A.

PLASMID DAN EPISOME

Plasmid merupakan sebuah replicon atau sebuah unit dari materi genetik
yang mampu melakukan replikasi secara sendiri yang diwariskan secara stabil
(dipertahankan tanpa seleksi tertentu) dan berada di luar kromosom (extra-
chromosmal). Materi genetik pada bakteri selain disimpan di dalam kromosom
juga disimpan di dalam plasmid. Pada banyak kasus, peran plasmid pada bakteri
menjadi sangat penting untuk bertahan pada kondisi lingkungan tertentu, seperti
dengan keberadaan antibiotik.
Terdapat tiga tipe utama dari plasmid yang telah diteliti secara luas, yaitu.
(1) F dan F plasmid, yaitu faktor yang berpengaruh dalam proses konjugasi.
(2) R plasmid disebut juga RTF atau Resistance Transfer Factor, yaitu plasmid
yang membawa gen yang memiliki sifat resisten terhadap antibiotik atau
obat-obatan antibakteri lainnya
(3) Col plasmid disebut juga faktor coliciogenic, yaitu plasmid yang mengkode
colicins, yang merupakan sejenis protein pembunuh bagi sel-sel E. coli yang
sensitif.
Plasmid dapat dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan peranannya
dalam proses konjugasi, yaitu Conjugative atau transmissible plasmid
(memperantarai transfer DNA melalui konjugasi, seperti semua F dan F plasmid,
sebagian R plasmid dan beberapa Col plasmid) dan Nonconjugative atau
nontransmible plasmid (plasmid yang tidak memperantarai transfer DNA melalui
konjugasi, seperti R dan Col plasmid).
Beberapa plasmid seperti faktor F, dapat dikategorikan sebagai elemen
genetik yang disebut dengan episome. Episome merupakan elemen genetik yang
dapat bereplikasi pada salah satu dari dua bentuk yang berbeda, yaitu sebagai
bagian yang tergabung dari kromosom utama atau sebagai elemen genetik yang
bebas terhadap kromosom utama. Istilah plasmid dan episome bukan merupakan
sinonim, jadi keduanya berbeda.

B. TRANSPOSABLE GENETIC ELEMENT

Penelitian yang dililakukan pada tahun 1940 an menemukan bahwa
beberapa urutan DNA mampu berpindah posisi, urutan yang berpindah ini disebut
dengan elemen genetik transposabel atau dapat disebut dengan transposom. Jadi,
dapat dikatakan bahwa transposon adalah kemampuan materi genetik untuk
berpindah posisi. Elemen genetik yang mengalami perpindahan tempat atau
trasposom kemungkinan akan terjadi mutasi gen atau bahkan kerusakan.
Transposom dapat terjadi pada organisme baik itu prokariotik maupun eukariotik.
Mc. Clintock melakukan penelitian yang dilakukan pada tahun 1940 an
yang memperoleh hasil bahwa ada DNA yang dapat berpindah atau transposom.
Pada penelitian ditandai dengan aleuron pada jagung yang mengalami perubahan
warna menjadi lebih terang. Transposon dapat berperan sebagai mutagen alami.
perpindahan dari transposon masuk ke dalam daerah coding gene dapat merubah
pembacaan/penerjemahan gen itu sendiri dan berakibat dengan perbedaan ekspresi
gen dari sebelumnya atau transposon, jika menyisip pada coding gene akan dapat
memajukan stop kodon, karena gen yang berada dibelakang transposon (yang
menyisip dalam coding gen) tidak dapat diterjemahkan lagi.
Insersi Sekuen (IS) merupakan transposon bakteri yang paling sederhana.
Gabungan dua IS yang homolog dengan gen lain akan terbentuk composite
transposon (transposon gabungan) yang dinotasikan dengan symbol Tn. Secara
umum Elemen IS merupakan elemen yang terorganisasi secara kompak, dan
merupakan urutan sandi tunggal dengan urutan yang hampir sama atau bahkan
sama dan pendek pada kedua ujungnya. Ketika elemen IS masuk ke dalam
kromosom atau plasmid, elemen ini membuat duplikat dari urutan DNA pada
lokasi insersi. Hasil pengkopian dari duplikasi terletak pada masing-masing sisi
dari elemen tersebut dan disebut sebagai duplikasi lokasi target.

Tn3 merupakan transposons yang berlangsung dalam dua tahap. Tahap

pertama adalah transposase memediasi penggabungan antara dua molokul
sehingga membentuk struktur yang disebut cointegrate. Selama proses ini,
transposon mengalami replikasi dan masing-masing membentuk sambungan pada
cointegrate. Pada tahap kedua, pengkode tnpR memutuskan mediasi rekombinasi
pada lokasi yang spesifik antara dua Tn3 elemen. tahapan ini muncul pada urutan
di Tn3 yang disebut res, lokasi resolusi, dan menyebabkan timbulnya dua
molekul, masing-masing dengan kopian dari transposon.

Mc.Clintock menganalisis adanya ketidakstabilan genetik pada jagung

yang berhubungan dengan rusaknya kromosom. Hal ini ditandai dengan alel pada
lokus C di lengan pendek kromosom nomer 9. Alel CI adalah inhibitor yang
dominan terhadap pewarnaan aleuron, sehingga biji tidak akan berwarna.
Selanjutnya, Mc.Clintock mengawinkan bunga betina CC dengan polen.dari
bunga jantan CI CI, akan menghasilkan biji yang C CI. Mc.Clintock memberi nama
faktor penyebab kerusakan tersebut dengan Ds (disosiasi). Pada eksperimen ini,
kromosom yan membawa alel CI juga membawa faktor Ds. Faktor tidak dapat
menyebabkan kerusakan pada kromosom. Ds diaktifkan oleh Ac (aktivator). Ds
dan Ac inilah yang disebut dengan elemen transposabel pada jagung.
Transposon juga dapat ditemukan pada hewan, misalnya adalah Drosophila.
Sebanyak 15% DNA Drosophila dapat berpindah (mobile). Kelompok terbesar
pada Drosophila terdiri dari elemen yang mirip dengan elemen retrovirus, atau
retrotransposon. Elemen ini terdiri dari 5000-15.000 pasangan nukleotida panjang
dan terintegrasi membentuk retrovirus. Beberapa penelitian yang ekstensif pada
transposon Drosophila lebih memfokuskan terhadap anggota dari elemen P.
Terminal transposon kecil berada pada pasangan nukleotida-31 dan diapit oleh
pasangan nukleotida-8 duplikasi sisi target. Anggota dari elemen P memiliki
variasi ukuran.
 PERTANYAAN
1. Bagaimanakah peranan plasmid bagi bakteri?
Jawaban: plasmid bagi bakteri memiliki peranan yang penting, yaitu untuk
bertahan pada kondisi lingkungan tertentu seperti keberadaan adanya
antibiotik, memproduksi protein yang berfungsi sebagai zat antimikrobial
untuk melawan organisme bakteri yang ada didekatya misal Colicin yang
diproduksi oleh E. Coli strain tertentu untuk membunuh bakteri E. Coli yang
lain, membawa sifat virulensi bagi bakteri, dan membawa gen-gen yang
digunakan oleh beberapa bakteri dalam aktivitas metabolisme seperti
fermentasi laktose dan proses biodegradasi dan bioremidiasi.

2. Mengapa R plasmid memiliki sifat resisten terhadap antibiotik atau obat-obatan

antibakteri?
Jawaban: karena R plasmid membawa gen yang memiliki sifat resisten
terhadap antibiotik atau obat-obatan antibakteri lainnya, misalnya Plasmid
R100 membawa gen resisten untuk zat sulfonamid, kloramfenikol,
streptomisin, tetrasiklin, asam fusidat, dan merkuri. Selain itu beberapa elemen
resisten obat pada R plasmid dapat bergerak, dan dapat digunakan dalam
mutagenesis transposon sehingga membuatnya resisten terhadap antibiotik atau
obat-obatan antibakteri lainnya.

3. Bagaimana akibat dari terjadinya transposon materi genetik:

Jawaban: transposon materi genetik akan menyebabkan terjadinya kerusakan
kromosom atau terjadi mutasi gen. termasuk juga kerusakan pada double
strand, inversi, dan translokasi).

4. Bagaimana hubungan keterkaitan antara plasmid dan episom?

Jawaban: plasmid dan episom merupakan sama-sama unsur dari materi
genetik yang memiliki sifat yang berbeda. Episom merupakan bagian dari
plasmid dan tidak semua dari semua dari plasmid memiliki episom. Contohnya
yaitu pada episom yang terdapat pada bakteri Eschericia coli yaitu genom
phage yang merupakan plasmid tetapi tidak dapat bereplikasi tanpa adanya
kromosom inang.