi yang sesuai sebelum rna
polymerase akan mengikat dan memulai transkripsi. promotor yang berbeda
dan faktor transkripsi dimanfaatkan oleh rna polimerase. pada bagian ini, kita
fokus pada inisiasi sintesis pra-mrna oleh rna polimerase ii, yang
mentranskripsi sebagian besar gen eukariotik.
dalam semua kasus, inisiasi transkripsi melibatkan pembentukan lokal
segmen pembukaan dna, menyediakan untai dna yang bebas berfungsi
sebagai template untuk sintesis untai komplementer rna. itu pembentukan
segmen lokal pembukaan dna diperlukan untuk memulai transkripsi
melibatkan interaksi beberapa faktor transkripsi dengan urutan tertentu di
promotor untuk unit transkripsi. para promotor diakui oleh rna polimerase ii
terdiri dari unsur pendek, atau modul, terletak di hulu (upstream) dari titik
awal transkripsi. komponen promotor dari gen kinase timidin tikus
ditunjukkan pada _ gambar 11.13.
promotor lain yang dikenal oleh rna polimerase ii hanya terkandung beberapa,
tidak semua, pada komponen ini. unsur terdekat situs transkripsi dimulai (posisi
+1) disebut kotak tata (tata box); yang memiliki konsensus urutan tataaaa
(membaca 5’ ke 3’ pada untai nontemplate) dan berpusat pada posisi -30. kotak
tata berperan penting dalam posisi titik awal transkripsi. unsur kedua disebut
kotak caat (caat box); itu biasanya terjadi di dekat posisi -80 dan memiliki
urutan konsensus ggccaatct. dua lainnya yaitu gc box, konsensus gggcgg, dan
octamer box, konsensus atttgcat, sering hadir dalam promotor rna polimerase ii;
mereka mempengaruhi efisiensi promotor dalam memulai transkripsi
inisiasi transkripsi pada rna polimerase ii membutuhkan bantuan dari
beberapa faktor transkripsi basal. faktor transkripsi lainnya dan urutan
pengaturan yang disebut enhancers dan silencers memodulasi efisiensi inisiasi.
faktor-faktor basal transkripsi harus berinteraksi dengan promotor dalam urutan
yang benar untuk memulai transkripsi efektif (_ gambar 11.14).
setiap faktor transkripsi basal dilambangkan tfiix (transcription faktor x untuk
rna polimerase ii, dimana x adalah surat mengidentifikasi faktor individual).
tfiid adalah faktor pertama transkripsi basal untuk berinteraksi dengan
promotor; mengandung protein tata-binding (tbp) dan beberapa protein tbp
 associated kecil (gambar 11.14). berikutnya, tfiia bergabung secara kompleks,
diikuti oleh tfiib. tfiif rekan pertama dengan rna polimerase ii, dan kemudian
tfiif dan rna polimerase ii bergabung dengan transkripsi inisiasi kompleks
bersama-sama. tfiif berisi dua subunit, salah satu yang memiliki aktivitas
pembukaan dna. dengan demikian, tfiif mungkin mengkatalisis pembukaan
lokal dari dna helix ganda diperlukan untuk memulai transkripsi. tfiie
kemudian bergabung inisiasi kompleks, mengikat dna hilir dari transkripsi
titik awal. dua faktor lainnya, tfiih dan tfiij, bergabung secara kompleks
setelah tfiie, namun lokasi mereka di kompleks tidak diketahui. tfiih memiliki
aktivitas helikase dan berjalan dengan rna polimerase ii selama elongasi,
pembukaan untai di wilayah transkripsi (yang “transkripsi bubble”).
RNA polimerase i dan iii memulai transkripsi oleh proses yang mirip,
tapi agak sederhana, dari yang digunakan oleh polimerase ii, sedangkan
proses yang digunakan oleh polimerase rna iv dan v saat ini sedang dalam
investigasi. promotor gen ditranskripsi oleh polimerase i dan iii yang sangat
berbeda dari yang digunakan oleh polimerase ii, bahkan meskipun mereka
kadang-kadang mengandung beberapa unsur yang sama. rna polimerase i
promotor yang bipartit, dengan urutan inti memperluas kira-kira -45 sampai
+20, dan elemen kontrol hulu memperluas dari -180 ke +105. kedua daerah
memiliki urutan yang sama, dan keduanya kaya akan gc. urutan inti cukup
untuk inisiasi; namun, efisiensi inisiasi yang sangat ditingkatkan dengan
kehadiran elemen kontrol hulu. menariknya, promotor dari sebagian besar gen
ditranskripsi oleh rna polimerase iii terletak di dalam unit transkripsi, hilir
dari startpoints transkripsi, bukan hulu seperti di unit ditranskrip oleh rna
polimerase i dan ii. promotor gen lain ditranskrip oleh polimerase iii terletak
hulu dari transkripsi awal situs, seperti untuk polimerase i dan ii. sebenarnya,
polimerase iii promotor dapat dibagi menjadi tiga kelas, dua di antaranya
telah promotor terletak dalam unit transkripsi.

10. Pemanjangan Rantai Rna Dan Penambahan Guanosin Metil Pada Ujung
5’
setelah polimerase rna eukariotik telah dibebaskan dari inisiasi
kompleks mereka, mereka mengkatalisasi rna rantai perpanjangan oleh yang
sama mekanisme sebagai polimerase rna dari prokariota (see angka 11,5 dan
11,6). studi tentang struktur kristal dari berbagai rna polymerase memiliki
memberikan gambaran yang baik tentang fitur kunci dari enzim penting ini.
meskipun rna polimerase bakteri, archaea, dan eukariot memiliki substruktur
yang berbeda, fitur utama mereka dan mekanisme aksi yang cukup mirip.
struktur kristal rna polimerase ii (resolusi 0,28 nm) dari s. cerevisiae
ditunjukkan pada _ gambar 11.15

sebuah skema diagram yang menunjukkan fitur struktural polimerase

rna dan interaksi dengan dna dan rna transkrip tumbuh ditunjukkan pada _
gambar 11.15b. awal proses perpanjangan, ujung 5’ eukariotik pre-mrna yang
dimodifikasi dengan penambahan 7-methyl guanosin (7-mg). 7-mg ini
ditambahkan ketika rantai rna tumbuh hanya sekitar 30 nukleotida (_ gambar
11.16). 7-mg berisi tidak biasa 5’-5’ trifosfat linkage dan dua atau lebih
kelompok metil. ujung 5’ ditambahkan co-transcriptionally oleh jalur
biosintesis ditampilkan pada gambar 11.16. topi 7-mg diakui oleh faktor-
faktor protein terlibat dalam inisiasi translasi (bab 12) dan juga membantu
melindungi rantai rna tumbuh dari degradasi oleh nucleases. ingat bahwa gen
eukariotik yang hadir di kromatin terorganisir ke nukleosom (bab 9).
bagaimana rna polimerase transkripsi dna dikemas dalam nukleosom? apakah
nukleosom yang harus dibongkar sebelum dna di dalamnya dapat
ditranskripsi? heran, rna polimerase ii mampu bergerak melewati nukleosom
dengan bantuan kompleks protein yang disebut fakta ( facilitates chromatin
transcription), yang menghilangkan histone dimer h2a / h2b dari nukleosom
meninggalkan histone “hexasomes.” setelah bergerak polimerase ii masa lalu
 nukleosom, fakta dan protein aksesori lainnya membantu redeposit yang
dimer histone, memulihkan struktur nukleosom. juga, kita harus mencatat
bahwa kromatin yang berisi gen aktif sedang ditranskrip memiliki struktur
kurang kompak dari kromatin yang berisi gen tidak aktif. kromatin di mana
gen aktif dikemas cenderung mengandung histon dengan banyak kelompok
asetil, sedangkan kromatin dengan gen tidak aktif mengandung histon dengan
asetil lebih sedikit kelompok.

11. RNA editing: MENGUBAH INFORMASI ISI MRNA MOLEKUL

menurut dogma sentral biologi molekuler, informasi genetik mengalir
dari dna untuk rna ke protein selama ekspresi gen. biasanya, informasi
genetik tidak diubah dalam perantara mrna. namun, penemuan editing rna
memiliki menunjukkan bahwa pengecualian terjadi. proses editing rna
mengubah isi informasi transkrip gen dalam dua cara: (1) dengan mengubah
struktur dasar individu dan (2) dengan menyisipkan atau menghapus residu
monofosfat uridin. jenis pertama dari editing rna, yang menghasilkan
substitusi satu dasar untuk dasar lain, jarang terjadi. jenis pengeditan
ditemukan dalam studi tentang apolipoprotein-b (apo-b) gen dan mrna pada
kelinci dan manusia. apolipoprotein adalah protein darah bahwa transportasi
jenis tertentu dari molekul lemak dalam sistem peredaran darah. dalam hati,
apo-b mrna mengkode protein 4563 asam amino besar panjang. dalam usus,
apo-b mrna mengarahkan sintesis protein hanya 2153 asam amino panjang. di
sini, c residu dalam pra-mrna diubah menjadi u, menghasilkan uaa internal
yang translation-terminasi kodon, yang menghasilkan apolipoprotein
dipotong (_ gambar 11.18).
UAA adalah salah satu dari tiga kodon yang mengakhiri rantai polipeptida
selama terjemahan. jika kodon uaa dihasilkan dalam daerah pengkode mrna, itu
akan prematur mengakhiri polipeptida selama terjemahan, menghasilkan produk
gen yang tidak lengkap. c → u konversi dikatalisis oleh rna-binding protein
urutan spesifik dengan suatu kegiatan yang menghilangkan kelompok amino dari
residu sitosin. sebuah contoh yang serupa editing rna telah didokumentasikan
untuk mrna menentukan protein (glutamat yang reseptor) hadir dalam sel-sel
otak tikus. editing mrna lebih luas dari c→ u terjadi di mitokondria tanaman, di
mana sebagian besar transkrip gen yang diedit untuk beberapa derajat.
mitokondria memiliki genom dna mereka sendiri dan mesin sintesis protein.
dalam beberapa transkrip hadir dalam mitokondria tanaman, sebagian besar c
dikonversi ke u residu. a, jenis yang lebih kompleks kedua editing rna terjadi di
mitokondria dari trypanosomes (kelompok protozoa flagellated yang
menyebabkan penyakit tidur pada manusia). dalam hal ini, monofosfat uridin
residu dimasukkan ke dalam (kadang-kadang dihapus dari) transkrip gen,
menyebabkan perubahan besar dalam polipeptida yang ditentukan oleh mrna
yang molekul. proses editing rna ini dimediasi oleh rna panduan ditranskrip
dari gen mitokondria yang berbeda. rna panduan mengandung urutan yang
sebagian melengkapi pra-mrna menjadi diedit. pairing antara rna panduan dan
hasil pre-mrna kesenjangan dengan a residu berpasangan dalam rna panduan.
 panduan rna berfungsi sebagai template untuk mengedit, sebagai u dimasukkan
dalam kesenjangan dalam premrna molekul sebaliknya a dalam rna panduan.
mengapa proses editing rna ini terjadi? mengapa final urutan nukleotida mrna ini
tidak ditentukan oleh urutan gen mitokondria karena mereka dalam gen nuklir
yang paling? belum, jawaban pertanyaan-pertanyaan menarik adalah murni
spekulatif. trypanosomes adalah primitif eukariota bersel tunggal yang
menyimpang dari eukariota lainnya di awal evolusi. beberapa evolusionis
berspekulasi bahwa editing rna adalah umum di sel kuno, di mana banyak reaksi
diperkirakan memiliki telah dikatalisasi oleh molekul rna bukan protein.
pandangan lain adalah bahwa editing rna merupakan mekanisme primitif untuk
mengubah pola gen ekspresi. untuk alasan apapun, editing rna memainkan peran
utama dalam ekspresi gen dalam mitokondria trypanosomes dan tanaman.

C. KODE GENETIK

1. Anemia Sel Sabit: Efek yang Menghancurkan dari Perubahan

Pasangan Basa Tunggal
Pada tahun 1904, James Herrick, seorang dokter dari Chicago, dan Ernest
Irons, seorang dokter magang yang bekerja di bawah pengawasan Herrick,
memeriksa sel-sel darah dari salah satu pasien mereka. Mereka menemukan
bahwa banyak sel darah merah dari seorang laki-laki muda berbentuk kurus dan
memanjang, sangat kontras dengan bentuk sel-sel darah merah pasien mereka
yang lain yang berbentuk bulat seperti kue donat. Mereka pun memeroleh sampel
darah segar dan mengulangi pemeriksaan mikroskopis tersebut beberapa kali,
namun selalu mendapatkan hasil yang sama. Darah pasien ini selalu berisi sel-sel
yang berbentuk seperti sabit yang digunakan petani untuk memanen gandum pada
waktu itu.
Pasien tersebut adalah seorang mahasiswa berusia 20 tahun yang
mengalami gejala lemah dan pusing. Dalam banyak hal, pasien tampak normal,
baik secara fisik maupun mental. Masalah utamanya adalah kelelahan. Namun,
pemeriksaan fisik menunjukkan jantung membesar dan adanya pembesaran
kelenjar getah bening. Hatinya sepertinya selalu bekerja terlalu keras, bahkan
ketika dia sedang beristirahat. Tes darah menunjukkan bahwa pasien tersebut
mengalami anemia; kadar hemoglobin darahnya sekitar setengah dari tingkat
normal. Hemoglobin adalah protein kompleks yang membawa oksigen dari paru-
paru ke jaringan lain. Herrick memetakan gejala pasien ini selama enam tahun
sebelum menerbitkan pengamatannya pada tahun 1910. Dalam makalahnya,
Herrick menekankan sifat kronis dari anemia dan keberadaan sel darah merah
berbentuk sabit. Pada tahun 1916, pada usia 32 tahun, pasien tersebut meninggal
karena anemia parah dan kerusakan ginjal.
James Herrick adalah yang pertama menerbitkan deskripsi mengenai
anemia sel sabit, penyakit manusia bawaan pertama yang penanganannya dapat
dipahami pada tingkat molekuler. Hemoglobin mengandung empat polipeptida—
dua rantai α-globin dan dua rantai β -globin—dan kelompok heme yang
mengandung zat besi. Pada tahun 1957, Vernon Ingram dan rekannya
menunjukkan bahwa asam amino keenam dari rantai hemoglobin sel sabit adalah
valina, sedangkan pada posisi ini dalam hemoglobin manusia dewasa normal
umumnya berisi asam glutamat. Perubahan asam amino tunggal ini dalam rantai
polipeptida tunggal pun berhubungan dengan semua gejala anemia sel sabit di
atas.
Keterangan gambar: Memindai mikrograf elektron dari sel darah merah yang
normal dan berbentuk sabit pada pasien dengan anemia sel sabit.
Bagaimana informasi genetik suatu organisme yang disimpan dalam
urutan pasangan nukleotida dalam DNA mengendalikan fenotipe organisme?
Bagaimana perubahan pasangan nukleotida dalam gen—seperti mutasi yang
menyebabkan anemia sel sabit—mengubah struktur protein, yang menjadikan gen
melakukan suatu proses? Dalam Bab 11, kami membahas transfer informasi
genetik yang disimpan dalam urutan pasangan nukleotida dalam DNA ke urutan
nukleotida dalam molekul mRNA, yang membawa informasi dari inti ke tempat
sintesis protein di sitoplasma dalam eukariota. Transfer informasi dari DNA ke
RNA (transkripsi) dan pemrosesan RNA terjadi di dalam nukleus. Dalam bab ini,
kami menganalisis proses di mana informasi genetic yang tersimpan dalam urutan
nukleotida dalam mRNA digunakan untuk menentukan urutan asam amino dalam
produk gen polipeptida. Proses ini, yang disebut translasi, terjadi di sitoplasma
pada sistem kerja kompleks yang disebut ribosom dan membutuhkan partisipasi
banyak makromolekul.
2. Struktur Protein
Protein adalah makromolekul kompleks yang terdiri dari 20 asam amino
yang berbeda. Secara kolektif, protein membentuk sekitar 15 persen dari berat
basah sel. Molekul air menyumbang 70 persen dari total berat sel hidup. Dengan
pengecualian air, protein sejauh ini merupakan komponen paling umum dari
organisme hidup dalam hal massa total. Protein tidak hanya merupakan komponen
utama dalam hal massa sel, tetapi juga berperan penting bagi kehidupan semua
sel. Sebelum membahas sintesis protein, kita perlu lebih mengenal strukturnya.
3. POLIPEPTIDA: DUA SUB-UNIT ASAM AMINO YANG BERBEDA
Protein tersusun dari polipeptida, dan setiap polipeptida dikodekan oleh
gen.
Setiap polipeptida terdiri dari rangkaian panjang asam amino yang
dihubungkan bersama-sama oleh ikatan kovalen. Dua puluh asam amino yang
berbeda berada di sebagian besar protein. Kadang-kadang, satu atau lebih asam
amino dimodifikasi secara kimia setelah polipeptida disintesis, sehingga
menghasilkan asam amino baru dalam protein dewasa. Struktur dari 20 asam
amino yang umum ditunjukkan pada Gambar 12.1. Semua asam amino kecuali
prolin mengandung gugus amino bebas dan gugus karboksil bebas.

Asam amino berbeda satu sama lain dari kelompok samping (ditunjukkan
dengan huruf R yang berarti Radikal) yang ada. Kelompok samping yang sangat
bervariasi memberikan keragaman struktural protein. Rantai samping ini terdiri
dari empat jenis: (1) gugus hidrofobik atau non-polar, (2) gugus hidrofilik atau
polar, (3) gugus bermuatan asam atau negatif, dan (4) gugus basa atau bermuatan
positif (Gambar 12.1). Keragaman kimia dari gugus samping asam amino
berhubungan dengan fleksibilitas struktural dan fungsional protein yang luar
biasa.
Peptida adalah senyawa yang terdiri dari dua atau lebih asam amino.
Polipeptida adalah rangkaian panjang asam amino, mulai dari 51 asam amino
dalam insulin hingga lebih dari 1000 asam amino dalam protein sutra. Mengingat
20 asam amino berbeda yang biasa ditemukan dalam polipeptida, jumlah
polipeptida berbeda yang mungkin terbentuk pun akan sangat banyak. Misalnya,
jumlah rangkaian asam amino yang berbeda yang dapat terjadi dalam polipeptida
yang mengandung 100 asam amino adalah 20100. Karena 20100 merupakan jumlah
yang terlalu besar untuk dipahami, mari kita pertimbangkan peptida pendek. Ada
1,28 miliar (207) rangkaian asam amino yang berbeda yang mungkin ada dalam
peptida tujuh asam amino. Asam amino dalam polipeptida secara kovalen
bergabung dalam hubungan yang disebut ikatan peptida. Setiap ikatan peptida
dibentuk oleh reaksi antara gugus amino dari satu asam amino dan gugus
karboksil dari asam amino kedua dengan mengeliminasi molekul air (Gambar
12.2).
GAMBAR 12.1 Struktur dari 20 asam amino yang biasa ditemukan dalam
protein. Gugus amino dan karboksil yang muncul dalam pembentukan ikatan
peptida selama sintesis protein ditunjukkan oleh bagian yang diarsir. Kelompok
samping, yang berbeda untuk setiap asam amino, ditunjukkan di bawah bagian
yang diarsir. Singkatan tiga huruf standar ditunjukkan dalam tanda kurung.
Simbol satu huruf untuk setiap asam amino diberikan dalam tanda kurung.
4. PROTEIN: STRUKTUR TIGA DIMENSI YANG KOMPLEKS
Empat tingkat susunan yang berbeda—primer, sekunder, tersier, dan
kuaterner—dibedakan dalam struktur protein tiga dimensi yang kompleks.
Struktur utama yang disebut polipeptida adalah rangkaian asam amino-nya, yang
ditentukan oleh sekuens nukleotida gen. Struktur sekunder daripolipeptida
mengacu pada hubungan timbal balik spasial dari asam amino dalam segmen
polipeptida. Struktur tersier dari polipeptida mengacu pada lipatan keseluruhan
dalam ruang tiga dimensi, dan struktur kuaterner mengacu pada hubungan dua
atau lebih polipeptida yang terdapat pada protein multimerik. Hemoglobin dapat
menjadi contoh yang sangat baik dari kompleksitas protein, di mana ia
menunjukkan keempat tingkat susunan secara struktural (Gambar 12.3).

GAMBAR 12.2 Pembentukan ikatan peptida di antara dua asam amino dengan
cara mengeliminasi air. Setiap ikatan peptida menghubungkan kelompok amino
dari satu asam amino dengan kelompok karboksil dari asam amino yang
berdekatan.

GAMBAR 12.3 Empat tingkat susunan dalam protein— (1) struktur primer, (2)
sekunder, (3) tersier, dan (4) kuaterner — digambarkan menggunakan hemoglobin
manusia sebagai contohnya.
Kebanyakan polipeptida akan terlipat secara spontan menjadi konformasi
yang spesifik yang ditentukan oleh struktur utamanya. Jika didenaturasi (tidak
dilipat) dengan perlakuan yang menggunakan pelarut yang tepat, sebagian besar
protein akan membentuk kembali konformasi aslinya ketika agen denaturasi
dihilangkan. Oleh karena itu, pada banyak kasus, semua informasi yang
diperlukan untuk penentuan bentuk terdapat pada struktur utama protein. Pada
beberapa kasus, pelipatan protein melibatkan interaksi dengan protein yang
disebut chaperone yang membantu polipeptida yang baru membentuk struktur
tiga dimensi yang tepat.
Dua jenis struktur sekunder yang paling umum pada protein yaitu heliks
(lihat Gambar 12.3) dan lembaran . Kedua struktur ini dipelihara oleh ikatan
hidrogen di antara ikatan peptida yang terletak berdekatan satu sama lain. Heliks
 merupakan silinder keras, tempat di mana setiap ikatan peptida terikat hidrogen
dengan ikatan peptida di antara asam amino yang terletak sejauh tiga dan empat
residu. Karena strukturnya yang keras, prolin tidak muncul sebagai sebuah helix.
Lembaran  terbentuk ketika polipeptida terlipat kembali dengan sendirinya,
kadang-kadang secara berulang, dan segmen paralel ditahan oleh ikatan hidrogen
di antara ikatan peptida di sekitarnya.
Susunan spasial dari asam amino yang berdekatan dan segmen polipeptida
menentukan struktur sekundernya. Lipatan keseluruhan dari polipeptida yang
lengkap menetapkan struktur tersiernya, atau disebut konformasi. Secara umum,
asam amino dengan rantai samping hidrofilik terletak pada permukaan protein
(bersentuhan dengan sitoplasma yang encer), sedangkan asam amino dengan
rantai samping hidrofobik berinteraksi satu sama lain di area dalam. Struktur
tersier protein dipelihara terutama oleh sejumlah besar ikatan nonkovalen yang
relatif lemah. Satu-satunya ikatan kovalen yang memainkan peran penting dalam
konformasi protein adalah batangan disulfida (S-S) yang terbentuk di antara
residu sistein yang diposisikan secara tepat (Gambar 12.4). Tapi, ada empat jenis
interaksi nonkovalen yang terlibat, yaitu: (1) ikatan ionik, (2) ikatan hidrogen, (3)
interaksi hidrofobik, dan (4) interaksi Van der Waals (Gambar 12.4).
 GAMBAR 12.4 Lima jenis interaksi molekuler yang menentukan struktur
tersier, atau konformasi tiga dimensi dari polipeptida. Batangan disulfida adalah
ikatan kovalen; sedangkan semua interaksi lainnya adalah nonkovalen.
Ikatan ion terjadi antara rantai samping asam amino dengan muatan yang
berlawanan — misalnya, kelompok samping lisin dan asam glutamat (lihat
Gambar 12.1). Ikatan ion merupakan ikatan yang kuat dalam beberapa kondisi,
tetapi mereka merupakan interaksi yang relatif lemah dalam interior sel hidup
yang encer karena molekul air polar sebagian menetralisir atau melindungi
kelompok yang bermuatan. Ikatan hidrogen merupakan interaksi yang lemah di
antara atom-atom elektronegatif (yang memiliki muatan negatif parsial) dan atom
hidrogen (yang bersifat elektropositif) yang berkaitan dengan atom-elektronegatif
lainnya. Interaksi hidrofobik merupakan asosiasi kelompok nonpolar dengan
yang lain ketika muncul dalam larutan air karena ia tidak dapat larut dalam air.
Ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik memainkan peran yang penting dalam
struktur DNA; oleh karena itu, kami telah membahasnya secara terperinci di Bab
9 (lihat Tabel 9.2). Interaksi Van der Waals adalah tarikan lemah yang terjadi di
antara atom ketika mereka ditempatkan berdekatan satu sama lain. Pasukan Van
der Waals sangat lemah, dengan sekitar seperseribu kekuatan ikatan kovalen,
tetapi mereka memiliki peran yang penting dalam menjaga konformasi daerah
makromolekul yang selaras.
Struktur kuarter hanya terdapat pada protein yang mengandung lebih dari
satu polipeptida. Hemoglobin merupakan contoh yang tepat yang menunjukkan
struktur kuaterner, menjadi molekul tetramerik yang terdiri dari dua rantai globin-
 dan dua rantai globin-, ditambah empat kelompok heme yang mengandung
besi (lihat Gambar 12.3).
Dalam beberapa kasus, hasil translasi utama mengandung urutan asam
amino pendek, yang disebut inteins, yang mengeluarkan diri dari polipeptida yang
baru. Intein dapat ditemukan pada eukariota dan prokariota. Contohnya, salah satu
intein pertama yang ditemukan terdapat dalam protein RecA, yang terlibat dalam
rekombinasi dan perbaikan DNA pada Mycobacterium tuberculosis, bakteri yang
menyebabkan tuberkulosis.
Karena struktur sekunder, tersier, dan kuaterner protein dan eksisi intein biasanya
ditentukan oleh struktur primer dari polipeptida yang terlibat, dalam sisa bab ini
kita akan fokus pada mekanisme di mana gen mengendalikan struktur polipeptida
primer.

D. TRANSLASI

Translasi terjadi pada sitoplasma pada bagian ribosom dan

membutuhkan banyak keberadaan makromolekul. Secara kolektif, protein
membentuk sekitar 15 persen dari berat basahsel. Molekul air menyumbang 70
persen dari totalberat sel hidup. Disisi lain, protein juga merupakansuatu
komponen yang paling umum dari organisme hidup dalam haltotal massa. Protein
bukan hanya komponen utama dalam hal massa sel, tetapi mereka jugamemainkan
banyak peran penting bagi kehidupan semua sel. Sebelum membahas sintesis
protein,hal pertama yang harus dipelajari adalah struktur protein tersebut.

Protein terdiri dari polipeptida dan setiap polipeptida dikode oleh gen. setiap
polipeptida terdiri dari dari sekuens panjang asam amino yang diikat dengan
ikatan kovalen. Duapuluh perbedaan asam amino diubah setelah polipeptida
disintetis berupa lenturan asam amino baru. struktur 20 asam amino ini
ditunjukkan oleh gambar di bawah ini:
 Semua asam amino selain proline mengandung kumpulan amino bebas
dan kumpulan karbosil bebas. Terdapat empat tingkat organisasi yang berbeda
pada protein, yaitu primer, sekunder, tersier, dan kuaterner. Keempat tingkatan ini
dibedakan dalam tiga dimensi kompleks struktur protein. Struktur utama
polipeptida adalah miliknya urutan asam amino, yang ditentukan oleh urutan
nukleotida sebuah gen. Struktur sekunder polipeptida mengacu pada hubungan
timbal balik spasial dari asam amino dalam segmen polipeptida. Struktur tersier
dari polipeptida mengacu pada lipatan keseluruhan dalam ruang tiga dimensi, dan
struktur kuaterner mengacu pada hubungan dua atau lebih polipeptida dalam
protein multimerik. Hemoglobin menyediakan suatucontoh sempurna dari
kerumitan protein, menunjukkan keempat tingkat struktur
organisasi

Translasi merupakan proses dimana informasi genetik disimpanurutan nukleotida

dalam mRNA diterjemahkan,sesuai dengan spesifikasi kode genetik,
menjadiurutan asam amino dalam gen polipeptidaproduknya kompleks,
membutuhkan fungsi yang besarjumlah makromolekul. Ini termasuk lebih dari 50
polipeptida dan tiga hingga lima. Molekul RNA hadir di setiap ribosom
(komposisi pasti bervariasi dari spesiesuntuk spesies), setidaknya 20 enzim
pengaktif asam asam amino, 40 hingga 60 tRNA berbedamolekul, dan banyak
protein larut yang terlibat dalam inisiasi rantai polipeptida,perpanjangan, dan
pemutusan hubungan kerja. Karena banyak dari makromolekul ini,
khususnyakomponen ribosom, hadir dalam jumlah besar di setiap sel,
terjemahansistem merupakan bagian utama dari mesin metabolisme setiap sel.
Translasi terjadi pada ribosom, yang merupakan struktur makromolekul
kompleksterletak di sitoplasma. Penerjemahan melibatkan tiga jenis RNA,
semuanyaditranskripsi dari templat DNA (gen kromosom). Selain mRNA,
tigauntuk lima molekul RNA (molekul rRNA) hadir sebagai bagian dari struktur
masing-masingribosom, dan 40 hingga 60 molekul RNA kecil (molekul tRNA)
berfungsi sebagai adaptordengan memediasi penggabungan asam amino yang
tepat ke dalam polipeptida sebagai responsuntuk menentukan urutan nukleotida
dalam mRNA. Asam amino melekat pada molekul tRNA yang benar oleh satu set
enzim pengaktif yang disebut aminoacyl-tRNA synthetases. Urutan nukleotida
molekul mRNA diterjemahkan ke dalam yang sesuai. Urutan asam amino sesuai
dengan dikte kode genetik. Beberapa baru lahirpolipeptida mengandung sekuens
asam amino pendek pada amino atau karboksil terminiyang berfungsi sebagai
sinyal untuk pengangkutannya ke kompartemen seluler tertentu sepertisebagai
retikulum endoplasma, mitokondria, kloroplas, atau inti. Protein sekretor yang
baru lahir, misalnya, mengandung urutan sinyal pendek pada ujung amino
itumengarahkan polipeptida yang muncul ke membran retikulum endoplasma.
Urutan penargetan yang serupa juga terdapat pada amino termini dari
protein yang ditakdirkanimpor ke mitokondria dan kloroplas. Beberapa protein
nuklir mengandung penargetanekstensi di carboxyl termini. Dalam banyak kasus,
peptida penargetan dihapussecara enzimatik oleh peptidase spesifik setelah
pengangkutan protein ke dalam yang sesuaikompartemen seluler.Ribosom dapat
dianggap sebagai meja kerja, lengkap dengan mesin danalat yang dibutuhkan
untuk membuat polipeptida. Mereka tidak spesifik dalam arti bahwa mereka
bisamensintesis setiap polipeptida (urutan asam amino apa pun) yang dikodekan
oleh mRNA tertentumolekul, bahkan mRNA dari spesies yang berbeda. Setiap
molekul mRNA diterjemahkan secara simultan oleh beberapa ribosom,
menghasilkan pembentukan polyribosome,atau polisom. Dengan ikhtisar singkat
sintesis protein ini, sekarang kami akan memeriksa beberapadari komponen yang
lebih penting dari mesin terjemahan lebih dekat.

Pada prokariotik, segmen DNA yang ditranskripsi untuk menghasilkan

satu molekul RNA disebut unit transkripsi. Unit transkripsi mungkin setara
dengan gen individu, atau termasuk beberapa gen yang berdekatan. Transkrip
besar yang membawa urutan pengkodean dari beberapa gen pada umumnya
adalah bakteri. Proses transkripsi dapat dibagi menjadi tiga tahap, yaitu : (1)
inisiasi rantai RNA baru, (2) perpanjangan rantai, dan (3) penghentian transkripsi
dan pelepasan molekul RNA yang baru lahir

Para ahli biologi sering menggunakan istilah hulu dan hilir untuk merujuk
daerah yang masing-masing terletak pada ujung 5 dan ujung 3 transkrip dari
beberapa situs dalam molekul mRNA. Istilah-istilah ini didasarkan pada fakta
bahwa sintesis RNA selalu terjadi dalam arah 5 hingga 3. Daerah hulu dan hilir
gen adalah sekuens DNA yang menentukan segmen 5 dan 3 yang sesuai dari
transkripnya relatif terhadap titik referensi tertentu.
1. POLYMERASES RNA: ENZIM KOMPLEKS
RNA polimerase yang mengkatalisis transkripsi adalah protein multimerik
yang kompleks. E. coli RNA polimerase memiliki berat molekul sekitar 480.000
dan terdiri dari lima polipeptida dengan dua di antaranya identik, maka enzim
tersebut mengandung empat polipeptida yang berbeda. Molekul RNA polimerase
yang lengkap, holoenzyme, memiliki komposisi 2. Subunit terlibat dalam
perakitan inti tetramerik (2) RNA polimerase. Subunit berisi situs pengikatan
ribonukleosida trifosfat, dan subunit mengandung daerah pengikatan templat
DNA.
Satu subunit, faktor sigma ( σ ) hanya terlibat dalam inisiasi transkripsi
tidak memainkan peran dalam perpanjangan rantai. Setelah inisiasi rantai RNA
terjadi, faktor dilepaskan, dan perpanjangan rantai dikatalisis oleh enzim inti
(α2ββ’). Fungsi sigma adalah untuk mengenali dan mengikat RNA polimerase ke
situs inisiasi transkripsi atau promotor dalam DNA. Enzim inti (tanpa σ ) akan
mengkatalisasi sintesis RNA dari templat DNA secara in vitro, tetapi akan
memulai rantai RNA di lokasi acak pada kedua untai DNA. Sebaliknya,
holoenzyme ( σ present) memulai rantai RNA in vitro hanya di tempat yang
digunakan in vivo.
2. TERMINASI RANTAI DNA
Inisiasi rantai RNA melibatkan tiga langkah: (1) pengikatan holoenzyme
RNA polimerase ke daerah promotor dalam DNA; (2) pelepasan dua untai DNA
secara lokal oleh RNA polimerase, memberikan untai cetakan bebas untuk
pasangan-pasangan dengan ribonukleotida yang masuk; dan (3) pembentukan
ikatan fosfodiester antara beberapa ribonukleotida pertama dalam rantai RNA
yang baru lahir. Holoenzyme tetap terikat di daerah promotor selama sintesis
delapan atau sembilan ikatan pertama; kemudian faktor sigma dilepaskan, dan
enzim inti memulai fase perpanjangan sintesis RNA. Selama inisiasi, rantai
pendek dua hingga sembilan ribonukleotida disintesis dan dilepaskan. Sintesis
yang gagal ini berhenti begitu rantai 10 atau lebih ribonukleotida telah disintesis
dan RNA polimerase mulai bergerak ke hilir dari promotor
Dengan konvensi, pasangan nukleotida atau nukleotida di dalam dan
berdekatan dengan unit transkripsi diberi nomor relatif terhadap situs inisiasi
transkrip (designated +1), pasangan nukleotida yang sesuai dengan (5’)
nukleotida pertama dari transkrip RNA. Pasangan basa sebelum situs inisiasi
diberikan minus (-) awalan; yang mengikuti (relatif terhadap arah transkripsi)
situs inisiasi diberikan plus (+) awalan. Urutan nukleotida sebelum situs inisiasi
disebut sebagai urutan hulu yang mengikuti situs inisiasi disebut urutan hilir.
Suunit sigma dari RNA polimerase memediasi pengikatannya dengan
promotor dalam DNA. Ratusan promotor E. coli telah diurutkan dan ternyata
ternyata memiliki sedikit kesamaan. Dua urutan pendek dalam promotor ini cukup
dilestarikan untuk diakui, tetapi jarang identik dalam dua promotor yang berbeda.
Titik tengah dari dua sekuens yang dipertahankan terjadi pada sekitar 10 dan 35
pasangan nukleotida, masing-masing, sebelum situs inisiasi transkripsi.

Struktur promotor yang khas di E. coli. RNA polimerase berikatan dengan

35 sekuen promotor dan memulai pelepasan untaian DNA pada sekuen yang
terdapat AT 10. Transkripsi dimulai dalam gelembung transkripsi pada site kelima
hingga sembilan pasangan basa di luar urutan 10. Jadi masing-masing disebut
urutan 10 dan urutan 35. Meskipun sekuens-sekuens ini sedikit berbeda dari gen
ke gen, beberapa nukleotida sangat terlestarikan. Sekuens nukleotida yang hadir
dalam elemen genetika yang dilestarikan seperti itu sering disebut sekuens
konsensus. Urutan 10 konsensus dalam untai nontemplate adalah TATAAT; 35
urutan konsensus adalah TTGACA. Subunit sigma pada awalnya mengenali dan
mengikat ke 35 urutan dengan demikian, urutan ini kadang-kadang disebut urutan
pengakuan. Urutan 10 kaya AT memfasilitasi pelepasan DNA yang terlokalisasi,
yang merupakan prasyarat penting untuk sintesis rantai RNA baru. Jarak antara
sekuen 35 dan sekuen 10 sangat dipertahankan pada promotor E. coli, tidak
pernah kurang dari 15 atau lebih dari 20 pasang nukleotida. Selain itu, basa
pertama atau 5 dalam RNA E. coli biasanya (90 persen) purin.
3. PEMANJANGAN RANTAI RNA
Pemanjangan rantai RNA dikatalisis oleh enzim inti RNA polymerase
setelah pelepasan subunit. Perpanjangan kovalen rantai RNA terjadi di dalam
gelembung transkripsi segmen DNA yang tidak terurai secara lokal. Molekul
RNA polimerase mengandung aktivitas bot DNA unwinding dan aktivitas
rewinding DNA. RNA polimerase terus-menerus melepaskan heliks ganda DNA
di depan situs polimerisasi dan memundurkan untaian DNA komplementer di
belakang situs polimerisasi saat ia bergerak di sepanjang heliks ganda.
 Dalam E. coli, panjang rata-rata gelembung transkripsi adalah 18 pasang
nukleotida, dan sekitar 40 ribonukleotida dimasukkan ke dalam rantai RNA yang
tumbuh per detik. Rantai RNA yang baru lahir dipindahkan dari untai cetakan
DNA saat RNA polimerase bergerak di sepanjang molekul DNA. Daerah
pasangan basa sementara antara rantai tumbuh dan untai cetakan DNA sangat
pendek, mungkin hanya tiga pasang basa panjang. Kestabilan RAGION kompleks
transkripsi dipertahankan terutama oleh pengikatan DNA dan rantai RNA yang
berkembang ke RNA polimerase, bukan oleh pemisahan antara untai templat DNA
dan RNA yang baru lahir.
Pemutusan rantai RNA terjadi ketika RNA polimerase menemukan sinyal
terminasi. Ketika itu terjadi, kompleks transkripsi terdisosiasi, melepaskan
molekul RNA yang baru lahir. Ada dua jenis terminal transkripsi di E. coli. Salah
satu jenis hasil penghentian hanya di hadapan protein yang disebut rho (ρ) oleh
karena itu, urutan pemutusan seperti itu disebut terminator rho dependent. Jenis
lainnya menghasilkan penghentian transkripsi tanpa keterlibatan rho, urutan
seperti itu disebut terminator independen rho.
Terminator independen Rho berisi wilayah kaya-GC diikuti oleh enam
atau lebih pasangan basa AT, dengan nilai A dalam untai cetakan. Urutan
nukleotida dari daerah kaya GC mengandung urutan berulang-ulang nukleotida
dalam setiap untai DNA yang terbalik dan saling melengkapi. Saat ditranskrip,
daerah berulang yang terbalik ini menghasilkan urutan RNA untai tunggal yang
dapat membentuk pasangan dan membentuk struktur jepit rambut seperti pada
gambar 11.10 bagian bawah. Struktur jepit rambut RNA terbentuk segera setelah
sintesis daerah yang berpartisipasi dalam rantai RNA dan memperlambat
pergerakan molekul RNA polimerase di sepanjang DNA, menyebabkan jeda
dalam perpanjangan rantai. Karena pasangan basa AU lemah, membutuhkan lebih
sedikit energi untuk memisahkan basa daripada pasangan basa standar lainnya,
rangkaian U setelah daerah jepit rambut memfasilitasi pelepasan rantai RNA yang
baru disintesis dari templat DNA ketika struktur jepit rambut menyebabkan RNA
polimerase berhenti di situs ini.

Pada gambar 11.10 menjelaskan bahwa ketika proses transkripsi berlanjut

di sepanjang templat DNA, ditemukan daerah DNA yang mengandung urutan
pengulangan terbalik (diarsir). Ketika urutan berulang ini ditranskripsi, transkrip
RNA akan berisi urutan yang saling melengkapi, sehingga akan mengikat
hidrogen dan membentuk struktur jepit rambut. Ketika RNA polimerase bertemu
jepit rambut ini, jepit itu akan berhenti, dan ikatan hidrogen yang lemah antara
huruf A yang mengikuti untai templat dan huruf U dalam transkrip disintesis yang
baru akan pecah, melepaskan transkrip dari DNA
Mekanisme di mana terjadi penghentian transkripsi bergantung sama dengan
mekanisme penghentian independen di mana keduanya melibatkan pembentukan
struktur jepit rambut yang terikat-hidrogen di hulu dari lokasi penghentian. Dalam
kedua kasus tersebut, jepit rambut ini menghambat pergerakan naik polimer RNA,
menyebabkannya berhenti. Namun, terminator yang bergantung pada rho
mengandung dua sekuens tambahan sekuens pasangan nukleotida 50-90 hulu dari
sekuens berulang terbalik yang menghasilkan untai RNA dengan banyak C tetapi
beberapa G, yang karenanya tidak membentuk jepit rambut atau struktur sekunder
lainnya, dan sebuah sekuens menentukan situs pengikatan protein rho yang
disebut rut (untuk pemanfaatan rho) di dekat 3 ujung transkrip. Protein Rho
mengikat urutan usus dalam transkrip dan bergerak 5 sampai 3 mengikuti RNA
polimerase. Ketika polimerase bertemu dengan rambut, itu berhenti,
memungkinkan rho untuk mengejar ketinggalan, melewati jepit rambut, dan
gunakan aktivitas helicase untuk bersantai. Pasangan DNA / RNA di terminal dan
melepaskan transkrip RNA
 Daftar Rujukan

Snustad, D. P., & Simmons, M. J. (2012). Principles of GENETICS. (K. Witt & L.
Morris, Eds.) (Sixth Edit). America: John Wiley & Sons, Inc.